1 Tahun 2015
S
eiring perkembangan zaman Keuntungan lainnya adalah desain dan tetrasiklin. Adapun reseptor
dan pesatnya perkembangan molekul obat melalui pendekatan merupakan molekul tempat terikatnya
teknologi internet hampir di bioinformatika dapat menekan biaya ligan, umumnya memiliki ukuran
seluruh dunia, membantu kemudahan dan meminimalisasi waktu yang molekul yang besar, contohnya
masyarakat mendapatkan berbagai diperlukan dalam proses penemuan adalah enzim dan protein.
informasi ilmiah. Bioinformatika kandidat molekul obat. Mc Govern SL
adalah ilmu interdisiplin yang dan Shoicet BK (2003) telah Teknik yang umum digunakan dalam
menerapkan teknik komputasi untuk melakukan seleksi 9500 senyawa mendesain kandidat molekul obat
memecahkan masalah keilmuan berukuran kecil melalui seleksi melalui pendekatan bioinformatika
seperti kimia, biologi, kedokteran, bioinformatika (virtual screening) adalah simulasi docking. Simulasi
farmasi, yang dipecahkan dalam dengan metode simulasi docking. docking yang termasuk bagian dari
metode statistika dan matematika. metode SBDD ini dapat dilakukan
Paulien Hogeweg merupakan tokoh Desain kandidat molekul obat efektif dengan menggunakan beberapa
yang menciptakan istilah dan efisien apabila peneliti ingin aplikasi seperti DOCK, AutoDock,
bioinformatika pada tahun 1970. memilih beberapa kandidat molekul FlexX, GOLD, GLIDE, dan lain - lain
Perkembangan bioinformatika yang obat dengan aktivitas yang (Alonso H dkk, 2006). Aplikasi
awalnya hanya menitikberatkan pada diharapkan dari ratusan kandidat simulasi docking dibedakan pada
informasi sekuens DNA kini molekul obat yang tersedia (virtual algoritma yang digunakan dalam
berkembang pesat dengan screening). Desain kandidat obat penghitungannya, untuk AutoDock
munculnya cabang – cabang ilmu melalui bioinformatika dapat menggunakan algoritma Lamarckian
terkait dengan bioinformatika, seperti digunakan untuk melakukan optimasi GA, untuk DOCK menggunakan
biofisika, kimia komputasi, medikal dari aktivitas, geometri struktur shape matching (sphere images),
komputasi, dan lain - lain. Salah satu molekul, dan reaktivitas suatu sedangkan FlexX menggunakan
pemanfaatan bidang bioinformatika kandidat molekul obat (Kroemer, incremental construction (Kroemer,
adalah dapat diaplikasikan untuk 2007). Keuntungannya, peneliti dapat 2007). Simulasi docking dapat
mendesain kandidat molekul obat mengetahui lebih awal aktivitas membantu dalam pelaksanaan virtual
(drug design). kandidat molekul obat sebelum screening kandidat molekul obat
sintesis dan uji skala laboratorium (ligan) dengan melihat interaksi
Desain kandidat molekul obat (drug dilakukan. Hal tersebut untuk antara ligan dan reseptor. Interaksi
design) dilakukan untuk menentukan menghindari keadaan bahwa yang dijadikan parameter adalah
aktivitas suatu kandidat molekul obat senyawa kandidat obat tersebut tidak dengan mengetahui ikatan antara
dengan bioinformatika. Penelitian memiliki aktivitas yang diharapkan. ligan dengan reseptor, konformasi
melalui bioinformatika tidak terlepas ligan saat berikatan dengan reseptor,
dari hasil penelitian kimia teoritis. Desain kandidat molekul obat dapat serta evaluasi dengan melihat afinitas
Peran bioinformatika dalam desain dilakukan dengan dua metode yang ligan dengan reseptor berdasarkan
molekul obat adalah membantu saling melengkapi. Metode tersebut energi bebas Gibbs (∆G).
memudahkan menghitung sifat adalah LBDD (ligand-based drug
molekul yang kompleks melalui design) yang merupakan desain Ikatan antara ligan dengan reseptor
algoritma tertentu yang dilakukan kandidat molekul obat dengan dikatakan baik apabila ligan terikat
dalam bahasa pemrograman. Selain memanfaatkan informasi ligan, secara kimiawi pada asam-asam
itu desain molekul obat dengan seperti sifat fisikokimia, hidrofobik, amino yang berada di wilayah sisi
bantuan komputasi dapat mengkaji dan lain - lain. Metode yang kedua pengikat pada reseptor, seperti
hal yang tidak dapat dijangkau dalam adalah SBDD (structure-based drug adanya ikatan hidrogen, van der
skala laboratorium, seperti design) yang merupakan desain Waals, wilayah hidrofobik, dan lain -
menentukan asam – asam amino kandidat molekul obat dengan lain. Adapun konformasi ligan dapat
yang terlibat dalam reaksi enzimatik memanfaatkan informasi struktur mempengaruhi afinitas ligan dengan
(Syahputra, G dkk., 2014), melihat target (reseptor), seperti prediksi sisi reseptor. Afinitas yang baik dapat
kondisi folding dan unfolding suatu aktif tempat berikatannya molekul dilihat pada ilustrasi berikut:
protein/enzim (Sawitri, K.N dkk, obat (Chatelain, E 2011 & Ioset, J R ;
2014), melihat panjang ikatan dan Hajduk, P.J & Greer, J, 2009). Dalam
jenis ikatan kimia yang terlibat dalam desain kandidat molekul obat
reaksi pada desain molekul obat terdapat istilah ligan dan reseptor.
(Arwansyah dkk, 2014), dan Ligan merupakan senyawa aktif yang
melakukan simulasi molecular terikat pada asam-asam amino suatu
dynamic pada suhu dan waktu protein, dan ligan berupa molekul
26
BioTrends Vol.1 No.1 Tahun 2015
27