PENDEKATAN DOCKING MOLEKULAR AKTIVITAS QUERCETIN DARI

MORINGA OLEIFERA TERHADAP KANKER PAYUDARA : ANALISIS IN

SILICO
Maryam Marsuki
Program Ilmu Biomedik Sekolah Pascasarjana Universitas Hasanuddin

Abstrak
Latar belakang: Kanker payudara adalah jenis kanker dengan prevalensi tertinggi di
dunia . Golongan senyawa yang banyak terdapat di alam dan telah banyak diteliti
aktivitasnya sebagai antikanker yakni golongan senyawa flavonoid. Kandungan
flavonoid tertinggi pada kelor (Moringa oleifera) adalah quercetin dan kaempferol .
quercetin pada tanaman Moringa oleifera memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai
pengobatan kanker payudara.
Metode penelitian: Analisis in silico melalui pendekatan molecular docking terhadap
senyawa terdapat dalam tanaman Moringa oleifera dan memodelkan interaksi senyawa
aktif pada reseptor yang berperan sebagai antikanker .
Tujuan: Menguji aktivitas senyawa quercetin pada tanaman Moringa oleifera sebagai
antikanker payudara dengan mengetahui afinitas dan mekanisme molekuler dari
quercetin terhadap protein target NF kB
Hasil: Senyawa alami quercetin berpotensi sebagai obat antikanker dengan nilai afinitas
sebesar -6,7 kcal/mol terhadap NF kB .
Kata kunci: In silico, Anticancer , Breast Cancer , Moringa oleifera , Quercetin, NF kB

PENDAHULUAN
Berdasarkan data dari Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) , pada tahun 2020
terdapat 2,3 juta wanita yang terdiagnosis kanker payudara dan 685,000 kematian
secara global. Hingga akhir tahun 2020, ada 7,8 juta wanita yang didiagnosis
menderita kanker payudara dalam 5 tahun terakhir, sehingga kanker payudara adalah
jenis kanker dengan prevalensi tertinggi di dunia. Kanker payudara terjadi di seluruh
dunia pada wanita usia berapa pun setelah pubertas tetapi dengan tingkat yang
meningkat di kemudian hari. Kematian akibat kanker payudara tidak banyak berubah
dari tahun 1930-an hingga 1970-an. Peningkatan kelangsungan hidup dimulai pada
1980-an di negara-negara dengan program deteksi dini yang dikombinasikan dengan
berbagai cara pengobatan untuk memberantas penyakit invasif (WHO, 2021).
 Negara berpenghasilan rendah dan menengah menghadapi kendala sumber
daya dan infrastruktur yang menjadi tantangan dalam meningkatkan perawatan pada
kanker payudara melalui deteksi dini, diagnosis dan pengobatan . Di negara-negara
berpenghasilan tinggi seperti Amerika Serikat, sekitar 232.340 wanita didiagnosis dan
39620 meninggal akibat kanker payudara pada tahun 2013. Penurunan yang
signifikan terkait mortalitas kanker payudara di Amerika Serikat dari tahun 1975
hingga 2000 dikaitkan dengan perbaikan berkelanjutan dalam skrining mamografi
dan pengobatan (Shah et al., 2014).

Moringa oleifera termasuk tanaman herbal yang tumbuh di Indonesia,

merupakan sumber daya alam yang sering digunakan bagi kesehatan. Tanaman herbal
ini digunakan untuk mengobati penyakit dan meningkatkan kesehatan tubuh. Moringa
oleifera memiliki beberapa kandungan fitokimia seperti askorbat, beta-sitosterol,
karotenoid, flavonoid, kaempferol, kelor, asam lemak omega, fenolik, quercetin,
tokoferol, dan vanilin, yang memiliki berbagai aktivitas biologis termasuk
antiaterosklerotik, antikanker, antidiabetik, antiinflamasi, antimikroba, antioksidan,
antiulcer, antivirus, dan penambah kekebalan tubuh (Mumtaz et al., 2021). Dalam sel
kanker payudara, efek antiproliferatif Moringa oleifera juga terbukti (Berawi et al.,
2019). Selain itu, data yang dilaporkan bahwa ekstrak daun Moringa oleifera
memiliki potensi aktivitas antiproliferatif dan kapasitas menginduksi apoptosis pada
garis sel tumor (KB) dan juga meningkatkan sitotoksisitas kemoterapi pada pankreas
sel kanker (Suphachai, 2014) .

Quercetin adalah flavonoid penting yang dapat ditemukan dalam senyawa

tumbuhan. Flavonoid seperti kuersetin, kaempferol dan myricetin merupakan
kandungan yang terbanyak pada daun kelor (Edwinanto Ludovicus et al., 2018) .
Beberapa penelitian telah membuktikan bahwa senyawa kuersetin dapat menghalangi
penyebaran berbagai jenis kanker seperti kanker paru-paru, prostat, hati, payudara,
usus besar, dan leher rahim yang dapat beraksi sebagai antikanker pada regulasi
siklus sel (Rastini et al., 2019).
 Flavonoid seperti quercetin mampu menghambat aktivasi NF-kB dan juga
peradangan. NF-κB dapat menyebabkan peningkatan sitokin proinflamasi, sedangkan
sitokin proinflamasi juga berkontribusi terhadap pertumbuhan sel mast. Quercetin
melakukan block terhadap aktivasi p38 mitogen-activated protein kinase (MAPK)
dan NF-κB, oleh karena itu sitokin pro inflamasi melemah (Wardani, 2017). NF-κB
memicu transkripsi protein anti-apoptosis, tanpa pengaruh CK2 dan IKK, sehingga
meningkatkan proliferasi sel dan tumor. Dalam sel pankreas, Moringa oleifera
terbukti menghambat pertumbuhan sel kanker pankreas, dengan menghambat
pensinyalan NF-ĸB serta meningkatkan kemanjuran kemoterapi, dengan
meningkatkan efek obat dalam sel-sel tersebut (Berawi et al., 2019). Quercetin dapat
menginduksi apoptosis sel kanker colon manusia melalui inhibisi NF-κB (Zhang et
al., 2015).

Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji aktivitas senyawa quercetin pada
tanaman Moringa oleifera sebagai antikanker payudara dengan mengetahui afinitas
dan mekanisme molekuler dari quercetin terhadap protein target NF kB menggunakan
pendekatan docking molekuler secara in silico. Teknik kimia komputasi ini dapat
digunakan untuk mempercepat pemilihan senyawa yang akan diisolasi dan disintesis
dengan mengidentifikasi dan optimasi senyawa penuntun dalam proses penemuan
obat. Oleh karena itu, potensi kuersetin dalam menghambat ekspresi berlebih dari
protein NF kB dapat diketahui.

BAHAN DAN METODE

Preparasi Ligan
Struktur 3 dimensi senyawa aktif dari Moringa oleifera yaitu quercetin dan senyawa
kontrol (doxorubicine) diunduh dari server PubChem
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). CID pada setiap komponen aktif dicatat.
Struktur 3 dimensi pada setiap ligan diunduh dalam format .sdf .
Preparasi Reseptor
Struktur protein target NF kB diunduh pada website Protein Data Bank (PDB) yaitu
https://www.rcsb.org/ . protein yang diperoleh kemudian disimpan dalam format pdb.

Molecular Docking
Proses docking dilakukan menggunakan AutoDock Vina dengan program aplikasi
PyRx yang dilakukan dengan mneyesuaikan parameter koordinat pada pusat kotak
grid. Ligan senyawa tumbuhan direaksikan dengan protein reseptor. Interaksi antara
senyawa tumbuhan (Quercetin) terhadap protein target NF kB(Nuclear Factor-kappa
B) dan senyawa kontrol (Doxorubicin) terhadap protein target NF kB(Nuclear
Factor-kappa B) divisualisasikan dan dianalisis menggunakan software PyMOL.
Hasil binding afinitas dipilih dari nilai yang paling negative. Nilai negative
mengindikasikan konformasi ligan dengan receptor yang paling stabil (Fadhil
Pratama & Pratomo, 2018). Penarikan kesimpulan diperoleh dari nilai binding
afinitas yang lebih negatif daripada counter dan lebih banyak asam amino yang
terikat oleh ikatan hydrogen yang sama dengan kontrol (Setzer et al., 2016). Efisiensi
kompleks ligan dengan reseptor protein dapat dilihat dari energi ikatan antara ligan
dengan protein minimum, dan interaksi ligan dengan sisi aktif protein
reseptor(Pratama & Suhartono, 2018).

Uji ADMET

ADMET adalah bentuk akronim yang digunakan untuk menganalisa parameter awal
sifat farmakokinetika yang meliputi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, dan
toksisitas (ADMET). Uji ini dilakukan dalam dalam server admet prediction (
http://admet.scbdd.com/calcpre/index/ ) Senyawa Quercetin dipersiapkan dengan web
ADMET Prediction untuk memprediksi sifat fisikokimianya.

Uji Lipinski (Drug likeness test)

Uji Lipinski (Aturan Lima Lipinski) yang juga disebut aturan lima Pfizer singkatnya
(RO5) untuk mengevaluasi keserupaan obat atau menentukan apakah suatu senyawa
kimia dengan aktivitas farmakologis atau biologis tertentu memiliki sifat kimia dan
sifat fisik yang akan membuatnya menjadi obat aktif pada manusia yang dapat
dikonsumsi.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Berdasarkan hasil pada molecular docking yang dilakukan, Quercetin
(senyawa tumbuhan) dan Doxorubicin (senyawa kontrol) dapat berikatan dengan
protein target NF kB(Nuclear Factor-kappa B) . Hal ini dibuktikan dari nilai binding
affinity yang terbentuk. Nilai binding affinity senyawa Quercetin terhadap protein
target NF kB (Nuclear Factor-kappa B), yaitu (-4,0 kcal/mol). Sedangkan senyawa
kontrol Doxorubicin terhadap protein target NF kB (Nuclear Factor-kappa B) adalah
(-7,4 kcal/mol). Hasil molecular docking dijelaskan pada Tabel 1.

Gambar. 1 Hasil visualisasi interaksi protein target dan ligan. (a) interaksi Quercetin
dengan NF kB, (b) interaksi Doxorubicin (senyawa kontrol) dengan NF kB

Tabel 1. Hasil molecular docking senyawa ligan terhadap protein target

Nilai Binding Affinity Terhadap Protein

Senyawa (Ligan) Target
Nuclear Factor-kappa B (NF kB)
 Doxorubicin (senyawa kontrol) -7,4 kcal/mol
Quercetin -6,7 kcal/mol
Setelah dilakukan molecular docking, dilakukan uji ADMET untuk mengecek
toksisitas senyawa tersebut dalam tubuh. Hasil yang didapatkan berdasatkan uji
ADMET, yaitu senyawa quercetin diketahui tidak bersifat karsinogenik.

Tabel 2. Sifat Farmakokinetik dan Bioaktivitas Senyawa Aktif terpilih dari Moringa
oleifera
Probabilitas Hasil
ADMET Karakteristik Senyawa
Quercetin
Blood-Brain Barrier 0.264
Human Intestinal Absorption 0,438
Absorption Caco-2 Permeability -6,168
Aqueous Solubilit -3,534
Bioavailability F 20% 0,557
Distribution Subcellular Localization Plasma
CYP450 2C9 Substrate (Yes/No) No
Metabolism CYP450 2D6 Substrate (Yes/No) No
CYP450 3A4 Substrate (Yes/No) No
AMES Mutagenesis (Yes/No) Yes 1
Human Hepatotoxicity (Yes/No) Yes 1
Toxicity Carcinogenity (Yes/No) No
Skin Sensitization (Yes/No) No
Biodegradation (Yes/No) -

Uji selanjutnya adalah uji drug-likeness yang digunakan untuk menguji sifat
kemiripan obat pada senyawa. Aturan yang digunakan adalah uji Lipinski. Aturan
Lipinski ini menyatakan bahwa secara umum, obat yang aktif dimakan tidak boleh
memiliki lebih dari satu pelanggaran terhadap kriteria berikut: (1)Tidak lebih dari 5
donor ikatan hidrogen ≤5, (2) Tidak lebih dari 10 akseptor ikatan hidrogen ≤10. (3)
Massa molekul kurang dari 500 dalton, (4) Koefisien partisi oktanol-air (log-P) yang
tidak melebihi 5.
 Berdasarkan aturan Lipinski, senyawa quercetin memenuhi syarat dimana
tidak ditemukan penyimpangan sifat drug likeness pada senyawa quercetin.
Sementara senyawa kontrol (doxorubicine) tidak memenuhi syarat aturan Lipinski
yaitu berat molekul nya 543,52 g/mol , donor proton ikatan hydrogen 6 dan aseptor
proton ikatan hydrogen 12.

Tabel 3. Hasil Uji Lipinski Senyawa Ligan

Senyawa Berat molekul Donor proton Aseptor Logaritma
(g/mol) <500 ikatan proton ikatan koefisien
g/mol hydrogen ≤ 5 hydrogen ≤ 10 partisi dalam
air dan 1-
oktanol (Log
p)≤ 4,15
Doxorubicin 543,52 6 12 -2,10
(Kontrol)
Quercetin 302.24 g/mol 5 7 -0,56

Berdasarkan hasil yang diperoleh, quercetin menunjukkan aktivitas sebagai

agen antikanker payudara dengan mekanisme penghambatan NF kB melalui
pembentukan ikatan hydrogen dengan afinitas yang ditunjukkan oleh energi ikatan
yang bernilai negatif. Hal ini didukung oleh penelitian yang dilakukan (Zhang et al.,
2015) membuktikan bahwa quercetin dapat menginduksi apoptosis sel kanker colon
manusia melalui inhibisi NF-κB. Quercetin memiliki efek antitumor dengan
menghambat NF kB terhadap sel kanker secara in vitro. Golongan senyawa yang
banyak terdapat di alam dan telah banyak diteliti aktivitasnya sebagai antikanker
yakni golongan senyawa flavonoid (Putri et al., 2019). Kelor mengandung flavonoid,
sedangkan kandungan flavonoid tertinggi pada kelor (Moringa oleifera) adalah
Quercetin dan Kaempferol (Wardani, 2017).
Pada sel kanker , NF kB selalu teraktivasi secara konstitutif dan berkontribusi
dalam meningkatkan proliferasi dan menghindari apoptosis . NF kB adalah inhibitor
penting apoptosis dan dapat melindungi sel kanker dari kematian sel yang disebabkan
oleh faktor nekrosis tumor (TNFα) atau anggota superfamili TNF, obat-obatan yang
berbeda atau iradiasi. Quercetin dapat menurunkan regulasi Bcl-2 serta meningkatkan
Bax, yang dapat berkontribusi pada induksi apoptosis ini. Namun, mekanisme yang
tepat bagaimana quercetin menginduksi disfungsi mitokondria dan apoptosis seluler
juga perlu diselidiki lebih lanjut (Zhang et al., 2015)

KESIMPULAN

Berdasarkan hasil analisis in silico dengan pendektan molecular docking ,

senyawa aktif quercetin dari Moringa oleifera memiliki potensi sebagai senyawa obat
antikanker payudara baru dengan menghambat NF kB untuk menginduksi apoptosis
dan proliferasi sel kanker.

REFERENSI

Berawi, K. N., Wahyudo, R., & Pratama, A. A. (2019). Potensi Terapi Moringa
oleifera ( Kelor ) pada Penyakit Degeneratif Therapeutic Potentials of Moringa
oleifera ( Kelor ) in Degenerative Disease. Jurnal Kedokteran Universitas
Lampung, 3, 210–214. http://repository.lppm.unila.ac.id/20716/1/2229-2949-1-
PB.pdf

Edwinanto Ludovicus et al. (2018). Studi Pustaka Fitur Fitokimia Daun Kelor
(Moringa oleifera) yang Memiliki Efek Antikanker. Journal of Medicine and
Health, 2(9), 680–688.

Fadhil Pratama, M. R., & Pratomo, G. S. (2018). Pharmacophore Optimization Of

Berberine As HER2 Inhibitor. Jurnal Farmasi Indonesia, 14(2), 109–117.
https://doi.org/10.31001/jfi.v14i2.282

Mumtaz, M. Z., Kausar, F., Hassan, M., Javaid, S., & Malik, A. (2021). Anticancer
activities of phenolic compounds from Moringa oleifera leaves: in vitro and in
silico mechanistic study. Beni-Suef University Journal of Basic and Applied
 Sciences, 10(1). https://doi.org/10.1186/s43088-021-00101-2

Organization, W. H. (2021). Breast cancer. https://www.who.int/news-room/fact-

sheets/detail/breast-cancer

Pratama, M. R. F., & Suhartono, E. (2018). Understanding the Interaction Between

Glutathione and Acetaminophen: a Docking Study Approach. Dentino : Jurnal
Kedokteran Gigi, 3(2), 215–219.
https://doi.org/http://dx.doi.org/10.20527/dentino.v3i2.5381

Putri, P. V. P., Susanti, N. M. P., & Laksmiani, N. P. L. (2019). Senyawa Kuersetin

Sebagai Agen Antikanker Kolorektal Secara in Silico. Jurnal Kimia, 166.
https://doi.org/10.24843/jchem.2019.v13.i02.p07

Rastini, M. B. O., Giantari, N. K. M., Adnyani, K. D., & Laksmiani, N. P. L. (2019).

Molecular Docking Aktivitas Antikanker Dari Kuersetin Terhadap Kanker
Payudara Secara in Silico. Jurnal Kimia, 180.
https://doi.org/10.24843/jchem.2019.v13.i02.p09

Setzer, M. S., Sharifi-Rad, J., & Setzer, W. N. (2016). The search for herbal
antibiotics: An in-silico investigation of antibacterial phytochemicals.
Antibiotics, 5(3). https://doi.org/10.3390/antibiotics5030030

Shah, R., Rosso, K., & David Nathanson, S. (2014). Pathogenesis, prevention,
diagnosis and treatment of breast cancer. In World Journal of Clinical Oncology
(Vol. 5, Issue 3, pp. 283–298). Baishideng Publishing Group Co., Limited.
https://doi.org/10.5306/wjco.v5.i3.283

Suphachai, C. (2014). Antioxidant and anticancer activities of Moringa oleifera

leaves. Journal of Medicinal Plants Research, 8(7), 318–325.
https://doi.org/10.5897/jmpr2013.5353

Wardani, D. N. K. (2017). Pengaruh Ekstrak Etanol Daun Kelor (Moringa Oleifera

 Lam.) Terhadap Jumlah Sel Mast Pada Mencit(Mus Musculus) Model
Endometriosis. Jurnal Biosains Pascasarjana, 19(3), 260.
https://doi.org/10.20473/jbp.v19i3.2017.260-267

Zhang, X. A., Zhang, S., Yin, Q., & Zhang, J. (2015). Quercetin induces human colon
cancer cells apoptosis by inhibiting the nuclear factor-kappa B Pathway.
Pharmacognosy Magazine, 11(42), 404–409. https://doi.org/10.4103/0973-
1296.153096