Metode Penelitian Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Metode
Analisis GC-Ms. Helium sebagai gas pembawa. Suhu kolom oven
50°C, suhu injeksi 300°C, mode injeksi terpisah, kontrol aliran
tekanan, tekanan 13,0 kPa, aliran total 79,3 ml/menit, aliran kolom
0,55 ml/menit, kecepatan linier 26,8 cm/detik, Aliran pembersihan
3,0 ml/menit, rasio pemisahan 138,9, Program Suhu Oven dengan
laju 5°C dari 50 – 240°C waktu penahanan 5 -7 menit. Spektrometer
massa dioperasikan dalam mode EI dengan suhu sumber ion 250°C,
suhu antarmuka 300°C, waktu potong pelarut 3 menit, mode
penguatan detektor absolut, dan penguatan detektor 0,80 kV, 0 dari
ambang batas.
Metode selanjutnya yaitu Metode Docking Molekuler Struktur
kimia 4 ligan, dibuat dari database ChemDraw secara manual.
Struktur tiga dimensi (3D) adalah HSP90 (PDB ID: resolusi 2VCJ:
2,50 A), DHODH (PDB ID: resolusi 5IKQ: 2,41 A), dan PTGS2
(PDB ID: 2BXV dengan resolusi 2,15 A). Makromolekul
dikumpulkan dari Protein Data Bank (PDB). Makromolekul
disiapkan menggunakan perangkat lunak UCSF Chimera. Investigasi
docking dilakukan menggunakan AutoDock Tools 1.5.6. Selanjutnya
dilakukan binding site study oleh Discovery Studio.
Hasil Penelitian Hasil penelitian dari jurnal ini menyatakan bahwa Hasil
docking antara protein PTGS2 dengan ligan turunan miristin
menunjukkan bahwa semua ligan dapat berinteraksi dengan PTGS2.
ΔGbind terendah adalah yang memiliki skor energi ikat -8,6
kkal/mol. Senyawa ini menempati situs pengikatan yang sama
dengan ligan asli. Tidak ada ikatan hidrogen dengan amino residu
asam di tempat pengikatan. Residu Tyr385 dan Ser530 hanya
memiliki interaksi Van der Walls untuk aktivitas penghambatan
PGTS2.
J. Yu, M. Shen, L. Deng, L. Gan and C. Ha, Chemistry of Natural Compounds, 48(4), 541(2012).
C.L. Miranda, J.F. Stevens, V. Ivanov, M. McCall, B. Frei, M.L. Deinzer, et al., Journal of
Agricultural and
Food Chemistry, 48(9), 3876(2000).
F. Schopf, M. Biebl and J. Buchner, Nature Reviews Molecular Cell Biology, 18(6), 345(2017).