Review Jurnal Steroid

Peringkas Nurul Azizah M. Yamin Rahim

Nim G70121004
Tanggal Minggu 27 Agustus 2023
Penulis Mutista Hafshah dan Lilis Karlina
Tahun 2019
Judul Desain Turunan Kalkon Baru sebagai Antikanker
PayudaraBerdasarkan MolecularDocking.
Jurnal Walisongo Journal of Chemistry
Volume Vol. 2, No. 2
Lata Latar belakang dari artikel ini adalah untuk menentukan potensi
belakang senyawa turunan kalkon sebagai agen antikanker payudara
Permasalahan menggunakan metode docking molekul. Penelitian ini
menggunakan 17β-hidroksisteroid dehidrogenase sebagai protein
dan membandingkan 20 turunan kalkon dengan senyawa obat
referensi. Kanker merupakan penyakit yang ditakuti oleh
sebagian besar masyarakat saat ini. Terdapat 1 kasus kematian
karena kanker setiap 11 menit, dan setiap 3 menit ada 1 penderita
baru (Rasyidi, 2009). Kanker payudara menjadi salah satu jenis
kanker yang menyebabkan kematian pada wanita. Angka
penderita kanker payudara di Indonesia menurut Departemen
Kesehatan sebesar 876.665 orang. Rata-rata penderita kanker
payudara di Indonesia adalah 10 dari 100 ribu perempuan,
menjadikan penyakit ini berada diurutan kedua setelah kanker
mulut rahim (Kusminarto, 2006).
Teori Teori dalam artikel ini adalah bahwa turunan tertentu dari
chalcone memiliki potensi untuk bertindak sebagai agen kanker
payudara dengan menghambat aktivitas protein dehidrogenase
17β-hidroksisteroid. Salah satu penyebab petumbuhan sel
kanker juga adanya enzim17β-hidroksisteroid dehydrogenase
yang disebut sebagai reseptor. Enzim17β-hidroksisteroid
dehydrogenase dapat juga berfungsi sebagai target yang efisien
untuk pengobatan kanker payudara. Penelitian yang telah
dilakukan yaitu penentuan pusat grid pada protein 17β-
hidroksisteroid dehidrogenase.

Molecular docking atau penambatan molekuler merupakan suatu

prediksi terjadinya konformasi ikatan berupa posisi, jenis, dan
afinitas atas dasar ikatan energi antara ligan (senyawa aktif) dan
makromolekul (protein target) secara efisien dengan
menggunakan teknik komputasi (Trott dan Olson, 2009). Nilai
energi ikatan (rerank atau binding energy) merupakan banyaknya
 energi yang diperlukan untuk melakukan ikatan antara reseptor
dengan ligan. Apabila energi ikatan yang diperlukan lebih kecil
(semakin negatif) maka ikatan reseptor dengan ligan menjadi
lebih stabil. Jika ikatan tersebut stabil, maka aktivitas
kemampuan obat akan semakin besar (Huang and Zou, 2010;
Molegro, 2013).
Rumusan Rumusan masalah dalam artikel ini adalah sebagai berikut:
permasalahan 1. Apakah senyawa turunan kalkon memiliki potensi
sebagai agen antikanker payudara?
2. Bagaimana efek inhibisi senyawa turunan kalkon
terhadap aktivitas protein 17β-hidroksisteroid
dehidrogenase?
3. Apakah senyawa turunan kalkon dapat menjadi alternatif
obat antikanker payudara yang efektif?
4. Bagaimana interaksi antara senyawa turunan kalkon dan
protein 17β-hidroksisteroid dehidrogenase dalam bentuk
kompleks protein-ligan?
5. Apakah terdapat perbedaan aktivitas antikanker di antara
berbagai turunan kalkon yang diteliti?

Tujuan Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui potensi

penelitian senyawa turunan kalkon sebagai agen kanker payudara
berdasarkan docking molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk
mengevaluasi efek penghambatan turunan kalkon tersebut
terhadap aktivitas protein 17β-hidroksisteroid dehidrogenase dan
memilih senyawa yang paling menjanjikan sebagai agen kanker
payudara yang potensial.
Metode Penelitian dalam artikel ini menggunakan pendekatan teoritis dan
penelitian metode docking molekuler. Penelitian ini melibatkan penggunaan
alat komputasi dan perangkat lunak seperti Hyperchem,
Gaussian03, Molden, Autodock Tools, Autodock4, dan Chimera
1.5.3. Proses ini meliputi pemilihan kompleks protein-ligan,
optimasi struktur ligan, dan penambatan molekul.

Docking dilakukan dengan menggunakan program Autodock

Tools, dan kompleks protein-ligan yang digunakan dalam
penelitian ini adalah protein 17β-hidroksisteroid dehidrogenase
dengan ligan (3-{[(9beta, 14beta, 16alpha, 17alpha)-3,17-
dihidroksiestra-1,3,5(10)-trien-16yl]metil}benzamida).
Subjek Subjek penelitian ini adalah protein 17β-hidroksisteroid
Penelitian dehidrogenase dan interaksinya dengan senyawa turunan kalkon.
Penelitian ini berfokus pada evaluasi efek penghambatan
senyawa-senyawa ini terhadap aktivitas protein 17β-
 hidroksisteroid dehidrogenase dan memilih senyawa yang paling
menjanjikan sebagai agen kanker payudara yang potensial.
Langkah Langkah-langkah penelitian dalam artikel ini adalah:
penelitian
Molecular docking yang dilakukan pada penelitian ini adalah
menggunakan program Autodock Tools. Adapun tahapan
prosesnya yaitu pencarian kompleks protein-ligan kanker
payudara, optimasi struktur ligan, dan docking molekul.

Pencarian kompleks protein-ligan kanker payudara pada file

PDB(protein data base) melalui situs www.rscb.org, Kompleks
protein-ligan yang digunakan adalah 17β-hidroksisteroid
dehydrogenase yang berkode 3HB4, dengan ligan (3-{[(9beta,
14beta, 16alpha,17alpha)-3,17-dihidroksiestra-1,3,5(10)-trien
16yl]metil}benzamid) (Nurjanah,2014).

Optimasi struktur ligan; ligan yang digunakan merupakan 20

desain struktur turunan kalkon baru dan 3 senyawa obat
pembanding dari turunan kalkon (senyawaA doxorubicin, dan
ligan 17β-DHB) yang digambar menggunakan software
hyperchem untuk mendapat koordinat x, y, dan z dengan metode
semiempirisAM1. Data koordinat semua turunan kalkon yang
didapat dari perhitungan hyperchem dipindahkan ke dalam
software Gaussian 03 dan dioptimasi menggunakan basisset 6-
31G*.

Molecular docking; menyiapkan ligan dan protein target yang

akan didocking kemudian penentuan pusat grid dan parameter
docking molekul. Pusat grid yang digunakan pada docking
molekul turunan kalkon sebagai antikanker pada penelitian ini
adalah serin142. X OG, leusin 149 X CB, dan asparagin 152
XODI (Nurjanah, 2014).
Hasil Docking molekul dilakukan pada 23 struktur senyawa, 20
penelitian senyawa turunan senyawa kalkon, dan 3 yang lainnya berupa
senyawa pembanding. Senyawa Aadalah senyawa induk kalkon
hasil sintesis, doxorubicin merupakan antibiotic golongan
antrasiklin yang sudah banyak digunakan untuk terapi berbagai
macam jenis kanker seperti leukemia, kanker payudara, kanker
tulang, danovarium (Childs et al., 2002).
 Senyawa A Doxorubicin
Gambar1. Desain 17(I-XVII) struktur senyawa turunan kalkon
(Pratokoetal.,2013) dan 3 (XVIII-XX) desain turunan kalkon
baru karya peneliti, Struktur obat senyawa A, dan doxorubicin

Hasil docking antara ligan dengan protein pada pusat grid serin
142.X OG, leusin 149 X CB dan asparagin 152 X ODI
menunjukkan bahwa kalkon X merupakan senyawa kalkon hasil
desain terbaru yang memiliki potensi tertinggi sebagai
antikanker payudara dibandingkan senyawa kalkon hasil desain
baru yang lain. Dari 20 senyawa turunan kalkon, senyawa turunan
ke X yang memiliki potensi aktivitas antikanker terbaik karena
kalkon X memiliki nilai inhibition constant yang paling rendah
dan binding energy yang kecil(semakin negatif). Adapun nilai
binding energy senyawa kalkon X pada masing-masing pusat
grid berturut-turut adalah-9,00; -8,83; dan-9,01.

Nilai Inhibition constant (IC) menunjukkan konsentrasi senyawa

terendah yang dapat memberikan aktivitas biologis tertentu.
Senyawa Kalkon X menunjukkan nilai IC yang rendah jika
dibandingkan dengan senyawa turunan kalkon hasil desain
yang lain. Adapun nilai IC dari senyawa Kalkon X pada pusat
grid serin 142 X OG, leusin 149 X CB dan asparagine 152
XODI berturut-turut adalah 2,5408×10-7;3,3869×10-7; dan
2,4783×10-7. Hal tersebut menunjukkan bahwa pada
konsenstrasi-konsentrasi tersebut, senyawa Kalkon X sudah
dapat menghambat pertumbuhan sel kanker payudara. Semakin
kecil inhibition constant, semakin kuat penempelan ligan atau
semakin tinggi afinitasligan dengan protein. Semakin banyak
interaksidari ligan dengan sisi aktif protein maka fungsi ligan
sebagai inhibitor semakin baik. Meskipun demikian, data
analisis docking senyawa turunan kalkon baru masih memiliki
aktivitas yang lebih rendah dibandingkan dengan senyawa
pembanding. Doxorubicin memiliki nilai IC paling rendah ketika
berinteraksi dengan grid asparagine 152 XODI yaitu mencapai
3,07 × 10-9.
Kelebihan Salah satu kekuatan dari artikel ini adalah penggunaan metode
penambatan molekuler, yang memungkinkan evaluasi efek
penghambatan senyawa turunan kalkon terhadap protein 17β-
hidroksisteroid dehidrogenase. Metode ini memberikan wawasan
yang berharga tentang afinitas pengikatan dan interaksi antara
senyawa dan protein, membantu mengidentifikasi senyawa
potensial dengan aktivitas penghambatan yang tinggi.
Kekurangan Salah satu keterbatasan dari artikel ini adalah kurangnya validasi
eksperimental terhadap aktivitas penghambatan senyawa turunan
kalkon pada protein 17β-hidroksisteroid dehidrogenase.
Penelitian ini hanya mengandalkan simulasi docking molekuler
 untuk memprediksi afinitas pengikatan dan interaksi antara
senyawa dan protein.
Kesimpulan Dalam kesimpulannya, artikel ini menyimpulkan bahwa chalcone
derivative compounds memiliki potensi sebagai agen antikanker
payudara berdasarkan hasil docking molekul dengan protein 17β-
hydroxysteroid dehydrogenase. Kalkon X, salah satu dari
chalcone derivative compounds, menunjukkan aktivitas inhibisi
yang paling tinggi terhadap protein tersebut. Meskipun demikian,
senyawa turunan kalkon baru masih memiliki aktivitas yang lebih
rendah dibandingkan dengan senyawa pembanding. Oleh karena
itu, penelitian lebih lanjut dan validasi eksperimental diperlukan
untuk mengkonfirmasi potensi senyawa ini sebagai agen
antikanker payudara.