REVIEW JURNAL

MOLEKULAR DOCKING SENYAWA TURUNAN AKTIVITAS

ANTI-CANCER

REVIEW JOURNAL
MOLECULAR DOCKING COMPOUNDS Degraded ACTIVITIES
ANTI-CANCER

Rosa Yulianti

Program Studi Farmasi, Fakultas Ilmu Kesehatan

Universitas Perjuangan Tasikmalaya Jl.Peta No. 177 Kota Tasikmalaya
Email: Rosay2107@gmail.com

ABSTRAK

Anticancer merupakan pengobatan untuk penyakit cancer. Tujuan dilakukannya penelitian ini
ialah untuk menemukan senyawa obat yang memiliki interaksi antara reseptor dengan ligan
yang baik dilihat dari binding affinity yang dihasilkan. Metode yang digunakan dengan cara
mereview 10 jurnal yang berkaitan dengan senyawa anticancer. Hasil yang didapat senyawa
Carvacrol mempunyai interaksi yang baik sebagai anticancer dengan binding affinity terkecil
sebesar -6.456 Kcal/mol.
Kata Kunci: anticancer, Docking, Review

ABSTRACT
Anticancer is a treatment for cancer. The purpose of this research is to find drug compounds
that have interactions between receptors and ligands that are good from the resulting
binding affinity. The method used is by reviewing 10 journals related to anticancer
compounds. The results obtained by Carvacrol compound have a good interaction as an
anticancer with the smallest binding affinity of -6,456 Kcal / mol.
Keywords: Anticancer, Docking, Reviews

PENDAHULUAN

Kanker adalah pertumbuhan yang
tidak normal dari sel-sel jaringan tubuh
dan bersifat ganas. Sel-sel tersebut dapat
tumbuh lebih lanjut serta menyebar ke
bagian tubuh lainnya serta dapat
menyebabkan kematian. Sel kanker tidak
mati setelah usianya cukup melainkan
tumbuh terus dan bersifat menyerang
sehingga sel tubuh yang normal dapat
terdesak atau mati (Pusat Data dan
Informasi Kementerian Kesehatan RI,
2016).
Kanker menjadi penyebab
kematian nomor 2 di dunia yaitu sebesar
13% (WHO, 2016). Berdasarkan data
GLOBOCAN, International Agency for
Research on Cancer (IARC) pada tahun
2008 sampai tahun 2012 terdapat 14,1 juta
kasus kanker baru, 8,2 juta kematian
akibat kanker dan 32,6 juta orang yang
hidup dengan kanker. Sedangkan menurut
National Cancer Institute pada tahun 2016,
diperkirakan terdapat sebanyak 1.685.210
kasus baru untuk penderita kanker di
seluruh dunia dan diperkirakan sebanyak
595.690 orang meninggal akibat kanker.
Ancaman kanker di dunia
meningkat seiring dengan perubahan pola
hidup masyarakat. Menurut Organisasi
Penanggulangan Kanker Dunia dan Badan
Kesehatan Dunia, diperkirakan terjadi
peningkatan kejadian kanker di dunia 300
persen pada tahun 2030 dan mayoritas
terjadi di negara-negara berkembang
termasuk Indonesia.
Penyakit kanker merupakan suatu
penyakit yang disebabkan pertumbuhan
sel-sel jaringan tubuh tidak
(tumbuh sangat cepat dan
terkendali), menginfiltrasi/ merembes, dan
menekan jaringan tubuh
mempengaruhi organ tubuh (Akmal, dkk.,
2010: 187). Penyakit kanker menurut
Sunaryati merupakan penyakit
ditandai pembelahan sel tidak terkendali
dan kemampuan selsel tersebut menyerang
jaringan biologis lainnya, baik dengan
pertumbuhan langsung di jaringan yang
bersebelahan (invasi) atau dengan migrasi
sel ke tempat yang jauh (metastasis)
(Sunaryati, 2011: 12).
Penyebab kanker berupa gabungan
dari sekumpulan faktor genetik dan
lingkungan (Akmal, dkk., 2010: 80).
Harmanto dalam Sunaryati (2011: 16)
menyebutkan bahwa, faktor penyebab
tumbuhnya kanker bersifat internal dan
eksternal. Faktor internal diantaranya yaitu
faktor keturunan, baik dari pihak orang tua
semakin secara langsung maupun nenek moyang,
daya tahan tubuh yang buruk. Faktor
eksternal seperti pola hidup tidak sehat di
antaranya mengonsumsi makanan dengan
bahan karsinogen, makanan berlemak,
minuman beralkohol, kebiasaan merokok,
diet salah dalam waktu lama; sinar
ultraviolet dan radioaktif; infeksi
menahun/ perangsangan/ iritasi;
pencemaran lingkungan atau polusi udara;
obat yang mempengaruhi hormon;
normal berganti-ganti pasangan (Sunaryati 2011:
tidak 16).
Terapi kanker dapat dilakukan
sehingga dengan terapi medis dan non medis. Terapi
medis dilakukan dengan pembedahan,
radiasi/ radioterapi, kemoterapi,
yang imunoterapi, terapi gen (Sunaryati, 2011:
23). Terapi non medis dilakukan melalui
terapi alternatif dan keagamaan. Terapi
keagamaan adalah penyembuhan yang
dilakukan dengan pendekatan keagamaan,
mencakup terapi mental doa.
 Molekuler docking merupakan memprediksi struktur antarmolekul 8 yang
suatu prosedur komputasi untuk kompleks terbentuk antara dua atau lebih
memprediksikan konformasi protein atau konstituen molekul (Dias, 2008)
molekul asam nukleat (DNA atau RNA), Untuk melihat molecular docking
dan ligan yang merupakan molekul kecil kali ini dengan mereview 10 jurnal
atau protein lain. Dengan kata lain, mengenai anticancer dengan melihat
molekuler docking mencoba untuk parameter yang telah ditentukan.
METODE PENELITIAN
ALAT
Alat yang digunakan dalam penelitian ini Perangkat keras Chipset Intel® HM77,
terdiri dari perangkat lunak dan perangkat Processor Onboard Intel®Celeron®
keras seperti ; Processor 1000M (1.80 GHz, 2MB
Perangkat lunak yang digunakan berupa 10 Cache), Memori Standar 2 GB DDR3.
jurnal yang telah dibaca atau diresume Max. Memory 8 GB (2 DIMMs.
mengenai anticancer.

PROSEDUR PENELITIAN
Jurnal ini dibuat dengan cara para peneliti yang sesuai dengan materi
mengumpulkan 10 jurnal yang sesuai yang dipilih. Jurnal-jurnal tersebut dibaca
dengan materi yaitu anticancer, kemudian secara keseluruhan kemudian data-data
sumber-sumber tersebut dikaji dan yang didapatkan dibandingkan sesuai
diresume sehingga diperoleh hasil kajian dengan tema yang serupa, lalu hasil dari
yang mendasari pembuatan jurnal ini. perbandingan tersebut dicatat dan
Adapun bahan yang digunakan dalam disimpulkan, yang selanjutnya
pembuatan jurnal ini adalah berbagai disinkronkan dengan teori-teori yang
jurnal penelitian yang telah dilakukan oleh dijumpai di berbagai sumber.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Penambatan molekul (molecular Docking dilakukan untuk mensimulasikan
docking) adalah metode komputasi yang secara komputasi proses pengenalan
bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul. Tujuan dari docking itu sendiri
molekul ligan dengan protein yang untuk mencapai konformasi protein dan
menjadi targetnya pada uji in-vitro ligan yang baik sehingga energi bebas
(Motiejunas & Wade, 2006). dapat diminimalkan. docking membantu
dalam mempelajari obat atau ligan dengan memiliki binding affinity yang kecil dari
interaksi terhadap reseptor. Sehingga dapat 10 jurnal yang telah di dapat salahsatunya
dihasilkan energi interaksi dari ligan yang menggunakan referensi satu jurnal hasil
berbeda untuk merancang ligan yang lebih docking senyawa yang telah dibuat
efektif. sebelumnya.
Pada pembuatan jurnal ini dibuat Tabel 1 . Tabel Data Senyawa Berkhasiat
dengan cara menganalisis senyawa yang Sebagai Anticancer Dari Beberapa Jurnal
GAMBAR NAMA BINDING
AFFINITY
(Kcal/mol)
2,3-dihidro-3- -10.18
methoxyWithferin A(mWi-A)

Taxifolin 3-O-acetate -17.9303

7,4′-dihydroxy-3,11- -10.4
dehydrohomoisoflavanone
Carvacrol -6.456

Grasshopper Ketone -7.368

 Anolignan B -8.004

(‐)‐N‐methylguattescidine -8.65

Camptothecin -15.20

Thiazol-hydrazono-chromen- -13.66
2one hybrids

O
(E)-3-(3-hydroxy-4- -9.30
O
methoxyphenyl)-2-methyl-1-

OH
(3,4,5-
O
trimethoxyphenyl)prop-2-en-
O
O 1-one

Mengenai review dari 10 jurnal Kriteria yang dipilih dari sumber

termasuk jurnal yang sudah dibuat
mengenai senyawa terbaik yang telah di
docking melalui Autodock dan Command
Prompt. Jurnal yang diambil mengenai
senyawa anticancer, anticancer itu sendiri
merupakan obat untuk mencegah dan
mengobati pertumbuhan sel-sel jaringan
tubuh yang tidak normal.
bacaan atau review dari 10 jurnal tersebut
ialah nilai energi dan konstanta inhibisi
yang dihasilkan dari beberapa jurnal
dengan melihat hasil yang terbaik diantara
senyawa yang lain. Yang pertama dilihat
dari segi energi yang dihasilkan antara
ligan dan reseptor yang biasa disebut
dengan binding affinity.
 Binding affinity merupakan ukuran Gambar 2. Taxifolin 3-O-acetate
kemampuan obat untuk berikatan pada Senyawa tersebut menghasilkan beberapa
reseptor. Semakin kecil nilai binding residu yaitu Arg394, Asp351, Glu353.
affinity maka afinitas antara reseptor Senyawa Taxifolin 3-O-acetate memiliki
dengan ligan semakin tinggi begitu pula nilai binding affinity yang lebih kecil
sebaliknya semakin besar nilai binding diantara 10 senyawa lainnya yang ada di
affinity maka afinitas antara reseptor dalam jurnal tersebut.
dengan ligan semakin rendah. Senyawa ke-3 yaitu 7,4′-
Senyawa yang pertama dari dihydroxy-3,11-
jurnal ke-satu penelitian dari Huang et al., dehydrohomoisoflavanone energi atau
Med Aromat Plants 2015 yaitu senyawa binding affinity -10.4 kcal/mol dari
2,3-dihidro-3-methoxyWithferin A(mWi-A) penelitian Franklyn Nonso Iheagwam et al:
2018 Bioinformatics and Biology Insights
Volume 13: 1–16

Gambar 1. 2,3-dihidro-3-
Gambar 3. 7,4′-dihydroxy-3,11-
methoxyWithferin A(mWi-A)
dehydrohomoisoflavanone
dipilih dikarenakan energi yang dihasilkan
Analisis docking molekuler dari senyawa
sebesar -10.18 kcal/mol, Withaferin A
tersebut menunjukkan bahwa mempunyai
(Wi-A) adalah anggota pertama dari
interaksi yang kuat dengan protein
keluarga withanolide diisolasi dari akar
dibandingkan dengan masing-masing
Ashwagandha (Withania somnifera).
inhibitor obatnya. Senyawa 7,4′-
pengobatan dengan Wi-A telah disarankan
dihydroxy-3,11-
sebagai radiosensitizer dalam pengobatan
dehydrohomoisoflavanone dapat
kanker.
menunjukkan dapat dikembangkan sebagai
Senyawa yang ke-dua penelitian
senyawa timbal diduga untuk
dari Bilal Ahmed et al. Bangladesh J
mengembangkan obat anti-kanker baru.
Pharmacol 2014; 9: 545-50 yaitu Taxifolin
Penelitian dari Mohammed
3-O-acetate dengan binding affinity yang
Farhad et al: 2016 Department of
dihasilkan -17.9303 kcal/mol
Pharmacy, International Islamic University
Chittagong, Chittagong-4203, Bangladesh
dengan senyawa yang dipilih yaitu Senyawa ke-enam Anolignan B
Carvacrol dengan binding affinity -8.004 kcal/mol
hasil penelitian dari Mohuya Majumder et
al: 2017 GUSTO A Research Group,
Chittagong, Bangladesh. Anolignan B
adalah senyawa terbaik untuk selektif
inhibitor estrogen receptor alpha, karena
Gambar 4. Carvacrol memiliki nilai terbaik dalam docking
Carvacrol merupakan senyawa bioaktif Molekul.
yang efektif dari Ocimum sanctum yang
dapat menghambat potensial dari reseptor
penyebab kanker. Carvacrol adalah
senyawa terbaik untuk inhibitor selektif,
karena memiliki nilai terbaik dalam
docking Molekul yaitu -6.456 kcal/mol.
Senyawa ke-lima hasil penelitian
dari Syed Mohammed Tareq Department Gambar 6. Anolignan B
of Pharmacy, International Islamic Senyawa ke-tujuh (‐ )‐ N ‐
University Chittagong, Chittagong-4203, methylguattescidine, senyawa ini memiliki
Bangladesh yaitu Grasshopper Ketone residu asam amino seperti Asp 322, Glu
dengan binding affinity sebesar -7.368 323, Glu 324, Leu 325, Lys 326, Glu 327,
kcal/mol. Senyawa ini memiliki ikatan Thr 328, Ile 329, Leu 332,
yang baik terhadap reseptornya dapat Ile 346. Binding affinity yang dihasilkan
dilihat dari energi docking yang dihasilkan adalah -8.65 kcal/mol.
diantara senyawa lain dalam penelitian
tersebut.

Gambar 7. (‐)‐N‐methylguattescidine
Senyawa ke-delapan hasil
penelitian dari Narumol Phosrithong &
Gambar 5. Grasshopper Ketone Jiraporn Ungwitayatorn:2008 yaitu
Camptothecin binding affinity yang dengan potensiaktivitas sitotoksik.
dihasilkan -15.20 kcal/mol. Sehingga memiliki potensi signifikan
semua senyawa target terhadapgaris sel
kanker salahsatunya kanker serviks pada
manusia.

Gambar 8. Camptothecin Senyawa terakhir adalah hasil

Senyawa ini merupakan turunan tanaman dari docking dengan menggunakan

terpilih yang menunjukkan antikanker Autodock Tools 1.5.6 senyawa dengan

Aktivitas menjadi sasaran simulasi dengan nama (E)-3-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-

menggunakan AutoDock 3.0.5. pengujian 2-methyl-1-(3,4,5-trimethoxyphenyl)prop-

aktivitas untuk senyawa antikanker ini 2-en-1-one menghasilkan energi docking

dengan cara mendocking dilakukan atau binding affinitynya sebesar -9.30

menggunakan berbagai enzim dan protein Kcal/mol.

O
reseptor.
O
Senyawa ke-sembilan hasil
penelitian dari Somaia S. Abd El-Karim et OH
O

al, 2018 yaitu Thiazol-hydrazono- O

chromen-2one hybrids hasil energi dari O

docking berupa binding affinity sebesar

-13.66 Kcal/mol. Gambar 10. (E)-3-(3-hydroxy-4-
methoxyphenyl)-2-methyl-1-(3,4,5-
trimethoxyphenyl)prop-2-en-1-one
Senyawa ini memiliki ikatan hidrogen
menandakan bahwa senyawa tersebut baik,
Gambar 9. Thiazol-hydrazono-chromen- dapat berinteraksi membentuk ikatan
2one hybrids hydrogen dengan residu Lys A:89 , Asp
Senyawa ini hasil dari proses molecular A:86, Leu A:83, Glu A:81, Gln A:131, Phe
docking untuk mendapatkan hibrida baru A:80
KESIMPULAN
Dari ke-10 jurnal yang sudah direview yaitu sebesar -6.456 Kcal/mol yang diteliti
senyawa yang mempunyai aktivitas oleh Mohammed Farhad et al: 2016
anticancer yang telah dianalisis diperoleh Department of Pharmacy, International
pada senyawa Carvacrol ditunjukkan Islamic University Chittagong,
dengan nilai binding affinity terendah Chittagong-4203, Bangladesh yang berisi
tentang senyawa bioaktif yang efektif dari breast cancer. Breast Cancer Research
Ocimum sanctum yang dapat menghambat 2013; 15(5): R92.
potensial dari reseptor penyebab kanker Ferlay J, Soerjomataram I, Ervik M, et al.
memiliki aktivitas yang lebik baik. GLOBOCAN 2012 v1.0, Cancer
Incidence and Mortality Worldwide:
DAFTAR PUSTAKA IARC CancerBase No. 11. Lyon,
Akmal, Mutaroh, dkk. 2010. Ensiklopedi France, International Agency for
Kesehatan untuk Umum. Jogjakarta: Research on Cancer
Ar-Ruzz Media http://globocan.iarc.fr/ Accessed
Ashfaq UA, Mumtaz A, Qamar TU, February 3, 2014
Fatima T. MAPS Database: Medicinal Huang C, Vaishnavi K, Kalra RS, Zhang
plant activities, phytochemical and Z, Sekar K, et al. (2015) 3β-Methoxy
structural database. Bioinformation Derivation of Withaferin-a Attenuates
2013; 9: 993-95. its Anticancer Potency:
Dias, R. and W.F. de Azevedo Jr., 2008, Bioinformatics and Molecular
Molecular docking algorithms, Evidences. Med Aromat Plants 4: 219.
Current Drug Targets, vol. 9, Bentham Huang Z (2000) Bcl-2 family proteins as
Science Publishers Ltd., Brazil, 1040- targets for anticancer drug design.
1047. Oncogene 19:6627–6631
Eccles SA, Aboagye EO, Ali S, Anderson Hegedűs C, Kovács K, Polgár Z, et al.
AS, Armes J, Berditchevski F, Redox control of cancer cell
Blaydes JP, Brennan K, Brown NJ, destruction. Redox Biol. 2018;16:59–
Bryant HE et al: Critical research gaps 74.
and translational priorities for the Kementerian Kesehatan RI. 2016.
successful prevention and treatment of INFODATIN Pusat Data dan
breast cancer. Breast Cancer Res., Informasi Kementerian Kesehatan RI
2013; 15(5). Kanker. Jakarta Selatan.
Eccles SA, Aboagye EO, Ali S, Anderson Motiejunas, D., Wade, R., (2006),
AS, Armes J, Berditchevski F, Structural, Energetics, and Dynamic
Blaydes JP, Brennan K, Brown NJ, Aspect of Ligand-Receptor
Bryant HE: Critical research gaps and Interaction, Comprehensive medicinal
translational priorities for the chemistry, elsevier, Oxford.
successful prevention and treatment of Patel  B,  Das  S,  Prakash  R  and  Yasir 
M.  Natural  bioactive  compound 
 with  anticancer  potential.  S. Lapenna, A. Giordano, Cell cycle
International Journal of Advances in P kinases as therapeutic targets for
harmaceutical Sciences 2010; 1: 32‐41 cancer, Nat. Rev. Drug Discovery. 8
Sunaryati, S.S. 2011. 14 Penyakit Paling (2009) 547–566
Sering Menyerang dan Mematikan. World Health Organization (WHO).
Jogjakarta: Flash Books (2016).Cervical Cancer.
http://www.who.int/mediacentre/facts
heets/ fs380/en/. (November 2016).