BASIC MOLECULAR GENETIC MECHANISMS

BASIC MOLECULAR GENETIC MECHANISMS

POKOK BAHASAN

4.1 Structure of Nucleic Acids

4.6 DNA Replication

4.2 Transcription of Protein-Coding Genes and Formation

of Functional mRNA
4.4 The Three Roles of RNA in Translation

4.5 Stepwise Synthesis of Proteins on Ribosomes

4.3 Control of Gene Expression in Prokaryotes
BASIC MOLECULAR GENETIC MECHANISMS

4.6 DNA Replication

Berdasarkan atas pasangan basa dalam struktur DNA heliks ganda.
Watson dan Crick menyarankan bahwa untai parental (untai lama)
digunakan sebagai template (cetakan) dalam pembentukan untai
anakan (untai baru)
Secara teoritis, replikasi DNA dapat diproses melalui
mekanisme konservatif atau semikonservatif.
Dalam mekanisme konservatif, untai anakan akan
membentuk untai ganda baru (duplex) dan dupleks
parentalnya tetap utuh.
Dalam mekanisme semikonservatif, untaian
tetuanya secara permanen dipisahkan dan masing-
masing membentuk dupleks berpasangan dengan
untai anakan (baru).
M. Meselson dan WF Stahl membuktikan bahwa
DNA dupleks direplikasi melalui mekanisme
semikonservatif (Gambar 4-32)
In this experiment, E. coli cells initially were grown in a medium
containing ammonium salts prepared with “heavy” nitrogen (15N)
until all the cellular DNA was labeled.
After the cells were transferred to a
medium containing the normal “light”
isotope (14N), samples were removed
periodically from the cultures and the
DNA in each sample was analyzed by
equilibrium density-gradient
centrifugation (see Figure 5-37).
This technique can separate heavy-
heavy (H-H), light-light (L-L), and
heavy-light (H-L) duplexes into distinct
EXPERIMENTAL FIGURE 5-37 A bands.
mixed organelle fraction can be
further separated by equilibrium
densitygradient centrifugation.
 The Meselson-Stahl experiment showed that DNA replicates by a
semiconservative mechanism

EXPERIMENTAL FIGURE 4-32 The Meselson-Stahl experiment showed that DNA replicates
by a semiconservative mechanism.
 Komposisi molekul dupleks anakan yang disintesis dari DNA yang
dilabel 15N dan setelah sel E. coli dipindahkan ke medium yang
mengandung 14N digunakan untuk menjelaskan apakah replikasi
terjadi melalui mekanisme konservatif atau semikonservatif.
 Untai berat (H) digambar warna merah; untai ringan (L) yang
disintesis setelah dipindahkan ke medium yang mengandung 14N
digambar warna biru.
 Perhatikan, mekanisme konservatif tidak pernah menghasilkan
DNA H-L dan mekanisme semikonservatif tidak menghasilkan DNA
H-H selama penggandaan kedua dan berikutnya.
 Jika siklus replikasi dilanjutkan, untai H (dilabel 15N) dari DNA asal
akan jauh lebih sedikit dibandingkan DNA dupleks L-L duplexes
pada kedua mekanisme.
 Pola pinta DNA hasil sentrifugasi
gradien densitas sebelum dan
sesudah perpindahan sel E. coli
dari medium yang mengandung
15N ke medium yang mengandung
14N.
 Pita-pita DNA divisualisasikan di
bawah sinar UV dan difoto..
 Data sebelah kiri adalah ukuran
densitas sinyal fotografik, yang
menunjukkan konsentrasi DNA
 Jumlah generasi setelah
perpindahan ke medium yang
mengandung 14N ditentukan
berdasarkan atas konsentrasi sel E.
coli dalam kultur.
 Nilai-nilai tersebut sesuai dengan
jumlah siklus replikasi DNA yang
terjadi ketika sampel diambil.
 Setelah satu generasi
pertumbuhan, seluruh DNA yang
diekstrak mempunyai densitas H-L.
 Setelah 1.9 generasi, kira-kira
setengah DNA mempunyai densitas
H-L dan setengah lainya L-L .
 Pada generasi selanjutnya, fraksi
DNA yang diekstrak lebih banyak
yang mempunyai densitas L-L;
sedangkan densitas dupleks H-H
semakin tidak tampak.
 Hasil ini sesuai dengan pola
prediksi mekanisme replikasi
semikonservatif (a).
 DNA Polymerases Require
a Primer to Initiate Replication
(DNA polimerase Memerlukan
Primer untuk Memulai Replikasi)
 DNA Polymerases Require a Primer to Initiate Replication

 DNA disintesis dari prekursor deoksiribonukleosida

trifosfat (dNTPs).
 Sintesis DNA selalu dari arah 5’3’ SEBAB
perpanjangan rantai berasal dari pembentukan
ikatan fosfodiester antara oksigen ujung 3’ dari untai
DNA yang sedang diperpanjang dengan fosfat 
dNTP (Figure 4-9).
 DNA polimerase tidak dapat memulai
sintesis untai baru tanpa primer (untai
pendek RNA atau DNA)

FIGURE 4-9 Polymerization of

ribonucleotides by RNA
polymerase during
transcription
 Duplex DNA Is Unwound, and
Daughter Strands Are Formed at
the DNA Replication Fork
(DNA dupleks Dibuka, dan Untai
Anakan disintesis pada Garpu
Replikasi DNA)
 Duplex DNA Is Unwound, and Daughter Strands
Are Formed at the DNA Replication Fork
 Agar supaya DNA dupleks dapat berfungsi sebagai template
selama replikasi, dua untai DNA yang memilin harus dibuka
sehingga basa-basa template dapat berpasangan dengan basa-
basa dNTPs yang akan membentuk untai baru.
 Pembukaan untai ganda DNA parental oleh helicases, pada
segmen molekul DNA yang disebut replication origins, atau secara
sederhana disebut origins.
 Urutan nukleotida origon sangat bervariasi antar organisme,
namun biasanya mengandung urutan kaya AT (AT-rich sequences).
 Setelah helicases membuka DNA parental pada origin, specialized
RNA polymerase spesial yang called primase membentuk primer
RNA pendek yang komplementer dengan urutan untai parental
(template) yang telah terbuka.
 Primer (yang telah menempel untai parental) kemudian
diperpanjang oleh DNA polymerase, untuk membentuk untai
anakan (baru).
 Duplex DNA Is Unwound, and Daughter Strands
Are Formed at the DNA Replication Fork
 Daerah DNA tempat terjadinya sintesis untai baru oleh DNA
polimerase dan protein lain yang terlibat disebut replication fork,
atau growing fork. (garpu replikasi).
 Ketika replikasi berlangung, garpu replikasi dan protein-protein yang
terlibat dalam replikasi berpindah menjauhi origin.
 Pembukaan DNA dupleks
mengakibatkan torsional stress
(tegangan lilitan), yang
dikendurkan oleh topoisomerase I.
 Agar supaya DNA polimerase
dapat terus berpindah dan
menyalin DNA dupleks, maka
helicase harus membuka DNA
dupleks dan topoisomerase harus
mengendurkan torsional stress
(supercoils).
 Duplex DNA Is Unwound, and Daughter Strands
Are Formed at the DNA Replication Fork
 Komplikasi dalam replikasi DNA
disebabkan oleh dua sifat:
 Dua untai DNA parental
(template) adalah
antiparalel
 DNA polimerases hanya
dapat menambahkan
FIGURE 4-33 Schematic diagram of leading- nukleotida dengan arah
strand and lagging-strand DNA synthesis at a 5’3’ pada untai baru yang
replication fork. sedang diperpanjang.
 Sintesis untai anakan (baru), yang disebut the leading strand,
dapat terjadi secara kontinyu dari primer RNA dengan arah 5’3’,
searah dengan perpindahan garpu replikasi (Figure 4-33).
 Duplex DNA Is Unwound, and Daughter Strands
Are Formed at the DNA Replication Fork
Penjelasan FIGURE 4-33
 Nucleotides are added by a DNA
polymerase to each growing
daughter strand in the 53
direction (indicated by arrowheads).
 The leading strand is synthesized
continuously from a single RNA
primer (red) at its 5’ end.
 The lagging strand is synthesized
discontinuously from multiple RNA
primers that are formed periodically
FIGURE 4-33 Schematic diagram of leading-strand as each new region of the parental
and lagging-strand DNA synthesis at a replication duplex is unwound.
fork.

 Elongation of these primers initially produces Okazaki fragments.

 As each growing fragment approaches the previous primer, the primer is removed and the
fragments are ligated.
 Repetition of this process eventually results in synthesis of the entire lagging strand.
 Duplex DNA Is Unwound, and Daughter Strands
Are Formed at the DNA Replication Fork
 Masalah timbul dalam sintesis untai anakan yang lain, yang disebut
the lagging strand.
 Masalahnya adalah:
 perpanjangan lagging strand harus terjadi dengan arah 5’3’
 penggandaan untai cetakannya (template) harus berlangsung dalam arah
berlawanan dengan pergerakan garpu replikasi (replication fork).
 Sel mengatasi problem ini dengan:
Apa masalahnya
 mensintesis dan
primer RNA baru setiap beberapa ratus basa atau lebih
yang menempel pada untai parental berikutnya ketika heliks ganda
bagaimana
 Setiap primers ini, yang mengatasinya?
terbuka.
berpasangan basa dengan untai template,
diperpanjang dengan arah 5’3’, membentuk segmen diskontinyu
yang disebut fragmen Okazaki, yang ditemukan Reiji Okazaki
 Primer RNA pada setiap fragmen Okazaki dibuang (oleh ?) dan diganti
(oleh ?) dengan urutan basa DNA.
 Akhirnya enzim yang disebut DNA ligase menyambung fragmen-
fragmen Okazaki yang berdekatan.
 Helicase, Primase, DNA
Polymerases, and Other Proteins
Participate in DNA Replication
(Helicase, Primase, DNA
polimerase, dan Protein lain
berpartisipasi dalam Replikasi
DNA)
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
 Pemahaman mendalam tentang protein-protein yang berpartisipasi
dalam replikasi DNA didasarkan atas kajian DNA sirkuler virus kecil,
SV40, yaitu virus yang menginfeksi kera.
 Kompleks multi-komponen memungkinkan sel mengatur urutan
kejadian dalam replikasi DNA virus ini.
 Seluruh protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA SV40
disediakan oleh sel inang.
 Primer untuk untai DNA leading dan lagging disintesis oleh kompleks
primase, yang menyintesis primer RNA pendek, dan DNA polimerase
 (Pol ) yang memperpanjang primer RNA dengan
deoksiribonukleotida (dNTP) sehingga terbentuk campuran urutan
basa primer RNA dan DNA.
 Figure 4-34 menjelaskan berbagai protein yang mengkoordinasikan
penggandaan DNA SV40 pada garpu replikasi.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
1. Heksamer T-antigen besar , protein viral, berfungsi sebagai helicase
untuk membuka untai DNA parental

FIGURE 4-34 Model of an

SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
2. Daerah untai tunggal template parental yang telah dibuka oleh T-
antigen besar diikat oleh banyak salinan protein heterotrimerik RPA
(replication protein A)

Apa kira-kira fungsi RPA ya?

FIGURE 4-34 Model of an
SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
3. Untai leading disintesis oleh DNA polimerase  (Pol ), PCNA
(proliferating cell nuclear antigen), and Rfc (replication factor C)

FIGURE 4-34 Model of an

SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
4. Primer untuk sintesis untai lagging (merah, RNA; biru muda, DNA)
disintesis oleh kompleks DNA polimerase  (Pol ) dan primase.

FIGURE 4-34.a Model of an

SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
5. Ujung 3’dari setiap primer yang disintesis oleh Pol –primase
kemudian diikat oleh kompleks PCNA-Rfc–Pol  untuk
memperpanjang primer dan menyintesis fragmen Okazaki .

FIGURE 4-34.a Model of an

SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
 Sebagaimana diilustrasikan pada Figure 4-34b, PCNA adalah protein
homotrimerik yang mempunyai lubang sentral yang memungkinkan
DNA dupleks anakan (baru) masuk, sehingga mencegah kompleks
PCNA-Rfc–Pol  terlepas dari template.

FIGURE 4-34.b Model of an

SV40 DNA replication fork and
assembled proteins.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
 Setelah DNA parental dipisah menjadi untai tunggal pada garpu
replikasi, untai tunggal kemudian diikat oleh banyak salinan RPA
(replication protein A), suatu protein heterotrimerik (Figure 4-34c).

FIGURE 4-34.c Model of an SV40 DNA replication fork and assembled proteins.
 Pengikatan RPA mempertahankan untai tunggal template dalam
konformasi optimal untuk penyalinan oleh DNA polimerase.
 Protein yang terikat RPA dilepas dari untai parental oleh Pol  dan
Pol  ketika menyintesis untai baru yang komplementer dengan
untai parental.
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication

FIGURE 4-34.c Model of an SV40

DNA replication fork and
assembled proteins.
Penjelasan Figure 4.34.c
 Subunit besar RPA terdiri atas dua domain yang mengikat DNA untai
tunggal.
 Pada gambar sebelah kiri, dua domain RPA pengikat-DNA ditunjukkan
tegak lurus terhadap tulang punggung DNA untai tunggal (putih: tulang
punggung DNA ; biru: basa).
 Perhatikan: DNA untai tunggal diperpanjang dengan basa yang terdedah
(exposed), suatu konformasi optimal untuk replikasi oleh DNA polimerase.
 Pada gambar sebelah kanan, menjelaskan bagaimana RPA membungkus
DNA untai tunggal
Helicase, Primase, DNA Polymerases, and Other Proteins Participate in
DNA Replication
 Beberapa protein eukariotik yang berfungsi dalam replikasi DNA
tidak ditunjukkan dalam Figure 4-34.
 Topoisomerase yang berasosiasi dengan DNA parental di depan
helicase untuk mengendurkan tegangan pelintiran (torsional
stress) yang diakibatkan oleh pembukaan untai parental.
 Ribonuklease H dan FEN I membuang ribonukleotida pada
ujung fragmen Okazaki; ribonukleotida diganti dengan
deoksinukleotida oleh DNA polimerase  ketika memanjangkan
bagian hulu fragmen Okazaki.
 Fragmen-fragmen Okazaki disambung satu satu lain oleh DNA
ligase melalui ikatan fosfodiester.
 DNA Replication Generally Occurs
Bidirectionally from Each Origin
(Pada Umumnya Replikasi DNA Terjadi
Secara Bidireksional dari Setiap Origin)
 DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin
 Unyai DNA yang terbuka pada garpu
replikasi disalin menjadi untai anakan
 Secara teori, replikasi DNA dari origin
tunggal dapat terjadi:
 Satu garpu replikasi bergerak dalam
satu arah (unidireksional)
 Dua garpu replikasi berasal dari satu
origin dan kemudian bergerak dalam
arah berlawanan (bidireksional).
FIGURE 4-33 Schematic diagram of leading-strand  Beberapa tipe percobaan, seperti
and lagging-strand DNA synthesis at a replication
fork ditunjukkan dalam Figure 4-35,
memberikan bukti awal yang
mendukung pertumbuhan untai
bidireksional.

http://genes.atspace.org/12.2.html
DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin
PENJELASAN FIGURE 4-35
 DNA viral dari sel yang diinfeksi SV40
dipotong dengan enzim restriksi EcoRI,
yang mengenali satu situs pemotongan
DNA sirkuler.
 Mikrograf elektron sampel menunjukkan
kumpulan molekul DNA sirkuler terpotong
dengan gelembung replikasi yang
bertambah besar sedangkan pusatnya
berjarak konstan dari kedua ujung molekul.
 Bukti percobaan ini konsisten dengan
pertumbuhan dua arah dari origin yang
terletak di pusat gelembung replikasi
seperti ditunjukan dalam diagram.
[See G. C. Fareed et al., 1972, J. Virol.
10:484; photographs courtesy of N. P.
Salzman.]

EXPERIMENTAL FIGURE 4-35 Electron microscopy

of replicating SV40 DNA indicates bidirectional
growth of DNA strands from an origin
DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin

Konsensus umum adalah semua sel prokariotik dan eukariotik

menggunakan mekanisme replikasi DNA bidireksional.
Pada kasus SV40, replikasi dimulai oleh pengikatan dua helicase T-
antigen besar pada origin SV40 tunggal dan penyatuan protein
lain untuk membentuk dua garpu replikasi.
Dua garpu replikasi kemudian bergerak menjauhi origin SV40
dengan arah berlawanan dan sintesis leading dan lagging terjadi
pada kedua garpu replikasi.
Seperti ditunjukkan dalam Figure 4-36, garpu replikasi sebelah kiri
memanjangkan sintesis DNA ke arah kiri; hal sama, garpu replikasi
sebelah kanan memanjangkan sintesis DNA ke arah kanan
 DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin
PENJELASAN FIGURE 4-36
Dua helicase heksamerik T-antigen besar mengikat
pada origin dengan orientasi berlawanan..
• Step 1: menggunakan energi yang berasal dari
hidrolisis ATP, helicase bergerak dengan arah
berlawanan, membuka DNA parental dan
membentuk template untai tunggal yang diikat
oleh protein RPA.
• Step 2: Kompleks Primase–Pol  menyintesis
primer pendek yang berpasangan dengan untai
parental yang telah terpisah.
• Step 3: Kompleks PCNA-Rfc–Pol  menggantikan
kompleks primase–Pol  dan memperpanjang
primer pendek, membentuk untai leading (hijau
tua) pada masing garpu replikasi.
• Step 4 : Helicase selanjutnya membuka untai
parental, dan protein RPA mengikat daerah untai
ganda yang terbuka.
FIGURE 4-36 Bidirectional mechanism
of DNA replication.
DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin
PENJELASAN FIGURE 4-36 (lanjutan)
• Step 5: Kompleks PCNA-Rfc–Pol
melanjutkan pemanjangan untai leading.
• Step 6: Kompleks Primase–Pol
menyintesis primer untuk sintesis untai
lagging pada masing-masing garpu
replikasi.
• Step 7: Kompleks PCNA-Rfc–Pol
menggantikan kompleks primase–Pol
dan memperpanjang untai lagging-
fragmen Okazaki (hijau muda), yang
akhirnya akan diligasikan (disambungkan)
ke ujung 5’ untai leading. Posisi di mana
ligasi terjadi ditunjukkan oleh lingkaran
(bulatan biru muda).

FIGURE 4-36 Bidirectional mechanism of

DNA replication.
DNA Replication Generally Occurs Bidirectionally from Each Origin

Tidak seperti DNA SV40, molekul DNA kromosomal eukariotik

mengandung banyak replication origin yang dipisahkan oleh
sepuluhan sampai ratusan kilobasa.
Protein enam-subunit yang disebut ORC, origin replication
complex, mengikat pada setiap origin dan berasosiasi dengan
protein lain yang diperlukan untuk mengikat helicase heksamerik
seluler yang tersusun atas enam protein MCM (minichromosome
maintenance) homolog.
Dua helicase MCM memisahkan untai parental paa origin,
kemudian untai tunggal yang terbentuk diikat oleh protein RPA.
Sintesis primer dan tahap-tahap berikutnya dalam replikasi DNA
seluler dianggap analog dengan replikasi DNA SV40 (Figures 4-34
and 4-36).
BASIC MOLECULAR GENETIC MECHANISMS

Next …..

4.2 Transcription of Protein-Coding

Genes and Formation of
Functional mRNA