Jurnal Ilmiah Farmako Bahari

Journal Homepage : https://journal.uniga.ac.id/index.php/JFB

STUDY IN SILICO OF GOTU KOLA ACTIVE COMPOUNDS

(Centella asiatica (L.) urb.) AS ANTILEUKEMIA
Encep Riki Kustiawan
*Corresponding author: Encep Riki Kustiawan (nceff1993@gmail.com)

ARTICLE HISTORY
Received: Revised: Accepted:

Abstract
Leukemia is a disease characterized by the differentiation and polyferation of
haematopoietic stem cells where in this process changes occur to make cells more
malignant, causing suppression and replacement of normal marrow elements. Gotu
kola is a wild plant that is easily found in Indonesia and has long been used as an
herbal medicine. Gotu kola has many properties including anticancer activity. The
stages to be carried out are activity prediction, molecular docking, molecular dynamics,
prediction of Lipinski's Rule of Five, prediction of PreADME and prediction of toxicity.
The target receptors used were PDB IDs 3PE1 and 6GL8. The results of molecular
docking were better than natural ligands but there are better compounds than the
comparison drug methotrexate at 3PE1 receptors, namely castillicetin with a value of
ΔG -10.8 kcal / mol and 6GL8 receptors, namely castilliferol with a value of ΔG -9.0
kcal / mol. The results of molecular dynamics there was ne compound that has good
enough stability against both 3PE1 and 6GL8 receptors, namely castillicetin
compounds.

Key words: Antileukemia, gotu kola plant, molecular docking, molecular dynamics

STUDI IN SILICO SENYAWA AKTIF PEGAGAN (Centella

asiatica (L.) Urb.) SEBAGAI ANTILEUKEMIA

Abstrak
Leukemia adalah penyakit yang ditandai dengan terjadinya diferensiasi dan poliferasi
sel induk haematopoietik dimana pada proses ini terjadi perubahan sehingga
menjadikan sel yang lebih ganas, menyebabkan terjadinya supresi dan penggantian
elemen sumsum normal. Pegagan merupakan tanaman liar yang mudah ditemukan di
Indonesia dan telah lama digunakan sebagai obat herbal. Pegagan memiliki banyak
khasiat diantaranya aktivitas antikanker. Tahapan yang akan dilakukan yaitu prediksi
aktivitas, molecular docking, molecular dynamics, prediksi Lipinski’s Rule of Five,
prediksi PreADME dan prediksi toksisitas. Reseprtor target yang digunakan adalah ID
PDB 3PE1 dan 6GL8. Hasil dari molecular docking tidak ada yang lebih baik dibading
ligan alami namun terdapat senyawa yang lebih baik dibanding obat pembanding
metotreksat pada reseptor 3PE1 yaitu castillicetin dengan nilai ΔG -10,8 kkal/mol dan
reseptor 6GL8 yaitu castilliferol dengan nilai ΔG -9,0 kkal/mol. Hasil dari molecular
dynamic terdapat satu senyawa yang memiliki kestabilan cukup baik terhadap kedua
reseptor 3PE1 dan 6GL8 yaitu senyawa castillicetin.

Kata kunci: Antileukemia, tanaman pegagan, molecular docking, molecular dynamics

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

1
E-ISSN: 2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Pendahuluan

Leukemia saat ini berada di peringkat tertinggi kanker pada anak. Penanganannya
di Indonesia masih dibilang lambat. Lebih dari 60 persen anak penderita kanker
leukemia yang ditangani oleh medis kebanyakan telah memasuki stadium lanjut.
Penyakit leukemia yaitu jenis penyakit kanker yang banyak di derita pada usia di
bawah 15 tahun. (1) Leukemia adalah penyakit yang ditandai dengan terjadinya
diferensiasi dan proliferasi sel induk haematopoietik dimana pada proses ini terjadi
perubahan sehingga menjadikan sel yang lebih ganas, menyebabkan terjadinya
supresi dan penggantian elemen sumsum normal. (2)
Leukemia Limfoblastik Akut (ALL) yaitu transformasi ganas dan proliferasi sel
progenitor limfoid di sumsum tulang, darah, dan situs ekstrameduler. Sementara 80%
dari ALL terjadi pada anak-anak, penyakit yang membahayakan ketika terjadi pada
orang dewasa. Menurut American Cancer Society (2016) di Amerika Serikat, kejadian
ALL diperkirakan 1,6 per 100.000 penduduk. Diperkirakan 6590 kasus baru
didiagnosis, dengan lebih dari 1400 kematian akibat Leukemia Limfoblastik Akut (ALL).
(3) Sifat leukemia yang ganas pada jaringan darah sehingga dampak fatal yang terjadi
dapat menyebabkan kematian dan dapat menyebabkan pengurangan jumlah sel-sel
darah merah sehingga terjadi kelainan hematologi yang biasa dan sering ditemukan
pada pasien kanker. Banyak pasien didiagnosis menderita anemia akibat berbagai
penyakit kronik, seperti kanker. (4)
Pegagan (Centella asiatica (L) Urban) adalah tamanan liar yang memiliki prospek
cukup bagus sebagai tanaman obat karena tidak terlalu banyak menimbulkan efek
samping dan juga langsung dicerna tubuh serta memiliki toksisitas yang rendah. (5)
Gotu cola atau pegagan (Centella asiatic (L) Urb.) di Tiongkok atau negara-negara
Asia Selatan lainnya digunakan sebagai pengobatan tradisional untuk menyembuhkan
berbagai penyakit. (6) Pegagan merupakan tanaman liar yang mudah ditemukan di
Indonesia dan telah lama digunakan sebagai obat herbal. Tanaman ini sering tumbuh
di pekarangan, perkebunan dan pinggir jalan. Berdasarkan penelitian sebelumnya,
pegagan memiliki banyak khasiat yang berkaitan dengan aktivitas antimikroba,
antioksidan, penyembuhan luka, antiinflamasi dan juga antikanker. (7)
Terdapat banyak komponen tanaman pegagan yang memiliki manfaat bagi tubuh,
diantaranya triterpenoid dan minyak essensial. Di dalam triterpenoid terdapat
kandungan Asiatic acid, madecassic acid, Asiaticoside dan Madecassoside. (8) Gula
Reduksi, Flavonoid, Tanin, Terpenoid, Steroid, Alkaloid, dan Saponin. (9)
Berdasarkan kasus leukemia diatas banyak dialami oleh anak dibawah umur 15
tahun. Saat ini di Indonesia penanganan terhadap kanker pada anak bisa dikatakan
sangat minim karena berdasarkan data terdapat 60 persen kanker pada anak.
Tanaman pegagan memiliki potensi untuk dijadikan sebagai anti-leukemia karena
banyak senyawa dari tanaman pegagan memiliki aktivitas terhadap antikanker.
Tujuan dari penelitian ini untuk membuktikan senyawa tanaman pegagan ini
memiliki aktivitas sebagai antileukemia menggunakan pengujian secara in sillico
menggunakan metode molecular docking.

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

2
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Metode

Alat
Alat yang digunakan merupakan Lenovo dengan spesifikasi Intel® CoreTM i7-
4500U CPU @ 1.80GHz (4 CPUs), ~2.4GHz, RAM (Random Access Memory) 8.00GB,
Windows 10 Home 64-bit Operating System yang dilengkapi akses internet untuk
menjalankan program aplikasi dan situs online yang digunakan meliputi Protein Data
Bank (PDB), KNApSACk, Pubchem, PASS-Online (Prediction of Activity Spectra for
Substances) Online, OpenMM, Google colab, Lipinski’s Rule of Five dan PreADMET,
aplikasi yang digunakan Discovery Studio Visualizer®, Autodock Tools®, Toxtree®,
Autodock vina® dan MarvinSketch Version 22.22®.
Bahan
Reseptor
Reseptor Leukemia yang digunakan pada penelitian meliputi (5D1J, 3PEI, 6GL8,
7AXR) yang terkompleks dengan ligan alami (native ligand) dengan mengunduh
struktur tiga dimensi melalui Protein Data Bank (PDB) kemudian disimpan ke dalam
format (.pdb). (10)
Senyawa Uji
Struktur senyawa aktif tanaman pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) yang akan diuji
terdapat 11 senyawa uji yang terdapat pada studi literatur yang terdaftar pada situs
online PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) yaitu senyawa Cadiyenol,
Castilliferol (Kaempferol 3-p-coumarate), Castillicetin, Castasterone, Asiaticoside D,
Asiaticoside F, Isoasiaticoside, Asiaticoside G, Centelloside E, chebuloside II,
Centelloside D dan 28 senyawa diambil dari situs KNApSAcK
(http://www.knapsackfamily.com/knapsack_core/result.php?sname=all&word=Centella
%20Asiatica) diantaranya ada senyawa Labiatenic acid, Beta-Caryophyllene, Asiatic
Acid, alpha-Caryophyllene, Kaempferol, Quersetin, 2alpha-Hydroxyursolic acid, 3-
Epimaslinic acid, Acetylursolic acid, Pomolic acid, Asiaticoside, Asiaticoside B,
Centellasaponin B, Centellasaponin C, Centellasaponin D, Madecassoside,
Isothankunic acid, Madasiatic acid, Madecassic acid, Asiaticin, 3-O-cis-
Caffeoylquercetin, Centellicin, Asiaticoside D, 3-O-cis-p-Coumaroylkaempferol,
Asiaticoside C, Asiaticoside E, Centellin, 1-Cyclohexyl-11-heneicosanone. Kemudian
diunduh semua senyawa dalam format (.SDF). (11,12)
Ligan Pembanding
Obat antileukemia secara oral yang digunakan sebagai ligan pembanding yaitu
Metotreksat dan Imatinib. (13,14)

Prosedur
Penelitian dilakukan dengan metode in silico menggunakan penambatan molekul
atau Molecular docking dan molecular dynamic (MD). Tahapan dalam penelitian
diawali dengan mengumpulkan senyawa aktif pegagan (Centella asiatica (L) Urb.)
pada situs database online KNApSAcK (http://www.knapsackfamily.com) dan study
literature, kemudian dicari IUPAC Name, Canonical SMILES, gambar 2D, dan gambar
3D pada situs PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) lalu diskrinning
menggunakan situs PASS (Prediction of Activity Spec-tra for Substances) Online
(http://way2drug.com/passonline/). Tahapan pertama pada studi Molecular docking
dilakukan preparasi makromolekul dari reseptor yang di unduh dari situs
(http://www.rscb.org.pdb) dalam format (.pdb) kemudian dipisahkan reseptor dan ligan

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

3
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

alami (native ligan) menjadi dua file yang terpisah dan simpan dalam format (.pdb)
menggunakan aplikasi Discovery Studio Visualizer®. Selain itu pada software Autodock
tools® ada penambahan muatan atom hidrogen, dan pengaturan grid box yang akan
digunakan dalam proses validasi docking (re-docking). Setelah selesainya persiapan
dan pengaturan grid box, validasi docking (re-docking) dilakukan menggunakan
software Autodock Vina®. Nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) degan parameter
kurang dari 2 Å.
Setelah validasi selesai, proses docking senyawa uji dapat dimulai dengan
mengunduh senyawa yang akan digunakan dari situs web PubChem. Setelah itu,
senyawa tersebut dioptimasi dan diprotonasi menggunakan MarvinSketch®, sehingga
ligan uji dihasilkan dalam format file (.mol2). Agar docking dapat berjalan, senyawa
dalam format (.mol2) harus dirubah ke dalam format (.pdbqt). Software Autodock Vina®
digunakan untuk docking secara langsung dalam satu kali running. Analisis dan
visualisasi nilai ∆G, yang menunjukkan afinitas ikatan dalam setiap posisi penambatan,
dilakukan dengan Discovery Studio Visualizer®. Senyawa uji dengan nilai afinitas (∆G)
terendah akan diuji ke tahap selanjutnya adalah simulasi molecular dynamic (MD)
pada GPU online dengan menggunakan software OpenMM yang dibantu oleh Google
Colab. Ini mencakup pembuatan ligan protein dan topologi, penambahan ion,
minimisasi energi, equailibrasi, simulasi produksi, dan akhirnya analisis RMSD dan
RMSF. Dalam penelitian ini, dilakukan prediksi fisikokimia menggunakan situs
(http://scfbio-iitd.res.in) menurut aturan Lipinski’s Rule of Five dengan parameter berat
molekul ≤500 g/mol, LogP ≤5, donor ikatan hidrogen ≤5 dan akseptor ikatan hidrogen
≤10. Setelah itu, dilakukan prediksi farmakokinetika pada situs PreADMET
(http://preadmet.bmdrc.org/) menggunakan parameter absorpsi Human Intestinal
Absorption (HIA) dan sel Human Colon adenocarcinoma (CaCO2) dengan melihat nilai
permeabilitas, untuk parameter distribusi dilihat nilai Plasma Protein Binding (PPB) dan
untuk metabolisme substrat CYP2D6. Selanjutnya diakukan prediksi toksisitas
menggunakan aplikasi Toxtree® untuk melihat sifat mutagenik dan karsinogenik dari
suatu senyawa uji berdasarkan batas paparan terhadap manusia.

Hasil
Tabel 1. Hasil dan Visualisasi Residu Asam amino Molecular Docking dengan kode
PDB 3PE1

Ligan ΔG Ikatan Interaksi Interaksi

(kkal/mol) Hidrogen Hidrofobik Lain

Pi-alkyl Pi-
Sigma

Imatinib -10.8 LYS68 VAL66 MET163

LYS49
VAL53
ILE95
HIS160
ILE174

Methotrexate -9.0 VAL116 VAL53 HIS160

ASP175 TYR50

SER51

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

4
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Castillicetin -10.8 TYR50 VAL53 LYS49

SER51 LEU178 ASP156

LYS158 HIS160

ARG191 ASP175

SER194

LYS68

Castilliferol -10.5 HIS160 MET163 LEU45

PHE113 VAL66 VAL174

VAL53

Quercetin -10.5 GLU114 VAL53 LEU45

VAL116 VAL66

ASN118 MET163

LYS68 ILE174

PHE113

3-O-cis-p- -10.2 ASP175 VAL66 VAL53 HIS160

Coumaroylkaempf
erol ILE95 ILE174

Kaempferol -10.5 ASP175 VAL66 ILE174

PHE113 VAL53

HIS160 LEU45

Gambar 1. Visualisasi residu asam amino dan interaksi ikatan kimia ligan pembanding
methotrexate terhadap reseptor 3PE1

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

5
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Tabel 2. Hasil dan Visualisasi Residu Asam amino Molecular Docking

dengan kode PDB 3PE1

Ligan ΔG Ikatan Ikatan Konvensional Interaksi

(kkal/mol) Hidroge Pi-alkyl Pi-sigma lain
n
Imatinib -9.0 ARG107 MET115 ASP103
ARG146 VAL148 TYR108
GLY145 ALA149 TYR202
PHE104
Methotrexate -8.0 GLY145 ALA149 PHE104
Castilliferol -9.0 ARG26 ARG106 VAL156
LYS22 VAL159
SER116 ARG109
Castillicetin -8.7 SER116 ARG106 VAL156
ARG109
GLU160
LYS22
SER105
ARG26
3-O-cis-p- -8.4 ARG26 ARG106 VAL156
Counmaroyka LYS22 VAL159
empferol SER105
ARG109
SER116
3-Epimaslinic -8.2 ARG26 ALA113 LYS22
acid GLU152 VAL156
ARG109

Gambar 2. Visualisasi residu asam amino dan interaksi ikatan kimia castilliferol
terhadap reseptor 6GL8

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

6
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Grafik RMSD Kompleks Ligand-Reseptor 3PE1

15ns
2.4

1.6
RMSF (Å)

0.8

0
0 2.5 5 7.5 10 12.5 15
Waktu (ns)

castillicetin native ligand

Gambar 3. Grafik Nilai RMSD sistem kompleks ligan-reseptor 3PE1

Grafik RMSD Kompleks Ligand-Reseptor 6GL8

15ns
2.7
2.4
2.1
1.8
RMSD Å

1.5
1.2
0.9
0.6
0.3
0
0 2.5 5 7.5 10 12.5 15

Waktu (ns)

castilliferol (senyawa uji) narive ligand

methotrexate (obat pembanding)

Gambar 4. Grafik Nilai RMSD sistem kompleks ligan-reseptor 3PE1

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

7
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Grafik RMSF Kompleks Ligand-Reseptor

3PE1 15ns
3.5

2.5
RMSF (Å)

1.5

0.5

0
GLY3 GLY34 VAL65 THR96 THR127 LYS158 ASN189 CYS220 THR251 GLU282 LEU313

Residu Asam Amino

castillicetin native ligand

Gambar 5. Grafik nilai RMSD ligan-reseptor 3PE1, ligan uji castillicetin.

Grafik RMSF Kompleks Ligand-Reseptor

6GL8 15ns
4.5
4
3.5
3
RMSF Å

2.5
2
1.5
1
0.5
0
GLY7 TYR21 ASP35 ASP102 SER116 PHE130 TRP144 CYS158 ASN172 HIS186 GLU200

Residu asam amino

castilliferol Native Ligand

methotrexate (obat pembanding)

Gambar 6. Grafik nilai RMSD ligan-reseptor 6GL8. ligan uji castillifero

Pembahasan
Prediksi Aktivitas Antivirus
Laman PASS Online (http://way2drug.com/passonline/predict.php) melakukan
prediksi aktivitas antileukemia. Tujuan dari prediksi ini adalah untuk melakukan skrining
awal senyawa aktif tanaman pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) yang memiliki

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

8
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

aktivitas antivirus. Setelah prediksi dilakukan, senyawa uji pegagan (Centella asiatica
(L) Urb.) menunjukkan sifat antileukemia. Jadi temuan ini menunjukkan bahwa ada
kemungkinan untuk antileukemia.
Nilai Pa dan Pi adalah parameter tambahan yang digunakan dalam prediksi
menggunakan PASS Online selain menentukan aktivitas antivirus terhadap senyawa
aktif. Nilai Probabilitas Activity (Pa) adalah nilai kemungkinan bahwa senyawa aktif,
sedangkan nilai Probabilitas inactivity (Pi) adalah nilai kemungkinan bahwa senyawa
tidak aktif.48 Parameter lain menunjukkan bahwa senyawa memiliki kemungkinan besar
menunjukkan aktivitas yang tinggi dan kemiripan dengan obat yang tinggi jika nilai Pa
lebih dari 0,7. Jika pa lebih dari 0.5 dan kurang dari 0.7, senyawa mungkin
menunjukkan aktivitas, tetapi kemungkinannya kecil. Sebaliknya, jika Pa kurang dari
0.5, senyawa mungkin tidak menunjukkan aktivitas sama sekali. Namun, jika aktivitas
senyawa terkonfirmasi pada suatu kondisi eksperimen, senyawa tersebut mungkin
merupakan entitas kimia baru. (15)
Menurut hasil prediksi antileukemia terhadap 39 senyawa dari tanaman
pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) 35 senyawa memiliki nilai Pa lebih besar dari Pi
dan memiliki aktivitas antileukemia, sedangkan 4 senyawa diantaranya tidak memiliki
aktivitas antileukemia. Terdapat 25 senyawa dengan nilai pa lebih dari 5 dan kurang
dari 7 yaitu Beta-Caryophyllene, Asiatic Acid, 2alpha-Hydroxy Ursolic acid, 3-
Epimaslinic acid, Acetylursolic acid, Pomolic acid, Asiaticoside, Asiaticoside B,
Centellasaponin B, Centellasaponin C, Centellasaponin D, Isothankunic acid,
Madasiatic acid, 3-O-cis-Caffeoylquercetin, Asiaticoside D, 3-O-cis-p-
Coumaroylkaempferol, Asiaticoside C, Asiaticoside E, Castilliferol, Castillicetin,
Asiaticoside D, Asiaticoside F, Isoasiaticoside, Asiaticoside G, dan Centelloside E.
sedangkan 5 senyawa dengan nilai Pa lebih dari 0,7 yaitu Centellasaponin B,
Madecassoside, Madecassic acid, chebuloside II, dan Centelloside D

Penambatan Molekuler (Molecular Docking)

Sebelum proses penambatan molekular dimulai, struktur 3D
reseptor/makromolekul diunduh dalam format (.PDB) ke laman Protein Data Bank
(PDB). Dengan memilih reseptor berdasarkan syarat tidak bermutasi, memiliki nilai
resolusi di bawah 2 Å, dan memiliki kompleks dengan ligan alami. Hasil uji in silico
tidak jauh berbeda dengan hasil uji in vitro atau in vivo karena nilai resolusi pemilihan
reseptor terkait dengan pergerakan reseptor dan makromolekul. Reseptor target yang
digunakan dalam penelitian ini adalah 3PE1 dan 6GL8
Makromolekul dengan kode PDB 3PE1 memiliki resolusi 1.60 Å dengan
kompleks ligan alami CX-4954. Makromolekul kedua dengan kode PDB 6GL8 memiliki
resolusi 1.40 Å dengan kompleks ligan alami S55746.
Untuk mendapatkan hasil docking terbaik, dilakukan preparasi pada software
Discovery Studio Visualizer® dan Autodock tools® digunakan untuk mempersiapkan
kelima struktur 3D makromolekul. Untuk menjaga proses docking tidak terganggu,
reseptor dipisahkan dari ligan alaminya, dibersihkan dari residu, dan molekul air pada
software Discovery Studio Visualizer®. Selanjutnya, untuk memaksimalkan interaksi
ligan dengan reseptor, muatan gasteiger ditambahkan pada ligan dan atom hidrogen
ditambahkan. Tujuan dari penambahan muatan kollman dan atom hidrogen polar pada
reseptor adalah untuk mencapai struktur yang ideal karena energi potensial
elektrostatik yang ada pada residu asam amino, yang memungkinkan penghitungan
proses docking yang akurat.
Menambatkan kembali reseptor dengan ligan alami yang telah dipisahkan
sebelumnya pada tahap preparasi memungkinkan validasi metode. Tujuan dari
tahapan validasi adalah untuk memastikan bahwa metode yang digunakan telah
memenuhi persyaratan. Nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) harus kurang dari

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

9
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

2Å untuk validasi metode docking. Ada kemungkinan bahwa konformasi hasil docking
ligan dengan ligan alami memiliki struktur dan atom yang sama dan sejajar. Oleh
karena itu, nilai RMSD yang lebih rendah menunjukkan bahwa ada lebih sedikit
penyimpangan dan lebih sedikit kesalahan prediksi interaksi antara ligan dengan
protein.
Sebelum validasi dimulai, pengaturan grid box dilakukan untuk menyediakan
ruang pencarian ligan terhadap sisi aktif reseptor. Pengaturan ini didasarkan pada
pusat grid x, y, dan z. Selain itu, dibuat file konfigurasi yang berisi parameter proses
docking, yang mencakup nilai exhaustiveness dan jumlah mode. Exhaustiveness
adalah parameter yang mempengaruhi keakuratan dan ketelitian proses docking, dan
nilainya berkisar antara 8-64. Nilai exhaustiveness yang lebih tinggi akan berdampak
pada jumlah waktu yang dibutuhkan untuk docking. Selain itu, jumlah mode diatur
untuk menentukan jumlah konformasi per operasi, yaitu 10. File konfigurasi dibuat
untuk memungkinkan proses docking Autodock Vina® berjalan dan dibaca oleh
command prompt.
Dalam makromolekul 3PE1, volume kotak 40x40x40 diatur dengan jarak 0,375,
dan posisi pusat grid x = 29.679, y = 1.546, dan z = 1.893. Sedangkan pada
makromolekul 6GL8, volume kotak 40x40x40 diatur dengan jarak 0,375, dan posisi
pusat grid x = 17.189, y = 2.647, dan z = 15.648 kemudian disimpan dalam format
grid.txt. Setelah semua file yang diperlukan telah siap, dapat memulai proses validasi
dengan mengetikkan perintah "vina.exe --config conf.txt" lalu menekan enter. Dengan
demikian, sistem pada command prompt akan secara otomatis melakukan running
sesuai dengan parameter yang tersimpan dalam file config.txt. Output dari proses
validasi tersimpan dengan nama file hasil.pdbqt, masing-masing tersimpan dalam
folder khusus untuk masing-masing reseptor.
Hasil validasi menggunakan autodock vina menunjukkan bahwa output akhir
yang tersimpan memuat nilai energi bebas gibbs (ΔG) dan nilai RMSD. Namun, nilai
RMSD tersebut tidak dapat dianggap sebagai nilai tetap, sehingga diperlukan langkah
tambahan untuk memeriksa nilai RMSD yang sebenarnya sebagai parameter proses
validasi. RMSD (Root Mean Square Deviation) diperoleh dengan menghitung jarak
penyimpangan pada posisi overlay (tumpang tindih) antara ligan sebelum dan sesudah
redocking. Nilai RMSD kurang dari 2Å dan posisi tumpang tindih ligan hasil redocking
dan sebelum redocking semakin mirip menunjukkan bahwa metode yang digunakan
semakin valid. Software Discovery Studio Visualizer® digunakan untuk melakukan
analisis nilai RMSD dalam penelitian ini. Ligan sebelum re-docking dimasukkan dalam
format (.pdbqt), serta ligan hasil re-docking konformasi terbaik dalam format (.pdbqt).
Hasil validasi terhadap dua makromolekul menunjukkan bahwa metode itu valid
karena nilai RMSD memenuhi syarat dalam parameter validasi, yaitu <2Å.
Makromolekul dengan kode PDB 3PE1 memiliki nilai RMSD 0.5172 Å dan nilai ΔG -
11.2 kkal/mol dan makromolekul dengan kode PDB 6GL8 memiliki nilai RMSD 0,3603
Å dan nilai ΔG -11.9 kkal/mol. Visualisasi posisi tumpang tindih ligan akan dipengaruhi
oleh nilai RMSD yang lebih rendah. Native ligan masing-masing reseptor tidak
menunjukkan perubahan posisi yang signifikan baik sebelum maupun sesudah
redocking, yang menunjukkan bahwa interaksi protein dengan native ligan sangat
stabil dan cenderung mempertahankan posisi strukturnya. (16)
Analisis interaksi ikatan kimia, serta visualisasi residu asam amino, dilakukan
bersama dengan analisis nilai ΔG dan RMSD pada hasil validasi redocking kedua
makromolekul. Semua ini dilakukan dengan menggunakan software Discovery Studio
Visualizer®. Pada penambatan ligan alami CX-4954 dengan reseptor 3PE1
menghasilkan interaksi ikatan kimia dan residu asam amino berupa salt bridge
(LYS68), ikatan hidrogen konvensional (VAL116, ASP175), ikatan hidrogen karbon

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

10
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

(GLU114), Pi-alkyl (LEU45, VAL53, ILE95) yang merupakan interaksi hidrofobik, Pi-Pi
Stacked (HIS160), Pi-sigma (VAL6), Pi-anion (PHE113), dan Pi-sulfur (MET163).
Penambatan ligan alami S55746 pada protein 6GL8 menghasilkan interaksi
ikatan kimia dan residu asam amino berupa ikatan hidrogen konvensional (ALA149,
PHE153), ikatan hidrogen karbon (ASP111), yang merupakan interaksi hidrofobik, Pi-
sigma (LEU137), Pi-alkyl (TY108, LEU119, VAL133) dan Pi-sulfur (MET115).
Berdasarkan penelitian sebelumnya pada kode PDB 3PE1 disebutkan bahwa
beberapa jenis residu asam amino yang dapat berinteraksi sebagai lokasi aktif
pengikatan juga disebut sebagai residu esensial, diantaranya Lys68, Asp175, Trp176,
Val116, His160, dan Asn118. Bagian Benzo Naphthyridine menempati inti hidrofobik
dari situs aktif casein kinase-2, dan interaksi antara LYS68, Val116 dan Asp175 adalah
residu penting untuk aktivitas penghambatan kasein kinase. (17,18) Dengan demikian,
hasil validasi dari reseptor 3PE1 menunjukkan bahwa analisis visualisasi interaksi
ikatan kimia dan residu asam amino memiliki interaksi yang sama yaitu Lys68, Asp175,
His160, Val116.
Setelah proses validasi selesai dan metode dinyatakan valid, langkah
selanjutnya adalah penambatan molekul, atau molecular docking, dari 38 senyawa
aktif tanaman Pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) dan ligan pembanding
menggunakan autodock vina. Ligan uji dan ligan pembanding dipersiapkan dalam dua
tahap, yaitu minimasi energi dan protonasi pada pH 7,4. (19,20) Dengan minimalisasi
energi, susunan struktur dimudahkan dan stabil selama proses penambatan molekul,
penambahan hidrogen, dan transformasi struktur dari dua dimensi menjadi tiga
dimensi. Dalam penelitian ini, medan gaya MMF94 (medan kekuatan molekuler 94)
digunakan. Berdasarkan hasil dari penelitian yang dilakukan oleh Jasz dkk. pada tahun
2017, diketahui bahwa medan gaya MMF94 dapat digunakan untuk menghitung energi
potensial serta parameter tambahan seperti regangan ikatan, sudut lekukan, gaya
torsi, molekul, interaksi van der Waals, dan elektrostatik. Dengan demikian, dapat
meningkatkan performa dan hasil penambatan molekular. (19) Sedangkan proses
protonasi dilakukan pada pH 7,4 untuk menghasilkan struktur senyawa yang sesuai
dengan pH darah, proses docking akan berlangsung sesuai dengan konfigurasi dan
ukuran kotak grid yang digunakan selama proses validasi. (20) Output proses docking
akan secara otomatis disimpan dalam file lig yang disesuaikan dengan nama ligan uji
dalam format (.pdbqt). File ini kemudian dianalisis terkait dengan nilai ΔG, interaksi
ikatan kimia yang terjadi, dan visualisasi residu asam amino yang dihasilkan dengan
menggunakan software Discovery Studio Visualizer®.
Nilai ΔG (energi bebas gibbs) dinilai untuk mengetahui kestabilan dan
spontanitas yang terjadi dalam interaksi ligan dengan reseptor. Apabila nilai ΔG yang
dihasilkan negative (minus), reaksi dianggap stabil. Nilai ΔG juga harus berbanding
lurus dengan afinitas pengikatan antara ligan dan reseptor. Nilai afinitas pengikatan
yang terbentuk berkorelasi negatif dengan nilai ΔG. Ini meningkatkan kemungkinan
senyawa untuk berinteraksi dengan protein target karena senyawa membutuhkan
energi yang lebih sedikit untuk berinteraksi dan berikatan dengan reseptor. Parameter
docking yang menunjukkan seberapa baik suatu senyawa dapat menginhibisi suatu
reseptor dikenal sebagai ikatan kimia. Ikatan hidrogen bertanggung jawab atas afinitas
molekul dengan protein target yang akan membentuk interaksi elektrostatik (donor dan
akseptor hidrogen). (21) Selain ikatan hidrogen, jenis interaksi hidrofobik dan van der
waals sangat penting untuk stabilitas ikatan karena menghindari lingkungan cair dan
cenderung membentuk kelompok di dalam struktur globul protein. Interaksi van der
waals, di sisi lain, adalah gaya tarik menarik medan listrik yang lemah karena
terinduksi atau kepolaran molekul permanen. Selain ikatan hidrogen, jenis interaksi
hidrofobik dan van der waals sangat penting untuk stabilitas ikatan karena menghindari
lingkungan cair dan cenderung membentuk kelompok di dalam struktur globul protein.

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

11
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Interaksi van der waals, di sisi lain, adalah gaya tarik menarik medan listrik yang lemah
karena terinduksi atau kepolaran molekul permanen. (22)
Hasil penambatan molekul (molecular docking) menunjukkan nilai ΔG negatif
pada 38 ligan uji dan ligan pembanding terhadap reseptor 3PE1. Ini menunjukkan
bahwa simulasi penambatan molekul berjalan secara stabil dan spontan. Nilai ΔG
sebesar –10.8 kkal/mol dan interaksi ikatan kimia Pi-alkyl (LYS68, LYS49, ILE95,
HIS160, ILE174), ikatan Pi-sulfur (MET163), ikatan Pi-Pi Stacked (PHE113) dan ikatan
Pi-sigma (VAL66, VAL53) dihasilkan oleh penambatan reseptor 3PE1 dengan ligan
pembanding imatinib.
Pada penambatan molekul reseptor 3PE1 terhadap 38 senyawa aktif pegagan
(Centella asiatica (L) Urb.) tidak ada yang lebih rendah dibanding ligan alami dan ligan
pembanding imatinib namun ada yang lebih rendah dibanding ligan pembanding
methotrexate yaitu senyawa aktif castillicetin, castilliferol, quercetin, kaempferol, dan 3-
O-cis-p-Coumaroyl Kaempferol. Senyawa castillicetin menghasilkan nilai ΔG sebesar -
10.8 kkal/mol dengan interaksi yang menghasilkan ikatan asam amino, seperti lima
ikatan hidrogen konvensional (TYR50, SER51, LYS158, ARG191, SER194), ikatan
karbon hidrogen (LYS68), ikatan Pi-anion (ASP156, ASP175), Pi-cation (LYS49,
HIS160) dan interaksi seperti ikatan Pi-alkyl (VAL53, LEU178) dan ikatan Pi-Pi T-
shaped (TYR50). Hasil penelitian menunjukkan bahwa asam amino ligan uji terhadap
reseptor 3PE1 menunjukkan tidak ada ikatan asam amino yang sama dengan ligan
alami maupun ligan pembanding yang menunjukkan bahwa senyawa tidak memiliki
potensi.
Menurut hasil penambatan ligan pembanding pertama (Imatinib) dengan
reseptor 6GL8, nilai ΔG sebesar -9.0 kkal/mol dihasilkan oleh ikatan kimia dan residu
asam amino yang dihasilkan. Ikatan hidrogen konvensional (ARG106, ARG146), Ikatan
karbon hidrogen (GLY145), Pi-Pi T-shaped (PHE104), Pi-Pi Stacked (TYR108,
TYR202, PHE104) dan ikatan Pi-alkyl (MET115, VAL148, ALA149).
Pada hasil penambatan reseptor 6GL8 terhadap 38 ligan uji dari senyawa aktif
pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) tidak ada senyawa uji yang lebih rendah dibanding
ligan alami dan ligan pembanding imatinib namun terdapat 10 liga uji yang lebih rendah
dibanding ligan uji methotrexate. Senyawa uji pertama dengan nilai ΔG terendah yaitu
castilliferol sebesar -9.0 kkal/mol. Banyak jenis ikatan dan interaksi yang terbentuk
dalam analisis visualisasi interaksi ikatan kimia dan residu asam amino, seperti ikatan
hidrogen konvensional (ARG26, LYS22, SER116), ikatan Pi-alkil (ARG106, ARG109,
VAL159), dan ikatan Pi-sigma (VAL156). Berdasarkan ikatan asam amino ligan uji
terhadap reseptor 6GL8 menunjukkan tidak ada ikatan asam amino yang sama dengan
ligan alami maupun ligan pembanding yang menunjukkan bahwa senyawa tidak
memiliki potensi.
Hasil Simulasi Molecular Dynamic
Simulasi molekuler yang dikenal sebagai Molecular Dynamic (MD) bertujuan
untuk mengamati kestabilan antara interaksi protein dengan ligan dalam kondisi yang
dibuat semirip dengan karakteristik fisiologis tubuh manusia dalam jangka waktu
tertentu. Simulasi molecular dinamis dilakukan dalam penelitian ini menggunakan
OpenMM toolkit, yang dibantu oleh Google colab untuk menjalankan perintah dan
script.
Sebelum simulasi dinamika molekul dilakukan pembuatan topologi dengan
menambahkan medan gaya GAFF2 (General Amber Force Field 2) untuk protein dan
ff19SB untuk ligan. Proses dinamika molekul dimulai dengan tahap solvasi, di mana
kompleks protein-ligan dilarutkan pada air dengan tipe TIP3P dengan bentuk box
cubic. Selanjutnya, tahap netralisasi, di mana kontra-ion (ion Na+ dan Cl-)
ditambahkan sebanyak 0,15 untuk membuat sistem netral. Tahap berikutnya adalah
minimisasi, tujuan dari proses ini adalah untuk mencegah bentrokan antar atom

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

12
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

selama proses penambahan dan pemutusan ikatan hidrogen. (23) Setelah minimisasi,
tahap ekuilibrasi adalah tahap keempat. Pada tahap ini, sistem dibuat dengan keadaan
konstan seperti temperatur, volume, dan tekanan. Tahap produksi adalah tahap
terakhir, di mana simulasi dinamika molekul dimulai. Pada penelitian ini, simulasi
molecular dynamic dilakukan selama 15 ns atau 150.000 ps, dan pada suhu 310°K.
Grafik dari hasil simulasi molecular dynamic yaitu RMSD (Root Mean Square
Deviation) dan RMSF (Root Mean Square Fluctuation), kemudian akan dianalisis.
Sebuah ukuran yang disebut RMSD (Root Mean Square Deviation) digunakan
untuk membandingkan perubahan atau pergerakan konformasi molekul. Analisis
RMSD dilakukan dengan tujuan untuk memastikan stabilitas struktur kompleks protein-
ligan dan untuk menunjukkan seberapa banyak perubahan yang terjadi pada kompleks
protein-ligan sampai akhir simulasi. Nilai RMSD dianggap stabil jika tidak ada fluktuasi
yang terlalu tajam atau terlalu besar hingga 0,2 nm (2Å). (23)
Selama simulasi molekular dinamik dengan waktu 15 ns, grafik V.22
menunjukkan fluktuasi RMSD rata-rata dari kompleks ligan-reseptor kode 3PE1. Untuk
ligan alami yang diperoleh, nilai fluktuasi RMSD adalah 1,6 Å dengan rentang
minimum-maksimum (0,84-2,15 Å), sedangkan senyawa uji pada gambar V.22 (a)
memiliki rata-rata RMSD 1,4 Å rentang minimum-maksimum (0,65-1,8 Å) pada gambar
V.22 (b) menunjukkan nilai RMSD 1,65 Å dengan nilai minimum-maximum (0,69-2,4 Å)
kemudian pada gambar V.22 (c) menunjukkan nilai RMSD 1,58 Å dengan nilai
minimum-maximum (0,68-2,26 Å) kemudian pada gambar V.22 dan pada gambar
V.22 (d) menunjukkan nilai RMSD 1,88 Å dengan nilai minimum-maximum (0,64-2,35
Å).
Hasilnya menunjukkan bahwa senyawa uji castillicetin, merupakan senyawa
yang paling stabil setelah proses molecular dynamic dibandingkan ligan alami. Ini
karena senyawa memiliki nilai rata-rata fluktuasi RMSD terkecil, yang menunjukkan
kemampuan protein untuk mempertahankan. posisinya ketika kompleks ligan-reseptor
mencapai konformasi maksimal saat terikat dengan ligan. RMSD tertinggi pada ligan
alami sekitar 2,1 Å sedangkan pada senyawa uji castillicetin nilai tertingginya pada 1,8
Å dan memiliki kestabilan pada rentang waktu ±1-6,75 ns. Peningkatan RMSD lebih
dari 2 Å menunjukkan adanya ikatan dari protein yang terlepas, yang memungkinkan
denaturasi protein. Sebaliknya, jika ada peningkatan RMSD dibawah 2 Å menunjukkan
bahwa senyawa struktur protein mulai terbuka dan ligan mulai mencari sisi ikatan atau
koordinat yang sesuai. Nilai RMSD yang mulai stabil menunjukkan bahwa residu pada
protein berinteraksi dengan ligan, yang memungkinkan protein untuk mempertahankan
strukturnya. Berdasarkan analisis tersebut dapat dikatakan bahwa senyawa uji
castillicetin lebih stabil karena fluktuasi nya tidak lebih dari 2 Å berbanding dengan
ligan alami yang memiliki nilai maximum melebihi 2 Å menandakan adanya ikatan yang
terlepas. Namun, untuk menunjukkan bahwa hasilnya lebih akurat dan komprehensif,
pengkajian tambahan dan waktu simulasi yang lebih lama diperlukan.
Selama simulasi molekular dinamik dengan waktu 15 ns, grafik V.22
menunjukkan fluktuasi RMSD rata-rata dari kompleks ligan-reseptor kode 6GL8. Untuk
ligan alami yang diperoleh, nilai fluktuasi RMSD adalah 1,38 Å dengan rentang
minimum-maksimum (0,67-1,97 Å) dan pada ligan pembanding methotrexate nilai
fluktuasi RMSD adalah 1,38 Å dengan rentang minimum-maksimum (0,66-1,84 Å),
sedangkan senyawa uji pada gambar V.22 (a) memiliki rata-rata RMSD 1,79 Å rentang
minimum-maksimum (0.60-2.59 Å) pada gambar V.22 (b) menunjukkan nilai RMSD
1,36 Å dengan nilai minimum-maximum (0,63-1,94 Å) kemudian pada gambar V.22 (c)
menunjukkan nilai RMSD 1,57 Å dengan nilai minimum-maximum (0,63-2,13 Å)
kemudian pada gambar V.22 dan pada gambar V.22 (d) menunjukkan nilai RMSD
1,41 Å dengan nilai minimum-maximum (0,66-1,97 Å).

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

13
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

Menurut hasil analisis dari keempat senyawa uji terhadap reseptor 6GL8, ketiga
senyawa uji diantaranya castilliferol, 3-O-cis-p-Coumaroylkaempferol, 3 – Epimaslinic
acid menghasilkan RMSD lebih dari 2 Å dan grafik yang cenderung berubah-ubah
sampai akhir simulasi. Ini menunjukkan bahwa senyawa uji memiliki kestabilan yang
kurang dibandingkan dengan ligan alami dan pembandingnya. Sedangkan senyawa uji
castillicetin memiliki Untuk mendapatkan hasil yang lebih akurat dan komprehensif,
perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dan simulasi molecular dinamis yang
berlangsung lebih lama. Sedangkan senyawa uji castillicetin, merupakan senyawa
yang paling stabil setelah proses molecular dynamic dibandingkan ligan alami. Ini
karena senyawa memiliki nilai rata-rata fluktuasi RMSD terkecil, yang menunjukkan
kemampuan protein untuk mempertahankan. posisinya ketika kompleks ligan-reseptor
mencapai konformasi maksimal saat terikat dengan ligan. RMSD tertinggi pada ligan
alami sekitar 1,96 Å dan pada ligan pembanding 1,8 sedangkan pada senyawa uji
castillicetin nilai tertingginya pada 1,94 Å.
Peningkatan RMSD pada senyawa uji lebih dari 2 Å menunjukkan adanya
ikatan dari protein yang terlepas, yang memungkinkan denaturasi protein. Sebaliknya,
jika ada peningkatan RMSD dibawah 2 Å menunjukkan bahwa senyawa struktur
protein mulai terbuka dan ligan mulai mencari sisi ikatan atau koordinat yang sesuai.
Nilai RMSD yang mulai stabil menunjukkan bahwa residu pada protein berinteraksi
dengan ligan, yang memungkinkan protein untuk mempertahankan strukturnya.
Namun, untuk menunjukkan bahwa hasilnya lebih akurat dan komprehensif,
pengkajian tambahan dan waktu simulasi yang lebih lama diperlukan.
Nilai RMSF (Root Mean Square Fluctuation) yang merupakan ukuran deviasi
antara posisi partikel dan beberapa posisi referensi, adalah nilai tambahan yang dapat
diamati dari hasil dinamika molecular selain nilai RMSD. RMSF dihitung terhadap
residu asam amino penyusun protein untuk mengetahui bagaimana pergerakan residu
asam amino berubah selama simulasi berlangsung. Karena atom-atom penyusun
residu asam amino cenderung tidak banyak berubah posisi selama simulasi dinamika
molekul, fleksibilitas residu asam amino yang rendah menunjukkan kestabilan interaksi
pada daerah sisi aktif yang berikatan dengan senyawa uji. Atom-atom penyusun residu
asam amino juga dapat dianggap berperan aktif dalam situs di mana ligan diikat
dengan reseptor.56
Berdasarkan gambar V.24 yang memperlihatkan hasil RMSF dari sistem
kompleks ligan-reseptor 3PE1 pada ligan alami terjadinya fluktuasi yang tinggi pada
asam amino GLY3, PRO4, LYS49, VAL105, LYS122, VAL328, dan LYS329. Pada
senyawa uji castillicetin gambar V.22 (a) fluktuasi tinggi terjadi pada asam amino
GLY3, PRO4, LYS49, VAL105, GLY185, ARG268, PHE269, ASN270, VAL328, dan
LYS329. Pada senyawa uji castilliferol gambar V.22 (b) fluktuasi tinggi terjadi pada
asam amino GLY3, PRO4, GLU32, LYS49, ASN61, VAL73, VAL105, LYS122,
GLY185, PRO267, ASP271, GLU288 dan LYS329. Pada senyawa uji kaempferol
gambar V.22 (c) fluktuasi tinggi terjadi pada asam amino GLY3, GLU32, LYS49,
ASN61, PRO72, VAL105, LYS122, HIS168, GLY185, GLN207, LYS229, PRO267,
ARG267, THR326 dan LYS329. Pada senyawa uji quercetinn gambar V.22 (d)
fluktuasi tinggi terjadi pada asam amino GLY3, LYS49, ASN61, PRO72, VAL105,
LYS122, GLN126, GLY185, HIS236, LYS229, PRO267, GLU282 dan LYS329. Selama
proses molecular dynamic, atom-atom penyusun residu asam amino cenderung
mengalami banyak perubahan posisi. Ini karena fluktuasi tinggi pada residu asam
amino menunjukkan bahwa residu ini bukan merupakan sisi aktif pengikatan ligan-
reseptor dan tidak stabil.
Berdasarkan gambar V.24 yang memperlihatkan hasil RMSF dari sistem
kompleks ligan-reseptor 6GL8 pada ligan alami terjadinya fluktuasi yang tinggi pada
asam amino GLY7, GLY27, TYR28, TRP30, ALA32, PHE112, VAL142, MET166 dan

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

14
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

GLY203 sedangkan pada ligan pembanding methotrexate terjadi fluktuasi tinggi pada
asam amino GLY7, ALA34, GLY34, ARG110, GLU114, GLN118, PHE124, GLY141,
SER167, dan GLY203. Pada senyawa uji castilliferol gambar V.22 (a) fluktuasi tinggi
terjadi pada asam amino GLY7, GLY27, GLY33, GLU48, ASP111, SER116, GLY141,
GLU165 dan GLY203. Pada senyawa uji castillicetin gambar V.22 (b) fluktuasi tinggi
terjadi pada asam amino GLY7, ALA34, GLU114, GLN118, GLN141 dan LYS329.
Pada senyawa uji kaempferol gambar V.22 (c) fluktuasi tinggi terjadi pada asam GLY7,
GLY27, GLY33, ASP111, GLU114, GLN118, PHE124, GLU136, ASP140, GLY141,
GLU165, ARG183, THR184 dan GLY203. Pada senyawa uji quercetin gambar V.22 (d)
fluktuasi tinggi terjadi pada asam amino GLY7, ALA34, ASP111, GLN118, PHE124,
ASP140, dan GLY203. Selama proses molecular dynamic, atom-atom penyusun residu
asam amino cenderung mengalami banyak perubahan posisi. Ini karena fluktuasi tinggi
pada residu asam amino menunjukkan bahwa residu ini bukan merupakan sisi aktif
pengikatan ligan-reseptor dan tidak stabil.

Prediksi Druglikeness
Situs web Lipinski's Rule of Five (http://www.scfbio-
iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp) digunakan untuk membuat prediksi tentang
kemiripan sifat senyawa uji dengan obat. Parameter fisikokimia senyawa yang
digunakan secara oral digunakan untuk membuat prediksi ini. Nilai bobot molekul
senyawa kurang dari 500 g/mol, nilai log p kurang dari 5 dan nilai donor ikatan
hidrogen kurang dari 5. (24)
Berat molekul mempengaruhi kemampuan senyawa untuk berdifusi melalui
membrane sel. Molekul dengan berat lebih dari 500 Da akan sangat sulit untuk
berdifusi melalui membrane sel, menyebabkan sulit berikatan dengan reseptor.
Koefisien kelarutan senyawa dalam lemak/air ditunjukkan oleh nilai log P, yang
berkisar dari -0,4 hingga 5; nilai log P yang lebih tinggi menunjukkan bahwa senyawa
lebih hidrofobik. Karena akan tetap berada pada lapisan lipid bilayer lebih lama dan
tersebar lebih luas di dalam tubuh, senyawa yang terlalu hidrofobik cenderung memiliki
tingkat toksisitas yang tinggi, sehingga mengurangi selektivitas untuk mengikat enzim
target. Namun, nilai log P yang terlalu kecil juga tidak dibenarkan karena akan
mencegah senyawa tersebut melewati membran lipid bilayer. (25)
Jumlah donor dan akseptor ikatan hidrogen berkaitan dengan energi yang
dibutuhkan untuk proses absorbsi. Semakin tinggi kapasitas ikatan hidrogen
menggambarkan semakin tinggi energi yang dibutuhkan agar proses absorpsi dapat
terjadi. Menurut aturan lima Lipinski, tidak ada donor ikatan hidrogen lebih dari lima
dan tidak ada akseptor ikatan hidrogen lebih dari sepuluh. Aturan Lipinski biasanya
menjelaskan kemampuan suatu bahan untuk menembus membran sel melalui difusi
pasif. (23)
Menurut hasil prediksi druglikeness terhadap native ligan, ligan pembanding,
dan 38 senyawa aktif tanaman pegagan (Centella asiatica (L) Urb.), kedua native ligan
memenuhi persyaratan. Sedangkan 30 senyawa tanaman pegagan (Centella asiatica
(L) memenuhi persyaratan, dan 9 senyawa tidak memenuhi persyaratan lima peraturan
Lipinski.

Prediksi Farmakokinetik
Dengan menggunakan situs web PreADMET (http://preadmet.bmdrc.org/),
dilakukan pengujian untuk memprediksi profil farmakokinetika penelitian yang
mencakup absorbsi, distribusi, dan metabolisme senyawa uji.
Pada prediksi absorbsi, dua parameter digunakan: nilai permeabilitas sel Caco2
dan gambaran pemodelan in vitro untuk memprediksi kemampuan transportasi obat
melalui epitel intestinal yang berasal dari adenokarsinoma. Permeabilitas senyawa

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

15
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

yang ideal adalah sedang (4-70 nm/sec) karena menunjukkan bahwa senyawa tidak
terlalu lipofilik atau hidrofilik. Permeabilitas tinggi (lebih dari 70 nm/s) menunjukkan
bahwa senyawa bersifat lipofilik, sedangkan permeabilitas rendah (kurang dari 4 nm/s)
menunjukkan bahwa senyawa bersifat hidrofilik.42 Berdasarkan hasil penelitian, 38
senyawa aktif pegagan (Centella asiatica (L) Urb.) memiliki permeabilitas yang sedang,
berkisar dari 4-70%, dan 1 senyawa lainnya memiliki permeabilitas yang rendah, yaitu
kurang dari 4%. Permeabilitas pada ligan pembanding dan ligan alami secara
keseluruhan adalah sedang. Karena sifatnya yang tidak terlalu hidrofilik atau lipofilik,
senyawa dengan permeabilitas yang sedang dapat dengan mudah menembus lipid
dua lapisan yang bersifat semipermeabel. (26)
Human Intestinal Absorption (HIA) adalah parameter kedua yang digunakan
untuk memprediksi seberapa banyak senyawa yang diabsorpsi pada saluran cerna.
Nilai HIA yang rendah (kurang dari 20%) menunjukkan bahwa senyawa kurang
terabsorbsi, nilai HIA antara 20 dan 70 persen menunjukkan bahwa senyawa cukup
terabsorbsi, dan nilai HIA yang lebih dari 70 persen menunjukkan bahwa senyawa
sangat terabsorbsi. Semakin tinggi nilai HIA maka senyawa memiliki potensi
penyerapan yang baik. Berdasarkan hasil prediksi dari 39 senyawa aktif pegagan
(Centella asiatica (L) Urb.) terdapat 20 senyawa dengan nilai HIA > 70% yang
menandakan senyawa tersebut diprediksi dapat diabsorpsi dengan baik. Pada kedua
ligan alami dan ligan pembanding imatinib memiliki nilai HIA yang baik, sedangkan
pada ligan pembanding methotrexate memiliki nilai absorbsi yang cukup (20-70%).
Profil farmakokinetik yang ketiga yaitu nilai PPB (Protein Plasma Binding),
adalah parameter yang digunakan untuk memprediksi kemampuan distribusi suatu
senyawa berdasarkan keterikatan senyawa dengan protein plasma. Obat yang dapat
terdistribusi menuju target kerjanya adalah obat yang bebas atau tidak berikatan
dengan protein plasma. Sebaliknya, senyawa yang memiliki nilai PPB lebih dari 90%
dianggap terikat kuat dengan protein plasma. Nilai PPB yang diharapkan adalah
kurang dari 90% karena menunjukkan bahwa senyawa dengan ikatan protein plasma
yang lemah akan lebih mudah masuk ke membrane sel dan menuju target kerja. (23)
Berdasarkan analisis terhadap senyawa aktif pegagan (Centella asiatica (L)
Urb.) terdapat 22 senyawa dari 39 senyawa yang terikat lemah dengan protein plasma
karena memiliki persentase PPB sebesar <90% yang menandakan senyawa terikat
lemah.
Profil farmakokinetika metabolisme menjadi fokus prediksi berikutnya.
Parameter yang digunakan untuk memprediksi adalah sifat senyawa sebagai inhibitor
atau non inhibitor substrate CYP2D6. CYP2D6 adalah enzim yang tersebar luas di
berbagai jaringan, dengan konsentrasi tertingginya ditemukan pada organ hati. Peran
CYP2D6 yaitu memediasi metabolisme senyawa antidepresan selective serotonin
reuptake inhibitor. Hasil prediksi metabolisme dari 39 senyawa aktif pegagan (Centella
asiatica (L) Urb.), ligan pembanding methotrexate nib, dan juga ligan alami bersifat non
inhibitor terhadap substrat CYP2D6 sedangkan pada ligan pembanding imatinib
bersifat inhibitor. Sehingga jika senyawa non-inhibitor digunakan bersamaan dengan
obat SSRI, risiko interaksi obat akan lebih rendah.

Prediksi Toksisitas
Prediksi toksisitas dilakukan untuk memperkirakan sifat keamanan senyawa
dengan memprediksi sifat toksiknya. Proses penelitian ini dilakukan dengan
menggunakan aplikasi Toxtree 3.1.0®, yang melakukan pengujian toxicity,
carcinogenicity, dan Kroes TTC decision tree.
Metode prediksi ames toxicity bergantung pada pengujian in vitro terhadap
bakteri S. typhonium untuk menentukan mutagenitas senyawa uji. Pengujian kedua
menggunakan metode benigni borsa rulebass. Tujuan dari metode ini adalah untuk

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

16
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

memprediksi sifat karsinogenik dan mutagenik berdasarkan struktur genotoksik dan

non genotoksik. Hasil yang menunjukkan positif dari kedua metode menunjukkan
bahwa senyawa yang diprediksi bersifat mutagen dan bersifat karsinogenik.
Karsinogenik genotoksik dan non-karsinogenik memprediksi senyawa yang mampu
menyebabkan perubahan DNA yang menyebabkan kerusakan genetik.
Untuk memprediksi toksisitas, kroes TTC decision tree menghitung ambang
batas paparan senyawa pada manusia. Hasilnya menunjukkan kemungkinan tingkat
risiko pemaparapan. Hasil penelitian dari 38 senyawa aktif pegagan (Centella asiatica
(L) Urb.) menunjukkan tidak berisiko paparan terhadap manusia, kemudian pada
prediksi karsinogenik genotoxic dan non genotoxic menunjukkan semuanya senyawa
negatif. Selain itu, berdasarkan uji ames toxicity terhadap bakteri S. typhonium, tiga
senyawa diduga memiliki sifat mutagen yaitu quercetin, 3-O-cis-Caffeoyquercetin, dan
castasterone.

Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan dari proses
prediksi aktivitas antileukemia pada 39 senyawa aktif tanaman pegagan (Centella
asiatica (L) Urb.) Terdapat 25 senyawa dengan nilai pa lebih dari 5 dan kurang dari 7,
sedangkan 5 senyawa dengan nilai Pa lebih dari 0,7. Pada simulasi molecular docking
hasilnya pada reseptor 3PE1 tidak ada yang lebih rendah dibanding ligan alami dan
ligan pembanding imatinib tetapi terdapat 11 senyawa aktif yang lebih rendah dari ligan
pembanding methotrexate, sedangkan pada hasil molecular docking terhadap reseptor
6GL8 hasilnya tidak ada yang lebih rendah dibanding ligan alami dan ligan
pembanding imatinib tetapi terdapat 10 senyawa yang lebih rendah dari ligan
pembanding methotrexate.
Pada hasil simulasi molecular dynamic selama 15 ns menunjukkan terdapat 1
senyawa yang memiliki kestabilan yang baik saat berinteraksi dengan reseptor yaitu
castillicetin terhadap reseptor kode 3PE1 dan 6GL8. Kemudian pada prediksi
druglikeness 30 senyawa tanaman pegagan (Centella asiatica (L) memenuhi
persyaratan dan pada prediksi ADMET terdapat 1 senyawa memiliki absorbs,
distribusi, dan metabolisme yang baik. Kemudian pada prediksi toksisitas hasilnya
semua senyawa tidak memiliki resiko pemaparan dan karsinogenik genotoxic juga
non-genotoxic, tetapi terdapat 3 senyawa yang memiliki sifat mutagen.

Ucapan Terima Kasih

Berisi ucapan terima kasih atau penghargaan dari penulis kepada pihak-pihak
yang memberikan sumbangsih terhadap penelitian.

Daftar Pustaka
1. Fahruddin Ghozali M, Eviyanti A. Sistem Pakar Diagnosis Dini Penyakit Leukemia Dengan Metode
Certainty Factor. KINETIK. 2016;1(3).
2. Maysa A, Widiastuti EL, Nurcahyani N, Busman H. Uji Senyawa Taurin Sebagai
Antikanker Terhadap Jumlah Sel-Sel Leukosit Dan Sel-Sel Eritrosit Mencit (Mus
musculus L.) yang Diinduksi Benzo (Α) Pyren Secara In Vivo. Jurnal Penelitian
Pertanian Terapan. 2017 Jun 19;16(2).
3. Terwilliger T, Abdul-Hay M. Acute lymphoblastic leukemia: a comprehensive review
and 2017 update. Vol. 7, Blood Cancer Journal. Springer Nature; 2017.
4. Marlinda H, LinirinWidiastuti E, Nugroho Susanto G, Sutyarso dan, Matematika dan
Ilmu Pengetahuan Alam F, Studi Magister Biologi P, et al. Pengaruh pemberian
senyawa taurin dan ekstrak daun dewa gynura segetum (lour) merr Pengaruh
Pemberian Senyawa Taurin dan Ekstrak Daun Dewa Gynura segetum (Lour) Merr

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

17
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

terhadap Eritrosit dan Leukosit Mencit (Mus musculus) yang Diinduksi Benzo[α]Piren.
Jurnal Natur Indonesia. 2016;17(1):13–21.
5. Sutardi S. Kandungan Bahan Aktif Tanaman Pegagan dan Khasiatnya untuk
Meningkatkan Sistem Imun Tubuh. Jurnal Penelitian dan Pengembangan Pertanian.
2017 Jan 23;35(3):121.
6. Sun B, Wu L, Wu Y, Zhang C, Qin L, Hayashi M, et al. Therapeutic Potential of
Centella asiatica and Its Triterpenes: A Review. Vol. 11, Frontiers in Pharmacology.
Frontiers Media S.A.; 2020.
7. Ayu Mareta C, Author C, Studi Pendidikan Dokter P, Kedokteran F, Lampung U.
EFEKTIFITAS PEGAGAN (Centella asiatica) SEBAGAI ANTIOKSIDAN [Internet].
Available from: http://jurnalmedikahutama.com
8. Redaksi Ns Setyoadi P, Wakil Pemimpin RedaksI Yulian Wiji Utami S, Sekretaris
Redaksi Ns Mifetika Lukitasari Mk, Bendahara Redaksi Ns Niko Dima Kristianingrum
Sk, Anggota Redaksi Ns Tony Suharsono Sk, Ns Kumboyono Mk, et al. DAFTAR ISI
[Internet]. Vol. 1, JURNAL ILMU KEPERAWATAN. 2013. Available from:
www.jik.ub.ac.id
9. Wirasisya DG, Ulfa M. EFEK PENGHAMBATAN RADIKAL BEBAS INFUSA DAN
EKSTRAK ETANOL HERBA PEGAGAN (Centella Asiatica (L.) Urb) DENGAN
METODE DPPH. J Pijar MIPA . 2019 Mar 2;Vol. 14(No.1).
10. Rose PW, Prlić A, Bi C, Bluhm WF, Christie CH, Dutta S, et al. The RCSB Protein Data
Bank: Views of structural biology for basic and applied research and education. Nucleic
Acids Res. 2015 Jan 28;43(D1):D345–56.
11. Lagunin AA, Dubovskaja VI, Rudik A V., Pogodin P V., Druzhilovskiy DS, Gloriozova
TA, et al. CLC-Pred: A freely available web-service for in silico prediction of human cell
line cytotoxicity for drug-like compounds. PLoS One. 2018 Jan 1;13(1).
12. Nasution AK, Wijaya SH, Gao P, Islam RM, Huang M, Ono N, et al. Prediction of
Potential Natural Antibiotics Plants Based on Jamu Formula Using Random Forest
Classifier. Antibiotics. 2022 Sep 1;11(9).
13. Bhojwani D, Sabin ND, Pei D, Yang JJ, Khan RB, Panetta JC, et al. Methotrexate-
induced neurotoxicity and leukoencephalopathy in childhood acute lymphoblastic
leukemia. Journal of Clinical Oncology. 2014 Mar 20;32(9):949–59.
14. Sacha T. Imatinib in chronic myeloid leukemia: An overview. Vol. 6, Mediterranean
Journal of Hematology and Infectious Diseases. 2014.
15. Jin Z, Du X, Xu Y, Deng Y, Liu M, Zhao Y, et al. Structure of Mpro from SARS-CoV-2
and discovery of its inhibitors. Nature. 2020 Jun 11;582(7811):289–93.
16. Ruswanto R, Garna IM, Tuslinah L, Mardianingrum R, Lestari T, Nofianti T. Kuersetin,
Penghambat Uridin 5-Monofosfat Sintase Sebagai Kandidat Anti-kanker. ALCHEMY
Jurnal Penelitian Kimia. 2018 Sep 3;14(2):236.
17. Gopalakrishna KP, Gopinathan K, Chandrasekaran J. Computational design of Novel
Casein kinase 2 small molecule inhibitors for cancer therapy. 2023; Available from:
https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-2434417/v1
18. Zein Muttaqin F, Ismail H, Nasrullah Muhammad Farmasi H, Tinggi Farmasi Bandung
S. Studi Molecular Docking…. Vol. 2. 2019.
19. Arwansyah A, Ambarsari L, Sumaryada TI. Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan
Analognya Sebagai Inhibitor Reseptor Androgen pada Kanker Prostat. Current
Biochemistry. 2014 Apr 19;1(1):11–9.
20. Rena SR, Nurhidayah N, Rustan R. Analisis Molecular Docking Senyawa Garcinia
Mangostana L Sebagai Kandidat Anti SARS-CoV-2. Jurnal Fisika Unand. 2022 Feb
17;11(1):82–8.
21. Ekawasti F, Sa’diah S, Cahyaningsih U, Dharmayanti NLPI, Subekti DT. 474Molecular
Docking Senyawa Jahe Merahdan Kunyit pada Dense Granules Protein-1Toxoplasma
gondii dengan Metode In Silico. Jurnal Veteriner. 2021 Dec 31;22(4):474–84.

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

18
E-ISSN:2715-9949
 Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Encep Riki Kustiawan
Vol. ; No. ; 2023
Halaman 1-4

22. Shree P, Mishra P, Selvaraj C, Singh SK, Chaube R, Garg N, et al. Targeting COVID-
19 (SARS-CoV-2) main protease through active phytochemicals of ayurvedic medicinal
plants–Withania somnifera (Ashwagandha), Tinospora cordifolia (Giloy) and Ocimum
sanctum (Tulsi)–a molecular docking study. J Biomol Struct Dyn. 2022;40(1):190–203.
23. Mengist HM, Dilnessa T, Jin T. Structural Basis of Potential Inhibitors Targeting SARS-
CoV-2 Main Protease. Vol. 9, Frontiers in Chemistry. Frontiers Media S.A.; 2021.
24. SCFBio. Lipinski Rule of Five [Internet]. [cited 2023 Jan 23]. Available from:
http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp.
25. Syahputra G, Ambarsari L, Sumaryada T. SIMULASI DOCKING KURKUMIN ENOL,
BISDEMETOKSIKURKUMIN DAN ANALOGNYA SEBAGAI INHIBITOR ENZIM12-
LIPOKSIGENASE.
26. Dwitiyanti D, Rachmania A, Efendi K, Tri Atmojo T, Yeni Y. POTENSI BIJI BUAH
NANGKA (Artocarpus heterophyllus L.) DALAM MENGHAMBAT RESEPTOR ALFA-
GLUKOSIDASE PADA TIKUS DIABETES MELLITUS GESTASIONAL YANG
TERINDUKSI STREPTOZOTOSIN SECARA IN VIVO DAN IN SILICO. Pros Kolok Dr
dan Semin Has Penelit Hibah. 2019;1(1):118–30.

www.journal.uniga.ac.id ISSN: 2087-0337

19
E-ISSN:2715-9949