Potensi Daun Teh Hijau (Camellia Sinensis) Sebagai

Inhibitor 3 Chmotrypsin-Like Protein (3-Cl Pro)

Terhadap Covid-19: Sebuah Studi Analisis Docking

Masriyani1, M.Hairul Ilham2, Nasriyani3 , Nurainun Darwis4

1,2,3
Program Magister Ilmu Biomedis Konsentrasi Kimia Klinik , Sekolah Pascasarjana Universitas
Hasanuddin, Makassar, Sulawesi Selatan, Indonesia

4
Program Magister Ilmu Biomedis Konsentrasi Anti-Aging , Sekolah Pascasarjana Universitas
Hasanuddin, Makassar, Sulawesi Selatan, Indonesia

Abstrak

Daun teh hijau merupakan tanaman herbal yang memiliki senyawa aktif yang berguna sebagai
antiinflamasi, antioksidan, antialergi, dan antivirus. Pada penelitian sebelumnya, senyawa flavonoid
dalam daun teh terbukti memiliki aktivitas sebagai antivirus. Epigallocatechin-3-HAI-gallate (EGCG),
komponen katekin yang paling melimpah dalam teh (Camellia sinensis(L.) O. Kuntze), berperan
melawan virus melalui penghambatan invasi virus, menahan ekspresi dan replikasi gen. Pengembangan
obat antivirus yang efektif terhadap COVID-19 masih menjadi tantangan bagi peneliti di seluruh dunia.
Penelitian sebelumnya mengidentifikasi peran enzim main protease (Mpro) yang berguna dalam siklus
hidup virus sebagai target obat yang menjanjikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi
daun teh hijau sebagai inhibitor 3 Chmotrypsin-Like Protein (3-Cl Pro) COVID19 dengan
menggunakan metode molecular docking. 3CLpro adalah target obat yang penting, karena aktivitas
proteasenya sangat penting untuk keberlangsungan hidup dan replikasi pada virus. Penelitian ini
menggunakan senyawa daun the hijau dan Remdesivir sebagai pembanding. Eksperimen docking
molekuler dilakukan menggunakan perangkat lunak PyRx 0.8. Proses reverse docking dilakukan dengan
menggunakan fitur Vina Wizard yang diintegrasikan ke dalam software PyRx 0.8 yang bereaksi
terhadap protein target 3 Chmotrypsin-like protein (3-CL Pro) dan senyawa kontrol (remdesivir
senyawa aktivator sebagai antivirus ). Senyawa aktivator akan menjadi kontrol positif pada proses
docking. Hasil penelitian menunjukkan seluruh senyawa uji memenuhi kriteria sebagai obat berdasarkan
uji kelarutan Lipinski. Hasil docking menunjukkan bahwa catechin dan epicatechin memiliki energi
ikatan yang sama dengan Remdesivir, yakni -6,9 kcal/mol. Catechin gallate dan epicatechin gallate
memiliki energi ikatan terkuat, yakni -6,8 kcal/mol. Seluruh senyawa uji mengikat di situs aktif enzim
(3-Cl Pro) COVID-19 sehingga merupakan inhibitor kompetitif. Seluruh senyawa daun teh hijau
berpotensi sebagai inhibitor enzim (3-Cl Pro) COVID-19 dengan catechin gallate merupakan senyawa
inhibitor yang paling kuat.

Kata kunci: Daun teh hijau, Derivat catechin, Inhibitor 3-Chmotrypsin-Like Protein (3-Cl Pro COVID-19, molecular docking
 Perkenalan
Penyakit menular akut dan kronis yang disebabkan oleh berbagai virus telah menarik
perhatian besar dunia karena menimbulkan dampak serius bagi kesehatan manusia. Pada abad
kedua puluh satu, manusia sejauh ini telah menyaksikan tiga pandemi mematikan yang terkait
dengan novel coronavirus: SARS, sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) dan penyakit
coronavirus 2019 (COVID-19). Pandemi COVID-19 adalah pandemi global yang sedang
berlangsung yang disebabkan oleh sindrom pernafasan akut yang parah coronavirus 2 (SARS-
CoV-2), Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menyatakan wabah tersebut sebagai darurat
kesehatan masyarakat yang menjadi perhatian internasional pada 2020,menjadikannya salah
satu pandemi yang paling mematikan dalam sejarah. Pandemi telah mengakibatkan gangguan
sosial dan ekonomi global yang signifikan. Pada pasokan vaksin dan obat-obatan spesifik yang
terbatas, menemukan obat alternatif dari herbal alami untuk menghindari COVID-19 dianggap
sebagai strategi yang menjanjikan untuk mencegah pandemic.
Pada siklus SARS-CoV-2 masuk ke dalam sel dengan berikatan di reseptor sel inang
kemudian melepaskan materi genom berupa mRNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein
yang berperan pada proses perakitan virus baru. Seluruh jenis coronavirus mengkode protein
seperti 3cl-pro sebuah penelitian membuktikan bahwa 3cl-pro menjadi target yang potensial
untuk pengembangan pengobatan COVID19 (Sanders et al., 2020). Penggunaan kombinasi
drug repurposing masih menjadi terapi utama pada pasien COVID-19 yang memiliki gejala
berat dan dirawat di rumah sakit. Obat-obatan yang digunakan, meliputi remdesivir, klorokuin,
hidroksiklorokuin, lopinavir/ritonavir, dan nitazoxanide (BPOM, 2020).
Penelitian terhadap pemanfaatan herbal sebagai alternatif pengobatan yang minim
efek samping telah banyak dikembangkan. Daun teh hijau (Camellia sinensis) menjadi salah
satu tanaman yang banyak diteliti terkait khasiat yang terkandung didalamnya. . Konsumsi teh
telah terbukti bermanfaat bagi kesehatan manusia, diantaranya senyawa polifenol teh katekin
yang berperan penting, termasuk sebagai antioksidan, antidiabetes, anti-β-Amiloid, anti
kanker, antiinflamasi, anti-alergi dan efek antivirus, di antaranya (−)-Epigallocatechin-3-HAI-
gallate (EGCG) adalah komponen yang paling melimpah, terhitung lebih dari 40% dari total
katekin dalam teh hijau .
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi daun teh hijau sebagai inhibitor
3clpro COVID-19. Berdasarkan hal tersebut, maka perlu dilakukan penelitian menggunakan
metode molecular docking.

Bahan dan metode

Pembuatan Ligan
Struktur senyawa kimia Epigallocatechin-3-HAI-gallate (EGCG) dikumpulkan dari publikasi
literatur. Struktur kimia 3D dan SMILES of ligan EGCG diambil dari database senyawa PubChem
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) dengan nomor ID: CID 65064 dan Canonical Smile:
C1C(C(OC2=CC(=CC(=C21)O)O)C3=CC(=C(C(=C3)O)O)O)OC(=O)C4=CC(=C(C(=C4)O)O)O
Struktur kimia ligan dua dimensi (2D) dan tiga dimensi (3D) dibuat sketsa dan disimpan dalam format
SDF
Pemilihan Sasaran
Pada Kandidat target potensial protein untuk docking disiapkan menggunakan bank data,
yaitu: Uniport (https://www.uniprot.org) dengan kode 4mwf untuk target protein 3-Cl Pro.
Kemudian, kode protein dimasukkan dan di download dalam format PDB (Protein Data Bank
https:///www.rcsb.org/pdb) dan protein target yang disiapkan akan dibersihkan untuk
menghilangkan molekul air dari struktur. Molekul air dan ligan dihilangkan dengan
menggunakan Perangkat Lunak PyMOL v1.7.4.5. Pada penelitian ini, protein target
menggunakan kode 3-CL Pro. Enzim 3-chymotrypsin-like cysteine protease (3-CL Pro) dapat
mengendalikan replikasi virus corona (Sars-Cov 2) dan sangat penting pada siklus serta
berfungsi sebagagi molekul utama anti-Sars-Cov-2 potensial untuk mengoptimalkan lebih
lanjut dan proses pengembangan obat pada covid-19.

Docking Molekuler
Eksperimen docking molekuler dilakukan menggunakan perangkat lunak PyRx 0.8. Proses
reverse docking dilakukan dengan menggunakan fitur Vina Wizard yang diintegrasikan ke
dalam software PyRx 0.8 yang bereaksi terhadap protein target 3 Chmotrypsin-like protein
(3-CL Pro) dan senyawa kontrol (remdesivir senyawa aktivator sebagai antivirus ). Senyawa
aktivator akan menjadi kontrol positif pada proses docking. Senyawa aktivator remdisivir
bertindak sebagai analog nukleosida dan menghambat RNA-dependent RNA polymerase
(RdRp) dari virus corona termasuk Sars Cov-2 (Goran K.,et.al, 2021).

Visualisasi Interaksi Molekul dan Molekul Kecil

Interaksi antara ligan (EGCG) dan protein target (3-cl pro), dan penghambat protein target
yang diketahui (remdesivir) divisualisasikan dan dianalisis menggunakan Perangkat Lunak
PyMol v1.7.4.5 (Schrödinger).

Properti Senyawa dan Prediksi ADMET

Swissadme (http://www.swissadme.ch) dan admetSAR (lmmd.ecust.edu.cn:8000) digunakan
untuk memprediksi prediksi dan deskriptor signifikan Sifat Fisikokimia, Lipofilisitas,
Farmakokinetik, dan sifat mirip obat dari senyawa.

Hasil dan Pembahasan

Senyawa utama yang ditemukan dalam kandungan teh hijau (Camellia sinensis)
Epigallocatechin gallate (EGCG) .Senyawa EGCG diketahui dapat menurunkan sinyal TGF-β
yang memicu inflamasi dan mengurangi keparahan infeksi COVID-19 manfaatnya ECGC
disebut antifibrotik potensial. Senyawa polifenol teh katekin yang berperan penting, termasuk
sebagai antioksidan adalah komponen yang paling melimpah, terhitung lebih dari 40% dari
total katekin dalam teh hijau (Dong JJ.,et.al 2011).
Pada protein target 3 Chymotrypsin-like protein (3-CL pro) adalah enzim esensial dalam reaksi
pemrosesan rantai peptida. Pada SARS-CoV-2 terdiri dari empat protein struktural utama; paku
(S), nukleokapsid (N), membran (M), dan protein amplop (E). Diantaranya, protein S dibagi
menjadi dua unit fungsional, S1 dan S2. S1 mempromosikan infeksi virus dengan mengikat
angiotensin-converting enzyme II (ACE2) dari sel inang. Protein N juga sangat imunogenik dan
terutama membentuk nukleokapsid untuk melindungi RNA virus. Protein struktural penting ini
 berasal dari translasi dan pemrosesan genom virus dalam sel inang. Oleh karena itu, mencegah
pembentukan protein esensial SARS-CoV-2 dapat menghambat replikasi virus. 3CLpro selalu
menjadi protein nonstruktural yang menarik untuk pengembangan obat yang menargetkan
virus corona (Perdikari TM.,et.al, 2020)
Struktur senyawa alami dengan senyawa kontrol dan protein target, divisualisasikan secara 3
dimensi (3D) menggunakan PyMol. Melalui teknik reverse docking dapat diketahui potensi
suatu Epigallocatechin gallate (EGCG) berpotensi sebagai antivirus pada Sars-Cov-2. Interaksi
EGCG dengan 3CL-Pro pada senyawa kontrol yaitu remdesivir. Berdasarkan hasil reverse
docking, afinitas pengikatan protein terhadap remdisiver menunjukkan afinitas pengikatan
yang lebih rendah terhadap EGCG.

Banyaknya afinitas pengikatan menggambarkan potensi suatu senyawa atau ligan untuk
berinteraksi dengan proteinnya (protein target). Jika ligan memiliki afinitas pengikatan yang
lebih rendah, maka akan lebih kuat untuk mewarisi protein target. Oleh karena itu, afinitas
pengikatan yang lebih rendah menyebabkan energi yang dibutuhkan ligan untuk berinteraksi
dengan protein target lebih rendah (Antonella Di Sotto, 2020). Protein 3-CL Pro berperan
dalam proses dengan senyawa alami dari tumbuhan EGCG yang telah divisualisasikan secara
3D pada software PyMol. Afinitas pengikatan 3-CL Pro dengan EGCG adalah -6,8, sedangkan
afinitas pengikatan 3-Cl Pro dengan senyawa kontrol remdesivir adalah -6.9. Berdasarkan hasil
tersebut,

(A) (B)

Gambar 1. (A) Struktur Kimia 3D EGCG dan (B) Remdisivir Ligand kontrol ditunjukkan oleh
perangkat lunak PyMol
 Gambar 2. Tempat Pengikatan Protein Target (Biru) dan ligan Kontrol (Hijau).

Tabel 1. Hasil Reverse Docking 3-CL Pro dengan ligand dan control aktivator

Ligan Afinitas yang

Mengikat
3-cl pro dan EGCG -6.8
3-cl pro dan remdesifir -6.9

Dengan demikian, berdasarkan hasil reverse docking, menunjukkan afinitas pengikatan yang

kuat dari EGCG yang dianggap sebagai indikator penghambat potensial 3-cl pro pada SARS-

Covid19. Sedangkan, afinitas pengikatan protein remdisivir terhadap 3- cl pro menunjukkan

afinitas pengikatan yang lebih rendah daripada EGCG.

Gambar 3. Prediksi ADMET Epigallocatechin gallate (EGCG)

Gambar 4. Sifat Fisikokimia, Lipofilisitas, Farmakokinetik dan Sifat Druglikeness

Epigallocatechin gallate (EGCG)
 Sebagian besar obat ditujukan untuk mengobati beberapa penyakit kronis. Dengan
demikian, konsentrasi suatu obat harus konsisten. Efek samping senyawa EGCG bagi
tubuh telah diamati dengan prediksi ADMET yang dievaluasi dan dikaitkan dengan
perembesan sel, proses metabolisme dan bioavailabilitas. Seperti yang terungkap dari
hasil penelitian ini (Tes AMES), hasilnya menunjukkan bahwa EGCG bukan mutagen
potensial dan bukan karsinogen. Ligan dianggap berpotensi masuk ke dalam membran
sel dan diserap tubuh jika memenuhi aturan Lipinski. Hasil pencarian menunjukkan
AndrographolideGl daya serap tinggi, memenuhi kaidah Lipinski, Ghose, Veber, Egan
dan Muegge dengan Bioavailability Score 0,55. Hasil pencarian Muramyl dipeptide Gl
daya serap rendah, tidak memenuhi kaidah Lipinski, Ghose, Veber,

Camelia sinensis merupakan tanaman asli Indonesia yang dimanfaatkan daunnya untuk
memproduksi teh. Salah satu jenis teh yang populer digunakan sebagai minuman yang
berkhasiat untuk kesehatan adalah teh hijau. Teh hijau merupakan jenis teh yang memiliki
potensi farmakologi antara lain sebagai antikanker, imunodulator, antivirus, antibakteri,
antioksidan dan antiinflamasi (Fitriansyah et al, 2016). Kandungan epigallocatechin gallate
pada teh hijau disinyalir mampu meningkatkan sistem imun tubuh (Wiratno, 2009). Menurut
penelitian yang dipublikasi oleh International Journal of Molecular Sciences, zat ECGC di
dalam teh hijau ditemukan dapat mengurangi keparahan infeksi COVID-19.Di dalam uji
penelitian tersebut, zat ECGC mampu menurunkan sinyal yang menyebabkan inflamasi
(peradangan) di dalam tubuh.

Senyawa catechin dalam teh hijau digadang-gadangkan memiliki aktivitas antiviral yang baik.
Di dalam teh hijau, catechin terdapat berupa catechin-7-O- gallate, (-)-epigallocatechin-3-
gallate (EGCG), (-)-epigallocatechin (EGC), (-)- epicatechin-3-gallate (ECG) dan (-)-
epicatechin (EC). EGCG dilaporkan dapat berfungsi sebagai antibakteri, antitumor,
antioksidan, dan antiviral. Untuk kemampuan sebagai antiviral EGCG dan ECG memiliki
kemampuan yang lebih baik dalam menghambat (inhibitor) replikasi HIV dibandingkan EGC
atau EC. Selain dapat digunakan sebagai antivirus HIV, EGCG juga dapat menghambat virus
influenza (Song et al, 2005) dan SARS- CoV-2 (Das et al, 2020).
Hasil molecular docking senyawa- senyawa catechin menunjukkan bahwa senyawa-senyawa

catechin memiliki kemampuan untuk berikatan dengan S protein dan Mpro dari SARS-CoV-2.
Catechin-7-O-gallate memiliki kemampuan sebagai inhibitor pada S protein dan RNA
dependent RNA polymerase (RdRp) pada SARS-CoV-2 yang akan menggangu proses infeksi
dan replikasi dari virus corona (Nallusamy et al, 2020). Hasil molecular docking menunjukkan
bahwa EGCG mampu berikatan dengan berikatan dengan M pro (inhibitor 3CLpro) dari virus
dan memiliki energi ikatan terendah (-8.3 kcal/mol) terhadap RdRp dibandingkan dengan
senyawa catechin lain sehingga memiliki potensi terbaik sebagai inhibitor in vitro untuk
menghambat replikasi dari virus SARS- CoV-2 (Singh et al, 2020; Zhou et al, 2020).
Kesimpulan
Penelitian ini membuktikan bahwa EGCG berpotensi sebagai aktifaktor penghambat
berkembangnya virus Sars-Cov 2 berdasarkan afinitas pengikatannya dengan -6,9 dan
interaksi antarmolekul. Hasil yang diperoleh berupa nilai binding affinity (kkal/mol)
ligan terhadap protein. Program PyMOL dan PyRx digunakan untuk memvisualisasikan
konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein.

Terima kasih
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dosen Program Pascasarjana Universitas
Hasanuddin Makassar, Indonesia, atas bantuannya dalam penulisan artikel kami, khususnya
kepada Bapak Sulfahri yang telah mengajari kami penggunaan perangkat lunak aplikasi docking
sel.

Konflik kepentingan.
Para penulis menyatakan bahwa tidak ada konflik kepentingan.

Referensi
Khan, M.; Adil, SF; Alkhathlan, HZ; Tahir, MN; Saif, S.; Khan, M.; Khan, ST COVID-19: Tantangan
global dengan sejarah lama, epidemiologi, dan kemajuan sejauh ini.Molekul2021

Organisasi Kesehatan Dunia. Pandemi Penyakit Coronavirus (COVID-19). Pembaruan Terakhir:

11 Juni 2021. Tersedia online:https:// www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-
2019(diakses pada 15 Juni 2023)
Patel, B.; Sharma, S.; Nair, N.; Majeed, J.; Goyal, RK; Dhobi, M. Peluang terapi tanaman
antivirus yang dapat dimakan untuk COVID-19. Mol. Biokimia Sel.2021,476, 2345–2364.

Sanders, J.M., Monogue, M.L., Jodlowski, T.Z., Cutrell, J.B., 2020. Pharmacologic Treatments for
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).

Badan Pengawas Obat dan Makanan Indonesia, 2020. Informatorium Obat COVID-19 di
Indonesia [WWW Document]. Badan POM. URL http://online.flipbuilder.com/tb
og/infi/mobile/index.html (accessed 7.17.20).

Yan, ZM; Zhong, YZ; Duan, YH; Chen, QH; Li, FN Mekanisme antioksidan polifenol teh dan
pengaruhnya terhadap manfaat kesehatan. Animasi. Nutr.2020,

Fu, QY; Li, QS; Lin, XM; Qiao, RY; Yang, R.; Li, XM; Dong, ZB; Xiang, LP; Zheng, XQ; Lu, JL; et al.
Efek antidiabetes teh.Molekul2017.

Polito, CA; Cai, ZY; Shi, YL; Li, XM; Yang, R.; Shi, M.; Li, QS; Ibu, SC; Xiang, LP; Wang, KR; et al.
Asosiasi konsumsi teh dengan risiko penyakit Alzheimer dan efek anti-beta-amyloid
teh.Nutrisi2018.

Wang, YQ; Lu, JL; Liang, YR; Li, QS Efek supresif EGCG pada kanker serviks.Molekul2018,23,
2334.
Wang, LX; Shi, YL; Zhang, LJ; Wang, KR; Xiang, LP; Cai, ZY; Lu, JL; kamu, JH; Liang, YR; Zheng,
efek Penghambatan XQ dari (−)- Epigallocatechin-3-gallate pada kanker
kerongkongan.Molekul2019.

Sheng, YY; Xiang, J.; Wang, ZS; Jin, J.; Wang, YQ; Li, QS; Li, D.; Fang, ZT; Lu, JL; kamu, JH; et al.
Theacrine dariCamellia Kuchadan efeknya yang bermanfaat bagi kesehatan.Depan. Nutr.2020

Li, QS; Wang, YQ; Liang, YR; Lu, JL Potensi anti-alergi teh: Tinjauan tentang komponen,
mekanisme, dan risikonya. Fungsi Makanan.2021.

Wang, X.; Dong, W.; Zhang, X.; Zhu, Z.; Chen, Y.; Liu, X.; Guo, C. Mekanisme antivirus polifenol
teh terhadap virus sindrom pernapasan dan reproduksi babi.Patogen2021.

Dong, JJ; kamu, JH; Lu, JL; Zheng, XQ; Liang, YR Isolasi katekin antioksidan dari teh hijau dan
dekafeinasinya.Makanan Bioprod. Proses.2011.

Perdikari TM, Murthy AC, Ryan VH, Watters S, Naik MT, Fawzi NL. Fase protein nukleokapsid
SARS-CoV-2-terpisah dengan RNA dan dengan hnRNP manusia.EMBO J.202