ANALISIS SENYAWA AKTIF DAUN NIMBA (Azadirachta indica)

TERHADAP SPIKE PROTEIN DAN TMPRSS2 DALAM

MENCEGAH DALAM MENCEGAH PERLEKATAN SARS-CoV-2
SECARA IN SILICO

SKRIPSI

Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran

Oleh:

Yannur Romadhana Sholawatus Sholehah

21801101030

PROGRAM STUDI SARJANA KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS ISLAM MALANG

2021
 KATA PENGANTAR

Dengan segala puji syukur kehadirat Allah SWT. Atas segala limpahan
rahmat dan karuniaNya, akhirnya penyusunan Proposal Skripsi ini dapat diselesaikan
dengan baik dan tepat waktu. Penulisan Proposal Skripsi ini disusun sebagai prasyarat
untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran.

Penyusun mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah

membantu dalam penyusunan Proposal Skripsi ini. Penyusun menyadari bahwa
dalam penyusunan Proposal Skripsi ini masih jauh dari kata sempurna. Dengan segala
kerendahan hati, penyusun mengharapkan kritik dan saran guna penyempurnaan
Proposal Skripsi berikutnya.

Penyusun berharap Proposal Skripsi ini dapat berguna bagi diri penyusun dan
seluruh pembaca.

Malang, 6 Agustus 2021

Penyusun

iv
 1

BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Pandemi COVID-19 dimulai di Wuhan, Cina pada bulan Desember 2019

yang kemudian menyebar secara global. Menurut data dari WHO pada 12 Juli 2021
mengenai kasus COVID-19 secara global dilaporkan terdapat 186.411.011 kasus
terkonfirmasi COVID-19 dengan kasus kematian sebanyak 4.031.725 kasus.
Penderita COVID-19 memiliki gejala seperti batuk, demam, dispnea (kesulitan
bernafas) yang disertai acute respiratory distress syndrome (ARDS) yang juga
merupakan penyebab utama kematian penderita COVID-19 karena adanya pelepasan
sitokin proinflamasi seperti IFN-, IFN-, IL-6, IL-12, dan TNF- yang disebut
sebagai badai sitokin (cytokin storm). COVID-19 disebabkan oleh Severe Acute
Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) (3).

SARS-CoV-2 termasuk dalam genus Betacoronavirus yang dapat

menyebabkan infeksi saluran pernapasan yang fatal. Severe Acute Respiratory
Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) dan Middle East Respiratory Syndrome
(MERS) juga termasuk dalam genus Betacoronavirus. MERS dan SARS-CoV
keduanya merupakan patogen zoonosis yang ditularkan ke manusia melalui hewan
seperti unta dan kelelawar. (1)

SARS-CoV-2 adalah positive sense RNA virus yang memiliki selubung dan
tidak tersegmentasi serta tersebar luas pada manusia. SARS-CoV-2 mengandung
empat protein structural Membrane protein (M), spike protein (S), envelope protein
(E) dan nucleocapsid protein (N) serta enam belas protein non structural (nsp1-16).
Protein nukleokapsid (N) membentuk kapsid di luar genom dan genom berikutnya
dikemas oleh amplop yang memiliki keterkaitan dengan 3 protein structural:
Membrane protein (M), spike protein (S) dan envelope protein (E) (I. ; Y. Astuti,
2020). Membrane protein (M) dan Envelope protein (E) memiiki fungsi dalam
membentuk struktur virus baru, sedangkan spike protein berfungsi sebagai perantara
 2

dan memediasi penempelan virus pada sel host (3). Spike protein (S) terdiri dari
receptor binding sub unit S1 dan fussion membrane subunit S2. Dalam proses
penempelan pada sel host, spike protein (S) harus dikenali terlebih dahulu oleh
reseptor yang berada di permukaan membran sel epitel saluran pernafasan dan
makrofag yang ada di jaringan. Spike protein akan dikenali oleh reseptor ACE2 dan
DPP4 yang kemudia meyebabkan subunit S1 dari spike protein akan berikatan
dengan reseptor sel inang yang selanjutnya subunit S2 akan menyebabkan fusi antara
membrane virus dengan membrane sel inang. Setelah terjadi fusi, type II trans-
membrane serine protease (TMPRSS-2) pada permukaan sel inang akan
menyebabkan virus memasuki sel inang dan kemudian terjadi proses translasi dan
replikasi. (I. ; Y. Astuti, 2020).

Berdasarkan patomekanisme dari COVID-19, ada beberapa protein target yang

memiliki peranan dalam proses terjadinya COVID-19, diantaranya TMPRSS2, spike
protein, NSP-1, NSP-3, NSP-12, dan membrane protein. Dari beberapa protein yang
terlibat dalam patomekanisme COVID-19 saya memilih dua protein target yang akan
saya ujikan pada penelitian saya yakni TMPRSS2 dan spike protein berdasarkan
proses patomekanise COVID-19, kedua protein tersebut dipercaya dapat menghambat
proses perlekatan dari SARS-CoV-2 sebagai etiologi dari COVID-19 dengan cara
mencegah terbentuknya TMPRSS2 sehingga TMPRSS2 tidak dapat mengaktivasi
spike protein yang mana spike protein ini berfungsi dalam memediasi virus untuk
dapat menempel dan kemudian masuk ke dalam sel inang (3).

Terdapat beberapa terapi COVID-19 yang telah digunakan. Berdasarkan studi

literatur, saya menemukan obat control yang dapat berikatan dengan kedua protein
target yang saya gunakan yaitu TMPRSS2 dan spike protein yaitu remdesivir dan
cepharantine. Remdesvir merupakan terapi yang potensial untuk COVID-19 karena
spektrumnya yang luas dan mempunyai aktivitas in vitro yang baik terhadap beberapa
nCoV termasuk SARS-CoV-2 dengan nilai EC50 sebesar 0,77 mM dan EC90 dengan
nilai 1,76 mM (4). Pemberian cepharantine juga memainkan peran penting dalam
terapi COVID-19 karena memiliki aktivitas antivirus yang signifikan terhadap
 3

beberapa virus termasuk HIV, HBV, SARS-CoV. Pada SARS-CoV, cepharantine

dapat menghambat aktivitas protease pada 9,5 g/ML dan juga memiliki beberapa
aktivitas biologis penting seperti antitumor, antiinflamasi dan antioksidan (5).

Pengembangan obat terus dilakukan guna mendapatkan pilihan pengobatan

yang efektif dalam menangani COVID-19. Beberapa opsi pengobatan didapatkan dari
penelitian tentang coronavirus MERS dan SARS untuk dapat digunakan dalam
penanganan COVID-19 (Hariram et al., 2020). Studi tentang pengobatan COVID-19
tidak hanya dalam pengembangan obat saja namun juga dilakukan pada bahan alam.
Saya memilih bahan alam dari daun nimba dikarenakan daun Nimba (Azadirachta
indica) yang mengandung senyawa aktif seperti: Nimbin ; nimbandiol ; nimbolide ;
ascorbic acid ; 17-hydroxy-azadiradione ; nimbiol ; Quercetin ; ß-sitosterol ; 7-
desacetyl-7-benzoylazadiradione dilaporkan dapat berperan sebagai antiinflamasi dan
antivirus (Damayanti & Aini, 2021). Dalam studi lain disebutkan bahwa daun nimba
memiliki efek antivirus terhadap coxsackievirus B-4 dengan cara inaktivasi virus dan
menghambat siklus replikasi virus (Alzohairy, 2016).
Pada penelitian yang dilakukan ini bertujuan untuk mengetahui potensi
senyawa aktif yang terdapat dalam daun nimba dalam mencegah perlekatan virus
SARS-CoV-2 dengan menggunakan metode penelitian secara komputasi. Penelitian
yang dilakukan ini terdiri dari dua tahapan. Tahapan pertama dilakukan untuk
mengetahui mekanisme senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica) dalam
menghambat spike protein dan TMPRSS2 secara in silico dengan cara molecular
docking senyawa obat dengan reseptor yang dipilih. Untuk tahapan kedua dengan
tujuan memprediksi senyawa aktif dari daun nimba apabila akan diberikan secara
peroral karena pemberiannya yang mudah dan paling aman. Tahapan ini dilakukan
dengan memprediksi parameter fisikokimia, ADME (Absorbsi, Distribusi,
Metabolisme, dan Ekskresi) serta toksisitasnya menggunakan aplikasi PkCSM Online
Tools (Ferreira et al., 2015)..
 4

1.2 Rumusan Masalah

A. Bagaimanakah afinitas antara senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica)

terhadap Spike protein dengan studi In silico?
B. Bagaimanakah afinitas antara senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica)
terhadap TMPRSS2 dengan studi In silico?
C. Bagaimanakah prediksi parameter fisikokimia senyawa aktif daun nimba
(Azadirachta indica)?
D. Bagaimanakah prediksi farmakokinetik senyawa aktif daun nimba
(Azadirachta indica)?
E. Bagaimanakah prediksi toksisitas senyawa aktif daun nimba (Azadirachta
indica)?

1.3 Tujuan Penelitian

A. Untuk mengukur afinitas senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica)

terhadap spike protein dengan studi In silico.
B. Untuk mengukur afinitas senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica)
terhadap TMPRSS2 dengan studi In silico.
C. Mengetahui parameter fisikokimia senyawa aktif daun nimba (Azadirachta
indica).
D. Mengetahui farmakokinetik senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica).
E. Mengetahui toksisitas senyawa aktif daun nimba (Azadirachta indica).

1.6 Manfaat Penelitian

1.6.1 Manfaat Ilmiah

Penelitian ini dapat menjadi landasan teori mengenai potensi senyawa aktif
daun nimba (Azadirachta indica)) dalam mencegah perlekatan SARS-CoV-2
berdasarkan afinitas ikatan senyawa aktif dengan protein targetnya, parameter
fisikokimia, farmakokinetik, dan toksisitas nya.
 5

1.6.2 Manfaat Praktis

Sebagai landasan teori mengenai pemanfaatan senyawa aktif daun nimba

(Azadirachta indica) sebagai pencegahan penyakit COVID-19.
 6

1. mempercepat hasil pembelahan APP berupa amiloid beta monomer menjadi amyloid
beta oligomer yang nantinya akan berakumulasi menjadi plak Aβ.
2. SIRT-1 merupakan protein transkripsi yang menghambat terjadinya hiperfosforilasi
yang mengakibatkan breakdown dari Tau protein.
3. Prediksi farmakokinetik (ADME) dievaluasi berdasarkan profil absorbsi intestinal
baik jika lebih dari 30%, permeabilitas Caco2 baik jika nilai lebih dari 0,9; Volume
Distribusi at Steady State (VDSS) besar jika lebih dari 2,81 L/Kg dan dikatakan kecil
jika kurang dari 0,71 L/Kg, Blood Brain Barier (BBB) menembus sawar otak jika log
PS >-2, CYP2D6 dan CYP3A4 inhibitor ditemukan maka metabolisme baik, Total
Clearance (CLTOT) semakin besar angka maka semakin cepat di ekskresikan.
Prediksi farmakokinetik tersebut menggunakan pkCSM online tool
(http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction).
4. Prediksi Toksisitas dievaluasi dari ada tidaknya resiko hepatotoksik.
5. Lipinski Rule of Five (hukum Lima Lipinski) adalah parameter untuk memprediksi
sifat mirip obat (druglikeness) dimana suatu senyawa dikatakan mempunyai sifat yang
mirip dengan obat apabila memenuhi minimal 2 ketentuan berikut:
a. Massa molekul kurang dari 500 Da
b. Lipofilisitas tinggi (dinyatakan sebagai LogP kurang dari 5)
c. Jumlah donor ikatan hidrogen (hydrogen bond donor / HBD) kurang dari
5
d. Jumlah akseptor ikatan hidrogen (hydrogen bond acceptor / HBA) kurang
dari 10

Prediksi parameter fisikokimia tersebut menggunakan pkCSM online tool

(http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction).