Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

J Biosci (2020) 45:130 - Akademi Ilmu Pengetahuan India

DOI: 10.1007/s12038-020-00102-w

(0123456789().,-volV()0123456789().,-volV)
Identifikasi obat yang digunakan kembali sebagai penghambat protein
Spike dari virus corona manusia SARS-CoV-2 dengan komputasi
metode

SRUTHIASNNI 1,-, SNEHALSEBUAHKELUAR 1,-, SARAVANAMUTUTHIYAGARAJAN 2

dan
BALASUNDARAMPADMANABHAN* 1
1Departemen Biofisika, Institut Kesehatan Mental dan Ilmu Saraf Nasional (NIMHANS),
Jalan Utama Hosur, Bengaluru 560 029, India
2Institut Bioinformatika dan Bioteknologi Terapan (IBAB), Taman Biotek, Kota Elektronik Tahap I,
Kota Elektronik, Bengaluru 560 100, India

* Penulis yang sesuai (Email, balapaddy@gmail.com , rice@nimhans.ac.in )

-
Para penulis ini telah memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini.

MS menerima 3 Mei 2020; diterima 22 September 2020; diterbitkan online 16 Oktober 2020

Sindrom pernapasan akut parah coronavirus (SARS-CoV-2) adalah patogen virus baru yang muncul yang menyebabkan
penyakit pernapasan parah. SARS-CoV-2 bertanggung jawab atas merebaknya pandemi COVID-19 di seluruh dunia. Karena
tidak ada obat atau vaksin antivirus yang terkonfirmasi saat ini tersedia untuk pengobatan COVID-19, penemuan
penghambat atau vaksin yang kuat sangat diperlukan untuk kepentingan umat manusia. Protein Spike glikosilasi (S-protein)
secara langsung berinteraksi dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) manusia melalui reseptor-binding
domain (RBD) dari S-protein. Karena S-protein terpapar ke permukaan dan sangat penting untuk masuk ke inang, S-protein
dapat dianggap sebagai target terapi lini pertama untuk terapi antivirus dan pengembangan vaksin.Secara silikoskrining,
docking, dan studi simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk mengidentifikasi obat yang digunakan kembali
menggunakan perpustakaan DrugBank dan PubChem terhadap RBD dari S-protein. Studi tersebut mengidentifikasi obat
pencahar, Bisoxatin (DB09219), yang digunakan untuk pengobatan sembelit dan persiapan usus besar untuk prosedur
pembedahan. Itu mengikat dengan baik pada antarmuka S-protein-ACE2 dengan membuat substansialhalinteraksi dengan
Tyr505 di wilayah kait 'Situs 1' dari RBD dan interaksi hidrofilik dengan Glu406, Ser494, dan Thr500. Bisoxatin secara
konsisten berikatan dengan protein selama simulasi 100 ns. Secara keseluruhan, kami mengusulkan bahwa molekul yang
ditemukan, Bisoxatin mungkin merupakan molekul obat yang dapat digunakan kembali yang menjanjikan untuk
mengembangkan perpustakaan kimia baru untuk menghambat masuknya SARS-CoV-2 ke dalam inang.

Kata kunci.Bisoxatin; perkaitan; Bank Obat; simulasi MD; PubChem; SARS-CoV-2; Protein lonjakan

1. Perkenalan gambar mikroskop (Guiet al.2017). SARS-CoV muncul di

Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV)
adalah virus pneumonia yang mematikan pada manusia
(Drosten et al.2003; Ksiazeket al.2003). Istilah ''coronavirus''
dinamai dari morfologi 'seperti-corona' atau 'seperti-
mahkota' yang diamati untuk virus-virus ini dalam elektron-
Koleksi Topik: COVID-19: Biologi & Intervensi Penyakit.
provinsi Guangdong Cina pada tahun 2002 dan
menyebar ke lima benua melalui jalur perjalanan udara,
menginfeksi sekitar 8000 orang dan menyebabkan 774
kematian. Virus korona mematikan lainnya, SARS-CoV-2
muncul pada Desember 2019 di Wuhan, provinsi Hubei di
Tiongkok dikaitkan dengan wabah pandemi pneumonia
atipikal yang sedang berlangsung, COVID-19. Organisasi
Kesehatan Dunia (WHO) telah menyatakan bahwa wabah
SARS-CoV-2 adalah darurat kesehatan masyarakat

http://www.ias.ac.in/jbiosci 1
130Halaman 2 dari 20 Sruthi Unni dkk.
keprihatinan internasional. Ada wabah di seluruh dunia
setelah Cina termasuk, Italia, Iran, Prancis, Spanyol, Jerman,
Inggris, AS, India, dan sebagainya. WHO melaporkan bahwa
pada 22 Juli 2020, ada sekitar 14,7 juta kasus yang
dikonfirmasi, termasuk 612.000 kematian di lebih dari 70
negara di seluruh dunia. Di India, ada lebih dari 1,2 juta
kasus yang dikonfirmasi, termasuk 29.890 kematian. Situasi
saat ini dengan jelas membuktikan bahwa penularan
penyakit ini masif dalam waktu singkat, dengan ribuan
pasien baru didiagnosis setiap hari.
Gejala umum infeksi virus corona antara lain masalah
pernapasan, demam, batuk kering, sesak napas, hidung
tersumbat, sakit tenggorokan, dan diare (Rothan dan
Byrareddy2020). Pada kasus yang parah, infeksi
menyebabkan pneumonia, sindrom pernapasan akut,
gagal ginjal, dan akhirnya kematian. Penyebab kematian
adalah gagal napas, syok, atau kegagalan banyak organ.
Belum ada pengobatan khusus untuk COVID-19 hingga
saat ini. Oleh karena itu, penemuan antivirus dan/atau
vaksin yang aktif secara farmasi khusus untuk SARS-
CoV-2 sudah dekat di bawah krisis dunia saat ini.
SARS-CoV-2 (COVID-19) sangat homolog dengan SARS-
CoV. Genom SARS-CoV-2 memiliki sepuluh open reading
frames (ORFs) (Wuet al.2020). Berdasarkan keselarasan
urutan SARS-CoV-2 dengan SARS-CoV, beberapa protein
fungsional berspekulasi (Sardaret al.2020; Wuet al.2020).
ORF1ab mengkodekan poliprotein 1ab. Dua protease, PL
Prodan 3CLPro, membelah protein pp1ab di situs yang
berbeda untuk menghasilkan banyak protein yang
terlibat dalam proses transkripsi dan replikasi RNA virus.
Proses proteolitik pp1ab menghasilkan 15 protein tidak
terstruktur. ORF2-10 mengkodekan protein struktural
virus, termasuk protein S, M, N, dan E, dan protein
tambahan lainnya. Protein S, M, dan E bertanggung
jawab atas pelapisan virus sedangkan protein-N sangat
penting untuk mengemas genom RNA.
Spike glikoprotein transmembran (S-protein) sangat
penting untuk masuknya virus corona ke dalam sel inang
(Tortorici dan Veesler2019). S-protein membentuk
homotrimer yang menonjol dari permukaan virus. S-
protein terdiri dari dua subunit fungsional (S1 dan S2).
Domain S1 berinteraksi langsung dengan reseptor sel
inang, sedangkan domain S2 bertanggung jawab atas
fusi virus dan membran sel (Liet al. 2003,2005; Xiaoet al.
2003). Domain S1 memiliki domain pengikat reseptor
(RBD) dan berkontribusi pada stabilisasi keadaan prefusi
subunit S2 berlabuh membran, yang melibatkan mesin
fusi (Guiet al.2017; Dindinget al.2017). Domain S1
berinteraksi langsung dengan pengonversi angiotensin
enzim 2 (ACE2) inang untuk masuk ke dalam sel inang
(Laguet al.2018; Lanet al.2020; Shanget al.2020; Yanet
al.2020). S-protein SARS-CoV sangat homolog dengan
pandemi SARS-CoV-2 baru-baru ini (Wanet al.2020).
Pada Maret 2020, struktur, fungsi, dan antigenisitas
glikoprotein lonjakan SARS-CoV-2 telah dilaporkan
(Wallset al.2020). Struktur panjang penuh protein
lonjakan kecuali daerah pengikat membran
ditentukan oleh cryo-EM. Terungkap bahwa domain
Spike dari SARS-CoV-2 baru-baru ini memiliki
beberapa fitur tambahan dibandingkan dengan jenis
SARS-CoV sebelumnya. Substitusi beberapa residu
pada RBD (domain pengikat reseptor) dari SARS-CoV
ke SARS-CoV-2 baru-baru ini (Arg426?Asn439, Tyr484?
Gln498, Thr487?Asn501, Tyr442?Leu445, Leu443?
Phe456, Phe460?Tyr473, Asn479?Gln493, dan Val404?
Lys417) diamati untuk meningkatkan afinitas
pengikatan domain spike RBD ke reseptor ACE2 dan
memberikan konformasi yang lebih kompak (Shang et
al.2020; Yanet al.2020). Superposisi ACE2 dengan
domain RBD dari protein lonjakan panjang penuh
menentukan bahwa interaksi dengan konformasi
terbuka yang terakhir memiliki kepatuhan yang lebih
tinggi dibandingkan dengan konformasi tertutupnya,
yang menghasilkan bentrokan sterik antara kedua
protein.
Menargetkan virus SARS-CoV-2 secara garis besar
dapat dibagi berdasarkan dua tahap: (1) tahap pra-
fusi; dan (2) tahap pasca fusi. Tahap pra-fusi
menargetkan pengenalan reseptor ACE2 dari domain
RBD pada protein lonjakan (domain S1) dan fusi
membran konsekuensial (domain S2), yang mengarah
ke pengembangan vaksin profilaksis, antibodi, dan
senyawa obat antivirus (Xiaet al.2020a,b). Tahap
pasca-fusi melibatkan penargetan pelepasan
selubung virus dan replikasi setelah virus masuk ke
dalam sel inang. Meskipun SARS-CoV-2 asal India
sangat homolog dengan SARS-CoV-2 di negara lain
(Cina, Italia, dan AS), beberapa mutasi diamati pada
ORF1ab, Nsp2, Nsp3, helicase, protein ORF8 dan S-
protein SARS-Co-V-2 India (Sardaret al.2020). Karena
protein S glikosilasi terpapar ke permukaan dan
sangat penting untuk masuk ke inang, protein S dapat
dianggap sebagai target terapi lini pertama untuk
terapi antivirus dan pengembangan vaksin.
Sementara kami sedang mempersiapkan manuskrip,
beberapa karya dilaporkan dalam mengidentifikasi
penghambat molekul kecil S-protein dengan studi
komputasi. Misalnya, klorokuin dan turunannya,
termasuk hidroksiklorokuin terlihat mengikat
antarmuka S-protein-ACE2 (Beura dan Chetti2020).
Sandeep dan McGregor (2020) juga
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2
memprediksi bahwa hidroksiklorokuin dan azitromisin
berikatan dengan protein-S untuk menghambat interaksi
ACE2. Dari perpustakaan yang terdiri dari 9091 obat yang
disetujui FDA, obat ivermectin terbukti berikatan dengan
antarmuka S-protein (de Oliveiraet al.2020).
Untuk menemukan molekul obat yang dapat digunakan
kembali untuk menghambat interaksi protein Spike dengan
reseptor inang, ACE2, kami melakukan skrining virtual untuk
domain pengikat reseptor (RBD) S-protein terhadap
perpustakaan Drug-Bank dan PubChem dan kemudian
melakukan studi simulasi dinamika molekuler. pada senyawa
terpilih. Di sini, kami membahas obat repurposable yang
ditemukan, Bisoxatin (DB09219), obat pencahar, yang mengikat
secara substansial pada antarmuka S-protein – ACE2, dan
mungkin merupakan obat repurposable yang kuat untuk
mengembangkan perpustakaan kimia baru untuk menghambat
SARS-CoV-2 masuk ke host.
2. Bahan-bahan dan metode-metode
2.1Docking molekul
2.1.1Persiapan ligan:Untuk docking terhadap protein
Spike, DrugBank (Wishartet al.2018), dan PubChem
(Kimet al.2019) perpustakaan kimia digunakan.
Keduanya adalah repositori publik yang dapat diakses
secara online yang berisi informasi tentang senyawa
dan aktivitas biologisnya. Selain Aturan Lima Lipinski
yang diterapkan pada kedua perpustakaan untuk
menyaring senyawa, hanya molekul obat yang
disetujui FDA (1407 molekul) yang dipilih dari
DrugBank, dan molekul kimia dan obat (6942 molekul)
yang dijelaskan memiliki beberapa tindakan
farmakologis dipilih dari PubChem. Struktur 3D
diunduh dalam format SDF dari database dan diubah
menjadi file PDB individual menggunakan OpenBabel
versi 2.4.1 (O'Boyle et al.2011). Kemudian, konversi
senyawa ini diproses terlebih dahulu untuk docking
menggunakan skrip python prep_ligand4.py dari
AutoDock MGLTools 1.5.6 (Morriset al.2009).
2.1.2Persiapan protein:Struktur kristalografi 6LZG
(Resolusi: 2.50 Å) dari domain pengikat reseptor
protein lonjakan SARS-CoV-2 yang dikomplekskan
dengan reseptor ACE2 manusia diambil untuk
penelitian (Wanget al.2020). Struktur dipilih
berdasarkan kualitas struktur dan kelengkapan
domain RBD. Untuk menyiapkan protein untuk
docking, reseptor ACE2 dikeluarkan dari kompleks,
dan protein S diminimalkan dan diubah menjadi
format pdbqt menggunakan AutoDockTools.
Halaman 3 dari 20130
2.1.3Parameter dok:Docking molekuler membantu
memprediksi pose pengikatan ligan yang dominan
dengan protein dan menganalisis interaksi
penghambatan di antara mereka. Di sini, studi docking
molekul dilakukan menggunakan AutoDock Vina versi
1.1.2 (Trott dan Olson 2010). Blind docking dilakukan
pemindaian seluruh permukaan protein untuk
mendapatkan pengikatan ligan secara khusus ke situs
interaksi ACE2 – S-protein. Parameter docking disimpan
ke default. Ukuran grid docking dalam dimensi X, Y, Z
size_y
ditetapkan pada size_x = 60.00 Å, = 60.00 Å dan
size_z = 60.00 Å, masing-masing dan berpusat di
center_x = -32.22, center_y = 25.80 dan center_z =
21.19. Kelengkapan disimpan pada 9, dengan semua
parameter lainnya tetap default.
2.1.4Analisis pasca docking:Hasil docking diproses
menggunakan skrip python process_VinaResults.py
yang tersedia di tools MGL. Ligan dievaluasi
berdasarkan energi bebas pengikatan dan situs
pengikatannya. Ligan yang mengikat pada antarmuka
S-protein-ACE2 hanya dipilih untuk evaluasi lebih
lanjut. Interaksi antara hit terbaik yang dipilih dan
makromolekul dianalisis menggunakan PyMol versi
1.3 (Schrodinger2017).
2.2Simulasi dinamika molekul
Pose berlabuh dari ligan terpilih dalam kompleks
dengan domain RBD dari protein-S disiapkan untuk
studi lebih lanjut menggunakan simulasi atomistic
molecular dynamic (MD) (Bowerset al.2006). Modul
Desmond dari grup DE Shaw digunakan untuk
pengaturan MD (Bowerset al.2006). Kompleks ligan
ditetapkan dan dioptimalkan dengan atom hidrogen
jika diperlukan, diperiksa untuk penalti atom lainnya,
dan diminimalkan sebelum persiapan kotak solvasi.
Domain RBD dalam kompleks dengan masing-masing
ligan dilarutkan dalam kotak kubik molekul air pada
volume yang diperkecil. Kotak air terlarut dihasilkan
dan diminimalkan menggunakan metode penurunan
paling curam hingga ambang batas gradien 1,0 kkal/
mol/Å tercapai dengan ukuran langkah minimum 10.
Interaksi Coulomb terputus pada 9,0 Å. Konstanta
gaya default diterapkan, dan tidak ada batasan lain
pada molekul protein dan pelarut yang digunakan
selama proses minimalisasi. Proses produksi terdiri
dari 8 tahap, termasuk pra-relaksasi kompleks
protein-ligan. Simulasi dijalankan pada 300 K dan
tekanan 1,01325 bar. Run produksi dilakukan untuk
waktu simulasi 100ns. Lintasan
130Halaman 4 dari 20 Sruthi Unni dkk.
frame ditulis ke file hasil untuk setiap 50ps.
Lintasan bingkai 2000 yang dihasilkan dianalisis
menggunakan Desmond (Bowerset al.2006) dan
modul Maestro (Rilis 2017) dari Schrödinger Suite.
Perangkat lunak PyMOL (Schrödinger2017) juga
digunakan untuk inspeksi visual dari hasil analisis
cluster.
2.3Perhitungan pengikatan energi gratis
Kompleks yang disimulasikan menjadi sasaran perhitungan
MM-GBSA (mekanika molekuler yang dikombinasikan
dengan perhitungan Born umum dan solvasi luas
permukaan yang dapat diakses pelarut) untuk
memperkirakan energi bebas ikatan protein-ligan (Massova
dan Kollman2000; Genheden dan Ryde2015). Penilaian MM-
GBSA dilakukan menggunakan skrip Prime MM-GBSA yang
tersedia di modul Prime v5.6 dari Schrödinger Suite 2019-2
(Lyneet al.2006; Duet al.2011). Lintasan MD 100ns pertama
kali dilucuti untuk menghilangkan molekul pelarut eksplisit.
Lintasan kemudian dibagi menjadi total 100 frame snapshot
dengan ukuran langkah 1000 ps. Model pelarut kontinum
VSGB 2.1 (model Born umum variabel-dielektrik) dan medan
gaya OPLS3e digunakan untuk evaluasi energi (Liet al.2011;
Roos et al.2019). Untuk memprediksi efek kecocokan yang
diinduksi dari ligan, pengoptimalan situs pengikatan yang
terdiri dari prediksi rantai samping utama dan minimalisasi
juga dilakukan. Untuk setiap kerangka, energi bebas ikatan
ligan dan reseptor diperkirakan menggunakan persamaan
berikut (1) (Kolmanet al.2000):
DGmengikat¼Gkompleks- Gprotein- Gligan
di manaGkompleks, Gprotein, dan Gliganadalah energi utama dari
kompleks yang dioptimalkan, reseptor bebas dan bebas
ligan. Istilah energi bebas terpisah untuk kompleks, protein,
dan ligan dihitung untuk setiap snapshot menggunakan
persamaan (2):
DG¼DeMMthDGmemecahkan- TDS
di manaDeMMsesuai dengan energi mekanik molekul rata-
rata dan mencakup potensi elektrostatik dan van der Waals
dalam medan gaya mekanik molekul, diberikan dalam
persamaan (3), danDGmemecahkanadalah energi bebas solvasi
yang diperoleh dari penjumlahan kontribusi polar dan non-
polar dari persamaan (4). Energi bebas solvasi polar dihitung Lys353 dan Asp355 pada permukaan reseptor ACE2
menggunakan model Generalized Born (GB), sedangkan
energi bebas solvasi non-polar diperoleh dengan
menyelesaikan hubungan linier dengan luas permukaan
yang dapat diakses oleh pelarut.TDSadalah
entropi absolut diselesaikan dengan menggunakan analisis mode normal
dari frekuensi getaran.
DeMM¼DeelektrostatikthDevdw d3TH
DGmemecahkan¼DGkutubthDGnonpolar d4TH
Energi bebas ikatan terakhir yang dilaporkan adalah
rata-rata dari 100 snapshot. Selain itu, untuk
menghubungkan stabilitas ligan di situs pengikatan
dan afinitas pengikatannya, perhitungan MM-GBSA
dilakukan pada bingkai perwakilan dari setiap kluster.
3. Hasil dan Pembahasan
Domain pengikat reseptor (domain RBD) dari protein
lonjakan (S-protein) SARS-CoV-2 dipilih sebagai target
obat untuk skrining senyawa antivirus terhadap
pandemi SARS-CoV-2 2019 (gambar1SEBUAH).
Superposisi struktur cryo-EM dari protein Spike
(keadaan terbuka) (PDB ID: 6VYB) dengan struktur
kristal domain RBD dalam kompleks dengan reseptor
ACE2 (PDB ID: 6LZG) mengungkapkan kesan model
interaksi yang ada antara kedua protein (angka1B, C).
Database DrugBank dan PubChem digunakan untuk
studi skrining virtual (Boltonet al.2008; Wishartet al.
2018). Senyawa-senyawa yang dipertimbangkan
untuk studi dari kedua database tersebut memenuhi
kriteria Rule of Five (Lipinski2004). Senyawa yang
dipilih dari studi docking diperiksa secara visual untuk
interaksi kritis yang dapat mengganggu interaksi
protein-protein (PPI) antara protein-S virus SARS-
d1TH CoV-2 dan reseptor ACE2 manusia, sehingga
berpotensi menghambat masuknya partikel virus ke
dalam manusia; dengan demikian, mencegah replikasi
viral load. Wilayah antarmuka antarmolekul untuk
studi docking dipelajari dengan cermat. Studi docking
buta dilakukan untuk menghilangkan interaksi bias
yang secara signifikan akan lemah dalam studi
pengikatan waktu nyata. Situs pengikatan dibagi
d2TH menjadi tiga wilayah berdasarkan wilayah permukaan
elektrostatik pada antarmuka S-protein – ACE2, yaitu
Situs 1, Situs 2, dan Situs 3 (gambar2SEBUAH). Wilayah
'Situs 1' hidrofilik terdiri dari residu Gly446, Tyr449,
Gly496, Gln498, Thr500, dan Asn501 pada protein-S
dan berinteraksi dengan residu Asp38, Tyr41, Gln42,
(gambar2B). Wilayah 'Situs 2' hidrofilik sedang terdiri
dari residu Lys417 dan Gln493, yang berinteraksi
dengan residu Asp30 dan Glu35 dari reseptor ACE2
(gambar2C).
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 5 dari 20130

Gambar 1.Struktur protein lonjakan SARS-CoV-2. (SEBUAH)Representasi kartun dari domain pengikat reseptor (domain RBD)
dari protein lonjakan (PDB ID: 6LZG). (B)Representasi kartun dari struktur cryoEM tersuperposisi dari protein lonjakan
trimerik (PDB ID: 6VYB) (dalam pita hijau, cyan, dan merah muda) dengan struktur kristal reseptor ACE2 (pita biru) dalam
kompleks dengan domain RBD dari protein lonjakan (pita hijau) (PDB ID: 6LZG). (C)Representasi permukaan dari struktur
superposisi ditunjukkan pada (B).

Wilayah 'Situs 3', yang juga merupakan hidro sedang -7,0 kkal/mol (tabel1). Senyawa yang bersifat filik
terdiri dari residu Ala475 dan Asn487 yang menunjukkan interaksi spesifik lokasi secara visual S-protein
dan berinteraksi dengan residu Ser19, diperiksa untuk menentukan viabilitasnya dalam
Glu24, dan Tyr83 dari ACE2 (gambar2D). Pada analisis menghambat interaksi reseptor ACE2. Empat senyawa
rinci lebih lanjut, topologi situs pengikatan menunjukkan selanjutnya dipilih untuk studi simulasi MD berdasarkan
wilayah hidrofilik yang substansial di ujung kepala interaksi yang ditunjukkan di bawah ini. Tujuh senyawa
wilayah 'Situs 1'. 'Situs 1' juga menampung celah teratas, termasuk senyawa yang dipilih untuk studi MD,
hidrofobik yang sangat menonjol yang dihasilkan oleh dijelaskan di bawah ini.
residu Tyr495, Phe497, dan Tyr505 (gambar2E). Celah ini
tidak mengganggu interaksi dengan permukaan 3.1.1Meflokuin (DB00358):Mefloquine, obat antimalaria,
reseptor ACE2 tetapi tampaknya menjadi strategi yang sangat aktif melawanPlasmodium falciparumserta
dapat diterapkan saat merancang obat untuk pengikatan melawan parasit malaria yang kebal terhadap klorokuin
protein-S untuk menghambat interaksi reseptor. Celah dan menjadikannya obat yang sangat efisien melawan
diikuti oleh residu 'Situs 2', yang memberikan posisi malaria (Palmeret al.1993; Tidaket al. 2000). Senyawa ini
pengait yang baik untuk menunjukkan interaksi hidrofilik yang baik dengan S-
kemungkinan senyawa obat. Ada banyak hidro- protein dari sebagian situs 1
residu filik yang tidak berinteraksi seperti Arg403, wilayah yang meluas ke wilayah 'Situs 2' (gambar3SEBUAH). Itu
Glu406, dan Tyr453 di 'wilayah Situs 2', yang sekali lagi dua bagian trifluromethyl pada inti quinolinyl secara
memberikan kemungkinan strategi perancangan obat untuk signifikan berinteraksi dengan residu 'Situs 1' (Gly496,
menghambat ACE2 (gambar2E). Asn501, dan Tyr505) dan residu Situs 2 (Tyr453 dan
Ser494). Bagian metanol piperidil berinteraksi dengan
residu Asn501. Selain itu, inti quinolinyl dan cincin
3.1perpustakaan DrugBank piperidyl menumpuk pada residu Tyr505 di tepi ke muka
dan muka ke mukahalinteraksi. Hilangnya substansial
Untuk perpustakaan DrugBank, studi docking interaksi antarmolekul Lys353 dari ACE2 dapat terjadi
mengungkapkan bahwa senyawa pengikat paling atas (tujuh ketika Mefloquine berikatan dengan protein-S di situs
ligan) memiliki skor docking berkisar antara -7,5 dan pengikatan yang diprediksi.
130Halaman 6 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Gambar 2.Antarmuka antara protein lonjakan virus dan ACE2. (SEBUAH)Representasi kartun dari interaksi protein Spike-
ACE2 (masing-masing dalam pita hijau dan biru muda). Permukaan interaksi dibagi menjadi tiga wilayah - 'Situs 1', 'Situs 2',
dan 'Situs 3'. Residu interaksi ditampilkan sebagai tongkat (merah muda - reseptor ACE2; hijau - protein Spike). (B), (C)dan
(D)Interaksi antara protein Spike dan reseptor ACE2 ditunjukkan untuk wilayah 'Situs 1', 'Situs 2', dan 'Situs 3'. (E) Residu di
dalam dan sekitar 'Situs 1' dan 'Situs 2' membentuk situs pengikatan yang baik untuk interaksi ligan. Topologi untuk situs
pengikatan dapat dibagi sebagai daerah celah hidrofobik, 'kait 1', dan 'kait 2'. Celah hidrofobik adalah hotspot untuk
pengikatan senyawa dengan inti aromatik yang kuat. Daerah hook1 dan hook2, yang terdiri dari interaksi hidrofilik,
memberikan dukungan yang baik untuk meningkatkan interaksi.
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 7 dari 20130

Tabel 1.Tujuh senyawa teratas dari studi docking database DrugBank

Mengikat Gratis
Bank Obat Menggabungkan Energi Ligan
PENGENAL Nama Struktur Fungsi (kkal/mol) Efisiensi Referensi
DB00358 Meflokuin Antimalaria - 7.0 - 0,269 Tidaket al.
(2000)

DB00739 Hetasilin Antibiotika - 7.1 - 0,243 Hardcastle

et al. (1966)

DB01009 Ketoprofen Analgesik, - 7.0 - 0,268 Sardanaet al.

Antipiretik (2017)

DB04824 Fenolftalein Pencahar - 7.3 - 0,304 Cooganet al.

(2000)

DB09219 Bisoxatin Pencahar - 7.4 - 0,296 Penunggang, (1971)

DB08931 Riociguat Obat untuk mengobati - 7.4 - 0,239 Ghofrani

arteri pulmonal et al. (2013)
hipertensi

DB12301 Doravirine HIV-1 terbalik - 7.2 - 0,248 Colombier

transkriptase dan Molina
penghambat (2018)

3.1.2Hetasilin (DB00739):Hetasilin adalah ab-antibiotik
laktam yang digunakan untuk mengobati infeksi
bakteri (Hardcastle Jret al.1966; Smith dan Hamilton-
Miller 1970). Itu kemudian ditarik karena menawarkan
nilai terapeutik yang lebih rendah daripada turunan
ampisilin. Senyawa diposisikan di celah hidrofobik dan
daerah kait 'Situs 2' (gambar3B). Itu
bagian imidazolidine berinteraksi dengan Tyr453, dan
bagian azabisiklo dari hetacillin berinteraksi secara ekstensif
dengan Glu406 dari wilayah 'Situs 2'. Bagian fenil
berkontribusi pada interaksi hidrofobik dengan Tyr505.
Interaksi antarmolekul Lys353 dari ACE2 juga dapat
dihambat ketika Hetacillin berikatan dengan protein-S di
tempat pengikatan yang diprediksi.
130Halaman 8 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Gambar 3.Docking interaksi senyawa teratas dari database DrugBank. Interaksi antarmolekul dari pose docking
senyawa terbaik (SEBUAH)Meflokuin (DB00358), (B)Hetasilin (DB00739), (C)Ketoprofen (DB1009), (D) Phenolphthalein
(DB04824) dan Bisoxatin (DB09219), (E)Riociguat (DB08931) dan (F)Doravirin (DB12301). Residu yang berinteraksi
ditampilkan sebagai tongkat.

3.1.3Ketoprofen (DB01009):Ketoprofen adalah obat yang dan Tyr453 (gambar3C). Bagian benzoil dan
digunakan untuk mengobati rheumatoid arthritis dan hidrotropat membungkus residu Tyr505hal
osteoarthritis (Sardanaet al.2017). Bagian hidratropat interaksi bertumpuk. Gugus hidroksil dari gugus
dari senyawa berinteraksi dengan residu 'Situs 2', Arg403 benzoil berinteraksi dengan Gly496. Meskipun
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 9 dari 20130

Meja 2.Tujuh senyawa teratas dari studi docking dari Database PubChem

Mengikat
Gratis
PubChem Energi Ligan
CID Nama Senyawa Struktur Fungsi (kkal/mol) Efisiensi Referensi
135565082 Talazoparib F Antineoplastik - 8.9 - 0,218 Hei (2018)
H
N F

N N
N
N HAI
H

9869053 CX-659S Anti-oksidatif dan - 8.7 - 0,256 Pergi keet al.

NH2
OH
Antiinflamasi (2002)
N

HAI NH

N
HAI
HAI HAI

9890128 Naftalenanitril N Lipoksigenase - 8.4 - 0,247 Delorme

9ac (L-708.780) (LOX) penghambat et al. (1996)
HAI
HAI

HAI
HAI
OH

9954003 Lensiprazin Antipsikotik - 7.8 - 0,252 Kecilet al.

HN
(2005)
N NH

N HAI
HAI

2403 Bisindolylmaleimide H
N
HAI Protein kinase - 7.8 - 0,260 Muidet al.
VIII HAI
penghambat, Anti- (1991)
inflamasi dan
Anti-asma
N

H2N

2404 Bisindolylmaleimide H
N
HAI Protein kinase - 7.7 - 0,241 Muidet al.
X HAI
penghambat, Anti- (1991)
H2N
N
inflamasi, dan
N
Anti-asma

7073228 Silymarin OH Hepatoprotektif - 7.6 - 0,217Xieet al.

HAI

agen (2019) dan

Soleimani
HO HAI HAI
HAI

OH HAI
OH OH
et al. (2019)

senyawa menempati situs pengikatan, itu tidak bersifat karsinogenik, banyak negara masih melanjutkan
mengganggu interaksi wajib antara antarmuka penggunaan obat tersebut (Cooganet al.2000). Senyawa
lonjakan-ACE2, kecuali interaksi Lys353, yang dapat ini terdiri dari gugus hidroksilfenil kembar, salah
mengganggu oleh senyawa. satunya, bersama dengan bagian benzofuranon,
membungkus Tyr505 melaluip–pinteraksi susun (gambar
3.1.4Fenolftalein (DB04824):Phenolphthalein adalah obat 3D). Gugus hidroksilfenil lainnya secara substansial
pencahar yang digunakan untuk pembersihan saluran menempati wilayah di mana ACE2 berinteraksi di wilayah
pencernaan sebelum prosedur pembedahan (Gaginellaet al. 'kait 1'. Pose docking yang diprediksi dari senyawa
1994). Meskipun telah dihentikan di Kanada atas dasar menangkal banyak hal penting
130Halaman 10 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Gambar 4.Docking interaksi senyawa teratas dari database PubChem. Interaksi antarmolekul dari pose docking
senyawa terbaik (SEBUAH)Talazoparib (CID135565082), (B)CX-659S (CID9869053), (C)Naftalenanitril 9ac/L-708.780
(CID9890128), (D)Lensiprazin (CID9954003), (E)Bisindolylmaleimide VIII (CID2403), (F)Bisindolylmaleimide X (CID2404),
dan (G)Silymarin (CID7073228). Residu yang berinteraksi ditampilkan sebagai tongkat.

interaksi hidrofilik yang terjadi pada antarmuka spike- 3.1.5Bisoxatin (DB09219):Bisoxatin, juga obat
ACE2. pencahar, telah digunakan sebagai stimulan usus
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2
peristaltik, sehingga mengobati gangguan sembelit dan
juga untuk persiapan usus besar untuk prosedur
pembedahan (Rider1971). Tumpang tindih posisi obat di
tempat pengikatan S-protein menunjukkan cara
pengikatan yang serupa, seperti yang ditemukan pada
pengikatan fenolftalein (gambar3D). Bagian
benzoxazinone dari Bisoxatin dan bagian benzofuranone
dari Phenolphthalein saling tumpang tindih di tempat
pengikatan. Ikatan hidrogen yang lemah diamati
antara ligan dan Thr500. Mirip dengan residu 'kait 1', Asn501 dan Gly496, dan
Fenolftalein, seperti dijelaskan di atas, gugus
hidroksilfenil menempatkan dirinya untuk dibuathal
interaksi dengan Tyr505 dan untuk memblokir situs
tempat interaksi terjadi oleh residu ACE2 di wilayah
'hook 1'.
3.1.6Riociguat (DB08931):Riociguat digunakan untuk
mengobati hipertensi arteri pulmonal dan hipertensi
pulmonal tromboemboli kronis untuk meningkatkan
kapasitas olahraga dan menunda perburukan klinis
(Ghofrani et al.2013a,b). Gugus pirimidinil dan metil
karbamat berinteraksi dengan Tyr453, sedangkan gugus
pirazolopyridine dan fluorobenzyl menumpuk melawan
Tyr505 melaluihalinteraksi (gambar3E). Atom fluor dari
komponen flurobenzyl dari obat berinteraksi dengan
residu Asn501 dari wilayah Situs 1.
3.1.7Doravirine (DB12301):Doravirine adalah HIV-1 non-
nucleoside reverse transcriptase inhibitor digunakan
untuk pengelolaan infeksi HIV-1 (Colombier dan Molina
2018). Gugus benzonitril, bersama dengan gugus
triflurometil piridin, memperluas interaksi hidrofobik
dengan Tyr505. Trifluoromethyl berinteraksi dengan
residu Gly496, Asn501, dan Tyr505. Bagian triazol
membentuk interaksi hidrofilik dengan Tyr453 dan
Gln493 (gambar3F).
3.2perpustakaan PubChem
Untuk perpustakaan PubChem, studi docking mengungkapkan hit
terbaik dengan energi bebas pengikat mulai dari -8,9 hingga
- 7,6 kkal/mol, yang telah dicantumkan beserta fungsinya
dalam tabel2. Analisis interaksi dari tujuh hit teratas,
yang menunjukkan pengikatan spesifik lokasi, termasuk
tiga senyawa yang dipilih lebih lanjut untuk studi
dinamika molekuler, diberikan di bawah ini.
3.2.1CID135565082:Talazoparib adalah agen antineoplastik
yang secara selektif berikatan dengan enzim poli (ADP-
ribosa) polimerase (PARP) dan menghambat perbaikan DNA
yang dimediasi PARP (Hoy2018). Flurobenzena
Halaman 11 dari 20130
cincin membungkus Try505, membentukp–pdanp–p
Interaksi aromatik berbentuk T (gambar4SEBUAH).
Amina piperidin terlibat dalam ikatan hidrogen
dengan residu 'Situs 1' Gly496 dan Asn501.
3.2.2CID9869053:Turunan diaminourasil memiliki
potensi aktivitas anti-oksidatif dan anti-inflamasi
(Gotoet al.2002). Bagian trimetilfenol dari senyawa
terlibat dalam beberapa interaksi dengan
residu dari celah hidrofobik (gambar4B). Formasi dari
halInteraksi berbentuk T dan ikatan hidrogen dengan
gugus karbonil Tyr505 mengarah ke penjangkarannya
di tempat pengikatan. Gugus amina menunjukkan
interaksi ikatan hidrogen dengan Tyr453 di 'Situs 2'.
Meskipun senyawa berkontribusi interaksi
antarmolekul dengan residu situs pengikatan, itu
tidak menghalangi interaksi ACE2 – S-protein.
3.2.3CID9890128:Inhibitor aktivitas enzim lipoxygenase
dan mencegah oksidasi asam arakidonat menjadi asam
5-hydroperoxyeicosatetraenoic oleh 5-lipoxygenase
(Delormeet al.1996). Ini juga mengurangi biosintesis
leukotrien B4. Bagian naftonitril dan benzena
ditampilkanhalditumpuk danhalInteraksi berbentuk T
dengan Tyr505. Bagian dioxabicyclooctanol berinteraksi
dengan Gly496 di 'Situs 1' dan residu 'kait 2', Arg403
(gambar4C). Ini juga membentuk ikatan hidrogen
dengan Ser494. Selain itu, senyawa tersebut juga
berinteraksi dengan Asn501 dari 'Situs 1' dan
sepenuhnya menempati posisi Lys343 dari ACE2. Pose
merapat dari ligan yang diposisikan di 'Situs 1'
menunjukkan gangguan signifikan dapat terjadi ketika S-
protein berinteraksi dengan ACE2.
3.2.4CID9954003:Lensiprazine adalah agen antipsikotik
dengan aktivitas bifungsional antagonisme reseptor
dopamin D2 dan penghambatan reuptake serotonin (Smidet
al.2005). Pose merapat dari senyawa, yang tumpang tindih
dengan wilayah interaksi ACE2, menunjukkan bahwa
senyawa tersebut dapat menghambat interaksi ACE2
dengan S-protein. Bagian methylbenzoxazinone berinteraksi
dengan residu 'Situs 1' Gly496, Asn501, dan menampilkanp–
pInteraksi berbentuk T dengan Tyr505 (gambar4D). Bagian
fluoroindole menampilkan interaksi yang signifikan dengan
residu 'Situs 2' Tyr453 danp-interaksi alkil dengan Lys417.
Gugus amina fluoroindole membentuk ikatan hidrogen
dengan Glu406.
3.2.5CID2403:Bisindolylmaleimide VIII memiliki selektivitas
dan potensi yang lebih rendah terhadap protein kinase C
dibandingkan dengan CID2404 karena adanya amina
130Halaman 12 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Gambar 5.Analisis simulasi dinamika molekul (MD) untuk molekul terpilih dari database DrugBank. (SEBUAH) Root mean
square deviasi (RMSD) analisis tulang punggung protein untuk kompleks - Apo (abu-abu), DB00358 (biru tua), DB04824
(merah), DB09219 (ungu) dan DB12301 (hijau tua). Root mean square deviasi (RMSD) analisis ligan untuk kompleks -
DB00358 (biru muda), DB04824 (kuning), DB09219 (merah muda), dan DB12301 (hijau muda). (B)Plot fluktuasi kuadrat akar
rata-rata (RMSF) untuk atom tulang punggung protein dalam kompleks ligan yang dipilih. (C)Representasi kartun dari
domain RBD dari S-protein (pita hijau), menunjukkan loop tidak terstruktur (Gln474-Asn487), ditunjukkan pada pita merah,
yang menunjukkan tambalan fluktuasi tertinggi pada tulang punggung protein. (D)Plot RMSD ligan sehubungan dengan
posisi protein konsistensi pengikatan ligan ke situs yang ditargetkan.

rantai samping (Muidet al.1991). Itu dipatenkan di bawah
coronavirus sindrom pernafasan akut yang parah
sebagai asam nukleat dan protein dari SARS coronavirus
(US2006257852) (Rinoet al.2004). Gugus propana amina
yang menempel pada cincin indole berinteraksi dengan
Tyr453 dari 'Situs 2' (gambar4E). Cincin indole
menumpuk Tyr505halinteraksi.
3.2.6CID2404:Bisindolylmaleimide X adalah penghambat
protein kinase C dengan potensi aktivitas anti-inflamasi
dan anti-asma (Muidet al.1991). Itu
senyawa milik kelas senyawa organik yang dikenal
sebagai n-alkylindoles. Cincin indole menumpuk di
sekitar Tyr505, membentuk interaksi aromatik yang kuat
dari ujung ke ujung dan muka ke muka (gambar4F). Itu
juga dipatenkan di bawah US2006257852 (Rinoet al.2004
). Bagian cincin indole dan pyrroledione masing-masing
menyumbangkan ikatan hidrogen dengan Tyr505 dan
Gly496. Posisi senyawa dan interaksinya di 'Situs 1' dari
protein S menunjukkan gangguan yang signifikan dari
interaksi protein lonjakan ACE2. Baik CID2404 dan
CID2403 mengganggu interaksi ACE2 Lys343, dan
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 13 dari 20130

Gambar 6.Trajectory cluster Analisis kompleks ligan. Lintasan dikelompokkan dan dianalisis untuk memvalidasi
interaksi sepanjang garis waktu MD. Posisi pengelompokan ligan ditunjukkan: (SEBUAH)Meflokuin (DB00358), (B)
Fenoftalein (DB04824), (C)Bisoxatin (DB09219) danDDoravirin (DB12301). Rentang waktu keberadaan gugus juga
diberikan untuk setiap ligan. Ukuran cluster diberikan dalam tabel3.

pose mengikat mereka menunjukkan mereka mungkin dapat
memutuskan interaksi 'Situs 1' dengan reseptor ACE2.
3.2.7CID7073228:Silymarin adalah phytomedicine
yang diekstrak dari biji milk thistle. Seiring dengan
efek hepatoprotektifnya, ia juga dikenal dengan
aktivitas antioksidan, antivirus, anti-inflamasi, dan
anti-fibrotik (Soleimaniet al.2019; Xieet al. 2019). Ini
menunjukkan interaksi dengan residu 'Situs 1' dan
'Situs 2', sehingga menghambat His34 dan Lys343 dari
ACE2 (gambar4G). Bagian methoxyphenol menumpuk
dengan Tyr505 di tepi untuk menghadapi interaksi
aromatik dan mengarah ke banyak hidrogen
ikatan dengan residu 'Situs 1' (Gly496, Asn501, dan
Tyr505). Bagian dihydrobenzodioxinylmethanol
membentuk interaksi dengan Gly496, Ser495 di
'Situs 1', dan residu 'Situs 2' (Arg403 dan Tyr453).
Selain itu, kelompok resorsinol terlibat dalam
interaksi hidrofobik dengan rantai samping alifatik
Lys417 di 'Situs 2
3.3Analisis simulasi MD
3.3.1Molekul DrugBank:Selanjutnya, studi MD
dilakukan pada molekul DrugBank yang dipilih -
130Halaman 14 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Tabel 3.Lintasan gugus analisis – Bank Obat ligan ada pada posisi pengikatan yang berbeda
Senyawa sepanjang lari. Analisis kluster menunjukkan bahwa ligan
DB00358, DB04824, dan DB12301 tidak konsisten
Menggabungkan Gugus Gugus MMGBSA_dG_Bind dengan situs pengikatan kecuali ligan, DB09219 (gambar
PENGENAL tidak. ukuran (kkal/mol)
6). Rasio cluster untuk molekul dihitung seperti yang
DB00358 1 57 - 16.44 diberikan dalam tabel3. Phenolphthalein (DB04824) dan
2 43 - 29.32 Doravirine (DB12301) mengungkapkan rasio yang buruk
DB04824 1 64 - 40.28
masing-masing 62:38 dan 15:85. Mefloquine (DB00358)
2 60 - 31.63
3 53 - 17.93 sama sekali tidak mengikat ke situs yang ditargetkan.
4 24 - 21.77 Namun, Bisoxatin (DB09219) menempati situs
DB09219 1 157 - 31,94 pengikatan "Situs 1 dan 2" dari S-protein secara
2 44 - 31.78 konsisten selama waktu simulasi.
DB12301 1 109 - 24.20 Analisis komprehensif interaksi polar dan non-polar
2 39 - 10.41
yang dibentuk oleh molekul DB09219 dilakukan selama
3 31 - 19.04
4 22 - 20.15 simulasi. Analisis mengungkapkan interaksi elektrostatik
penting di sekitar wilayah 'Situs 1'. Mayoritas interaksi
dibentuk oleh residu Arg403, Ser494, Gly496, dan Asn501
melalui kontak ikatan hidrogen langsung dan
Mefloquine (DB0358), Phenolphthalein (DB04824), Bisoxatin diperantarai air (gambar7A, B) mirip dengan kontak RBD-
(DB09219) dan Doravirine (DB12301) untuk mengevaluasi ACE2 (Maliket al.2020). Residu Tyr453, Gln494, Gly495,
stabilitas kompleks protein-ligan. Kompleks protein-ligan dan Tyr505 berkontribusi pada ikatan hidrogen yang
terpilih dilarutkan dalam kotak air kubik dengan volume dimediasi air melalui sebagian besar simulasi.
minimal dan pengaturan untuk waktu simulasi 100ns. Berdasarkan analisis RMSD, klaster, kontak dan visual,
Pemeriksaan parameter dasar dan interaksi terperinci simulasi menunjukkan sedikit perubahan pada situs
dengan ligan dilakukan untuk mengelusidasi ligan yang pengikatan sekitar 75 ns, menyebabkan dua konformasi
berinteraksi terbaik. Analisis keduanya, tulang punggung klaster yang berbeda serta analisis kontak diferensial.
protein RMSD dan atom ligan mengungkapkan perubahan Kami berspekulasi bahwa flip over membuat kontak baru
intens pada tulang punggung protein Spike selama MD dengan residu Gly446, Gly447, dan Tyr449. Selain itu,
berjalan di kompleks DB12301 (gambar5SEBUAH). Tulang pola kontak hidrofobik yang ditemukan dengan residu
punggung protein dalam kompleks ini tampaknya Tyr449 dan Tyr505 mengungkapkan saling melengkapi
menunjukkan peningkatan bertahap dalam nilai RMSD dari yang mengarah ke spekulasi bahwa ligan berada di
tulang punggung protein. Juga, RMSD ligan dari DB12301 bawah interaksi hidrofobik konstan (gambar7C). Secara
menunjukkan RMSD yang lebih tinggi dan sangat bersama-sama, studi MD pada molekul obat ini
berfluktuasi dibandingkan dengan ligan lainnya. Kompleks membuktikan bahwa Bisoxatin mungkin menjadi
ligan lainnya menunjukkan pola RMSD yang dinormalisasi petunjuk menuju penghambatan interaksi Spike-ACE2.
dengan penyimpangan kecil ke RMSD tulang punggung
protein selama waktu simulasi. Perhitungan fluktuasi root
mean square (RMSF) mengungkapkan bahwa kompleks 3.3.2senyawa PubChem:Senyawa PubChem meskipun
ligan DB12301 menunjukkan fluktuasi yang sangat tinggi di menunjukkan energi pengikatan yang baik, kebanyakan
sebagian besar wilayah sesuai dengan pola RMSD (gambar5 cenderung mengikat kuat pada celah hidrofobik dan
B). Secara berurutan, diamati bahwa loop tidak terstruktur di tidak mengganggu interaksi protein ACE2 – Spike. Oleh
dekat wilayah 'Situs 3', yang terdiri dari Gln474 - Asn487 karena itu, hanya dua senyawa (CID2404 dan
merupakan faktor yang berkontribusi terhadap peningkatan CID9890128) yang dipilih untuk studi simulasi.
nilai RMSD tidak hanya pada DB12301 tetapi juga pada RMSD tulang punggung protein dan atom ligan
kompleks ligan lain dalam proporsi yang bervariasi (gambar dihitung untuk RBD SARS CoV2 Spike Protein dalam
5C). Selanjutnya, RMSD ligan sehubungan dengan struktur kompleks dengan senyawa PubChem CID2404 dan
protein mengungkapkan ketidakstabilan dalam interaksi CID9890128 terhadap struktur awalnya (gambar8
pengikatan ligan DB00358, DB04824, dan DB12301 (gambar SEBUAH). Kedua kompleks tidak menunjukkan
5D). Menariknya, obat tersebut, Bisoxatin (DB09219), fluktuasi signifikan selama waktu simulasi 100ns
menunjukkan interaksi yang konsisten dalam kantong dan stabil pada * 2,5 Å. Untuk memeriksa stabilitas
pengikat yang ditargetkan. Analisis cluster lintasan senyawa pada tempat pengikatan yang diprediksi
mengungkapkan rasio persentase waktu dengan docking, RMSD ligan terhadap protein
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 15 dari 20130

Gambar 7.Analisis kontak DB09219. (SEBUAH)Analisis ikatan hidrogen untuk DB09219 mengungkapkan interaksi signifikan dengan
residu Arg403, Ser494, Gly496, dan Asn501. (B)Analisis ikatan hidrogen yang dimediasi air mengungkapkan keterlibatan residu
Tyr453, Gln494, Gly495 dan Tyr505 selain residu dalam (A). (C)Analisis kontak hidrofobik mengungkapkan sifat saling melengkapi
dari Tyr449 dan Tyr505 dalam membangun interaksi hidrofobik yang berkelanjutan dengan molekul DB09219.

dihitung dan dianalisis. Kompleks CID9890128 menunjukkan
fluktuasi yang sangat tinggi dari 20 - 55 ns, menunjukkan
perubahan ekstrem dalam pengikatan ligan (gambar8B).
Kompleks CID2404 menunjukkan RMSD stabil setelah simulasi
20ns (gambar8B). Nilai RMSD yang lebih tinggi untuk kedua
senyawa tersebut dibandingkan dengan kerangka awal
menunjukkan adanya perubahan posisi pengikatan awal. Itu
RMSF memberikan mobilitas residual rata-rata di seluruh CID2404 membentuk tiga ikatan hidrogen, dan simulasi
dalam struktur. RMSF dari setiap kompleks adalah
dihitung dan diplot terhadap nomor residu (gambar8
C). Mirip dengan hasil senyawa DrugBank, fluktuasi
tinggi diamati di wilayah loop Gln474-Asn487. Validasi
penentuan posisi ligan dilakukan melalui analisis
trajectory cluster (gambar8D). Jumlah cluster dan
rasio cluster untuk masing-masing kompleks ligan
diberikan dalam tabel4. Ligan CID2404 dan
CID9890128 menunjukkan cluster yang buruk
ransum karena mereka tidak menunjukkan pengikatan ke situs
target dan sebaliknya menunjukkan gangguan total interaksi
protein seperti pada kasus terakhir.
Untuk menentukan interaksi yang dibentuk oleh
senyawa dengan residu pada tempat pengikatan
protein ACE2 – S, profil ikatan hidrogen dihitung
antara senyawa dan residu terpilih. Keseluruhan,
CID9890128 membentuk dua ikatan hidrogen.
Senyawa CID2404 berinteraksi dengan residu 'Situs 1'
Thr500, Gln498, dan residu 'Situs 2' Ser494 selama
waktu simulasi (tidak ditampilkan). Diamati bahwa
senyawa bergerak menjauh dari situs pengikatan awal
menuju 'Situs 3' (gambar8D). Setelah 25 ns, ia
kehilangan interaksi awal dengan Tyr505 dan
mendekati Leu452, Phe490, dan Leu492, membentuk
interaksi aromatik. Senyawa CID9890128
130Halaman 16 dari 20 Sruthi Unni dkk.

Angka 8.Analisis Simulasi Dinamis Molekuler (MD) untuk molekul terpilih dari Basis Data PubChem.
(SEBUAH)RMSD tulang punggung protein RBD S dalam kompleks CID2404 (merah), kompleks CID9890128 (hijau tua), dan
protein apo (abu-abu). RMSD ligan dalam kompleks CID2404 (merah muda) dan CID9890128 (hijau muda) juga disertakan.; (
B)RMSD posisi ligan sehubungan dengan protein dalam kompleks CID2404 (Merah) dan CID9890128 (Hijau); (C)RMSF tulang
punggung protein RBD S di kompleks CID2404 (Merah), kompleks CID9890128 (Hijau) dan apo RBD protein lonjakan (abu-
abu); (D) Analisis klaster lintasan kompleks CID2404. (i) Posisi ligan yang dikelompokkan untuk 25ns awal periode simulasi.
(ii) Posisi ligan yang terkelompok selama 30-200ns periode simulasi.

Tabel 4.Analisis klaster lintasan- Senyawa PubChem interaksi yang diamati dengan Tyr505 hilang dalam
kursus simulasi untuk kedua senyawa tersebut.
Menggabungkan Gugus Gugus MMGBSA_dG_Bind
PENGENAL tidak. ukuran (kkal/mol)

CID2404 1 53 - 25.64 3.4Analisis MM-GBSA

2 148 - 26.70
CID9890128 1 31 - 17.87 Analisis MM-GBSA dilakukan untuk empat ligan
2 45 - 33.05
3 125 0,01 terpilih dari database DrugBank dan dua ligan
terpilih dari database PubChem. Lintasan
kompleks protein-ligan yang dipilih diiris menjadi
menunjukkan interaksi awalnya dengan Ser494 dan Thr500. 100 snapshot berkala, yang masing-masing
Data analisis klusternya menunjukkan bahwa CID9890128 digunakan untuk membuat perhitungan Prime
menjauh dari situs pengikatan (tidak ditampilkan). Inisial MM-GBSA di suite Schrodinger. Ikatan total
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2 Halaman 17 dari 20130

Gambar 9.Analisis MM-GBSA. Nilai dG untuk energi total (hitam), coulomb (oranye), lipofilik (hijau), dan van der Waal
(biru) untuk (SEBUAH)DB09219 dan (B)CID2404.

Tabel 5.Hasil energi bebas pengikat (dalam kkal/mol) diperoleh dari analisis MM-GBSA

Menggabungkan MMGBSA_dG_Bind MMGBSA_dG_vdw MMGBSA_dG_Lipofilik MMGBSA_dG_Coulomb

CID2404 - 34.52 - 31.68 - 9.26 - 10.20

DB9219 - 30.52 - 23.69 - 8.23 - 15.69
CID9890128 - 30.11 - 21.45 - 10.57 - 5.14
DB358 - 23.54 - 19.59 - 8.34 - 2.89
DB12301 - 22.92 - 19.93 - 3.98 - 12.13
DB4824 - 21.45 - 16.21 - 6.57 - 12.33

tren energi setiap kompleks pada interval 1ns per senyawa pengikat, DB09219, mengungkapkan lintasan
snapshot diberikan dalam gambar9. Nilai rata-rata energi-dip post 70ns, menunjukkan hilangnya interaksi
berjalan dari berbagai komponen energi bebas elektrostatik. Menariknya, analisis ikatan hidrogen yang
pengikatan MM-GBSA yang dihitung ditunjukkan dalam komprehensif menunjukkan bahwa Gly496 dan Asn501
tabel5. Pada analisis komponen energi individu, menunjukkan tren ikatan hidrogen (gambar7A) yang cocok
diindikasikan bahwa van der Waals dan energi dengan tren coulombic (gambar9SEBUAH). Inspeksi visual
elektrostatik dari interaksi coulombic memberikan mengungkapkan bahwa hilangnya interaksi ini disertai
kontribusi besar terhadap energi bebas pengikatan. dengan sedikit perubahan pada situs pengikatan. Karena
Molekul, DB09219, dan CID2404 menunjukkan nilai residu, Gly496 dan Asn501, adalah beberapa residu penting
energi bebas pengikatan terendah dengan energi van dalam interaksi RBD-ACE2 di 'Situs 1', kami berspekulasi
der Waals yang sangat disukai yang menunjukkan bahwa residu tersebut mungkin merupakan residu penting
pembentukan interaksi hidrofobik dengan residu di untuk pengikatan kompetitif pada antarmuka.
Selain itu, analisis energi ikat dilakukan untuk
sekitarnya. Komponen berenergi tinggi ini memvalidasi
pose berkelompok untuk membedakan bingkai
kedekatan ligan dengan celah hidrofobik, seperti yang
yang berkontribusi dan mengurangi nilai energi.
telah dibahas sebelumnya. Selain itu, energi lipofilik
menunjukkan mendukung interaksi van der Waals Untuk senyawa DrugBank, DB00358 dan tions. Kontak
hidrofobik ini memainkan peran penting dalam DB04824, total nilai energi ikat menunjukkan bahwa ukuran
stabilitas ligan pada kantong pengikat. cluster yang lebih tinggi berkontribusi pada penipisan nilai
Kontribusi elektrostatik terhadap energi ikat energi rata-rata keseluruhan (tabel3). Untuk senyawa,
sebanding untuk semua senyawa kecuali CID9890128 DB12301, Cluster #1, yang memiliki ukuran cluster terbesar,
dan DB00358 (tabel5). Tren Coulomb di terbaik- menunjukkan energi ikat yang lebih tinggi
130Halaman 18 dari 20 Sruthi Unni dkk.
dibandingkan dengan klaster lainnya. Namun, nilai
energi yang signifikan dari DB09219 konsisten di kedua
kluster dan juga lebih baik dibandingkan dengan ligan
lain, menunjukkan bahwa senyawa DB09219 memang
mengikat secara substansial ke S-protein. Untuk senyawa
PubChem, CID2404 menunjukkan nilai energi ikat yang
konsisten antara dua kluster tetapi lebih rendah dari
senyawa tersebut, DB09219 (tabel4).
Kesimpulannya, skrining virtual, docking, simulasi dinamika
molekul dan studi MM-GBSA dari perpustakaan DrugBank dan
PubChem terhadap domain pengikat reseptor (RBD) dari S-
protein menghasilkan molekul obat yang dapat digunakan
kembali, Bisoxatin yang secara signifikan berikatan dengan
domain RBD di Antarmuka RBD – ACE2 dan dengan demikian
Bisoxatin dapat menghambat pengikatan ACE2 ke protein Spike.
Dengan demikian, kami mengusulkan bahwa molekul hit,
Bisoxatin, dapat digunakan sebagai molekul utama untuk
mengembangkan perpustakaan kimia baru sebagai
penghambat protein Spike SARS-CoV-2 untuk mencegah
interaksi sel inang.
Terima kasih
Kami berterima kasih kepada Dr. V. Ravi dan Dr. V.
Manjunatha, Departemen Neurovirologi, atas diskusi
ilmiahnya. BP berterima kasih kepada DST (DST-FIST: SR/
FST/LS-I/2017(C)), SERB (CRG/2019/002603), DBT, India
(BT/PR32378/BRB/10/1784/2019) , dan kepada ICMR,
India (ISRM/12(04)/2019), atas dukungan keuangannya.
SU berterima kasih kepada Council of Scientific and
Industrial Research (CSIR), India, atas beasiswa SRF (09/
490(0103)/2019). ST mengakui hibah kelembagaan untuk
IBAB dari Departemen IT, BT, Sains dan Teknologi,
Karnataka. IBAB juga didukung oleh vide sanksi DST-FIST
no. SR/FST/LSI-536/2012.
Referensi
Beura S dan Chetti P 2020 Strategi in-silico untuk probing
inhibitor berbasis klorokuin terhadap SARS-CoV-2.J
Biomol. Struktur. Din.https://doi.org/10.1080/07391102.
2020.1772111
Bolton EE, Wang Y, Thiessen PA dan Bryant SH 2008
PubChem: platform terintegrasi molekul kecil dan
aktivitas biologis.Tahun. Rep.Komput. kimia4 217–
241
Bowers KJ, Chow DE, Xu H, Dror RO, Eastwood MP,et al.
2006 Algoritme yang dapat diskalakan untuk simulasi dinamika
molekul pada kluster komoditas.Prosiding Konferensi ACM/IEEE
2006 tentang Supercomputing (Dalam IEEE)
Colombier MA dan Molina JM 2018 Doravirine: ulasan.
Kur. Opin. AIDS13308–314
Coogan PF, Rosenberg L, Palmer JR, Strom BL, Zauber AG,
Stolley PD dan Shapiro S 2000 Pencahar Phenolphthalein
dan risiko kanker.J.Natl. Institut Kanker921943–1944
Delorme D, Ducharme Y, Brideau C, Chan CC, Chauret N,
et al.1996 Dioxabicyclooctanyl naphthalenenitriles as
nonredox 5-lipoxygenase inhibitors: studi hubungan
struktur-aktivitas yang diarahkan pada peningkatan
stabilitas metabolik.J.Med. kimia393951–3970 Drosten C,
Günther S, Preiser W, van der Werf S, Brodt HR,
et al.2003 Identifikasi novel coronavirus pada pasien
dengan sindrom pernafasan akut yang parah.N.Engl.
J.Med.20033481967–1976
Du J, Sun H, Xi L, Li J, Yang Y, Liu H dan Yao X 2011
Studi pemodelan molekuler penghambat checkpoint kinase 1
dengan beberapa strategi docking dan perhitungan prime/
MM-GBSA.J.Komput. kimia322800–2809 Gaginella TS, Mascolo
N, Izzo AA, Autore G dan Capasso F
1994 Nitrit oksida sebagai mediator aksi pencahar
bisakodil dan fenolftalein: induksi sintase nitrat
oksida.J. Pharmacol. Exp. Ada.2701239–1245
Genheden S dan Ryde U 2015 MM/PBSA dan MM/
Metode GBSA untuk memperkirakan afinitas pengikatan ligan.
Opini Ahli. Penemuan Narkoba.10449–461
Ghofrani HA, D'Armini AM, Grimminger F, Hoeper MM,
Jansa P,et al.2013 Riociguat untuk pengobatan
hipertensi paru tromboemboli kronisN.Engl. J.Med.
369319–329
Ghofrani HA, Galiè N, Grimminger F, Grunig E, Humbert
M,et al.2013 Riociguat untuk pengobatan hipertensi
arteri paru.N.Engl. J.Med.369330–340
GotoY,WatanabeN,KogawaN,TsuchiyaM,TakahashiO,Uchi
H, Furue M dan Hayashi H 2002 CX-659S: turunan
diaminourasil baru yang memiliki aktivitas antioksidan
dan antiinflamasi akut.eur. J. Pharmacol.438189–196
Gui M, Lagu W, Zhou H, Xu J, Chen S, Xiang Y dan Wang
Struktur mikroskop cryo-elektron X 2017 dari glikoprotein
lonjakan SARS-CoV mengungkapkan keadaan konformasi
prasyarat untuk pengikatan reseptor.Sel Res.27 119–129
Hardcastle Jr G, Johnson D, Panetta C, Scott A dan
Sutherland S 1966 Persiapan dan struktur hetacillin.
J.Org. kimia31897–899
Hoy SM 2018 Talazoparib: persetujuan global pertama.Narkoba78
1939–1946
Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q,
Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J
dan Bolton EE 2019 Pembaruan PubChem 2019:
peningkatan akses ke data kimia.Asam Nukleat Res.47
D1102– D1109
Kollman PA, Massova I, Reyes C, Kuhn B, Huo S,et al.
2000 Menghitung struktur dan energi bebas molekul
kompleks: menggabungkan mekanika molekuler dan
model kontinum.Rek. kimia Res.33889–897
 Penghambat protein Spike SARS-CoV-2
Ksiazek TG, Erdman D, Goldsmith CS, Zaki SR, Peret T,
et al.2003 Sebuah novel coronavirus yang terkait dengan
sindrom pernafasan akut yang parah.N.Engl. J.Med.348 1953–
1966
Lan J, Ge J, Yu J, Shan S, Zhou H, Fan S, Zhang Q, Shi X,
Wang Q, Zhang L dan Wang X 2020 Struktur domain
pengikat reseptor lonjakan SARS-CoV-2 yang terikat pada
reseptor ACE2.Alam581215–220
Li W, Moore MJ, Vasilieva N, Sui J, Wong SK, Berne MA,
Somasundaran M, Sullivan JL, Luzuriaga K, Greenough TC,
Choe H dan Farzan M 2003 Angiotensin-converting
enzyme 2 adalah reseptor fungsional untuk virus corona
SARS.Alam426450–454
Li J, Abel R, Zhu K, Cao Y, Zhao S and Friesner RA 2011
Model VSGB 2.0: model energi generasi berikutnya untuk
pemodelan struktur protein resolusi tinggi.Protein.79
2794–2812
Li F, Li W, Farzan M dan Harrison SC 2005 Struktur
Domain pengikat reseptor lonjakan coronavirus SARS
dikomplekskan dengan reseptor.Sains3091864–1868 Lipinski
CA 2004 Senyawa timbal dan sejenis obat: aturan-
revolusi lima.Penemuan Narkoba. Hari ini Technol.1
337–341
Lyne PD, Lamb ML dan Saeh JC 2006 Prediksi akurat
dari potensi relatif anggota serangkaian inhibitor
kinase menggunakan docking molekuler dan penilaian
MM-GBSA.J.Med. kimia494805–4808
Malik A, Prahlad D, Kulkarni N, dan Kayal A 2020
Molekul Air Antarmuka Membuat RBD Protein SPIKE dan
ACE2 Manusia untuk Tetap Bersama.bioRxiv Massova I
dan Kollman PA 2000 Gabungan molekuler
pendekatan pelarut mekanik dan kontinum (MM-PBSA/ GBSA)
untuk memprediksi pengikatan ligan.Perspektif Obat Discov. Des.
18113–135
Morris GM, Huey R, Lindstrom W, Sanner MF, Belew RK,
Goodsell DS dan Olson AJ 2009 AutoDock4 dan
AutoDockTools4: Docking otomatis dengan fleksibilitas
reseptor selektif.J.Komput. kimia302785–2791 Muid
RE, Dale MM, Davis PD, Elliott LH, Hill CH, Kumar
H, Lawton G, Twomey BM, Wadsworth J dan Wilkinson SE
1991 Inhibitor protein kinase C yang dibatasi secara
konformasional, Ro 31-8425, menghambat pembentukan
superoksida neutrofil manusia dengan rangsangan terlarut,
partikulat, dan postreseptor.FEB Lett.293169–172
Nosten F, van Vugt M, Harga R, Luxemburger C, Thway KL,
Brockman A, McGready R, ter Kuile F, Looareesuwan S
dan White NJ 2000 Pengaruh kombinasi artesunate-
mefloquine pada kejadian malaria Plasmodium
falciparum dan resistensi mefloquine di Thailand
barat: studi prospektif.Lanset356297–302
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vander-
meersch T dan Hutchison GR 2011 Open Babel: Kotak alat
kimia terbuka.J. Cheminform.333
de Oliveira OV, Rocha GB, Paluch AS dan Costa LT 2020
Menggunakan kembali obat yang disetujui sebagai penghambat SARS-CoV-
Halaman 19 dari 20130
2 S-protein dari pemodelan molekuler dan penyaringan
virtual.J. Biomol. Struktur. Din.https://doi.org/10.1080/
07391102.2020.1772885
Palmer KJ, Holliday SM dan Brogden RN 1993 Meflokuin.
Narkoba45430–475
Rilis Schrödinger 2017 4: Maestro, Schrödinger, LLC,
New York, NY, 2017
Rider J 1971 Pengobatan sembelit akut dan kronis
dengan bisoxatin asetat dan bisacodyl. Studi crossover
double-blind.Kur. Ada. Res. Klinik. Exp.13386–392 Rino
R, Vega M, Konrad S, P Gj, David C, Jang H,et al.
2004 Koronavirus sindrom pernafasan akut yang parah.
http://v3.espacenet.com/textdoc?DB=EPODOC&IDX=
US2006257852
RoosK,WuC, DammW, ReboulM, Stevenson JM,et al.2019
OPLS3e: Memperluas Cakupan Medan Gaya untuk Molekul
Kecil Seperti Obat.J.Chem. Komputasi Teori.151863-1874
Rothan HA dan Byrareddy SN 2020 Epidemiologi dan
patogenesis wabah penyakit coronavirus
(COVID-19).J. Autoimun.109102433
Sandeep S dan McGregor K 2020 Berbasis Energetika
Pemodelan Pengikatan Hidroksiklorokuin dan
Azitromisin pada Protein Lonjakan (S) SARS-CoV-2 -
Kompleks ACE2.ChemRxiv
Sardana V, Burzynski J and Zalzal P 2017 Keselamatan dan
kemanjuran ketoprofen topikal dalam gel transfersome pada
osteoartritis lutut: tinjauan sistematis.Perawatan Muskuloskeletal
15114–121
Sardar R, Satish D, Birla S dan Gupta D 2020 Komparatif
analisis genom SAR-CoV2 dari lokasi geografis yang
berbeda dan genom keluarga virus corona lainnya
mengungkapkan fitur unik yang berpotensi menjadi
konsekuensi interaksi dan patogenesis hostvirus.bioRxiv
https://doi. org/10.1101/2020.03.21.001586
Schrodinger L 2017 Sistem grafis molekuler PyMol,
versi 2.0. Schrödinger, LLC, New York, NY. Shang J,
Ye G, Shi K, Wan Y, Luo C, Aihara H, Geng Q,
Auerbach A dan Li F 2020 Dasar struktural pengenalan
reseptor oleh SARS-CoV-2.Alam.581221-224 Smid P,
Coolen HK, Keizer HG, van Hes R, de Moes JP,
et al.2005 Sintesis, hubungan struktur-aktivitas, dan sifat
biologis 1-heteroaril-4-[x-(1 H-indol-3-yl) alkil] piperazines,
antipsikotik potensial baru yang menggabungkan
antagonisme reseptor dopamin d2 yang kuat dengan
penghambatan reuptake serotonin yang kuat.J.Med.
kimia48 6855–6869
Smith J dan Hamilton-Miller J 1970 Hetacillin: bahan kimia
dan perbandingan biologis dengan ampisilin.Kemoterapi 15
366–378
Soleimani V, Delghandi PS, Moallem SA and Karimi G
2019 Keamanan dan toksisitas silymarin, konstituen
utama ekstrak milk thistle: Tinjauan terbaru.
Phytother. Res.331627–1638
Lagu W, Gui M, Wang X dan Xiang Y 2018 Cryo-EM
struktur lonjakan glikoprotein virus corona SARS
130Halaman 20 dari 20 Sruthi Unni dkk.
kompleks dengan reseptor sel inangnya ACE2.Patog PLoS. 14
e1007236
Tortorici MA dan Veesler D 2019 Struktural wawasan
masuknya virus corona.Lanjut Res Virus.10593–116
Trott O dan Olson AJ 2010 AutoDock Vina: meningkatkan
kecepatan dan akurasi docking dengan fungsi scoring
baru, pengoptimalan yang efisien, dan multithreading.
J.Komput. kimia31455–461
Tembok AC, Park YJ, Tortorici MA, Tembok A, McGuire AT dan
Veesler D 2020 Struktur, fungsi, dan antigenisitas
glikoprotein lonjakan SARS-CoV-2.Sel181281–292
Dinding AC, Tortorici MA, Snijder J, Xiong X, Bosch BJ, Rey
FA dan Veesler D 2017 Perubahan konformasi tektonik
dari glikoprotein lonjakan virus corona mendorong fusi
membran.Proses Natl. Acad. Sains.11411157–11162 Wan
Y, Shang J, Graham R, Baric RS dan Li F 2020
Pengakuan Reseptor oleh Novel Coronavirus dari
Wuhan: Analisis Berdasarkan Studi Struktural Selama
Dekade dari SARS Coronavirus.J Virol.94e00127-20
Wang Q, Zhang Y, Wu L, Niu S, Lagu C, Zhang Z, Lu G,
Qiao C, Hu Y, Yuen KY, Wang Q, Zhou H, Yan J and Qi J
2020 Basis struktural dan fungsional entri SARS-CoV-2
dengan menggunakan ACE2 manusia.Sel181894–904
Wishart DS, Feunang YD, Guo AC, Lo EJ, Marcu A,
et al.2018 DrugBank 5.0: pembaruan besar pada database
DrugBank untuk 2018.Asam Nukleat Res.46D1074–D1082
Redaktur korespondensi: SREENIVASCHAVALI
Wu C, Liu Y, Yang Y, Zhang P, Zhong W, Wang Y, Wang Q,
Xu Y, Li M, Li X, Zheng M, Chen L and Li H 2020
Analisis target terapi untuk SARS-CoV-2 dan
penemuan obat potensial dengan metode
komputasi. Akta Farmasi. Dosa. B10766–788
Xia S, Liu M, Wang C, Xu W, Lan Q, Feng S, Qi F, Bao L,
Du L, Liu S, Qin C, Sun F, Shi Z, Zhu Y, Jiang S dan Lu L 2020a
Penghambatan infeksi SARS-CoV-2 (sebelumnya 2019-nCoV)
oleh penghambat fusi pan-coronavirus yang sangat kuat
yang menargetkan lonjakannya protein yang memiliki
kapasitas tinggi untuk memediasi fusi membran.Sel Res.30
343–355
Xia S, Zhu Y, Liu M, Lan Q, Xu W, Wu Y, Ying T, Liu S,
Shi Z, Jiang S dan Lu L 2020b Mekanisme fusi 2019-nCoV
dan inhibitor fusi yang menargetkan domain HR1 dalam
protein lonjakan.Sel Mol. Imunol.17765–767 Xiao X,
Chakraborti S, Dimitrov AS, Gramatikoff K dan
Dimitrov DS 2003 Glikoprotein SARS-CoV S: ekspresi
dan karakterisasi fungsional.Biokimia. Biofisika.
Res. Komunal.3121159–1164
Xie Y, Zhang D, Zhang J dan Yuan J 2019 Metabolisme,
transportasi dan interaksi obat-obat silymarin.
Molekul243693
Yan R, Zhang Y, Li Y, Xia L, Guo Y, and Zhou Q 2020
Dasar struktural untuk pengenalan SARS-CoV-2 oleh
ACE2 manusia full-length.Sains3671444–1448