Diskusi :

Pengetahuan komprehensif tentang mekanisme identifikasi reseptor virus adalah kunci untuk
memahami pathogen, infeksi, dan sifat spesifik alami dari Covid-19 yang selanjutnya penting untuk
pengembangan terapi perbaikan, obat-obatan, dan penyembuhan antivirus. Hingga saat ini tidak ada
obat atau terapi yang dapat diresepkan secara khusus untuk melawan SARSCoV-2, sementara
aplikasi atau pengembangan obat baru mahal dan membutuhkan banyak Langkah percobaan
sehingga memakan waktu. Lebih buruk lagi adalah prediksi WHO bahwa Covid-19 dapat menjadi
endemic, yang merupakan peringatan di dunia ilmiah bahwa menjadi lebih penting untuk
mengembangkan obat untuk melawan COVID-19 segera. Dalam hal ini, metode komputasi secara
ilmiah masuk akal untuk merancang inhibitor yang sangat spesifik untuk protein virus, sebagai
pengembangan/penemuan obat antivirus. Baru-baru ini, pemodelan structural telah memperkirakan
beberapa obat melawan protein SARS-CoV-2 bersama dengan banyak obat antivirus lainnya.

Siklus hidup virus terdiri dari empat fase utama :

Fase 1. virus menempel pada sel inang dengan mengindentifikasi reseptor spesifik, Fase 2. Menyatu
menyatu dengan membrane sel inang dan materi genetic virus (RNA) ditransfer ke dalam sel inang,
(pada tahap berikutnya) kemudian, materi genetik virus memegang genom inang dan mulai
membuat struktur dan protein non-struktural dan akhirnya bagian-bagian virus dirakit dan fag di
ejakulasi dari sel inang yang siap menyerang sel inang lainnya.

Untuk menyembuhkan infeksi yang disebabkan oleh virus RNA seperti virus dengue, virus
chikungunya, SARS, Ebola, Sinbis MERS, dll. Virus-virus ini perlu ditargetkan pada setiap tahap siklus
hidupnya. Obat yang menga Obat yang menghalangi masuknya virus ke dalam sel inang atau
menghambat replikasi virus telah diperkenalkan di pasar untuk virus chikungunya, demam berdarah,
dan virus RNA lainnya.
Penghambatan sintesis kapsid juga bisa menjadi kunci untuk mencegah infeksi virus pada tahap
pemula. Demikian pula, obat tersebut dapat dikembangkan melawan SARS-CoV-2 untuk
menargetkan/menghambat pertumbuhan virus pada setiap tahap siklus hidupnya. Selubung SARS-
CoV-2 mengandung S-protein yang bertanggung jawab untuk interaksi dengan reseptor ACE2 pada
sel inang melalui unit RBD. Ini adalah langkah dasar dan pertama untuk interaksi SARS-CoV-2 dengan
sel inang dan penciptaan infeksi. Obat antivirus yang dapat menargetkan interaksi S-RBD-ACE2 yang
mampu membuat virus masuk ke sel inang dan karenanya, menawarkan resolusi cepat untuk
memerangi peradangan SARS-CoV-2.

Hingga saat ini, belum ada strategi spesifik antivirus yang tepat untuk pengobatan COVID-19
(vaksin/obat), perawatan suportif seperti suplementasi dengan kombinasi antivirus spektrum luas,
antibiotik, kortikosteroid, serta plasma konvalesen banyak digunakan. Lebih dari 3/4 penduduk
dunia menggunakan obat-obatan herbal. Dari total 2.50.000 spesies flora yang ada di bumi ~80.000
memiliki atribut obat. Banyak senyawa bioaktif merupakan bagian dari biomassa tanaman seperti
alkaloid, peptida, terpen dan flavonoid.

Dalam semua senyawa ini, terpen adalah kelompok senyawa/metabolit sekunder 5-C yang paling
melimpah dan terbesar yang terdiri dari subunit isoprena yang dapat saling terkait satu sama lain
dalam 1000 detik. Penelitian di Silico telah mengusulkan penyaringan banyak fitokimia baru yang
dapat digunakan sebagai agen penghambat banyak protease kunci SARS-CoV-2.
Sesuai dengan hasil dari 1000 terpen terfokus dengan skrining perpustakaan potensi terapeutik yang
dilaporkan, docking molekuler dijalankan untuk mendapatkan wawasan mode pengikatan dan
antarmuka molekuler penting dari terpene yang ditunjuk dan protein S-RBD yang diperoleh dari
SARS-CoV-2.
Demikian juga, senyawa dievaluasi melalui pendekatan MD, MM-PBSA dan disintegrasi energi per-
residu mengungkapkan bahwa signifikansi relatif dari asam amino yang bertanggung jawab untuk
pengikatan yang diperkuat di bawah pengaruh berbagai molekul yang memiliki energi bebas
pengikatan. NPACT01552, NPACT01557 dan NPACT00631 diproyeksikan menjadi penghambat yang
mungkin terhadap S-RBD SARS-CoV-2 karena senyawa ini meningkatkan energi ikat dan sebagai
hasilnya dapat berinteraksi dan memblokir residu S-RBD yang mengenali situs perlekatan pada inang
sel.
Selanjutnya, kompleks ini juga menunjukkan atribut ADMET yang sukses dan senyawa ini juga bebas
efek samping/memiliki risiko yang sangat rendah. Obat lain yang memiliki ADMET yang buruk dapat
menghasilkan metabolit toksik atau mungkin tidak dapat melewati penghalang membran sel, dan
potensi pelarut juga diperkirakan dalam kisaran yang sesuai. Banyak senyawa yang diusulkan sebagai
non-inhibitor untuk isozim, seperti sitokrom P450, tetapi obat ini memainkan peran yang sangat
penting dalam metabolisme dan penghambatan enzim yang menyebabkan toksisitas dan buang air
besar di hati.

Di antara ketiga senyawa, NPACT01552 (3-beta-O-[alpha-L-rhamnopy ranosyl-(1- > 2)-alpha-L-

arabinopyranosyl]olean-12-ene-28-O-[alpha-Lrhamnopyranosyl-(1- > 4)-beta-D-glucopyranosyl-(1- >
6)-beta-D-gluco pyranosyl] ester) adalah yang paling efektif dalam pembentukan ikatan hydrogen
dengan residu Gly496, Tyr453, GLn493, Ser494 dan Glu484 dari S-RBD , dengan skor energi 11
kkal/mol.
NPACT01552 biasanya diperoleh dari Trevesia Palmata dan dilaporkan memiliki aktivitas anti-kanker
yang signifikan.

NPACT01557 (3-O-[beta-D-glucopyranosyl (1- > 3)-beta-Dgalactopyranosyl(1- > 2)]-beta-D-

glucuronopyranosyl-oleanolic acid28-O-beta-D-glucopyranoside) adalah yang ke-2 paling efektif
memiliki skor energi 10,3 kkal/mol, sedangkan NPACT00631 (Glycyrrhizin) memiliki skor energi 9,5
kkal/mol dan berada di urutan ketiga.

NPACT01557 diekstraksi dari Aralia Dasyphylla dan didokumentasikan dengan baik memiliki efek
antikanker juga. NPACT00631 juga dikenal sebagai Glycyrrhizin yang ada di Glycyrrhiza glabra dan
telah berhasil digunakan untuk mengobati HIV-1 dan hepatitis C kronis di masa lalu.
Sebelum ini, Cinatl dkk. telah menentukan atribut antivirus dari asam mikofenolat, ribavirin, 6-
azauridine, glycyrrhizin, dan isolat klinis pyrazofurin dari coronavirus (FFM-2 dan FFM-1). Glycyrrhizin
(memiliki indeks selektivitas adalah penghambat replikasi SARS-CV yang paling menjanjikan dalam
sel Vero. Ini juga menghambat penetrasi dan adsorpsi virus pada langkah awal siklus hidup virus.
Tetapi pada saat yang sama, Glycyrrhizin lebih efektif setelah diterapkan setelah fase adsorpsi
daripada selama adsorpsi. Itu juga efektif sekali diterapkan pada kedua fase sebelum dan sesudah
adsorpsi. Dalam penelitian lain, Luo et al., juga membahas khasiat obat glycyrrhizin terhadap COVID-
19 dengan mekanisme sebagai berikut; a) Mengikat S-RBD/ACE2 untuk menghambat SARS-CoV-2, b)
mengontrol sitokin proinflamasi, c) mencegah penumpukan ROS intraseluler, d) mengendalikan
trombus,. e) mencegah produksi eksudat saluran napas yang cepat, dan f) Membujuk interferon
endogen terhadap SARS-CoV-2. Studi saat ini telah mengakui pentingnya glycyrrhizin dalam
mengikat S-RBD dan menghambat perlekatan protein S SARS-CoV-2 dengan reseptor H-ACE2. Lebih
lanjut, hit yang dipilih dalam penelitian ini menunjukkan energi pengikatan yang lebih kuat, skor
docking yang lebih tinggi, dan interaksi yang lebih dekat dengan residu S-RBD daripada senyawa
yang dilaporkan dalam penelitian sebelumnya terhadap SARS-CoV-2 S-RBD.

Lebih tepatnya, studi ini memberikan pendekatan yang terperinci dan terintegrasi untuk reorganisasi
novel terpen berdasarkan inhibitor COVID-19 dan dapat bertindak sebagai titik awal untuk pengujian
intro terhadap kemanjuran senyawa ini. Penjelasan mendalam tentang sisa-sisa yang saling terkait
bersama dengan konformasi bersemangat yang disetujui lebih dari 50 ns simulasi MD dari senyawa
yang diakui menyajikan teknik untuk mengembangkan inhibitor yang aman dan lebih aktual untuk
pengobatan SARS-CoV-2.

Konklusi :

Terpen dari sumber tanaman bertindak sebagai penghambat interaksi reseptor SARS-CoV-2 S-RBD
dan H-ACE2 menantang kemampuan SARS-CoV-2 untuk memasuki sel inang sebagai tujuan utama
penelitian kami.

Studi ini telah menghasilkan tiga hit terpene baru: 3 NPACT01552, NPACT01557 dan NPACT00631
sebagai kandidat obat anti-COVID-19 yang potensial.

Semua senyawa menunjukkan afinitas dengan ikatan kuat dengan S-RBD. Senyawa ini memiliki
residu panas S-RBD yang menghambatnya.

Oleh karena itu, perlu untuk mengeksplorasi lebih lanjut tentang kompleks ini melalui analisis in vivo
dan lainnya. Penelitian saat ini menawarkan potensi yang kuat untuk pengembangan obat-obatan
berbasis tanaman/alam yang baru, hemat biaya, dan aman untuk melawan SARS-CoV-2.