KIMIA ORGANIK OBAT_TEORI

PERTEMUAN KE-5
“Review artikel Studi Docking Molekuler Kandungan Pala
(Myristica fragrans) sebagai Agen Anti Kanker Kulit”

Dosen Pengampu :
HERY MUHAMAD ANSORY, S.Pd., M.Sc.

Disusun Oleh:

James Gaspary Lewar _01206338A

Teori_03

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS FARMASI
SURAKARTA
TAHUN AKADEMIK 2022/2023
Judul Jurnal “Studi Docking Molekuler Kandungan Pala (Myristica
fragrans) sebagai Agen Anti Kanker Kulit"
Penulis Fitriani, I. N., & Ansory, H. M. (2021).
Nama Jurnal JKPK (Jurnal Kimia dan Pendidikan Kimia), 6(1), 14-22.
Tahun, Jurnal 2021.
Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi aktivitas anti-
kanker kulit dari kandungan utama pala (Myristica fragrans)
menggunakan pendekatan studi docking molekuler.
Kerangka Pemikiran Kerangka pemikiran dari penelitian ini adalah penggunaan
metode docking molekuler untuk memprediksi interaksi
antara senyawa aktif dalam kandungan pala (Myristica
fragrans) dengan protein target, yaitu p53 dan Bcl-2.
Penelitian ini didasarkan pada konsep bahwa p53 dan Bcl-2
merupakan protein target penting dalam pengembangan agen
anti-kanker kulit dengan mengetahui interaksi antara
senyawa aktif dalam kandungan pala dengan protein target
tersebut, diharapkan dapat diketahui potensi senyawa aktif
dalam kandungan pala sebagai agen anti-kanker kulit.
Metode Penelitian Metode penelitian yang digunakan dalam jurnal yaitu studi
docking molekuler, yaitu teknik permodelan computer
memprediksi interaksi antara molekul target (seperti protein
atau enzim) dengan molekul kecil (seperti senyawa kimia).
Tujuannya adalah untuk menentukan kemungkinan
pengikatan antara keduanya. Dalam penelitian ini, penulis
menggunakan perangkat lunak AutoDock Vina untuk
melakukan studi docking molekuler dari senyawa-senyawa
aktif pada kandungan pala dengan target protein sebagai
anti-kanker kulit, menggunakan 3D structure dari protein B-
 RAF sebagai target dan senyawa kimia kandungan pala
sebagai ligand.
Hasil dan Bahasan HASIL PENELITIAN
Penelitian ini menemukan bahwa senyawa eugenol dan
safrol dari kandungan pala memiliki nilai binding energy
yang rendah, menunjukkan interaksi yang kuat dengan
protein B-RAF dan berpotensi sebagai agen anti-kanker
kulit. Selain itu, senyawa elemicin, myristicin, dan
isoelemicin juga menunjukkan hasil yang menjanjikan
sebagai agen anti-kanker kulit. Hasil analisis ADME
menunjukkan ketiga senyawa tersebut memiliki sifat
farmakokinetik yang baik.
PEMBAHASAN
1. Studi docking molekuler sebagai metode penelitian
Penelitian ini menggunakan metode studi docking
molekuler sebagai teknik permodelan komputer
untuk memprediksi interaksi antara senyawa pada
kandungan pala dengan protein target B-RAF
sebagai agen anti-kanker kulit. Studi docking
molekuler merupakan metode yang umum digunakan
dalam penelitian obat-obatan untuk memperkirakan
pengikatan senyawa dengan target molekuler.
2. Senyawa aktif pada kandungan pala sebagai agen
anti-kanker kulit Hasil penelitian menunjukkan
bahwa senyawa aktif pada kandungan pala, seperti
eugenol, safrol, elemicin, myristicin, dan isoelemicin
memiliki potensi sebagai agen anti-kanker kulit.
Senyawa eugenol dan safrol menunjukkan nilai
 binding energy yang rendah, menunjukkan interaksi
yang kuat dengan protein target B-RAF. Sementara
itu, senyawa elemicin, myristicin, dan isoelemicin
juga menunjukkan hasil yang menjanjikan sebagai
agen anti-kanker kulit.
3. Potensi senyawa aktif pada kandungan pala sebagai
agen anti-kanker kulit Nilai affinity (affinity score)
dari senyawa-senyawa aktif pada kandungan pala
menunjukkan bahwa mereka memiliki potensi yang
baik untuk mengikat dengan protein target B-RAF,
yang terlibat dalam jalur MAPK yang merupakan
target dalam pengobatan kanker kulit. Senyawa-
senyawa tersebut juga menunjukkan sifat
farmakokinetik yang baik, yaitu memiliki
kemampuan untuk diabsorpsi dan didistribusikan
dengan baik di dalam tubuh serta mudah untuk
dimetabolisme dan diekskresikan.
4. Keterbatasan studi permodelan komputer Perlu
diingat bahwa penelitian ini hanya menggunakan
metode permodelan komputer dan belum dilakukan
uji coba pada organisme hidup. Oleh karena itu,
diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menguji
efektivitas dan efek samping senyawa-senyawa
tersebut pada manusia.
5. Potensi pemanfaatan kandungan pala sebagai agen
anti-kanker kulit Hasil penelitian ini dapat
memberikan informasi penting bagi dunia kesehatan
untuk pengembangan obat-obatan baru yang terbuat
 dari senyawa aktif pada kandungan pala sebagai agen
anti-kanker kulit. Selain itu, penelitian ini juga dapat
membuka peluang bagi industri farmasi dalam
pemanfaatan kandungan pala sebagai sumber
senyawa-senyawa baru yang dapat digunakan dalam
pengobatan kanker kulit.
Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan yang telah diuraikan
sebelumnya, kesimpulan yang dapat diambil dari penelitian
ini adalah bahwa senyawa-senyawa pada kandungan pala,
terutama eugenol, safrol, elemicin, myristicin, dan
isoelemicin, memiliki potensi sebagai agen anti-kanker kulit.
Studi docking molekuler menunjukkan bahwa senyawa-
senyawa tersebut dapat berinteraksi dengan protein target B-
RAF, yang terlibat dalam jalur MAPK yang merupakan
target dalam pengobatan kanker kulit. Selain itu, hasil
analisis ADME menunjukkan bahwa senyawa-senyawa
tersebut juga memiliki sifat farmakokinetik yang baik.
Keunggulan a. Menjadi kontribusi dalam penelitian anti-kanker
kulit. Penelitian ini memberikan kontribusi penting
dalam upaya pengembangan terapi anti-kanker kulit
dengan mengidentifikasi senyawa-senyawa pada
kandungan pala yang memiliki potensi sebagai agen
anti-kanker kulit. Dalam konteks yang lebih luas,
penelitian ini dapat memberikan kontribusi untuk
pengembangan terapi baru untuk kanker kulit.
b. Metode yang digunakan relatif murah dan mudah
dilakukan. Metode permodelan docking molekuler
yang digunakan dalam penelitian ini memungkinkan
 peneliti untuk memprediksi interaksi antara molekul
target dengan molekul kecil dengan biaya yang lebih
murah dibandingkan dengan metode eksperimental
tradisional. Selain itu, metode ini juga relatif mudah
dilakukan dan dapat digunakan untuk mempercepat
penelitian dan pengembangan terapi anti-kanker
kulit.
c. Menggunakan teknologi mutakhir dalam penelitian.
Penelitian ini menggunakan perangkat lunak
AutoDock Vina yang merupakan salah satu
perangkat lunak docking molekuler yang paling
banyak digunakan. Penggunaan teknologi mutakhir
seperti ini dapat meningkatkan akurasi hasil
penelitian dan menghasilkan temuan yang lebih
akurat dan berguna.
d. Menggunakan senyawa alami. Penelitian ini
menggunakan senyawa-senyawa alami yang berasal
dari kandungan pala sebagai agen anti-kanker kulit.
Penggunaan senyawa-senyawa alami ini dapat
menjadi alternatif yang lebih aman dan efektif dalam
terapi anti-kanker kulit dibandingkan dengan
senyawa-senyawa sintetis. Selain itu, senyawa-
senyawa alami ini juga lebih mudah didapatkan dan
memiliki efek samping yang lebih sedikit.
Kekurangan a. Belum ada uji coba in vitro atau in vivo: Meskipun
hasil studi docking molekuler menunjukkan bahwa
senyawa-senyawa pada kandungan pala memiliki
potensi sebagai agen anti-kanker kulit, penelitian ini
 belum melibatkan uji coba in vitro atau in vivo pada
organisme hidup, sehingga efektivitas dan efek
samping dari senyawa-senyawa tersebut pada
manusia masih perlu diuji lebih lanjut.
b. Terbatas pada senyawa-senyawa tertentu: Penelitian
ini hanya memfokuskan pada lima senyawa pada
kandungan pala yang telah diidentifikasi sebelumnya
dalam penelitian lain sebagai senyawa yang
berpotensi sebagai agen anti-kanker kulit. Oleh
karena itu, kemungkinan masih ada senyawa-
senyawa lain pada kandungan pala yang belum
diidentifikasi dan memiliki potensi sebagai agen anti-
kanker kulit.
c. Tidak melibatkan eksperimen yang sebenarnya:
Keterbatasan utama dari studi docking molekuler
adalah bahwa hasilnya hanya bersifat prediktif dan
perlu divalidasi dengan uji coba eksperimen yang
sebenarnya pada organisme hidup. Oleh karena itu,
hasil penelitian ini harus dianggap sebagai dasar
untuk penelitian lebih lanjut daripada kesimpulan
akhir.
d. Keterbatasan sumber daya: Artikel ini hanya
dilakukan oleh dua penulis dan terbatas pada
senyawa-senyawa pada kandungan pala yang
tersedia dalam basis data yang digunakan untuk studi
docking molekuler. Oleh karena itu, lebih banyak
penelitian diperlukan untuk mengidentifikasi
senyawa-senyawa pada kandungan pala yang belum
teridentifikasi dan melibatkan tim peneliti yang lebih
besar dengan sumber daya yang lebih banyak untuk
memvalidasi temuan ini dalam uji coba in vitro atau
in vivo.
 Daftar Pustaka

Dasgupta, A., Sawant, M. A., Kavishwar, G., Lavhale, M., & Sitasawad, S. (2016).
AECHL-1 targets breast cancer progression via inhibition of metastasis, prevention of
EMT and suppression of Cancer Stem Cell characteristics. Scientific reports, 6(1),
38045.

Dkhil, M. A., Abdel Moneim, A. E., Hafez, T. A., Mubaraki, M. A., Mohamed, W. F.,
Thagfan, F. A., & Al-Quraishy, S. (2019). Myristica fragrans kernels prevent
paracetamol-induced hepatotoxicity by inducing anti-apoptotic genes and Nrf2/HO-1
pathway. International journal of molecular sciences, 20(4), 993.

Gentile, F., Agrawal, V., Hsing, M., Ton, A. T., Ban, F., Norinder, U., ... & Cherkasov,
A. (2020). Deep docking: a deep learning platform for augmentation of structure based
drug discovery. ACS central science, 6(6), 939-949.

Kementerian Kesehatan Republik Indonesia (2017) Farmakope Herbal Indonesia

Edisi II.

Lin, W. S., Leland, J. V., Ho, C. T., & Pan, M. H. (2020). Occurrence, bioavailability,
anti-inflammatory, and anticancer effects of pterostilbene. Journal of Agricultural and
Food Chemistry, 68(46), 12788-12799.

Madsen, H. L., & Christensen, S. B. (1995). Plants used in traditional medicine. Boca
Raton, FL: CRC Press.

Song, X., Tan, L., Wang, M., Ren, C., Guo, C., Yang, B., & Pei, J. (2021). Myricetin:
A review of the most recent research. Biomedicine & Pharmacotherapy, 134, 111017.

Warsito, M. F. (2021). A review on chemical composition, bioactivity, and toxicity of

Myristica fragrans Houtt. essential oil. Indonesian Journal of Pharmacy, 304-313.

Zhang, M., Du, H., Huang, Z., Zhang, P., Yue, Y., Wang, W., ... & Fan, J. (2018).
Thymoquinone induces apoptosis in bladder cancer cell via endoplasmic reticulum
stress-dependent mitochondrial pathway. Chemico-biological interactions, 292, 65-
75.