METODE PENELITIAN

Alat dan Bahan

Alat yang digunakan pada penelitian ini adalah komputer.
Bahan : Senyawa aktif Quercetin (PubChem CID: 5280343) didapatkan dari PubChem, dan struktur
obat Amoxicillin (CID PubChem: 33613) diunduh melalui PubChem
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Penerjemah SMILES Online dan Pembuat File Struktur
(https://cactus.nci.nih.gov/translate/). Software berbasis web pada pcKSM online tools
(http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction) software berbasis web pada docking server
(http://www.dockingserver.com).

Tahapan Prediksi Fisikokimia, Farmakokinetik (ADME) dan Toksisitas Senyawa

Sebelum dilakukan docking senyawa Quercetin serta senyawa pembanding Amoxicillin yang
didapatkan dari PubChem, (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Colonial SMILES senyawa aktif
diambil pada web (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Lalu diinput pada kolom Provide SMILES
Strings pada pkCSM tools pada (http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction) dalam bentuk
format smiles inilah senyawa diproses untuk melihat data prediksi fisikokimia dan predeksi
farmakokinetik (ADMET) yang digunakan untuk senyawa aktif yang diuji berpotensi menjadi obat
atau tidak.
Struktur 2D Quercetin (PubChem CID: 5280343) diambil dari database online PubChem.
Senyawa ini diubah menjadi struktur 3D yang diperkecil menggunakan wizard LigPrep dari Schro
̈dinger maestro (v11.1). Dengan bantuan Epik, kemungkinan keadaan ionisasi dihasilkan pada target
pH 7,0 ± 2,0 untuk penghitungan tautomer yang akurat dan untuk mengetahui keadaan protonasi
dalam status biologis [37, 38]. Menyelesaikan stereoisomer paling banyak 32 per ligan dihasilkan
dengan mempertahankan kiralitas yang ditentukan. Medan gaya diatur ke OPLS3 [39]. Itu
Prediksi sifat fisikokimia menggunakan 5 parameter (Lipinski rule of five) yaitu Berat masa
Molekul (BM<500), logaritma koefisien partisi oktonol/air (Log P < 5), jumlah ikatan antar atom
yang dapat berotasi (Torsion): Hydrogen Bond Acceptors (HBA < 10), Hydrogen Bond Donors
(HBD < 5S) dan Polar Surface Activity (PSA) dilakukan dengan menggunakan pkCSM online
tools.
Prediksi sifat farmakokinetika (ADMET: Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi dan
Toxisitas) dari senyawa golongan flavonoid (Quercetin) untuk menilai sifat pengikatan yang
optimal dari obat baru ke target dan memastikan obat tersebut dapat mencapai lokasi terget dalam
konsentrasi yang cukup untuk menghasilkan efek fisiologis yang aman. Adapun data hasil
farmakokinetik (ADMET) dinilai berdasarkan kelarutan dalam air. Absorbsi menggunakan
indikator potensi absorbsi inestinal, dan permeabilitas kulit. Distribusi menggunakan indikator
Volume distribusi (VDss), kemampuan menembus BBB dan jumlah senyawa aktif dalam bentuk
unbound, Metabolisme menggunakan indikator aktifasi enzim sitikrom P450, Ekskresi
menggunakan indikator clearance senyawa aktif di hepar, ginjal dan bilier dan renal OCT2.
Toksisitas menggunakan indikator hepatotoksik

Tahapan Molecular Docking.

Struktur senyawa aktif Quersetin (PubChem CID: 5280343) yang didapatkan dari PubChem
dan struktur obat Amoxicillin (CID PubChem: 33613) yang diunduh melalui
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Struktur dalam bentuk format sdf diubah menjadi pdb
diterjemahkan pada SMILES Online tranlator (https://cactus.nci.nih.gov/translate/).
Protein target yang digunakan untuk docking molekuler diunduh dari RCSB Protein Data Bank
[40,41] mengikuti asam mikolat siklopropana sintase (PDB id: 1KPI) [34] untuk aktivitas anti-
tuberkulosis, plasmepsin II (PDB id: 1SME) untuk antimalaria aktivitas, siklooksigenase-1 (PDB
id: 2OYE) [35] untuk respons anti-inflamasi, reseptor estrogen manusia alfa (PDB id: 3ERT) [36]
untuk aktivitas antineoplastik (kanker payudara), massa lemak dan terkait obesitas (FTO ) protein
(PDB id: 3LFM) [45] untuk aktivitas penghambatan lipase lambung dan pankreas, BACE1 (PDB
id: 4IVT) [46] melawan penyakit Alzheimer. Mycolic acid cyclopropane synthase (PDB id: 1KPI)
merupakan target obat tuberkulosis. Mekanisme kerjanya bergantung pada penghambatan sintesis
siklopropana asam mikolat [34]. Plasmepsin II (PDB id: 1SME) adalah enzim kunci dalam siklus
hidup parasit Plasmodium yang menyebabkan malaria, penyakit yang menimpa lebih dari 300 juta
orang setiap tahunnya.
Karena penghambatan plasmepsin II menyebabkan kelaparan parasit, hal ini telah diakui
sebagai target penting untuk mengembangkan obat antimalaria [42-44]. Cyclooxygenase-1 (PDB id:
2OYE) menargetkan banyak obat analgesik untuk mengurangi rasa sakit. Memblokir sintesis
siklooksigenase-1 kemudian mencegah pembentukan prostaglandin dan mengurangi rasa sakit [35].
Alfa reseptor estrogen manusia (PDB id: 3ERT) adalah target obat penting untuk kanker payudara.
Obat-obatan tersebut secara kompetitif menghambat pengikatan estrogen pada reseptornya, yang
sangat penting untuk aktivitasnya dalam sel kanker payudara [36]. Massa lemak dan protein terkait
obesitas (FTO) (PDB id: 3LFM) bertanggung jawab atas komplikasi terkait obesitas. Dengan
demikian, FTO merupakan target penting bagi suatu obat untuk memberikan efek anti-obesitas [45].
BACE1 (PDB id: 4IVT) adalah target terapi utama untuk menurunkan konsentrasi A/beta serebral
pada penyakit Alzheimer, dan pengembangan klinis inhibitor BACE1 sedang dilakukan secara
intensif [46].
Panduan persiapan protein di Schro ̈ dinger Maestro (v11.1) digunakan untuk menyiapkan
struktur 3D protein. Dalam pengelolaan ini, tatanan ikatan ditetapkan, database CCD digunakan,
hidrogen ditambahkan, ikatan orde nol dengan logam dan ikatan disulfida dibuat, selenometionin
diubah menjadi metionin, molekul air dihilangkan melebihi 5◦A dari gugusnya, dan het keadaan
dibiarkan dalam pH default (7,0±2,0) menggunakan Epik. Akhirnya, minimalisasi terkendali
dilakukan di bawah medan gaya OPLS3, yang menyatukan atom-atom berat menjadi RMSD 0,30
Å.