LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

IDENTIFIKASI DAN PENENTUAN TARGET KERJA OBAT

NAMA : MIRA AENE NURAENI

NPM : 11181078
KELAS : 3FA2

UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA BANDUNG

2021
I. TUJUAN
I.1. Kompetensi yang dicapai :
Mahasiswa mampu mengidentifikasi dan menentukan target kerja obat untuk
untuk menemukan / mendesai obat suatu penyakit .
I.2. Tujuan praktikum
memberikan pengalaman langsung kepada mahasiswa untuk memulai proses
penemuan obat yang dimulai dari penentuan jenis penyakit yang akan dicarikan
obatnya diikuti dengan mengidentifikasi dan menentukan target kerja yang
paling mungkin.

II. Teori dasar

Farmakodinamik adalah bagian dari ilmu farmakologi yang mempelajari efek
biokimia dan fisiologi obat, serta mekanisme kerjanya. Tujuan mempelajari
mekanisme kerja obat ialah untuk meneliti efek utama obat, mengetahui interaksi
obat dalam sel, dan mengetahui urutan peristiwa serta spektrum efek dan respons
yang terjadi. Farmakodinamik lebih fokus membahas dan mempelajari seputar efek
obat-obatan itu sendiri di dalam tubuh baik dari segi fisiologi maupun biokimia
terhadap berbagai organ tubuh, serta mekanisme kerja obatobatan di dalam tubuh
manusia. Farmakodinamik juga sering disebut dengan aksi atau efek obat .
Interaksi farmakodinamik mempengaruhi aksi obat secara kualitatif, baik melalui
efek meningkatkan (aksi sinergis atau aditif) atau efek antagonis (Gohil and Patel,
2007). Kerja obat, seperti yang telah dijelaskan sebelumnya, dapat dibagi menjadi
onset (mulai kerja), merupakan waktu yang diperlukan oleh tubuh untuk
menimbulkan efek terapi atau efek penyembuhan atau waktu yang diperlukan obat
untuk mencapai maksimum terapi; Peak (puncak); duration (lama kerja), merupakan
lamanya obat menimbulkan efek terapi; dan waktu paruh.
Mekanisme kerja obat dipengaruhi oleh reseptor, enzim, dan hormon. Fase
farmakodinamik sendiri yang dipelajari adalah efek obat dalam tubuh atau
mempelajari pengaruh obat terhadap fisiologis tubuh.Kebanyakan obat pada tubuh
bekerja melalui salah satu dari proses interaksi obat dengan reseptor, interaksi obat
dengan enzim, dan kerja obat non spesifik.
Interaksi obat dengan reseptor terjadi ketika obat berinteraksi dengan bagian
dari sel, ribosom, atau tempat lain yang sering disebut sebagai reseptor. Reseptor
sendiri bisa berupa protein, asam nukleat, enzim, karbohidrat, atau lemak. Semakin
 banyak reseptor yang diduduki atau bereaksi, maka efek dari obat tersebut akan
meningkat.
Tipe Protein pada Reseptor
1. Regulator : memperantarai aksi endogenous ligan Misalnya : hormone.
Neurotransmiter autokoid
2. Enzim : dalam mekanismenya berperan menghambat maupun aktivasi
Misalnya : dihidrofolase reductase, reseptor metotreksat
3. Transport : memperantarai transport ion Misalnya : Na+/K_-ATPase pada
digitalis glikosida
4. Struktural : terintegrasi dalam strultur sel Misalnya : tubulin (reseptor untuk
colchicine)

III. Alat dan bahan

a. Alat
- Website protein data bank ( rscb.org )
- Seperangkat komputer
- Akses internet yang memadai
b. Bahan
- Obat Finasteride adalah obat untuk mengatasi pembesaran prostat jinak
(benign prostate hyperplasia/BPH)

IV. Prosedur kerja

1. Tentukan penyakit apa yang aka nada carikan obatnya
2. Lakukan penelusuran Pustaka, tentang target-target kerja yang mungkin dipilih
untuk mengobati penyakit tersebut
3. Tentukan satu reseptor/enzim yang akan anda jadikan sebagai target kerja obat
4. Buka website Protein Data Bank (www.rcsb.org) Lakukan eksplorasi terhadap
fitur-fitur yang ada .
5. Lakukan pencarian reseptor/enzim yang telah anda pilih dengan kata kunci yang
sesuai .
6. Pilih salah satu ID PDB yang sesuai dengan yang anda harapkan (perhatikan
metode, sumber diperolehnya reseptor/enzim tersebut, resolusi dan bagaimana
efek yang dihasilkan dari interaksinya dengan ligand) .
7. Download protein dengan ID PDB yang telah anda pilih dengan format PDB.
Missal, dalam hal ini dipilih struktur dengan ID PDB 5RGH .
8. Simpan protein tersebut dalam folder .

V. Data pengamatan
a. Gambar struktur

b. Ringkasan struktur
Crystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with Finasteride

- Classification: OXIDOREDUCTASE
- Organism(s): Homo sapiens
- Expression System: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM
- Mutation(s): No 
- Deposited: 2020-04-13 Released: 2020-08-05 
- Deposition Author(s): Xiao, Q., Zhang, C., Wei, Z.
- Funding Organization(s): National Natural Science Foundation of China
(NSFC )

Experimental data snapshot .

- Method: X-RAY DIFFRACTION
- Resolution: 2.80 Å
- R-Value Free: 0.265 
- R-Value Work: 0.239 
- R-Value Observed: 0.241
c. Ligan
VI. Pembahasan
Pada praktikum kali ini yaitu mengenai identifikasi dan penentuan target kerja
obat .Yang pertama kita cari penyakit nya terlebih dahulu setelah itu baru obat nya
dan mekanisme target kerja obat tersebut . target kerja obat dari penyakit untuk
mengatasi pembesaran prostat jinak , dimana taget kerja obat adalah suatu zat yang
memberikan efek terapi pada fungsi biologis dengan melalui aksi kimia . taget kerja
yang saya dapatkan yaitu enzim 5-alpha reductase yang berperan mengubah
testosterone menjadi dihydrotestosterone (DHT).Target kerja obat ini dicari melalui
website protein data bank (www.rcsb.org) .
Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi
dari molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data
tersebut, biasanya diperoleh dari kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang
terbaru melalui mikroskopi elektron kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli
biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia . Dari PDB tersebut kita harus
menentukan target kerja obat yang harus memenuhi beberapa kriteria yaitu metode
yang digunakan X-ray diffraction , nilai resolusi nya yang kurang dari 2 Å dan
organisme nya harus homo sapiens .
Enzim 5α-reduktase inhibitors bekerja dengan cara mengubah testosterone
menjadi dihidrotestosteron (DHT), sehingga terjadi penurunan kadar zat aktif
dehidrotestosteron dan mengecilnya ukuran prostat (Giatrininggar, 2013). 5-Alpha-
reductase inhibitors (5-ARIs) bekerja dengan memblok konversi testosteron menjadi
 dihidrotestoteron (DHT), dimana DHT ini merupkan androgen yang dapat memicu
pembesaran prostat. Apabila kadar dihidrotestosteron mengalami penurunan
mengakibatkan penurunan ukuran prostat (Tanguay et al, 2009). Salah satu obat yang
bekerja dengan cara menghambat enzim 5α-reduktase inhibitors adalah finasteride .

VII. Kesimpulan
Proses penemuan obat yang diawali dari penentuan jenis penyakit obat untuk
mengatasi pembesaran prostat jinak (benign prostate hyperplasia/BPH ) melalui
protein data bank , target kerja obat tersebut digunakan nya adalah enzim 5α-
reduktase inhibitors , dengan menggunakan metode X – ray diffraction dan
dengan resolution 2.8 Å . Resolution yang didapatkan tidak sesuai dengan
kriteria dari protein data bank .

Daftar pustaka

Craig CR, Stitzel RE. 2004. Modern Pharmacology with Clinical Applications. USA:
Lippincott William and Wilkins.

Indijah, Sujati Woro. 2016. Farmakologi. Buku Ajar Cetak Farmasi, Kementrian
Kesehatan Republik Indonesia .

Katzung BG, Trevor AJ. 2015. Basic and Clinical Pharmacology 13th edition. USA:
McGraw Hill Companies.

Neal, M.J. 2006. At a Glance Farmakologi Medis Edisi Kelima. Jakarta : Penerbit
Erlangga. pp. 85.