LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

“IDENTIFIKASI DAN PENENTUAN TARGET KERJA OBAT”

Disusun Oleh :
Gita Namira Masri
11181120
3fa3

Fakultas Farmasi
Universitas Bhakti Kencana
2021
I. TUJUAN
a. Mampu mengidentifikasi dan menentukan target kerja obat untuk
menemukan/mendesain obat suatu penyakit
b. Memberikan pengalaman langsung kepada mahasiswa untuk memulai
proses penemuan obat yang dimulai dari penentuan jenis penyakit
yang akan dicarikan obatnya diikuti dengan mengidentifikasi dan
menentukan target kerja yang paling mungkin

II. PRINSIP
Berdasarkan penentuan target kerja obat dalam proses penemuan obat
baru merupakan tahap awal yang krusial. Kesalahan dalam penentuan
target kerja obat dapat berakibat fatal dalam penemuan obat.

III. DASAR TEORI

Reseptor adalah komponen makro molekul dari sel yang dapat
mengenali dan berinteraksi dengan substansi endogen untuk
menghasilkan respon biologis. Sedangkan obat atau substansi eksogen
lainnya akan berikatan dengan ‘drug target’ nya untuk dapat
memberikan respon biologis. Drug target atau reseptor ini umumnya
berupa protein (Rang & Dale, 2011; Katzung, et al., 2015).
Molekul yang dapat berperan sebagai reseptor :
1. Enzim (golongan tirosin kinase)
2. Membran protein (glikoprotein, lipoprotein)
3. Asam nukleat (reseptor antibiotik)
4. Kompleks polisakarida
Karakteristik dari Reseptor
1. Memiliki spesifisitas
Reseptor tertentu hanya akan berikatan dengan reseptor tertentu
saja atau lebih dikenal dengan mekanisme ‘Lock and key’.
2. Menghasilkan respon yang selektif
Oleh karena spesifitasnya, maka respon yang dihasilkan oleh ikatan
reseptor-substrat (ligan) juga spesifik.
3. Memiliki sensitifitas
Diperlukan sejumlah ligan/obat tertentu untuk dapat menghasilkan
respon yang diinginkan. Tidak ada obat yang sepenuhnya spesifik dalam
aksinya, pada beberapa kasus peningkatan dosis dapat mempengaruhi
target lain sehingga menimbulkan efek samping (Katzung, et al., 2010)
 Tipe Protein pada Reseptor
1. Regulator : memperantarai aksi endogenous ligan Misalnya :
hormone. Neurotransmiter autokoid
2. Enzim : dalam mekanismenya berperan menghambat
maupun aktivasi Misalnya : dihidrofolase reductase, reseptor metotreksat
3. Transport : memperantarai transport ion Misalnya : Na+/K_-
ATPase pada digitalis glikosida
4. Struktural : terintegrasi dalam strultur sel Misalnya : tubulin
(reseptor untuk colchicine)

IV. ALAT DAN BAHAN

alat bahan
Seperangkat computer Ide Penyakit yang akan dicarikan
obatnya
akses internet yang memadai
website Protein Data Bank
(rcsb.org)

V. PROSEDUR
a. Bayangkan diri anda adalah seorang peneliti kimia medisinal yang
akan menemukan/mendesain obat untuk suatu penyakit
b. Tentukan penyakit apa yang aka nada carikan obatnya
c. Lakukan penelusuran Pustaka, tentang target-target kerja yang
mungkin dipilih untuk mengobati penyakit tersebut
d. Tentukan satu reseptor/enzim yang akan anda jadikan sebagai target
kerja obat
e. Buka website Protein Data Bank (www.rcsb.org)
f. Lakukan eksplorasi terhadap fitur-fitur yang ada.
g. Lakukan pencarian reseptor/enzim yang telah anda pilih dengan kata
kunci yang sesuai
h. Pilih salah satu ID PDB yang sesuai dengan yang anda harapkan
(perhatikan metode, sumber diperolehnya reseptor/enzim tersebut,
resolusi dan bagaimana efek yang dihasilkan dari interaksinya dengan
ligand) Missal: dalam contoh ini akan digunakan protein main
protease dari SARS CoV-2. Dalam hal ini kita bermaksud
mencari/menemukan obat yang sesuai untuk penyakit COVID-19
dengan target kerja enzim main protease. Main protease adalah
protein yang berperan dalam replikasi virus SARS-CoV-2, sehingga
enzim tersebut harus diinhibisi aktivitasnya. Inhibisi main protease akan
menyebabkan replikasi virus terhambat dan akhirnya akan
menyebabkan kematian virus. Maka main protease dapat dipilih
sebagai target kerjanya. Selanjutnya harus dilakukan pencarian
struktur 3D enzim main protease tersebut dalam database PDB.
 Pencarian dapa di ak kan dengan menge ikkan ka a k nci main p o
ease o - se ingga dipe o e asi berikut:
i. Donwload protein dengan ID PDB yang telah anda pilih dengan
format PDB. Missal, dalam hal ini dipilih struktur dengan ID PDB 5RGH,
maka diperoleh tampilan berikut:
j. Simpan protein tersebut dalam folder kerja anda

VI. DATA PENGAMATAN

a. Informasi target kerja Obat (Beta 1 adrenergic receptor)

Gambar 6.1 Struktur 3D dan 2D Beta-1 Adrenergik Receptor

 Classification: MEMBRANE PROTEIN

 Organism(s): Meleagris gallopavo
 Expression System: Trichoplusia ni
Experimental Data Snapshot
Method: X-RAY DIFFRACTION
Resolution: 2.80 Å
R-Value Free: 0.274
R-Value Work: 0.220
R-Value Observed: 0.223

Gambar 6.2 Identitas Receptor

b. Ligand dari Reseptor Beta-1 Adrenergik

Gambar 6.3 Ligand dari receptor beta-1 adrenergik

VII. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali kita melakukan identifikasi dan penentuan target
kerja obat. Untuk menentukan target kerja suatu obat, kita perlu
mengetahui terlebih dahulu mengenai penyakit apa yang akan kita
carikan obatnya. Penyakit yang akan kita carikan obatnya adalah
penyakit dari gejala batuk berdahak. Batuk berdahak terjadi ketika tubuh
menghasilkan lebih banyak dahak atau lendir pada saluran pernapasan.
Batuk berdahak bisa disebabkan oleh berbagai macam faktor. Batuk
merupakan reaksi tubuh terhadap benda asing yang masuk ke dalam
sistem pernapasan. Selain sebagai respons terhadap masuknya benda
asing ke saluran pernapasan, batuk juga bisa merupakan gejala dari
penyakit tertentu. Saat debu, polusi, atau alergen (zat pemicu alergi)
memasuki sistem pernapasan, otak akan mengirim sinyal melalui saraf
tulang belakang ke otot-otot di dada dan perut. Ketika otot-otot tersebut
berkontraksi, udara menyembur melalui sistem pernapasan untuk
mendorong keluar benda asing. (Albrecht.2017)

Penyebab umum batuk berdahak adalah infeksi oleh virus atau bakteri.
Ketika saluran pernapasan terinfeksi, misalnya saat sedang flu, tubuh akan
memproduksi lebih banyak lendir. Fungsinya adalah untuk menjebak dan
mengeluarkan organisme penyebab infeksi. Batuk bertujuan untuk
mengeluarkan lendir tersebut. Ada beberapa kondisi yang dapat
memunculkan gejala batuk berdahak, antara lain seperti penyakit
Pneumonia, Bronkitis, Penyakit paru obstruktif kronik (PPOK) Asma, Post
nasal drip. Stimulasi melalui reseptor beta1-adrenergik merupakan salah
satu dari rangkaian mekanisme relaksasi otot pernafasan. Hal ini akan
berpengaruh terhadap refleks pada saat batuk. Sehingga apabila reseptor
ini diberi sesuatu yang agonis (neurotransmitternya) maka akan membantu
reseptor ini untuk bekerja lebih baik, maka tentu kedepannya kemungkinan
kita bisa mendesainkan obat dengan struktur yang mirip dengan
neurotransmitternya yang memiliki mekanisme kerja agonis pada reseptor
beta-1 adrenergik. Mekanisme kerja dari Receptor beta-1 adrenergik
dalam tubuh adalah sebagai berikut, stimulasi melalui reseptor adrenergik
beta dari adenil siklase intraseluler, akan membuat enzim yang
mengkatalisis konversi adenosin trifosfat (ATP) menjadi siklik - 3 ', 5'
adenosine monophosphate (c-AMP). Peningkatan kadar c-AMP
berhubungan dengan relaksasi otot polos bronkus dan penghambatan
pelepasan mediator hipersensitivitas langsung dari sel, terutama dari sel
mast. (Anonim,2018)
Berdasarkan pendekatan target messenger non messenger system
(MANMETS) B-1 adrenergic receptor termasuk kedalam target kerja obat
non messenger karena B-1 adrenergic receptor termasuk kedalam struktur
sel endogen yang merupakan komponen membran sel yairu sebagai
protein membran. Berdasarkan Experimental data pula yang tercantum
 pada situs protein data bank bahwa B-1 adrenergic receptor
menggunakan methode metode X-ray difraction, dimana metode ini
adalaha metode yang paling bagus untuk molekul dan juga memiliki
resolusi diatas 2 A yaitu sebesar 2,60 A yang artinya ini merupakan resolusi
yang baik. Namun pada poin data organisme B-1 adrenergic receptor
hanya ada pada organisme Meleagris gallopavo. yang sebaiknya menurut
ibu purwaniati organisme yang paling baik untuk target kerja obat adalah
organisme Homo sapiens. Dikarenakan hanya ada satu molekul target B-1
adrenergic receptor pada situs protein data bank maka kita
menggunakan data tersebut walaupun organisme nya bukan homo
sapiens.

.
VIII. KESIMPULAN
• Identifikasi kerja obat dapat dilakukan dengan bantuan Sistem MANMETS
dan juga terlebih dahalu menentukan penyakit apa yang akan dicarikan
obatnya.
• Ada banyak penyakit dengan gejala batuk berdahak. Gejala Batuk
berdahak dapat melibatkan B-1 adrenergik receptor dalam mekanisme
relaksasi otot polos saluran pernafasan dengan batuk. Sehingga B-1
Adrenergik receptor memungkin untuk menjadi target kerja obat dalam
menangani penyakit dengan gejala batuk seperti PPOK, asma, dll.

IX. DAFTAR PUSTAKA

• Albrecht, H., Dicpinigaitis, P., & Guenin, E. NCBI. Role of
Guaifenesin in The Management of Chronic Bronchitis and
Upper Respiratory Tract Infections. Multidisciplinary
Respiratory Medicine. 2017. 12, pp. 31
• Anonim. 2018. Optimasi geometri guaifenesin. Eprints,
Universitas Muhammadiyah Malang
• Katzung BG, Trevor AJ. 2015. Basic and Clinical
Pharmacology 13th edition. USA: McGraw Hill Companies.
• Purwaniati. 2020. Modul KIMIA KOMPUTASI. Bandung.
Universitas Bhakti Kencana