LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

“ANALISIS MAKROMOLEKUL (PROTEIN TARGET)”

Disusun Oleh :
Gita Namira Masri
11181120
3fa3

Fakultas Farmasi
Universitas Bhakti Kencana
2021
I. TUJUAN
a. Mahasiswa mampu melakukan analisis struktur primer dan protein.
b. Mahasiswa mampu menetukan jumlah residu asam amino asam dan
basa suatu protein
c. Mahasiswa mampu melakukan analisis ikatan hidrogen dan jembatan
garam suatu protein dan ligannya.
d. Mahasiswa mampu melakukan analisis konformasi protein melalui plot
Ramachandran.
e. Mahasiswa mampu menganalisis rigiditas dari struktur protein

II. PRINSIP
Berdasarkan analisis struktur primer dari protein, menentukan jumlah jumlah
residu asam amino asam dan basa suatu protein, menganalisis ikatan
hidrogen dan jembatan garam suatu protein dan ligannya, menentukan
nilai pI dan pH stabilitas suatu protein, menganalisis konformasi protein
melalui plot Ramachandran, dan menganalisis rigiditas dari struktur protein
dengan bantuan aplikasi Software Visual Molecular Dynamics (VMD).

III. DASAR TEORI

Reseptor adalah komponen makro molekul dari sel yang dapat
mengenali dan berinteraksi dengan substansi endogen untuk
menghasilkan respon biologis. Sedangkan obat atau substansi eksogen
lainnya akan berikatan dengan ‘drug target’ nya untuk dapat
memberikan respon biologis. Drug target atau reseptor ini umumnya
berupa protein (Rang & Dale, 2011; Katzung, et al., 2015).
Molekul yang dapat berperan sebagai reseptor :
1. Enzim (golongan tirosin kinase)
2. Membran protein (glikoprotein, lipoprotein)
3. Asam nukleat (reseptor antibiotik)
4. Kompleks polisakarida
Karakteristik dari Reseptor
1. Memiliki spesifisitas
Reseptor tertentu hanya akan berikatan dengan reseptor tertentu
saja atau lebih dikenal dengan mekanisme ‘Lock and key’.
2. Menghasilkan respon yang selektif
Oleh karena spesifitasnya, maka respon yang dihasilkan oleh ikatan
reseptor-substrat (ligan) juga spesifik.
3. Memiliki sensitifitas
 Tipe Protein pada Reseptor
1. Regulator : memperantarai aksi endogenous ligan Misalnya :
hormone. Neurotransmiter autokoid
2. Enzim : dalam mekanismenya berperan menghambat
maupun aktivasi Misalnya : dihidrofolase reductase, reseptor metotreksat
3. Transport : memperantarai transport ion Misalnya : Na+/K_-
ATPase pada digitalis glikosida
4. Struktural : terintegrasi dalam strultur sel Misalnya : tubulin
(reseptor untuk colchicine)
Diperlukan sejumlah ligan/obat tertentu untuk dapat menghasilkan
respon yang diinginkan. Tidak ada obat yang sepenuhnya spesifik dalam
aksinya, pada beberapa kasus peningkatan dosis dapat mempengaruhi
target lain sehingga menimbulkan efek samping (Katzung, et al., 2010)
Struktur sekunder protein adalah bentuk tiga dimensi segmen protein
lokal. Dua elemen struktural sekunder yang paling umum adalah heliks
alfa dan lembaran beta, meskipun pergantian beta dan loop omega
juga terjadi. Unsur struktur sekunder biasanya secara spontan terbentuk
sebagai zat antara sebelum protein terlipat menjadi struktur tersier tiga
dimensi.Struktur sekunder secara formal ditentukan oleh pola ikatan
hidrogen antara atom hidrogen amino dan atom oksigen karboksil
dalam tulang punggung peptida. Struktur sekunder dapat secara
alternatif didefinisikan berdasarkan pola reguler sudut dihedral
backbone di wilayah tertentu dari plot Ramachandran.

IV. ALAT DAN BAHAN

alat bahan
Seperangkat computer File protein PDB

akses internet yang memadai

website Protein Data Bank

(rcsb.org)

software Visual Molecular

Dynamics (VMD)
V. PROSEDUR
1. Analisis Struktur Protein
a. Buka aplikasi VMD, kemudian open file protein yang telah anda
donload sebelumnya (dalam contoh ini digunakan protein
dengan ID PDB 3RGH),
b. Lakukan analisis struktur primer dan sekunder protein dengan
cara klik Extentions  Analysis  Sequence Viewer,
Tentukan jumlah residu asam amino protein dan bagaimana
struktur sekundernya!.
c. Lakukan analisis jumlah residu asam amino yang bersifat basa,
asam dan netral, dapat ditentukan dengan cara klik Extentions
Tk Console, Untuk mengetahui jumlah asam amino asam,
ketikkan perintah berikut:
set r_asam [atomselect top "resname ASP GLU and name CA"],
enter $r_asam num, enter. Untuk mengetahui jumlah asam
amino basa, ketikan perintah berikut:
set r_basa [atomselect top "resname HIS ARG LYS and name CA"]
$r_basa num
Hasil perhitungan adalah sebagai berikut:
Sedangkan jumlah asam amino netral dapat dihitung dengan
rumus Total residu – (total residu asam + total residu basa)
Tentukan jumlah asam amino basa, asam dan netral dari protein
anda!
d. Lakukan analisis jumlah ikatan hydrogen. Sebelum melakukan
analisis ini terlebih dahulu anda harus menambahkan atom H
pada protein. Penambahan atom hydrogen dapat dilakukan
dengan aplikasi Discovery studio visualizer
e. Lakukan analisis jembatan garam dengan cara klik Extentions 
Analysis  Salt bridges,
f. Lakukan analisis konformasi protein dengan cara klik Extentions
Analysis
Ramchandran Plot, sehingga diperoleh tampilan berikut:
Lakukan analisis anda mengenai plot tersebut!
g. Rigiditas protein dapat dianalisis dengan cara menampilkan
struktur proteinِ denganِ representasiِ “newِ cartoon”ِ denganِ
metodeِ pewarnaanِ “beta”ِ kemudianِ buarِ “colorِ scaleِ bar”ِ
denganِ caraِ klik Extentions visualisation olor scale bar.
Sehingga diperoleh tampilan berikut:
VI. DATA PENGAMATAN
a. Struktur Protein sebelum dan sesudah ditambahkan hidrogen
sebelum Sesudah

b. Analisis Struktur sekunder protein dan urutan asam amino

 KETERANGAN :
• Lingkar merah : struktur sekunder protein
• Lingkar kuning : urutan asam amino
• Jumlah asam amino = 354
• Jumlah struktur sekunder protein = 7
• nama struktur sekunder protein:

c. Analisis jumlah asam amino bersifat asam dan asam amino

bersifat basa

KETERANGAN :
Jumlah asam amino bersifat asam = 16
Jumlah asam amino bersifat basa = 28
d. Ikatan hidrogen intramolekul dan analisis jembatan garam
Jumlah ikatan
hidrogen intra protein
=47

Jumlah jembatan
garam = 5
e. Ramachandran plot

f. Histogram ramachandran

g. RIGIDITAS dan Fleksibilitas struktur protein

VII. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali kita melakukan analisis struktur makromolekul
dimana salah satu makrmolekul adalah protein. Protein yang akan kita
analisis adalah protein target kerja obat yaitu beta-1 adrenergic receptor.
Analisis yang dilakukan meliputi analisis struktur sekunder protein, urutan
asam amino, jumlah asam amino yang bersifat asam dan basa, ikatan
hidrogen intramolekul, jembatan garam, ramachandran plot, rigiditas dan
fleksibilitas dari beta-1 adrenergic receptor.
Pada analisis struktur sekunder kita bisa mengetahui berapa banyak
bentuk struktur sekunder yang dimiliki dari protein yang akan kita analisis
serta urutan asam aminonya yang menjadi komponen dari struktur
sekunder protein tersebut. Protein Beta-1 adrenergic receptor tersusun dari
354 asam amino dan memiliki 7 struktur sekunder yaitu bentuk struktur
sekunder turn, extended conformation, isolated bridge, alpha helix, 3-10
heliz, pi-helix dan coi yang bisa kita bedakan dari jenis warna pada data.
Berdasarkan hasil analisis data diketahui bahwa urutan asam amino yang
dimiliki b1 adrenergic receptor merupakan asam amino yang menyusun 1
rantai protein saja yaitu A.
Kemudian pada analisis jumlah asam amino yang bersifat asam dan
asam amino yang bersifat basa, B1 adrenergic receptor memiliki asam
amino yang berjumlah asam sebanyak 16 dan basa sebanyak 28. Dimana
sifat asam atau basa suatu asam amino ditentukan dari rantai samping
yang berikatan dengan asam amino tersebut. Selanjutnya adalah analisis
ikatan hidrogen intra molekuler dimana kita menganalisis ikatan hidrogen
yang mengikat asam amino dengan asam amino lain dalam satu struktur
protein (asam amino-asam amino). Ikatan hidrogen yang dimiliki antara
asam amino dari suatu protein memiliki peranan dalam proses denaturasi.
Seperti yang kita ketahui bahwa denaturasi adalah proses dimana protein
kehilangan bentuk struktur kuartener, tersier dan sekunder dalam keadaan
aslinya atau dalam artian lain ialah proses terpecahnya ikatan hidrogen,
interaksi hidrofobik, ikatan garam, dan terbukanya lipatan molekul
sehingga terjadi perubahan atau modifikasi terhadap struktur sekunder,
tersier, dan kuartener terhadap molekul protein, tanpa terjadinya
pemecahan ikatan-ikatan kovalen.
Pada analisis jumlah jembatan garam protein B1 adrenergic receptor
memiliki 5 jembatan garam. Jembatan garam ialah Interaksi merupakan
interaksi antara residu-residu asam amino bermuatan. Penelitian
mengenai pentingnya interaksi elektrostatik pertama kali dilaporkan oleh
Perutz (1978) yang menyatakan bahwa interaksi ini memiliki kontribusi
signifikan untuk menstabilkan protein sehingga Jembatan garam ini
memiliki peranan dalam menentukan stabilitas pada protein.
Selanjutnya pada analisis dari Ramachandra plot dan histogramnya
dapat kita lihat berdasarkan gambar data yang diperoeh terdapat
daerah yang disukai dan tidak disukai oleh molekul-molekul. Plot
 Ramachandran digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi
protein yang telah ditentukan melalui eskperimen kedalam koordinat
internal. Koordinat internal terdiri dari sudut dihedral phi sebagai sumbu x
dan sumbu psi sebagai sumbu y (residu) asam amino dari struktur protein.
Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari sudut phi dan psi
untuk polipeptida. Secara matematis, plot Ramachandra adalah visualisasi
dari sebuah fungsi. Daerah dari fungsi ini ini adalah tortorus. Sudut phi
merupakan sudut dihedredral sepanjang ikatan N-Ca sedangkan sudut psi
merupakan sudut dihedral sepanjang ikatan Ca-C. Setiap residu asam
amino mempunyai satu sudut phi dan psi . Oleh karena itu setiap residu
dapat digambarkan sebagai satu plot. Plot-plot yang menggambarkan
residu asam amino pada struktur protein disebut plot Ramachandra.Plot
Ramachandra terdiri dari empat kuadran dan empat daerah. keempat
daerah itu antara lain most favoured regions additional allowed regions
generously allowed regions dan disallowed regions. Pada plot
Ramachandra klaster yang bententuk dari beberapa residu menunjukan
struktur sekunder yang terbentuk. Melalui plot Ramachandran kita dapat
mengetahui apakah suatu struktur protein mempunyai kualitas yang baik
atau tidak. Caranya adalah dengan melihat plot residu non glisin yang
terletak pada wilayah sudut dihedral yang dilarang (dilarang (disallowed
regions). Glisin tidak mempunyai rantai samping sehingga sudut phi dan psi
nya dapat berada pada empat kuadran dari plot Ramachandra.suatu
struktur protein dinyatakan baik jika jumlah plot residu yang terdapat pada
most favoured regions lebih dari 90% dari R-factor tidak lebih 20%. Terakhir
pada analisis rigiditas dan fleksibilitas, untuk rigiditas protein B-1 adrenergic
receptor ikatan peptida dibentuk dari protein yang tidak mempunyai
hidrogen pada O=C- N untuk membentuk ikatan hidrogen. Karena itu.
Sharing elektron terjadi antara ikatan -C-O dan -C-NH yang membentuk
rigiditas pada ikatan peptida suatu rangkaian asam amino yang banyak
mengandung gugus polis tidak pernah berada dalam bentuk heliks. Protein
B1 radrenergic receptor cenderung tidak fleksibel karena tidak
mengandung banyka warna biru pada color scale barnya . Dimana jika
pada color scale bar memiliki banyak warna hijau artinya protein tersebut
cenderung fleksibel dan protein yang baik adalh protein yang tidak terlalu
flksibel agar tidak kaku.
VIII. KESIMPULAN
Berdasarkan data hasil praatikum dapat disimpulkan bahwa :
• Struktur sekunder yang dimiliki protein Beta-1 adrenergic receptor
sebanyak 7 bentuk dan memilki ssun asam amino sebanyak 354
• Jumlah residu asam amino yang besifat asam sejumlah 16 dan bersifat
basa 28
• Jumlah ikatan hidrogen sebanyak 47 dan jembatan garam sebnayak 5
• Rigiditas B-1 adrenergic receptor berada dalam bentuk helix dan
fleksibilitas cenderung tidak fleksibel
IX. DAFTAR PUSTAKA

• Katzung BG, Trevor AJ. 2015. Basic and Clinical

Pharmacology 13th edition. USA: McGraw Hill Companies.
• Purwaniati. 2020. Modul KIMIA KOMPUTASI. Bandung.
Universitas Bhakti Kencana
• A. Ciferri et all. 2012. Interaksi ionik dalam makromolekul
alami dan sintesis. John Wiley & Sons, Inc., hal. 35 ff ISBN
978-0-470-52927-0
• Dougherty et all. 2006. Kimia organik fisik modern. CA. Buku
sains universitas ISBN 978-1-891389-31-3