LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

MODUL 6
ANALISIS STRUKTUR MAKROMOLEKUL

Disusun Oleh :

Nama : Neng Lisma Ayu Nurjanah

NPM : 11181030
Kelas : 3 FA 1

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA
BANDUNG
2021
I. TUJUAN

1. mampu melakukan analisis struktur primer dari protein

2. mampu menentukan jumlah jumlah residu asam amino asam dan basa suatu
protein.
3. mampu melakukan analisis ikatan hidrogen dan jembatan garam suatu protein
dan ligannya.
4. mampu menentukan nilai pI dan pH stabilitas suatu protein.
5. mampu melakukan analisis konformasi protein melalui plot Ramachandran.
6. mampu menganalisis rigiditas dari struktur protein.

II. PRINSP

Software Visual Molecular Dynamics (VMD) dapat digunakan untuk

melakukan analisis struktur primer dari protein, menentukan jumlah jumlah residu
asam amino asam dan basa suatu protein, menganalisis ikatan hidrogen dan
jembatan garam suatu protein dan ligannya, menentukan nilai pI dan pH stabilitas
suatuprotein, menganalisis konformasi protein melalui plot Ramachandran, dan
menganalisis rigiditas dari struktur protein.

III. DASAR TEORI

Struktur sekunder protein adalah bentuk tiga dimensi segmen protein lokal.
Dua elemen struktural sekunder yang paling umum adalah heliks alfa dan lembaran
beta, meskipun pergantian beta dan loop omega juga terjadi. Unsur struktur
sekunder biasanya secara spontan terbentuk sebagai zat antara sebelum protein
terlipat menjadi struktur tersier tiga dimensi.Struktur sekunder secara formal
ditentukan oleh pola ikatan hidrogen antara atom hidrogen amino dan atom oksigen
karboksil dalam tulang punggung peptida. Struktur sekunder dapat secara alternatif
didefinisikan berdasarkan pola reguler sudut dihedral backbone di wilayah tertentu
dari plot Ramachandran.Perangkat lunak yang digunakan adalah Visual Molecular
Dynamics (VMD). VMD memiliki tiga window utama,yaitu : OpenGL Display,
VMD Main Control, dan VMD Console.
IV. ALAT DAN BAHAN
Alat : PC dan software Visual Molecular Dynamics (VMD).
Bahan : struktur protein yang telah diunduh pada modul 3.

V. PROSEDUR KERJA
a. Analisis struktur proteina
Buka aplikasi VMD, kemudian open file protein yang telah anda donload
sebelumnya (dalam contoh ini digunakan protein dengan ID PDB 3RGH),
sehingga diperoleh tampilan berikut:

b. Lakukan analisis struktur primer dan sekunder protein dengan cara klik
Extentions →Analysis →Sequence Viewer, sehingga tampil :
 Masing-masing bagian dalam tampilan diatas adalah sebagai berikut :

Masing-masing bagian dalam tampilan diatas adalah sebagai

berikut:Keterangan: 1. Urutan asam amino, 2. Nama residu asam amino, 3.
Rantai protein, 4. B value, dan 5. Kode struktur sekunderKode struktur sekunder
protein adalah sebagai berikut :

Tentukan jumlah residu asam amino protein dan bagaimana struktur

sekundernya!

c. Lakukan analisis jumlah residu asam amino yang bersifat basa, asam dan netral,
dapat ditentukan dengan cara klik Extentions →Tk Console, sehingga muncul :
 Untuk mengetahui jumlah asam amino asam, ketikkan perintah berikut:set
r_asam [atomselect top "resname ASP GLU and name CA"], enter$r_asam
num, enter
Untuk mengetahui jumlah asam amino basa, ketikan perintah berikut:set r_basa
[atomselect top "resname HIS ARG LYS and name CA"]$r_basa numHasil
perhitungan adalah sebagai berikut :

Sedangkan jumlah asam amino netral dapat dihitung dengan rumusTotal residu
–(total residu asam + total residu basa)Tentukan jumlah asam amino basa, asam
dan netral dari protein anda!

d. Lakukan analisis jumlah ikatan hydrogen. Sebelum melakukan analisis ini

terlebih dahulu anda harus menambahkan atom H pada protein. Penambahan
atom hydrogen dapat dilakukan dengan aplikasi Discovery studio visualizer
dengan cara:➢Buka aplikasi DSV dengan tampilan berikut :
➢Buka file protein, dengan cara klik file →open, pilih file, sehingga muncul :

Klik Chemistry →Hydrogen →Add, sehingga tampilan berubah menjadi :

➢Saveِ as ِfileِ denganِ namaِ 5rgh_hِ denganِ saveِ asِ typeِ “Proteinِ dataِ bank ِfiles”

➢Close DSV

➢Buka Kembali VMD dan buka file 5rgh_h

➢Klik extentions →Analysis →Hydrogen bonds, sehingga muncul tampilan berikut :

Pada bagian Input options, isi text box Selection 1 dengan

“protein”,ِdanِuntukِpilihanِCalculateِdetailedِinfoِfor,ِpilihِ“Allِhbonds”.Pada bagian Output
options, aktifkan pilihan Plot the data with MultiPlot, kemudian pada Output directory
→Choose, pilih posisi folder kerja anda, kemudian aktifkan pilihan Write output to files. Klik
Find hydrogen bonds.

➢Pada folder kerja anda, aka nada file hbonds dan hbonds-detail, buka file tersebut untuk
melihat jumlah ikatan hydrogen dalam proteine.Lakukan analisis jembatan garam dengan cara
klik Extentions →Analysis →Salt bridges, sehingga muncul tampilan:

Pada bagian output directory klik choose dan pilih folder kerja anda kemudian
klik Find salt bridges. Kemudian buka folder kerja anda kemudian anda akan
meenmukan sejumlah file jembatan garam tersebut.

e. Lakukan analisis konformasi protein dengan cara klik Extentions →Analysis

→Ramchandran Plot, sehingga diperoleh tampilan berikut :
Lakukan analisis anda mengenai plot tersebut!g.Rigiditas protein dapat
dianalisis dengan cara menampilkan struktur proteinِ denganِ representasiِ “newِ
cartoon”ِ denganِmetodeِ pewarnaanِ“beta”ِ kemudianِ buarِ “colorِ scaleِ bar”ِ
denganِ caraِ klik Extentions →visualisation →color scale bar. Sehingga
diperoleh tampilan berikut :
VI. DATA PENGAMATAN
a. Struktur 4ZGM setelah ditambahkan atom hydrogen

b. Analisisis struktur primer dan sekunder, terdapat 260 asam amino A yang tak terpotong
c. Analisis jumlah residu asam amino. Terdapat 32 asam amino dan 41 asam amino basa

d. Analisis ikatan hydrogen , ditemukan 54 ikatan hydrogen

e. Analisis salt bridge, ditemukan 8 salt brigdges

f. Analisis Konformasi Protein dengan Plot Ramachandran

g. Ramachandran 3D Histogram protein 4ZGM

 h. Analisis rigiditas protein dengan colour scale bar

VII. PEMBAHASAN

Pada praktikum kali ini melakukan Analisis Struktur Makromolekul dengan mencari data
Analisis struktur primer dan struktur sekunder protein, analisis Jumlah Residu Asam Amino Bersifat
Asam dan Basa, Analisis Ikatan Hidrogen dan Jembatan Garam, Analisis Konformasi Protein dengan
Plot Ramachandran, dan Analisis Rigriditas Protein.
Hal pertama yang dilakukan yaitu memasukkan data protein 1Z9Y pada Discovery Studio untuk
menambahkan Hydrogen, kemudian pada aplikasi VMD dilakukan analisis struktur primer dan struktur
sekunder protein. Struktur Primer merupakan suatu gabungan asam-asam amino dalam ikatan
polipeptida yang tidak terjadi percabangan rantai. Asam amino tersusun secara kovalen oleh ikatan
peptide yang merupakan interaksi gugus karboksil dengan amida dari asam amino lainnya. Urutan
penamaan rantai peptide ditulis berdasarkan letak asam amino terminal dengan gugus amin bebas
(terminal-N) yang akan terletak disebelah kiri dan asam amino dengan gugus karboksil bebas (terminal-
C) terletak disebelah kanan. Struktur Sekunder merupakan konformasi dari segmen-segmen rantai
kerangka sebuah protein. Struktur sekunder mencakup heliks α (α-heliks), lembaran β (β-sheet),
gelungan (loop), putaran (turn), dan tekukan (bend). Struktur asam amino pada protein memiliki
konfigurasi L, oleh karena itu, heliks α merupakan heliks dengan konfigurasi dominan D (kanan).
Lembaran β merupakan suatu struktur berupa lembaran-lembaran yang berlipat. Ikatan hydrogen terjadi
antara rantai peptide yang berdekatan dengan yang terikat pada arah yang sama (paralel), ataupun
dengan arah yang berkebalikan (antiparallel). Pada protein 1Z9Y terdapat 260 asam amino dengan
rantai samping A.
Pada residu asam amino, terdapat dua buah asam amino yang dirangkai menjadi satu melalui ikatan
peptide dan dihasilkan sebuah molekul air. Reaksi ini disebut dengan reaksi kondensasi. Ikatan Peptida
merupakan ikatan kovalen yaitu ikatan yang mempunyai sifat stabil. Asam amino 1 dan asam amino 2
yang sudah terikat dalam ikatan peptida disebut dengan residu asam amino. Residu asam amino ini
merupakan asam amino yang telah berkurang, baik melalui kehilangan OH dari gugus karboksilnya
ataupun kehilangan atom H dari gugus amin nya. Keterlibatan residu asam amino ini menunjukkan
sejauh mana kecenderungan pengikatan ligan terhadap makromolekulnya. Pada Asam amino ini
terdapat asam amino yang asam dan asam amino basa. Asam amino asam yaitu seperti ASP, GLU, dan
CA terdapat 32 asam amino yang bersifat asam. Asam amino basa yaitu seperti HIS, ARG, LYS dan
CA terdapat 41 asam amino yang bersifat basa. Asam amino yang bersifat netral dengan perhitungan
Total residu – (total residu asam + total residu basa), didapatkan hasil 187 asam amino netral.
Ikatan Hidrogen dibagi menjadi tiga jenis berdasarkan jumlah persentase occupancy, yaitu ikatan
hydrogen yang sangat lemah (25-50%), ikatan hydrogen kuat (50-75%), dan ikatan hydrogen sangat
kuat (75-100%). Analisis kondisi ikatan hydrogen dilakukan ketika tercapai kestabilan pada proses
simulasi yang ditandai dengan stabilnya RMSD dan energi potensial. Ikatan Hidrogen terjadi ketika
suatu molekul memiliki atom F,N,O dan memiliki pasangan electron bebas. Hidrogen dari molekul lain
akan berinteraksi dengan pasangan electron bebas ini membentuk suatu ikatan hydrogen dengan besar
energi ikatan yang bervariasi. Ikatan Hidrogen dapat dikatakan stabil jika memiliki occupancy diatas
50%. Pada data yang didapatkan ikatan hydrogen pada protein 1Z9Y berjumlah 54 dan memiliki
occupancy 100%.
Jembatan garam merupakan kombinasi dari dua interaksi non-kovalen yaitu ikatan hydrogen dan ikatan
ion. Jembatan garam paling sering muncul pada karboksilat anionic baik terhadap asam aspartate
maupun asam glutamate dan pada ammonium kationik dari lisin atau guanidium arginin. Meskipun ini
adalah yang paling umum, residu lain dengan rantai samping yang dapat terionisasi seperti histidin,
tirosin, dan serin juga dapat berpartisipasi, tergantung pada faktor luar yang mengganggu pKa. Jarak
antara residu yang tergabung dalam jembatan garam juga berperan penting, jarak yang dibutuhkan
kurang dari 4Å (400pm). Asam amino yang lebih besar dari jarak ini tidak memenuhi syarat sebagai
pembentuk jembatan garam. Karena banyaknya rantai samping asam amino yang dapat terionisasi dan
dapat ditemukan diseluruh protein, pH tempat protein berperan sangat penting untuk kestabilannya.
Jembatan garam ini berperan penting pada protein, karena dengan adanya jembatan garam dapat
menyebabkan protein tahan terhadap denaturasi pada suhu yang tinggi. pada protein 1Z9Y didapatkan
jembatan garam berjumlah 8.
Analisis Konformasi Protein dengan Plot Ramachandran dilakukan pada aplikasi VMD. Plot
Ramachandran merupakan indicator untuk mengetahui kualitas intrinsic dari struktur 3D. Plot
Ramachandran merupakan plot sebaran 2D yang didapatkan dari perbandingan pasangan backbone
torsion angel π (phi) dan ψ (psi) untuk memprediksi sebarannya. Plot Ramachandran juga dikenal
sebagai peta Ramachandran atau diagram Ramachandran yang dikembangkan oleh Gopasalamudram
Narayana Ramachandran. Plot Ramachandran ini digunakan untuk memvisualisasikan kordinat tiga
dimensi protein yang telah ditentukan melalui eksperimen kedalam kordinat internal. Kordinat internal
terdiri dari sudut dihedral π (phi) sebagai sumbu x dan ψ (psi) sebagai sumbu y residu asam amino dari
struktur protein. Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari sudut Φ dan ψ untuk
polipeptida. Secara matematis, plot Ramachandran adalah visualisasi dari sebuah fungsi. Daerah dari
fungsi ini adalah torus. Sudut Φ merupakan sudut dihedral sepanjang ikatan N-Cα, sedangkan sudut ψ
merupakan sudut dihedral sepanjang ikatan Cα-C. Melalui plot Ramachandran dapat diketahui suatu
struktur protein mempunyai kualitas yang baik atau tidak. Caranya dengan melihat plot residu non glisin
yang terletak pada wilayah sudut dihedral yang dilarang (disallowed regions). Glisin tidak mempunyai
rantai samping sehingga sudut Φ dan ψ nya dapat berada pada empat kuadran dari plot Ramachandran.
Suatu struktur protein dinyatakan baik jika jumlah plot residu yang terdapat pada most favoured regions
lebih dari 90% dan R-factor tidak lebih dari 20%. Pada protein 1Z9Y persebaran asam amino nya
tersebar pada daerah most favoured regions dan additional allowed regions, sehingga protein 1Z9Y
memiliki asam amino yang cukup stabil.
Kemudian yang terakhir yaitu dilakukan rigriditas protein dari struktur protein 1Z9Y. Rigriditas suatu
protein dalam analisis ini ditandai dengan skala warna, semakin mendekati warna biru maka protein
bersifat flexible dan sebaliknya, semaki mendekati warna merah maka protein bersifat rigid. Struktur
protein 1Z9Y menunjukkan dua warna yaitu warna hijau dan biru, dengan warna biru yang dominan,
maka protein 1Z9Y ini bersifat cukup fleksibel.

VIII. KESIMPULAN
pada protein 1Z9Y didapatkan struktur primer dan struktur sekunder terdapat :
1. 260 asam amino dengan rantai samping A.
2. Pada ikatan hydrogen ditemukan 54 ikatan hydrogen sedangkan jembatan garam ditemukan 8
jembatan garam.
3. Pada protein 1Z9Y persebaran asam amino nya tersebar pada daerah most favoured regions dan
additional allowed regions, sehingga protein 1Z9Y memiliki asam amino yang cukup stabil.
4. Struktur protein 1Z9Y menunjukkan dua warna yaitu warna hijau dan biru, dengan warna biru
yang dominan, maka protein 1Z9Y ini bersifat cukup fleksibel.

IX. DAFTAR PUSTAKA

C. T. Supuran, Nat. Rev. Drug Discovery, 2008, 7, 168–181; (b) U. F. Mansoor, X.
R. Zhang and G. M. Blackburn, in The Carbonic Anhydrases: New Horizons, ed.
W. R. Chegwidden, N. D. Carter and Y. H. Edwards, Birkhauser Verlag, Basel,
2000.
Das, Anju; Geetha, KM; Hazarika, Iswar (29 Agustus 2019). "Pembaruan Kontemporer
pada Fisiologi Glukagon seperti Peptida-1 dan Agonisnya untuk Mengobati Diabetes
Mellitus Tipe 2". Jurnal Internasional Penelitian dan Terapi Peptida
Humphrey, W., Dalke, A., & Schulten, K. (1996). VMD: visual molecular
dynamics. Journal of molecular graphics, 14(1), 33-38.
Jesper Lau. (2015). Discovery of the Once-Weekly Glucagon-Like Peptide‐1 (GLP1)
Analogue Semaglutide. Journal Of medicine Chemistry. Malov, Denmark
Meier, J. J. GLP-1 receptor agonists for individualized treatment of type 2 diabetes
mellitus. Nat. Rev. Endocrinol. 2012