MAKALAH BIOMOLEKULAR

PEMICU 2: PROTEIN

Disusun Oleh:
Kelompok Anti Kodom

Aditya Bintang P./1206202091

Eni Mulyatiningsih/1206201971
Jeriko Rama G./1206201984
Reza Syahandika/1206240013
Wildan Nurasad/1206202160

Departemen Teknik Kimia

Fakultas Teknik
Universitas Indonesia
Depok
2013

1
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT karena berkat rahmat dan hidayah-
Nya kami dapat menyelesaikan makalah sebagai laporan hasil diskusi pemicu 2 mata kuliah
Biomolekular yang bertopik protein. Makalah ini berisi penjelasan tentang protein yang
mencakup struktur, fungsi, sintesis dan analisis.

Terima kasih kami ucapkan kepada kedua orang tua kami yang telah mendukung
segala bentuk kegiatan perkuliahan yang kami jalani; Bapak selaku dosen Biomolekular
yang telah mengajarkan ilmunya yang sangat bermanfaat kepada kami, mahasiswa DTK,
sehingga kami dapat mengerjakan makalah ini dengan baik; dan semua pihak yang telah
membantu menyelesaikan makalah ini yang tidak dapat kami sebutkan satu persatu di sini.
Semoga makalah ini dapat bermanfaat dan menambah pengetahuan mengenai
protein dan isu-isu terkait.

Depok, Maret 2013

Penulis

2
 DAFTAR ISI

Kata Pengantar……………………………………………………………………………………….2

Daftar Isi………………………………………………………………………………………………3

Pembahasan

A. Struktur Protein…………………………………………………………………………….4

B. Fungsi Protein……………………………………………………………………………..10

C. Biosintesis Protein…………………………………………………………………………17

D. Analisis Protein…………………………………………………………………………….24

E. Aplikasi Protein…………………………………………………………………………….31

Kesimpulan………………………………………………………………………………………….36

Daftar Pustaka………………………………………………………………………………………37

3
 A. STRUKTUR PROTEIN

Protein adalah makromolekul yang tersusun dari bahan dasar asam amino. Asam
amino yang menyusun protein ada 20 macam. Protein terdapat dalam sistem hidup semua
organisme baik yang berada pada tingkatan rendah maupun yang berada pada tingkatan
tinggi. Protein mempunyai fungsi utama yang kompleks dalam semua proses biologi.
Protein berfungsi sebagai katalisator, sebagai pengangkut dan penyimpan molekul
lain seperto oksigen, mendukung secara mekanis sistem kekebalan, menghsilkan
pergerakan, sebagai transistor syaraf dan mengndalikan pertumbuhan dan perkembnagan.
Karena kekompeksan sistem dan juga fungsinya maka struktur protein lah yang
menjadi penentu utama fungsi tadi. Secara dasar struktur protein dibagi atas struktur primer
, sekunder, terdier, dan kuaterner. Pembagian ini didasari oleh kekompleksan dan juga
struktur yang menyusunnya.

Gambar 1. Jenis struktur Protein

1. Primer

Struktur primer suatu protein adalah urutan uniknya yang terdiri dari asam amino.
Misalnya, kita akan mempelajari struktur primer lisozim, enzim antibakteri. Lisozim adalah
protein yang relatif kecil, rantai polipeptida tunggalnya hanya 129 asam amino panjangnya.
Masing-masing dari 20 asam amino menempati setiap 129 posisi di sepanjang rantai itu.
Struktur primer mirip dengan tatanan huruf dalam sebuah kata yang sangat panjang. Jika
dibiarkan membentuk sendiri akan ada 20129 cara yang berbeda untuk mengatur asam
amino menjadi suatu rantai polipeptida sepanjang ini. Namun demikian, struktur primer
suatu protein yang tepat tidak ditentukan oleh ikatan acak asam amino itu, akan tetapi oleh
informasi genetik yang diwarisi.
Perubahan yang sedikit sekalipun dalam struktur primer akan dapat mempengaruhi
konformasi protein dan kemampuannya untuk digunakan. Misalnya, substitusi 1 asam amino
dengan asam amino lain pada posisi tertentu dalam struktur primer hemoglobine
menyebabkan anemia sel sabit (sickle-cell), suatu kelainan darah turunan.

4
 Pelopor penentuan struktur primer protein adalah Frederick Sanger, Cambridge
University, Inggris, akhir tahun 1940 dan awal tahun 1950 mengerjakan urutan asam amino
hormon insulin.

a). Asam amino

Asam amino merupakan unit dasar struktur protein . asam amino terdiri dari gugus
amino, gugus karbosil, atom H, dan gugu R tertentu yang semuanya terikat pada ataom
karbon α karena bersebelahan dengan gugus karbosil(asam). Gugus R menyatakan rantai
samping.

1). Penamaan
o penamaan asam amino didasarkan pada struktur D-gliserida jika NH3+ terletak
disebelah kanan. Sedangkan jika NH3+ berada disebelah kiri maka diberi awalan L.
Jenis asam amino memiliki banyak jenis yang berrdasarkan dari susunannya,
seperti:

Gambar 2. Penamaan Asam

Amino

5
 b. Ikatan peptida
pada protein, gugus karbosil α asam amino terikat dengan gugus amino α asam amino lain
dengan ikatan poli peptida/ ikatan amida secara kovalen membentuk rantai polipeptida. Pada
pembentukan suatu dipeptida dari dua asam amino akan terjadi pengeluaran molekul air. Ikatan
peptida ini sangat stabil dan hidrolisis kimia memerluka kiondisi yang sagat ekstream. Dalam
tubuh, ikatan ini duiraikan oleh enzim proteolitik yang biasa disebut protease atau peptidase.
Banyak asam amino yang berikatan memalui ikatan peptida membentuk rantai polipeptida
tak ber cabnag. Asam amino disalam suatu protein disebut residu asam amino. Residu asama
amino pada salah satu ujung rantai memiliki sebuah gugus amino bebas dan rantai yang lain
memiliki gugus karbosil bebas.

Gambar 3. Ikatan Peptida

1) konformasi
Rantai polipeptida dengan suatu urutan asam amino tertentu dapat secara spontan
mengatur diri mengambil suatu bentuk 3 dimensi yang dipertahankan oleh interaksi-
interaksi yang menyebabkan struktur sekunder dan tersier. Keadaan ini terjadi secara
normal ketika protein itu sedang disintesis di dalam sel. Kondisi fisik & kimiawi lingkungan
protein menentukan konformasi protein. Jika pH, konsentrasi garam, suhu, atau aspek lain
dari lingkungannya diubah, protein tersebut bisa terbuka dan kehilangan konformasi
aslinya, suatu perubahan yang disebut denaturasi. Setelah berubah bentuk, protein
terdenaturasi itu menjadi inaktif secara biologis.
2) Resonansi
Resonansi erjadi apabila struktur protein mengalami pertukaran bentuk dengan benturk
resonansi atau bentuk perulangannya.

2. Sekunder
Daerah dalam struktur rantai peptida dapat membentuk struktur regular, berulang, dan lokal
yang terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antara atom-atom ikatan peptida. Ini berhubung
dengan pengaturan kedudukan ruang residu asam amino yang berdekatan dengan urutan linear.
Daerah yang mencagkup struktur sekunder adalah α heliks dan β sheet.

a. α heliks
Pada susatu heliks, terbentuk ikatan antara masing-masing atom oksigen karbonil pada
ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat pada atom nitrogen amida pada suatu ikatan
peptida 4 residu asam amino di sepeanjang rantai polipeptida. Jika tulang punggung polopeptida
ini terpilin dengan jumlah yang sama akan terbentuk struktur heliks atau pilinan. Dimana masing-
masing ikatan peptida dihubungkan dengan ikatan hidrigen ke ikatan residu asam amino
didepannya dan 4 asam amino dibelakangnya dalam urutan primer.
Ada beberapa tipe heliks yang terbentuk lewat pemilininan dengan taraf adan arah yang
berbeda yang digambarkan olah jumlah(n) residu aminoasil perputaran dan jumlah
tonjolan/pitch(p) atau jarak putaran yang dibentuk heliks sepanjang sumbunya.heliks polipeptida

6
yang terbentuk dari asam amino kiral akan memperlihatkan kiralitas, yaitu heliks itu bisa
berdomain kiri atau kanan.

Gambar 4. α heliks

b. β pleated sheet
Konformasi reguler yang kedua terdapat pada lembaran yang terlipat struktur β atau β
pleated sheet. Simbol β menunjukan bahwa stuktur ini merupakan struktur reguler kedua yang
diperjelas. Istilah lemabaran lipatan menunjukan pemanpakan struktur tersebut kalau dilihar dari
pinggir atas
berbeda dengan α heliks, β sheet terbentuk melalui ikatan hidrogen antara daerah liniar rantai
polipeptida. Ikatan hidrogen ini terjadi antara oksigen karboil dan satu ikatan peptida dan nitrigen
dari ikatan peptida lainnya. Ikatan hidrogen dapat terbentuk antara dua rantai pilopeptida yang
terpisah atau antara dua daerah pada sebuah rantai tunggal yang melipat sendiri. Proses
pelipatan ini melibatkan 4 struktur asam amino yang diketahui sebagai β turn.

Gambar 5. Ikatan Hidrogen dalam Protein

i. parallel
Pada pararel ikatan antar rantai peptida terjadi dengan sisi sebaliknya dehingga ikatan
yang terjadi melengkung tau tidak tepat lurus. Hal ini karna jarak antara O dan NH terbatasi oleh
R, sehingga lebih membuka(ikatan seperti huruf V
ii. anti parallel
Pada anti parallel posisi rantai saling berhadapan dengan unsur R yang berlawanan arah
hal ini mengakibatkan jarak antara O dan NH tidak dibatasi oleh R sehingga ikatan dapat tegak
lurus dan lebuh pendek.

7
 Gambar 6. β pleated sheet

c. heliks kolagen
Heliks kolagen terbentuk dari ikatan dua atau lenih rantai poliprptida. Ikatan ini rantai ini
yag disebut super koil.
d. b turns
B turns adalah wilayah dari protein yang melibatkan 4 residu berturut-turut dimana rantai
polipeptidamelipat kembali pada dirinya sendiru hampit 180o. Ini memberikan protein globular
bukan kelinearan.b turns memiliki dua tipe yang berbeda. Tipe ini didasari oleh oleh NH(i)-CO(i).

Gambar 7. Tipe b tums

i. tipe 1
Pada tipe 1 letak NH(i)-CO(i) dengan posisi atom N didepan dan posisi atom O dibelakang.

ii. tipe 2
Pada tipe 2 letak NH(i)-CO(i) dengan posisi atom N dibelakang dan atom O didepan.

3. tersier
Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan di
urutan linear dan pola ikatan-ikatan disulfida. struktur ini merupakan konformasi tiga dimensi
keseluruhan. Kata tersier mengacu pada hubungan spesial antara unsur struktur sekunder.
8
Pelipatan yang terjadi pada suatu domain biasanya terjadi tanpa tergantung pasa pelipatan
domain lainnya. Namun pada struktur tersier hal ini akan dijelaskan. Cara pelipatan dimana proteib
dapat menyatukan asam amino yang letaknya terpisah dalam pengertian struktur primer dan
ikatan yang menstabilkan konformasi ini.

a. protein fibrosida
Protein fibros adalah protein yag terdiri dari beberapa rantai peptida berbentuk spiral yang
terjalin satu sama lain sehingga menyerupai batrang yang kaku. Karakter dari bentuk ini adalah
berbentuk serabut dengan kekuatan yang tinggi dan kelarutan yag rendah juga ketahannya
terhadap enzim pencernaan.

i. Keratin
Keratin adalah penyusun dsar dari rambut dan kuku. Struktur ini merupakan super coil kidal
yang terdiri dari tiga rantai peptida yang menjadi satu. Kekuatan utama dari keratin adalah
struktur melingkar adalah interaksi hidrofobik antara residu non polar sepanjang keratin
segmen heliks. Selain karna itu kandungan sulfur yang membentuk ikatan/ jembatan sulfida
akan membuat keratin lebih kaku.

ii. kolagen
kolagen merupakan material yang mempunyai kekuatan rentang dan stuktur yang banyak
terdapat dalam vetebrata. Kolagen seperti keratin terdapat pada kulit dan tendon. Namaun
struktur kolagen adalah penunjang yang lebih lentur jika dibandingkan dengan keratin. Keratin
tersusun atas tiga tingkat:

 kerangka kovalen terdiri dari rantai protein indivudual. Residu asam amino yang paling
berimpah adalah glisin.
 Tiga rantai bergabung untuk membentuk triplet heliks dalam struktur sekunder. Tripel heliks
ini merupakan satuan struktural dasar kolagen atau tropokolagen
 Satuan tropokolagen yang terangkaikan secara kovalen, yang kemudian membentuk suatu
ikatan atau berkas yang disebut microfibril.

b. protein globular
Protein globular berbentuk bola. Protein ini agak larut dalam air dan membentuk koloid.
Srtuktur bola ini disebabkan oleh protein tersier. Molekul hidropobik asam amino terbatasi dibagian
dalam molekul sedangkan bagian hidrofilik asam amino terikat dibagian luar, sehingga terjadi
interaksi dipol-dipol dengan pelarut.

Gambar 8. Globular protein

9
 4. quatener
Struktur quaterner menggambarkan pengaruh submit protein dalam ruang. Protein dengan
dua tau lebih rantai poliprptida trikat oleh kekuatan non kovalen memperlihatkan struktur kovalen.
Pada protein ini masing-masing rantai polipeptida disebut protomer atau submit. Protomer tersebut
disatukan oleh jenis interaksi non kovalen yang sama berperan dalam struktur tersier yaitu
interaksi elektrostatik san hidrofobik serta ikatan hidrogen. Protein yang yang tersusun dari dua
atau empat sibmit masing-masing disebut protein tetrametrik atau dimetrik.

a. heterodimer
hetero dimer adalah protein yang terdiri dari dua makromolekul yang berbeda.

b. Homodimer
dimer adalah makromolekul kompleks yang terdiri dari dua, biasanya ikatan non kovalen. Protein
heterodimer adalah protein yang terdiri dari dua molekul identik.

5. denaturasi protein
Denaturasi protein adalha proses pembentukan struktur lengkap dan karakteristik bentuk
protein yang diakibatkan gangguan interaksi sekunder, tersier, dan kuaterner. Karena fungsi
bioklimia tergantung pada tiga dimensi bentuknya atau susunan senyawa yang terdapat pada
asam amino. Hasil dari denaturasi adalah hilangnnya aktivitas biokimia yang terjadi didalam
senyawa protein itu sendiri. Perubahan yang terjadi hanya secara struktural bukan secara
kandungan hal ini menyababkan kandungan dalam protein akan tetap pada kenanyakan kasus.

Penyebab protein terdenaturasi;

 Dipindahkan dari lingkungan aqueous ke suatu pelarut organik, seperti eter dan kloroform; protein
akan menjadi terbalik (bagian luar masuk ke bagian dalam), daerah hidrofobiknya berganti tempat
dengan bagian hidrofiliknya.
 Agen denaturasi lain meliputi bahan kimia yang merusak/ mengganggu ikatan hidrogen, ikatan
ionik, dan jembatan disulfida yang mempertahankan suatu bentuk protein.
 Denaturasi dapat terjadi juga disebabkan oleh panas yang berlebihan, yang merangsang rantai
polipeptida berubah. Putih telur menjadi buram tidak transparan selama pemasakan karena protein
yang telah terdenaturasi tersebut itu menjadi tidak larut lagi dan mengalami pemadatan.

Ketika suatu protein terdenaturasi oleh panas/ bahan kimiawi, protein akan kembali ke
bentuk fungsionalnya bila agen pendenaturasi ini dihilangkan.

B. FUNGSI PROTEIN

1. Protein Struktural
Protein struktural diartikan sebagai jenis protein yang mempunyai fungsi sebagai
penyangga dan pembangun struktur sel mahluk hidup, misal di dalam tulang, kuku, rambut,
pembuluh darah, dan lain-lain. Secara umum protein yang termasuk ke dalam jenis ini adalah
kolagen, elastin, keratin, dan tubulin.

 Kolagen
Matriks bagian luar pada jaringan penghubung di tubuh manusia terdiri dari banyak jenis
protein, namun di dominasi oleh kolagen. Dalam tubuh manusia kolagen berfungsi seperti
perekat yang menyatukan tubuh dan jumlahnya mencapai 30% dari total protein yang ada.
Struktur kolagen adalah triple helix yang terbentuk dari 3 rantai polipeptida. Berikut daftar
tipe-tipe kolagen dan letaknya di dalam tubuh:

Tabel 1. Tipe dan letak beberapa jenis kolagen

Tipe Letak Distribusi Jaringan
Kolagen pembentuk fibril
10
 I tulang, tendon, ligamen, kornea
II tulang rawan, nukleus pulposus
III kulit, paru-paru, hati
V paru-paru, kornea, tulang
XI tulang rawan, vitreous body
Kolagen pembentuk membran
dasar
membran jaringan dalam di bawah
IV epitel
Kolagen mikrofibrial
lapisan dermis, tulang rawan, paru-
VI paru
Anchoring fibril
VII kulit, lapisan dermis
Kolagen pembentuk jaringan
hexagonal
VIII sel endotelial, membran descemet
X tulang rawan hipertropik
Kolagen FACIT
IX tulang rawan, kornea
XII ligamen, tendon
XIV lapisan dermis, tendon, hati
XIX rhabdomysarcoma
XX tendon, kulit embrio
XXI pembulih darah
Kolagen transmembran
lapisan epidermis, hati, paru-paru,
XIII usus
XVII lapisan dermis
Multiplexin
XV ginjal, pankreas
XVI keratinosit, amnion
XVIII paru-paru, hati
(Sumber: Gelse, K, dkk. ―Collagens—structure, function, and biosynthesis‖)

 Elastin
Protein struktural jenis ini penting untuk jaringan di dalam tubuh manusia yang bergantung
pada elastisitas, seperti pada kulit di bagian tertentu dan pita suara. Elastin mempunyai
peranan penting untuk menjaga dan menunjang kesehatan sel. Kandungan dari elastin
adalah glisin, alanin, prolin, dan valin. Struktur elastin tidak seperti kolagen, melainkan
fleksibel seperti karet yang mudah berubah bentuk.
 Keratin
Keratin adalah filamen pembentuk protein dengan sifat fisikokimia yang spesifik dan
diekstrak dari lapisan epidermis. Bagian epitel semua vertebrata memiliki keratin, dan pada
tubuh manusia protein struktural jenis ini adalah penyusun lapisan terluar kulit.

11
 Gambar 9. Lapisan Kulit
(Sumber: bestofbothworldsaz.com

 Tubulin
Mikrotubuli adalah filamen struktur intraselular yang berguna dalam penyusunan struktur.
Selain itu mikrotubuli juga berperan dalam pergerakan sel eukariotik, transport intrasel,
divisi sel, dan lain-lain.

Gambar 10. Proses pembentukan tubulin

(Sumber: http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/invertebrates/microtubules.html)

Langkah awal pembentukan tubulin adalah DNA mengalami transkripsi untuk membentuk
mRNA. Kemudian mRNA mengalami translasi untuk membentuk protein. Protein yang
dihasilkan adalah alpha tubulin dan beta tubulin. Kedua jenis tubulin ini akan berikatan
untuk membentuk tubulin heterodimer.

2. Protein Sebagai Katalis/Enzym

Fungsi protein dalam hal ini adalah untuk mempercepat proses reaksi biokimia di dalam
tubuh namun kehadirannya tidak merubah komposisi reaksi.
 Oxidoreductase
Enzim yang berfungsi mengkatalis perpindahan electron dari satu molekul ke molekul
lainnya, atau dengan kata lain berhubungan dengan reaksi oksidasi dan reduksi. Enzim ini
terdiri dari 2 jenis yaitu oxidase dan dehirogenase. Oxidase diperlukan ketika terjadinya
reaksi yang membuat oksigen berperan sebagai penerima elektron. Sedangkan
dehirogenase berperan untuk mengoksidasi substrat dengan cara mentransfer hydrogen.
Enzim oxidoreductase berperan dalam respirasi aerob/anaerob.
 Transferase
Enzim yang mengkatalis perpindahan suatu gugus (group transfer). Biasanya molekul yang
berperan sebagai donor adalah kofaktor dari molekul yang nantinya menjadi akseptor.
Contohnya adalah heterokinase dalam proses glikolisis.
 Hidrolase
Enzim yang mengkatalis reaksi hidrolisis, atau menguraikan zat tertentu dengan bantuan
air. Proses perpindahan yang terjadi adalah perpindahan gugus senyawa kimia ke air.
 Lyases
Enzim yang mengkatalis reaksi dengan cara menambahkan gugus fungsi untuk memecah
ikatan rangkap di suatu molekul, atau kebalikannya yaitu menghilangkan gugus fungsi
untuk membentuk ikatan rangkap di molekul. Contohnya adalah penggunaan fruktosa

12
 bifospat aldolase untuk mengubah fruktosa 1,6 bifospat menjadi gliseraldehid 3 fospat dan
dihidroksiaseton fospat dengan memutus ikatan rangkap C.
 Isomerase
Enzim yang mengkatalis perubahan struktur gugus fungsi di suatu molekul sehingga
membentuk isomernya. Perubahan yang terjadi bisa secara struktural ataupun geometri.
Contohnya adalah fospoglukosa isomerase untuk mengubah glukosa 6-fospat menjadi
fruktosa 6-fospat.
 Ligase
Enzim yang mengkatalis pengikatan/penggabungan dari 2 molekul, dan bisa juga untuk
membentuk ikatan karbon-karbon, karbon-nitrogen, karbon-oksigen, dan lain-lain.
Contohnya adalah dalam replikasi DNA, yang menggunakan ligase untuk menyambung
fragmen Okazaki.

3. Protein Sebagai Motor Penggerak

Protein jenis ini mampu bergerak di permukaan zat tertentu (mikrotubulus dan filamen
aktin) karena memanfaatkan energi yang dihasilkan dari reaksi hidrolisis ATP, dan mengubah
energi kimia menjadi mekanik. Protein penggerak terdiri dari 3 jenis yaitu myosin, kinesin, dan
dynein.
 Myosin
Myosin berperan besar dalam kontraksi otot. Kontraksi otot bisa terjadi karena adanya
interaksi antara myosin dengan aktin. Apabila kita umpamakan cara kerja otot, maka
myosin berfungsi sebagai penggerak (motor), aktin adalah filamen tempat myosin
bergerak, dan ATP adalah sumber yang dibutuhkan untuk menggerakan myosin (motor).
Sebenarnya myosin terdiri dari 13 jenis, yang dikategorikan menjadi bagian kepala, badan,
dan ekor. Namun intinya masing-masing bagian tersebut mempunyai fungsi masing-masing
dan berkesinambungan ketika myosin berinteraksi dengan aktin.
 Kinesin
Kinesin adalah protein penggerak yang menggunakan mikrotubulus sebagai jalur
pergerakannya. Fungsi dari kinesin adalah untuk membantu transport intraseluler. Arah
pergerakan kinesin di mikrotubulus adalah menuju sisi akhir (+) atau disebut anterograde
transport. Dalam pergerakannya bagian kepala kinesin mengikat mikrotubuli dan ATP,
sedangkan bagian ekor mengikat vesikel. Selain itu tiap membrane vesikel dipindahkan
oleh protein penggerak kinesinnya masing-masing (unik).
 Dynein
Dynein adalah protein penggerak mirip seperti kinesin namun memungkinkan
pergerakan seperti bergeser. Arah pergerakan dynein di mikrotubuli kebalikan dari kinesin,
yaitu menuju sisi akhir (-) atau disebut retrograde transport. Pengikatan bagian kepala dan
ekor dynein sama seperti kinesin.

4. Protein Sebagai Pelindung Tubuh

Protein pelindung ini berfungsi untuk melindungi tubuh dari serangan zat-zat asing. Dalam
prosesnya protein ini akan menghasilkan sistem imunitas atau kekebalan tubuh. Secara garis
besar protein pelindung ini dibagi menjadi 2 kriteria yaitu protein komplemen dan protein antibodi.
Protein komplemen menghancurkan zat asing dari dalam. Contoh mekanismenya adalah:
1. Protein komplemen melekat pada zat asing
2. Komplemen menyerang membrane zat asing dan mengeluarkan ion-ion kalsium yang ada
di dalamnya
3. Cairan dan garam di sekitar akan berusaha masuk ke dalam zat asing karena ada
perbedaan konsentrasi
4. Ketika cairan dan garam yang masuk berlebih akan menyebabkan zat asing hancur dari
dalam (lisis/pecah)

Antibodi adalah protein dengan bentuk dan kemampuan khusus yang mampu mendeteksi
dan menempel pada benda asing seperti bakteri/virus dan kemudian menghancurkannya. Antibodi
mempunyai 2 fungsi terpisah, pertama yaitu kemampuan untuk mengenal dan menempel pada
benda asing tertentu dan yang kedua adalah berperan seperti penanda. Penanda ini akan

13
mengirim sinyal ke bagian sistem imun yang lain dan akan menyerang zat asing. Berikut beberapa
jenis protein antibodi:
 Immunoglobin
Immunoglobin adalah molekul glikoprotein yang diproduksi dari sel plasma karena adanya
respon untuk melawan antigen (zat asing). Immunoglobin bersifat sangat spesifik, sehingga
tiap antigen akan diikat/ditempel oleh immunoglobin yang berbeda.
 Aglutinin
Aglutinin adalah protein yang mampu menyebabkan antigen menjadi menggumpal. Ketika
antigen ini menggumpal maka akan lebih mudah untuk dikeluarkan dari tubuh.
 Opsonin
Protein yang menempel pada antigen dan memberi sinyal kepada leukosit untuk
memusnahkan virus/bakteri tertentu.
 Lisin
Protein antibodi yang cara kerjanya mirip dengan protein komplemen, yaitu
menghancurkan antigen dari dalam dengan cara lisis (pecah).
 Presipitin
Protein antibodi yang melindungi tubuh dengan cara mengendapkan antigen.

Selain protein pelindung, leukosit (sel darah putih) juga berperan besar dalam melawan zat
asing yang masuk ke dalam tubuh. Leukosit dibagi menjadi 2 jenis, jenis pertama adalah granulosit
yang terdiri dari basofil, eosinofil, dan neutrofil. Jenis kedua adalah agranulosit yang terdiri dari
limfosit dan monosit. Berikut kegunaannya:
 Basofil, melawan antigen dengan mengeluarkan reaksi alergi.

 Eosinofil, jumlahnya akan meningkat dalam tubuh apabila ada kehadiran zat asing.

 Neotrofil, melawan antigen dengan cara fagositosis dan jenis leukosit pertama yang
memberi tanggapan pada antigen.

 Limfosit, melawan antigen dengan membentuk antibodi. Terdiri dari 3 jenis yaitu sel B
(membuat antibodi dengan sistem memori), sel T (pembantu), dan sel natural killer
(membunuh sel tertentu)

 Monosit, bersifat fagosit dan diproduksi di jaringan getah bening

E. Protein Sebagai Penyimpanan Molekul

14
 Protein sebagai penyimpanan molekul ini diartikan protein yang mampu
menyimpan/menampung zat tertentu yang masih berguna untuk manusia. Sehingga protein ini
bisa digunakan sebagai cadangan energi atau memang membantu proses metabolisme tubuh.
Berikut beberapa protein yang termasuk dalam jenis ini:
 Hemoglobin
Protein ini mampu menyimpan/mengikat oksigen sehingga berperan besar dalam
transportasi oksigen. Walaupun memang hemoglobin juga bisa mengikat karbon
monoksida. Hemoglobin berada di sel darah merah.

Gambar 11. Hemoglobin

(Sumber: www.masimo.fr)

 Ovalbumin
Ovalbumin adalah glikoprotein yang terdiri 54% dari total protein di putih telur. Protein ini
banyak menyimpan asam amino dan bisa digunakan sebagai cadangan energi
 Kasein
Protein utama di dalam susu sapid an kandungannya mencapai 80% dari kandungan total
protein susu sapi
 Ferritin
Protein sebagai tempat penyimpanan ion besi dan banyak ditemukan di limfa. Fungsinya
tidak hanya sebagai tempat penyimpanan namun juga bisa mengeluarkan ion besi di dalam
tubuh sebagai proses regulasi.

Gambar 12. Ferritin

(Sumber: www.chemistry.wustl.edu)

5. Protein Sebagai Hormon

Protein berperan dalam membentuk hormon dan membantu mengkontrol fungsi tubuh yang
berhubungan dengan interaksi kerja beberapa organ. Namun tidak semua hormon pasti dibentuk
dari protein. Hormon yang dibentuk dari protein disebut hormon peptide. Contohnya adalah seperti
insulin, yang berfungsi mengatur kadar gula dalam darah dan berhubungan dengan organ
pancreas dan hati. Contoh lainnya adalah sekretin, yang berfungsi membantu proses pencernaan
dengan menstimulasi pancreas dan usus.

6. Protein Sebagai Signaling

Signaling ini diartikan proses reaksi yang dilakukan oleh sel akibat dari perubahan
lingkungan luar. Reaksi ini terjadi karena sel mempunyai kemampuan untuk

15
beradaptasi/menyesuaikan diri dengan memproses rangsangan yang diterima dari luar. Contohnya
adalah organisme prokariotik yang mempunyai sensor untuk mendeteksi nutrisi dan
mengarahkannya ke sumber makanan. Dalam organisme multiseluler faktor-faktor seperti hormon,
neurotransmitter, dan komponen matrix ekstraseluler merupakan beberapa jenis sinyal sel yang
digunakan. Contohnya seperti neurotransmitter, yaitu molekul yang mentransmisi dan meneruskan
suatu sinyal jarak pendek dari 1 neuron ke neuron lainnya atau antara sel otot. Namun ada juga
beberapa sel yang memberi respon terhadap rangsangan mekanis. Contohnya adalah sel sensor
di kulit yang memberi respon terhadap tekanan atau panas.
Tiap sel mampu mengolah rangsangan yang diterima dari luar karena adanya protein yang
disebut reseptor, yang berfungsi mengikat molekul sinyal dan kemudian mengubahnya menjadi
urutan untuk memulai respon. Tiap molekul tentunya mempunyai reseptornya masing-masing
(unik). Contohnya adalah reseptor insulin yang mengikat insulin, reseptor dopamine yang mengikat
dopamine, dan lain-lain. Reseptor pada umumnya adalah protein transmembran, yang setelah ia
mengikat molekul sinyal tertentu di luar sel ia akan mentransmisikan sinyal untuk memulai internal
signaling pathways. Membran reseptor terbagi menjadi 3 jenis yaitu G-protein - coupled receptors,
ion channel receptors, dan enzyme-linked receptors. Pembagian jenis reseptor ini didasarkan pada
mekanismenya mengubah sinyal eksternal menjadi sinyal internal.

Gambar 13. Aktivasi Ion Channel Receptor

(Sumber: http://www.nature.com/scitable/topicpage/cell-signaling-14047077)

Reseptor asetilkolin (warna hijau) membentuk ion channel di dalam membran plasma.
Asetilkolin adalah reseptor yang pori-porinya berair sehingga memungkinkan transfer material
dalam membran plasma ketika keadaan terbuka. Ketika tidak ada sinyal dari luar maka pori-pori
akan tertutup (gambar tengah), namun ketika molekul asetilkolin (warna biru) menempel pada
reseptor pori-pori akan menjadi terbuka dan memungkinkan transport material berwarna merah ke
dalam membran plasma.
Ketika suatu sel menerima sinyal, sinyal tersebut akan diproses hingga berubah menjadi
respon tertentu. Proses perubahan sinyal ini disebut signal transduction cascade. Berikut
tahapannya:
1. Aktivasi reseptor pada suatu sel.
2. Sistesis molekul kecil yang disebut second messenger, yang akan memulai dan
mengkoordinasi signaling pathways intraselluler. Contoh dari second messenger adalah
cylic AMP (cAMP). cAMP ini dibentuk dari ATP menggunakan enzim adenil cyclase.
3. Kemudian cAMP akan mengaktivasi enzim protein kinase A (PKA).
4. Terjadinya proses fosporilat, yaitu penempelan gugus fospat ke kumpulan protein.
5. Proses-proses dari 1-4 akan menguatkan sinyal awal yang diterima sel dan akan berhenti
dengan bantuan enzim fosfodiesterase.

16
 Gambar 14. Proses signal transduction cascade
(Sumber: http://www.nature.com/scitable/topicpage/cell-signaling-14047077)

Intinya ketika suatu sel menerima rangsangan/sinyal dari luar, suatu proses diperlukan
agar sel bisa memberikan respon yang sesuai. Dalam proses mengubah sinyal yang diterima
menjadi respon, tahapan-tahapan yang ada tidak hanya meneruskan sinyal ke target melainkan
juga menguatkan sinyal awal yang diterima oleh sel.

C. BIOSINTESIS PROTEIN

Terdapat 2 (dua) jenis protein yang selama ini kita ketahui, yaitu: protein nabati dan protein
hewani. Protein nabati merupakan protein yang berasal dari tumbuh-tumbuhan. Protein nabati
tidak mempunyai profil asam amino yang lengkap. Selanjutnya, protein hewani merupakan protein
yang sumbernya diperoleh dari hewan, di antaranya adalah susu, daging, dan telur. Protein
hewani mengandung asam amino yang lengkap jika dibandingkan dengan yang nabati sehingga
dapat digunakan secara optimal untuk perkembangan tubuh manusia. Protein-protein esensial
(penting) tidak bisa diproduksi oleh tubuh manusia sendiri. Oleh sebab itu, asam amino ini hanya
bisa didapat dari makanan yang dikonsumsi.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi
sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali
dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi
hara.

17
 Gambar 15. Visualisasi struktur protein sesungguhnya.
(source: http://www.topsan.org/)
Biosintesis protein sama dengan ekspresi sintesis genetik. Kode genetik yang dibawa
DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan
ribosom.Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam amino proteinogenik.
Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.

Biosintesis Protein
I. Transkripsi
Transkripsi merupakan pengkopian daerah pengkode pada DNA menjadi RNA untai
tunggal (Lodish, 2005), pengertian ini diperjelas lagi bahwa, transkripsi adalah pembuatan
RNA dengan menyalin sebagian berkas DNA, transkripsi merupakan bagian dari rangkaian
ekspresi genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang
dimaksud adalah mengubah template DNA menjadi RNA.
Secara fungsional, transkripsi diartikan sebagai transfer informasi genetik yang terdapat
dalam urut-urutan nukleotida DNA menuju ke urut-urutan nukleotida RNA atau penyalinan atau
perekaman informasi genetik yang ada pada DNA (berupa urutan nukleotida) yang
menghasilkan salinan atau rekaman berupa urutan nukleotida RNA dan menggunakan DNA
sebagai template.

Proses Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan.
Pada proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut
gen konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang
memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu; gen-nya disebut
gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus. Rangsangan akan
mengaktifkan bagian promoter. Promoter ini terletak di sebelah hulu bagian yang akan disalin
(disebut transcription unit). Mekanisme transkripsi pada eukariot berbeda dengan mekanisme
transkripsi pada prokariot. Berikut penjelasannya:

Transkripsi pada Prokariot

Padas sel prokariot, umumnya gen yang mengkode protein pada prokariot adalah gen
dengan kopi tunggal (single copy), sedangkan gen yang mengkode tRNA dan rRNA berupa
gen dengan jumlah kopi banyak (multiple copies). Organisasi gen dalam organisme prokariot
disebut operon. Suatu operon adalah organisasi beberapa gen struktural yang ekspresinya

18
dikendalikan oleh satu promoter yang sama.Contoh dari operon adalah lac operon (operon
yang mengendalikan kemampuan metabolisme pada E. coli).
Terdapat 3 macam gen dalam lac operon, yaitu gen Z (mengkode β-galaktosidase),
gen Y (mengkode permease), dan gen A (mengkode trans-asetilase). Masing-masing gen
struktural memiliki kodon inisiasi awal dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan
oleh satu promoter yang sama. Pada saat transkripsi, terbentuk 1 mRNA yang membawa
kodon untuk 3 macam polipeptida yang berbeda (polisistronik). Masing-masing polipeptida
akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA.
Berikut penjelasan lebih lanjut tentang tahapan-tahapan dalam proses transkripsi:

A. Inisiasi
Tahap inisiasi berupa pengenalan
holoenzyme (RNA polimerase) pada tapak
awal inisiasi atau yang disebut sebagai
promoter. Pengenalan promoter ini
berlangsung melalui pelekatan/pengikatan
holoenzyme (RNA polimerase) pada posisi
promoter. Bagian RNA polimerase yang
mengenali promoter adalah subunit
τ(sigma) (Corebima, 2002).

Semua promoter mempunyai urut-

urutan nukleotida yang sama atau sangat
mirip. Pada E. coli diketahui ada dua
macam urut-urutan promoter yaitu 5'-
TTGACA-3' (-35box) dan 5'-TATAAT-3' (-10
box atau Pribnow box). -10 menunjuk pada
lokasi box tersebut terdapat berkaitan
dengan posisi awal transkripsi.

Pada awal proses pengikatan Gambar 16. Proses Inisiasi

RNA polimerase (holoenzime) dengan
promoter disebut sebagai "kompleks (sumber: http://www.picstopin.com)
promoter yang tertutup" atau Closed
promoter complex (Brown, 1989 dalam Corebima, 2002). Dalam bentuk closed
promoter complex, enzim polimerase menutupi atau "melindungi" sekitar 60 bp
(base pairs) dari heliks ganda, bermula dari posisi di depan (upstream) -35 box
menuju ke arah -10 box. Diduga holoenzyme RNA polimerase secara khusus
mengenali -35 box sebagai tapak pengikatan DNA, meskipun kesimpulan ini masih
kontroversial. Akan tetapi dinyatakan lagi, bahwa -10 box adalah daerah yang jelas-
jelas merupakan tempat pemutusan ikatan hidrogen antara basa (yang disebut
peleburan), maupun tempat pertama terbukanya lilitan heliks ganda DNA
(Corebima, 2002).

Setelah RNA polimerase berlekatan dengan bagian promoter, selanjutnya

akan membentuk formasi open promoter complex, yakni struktur yang terbentuk
akibat pemutusan ikatan hidrogen maupun terbukanya lilitan heliks. Dengan
terbentuknya open promoter complex tersebut memungkinkan terjadinya proses
polimerisasi RNA, setelah terlebih dahulu berlangsung polimerisasi pertama yang
menghadirkan dua nukleotida yang pertama.

B. Elongasi
Setelah tahap inisiasi selesai, maka dilanjutkan dengan tahap elongasi.
Selama tahap elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan ikatan
hidrogen, serta membuka lilitan heliks ganda. RNA polimerase bergerak sepanjang
molekul DNA dan menghubungkan ribonukleotida-ribonukleotida ke ujung 3‘ pada
19
 molekul RNA yang sedang tumbuh, sesuai dengan macam basa pada DNA yang
menjadi cetakannya (Brown 1989 dalam Corebima, 2002). Proses ini berlangsung
dengan arah polimerisasi dari ujung 5‘ ke ujung 3‘.

Selama berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA yang telah

terbentuk, secara bertahap terlepas ikatannya dari untaian DNA pengkode,
sehingga memungkinkan segera terbentuknya kembali heliks ganda seperti semula.
Dalam hubungan ini bagian DNA yang terbuka, atau yang disebut "gelembung
transkripsi" hanya mengandung pasangan basa RNA-DNA sejumlah antara 12
sampai 17 (Corebima, 2002).

C. Terminasi

Proses elongasi pada akhirnya harus dihentikan, penghentian ini dinamakan

terminasi. Proses terminasi transkripsi pada prokariot dapat dikelompokkan menjadi
2 kelas, yaitu:
 Terminasi yang ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent)
 Terminasi yang diatur oleh suatu protein (faktor ρ) (rho-dependent).

Kelas pertama dicirikan oleh struktur jepit rambut dan lengkung. Dewasa ini
diketahui adanya perbedaan struktur antara terminasi yang tergantung pada faktor
ρ (dependent terminator), dan yang tidak tergantung pada faktor ρ atau ρ-
independent terminator (Brown, 1989). Dalam hal ini struktur terminator yang tidak
tergantung pada faktor ρ memiliki suatu seri pasangan basa A-T langsung
mengikuti palindrom. Pasangan basa A-T ini menyebahkan terbentuknya suatu seri
5 sampai 10 U pada ujung 3' dari RNA hasil transkripsi.

Urut-urutan proses transkripsi yang telah dibicarakan di atas, secara lengkap dapat
dilihat pada gambar berikut ini:

Gambar 17. Rangkuman proses transkripsi protein.

20
 Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari
ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti, sehingga tidak
ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot)
sehingga translasi dapat segera dilakukan (Gardner, dkk. 1991).

Transkripsi pada Eukariot

Mekanisme transkripsi secara umum pada organisme eukariot sama dengan pada
prokariot, yaitu melalui tahapan inisiasi, elongasi dan terminasi. Perbedaan antara transkripsi
pada eukariot dengan prokariotik adalah RNA polimerase tidak melekat pada DNA selama
proses inisiasi.

Inisiasi transkripsi pada eukariot diperantarai oleh faktor-faktor transkripsi yang bersifat
spesifik untuk tiap macam RNA polimerase. Segera setelah inisiasi, RNA polimerase langsung
berikatan pada DNA. Ketiga macam RNA polimerase pada eukariot membutuhkan prakondisi
yang berbeda untuk terlibat dalam transkripsi (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Tiga
macam RNA polimerase mengenali urutan promoter yang berbeda; dan membutuhkan
perangkat protein yang berbeda (disebut ―faktor transkripsi‖ atau ―transcription factor‖). Berikut
penjelasan dari ketiga RNA polimerase yang bekerja pada eukariot.

A. RNA Polimerase I
Dalam Gardner (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerase I terletak pada nukleolus
dan mengkatalis pembentukan rRNA

B. RNA Polimerase II
Masih dalam Gardner dkk (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerasi II
mentranskripsikan sebagian besar gen-gen struktural inti. RNA polimerase II ini
bertanggungjawab pada pembentukan pra-mRNA.

C. RNA Polimerase III

RNA polmerase III, sebagaimana RNA polimerase II, tidak berada di nukleolus,
melainkan di nukleoplasma. RNA polimerase III ini mentranskripsikan gen-gen untuk inti
kecil RNAs dan tRNAs. Tempt pelekatannya berada di antara gen-gen tersebut (Gardner
dkk, 1991).
Sedikit telah disinggung di atas bahwa pada eukariot transkripsi terjadi tidak
bersamaan dengan translasi. Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat
dibedakan tempat terjadinya transkripsi dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti
sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan,
sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses
transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada eukariotpun lebih kompleks daripada
prokariot (Gardner, dkk. 1991).

II. Translasi

Translasi merupakan pemindahan informasi genetik dari RNA dan membentuk protein
yang sesuai. Pada proses ini terjadi penerjemahan informasi genetik yang berupa serangkaian
kodon di sepanjang molekul mRNA oleh tRNA menjadi asam amino. Setiap molekul tRNA
menghubungkan kodon tRNA tertentu dengan asam amino tertentu.Kodon (kode genetic)
adalah urutan nukleotida yang terdiri atas tiga nukleotida berurutan (sehingga sering disebut
sebagai triplet codon) yang menyandi suatu asam amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG
pada mRNA) mengkode asam amino metionin. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon
untuk asam amino metionin yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada
prokaryot , asam amino awal tidak berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Kodon
pertama (kodon inisiasi) pada E coli dapat berupa AUG (90 % kemungkinan), GUG (8%), atau
UUG (1%). Meskipun demikian, pada bagian transkripsi sebelah dalam (setelah kodon inisiasi),
kodon GUG dan UUG masing-masing mengkode valin dan leusin. Dalam proses translasi,
rangkaian nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap nukleotida sebagai satu kodon untuk satu
21
asam mino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG
pada mRNA).

Pada proses selanjutnya, tRNA akan terus datang membawa asam amino ke ribosom
dan menyatukan asam aminonya sehingga terbentuk polipeptida yang makin panjang. Setiap
molekul tRNA akan dilepaskan dari ribosom setelah memberikan asam aminonya. Peristiwa ini
berlanjut hingga kodon “stop” mencapai ribosom. Kodon “stop” berfungsi sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi. Selanjutnya protein dan ribosom akan pisah dari mRNA. Perlu
dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak di
translasi.
Molekul mRNA merupakan transkripsi (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame/kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah
satu molekul penyusun ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein,
sedangkan tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi
rantai polipeptida. Suatu ORF dicirikan oleh :

1. Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA)
2. Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada mRNA),
atau TGA (UGA pada mRNA).

Gambar 18. Gambaran mekanisme translasi.

(sumber: http://www.bbc.co.uk/)

Gambar19. Lingkaran kodon.

(sumber: http://www.bbc.co.uk/)

22
 Terdapat perbedaan proses translasi mendasar pada sel eukariot dan prokariot.
Perbedaanya dijelaskan pada table berikut:

Tabel 2. Perbedaan Prokariotik dan Eukariotik

Prokariot Eukariot
 Prokariot tidak terdapat membran  Transkripsi terjadi tidak bersamaan
inti dengan translasi.
 Translasi dapat terjadi sebelum  Transkripsi terjadi di dalam inti
transkripsi sepenuhnya sedangkan translasi terjadi di
dirampungkan sitoplasma.
 Proses transkripsi dan translasi
pada eukariot lebih kompleks
daripada prokariot

Mekanisme Tranlasi
Proses translasi terdiri dari tiga tahap yaitu:
A. Inisiasi
Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan
terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5′-AGGAGGU-3′, sedang pada eukariot terjadi pada
struktur tudung (7mGpppNpN). Selanjutnya ribosom bergeser ke arah 3′ sampai bertemu
dengan kodon AUG. Kodon ini menjadi kodon awal. Asam amino yang dibawa oleh tRNA
awal adalah metionin. Metionin adalah asam amino yang disandi oleh AUG. pada bakteri,
metionin diubah menjadi Nformil metionin. Struktur gabungan antara mRNA, ribosom sub
unit kecil dan tRNA-Nformil metionin disebut kompleks inisiasi. Pada eukariot, kompleks
inisiasi terbentuk dengan cara yang lebih rumit yang melibatkan banyak protein initiation
factor.
B. Elongation
Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil
menghasilkan dua tempat yang terpisah. Tempat pertama adalah tempat P (peptidil) yang
ditempati oleh tRNA-Nformil metionin. Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang
terletak pada kodon ke dua dan kosong. Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan
antikodon dan asam amino yang tepat masuk ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di
ribosom terisi, lalu terjadi ikatan peptide antara kedua asam amino. Ikatan tRNA dengan
Nformil metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada
tempat A. Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada
pada tempat P dan tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon yang
tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut seperti
sebelumnya.
C. Terminasi
Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA, UAG,
UGA. Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang sesuai.
Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai polipeptida
yang terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom berubah menjadi sub unit kecil
dan besar.

III. Post-translasi
Translasi adalah bukan akhir dari sintesis protein. Polipeptida hasil translasi tidak
langsung aktif. Untuk menjadi protein aktif atau fungsional dalam sel, protein harus diproses
sekurang‐kurang satu dari empat tipe pemrosesan berikut ini :
1. Protein folding (pelipatan protein)
Polipeptida dilipat menjadi struktur tersier yang benar.

2. Proteolytic cleavage (pemotongan proteolitik)

23
 Pemotongan protein oleh protease ini dapat membuang segmen‐segmen dari satu
atau kedua ujungpolipeptida. Hasil pemotongan dapat berupa fragmen protein aktif
yang lebih pendekf atau menjadifragmen‐fragmen protein yang seluruh atau
beberapa fragmen protein aktif.

3. Chemical modification (modifikasi kimiawi)

Asam amino polipeptida dimodifikasi melalui penambahan gugus kimia baru.

4. Intein splicing (pembuangan intein)

Intein adalah urutan penyela pada beberapa protein, mirip intron pada mRNA. Intein
harus dibuang(splicing) dan exteins disambung menjadi protein aktif.
Seringkali tipe‐tipe pemrosesan berbeda terjadi bersama‐sama, yaitu polipeptida
dipotong, dimodifikasi dan/atau splicing, serta dilipat pada waktu yang sama untuk membentuk
konformasi tiga dimensi yang benar. Selain itu, proses pemotongan atau modifikasi kimiawi
dapat juga terjadi setelah protein dilipat, proses ini mungkin sebagai bagian mekanisme
pengaturan yang engkonversi pelipatan protein inaktif menjadi bentuk yang aktif.

D. ANALISIS PROTEIN

Pengkajian dan pemahanan mengenai protein dapat didekati dengan dua jenis analisis,
yaitu analisis kuantitatif dan kualitatif yang mana akan dijabarkan di bawah ini.

Analisis Kuantitatif

1. Metode Kjeldahl
Metode Kjeldahl adalah suatu metode analisis kuantitatif dengan cara menentukan
kadar kandungan unsur Nitrogen dalam suatu sampel. Metode membutuhkan faktor
konversi (F), karena tidak melakukan pengukuran protein secara langsung.
Prinsip utama metode ini adalah oksidasi senyawa organik menggunakan asam
sulfat kuat.Di mana senyawa organik teroksidasi dan kandungan karbonnya akan diubah
menjadi karbon dioksida sedangkan hidrogen diubah menjadi air. Nitrogen dari kelompok
amina yang ditemukan dalam ikatan peptida diubah menjadi menjadi ion amonium yang
larut dalam larutan oksidasi, dan kemudian dikonversi menjadi gas amonia.
Analisa protein cara Kjeldahl pada dasarnya dapat dibagi menjadi tiga tahapan yaitu proses
destruksi, proses destilasi dan tahap titrasi.
a. Tahap destruksi/digesti

Tujuan dari tahap ini adalah untuk memecah ikatan polipeptida dan
mengkonversikannya ke senyawa sederhana, seperti air, karbon monoksida, karbon
dioksida dan amonia. Reaksi ini dapat dipercepat dengan adanya katalis seperti kalium
sulfat (K2SO4) atau natrium sulfat (Na2SO4) yang akan meningkatkan titik didih asam sulfat
dan suhu reaksi destruksi.

b. Destilasi

Tujuan dari tahap ini adalah untuk memisahkan amonia (yaitu nitrogen) dari
campuran destruksi. Hal ini dilakukan dengan :
1) Meningkatkan pH campuran dengan menambahkan NaOH sehingga mengubah ion
ammonium (NH4+) yang merupakan cairan menjadi ion amoniak (NH3+) yang
berbentuk gas

Reaksinya adalah sebagai berikut

2) Memisahkan nitrogen dari campuran destruksi dengan distilasi amonia

(mengubahnya menjadi gas volatile dengan menaikkan suhu sampai titik didihnya)
24
 dan kemudian menuju labu penerima yang telah di isi asam borat atau 15 ml HCl
(asam klorida) di 70 ml air. Rendahnya pH membuat amoniak menjadi ion Amonia

c. Tahap titrasi

Tujuan dari tahap ini ada menetralkan campuran dari tahap 2 atau destilasi. Apabila
penampung destilat digunakan HCl maka sisa asam klorida yang bereaksi dengan
ammonia dititrasi dengan NaOH standar (0,1 N). Akhir titrasi ditandai dengan tepat
perubahan warna larutan menjadi merah muda dan tidak hilang selama 30 detik bila
menggunakan indikator PP (phenopthalen).
%N = × N. NaOH × 14,008 × 100%
Untuk penampung destilat yang menggunakan asam borat, kandungan N diestimasi
dengan titrasi ion amonium borat dengan asam sulfat atau asam klorida standar
H2BO3- + H+  H3BO3
Ion nitrogen dapat diketahui dari ion hidrogen (mol) yang dibutuhkan untuk
mencapai end point titrasi. Persamaannya adalah

Vs dn vb adalah volume titrasi sampel dan blanko sedangkan14 g adalah mr Nitrogen.

Dari kadar Nitrogen dikonversi untuk mengetahui kadar protein dengan
%Protein = F x %N

Gambar 20. Tiga step dalam metod Kjeldahl

2. Metode Dumas Termodifikasi

Prinsip metode ini adalah menghitung kadar Nitrogen dalam protein dengan
penguapan dan tanpa titrasi.
Sampel dipanaskan dalam tangas dengan suhu 900oC. Dengan adanya oksigen,
cara ini akan melepaskan CO2, H2O, dan N2. Gas CO2 dan H2O dipisahkan dengan
melewatkan gas pada kolom khusus untuk menyerapnya. Kandungan Nitrogen dihitung
dengan melewatkan sisa gas melalui kolom dengan detektor konduktivitas termal pada
ujungnya. Alat dikalibaris terlebih dahulu dengan senyawa analis murni yang kadar
Nitrogennya telah diketahui seperti EDTA (= 9,59 %N). Dengan demikian sinyal dari
detektor dapat dikonversi menjadi kadar nitrogen.

25
3. Spektroskopi UV-Vis

Kemampuan protein dalam menyerap (absorbsi) cahaya pada rentang UV-Visible

pada spektrum elektromagnetik menjadi prinsip dasar pada metode ini. Analisis protein
dilakukan dengan membuat kurva kalibrasi absorbansi terhadap konsentrasi protein
dengan larutan protein yang telah diketahui konsentrasinya (larutan standar. Kemudian
absorbansi dari larutan analit diukur dan di plot ke dalam kurva kalibrasi. Contoh gugus
fungsi yang berperan dalam absorbsi atau pembiasan radiasi elektromagnetik adalah
ikatan peptida, rantai samping aromatis, gugus inti dan agregat protein.

Macam-macam metode UV-Vis

a) Pengukuran pada panjang gelombang 205 nm

Berdasarkan pada ikatan peptide yang dapat mengabsorbsi sinar dengan panjang
gelombang 205 nm, maka pengukuran konsentrasi protein dapat dilakukan pada panjang
gelombang tersebut. Metode ini dapat dilakukan pasa larutan dengan konsentrasi 1 – 100
ug/ml protein.
b) Pengukuran pada panjang gelombang 280 nm

Protein memiliki kandungan tryptophan dan tyrosine yang dapat menyerap sinar UV
pada 280 nm. Kandungan tryptophan dan tyrosine dalam protein biasanya cenderung
konstan, sehinga absorbansi larutan protein dapat digunakan untuk menentukan
konsentrasinya.
c) Fluorescence Emission

Konsentrasi protein dapat ditentukan dengan mengukur fluorescence instrinsik

berdasar pada emisi fluorescence asam amino aromatik tryptophan, tyrosine, atau
fenilalanin. Ketika intensitas fluorescence protein sample di ukur, konsentrasi dapat
dihitung dari kurva kalibrasi emisi fluorescence larutan standar.

d) Metode Colorimetric

1) Metode Biuret (Cu2+ + Ikatan peptida)

Pada metode ini reagen atau larutan copper sulfate bereaksi dengan protein atau
peptida dalam suasana basa untuk memproduksi senyawa komplek berwarna ungu.
Perubahan senyawa komplek biru menjadi ungu ini membutuhkan waktu 5 menit dan
panjang sinar UV yang ditembakkan adalah 540 nm. Analisis kandungan protein dapat
dilakukan dengan memplot kurva standar absorbansi terhadap konsenentrasi.

2) Metode Lowry

Metode ini berdasarkan pada reduksi ion cupric (Cu2+) menjadi ion cuprus (Cu+)
pada pH basa ketika bereaksi dengan peptida. Ion Cu+ dan grup fenol (tyrosine dan
tryptophan) kemudian bereaksi dengan reagen Folin-Ciocalteau menghasilkan tipe
produk ‗molydenum blue‘ yang tidak stabil ketika ditembakkan cahaya 500-750 nm.
Folin-Ciocalteau mengadung fosfomolibdat dan asam fosfotungstat yang berfungsi
sebagai pendeteksi fenol.
Hasil dari penambakkan akan memperlihatkan puncak kecil (500 nm) yang
digunakan untuk menentukan protein konsentrasi tinggi dan puncak besar (750 nm)
untuk menentukan protein konsentrasi rendah.
3) Metode Dye-Binding

Pewarna (dye) bermuatan negatif ditambahkan kedalam larutan protein yang pH-
nya telah diatur sehingga muatannya menjadi positif. Protein ini kemudian membentuk
kompleks tak larut dengan dye karena adanya atraksi elektrostatik antar molekul,
namun masih ada sisa pewarna yang larut.

26
 Dengan sentrifugasi, kompleks protein-dye dipisahkan dengan dye yang tidak
berikatan melalui pengukuran absorbansinya. Jumlah protein yang ada ditentukan dari
jumlah protein yang terikat. Hal ini dapat ditentukan melalui proses spektroskopi.
Persamaannya adalah :
Dyebound = Dyeinitial - Dyefree

4. SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis)

SDS-PAGE adalah metode untuk memisahkan protein dengan elektroforesis

menggunakan gel poliakrilamid terputus (discontinue) sebagai dukungan media dan
sodium dodesil sulfat (SDS) untuk denaturasi protein. SDS (disebut juga lauryl sulfate)
merupakan deterjen anionik, yang berarti bahwa ketika terlarut molekulnya memiliki muatan
negatif dalam kisaran pH yang lebar. Sebuah rantai polipeptida yang mengikat jumlah SDS
sebanding dengan massa molecuar relatif dan muatan negatif pada SDS yang
menghancurkan sebagian besar struktur kompleks protein. Selain itu, juga sangat tertarik
menuju anoda (elektroda bermuatan positif) dalam medan listrik.
Ketika elektroforesis dilakukan di akrilamida atau agarosa gel, gel berfungsi sebagai
saringan ukuran-selektif selama pemisahan. Protein akan bergerak melalui gel akibat
respon terhadap medan listrik, struktur pori gel memungkinkan protein berukuran kecil
untuk melakukan perjalanan lebih cepat dibanding protein berukuran besar. Sehingga
SDS-PAGE dapat digunakan untuk memperkirakan massa molekul relatif, menentukan
kelimpahan relatif protein utama dalam sampel, dan menentukan distribusi protein antara
fraksi.

Gambar 21. SDS-PAGE

Analisis Kualitatif

1. Analisis Komposisi Protein

Uji Komposisi Secara Umum

a. Protein (serbuk) dipanaskan dalam tabung reaksi kering.
b. Warna hitam residu menandakan adanya karbon.
c. Bau amoniak (membirukan kertas lakmus merah) menandakan adanya nitrogen dan
hidrogen.
d. Kertas yang mengandung Pb-asetat menjadi berwarna hitam menandakan adanya
sulfur.

27
Uji Komposisi

a. Uji Reaksi Warna Protein

1) Reaksi biuret
Uji ini berujuan untuk memperlihatkan adanya gugus amida asam yang berbeda
dengan gugus amida lain. Metodenya adalah dengan membuat larutan protein bersifat
basa dengan menambahkan NaOH, kemudian ditambahkan larutan CuSO4 encer
sebagai reagen. Jika reaksi menunjukkan hasil positif maka akan terbentuk gumpalan
warna ungu.

Gambar 22. Reaksi Biuret

2) Reaksi Millon
Reagen Millon adalah larutan mercuric dan mercurous ion dalam nitric dan nitrous
acid. Reaksi ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan tyrosine. Apabila hasilnya
positif maka akan menghasilkan endapan putih dari senyawa merkuri yang berubah
menjadi merah akibat pemanasan. Warna merah yang terbentuk adalah garam merkuri
dan tirosin yang ternitrasi.

Gambar 23. Reaksi Millon

3) Reaksi Hopkins Cole

Uji ini bertujuan untuk mementukan keberadaan asam amino tryptophan. Sebagian
ahli kimia sudah tidak lagi menggunakan tes ini karena tryptophan yang diidentifikasi
disini adalah sebuah indol nucleus yang dikenal untuk membuat cincin violet di mana 2
lapisan bertemu. Oleh karena itu, untuk melakukan tes ini ahli kimia harus tahu terlebih
dahulu regent yang tepat untuk hal tersebut. Sehingga ketika cincin violet sudah mucul,
ini berarti konsentrasi asam sulfat ditambahkan ke dalam campuran yang berisi asam
glikol dan protein.

4) Reaksi Xantoprotein
Uji Xantoprotein digunakan untuk menguji keberadaan senyawa aromatik yang
terdapat dalam suatu asam amino, misalnya tyrosine, tryptophan dan fenilalanin. Pada
uji Xantoprotein ini, larutan asam nitrat pekat ditambahkan dengan hati-hati ke dalam
larutan protein. Setelah dicampur terjadi endapan putih yang dapat berubah menjadi
kuning apabila dipanaskan. Reaksi yang terjadi ialah nitrasi atau reaksi substitusi atom
H pada benzene yang terdapat pada molekul protein oleh gugus nitro.

28
 5) Reaksi Ninhidrin
Ninhidrin (triketohydrindene hydrate) adalah agen oxidasi yang mengarahkan pada
deaminasi oksidatif kelompok alpha-amino. Sehingga metode reaksi ini bertujuan untuk
mendeteksi keberadaan amonia atau amina primer maupun sekunder. Reaksi akan
menunjukkan hasil positif dengan memberikan warna biru atau ungu akibat reaksi pada
gugus amino bebas dari asam amino dengan ninhydrin.

Gambar 24 . Reaksi Ninhidrin

6) Reaksi Sakaguchi
Reaksi Sakaguchi digunakan untuk menguji asam amino tertentu dan protein. Asam
amino yang terdeteksi dalam tes ini adalah arginin. Sampel yang akan diuji dengan
alpha-naftol dan natrium hipoklorit. Hasil positif menghasilkan warna kemerahan anggur
ketika arginin hadir. Reagen yang digunakan dalam tes ini merupakan reagen
berbahaya.

7) Reaksi Natriumnitroprusida
Reaksi Natriumnitroprusida terjadi apabila pelarutnya adalah larutan amoniak.
Sehingga protein yang mengandung senyawa sistein akan menunjukkan hasil yang
positif.

2. Analisis Struktur Protein

a. NMR Spectroscopy

Pada metode ini protein dimurnikan dan ditempatkan dalam medan magnet yang
kuat untuk kemudian diperiksa (probed) oleh gelombang radio. Inti NMR aktif menyerap
radiasi elektromagnetik pada frekuensi karakteristik isotop sehingga terbentuk satu set
resonansi yang khas. Resonansi yang terbentuk dapat dianalisis untuk memberikan daftar
inti atom yang dekat satu sama lain dan untuk mengkarakterisasi konformasi lokal atom
yang terikat bersama-sama. Daftar tersebut kemudian akan digunkan untuk membangun
sebuah model dari protein yang menunjukkan lokasi setiap atom.

29
 Gambar 25. Tahapan NMR

b. X-Ray Crystallography

Pada metode ini sebelum protein ditembak dengan sinar X, protein harus terlebih
dahulu di murnikan dan dikristalisasi. Sinar X yang mengenai protein akan terdifraksi
dengan pola yang berbeda-beda. Perbedaan pola ini akan dianalisis untuk menentukan
distribusi electron dalam protein yang kemudian akan diinterpretasikan untuk menentukan
lokasi dari setiap atom. Pola hasil distribusi electron ini akan dicocokan dengan PDB
(Protein Data Bank) yang berisi mengenai data tentang koordinat atom.

Gambar 26. Hasil Analisis dengan X-Ray Crystallography

IV. Western Blotting

Western blotting sering digunakan dalam penelitian untuk memisahkan dan

mengidentifikasi protein. Dalam teknik ini campuran protein dipisahkan berdasarkan pada
berat molekul dan jenisnya melalui gel elektroforesis. Hasil ini kemudian ditransfer ke
30
 membran yang memproduksi band untuk setiap protein. Membran tersebut kemudian
diinkubasi dengan label antibodi spesifik terhadap protein yang menarik.
Antibodi yang terikat dicuci sehingga hanya menyisakan antibodi yang terikat pada
protein yang menarik dan kemudian dideteksi dengan mengembangkan film. Karena
antibodi hanya mengikat pada protein yang menarik, maka hanya satu band yang akan
terlihat. Ketebalan band sesuai dengan jumlah protein yang ada, sehingga standarisasi
dapat menunjukkan jumlah protein yang ada.

Gambar 27. Tahapan Western Blotting

E. APLIKASI PROTEIN

Kemajuan teknologi dan ilmu di bidang biologi membuat protein, makromolekul yang
banyak ditemui dalam sel, berkembang. Tak hanya mengetahui struktur dan fungsi sel. Manusia
mulai mencoba untuk merekayasa protein untuk memaksimalkan fungsi-fungsi protein untuk
memudahkan hidup manusia. Aplikasinya pun tak terbatas dalam dunia biologi saja, tetapi
merambah luas ke bidang-bidang lain. Bahkan, dijumpai aplikasi protein dalam bidang militer,
bidang yang mungkin tak pernah terbersit dalam pikiran kita.

Protein Engineering
Semenjak struktur protein diketahui, perkembangan deteksi protein semakin maju, ilmuwan
mulai mengembangkan protein menjadi sesuatu yang lebih. Rekayasa protein. Konsep rekayasa
protein awalnya dikembangkan pada tahun 1980-an di mana saat itu konsep rekayasa yang
dibahas adalah rekayasa dengan teknik X-Ray
Cristallography, sintesis kimia DNA dan
permodelan dari struktur protein. Protein
Engineering adalah ilmu yang berfokus pada
rekayasa protein tersebut. Protein yang
direkayasa pun bermacam-macam, mulai dari
protein pada organisme mikro hingga sel
manusia. Pada ilmu ini, dikembangkan teknik
rekayasa protein yang berdasar pada
rekombinan DNA. Untuk merekayasa protein,
DNA pada protein direkayasa. Hasil
rekayasanya adalah protein yang lebih stabil,
lebih efektif dalam beraktivitas, menjalankan
fungsinya. Contoh dari rekayasa protein adalah
enzim, dan antibodi. Salah satu contohnya
adalah rekayasa enzim pendeteksi glukosa.
Enzim ini dapat digunakan sebagai sensor untuk Gambar 28. Protein engineering – Evolusi protein
mendeteksi penyakit diabetes. Banyak bidang (MIT OpenCourseWare.
yang menerapkan konsep dari rekayasa protein http://ocw.mit.edu/courses/biology/7-344-antibiotics-
seperti bidang kesehatan, industri toxins-and-protein-engineering-spring-2007/)
nanoteknologi, dan lain-lain. Siklus dari protein
31
engineering dapat dilihat pada gambar 1.1 dimana protein dimutasi dengan mengubah gen pada
protein yang database-nya ada pada gene library. Lalu terciptalah protein yang telah direkayasa
dengan sifat-sifat yang lebih berkembang dari sebelumnya.

Consumer Goods

Enzim
Pada industri pangan, protein yang digunakan umumnya adalah enzim. Mulai dari enzim
protease, amilase dan lipase. Aplikasi dari enzim-enzim tersebut sangatlah banyak. Mulai dari
aditif hingga mempercepat produksi. Enzim protease digunakan pada industri susu dan untuk
menambah cita rasa. Bahkan, bila protease direkayasa, enzim ini akan semakin stabil sehingga
aktivitasnya akan semakin meningkat pada pH dan suhu rendah. Enzim-enzim tersebut mudah
untuk direkayasa dan cukup murah harganya untuk skala industry. Selain itu, ada pula substilin
carlsberg, substilin BPN, dan savinase yang digunakan dalam dunia industri detergen. Pada
industri pangan seperti roti, dijumpai enzim amilase yang berperan dalam liquefaction dan
saccharification amilum dan berperan dalam pengaturan kadar tepung dan pelembut roti. Dalam
industri detergen, amilase berperan dalam membuang amilum strain. Enzim lipase umumnya
digunakan sebagai perasa keju, pengemulsi, dan mampu menghilangkan lipid strain akibat
kemampuannya menghidrolisis lemak.

Protein Whey
Istilah protein whey sering dijumpai bagi mereka yang berada di dunia olahraga, terutama
binaraga. Protein whey adalah istilah untuk rangkaian pecahan protein dalam susu. Protein whey
memiliki konsentrat dan isolat yang cocok untuk orang-orang yang rutin. Protein whey merupakan
protein yang dirancang agar konsumen mendapatkan protein murni berkualitas dengan kadar
karbohidrat, lemak, dan laktosa yang minim. Tak hanya itu, protein whey juga dirancang secara
biokimia agar mampu memberikan kekebalan bagi tubuh, mempercepat pertumbuhan otot.

Protein Sel Tunggal

Dari mikroba, dapat dibuat sebuah protein yang dapat digunakan sebagai bahan makanan.
Kadar proteinnya tinggi. Protein ini disebut protein sel tunggal. Sel tunggal di sini menunjukkan
asal dari protein tersebut, yaitu organisme bersel tunggal. Pada tahun 1970-an, kecemasan
meningkat. Hal ini diakibatkan terjadinya kekurangan pangan dan malnutrisi di belahan dunia.
Dunia pun menggantungkan nasibnya pada protein sel tunggal, yang pemanfaatannya dimulai
sejak Perang Dunia I di Jerman. Perlu diketahui bahwa protein menempati hampir lebih dari 50
persen berat sel kering. Operasi utama dalam produksi protein sel tunggal adalah fermentasi yang
bertujuan mengoptimalkan konversi substrat menjadi massa microbial. Kecemasan akan
kekurangan pangan dan malnutrisi di dunia pada tahun 1970-an telah meningkatkan perhatian
pada sel tunggal. Sebagian besar dari bobot kering sel dari hampir semua organisme adalah
protein. Oleh karena itu, bobot kering sel tunggal memiliki nilai protein yang tinggi. Namun, tak
semua mikroorganisme dapat dibiakkan untuk dimanfaatkan sebagai protein sel tunggal. Perlu
perawatan khusus dimana sebelumnya dilakukan seleksi mikroorganisme yang tidak
menyebabkan penyakit, dapat digunakan sebagai bahan pangan, tak beracun, dan tentunya
berbiaya rendah, Mikroorganisme yang umum digunakan sebagai protein sel tunggal, antara lain
alga Spirulina Chlorella, atau bakteri. Dikenal juga istilah mikro protein, yaitu protein sel tunggal
yang berasal dari kapang berfilamen.

Kelebihan PST antara lain :

 tak bergantung iklim

 tak bergantung musim
 kandungan protein lebih tinggi dari hewan dan tumbuhan
 laju pertumbuhan sangat cepat
 dapat menggunakan berbagai media atau substrat

32
Produksi protein sel tunggal diawali dengan memilih dan menyiapkan sumber karbon, memberikan
beberapa perlakuan fisik dan kimiawi terhadap bahan dasar yang diperlukan, menyiapkan media
yang cocok dan mengandung sumber karbon, sumber nitrogen, fosfor, dan unsur-unsur penting
lainnya, mencegah kontaminasi media, membiakkan mikroorganisme yang diperlukan, pemisahan
biomassa microbial dari cairan fermentasi, penanganan lanjut biomassa. Diagram alir dari proses
produksi protein sel tunggal dapat dilihat pada gambar 1.2

Gambar 29. Diagram alir protein sel tunggal

(FAO Corporate Document Repository. http://www.fao.org/wairdocs/ilri/x5458e/x5458e0d.htm)

Lingkungan

Detoksifikasi
Di bidang lingkungan, protein dapat dijadikan sebagai detoks. Jamur yang diisolasi lalu
diperoleh protein enzimnya, yaitu enzim proxidase dapat digunakan sebagai detoks berbagai
polutan. Polutan organik seperti pestisida, azo dyes, polisklik aromatik hidrokarbon, fenol dapat
didetoksifikasi oleh protein enzim pengoksidasi yang terdapat pada mikroorganisme.

Bioremidiasi
Pada suatu jenis mikroba, terdapat permukaan yang tersusun atas protein yang memiliki
sifat-sifat seperti biosorbent, biokatalisis, dan biostimulan. Mikroba dengan sifat protein tersebut
dapat dimanfaatkan sebagai bioremediasi limbah.

Bioplastik
Polimer dari mikroorganisme atau archaebacteria dapat menghasilkan microbial bioplastic
atau polihidroksialkanoat (PHA). Bioplastik tersebut dapat diaplikasikan dalam dunia industri
bioteknologi lingkungan. Bioplastik memiliki sifat biodegradable dengan kualitas yang setara
dengan plastic olahan minyak bumi. Dari segi lingkungan, keberadaan bioplastik sendiri
merupakan harapan baru untuk masa depan lingkungan yang lebih baik. Protein yang menyusun
PHA bernama poliester synthases dan phasins. Protein memiliki struktur yang dapat menentukan
fungsinya. Dari struktur tersebut, terwujudlah bioplastik yang memiliki sifat layaknya plastik pada
umumnya. PHA tak hanya digunakan sebagai bioplastik. Ia juga dapat diaplikasikan untuk
pembuatan bahan-bahan biomaterial bidang lain, terutama pada bidang medis.

33
Kesehatan

Biosensor Diabetes
Perkembangan dunia sensor mengantarkan kita pada protein, yaitu komponen biologis
dengan keberadaan yang tinggi pada sel untuk dijadikan sebagai sensor. Biosensor benyak
digunakan dalam dunia medis untuk keperluan diagnosis penyakit pasien. Sebelumnya telah
dibahas contoh biosensor diabetes. Penyakit diabetes merupakan penyakit yang masih menjadi
penyebab utama kematian di muka bumi. Perkembangan diagnosis diabetes sangatlah esensial
untuk mencegah akibat yang membahayakan hidup manusia lebih lanjut. Pada kasus diabetes
mellitus, dapat diaplikasikan protein yang telah ditingkatkan kemampuannya melalui suatu proses
rekayasa untuk mendeteksinya. Berikut ini penjelasan aplikasi protein melalui rekayasa protein
dalam komponen sensor glukosa. Protein yang digunakan adalah enzim glucose oxidase (GOD)
yang dihasilkan dari mold seperti Penicillium sp., dan lain-lain. Pada penerapannya, GOD tidak
pernah mengalami perbaikan sehingga memunculkan suatu masalah yaitu saat mengoksidasi
glukosa, konsentrasi oksigennya menjadi terbatas. Dengan rekayasa protein, hal ini dapat teratasi,
dimana GOD melalui proses dengan bantuan ion ferricyan menghasilkan enzim glucose
dehydrogenase (GDH).

Antibodi
Kata antibodi identik dengan sistem kekebalan tubuh manusia. Belakangan ini telah
dikembangkan antibodi yang dapat mendeteksi kanker. Kelebihannya adalah pengobatan kanker
menggunakan antibodi anti kanker ini sejauh ini diketahui tak memiliki efek samping karena sifat
proteinnya yang spesik menyerang sel kanker. Antibodi ini namun produksinya memakan biaya
yang cukum malah dan juga produksinya sulit.

Vaksin
Mekanisme kekebalan tubuh diganggu oleh patogen. Keberadaan protein asing dari
patogen dapat digunakan untuk melemahkan virus atau bakteri yang menyerang manusia. Inilah
awal munculnya vaksin. Pada tubuh diinjeksikan protein asing seperti subunit B Cholera Toxin,
subunit B Heat-Labile Toxin, Envelope Surface Protein dari Virus Hepatitis B, Protein VP dari
penyakit kaki-mulut

Kulit dan Kecantikan

Kandungan protein kacang kedelai cukup tinggi, kurang lebihnya 35%. Mutu proteinnya
juga cukup baik. Telah kita ketahui bahwa terdapat asam amino yang tidak diproduksi oleh tubuh,
yaitu asam amino esensial yang harus didapatkan dari sumber lain, seperti makanan. Jenis asam
amino esensial pada kacang kedelai cukup banyak sehingga mengonsumsi kacang kedelai
mampu membantu tubuh untuk mendapatkan asam amino esensial tersebut. Tercatat 8 asam
amino esensial terdapat pada kacang kedelai dari 10. Kacang kedelai juga mengandung kalsium,
potassium, dan kaya akan vitamin. Kolestorel juga tak ditemui dalam kacang kedelai. Krena
proteinnya yang tinggi, orang tertarik untuk mengekstrak protein dalam kacang kedelai. Hasil riset
menunjukkan bahwa ekstrak protein kedelai menghasilkan estrogen dalam bentuk zat isoflavon
atau kerap disebut phytoestrogen. Phytoestrogen akan mengurangi kerutan pada kulit dan efeknya
sama seperti dengan terapi hormon. Selain itu, kacang kedelai juga mampu berperan sebagai
antioksidan, menetralkan radikal bebas.

Serum
Bisa ular identik dengan zat yang beracun. Jumlah racun pada bisa ular juga bervariasi.
Hal yang perlu diketahui adalah bahwa bisa ular adalah senyawa protein yang telah dimodifikasi
yang dihasilkan oleh ular dengan spesifikasi yang berbeda-beda sesuai dengan jenisnya. Manusia
mencari akal untuk membuat penawar dari bisa ular ini. Bisa ular bervariasi kadar racunnya. Hati
berfungsi untuk menetralkan racun tersebut dibantu dengan antibodi. Bila racun tak dapat
dinetralisir oleh hati maka dapat menimbulkan kematian. Langkah untuk membuat penawar bisa
ular adalah dengan menyuntikkan bisa ular ke hewan yang mempunyai kekebalan yang tinggi,
seperti contoh kuda. Bisa ular yang disuntikkan yang kadar racunnya tak tinggi. Lalu, dari tubuh
kuda akan dibentuk antibodi yang mana diambil protein dari darah kuda tersebut. Protein ini
34
disebut serum. Serum adalah penawar racun pada bisa ular. Untuk membantu antibodi dalam
tubuh yang memiliki keterbatasan, diberikan serum kepada tubuh. Kerap kali antibodi disebut
sebagai daya imun aktif sedangkan serum disebut daya imun pasif.

Anti Kanker dari Tembakau

Protein anti kanker dapat dihasilkan dari tembakau yang umumnya dikenal sebagai bahan
utama rokok. Dari tembakau, dapat dihasilkan protein GCSF yang penting untuk menstimulasi
produksi darah. Proses mendapatkannya melalui reaktor penghasil protein. DNA pada tubuh yang
membuat protein dipindahkan ke tembakau melalui bakteri. Tembakau secara alami akan
membuat protein yang disesuaikan dengan DNA yang telah dimasukkan tersebut. Lalu protein dari
tembakau tersebut diambil dan protein tersebut adalah protein anti kanker.

Militer

Dalam dunia ini, perkembangan

ilmu sains kerap ditakutkan akan
menimbulkan kekacauan dunia.
Kekacauan tersebut disebabkan oleh
senjata biologis. Senjata biologis ada yang
dibuat dari protein, contohnya racun
botulinum dari bakteri Clostridium
botulinium. Pada gambar 1.3 terlihat
bagaimana racun botulinum bekerja.
Racun dalam bakteri Bacillus anthracis
juga berbentuk protein. Tak hanya senjata
biologis, dari jenis senjata kimia, gas kimia
misalnya Sarin, VX, OP, bekerja dengan
mematikan kerja enzim-enzim dalam Gambar 30. Senjata biologis botulinum
(Pharmaleads. http://www.pharmaleads.com/en/pag23-
sistem saraf seperti enzim Mechanism.html )
acetylcholinesterase. Beberapa waktu
yang lalu dikabarkan bahwa peneliti Angkatan Darat AS berhasil memutasi enzim sehingga kebal
terhadap gas-gas beracun tersebut.

35
 KESIMPULAN

Protein merupakan makromolekul yang sangat esensial bagi kehidupan manusia. Struktur
protein berdasar bentuknya ada 4, yaitu primer, sekunder dan tersier. Protein terbentuk dari
ratusan hingga ribuan asam amino, yang saling menempel membentuk rantai panjang. Urutan
sususan dan jenis asam amino akan menentukan fungsi dari protein. Fungsi dari ini terdiri dari
protein struktural, protein sebagai enzim, protein sebagai motor penggerak, protein sebagai
pelindung, protein sebagai peyimpanan molekul, protein sebagai hormon, dan protein sebagai
signaling.
Banyaknya fungsi protein menyebabkan pentingnya mengetahui tentang sintesis dan
analisis protein. Sintesis protein terdiri dari transkripsi yang menghasilkan protein "mentah"
sehingga harus disempurnakan melalui mekanisme pascatranslasi (post-translasi). Sedangkan
analisis protein terdiri dari 2 jenis, yaitu kualitatif dan kuantitatif. Perkembangan tentang
pemanfaatan protein pun semakin luas, seperti pemenfaatan protein di bidang kesehatan,militer,
industry makanan, dll.

36
 DAFRTAR PUSTAKA

Campbell, marry. K. & Shawn O. Farrell, 2003, biochemisrty 4 th edition, Thomson Learning, Albert
Complex, Singapore

Finar, I. L.1968.Organic Chemistry volume two.Nothern polytechnic: London

Karp, Gerald. 2010. Cell and Molecular Biology. New York: John and Sonic, Inc.

Lehninger,D dan Michael. 2009. Principle Biochemistry. New York: W.H. Freeman Company

Lodish,H., Berk,A., dkk. 2000. ―Molecular Cell Biology 4th edition‖. New York: W.H. Freeman

https://ww2.chemistry.gatech.edu/~lw26/bCourse_Information/4581/techniques/gel_elect/page_pro
tein.html diakses pada tanggal 17 Maret 2014 pukul 22.00 WIB

http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/sds-page/gellab2.html diakses pada tanggal 17 Maret

2014 pukul 23.12 WIB

http://www.rcsb.org/pdb/101/static101.do?p=education_discussion/Looking-at
Structures/methods.html diakses pada tanggal 18 Maret 2014 pukul 20.47 WIB

http://www.antibodies-
online.com/resources/17/1224/Western+blotting+immunoblot+Gel+electrophoresis+for+proteins/
diakses pada tanggal 18 Maret 2014 pukul 22.00 WIB

http://biologimediacentre.com/daftar-lengkap-asam-amino-esensial-dan-non-esensial/ diakses
pada 18 maret 2014 pukul 17.00

Caprette, D. ―Structures and Functions of Microtubules‖. Rice University

http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/invertebrates/microtubules.html diakses pada 16 Maret
2014 pukul 21.00 WIB

Gelse,K., Poschl, E., Aigner, T., 2003. ―Collagens—structure, function, and biosynthesis‖.
Department of Experimental Medicine, University of Erlangen-Nurnberg, German.
https://ueaeprints.uea.ac.uk/1112/1/2003_Gelse_et_al_Collagens_structure_function_and______b
iosynthesis.pdf diakses pada 16 Maret 2014 pukul 20.00 WIB

Mayer,G. ―Immunoglobin-Structure and Functions‖. University of South Carolina School of

Medicine. http://pathmicro.med.sc.edu/mayer/igstruct2000.htm diakses pada 16 Maret 2014 pukul
22.00 WIB

Weiss, A. 2011. ― The Science of Elastin‖. University of Sydney.

http://www.elastagen.com/media/The_Science_of_Elastin.pdf diakses pada 16 Maret 2014 pukul
20.20 WIB

http://www.nature.com/scitable/topicpage/cell-signaling-14047077, diakses pada 16 Maret 2014

pukul 23.00 WIB

37
38