LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

Visualisasi dan analisis struktur makromolekul

NAMA : IRMA YULIANTI

NPM : 11161188
KELAS : 3FA4

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG

2019
 Modul III dan IV
Visualisasi dan analisis struktur makromolekul
1. Tujuan praktikum
1. Menampilkan struktur makromolekul protein 3R8G beseta ligannya
2. Melakukan analisis struktur primer dari protein
3. Menentukan jumlah residu asam amino asam dan basa suatu protein
4. Menganalisis ikatan hydrogen dan jembatan garam suatu protein dan ligan
5. Menganalisis konformasi protei melalui plot Ramachandran
6. Menganalisis rigiditas dari struktur protein
2. Prosedur kerja
I. Buka aplikasi VMD ( visual molecular dynamics), akan muncul tampilan seperti
ini

II. Klik file-new molecule

III. Klik browser-masukkan file protein 3r8g_h.pdb lalu klik load

IV. Selanjutnya akan keluar tampilan protein 3R8G

 V. Buka window graphical representation dengan mengklik graphics>representation
pada main window

VI. Tampilkan protein, text box selected atom, ubah all menjadi protein, lalu enter

VII. ubah coloring method menjadi secondary keyboard lalu ubah drawing method menjadi
newcartoon untuk memvisualisasikan protein sebagai pita selanjutnya amati protein pada
3D display seperti tampilan dibawah ini
VIII. Tampilkan ligan, tambahkan representasi baru klik tombol create rep, pilih tab
selection dan klik reset. pada box keyword double klik resename, – box value double
klik IX1 – klik tombol aply selanjutnya ubah coloring method menjadi Element dan ubah
drawing method menjadi “licorice” amati ligan pada 3D display maka akan muncul
tampilan seperti dibawah ini

IX. Untuk menampilkan bentuk permukaan protein dan ligan tambahkan representasi baru
dengan mengklik tombol create rep pada window graphical representationsPada box .
selected atom hapus teks dan isi dengan protein tekan enter selanjutnya ubah coloring
method menjadi color ID lalu pilih angka 12 kemudiaan drawing method menjadi surf lalu
amati protein dan ligan pada 3D display maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini :

X. Double klik licorice – element – resname

IX. Untuk menampilkan ligan double klik bagian newcartoon dan surft maka akan muncul
tampilan seperti dibawah ini

X. Untuk menentukan struktur primer klik extensions-analysis-sequence viewer

(seperti tampilan dibawah ini)

XI. Setelah itu akan muncul tampilan seperti dibawah ini,pada menu ini terdapat
informasi mengenai daftar residu (asam amino dan juga basa nukleotia)yang terdapat
pada protein 3r8g_h.pdb
XII. Buka window TKConsole dengan cara mengklik Extensions – TK Console seperti
tampilan dibawah ini

XIII. Maka akan terbuka TKConsole seperti dibawah ini

XIV. Untuk menentukan jmlah residu asam amino bersifat asam pada protein
3r8g_h.pdb.pada TKConsole ketik perintah berikut lalu tekan enter
Set r_asam [atomselect top “resname ASP GLU and name CA”] kemudian
masukkan perintah berikut lalu tekan tombol enter $r_asam num
XV. Untuk menentukan jmlah residu basa amino bersifat asam pada protein
3r8g_h.pdb.pada TKConsole ketik perintah berikut lalu tekan enter
 Set r_basa [atomselect top “resname HIS ARG LYS and name CA”] kemudian
masukkan perintah berikut lalu tekan tombol enter $r_basa num
XVI. Maka akan muncul tampilan seperti ini

XVII. Selanjutnya akan dilakukan analisis jumlah ikatan hydrogen pada protein 3r8g_h.pdb
dengan cara mengklik Extension – Analysis – hydrogen bonds,seperti tampilan
dibawah ini

XVIII. Hasil dari ikatan hydrogen (71)

XIX. Pada bagian input options isi yext box selection 1 dengan protein dan untuk pilihan
calculate detailed info pfor pilih All hbonds.seperti tampilan dibawah ini
Maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini

XX. Pada bagian output options non aktifkan pilihan plot the data with multiplot kemudian
klik write output to files,maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini
XXI. Kemudian klik tombil find hydrogen bonds,hasil akan disimpan pada file dengan
nama hbonds.dat
XXII. Kemudian analisis jembatan garam yang terdapat struktur protein.klik Extension –
analysis – saltbridges,dan pada box yang muncul isi output options dengan
sbridges.dat kemudian klik find salt bridges dan hasilnya akan tersimpan pada file
sbridges.dat.

Digambar ini tertulis ada 12 jembatan garam yang terbentuk dari residu asam amino protein
3R8G.
XXIII. Selanjutnya dilakukan analisis konformasi protein dengan plot Ramachandran dengan
cara klik menu Extension – Analysis – Ramachandran maka akan muncul tampilan
seperti dibawah ini
XXIV. Kemudian untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein 3r8g_h.pdb,dapat
dilakukan dengan menampilka struktur protein dengan cara representasi – new
cartoon – metode pewarnaan “Beta”.selanjutnya buat color scale Bar dengan cara
mengklik Extension – Visualization – color scale Bar,maka akan muncul tampilan
seperti dibawah ini

3. Hasil pengamatan
A. Tampialan awal protein 3r8g_h.pdb

B. Protein 3RBG Protein saja

C. Tampialan dengan ligan

D. Tampilan secondary structure, new cartoon

E. Tampilan Protein+ ligan (element, licorice)

F. Tampilan protein+ligan (segname,surf,transfarant)

G. Jumlah residu asam amino sifat asam dan basa
Jumlah residu asam
amino yang bersifat
asam adalah 35

Jumlah residu
asamamino yang
bersifat basa adalah
51

H. Jumlah ikatan hydrogen

Jumlah ikatan hidrogen
yang terdeteksi ada 71.
Digambar ini tertulis
ada 12 jembatan garam
yang terbentuk dari
residu asam amino
protein 3R8G.
I. Analisis konformasi protein 3r8g_h.pdb (Ramachandran plot) tampilannya
sebagai berikut
 Area biru : Area paling
stabil
 Area hijau : Area agak
stabil
 Area putih : Area tidak
stabil
Dari hasil visualisasi di atas
diketahui bahwa protein
3r8g_h.pdb ini strukturnya stabil,
karena asam amino yang terdapat
pada daerah biru dan hijau lebih
banyak dibanding pada daerah
putih

J. Tampilan rigidita dari struktur protein 3r8g_h.pdb sebagai berikut