LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR DAN AKTIVITAS

MODUL 5 DAN 6

Oleh :
Dina Nurkaniawati
11161014
3fa1

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

Jl. Soekarno - Hatta No.754 Cibiru Bandung ,Indonesia, 40617
2019
I. TUJUAN PRAKTIKUM
- Mahasiswa mampu memanfaatkan pengetahuannya mengenai optimasi geometri dan
prediksi parameter fisikokimia untuk mempersiapkan data-data yang diperlukan untuk
mencari persamaan HKSA
- Mahasiswa mampu mengolah data optimasi geometri dan prediksi parameter fisikokimia
hingga mendapatkan persamaan HKSA yang valid dan mampu mendesain senyawa
turunan baru berdasarkan persamaan HKSA tersebut
II. ALAT DAN APLIKASI YANG DIGUNAKAN
- Perangkat Lunak Chem 2D
- Perangkat Lunak Chem 3D
- Perangkat Lunak Gaussian

III. HASIL PENGAMATAN

Data yang dipakai untuk persamaan HKSA

Data dipindahkan ke SPSS

Pilihan kombinasi serta nilai R

Klik Analyze  Regresion  Linear

 Nilai R = 0,920

Deskriptor :
1. Eele
2. LogP
3. Momen Dipol
4. Entalpi
5. MR
6. LogS

Persamaan HKSA I
LogIC50 = 24,943 + 2,558 Eele + 1,348 LogP + 0,129 Momen Dipol + 1,310 Entalpi
– 0,128 MR + 1,776 LogS
HKSA II

Nilai R : 0,849

Persamaan HKSA 2
LogIC50 = 21,339 + (1,342 Entalpi) - (0,096 Mr) + (1,065 LogS)

- LogIC50 Pred didapatkan dari persamaan HKSA 2

Dibuat persamaan garis

antara LogIC50 Exp
dengan LogIC50 Pred
Persamaan awal sebelum
dihilangkan data

Persamaan Regresi Linear

y = 0,7214x + 0,4196

R² = 0,7212 -> R = 0,9187

Kemudian lakukan penghilangan data untuk mendapatkan nilai R yang mendekati 1.

Penghilangan Data dari senyawa A7, B24, A11, B26, A20 Dan B23
R² = 0,7212

R = 0,9187
 Persamaan setelah data
dihilangkan

HKSA III
Lakukan analysis 5 deskriptor yang didapatkan dari HKSA 2
 Analyze Regression
 Linear

Method  Enter

Nilai R : 0,988
Persamaan HKSA III :
LogIC50 = 27,446 + (1,342 Entalpi) - (0,096 Mr) + (1,065 LogS)

Nilai Fhitung/Ftabel : = FINV (0,05;3;(15-d3-1))

= 3,587433702 (memenuhi syarat karena lebih dari 1)
Nilai Q2
(𝑌−𝑌 ′ ) 2
Q2 = 1 - (𝑌−𝑌𝑟𝑎𝑡𝑎) 2
Design Senyawa Baru (Senyawa Induk : Benzamide; Rantai Samping : CH2CH2OH)
Analisis Sifat Fisiko Kimia

Zero Point
Perhitungan Nilai IC50
Entalpi = Eele + thermal correction to Entalphy
= -0,19767341 + 0,289643
= 0,09196959
LogIC50 = 27,446 + (1,342 Entalpi) - (0,096 Mr) + (1,065 LogS)
= 27,446 + (1,342 x 0,09196959) – (0,096 x 87,57) + (1,065 x (-4,868))
= 27,446 + 0,1234 – 8,232 – 5,18442
= 14,15298

Kesimpulan :
LogIC50 senyawa baru < LogIC50 training set sehingga menunjukan bahwa aktivitas biologis
atau dosis senyawa baru lebih baik dan bagus