LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

PEMODELAN STRUKTUR KIMIA 3D (TIGA DIMENSI)

Oleh :

Dina Nurkaniawati 11161014

3FA1

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

Jl. Soekarno - Hatta No.754 Cibiru Bandung ,Indonesia, 40617

2019
I. TUJUAN PRAKTIKUM
 Membuat model struktur 3D dari suatu senyawa
 Melakukan optimasi geometri perhitungan frekuensi
 Menganalisis hasil perhitungan menggunakan analisis HOMO dan LUMO

II. GAMBAR STRUKTUR 2D

III. GAMBAR STRUKTUR 3D

2
IV. ENERGI HOMO DAN LUMO
a. Energi Lumo

b. Energi Homo

V. VISUALISASI HOMO,LUMO, HOMO DAN LUMO

a. Visualisasi HOMO

b. Visualisasi LUMO

3
c. Visualisasi HOMO-LUMO

4
VI. PERHITUNGAN TERMOKIMIA

No. Rumus Perhitungan Hasil

1. Energi Elektronik (Eele) -0,17593346 -0,17593346 au
2. E0k (Energi dalam suhu 0k) E0K = -0,17593346 + 0, 2424 x 10−18 J
(E0k) = Eele + Zero point 0,327415 au = 0, 1515 au
correction Konversi ke joule x 1,60 x
10−18
E0K = 0, 1515 x 1,60 x
10−18 = 0, 2424 x 10−18
3. E289,15 K (Energi pada suhu E289,15K = 0,1515 au + 0,8131 x 10−18 J
298,15K) 0,356721 au = 0,5082 au
(E298,15K) = E0K + thermal Konversi = 0,5082 x 1,60 x
correction to energy = ... 10−18 = 0,8131 x 10−18
4. H = Eele + thermal correction to H = -0,17593346 + 0,2907 x 10−18 J
entalphi 0,357665 = 0,1817 au
Konversi = 0,1817 x 1,60 x
10−18 = 0,2907 x 10−18

5
 5. λ max = hc/E
Delta E = E.Homo – E.Lumo
= (-0,3387) – (-0,3072)
= 0,0315 au
Konversi = 0,0315 x 1,60 x 10−18 = 0,0504 x 10−18 J
Λ = hc/E
Λ = 1,9864 x 10−25 Jm / 0,0504 x 10−18 J
Λ = 0,1001 x 10−7 m (konversi ke nm x 109 )
Λ = 0,1001 x 102 nm
= 10,01 nm

VII. PEMBAHASAN
Kimia Komputasi merupakan cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang
diterjemahkan kedalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul
seperti protein dll) dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Dalam
perkembangannya, komputasi kimia d a p a t m e m e c a h k a n m a s a l a h -
m a s a l a h y a n g t i d a k b i s a d i s e l e s a i k a n d e n g a n e k s p e r i m e n . Senyawa
yang digunakan dalam percobaan akan dioptimasi dengan menggunakan metode semiempiris.
Metode semiempiris berdasar pada pendekatan HF. Metode semiempiris
diparameterisasi berdasar pada sifat khas dari kumpulan molekul yang mempunyai kesamaan
sifat. Matrik Fock disusun dan persamaan diselesaikan secara iteratif. Pendekatan dilakukan
terhadap penyusunan matrik fock, atau dalam penyederhanaan pada energi system.
Homo (Highest Occupied Molecular Orbital) : orbital molekul yang memiliki PEB. Pada
senyawa yang dioptimasi nilai Homonya adalah -0,03072
Lumo (Lowest Occupied Molecular Orbital) : orbital molekul yang memiliki orbital kosong.
Pada senyawa yang dioptimasi nilai Lumonya adalah -0,33870

6
VIII. PROSEDUR
a. Membuat struktur 3 dimensi
 Membuka struktur 2D yang teah dibuat lalu save As
 Membuka aplikasi chembio ultra3D, klik menu file > open file, lalu klik file
struktur 2D nya, maka akan muncul tampilan struktur 3D nya
 Untuk memperbesar/memperkecil ukuran molekul dapat dilakukan dengan
menggunakan klik kanan pada mouse untuk memutar molekul
 Untuk menampilkan lambang atom yang dimodelkan dapat pilih menu View, lalu
pilih Symbol
b. Optimasi Geometri dan perhitungan frekuensi
 Pilih menu File > Open
 Pilih menu Calculate > Gaussian Calculate Setup
 Pada bagian job type, pilih yang sesuai dengan tipe simulasi yang diinginkan >
pilih Opt+freq
 Klik tab Method, pilih method dan basis set yang akan digunakan untuk optimasi
geometri. Kemudian atur muatan dan spin.
 Untuk menyimpan file *.chk, pilih pada tab Link. Atur chkpoint File menjadi
Default name (supaya nama file *.chk sama dengan nama file *.log
 Klik submit dan tunggu hingga perhitungan selesai dilakukan
c. Menganalisis hasil perhitungan
 Buka file checkpoint hasil perhitungan optimasi dan frekuensi (*.chk)
 Untuk melakukan analisis HOMO-LUMO, pilih Edit > Mos akan muncul dialog
box
 Bagian berwarna kuning menunjukan nilai HOMO-LUMO
 Untuk memvisualisasikan orbital HOMO-LUMO, klik Results >
Surfaces/Countours. Pada menu Cube Action, pilih New Cube. Pada piilihan
orbital, dapat HOMO, LUMO, atau HOMO-LUMO. Tunggu hingga perhitungan
selesai dilakukan, yang ditandai dengan munculnya keterangan pada dialog box
Cubes Available
 Visualisasi HOMO-LUMO akan terdapat pada window ‘molecule’
 Analisis termokimia dilakukan dengan melakukan perhitungan manual
berdasarkan data-data hasil perhitungan frekuensi