Laporan Praktikum

Kimia Komputasi

MODUL II

PEMODELAN STRUKTUR KIMIA 3D (TIGA DIMENSI)

Syahida I’badush Shalihah

11161113

3 FA 3

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

2019
I. TUJUAN
1. Menggambar stuktur 3D (3 dimensi) senyawa turunan sulfonamide no. 09 dengan
menggunakan program Gaussian View 5.0.
2. Melakukan optimasi geometri molekul senyawa turunan sulfonamide no. 09 dengan
metode semi-empirical dan hartree-fock menggunakan program Gaussian View.
3. Menentukan sifat fisika kimia senyawa turunan sulfonamide no. 09 dengan
menggunakan program Gaussian View 5.0.

II. TEORI DASAR

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori
yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul
dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem
besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas,
cairan, padatan. dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia
nyata. Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak atom-
atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol, kereaktifan,
frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul
(seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi
molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fase,
serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis, berdasarkan perilaku di
tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi kadang-kadang digunakan juga
untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.
Gaussian View 5.0 adalah program kimia komputasi yang dapat menghitung
energi, berbagai sifat molekuler, optimasi geometri molekuler dan memprediksi sifat
spektroskopis suatu sistem (misalnya UV-Vis, NMR, IR, EPR, Mossbauer, CD dan
lain-lain). Menggunakana kombinasi berbagai metode komputasi, termasuk Density
Functional Theory (DFT), Hartree-Fock (HF), juga post-HF, Semi-empirik dan
pendekatan Mekanika Molekuler.

III. PROSEDUR KERJA

1. Menggambar struktur 2D senyawa turunan sulfonamide no. 09.
2. Melakukan optimasi geometri molekul senyawa turunan sulfonamide no. 09 dengan
metode semi-empirical dan hartree-fock.


  Semi-empirical

 Hartree-fock

3. Menentukan sifat fisika kimia struktur 3D dan memvisualisasikan orbital HOMO-

LUMO senyawa turunan sulfonamide no.09.

  


 4. Menganalisis hasil perhitungan termokimia.

IV. HASIL PENGAMATAN

1. Struktur Kimia 2D Senyawa Turunan Sulfonamide No. 09

N-hydroxy-3-((N-phenethyl-1-phenoxymethyl)sulphonamide)propanamide

2. Struktur Kimia 3D Senyawa Turunan Sulfonamide No. 09

3. Metode Semi-Empirical
 Struktur Kimia Hasil Optimasi

 Molecular Orbitals (MOs)

 Visualisasi HOMO-LUMO

Visualisasi HOMO Visualisasi LUMO

Visualisasi HOMO-LUMO
 Perhitungan Kimia

Energy geometri / energy elektronik (Eele)

Correction
 Perhitungan :
a. Energi pada optimasi geometri = energi elektronik (Eele)
Eele = −0,15346870 a.u
= −0,15346870 × (4,3598 × 10−18 )
= −6,690928383 × 10−19 J
b. Energi dalam molekul pada suhu 0 K (E0K)
Zero-point correction to energy = 0,392911 × (4,3598 × 10−18 )
= 1,713013378 × 10−18 J
E dlm molekul = −6,690928383 × 10−19 + 1,713013378 × 10−18
= 1,04392054 × 10−18 J
c. Energi pada suhu 298.15 K (E298.15K)
Thermal correction to energy = 0,418032 × (4,3598 × 10−18 )
= 1,822535914 × 10−18 J
d. H=Eele +thermal correction to enthalpy
Thermal correction to enthalpy = 0,418976 × 4,3598 × 10−18
= 1,826651565 × 10−18
H = Eele +thermal correction to enthalpy
= −6,690928383 + 1,826651565 × 10−18
= −6,690928383 J
e. 𝜆max
HOMO = −0,34664
LUMO = −0,3905
ℎ × 𝑐 = 1.986 × 10−25 J m

∆E = HOMO-LUMO
= (−0,34664 + 0,3905) × 4,3598 × 10−18
= (0,04386) × 4,3598 × 10−18
= 1,91220828 × 10−19 m

ℎ×𝑐
λ = Δ𝐸
1,986×10−25
= 1,91220828×10−19 × 109 = 103,8589792 nm

4. Metode Hartree-Fock
 Struktur Kimia Hasil Optimasi
 Molecular Orbitals (MOs)

 Visualisasi HOMO-LUMO

Visualisasi HOMO Visualisasi LUMO

Visualisasi HOMO-LUMO
 Perhitungan Kimia
 Energy geometri / energy elektronik (Eele)

Correction

Perhitungan :
a. Energi pada optimasi geometri = energi elektronik (Eele)
Eele = −1566,40950698 a.u
= −1566,40950698 × (4,3598 × 10−18 )
= −6,829232169 × 10−15 J
b. Energi dalam molekul pada suhu 0 K (E0K)
Zero-point correction to energy = 0,417099 × (4,3598 × 10−18 )
= 1,81846822 × 10−18 J
E dlm molekul = −6,829232169 × 10−15 + 1,81846822 × 10−18
= −6,827413671 × 10−15 J
c. Energi pada suhu 298.15 K (E298.15K)
Thermal correction to energy = 0,440248 × (4,3598 × 10−18 )
= 1,91939323 × 10−18 J
d. H=Eele +thermal correction to enthalpy
Thermal correction to enthalpy = 0,441192 × (4,3598 × 10−18 )
= 1,923508882 × 10−18
H = Eele +thermal correction to enthalpy
= −6,690928383 + 1,826651565 × 10−18
= −6,690928383 J
e. 𝜆max
HOMO = −0,33592
LUMO = 0,12501
ℎ × 𝑐 = 1.986 × 10−25 J m

∆E = HOMO-LUMO
= (−0,33592 − 0,12501) × 4,3598 × 10−18
= (−0,46093) × 4,3598 × 10−18
= −2,009562614 × 10−18 m

ℎ×𝑐
λ = Δ𝐸
1,986×10−25
= −2,009562614×10−18 × 109 = −98,8274755 nm