ANALISIS SIKLOHEKSANA
Disusun Oleh:
2. Bunnari (4311415061)
JURUSAN KIMIA
2018
A. TUJUAN
Menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana dengan menggunakan
perhitungan medan gaya AMBER, Semi Empirik RM1 (Recife Model 1), Ab Initio HF
dan DFT (Density Functional Theory).
B. LATAR BELAKANG
Bentuk kursi dari sikloheksana memiliki energi adalah 30 kJ / mol lebih stabil
daripada bentuk perahu. Konformasi perahu destabilized oleh torsional strain karena
hidrogen pada empat atom karbon pada "plane" adalah eclipsed. Selain itu, terdapat
steric strain dari dua hidrogen di kedua ujung pada konformasi perahu yang disebut
flagpole hydrogens yang memaksa berdekata satu sama lain (Smith, 2010).
Dalam penentuaan konformasi sikloheksana dapat digunakan metode ab initio
molecular dynamics (AIMD). Accelerated AIMD sangat efisien dan metode yang baik
dalam sampling untuk konformasi ruang . Adapun hasil simulasi yang didapat adalah
sebagai berikut (Bucher, dkk., 2011).
C. ALAT
Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah seperangkat komputer dengan
aplikasi hyperchem.
D. METODE
a. Menggambar sikloheksana bentuk kursi
1. Atur Default Element pada karbon dan masuk pada modeDraw.
2. Atur level pemilihan pada tingkatAtoms.
3. PilihLabels pada menuDisplay dan label atom dengan nomor.
4. Yakinkan bahwa Explicit Hydrogen dalam keadaan tidak aktif pada menu
Build.
5. Gambarkan dengan strutkur 2D dengan mengklik dan menggeser.
6. Pilih Add H & Model Build pada menu Build.
7. Matikan fungsi Show Hydrogens pada menu Display.
8. Putar dan pindahkan struktur sampai kelihatan seperti gambar berikut :
1. Jika perlu, pilih Show Hydrogen dan gunakan menu Zoom untuk mendapatkan
skala molekul yang jelas.
2. LR-drag pada satu sisi yang memungkinkan untuk melakukan pemilihan semua
atom termasuk hidrogen.
3. Pilih Reflect pada menu Edit Atom yang dipilih dicerminkan pada PLANE,
menghasilkan transformasi perahu dari sikloheksana. Struktur akan terlihat
sebagai berikut :
4. R-klik pada daerah kosong pada ruang kerja untuk menghilangkan fungsi pilihan
atom.
e. Mengukur hidrogen aksial
1. L-klik pada dua atom hidrogen tersebut.
2. Catat jarak antar dua atom tersebut dan masukkan dalam lembar laporan.
f. Mengukur sifat struktur dari sikloheksana bentuk perahu
1. Masuk pada mode Selection
2. Atur level pemilihan pada Atoms dan hidupkan fungsi Multiple Selection.
3. Pilih beberapa ikatan, sudut dan sudut torsi untuk mempelajari geometri dari
struktur. Catat nilainya pada lembar laporan.
4. R-klik pada daerah kosong pada ruang kerja untuk meyakinkan tidak ada atom
yang dipilih.
g. Optimasi sikloheksana bentuk perahu
Perhitungan optimasi sikloeksana bentuk perahu dilakukan sama seperti pada
sikloheksana bentuk kursi yakni dengan menggunakan empat metode diantaranya
metode mekanika molekuler, metode semi empirik, metode Ab Initio dan metode
DFT (Density Functional Theory). Setelah optimasi selesai catat sifat struktur,
hidrogen aksial dan energi dari sikloheksana bentuk perahu teroptimasi.
h. Membuat Sikloheksana Bentuk Perahu Twist (Terpilin)
1. R-clik pada daerah kosong dari bidang kerja untuk menghilangkang fungsi
pilihan.
2. Matikan fungsi Show Hydrogens.
3. Pilih sudut torsi 4-atom karbon dengan memilih ikatan 6-1, 1-2, dan 2-3. Kita
harus memilih atom karbon dengan urutan tersebut sehingga akan didapatkan
batasan ikatan torsi yang benar.
4. Pilih batasan Bond Torsion pada menu Build, dan atur batasan pada 30 derajat,
dan kemudian pilih OK.
5. Batalkan pilihan atas torsi dengan klik-kanan pada daerah kosong.
6. L-klik Build-Add H and Model Build atau klik-kiri dua kali Selection tool
untuk memperoleh tampilan seperti berikut:
3. Metode Ab Initio
No. Konformasi Jarak CC Sudut CCC Sudut torsi Energi
(Å) ( o) CCCC ( o ) (kkal/mol)
1. Kursi 1,54 109,471 60 -146904,902914
2. Kursi Teroptimasi 1,53489 111,387 54,9791 -146906,896741
3. Perahu 1,53487 111,387 54,9756 -146472,005748
4. Perahu Teroptimasi 1,53518 111,415 55,0189 -146906,896523
5. Perahu Terpilin 1,52826 111,997 29,1865 -146896,694030
6. Perahu Terpilin 1,54593 112,279 29,0144 -146900,421671
Teroptimasi
4. Metode DFT
No. Konformasi Jarak CC Sudut CCC Sudut torsi Energi
(Å) ( o) CCCC ( o ) (kkal/mol)
1. Kursi 1,54 109,471 60 -147868,6887
2. Kursi Teroptimasi 1,54374 111,402 54,8476 -147870,9079
3. Perahu 1,54 109,471 60 -147478,5582
4. Perahu Teroptimasi 1,54265 111,429 54,8697 -147870,9113
5. Perahu Terpilin 1,54115 109,632 30,0188 -147861,5647
6. Perahu Terpilin 1,55281 112,148 28,6676 -147864,7384
Teroptimasi
F. ANALISIS DATA
1. Perhitungan selisih Haksial
Metode Mekanika Molekuler
Jarak H-H awal: 2,48875 Å
Jarak H-H setelah optimasi: 2,45085 Å
Selisih : 0,0379
Metode Semi Empirik
Jarak H-H awal: 2,48875 Å
Jarak H-H setelah optimasi: 2,51214 Å
Selisih: 0,02339
Metode Ab Initio
Jarak H-H awal: 2,46616 Å
Jarak H-H setelah optimasi: 2,46794 Å
Selisih: 0,00178
Metode DFT
Jarak H-H awal: 2,48876 Å
Jarak H-H setelah optimasi: 2,48717 Å
Selisih: 0,00159
2. Perhitungan energi mutlak
G. PEMBAHASAN
Dalam percobaan ini bertujuan untuk menentukan konformasi yang paling
stabil dari sikloheksana dengan menggunakan perhitungan medan gaya AMBER, Semi
Empirik RM1, Ab Initio HF 6-31G dan DFT 6-31G. Pada percobaan ini perhitungan
yang dilakukan adalah perhitungan energi single point dan energi geometry
optimizastion. Dalam perhitungan ini, masing-masing energi yang dihitung akan
menghasilkan hasil yang berbeda seperti jarak ikatan, sudut dihedral, dan sudut torsi
yang dihasilkan. Dalam perhitungan energi single point hanya dilakukan perhitungan
dari struktur yang semula tanpa dilakukan optimasi. Sedangkan untuk perhitungan
energi geometry optimizastion dilakukan perhitungan secara iteratif yang dimana
perhitungan ini sesuai dengan struktur yang paling stabil. Dalam percobaan ini yaitu
pada perhitungan energi geometry optimizastion digunakan root mean square (RMS)
sebesar 0.1 kcal/(Ǻmol). Nilai root mean square (RMS) menyatakan fungsi variasi
berkelanjutan dalam hal integral kuadrat dari nilai seketika selama siklus perhitungan.
Semakin rendah nilai root mean square (RMS) ini semakin baik hasil perhitungan yang
dihasilkan.
Dari hasil percobaan yang dilakukan dihasilkan nilai jarak ikatan, sudut
dihedral, dan sudut torsi dari masing-masing konformasi sikloheksana pada perhitungan
energi single point dan energi geometry optimizastion. Perbedaan hasil ini membuktikan
bahwa setiap konformasi sikloheksana memiliki keadaan yang berbeda-beda.
Berdasarkan hasil yang diperoleh dari semua metode dapat diketahui bentuk konformasi
paling stabil dari struktur sikloheksana, yaitu konformasi kursi yang dipengaruhi oleh
sudut CCC yang terbentuk pada konformasi tersebut. Sudut tersebut adalah 109.471o
yang termasuk sudut normal dimana posisi atom-atom hidrogennya dalam keadaan
staggered terhadap hidrogen tetangganya dengan sempurna. Energi yang dibutuhkan
pada konformasi juga tak begitu besar yaitu pada metode mekanika molekuler amber
energi sebelum optimasi adalah sebesar 6.342032 kkal/mol dan setelah optimasi adala
sebesar 5.701885 kkal/mol. Untuk metode semi emipirik RM1 nilai energi sebelum
optimasi adalah sebesar -1681.4320 kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -1681.4320
kkal/mol. Untuk metode Ab Initio HF 6-31G nilai energi sebelum optimasi sebesar -
146904.902914 kkal/mol dan setelah optimasi nilai energinya sebesar -146906.896741
kkal/mol. Pada metode terakhir yakni metode DFT nilai energi sebelum optimasi -
147868.6887 kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -147870.9079 kkal/mol.
Sedangkan pada konformasi perahu, energi yang dibutuhkan untuk
pembentukannya cukup besar yaitu pada metode mekanika molekuler amber energi
sebelum optimasi adalah sebesar 65.424178 kkal/mol dan setelah optimasi adala sebesar
5.702831 kkal/mol. Untuk metode semi emipirik RM1 nilai energi sebelum optimasi adalah
sebesar -1657.8589 kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -1657.8739 kkal/mol. Untuk
metode Ab Initio HF 6-31G nilai energi sebelum optimasi sebesar -146472.005748
kkal/mol dan setelah optimasi nilai energinya sebesar -146906.896523 kkal/mol. Pada
metode terakhir yakni metode DFT nilai energi sebelum optimasi -147478.5582
kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -147870.9113 kkal/mol.
Pada perahu terpilin energi sebelum optimasi dan sesudah optimasi juga
mempunyai perbedaan. Dengan menggunakan metode mekanika molekuler amber energi
sebelum optimasi adalah sebesar 15.678907 kkal/mol dan setelah optimasi adala sebesar
12.292636 kkal/mol. Untuk metode semi emipirik RM1 nilai energi sebelum optimasi
adalah sebesar -1657.8628 kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -1677.6345 kkal/mol.
Untuk metode Ab Initio HF 6-31G nilai energi sebelum optimasi sebesar -
146896.694030 kkal/mol dan setelah optimasi nilai energinya sebesar -146900.421671
kkal/mol. Pada metode terakhir yakni metode DFT nilai energi sebelum optimasi -
147861.5647 kkal/mol dan setelah optimasi sebesar -147864.7384 kkal/mol.
Ketidakstabilan sikloheksana bentuk perahu dan perahu terpilin disebabkan molekul di
dalamnya mengalami tegangan sehingga keadaannya tidak terlalu stabil. Konformasi
sikloheksana lain yaitu konformasi perahu yang bebas dari terikan sudut (angle-strain)
sama seperti konformasi kursi. Namun terjadi ketidakstabilan karenaadanya beberapa
ikatan C-H yang terletak dalam keadaan gerhana seperti pada gambar strukturnya.
Selain itu adanya Haksial- Haksial berdekatan pada konformasi perahu yang semakin
menyebabkan ketidakstabilan terjadi.
Hasil optimasi yang diperoleh dari setiap percobaan diolah ke dalam diagram
batang sebagai berikut:
Dari hasil diatas menunjukkan bahwa konformasi kursi yang memiliki nergi
paling rendah adalah konformasi yang paling stabil diikuti konformasi perahu terpilin dan
konformasi perahu. Dengan menggunakan nilai energi 10 kkal/mol untuk konformasi
half-chair didapatkan grafik dibawah ini.