SIMULASI MOLECULAR

DYNAMICS PROTEIN-
LIGAND, PERHITUNGAN
MMPBSA DAN MMGBSA
MENGGUNAKAN
GROMACS
 Authors:
Purnawan Pontana Putra
Junaidin

Editor:
Yustinus Maladan, M.Si

Cover Desainer:
Erik Febriyanto

Layouter:
Siti Imama Khoiriyah
(INBIO Indonesia)

ISBN:
978-623-98383-3-1

Publisher: Future Science

Redaksi:
Perum Sarimadu II B3 No.09
Pakisaji, Kab.Malang, Jawa Timur, Indonesia 65162

Email: admin@futuresciencepress.com
 Kata Pengantar

Ucapan syukur kami panjatkan kepada Allah SWT, yang telah memberikan ilmu dan
rezekinya sehingga dapat menyusun buku “Simulasi Molecular Dynamics Protein-Ligand,
Perhitungan MMPBSA dan MMGBSA menggunakan Gromacs”. GROningen MAchine for
Chemical Simulations (GROMACS) adalah perangkat lunak free software licenses untuk simulasi
Molecular Dynamics yang dirancang untuk simulasi protein, lipid, ligan dan asam nukleat. Awalnya
Gromacs dikembangkan di departemen Kimia Biofisika Universitas Groningen, dan sekarang
dikelola oleh kontributor di Universitas dan pusat penelitian di berbagai belahan dunia.

Mempelajari Simulasi Molecular Dynamics menurut penulis membutuhkan usaha dan waktu
yang lebih jika dibandingkan mempelajari Molecular Docking. Banyak script yang harus
dipersiapkan dalam preparasi input file Molecular Dynamics terutama menggunakan perangkat
Lunak GROMACS. Tujuan penulis menyusun buku ini untuk membantu para peneliti, mahasiswa,
dan dosen untuk mempelajari tahap dasar simulasi Molecular Dynamics menggunakan GROMACS.
Buku ini membahas preparasi input file, perhitungan Root-Mean-Square Deviation (RMSD),
Solvent- Accessible Surface Area (SASA), Root-Mean-Square Fluctuation (RMSF) sampai
perhitungan Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MMPBSA) dan Molecular
Mechanics Generalized Boltzmann Surface Area (MMGBSA). Adanya website berbasis web seperti
CHARMM- GUI juga mampu mempermudah preparasi input file untuk simulasi. Penulis juga
mengucapkan ucapan terima kasih atas pihak yang membantu dalam penyusunan buku ini. Penulis
sangat mengharapkan kritik dan saran terhadap perbaikan buku ini.

Ad Astra Per Aspera

Through Hardships to The Stars

Penulis

Mei 2022

i
 Daftar Isi

Kata Pengantar......................................................................................................................................i
Daftar Isi...............................................................................................................................................ii
BAB I Teori..........................................................................................................................................1
BAB II Instalasi Perangkat Lunak........................................................................................................7
BAB III Preparasi Input File..............................................................................................................13
BAB IV Tutorial Simulasi..................................................................................................................17
A. Preparasi Ligand dan Protein (Menggunakan Terminal)..........................................................17
B. Penyiapan File Simulasi............................................................................................................17
C. Penyiapan Topologi...................................................................................................................18
D. Penambahan Ion........................................................................................................................27
E. Minimisasi Energi......................................................................................................................29
F. Ekuilibrasi...................................................................................................................................30
G. Simulasi Produksi......................................................................................................................35
H. Analisis dan Visualisasi Hasil...................................................................................................37
BAB V Perhitungan MMPBSA dan MMGBSA................................................................................47
BAB VI Preparasi Input File Menggunakan CHARMM-GUI..........................................................62
Biodata Penulis...................................................................................................................................73
Daftar Pustaka....................................................................................................................................74

ii
 BAB I Teori

1. Teori Molecular Dynamics

Simulasi Molecular Dynamics (MD) merupakan metode untuk memprediksi
bagaimana setiap atom dalam protein atau lainnya dalam sistem molekul akan bergerak dari
waktu ke waktu, berdasarkan model fisika yang mengatur interaksi antar atom. Simulasi ini
dapat menangkap berbagai macam proses biomolekuler penting, termasuk perubahan
konformasi, ligan, dan pelipatan protein, dan mengungkapkan posisi semua atom. Simulasi
ini juga dapat memprediksi bagaimana biomolekul akan merespon pada tingkat atom
terhadap gangguan seperti mutasi, fosforilasi, protonasi, atau penambahan maupun
penghapusan ligan. Simulasi MD sering digunakan dalam kombinasi dengan berbagai teknik
biologi struktural eksperimental termasuk Xray-kristalografi, Cryo-Electron Microscopy
(cyro-EM), Nuclear Magnetic Resonance (NMR), Electron Paramagnetic Resonance
(EPR), dan Förster (Flourescence) Resonance Energy Transfer (FRET) (1).
2. Gromacs
GROMACS adalah singkatan dari Groningen Machine for Chemical Simulation.
Perangkat lunak ini merupakan hasil kolaborasi dari Departemen Kimia di University of
Groningen dan Departemen Ilmu Kimia di Groningen pada awal 1990-an, untuk
membangun sebuah komunikasi paralel khusus sistem komputer untuk simulasi MD (2).
Sekarang GROMACS dikelola oleh kontributor di Universitas dan pusat penelitian di
berbagai belahan dunia.
3. AmberTools21
Amber merupakan perangkat lunak yang dibagi menjadi dua bagian yaitu
AmberTools21 dan Amber20. AmberTools21 merupakan kumpulan program yang tersedia
secara gratis sebagain besar dibawah lisensi GPL. AmberTools21 merupakan perangkat
lunak yang digunakan untuk simulasi Molecular Dynamics khususnya pada biomolekul (3).
Perhitungan Topologi dengan Acpype dan gmx_MMPBSA memerlukan perangkat lunak ini
untuk bisa berjalan.
4. Tahap MD, ionisasi, minimasi, nvt, npt, produksi (md.mdp)
Tahapan dalam Molecular Dynamics yaitu dimulai dari minimasi, heating,
equilibration, dan production. Minimasi bertujuan untuk meminimalkan jumlah bentrokan
dan kontak antar atom dalam sistem. Heating dalam simulasi Molekular Dinamik (MD)
merupakan langkah ketika kecepatan awal ditetapkan dan energi panas ditambahkan ke
sistem, suhu dimulai dari 0 K kemudian ditingkatkan ke suhu yang diinginkan (mungkin 300
K). Biasanya sistem dipanaskan sesuai dengan pelarut yang digunakan. Equilibration atau
kesetimbangan merupakan kondisi setelah sistem berubah dari tidak bergerak menjadi
mencapai suhu yang diinginkan, equilibration ini dapat juga dikatakan sebagai waktu
istirahat bagi sistem. Jumlah Zat, Volume dan Temperatur (NVT) dan Jumlah Zat, Tekanan
dan Temperatur (NPT) adalah ensemble yang umum digunakan selama simulasi MD. NPT
digunakan dalam ekuilibrasi sebelum berubah ke ansambel volume konstan. NPT
memodelkan reaksi kimia, perubahan konformasi (bio)molekul, pengikatan target obat, dan
terjadi di bawah tekanan (atmosfer) yang konstan misalnya dalam tabung reaksi atau dalam
sel hidup. Selain itu juga NPT lebih baik karena lebih dekat dengan kondisi eksperimen yang
sebenarnya. Tahap akhir adalah produksi yang merupakan kondisi ketika sistem siap untuk

1
 melakukan MD, produksi adalah bagian dari simulasi MD yang memakan waktu paling
lama, tetapi juga bagian yang terpenting. Analisis didasarkan pada data dari langkah-
langkah produksi dan dapat berlangsung selama mungkin, semakin lama dijalankan maka
semakin baik datanya (4). Simulasi dengan md.mdp menggunakan parameter yang
digunakan untuk melakukan rotasi atom, sampai level subunit protein.
5. Root Mean Squared Distance (RMSD)
RMSD adalah salah metode pengukuran untuk menunjukan kemiripan struktural antara dua
konformasi molekul. Perhitungan RMSD melibatkan dua langkah utama yaitu penyelarasan
dan optimal superposisi. Penyelarasan dua konformasi berarti menetapkan korespondensi 1-
1 antara atom-atom ekivalen di setiap kesesuaian. Superposisi optimal ditemukan dengan
memutar dan menerjemahkan satu struktur sehingga jumlah kuadrat dari jarak antar atom
setara dengan dua struktur yang diminimalkan (5).
6. Root Mean Square Fluctuation (RMSF)
RMSF adalah perhitungan fleksibilitas residu atau banyaknya residu yang berfluktuasi
selama simulasi. RMSF per residu biasanya diplot dengan nomor residu, dan dapat
menunjukkan secara struktural asam amino mana dalam protein yang paling berkontribusi
pada gerakan molekuler.
7. GAFF2
General AMBER force field 2 (GAFF2) merupakan medan gaya yang biasa digunakan untuk
desain obat rasional. GAFF2 kompatibel dengan medan gaya AMBER dan memiliki
parameter untuk hampir semua molekul organik yang terbuat dari C, N, O, H, S, P, F, Cl, Br
dan I. Sebagai medan gaya yang lengkap, GAFF2 cocok untuk studi tentang sejumlah besar
molekul seperti pencarian basis data secara otomatis. Kelebihan GAFF2 yaitu
memperhitungkan energi interaksi, densitas, energi bebas, penguapan dan hidrasi (6) (3).
8. Conda
Conda adalah pengelola package dan pengelola ekosistem (environment) yang
menggunakan baris perintah di Anaconda Prompt untuk Windows, atau di terminal Linux.
Conda sangat penting digunakan karena acpype dan gmx_MMPBSA hanya bisa berjalan di
conda.
9. Acpype
ACPYPE adalah software pembuatan topologi dan parameter Molecular Mechanics (MM)
dan Semi Empirik. Secara default menghasilkan topology ligan GAFF2. Software ini
mampu menghitung muatan parsial. Acpype mampu membuat parameter untuk molekul
kecil yang nantinya dapat digunakan untuk simulasi Protein-ligand dalam simulasi
Molecular Dynamics seperti GROMACS, CHARMM, dan CNS (7).
10. gmx_MMPBSA
gmx_MMPBSA adalah perangkat lunak yang digunakan untuk perhitungan state free energy
calculations dari lintasan Molecular Dynamics GROMACS. gmx_MMPBSA memberi
pengguna beberapa opsi, termasuk penghitungan energi bebas ikatan dengan model solvasi
berbeda (PB, GB, atau 3D-RISM), penghitungan stabilitas, perhitungan nilai alanin, koreksi
entropi, dan dekomposisi energi bebas ikatan.

2
11. Molecular Mechanics (MM)/Poisson-Boltzmann (PB), Generalized Boltzmann (GB) Surface
Area
Metode ini dapat digunakan untuk menghitung energi bebas ikatan dari kompleks yang tidak
terikat secara kovalen.

Gambar 1. Siklus termodinamika untuk perhitungan energi bebas ikatan (8)

Energi bebas ikatan dapat dilakukan perhitungan dengan rumus (9) (10):
∆𝐺 ikatan = 〈𝐺 complex〉−〈𝐺 residu〉−〈𝐺 ligand〉
Pada sisi kanan dapat dimasukkan persamaan berikut:
〈𝐺 𝑥 〉 = 〈𝐸 𝑀 𝑀 〉 + 〈𝐺 𝑠 𝑜 𝑙 〉 − 〈𝑇 𝑆 〉

∆𝐺ikatan dapat didefinisikan sebagai:

∆𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 = ∆𝐻 − 𝑇∆𝑆

∆𝐻 dapat didekomposisi menjadi istilah yang berbeda:

∆𝐻 = ∆𝐸𝑀𝑀 + ∆𝐺𝑠𝑜𝑙

Dimana

∆𝐸𝑀𝑀 = ∆𝐸𝑏𝑜𝑛𝑑𝑒𝑑 + ∆𝐸𝑛𝑜𝑛𝑏𝑜𝑛𝑑𝑒𝑑 = (∆𝐸𝑏𝑜𝑛𝑑 + ∆𝐸𝑎𝑛𝑔𝑙𝑒 + ∆𝐸𝑑𝑖ℎ𝑒𝑑𝑟𝑎𝑙) + (∆𝐸𝑒𝑙𝑒 + ∆𝐸𝑣𝑑𝑊)

Kontribusi energi bebas fase gas (∆𝐸𝑀𝑀) dihitung oleh sander dalam AmberTools sesuai
dengan medan gaya yang digunakan dalam simulasi MD.

∆𝐺𝑠𝑜𝑙 = ∆𝐺𝑝𝑜𝑙 + ∆𝐺𝑛𝑜𝑛−𝑝𝑜𝑙 = ∆𝐺𝑃𝐵/𝐺𝐵 + ∆𝐺𝑛𝑜𝑛−𝑝𝑜𝑙

dimana

3
 ∆Gnon - polar = ∆Gdispersion + ∆Gcavity

atau

∆𝐺𝑛𝑜𝑛−𝑝𝑜𝑙 = ∆𝐺𝑑𝑖𝑠𝑝 + ∆𝐺𝑐𝑎𝑣𝑖𝑡𝑦 = ∆𝐺𝑑𝑖𝑠𝑝 + (𝐶𝐴𝑉𝐼𝑇𝑌𝑇𝐸𝑁𝑆𝐼𝑂𝑁 ∗ ∆𝑆𝐴𝑆𝐴 + 𝐶𝐴𝑉𝐼𝑇𝑌𝑂𝐹𝐹𝑆𝐸𝑇)

12. Solvent Accessible Surface Area (SASA)

SASA adalah area permukaan biomolekul yang dapat diakses oleh pelarut. Pengukuran
SASA biasanya digambarkan dalam units of square Ångstroms. Permukaan yang di sekitar
protein dihipotesiskan berbentuk bola dengan permukaan kontak van der Waals dari molekul

(11).

Gambar 2. Solvent Accessible Surface Area (SASA)

https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/surface.html

13. Radyus of Gyration (Rg)

Momen inersia suatu benda terhadap suatu sumbu direpresentasikan dengan menggunakan
jari-jari girasi. Radyus of Gyration adalah Jari-jari girasi sebagai jarak imajiner dari pusat
massa di mana luas penampang difokuskan pada suatu titik untuk mendapatkan momen
inersia yang sama. Rg mampu menggambarkan ukuran stabilitas elastis penampang terhadap
tekuk (12).
14. Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen merupakan ikatan yang mempengaruhi pelipatan protein, struktur protein,
dan identitas molekul. Struktur protein terdiri dari struktur sekunder seperti helix dan sheet.
Ikatan hidrogen antara protein dan ligan (protein, asam nukleat, substrat, efektor atau
inhibitor) menghasilkan interaksi yang merupakan aspek mendasar dari biomolekul (13).
15. Force Field (FF)
Force Field (Medan Gaya) adalah metode komputasi yang digunakan untuk memperkirakan
gaya antara atom dalam molekul dan juga antar molekul. Force Field mengacu pada bentuk
fungsional dan set parameter yang digunakan untuk menghitung energi potensial dari sistem
atom, partikel dalam mekanika molekul, dinamika molekul, dan simulasi Monte Carlo. Se-
jarah singkat perkembangan force field dapat dilihat pada Gambar 3. Force Field yang
digunakan dalam perhitungan ini adalah adalah Amber99SB. Amber99SB
biasa digunakan untuk Parameter protein dan asam nukleat karena memiliki peningkatan
distribusi untuk glisin dan alanin pada data Protein Data Bank (PDB). Medan gaya Ini juga

4
 memiliki nilai lebih baik jika dibandingkan dengan nilai eksperimental pada konformasi
peptida alanin dan lebih sesuai dengan data relaksasi NMR (14)

Gambar 3. Sejarah pengembangan Medan Gaya seperti AMBER, CHARMM, OPLS,

dan GROMOS (15)

16. Protein Data Bank (PDB)

PDB adalah arsip Bank Data Protein seperti bentuk tiga dimensi protein, asam nukleat, dan
susunan kompleks. yang membantu siswa dan peneliti memahami semua aspek biomedis
dan sintesis protein sampai penyakit. Data 3D protein diperoleh dari kristalografi sinar-X,
spektroskopi NMR, mikroskop cryo-elektron, dan diupload dan divalidasi oleh ahli biologi
dan biokimia dari seluruh dunia. Data PDB dapat diakses dialamat https://www.rcsb.org/
Website dapat dilihat pada Gambar 4. Informasi utama yang disimpan dalam file dengan
format .pdb terdiri dari file koordinat untuk molekul biologis. File-file ini mencantumkan
atom di setiap protein, dan lokasi 3D. File-file ini tersedia dalam beberapa format (PDB,
mmCIF, XML). File berformat PDB ketika dibuka menggunakan text editor akan
menunjukkan rangkuman informasi protein, informasi kutipan, dan detail struktur, diikuti
oleh urutan dan daftar panjang atom dan koordinatnya. File format pdb juga berisi
pengamatan eksperimental yang digunakan untuk menentukan koordinat atom.

5
Gambar 4. Tampilan Website Protein Data Bank

6
 BAB II Instalasi Perangkat Lunak

1. Instalasi CUDA

a. Buka Terminal dan jalankan perintah dibawah ini satu persatu, Driver CUDA yang
digunakan dalam tutorial ini adalah untuk GTX 1660 Super, dengan sistem operasi
Linux Ubuntu Versi 20.04, 64 bit.
https://developer.nvidia.com/cuda- downloads?
target_os=Linux&target_arch=x86_64&Distribution=Ubuntu&target_version=
20.04&target_type=deb_local

 wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/
x86_64/cuda- ubuntu2004.pin
 sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
 wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.6.1/local_installers/cuda-
repo-ubuntu2004-11-6-local_11.6.1-510.47.03-1_amd64.deb
 sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-6-local_11.6.1-510.47.03-1_amd64.deb
 sudo apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-6-local/7fa2af80.pub
 sudo apt-get update
 sudo apt-get -y install cuda

Keterangan: cek Cuda sudah terinstall dengan perintah pada terminal:

nvidia-smi

7
2. Instalasi Gromacs

a. Gromacs yang digunakan dalam simulasi tutorial ini adalah versi 2021.5 namun sangat
disarankan untuk menggunakan gromacs terbaru
b. Gromacs Versi terbaru dapat di download di link berikut:
https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.tar.gz
c. Buka Terminal dan direktori File gromacs-2022.tar.gz selanjutnya pada terminal jalan kan
perintah satu per satu dibawah ini. Keterangan instalasinya dapat dibaca di link berikut
(16): https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html

tar xfz gromacs-

2022.tar.gz cd gromacs-
2022
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
cmake .. -DGMX_GPU=CUDA
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

d. Buatkan Path Gromacs dengan perintah (Disarankan agar terlebih dahulu mempelajari
konsep Path di linux)
nano ~/.bashrc
e. Masukkan Perintah berikut pada path (catatan: nama direktori file usr/local tiap komputer
berbeda beda)
export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
f. Setelah menginput path klik CTRL+O lalu Enter untuk save, dan CTRL+X untuk keluar
g. Cek Gromacs sudah terinstal dengan perintah pada terminal:
gmx

8
3. Instalasi Conda

a. Download Conda pada alamat berikut:

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
b. Buka terminal dan jalan kan dengan perintah
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
c. Buatkan path conda dengan perintah (Disarankan agar terlebih dahulu mempelajari konsep
Path di linux)
nano ~/.bashrc
d. Masukkan Perintah berikut pada path (catatan nama direktori file home/renoir tiap
komputer berbeda beda)
export PATH=$PATH:/home/renoir/miniconda3/bin
e. Setelah menginput path klik CTRL+O lalu Enter untuk save, dan CTRL+X untuk keluar
f. Cek conda sudah terinstall dengan perintah: conda

9
4. Instalasi AnteChamber PYthon Parser interfacE (ACPYPE)

a. Ketik Perintah berikut di terminal untuk instalasi (7):

conda install -c conda-forge acpype
b. Tekan huruf (y) jika ada permintaan menginstal aplikasi
c. Jika proses sudah berjalan pastikan di terminal telah tertulis base

d. Jika belum aktifkan conda pada terminal dengan perintah

conda activate
e. Aplikasi Acpype bisa berjalan dengan lancar selama conda activate atau di terminal
tertulis (base)
f. Jalankan acpype dengan perintah
acpype

1
5. Instalasi gmx_MMPBSA

a. Tuliskan perintah berikut di terminal satu persatu

sudo apt install git
conda update conda
conda create -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -q
conda activate gmxMMPBSA
conda install -c conda-forge mpi4py=3.1.3 ambertools=21.12 compilers -y -q
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4
python -m pip install pyqt5
python -m pip install gmx_MMPBSA
b. Untuk Update gmx_MMPBSA
python -m pip install gmx_MMPBSA -U
c. Jalankan gmx_MMPBSA dengan perintah
conda activate gmxMMPBSA
Selanjutnya
gmx_MMPBSA -h

6. Instalasi grace
a. Ketikan ini pada terminal:
sudo apt-get update
b. selanjutnya ketik pada
terminal:
sudo apt-get install grace

7. Instalasi Chimera
a. Download chimera dari website berikut:
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/cgi-
bin/secure/chimera-get.py?file=alpha/chimera-alpha-linux_x86_64.bin
b. Buka terminal jalankan perintah berikut:
chmod +x chimera-alpha-linux_x86_64.bin
Selanjutnya
./ chimera-alpha-linux_x86_64.bin
8. Instalasi VMD
a. Download software VMD pda link berikut yang terintegrasi dengan CUDA dan Linux.
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/alpha/vmd-1.9.4a55.bin.LINUXAMD64-
CUDA102-OptiX650-OSPRay185-RTXRTRT.opengl.tar.gz
b. Ekstrak file tersebut dengan perintah diterminal: tar -zxvf vvmd-1.9.4a55.bin.LINUX-
AMD64-CUDA102-OptiX650-OSPRay185-RTXRTRT.opengl.tar.gz
c. Masuk kedirektori folder
d. Akses root dengan perintah: sudo su

1
e. Selanjutnya ketik: ./configure
f. Buka directory dengan perintah: cd src
g. Selanjutnya jalankan: make install
h. Buatkan path pada folder bin pastikan file eksekusi vmd berada pada folder tersebut

1
 BAB III Preparasi Input File

1. Input file ions.mdp berisi script dibawah ini:

; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS

title = Minimization ; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save

integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0
kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size
nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist =1 ; Frequency to update the neighbor list and long range
forces cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype = cutoff ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off
rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-
off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions

2. Input file em.mdp berisi script dibawah ini:

; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS

title = Minimization ; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save

integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0
kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size
nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist =1 ; Frequency to update the neighbor list and long range
forces cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist = 1.2 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb = 1.2 ; long range electrostatic cut-off
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rvdw-switch = 1.0
rvdw = 1.2 ; long range Van der Waals cut-
off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions
DispCorr = no

1
3. Input file nvt.mdp berisi script dibawah ini:

title = Protein-ligand complex NVT equilibration

define = -DPOSRES ; position restrain the protein and ligand
; Run parameters
integrator = md ; leap-frog
integrator nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps
dt = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps
nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps
nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation = no ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained
lincs_iter =1 ; accuracy of LINCS
lincs_order =4 ; also related to accuracy
; Neighbor searching and
vdW cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; search neighboring grid
cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet
rlist = 1.2
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rvdw-switch = 1.0
rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range
electrostatics rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
pme_order =4 ; cubic interpolation
fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; two coupling groups - more
accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive
FF DispCorr = no
; Velocity generation
gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed = -1 ; generate a random seed

1
4. Input file npt.mdp berisi script dibawah ini:

title = Protein-ligand complex NPT equilibration

define = -DPOSRES ; position restrain the protein and ligand
; Run parameters
integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps
dt = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstenergy = 500 ; save energies every 1.0
ps nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps
nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation = yes ; continuing from NVT
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained
lincs_iter =1 ; accuracy of LINCS
lincs_order =4 ; also related to accuracy
; Neighbor searching and
vdW cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; search neighboring grid
cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet
rlist = 1.2
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rvdw-switch = 1.0
rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range
electrostatics rcoulomb = 1.2
pme_order =4 ; cubic interpolation
fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; two coupling groups - more
accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl = Berendsen ; pressure coupling is on for
NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors
tau_p = 2.0 ; time constant, in ps
ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-
1 refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive
FF DispCorr = no
; Velocity generation
gen_vel = no ; velocity generation off after NVT

1
5. Input file md.mdp berisi script dibawah ini:

title = Protein-ligand complex MD simulation

; Run parameters
integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 5000000 ; 2 * 5000000 = 10000 ps (10 ns)
dt = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstenergy = 5000 ; save energies every 10.0
ps nstlog = 5000 ; update log file every 10.0 ps
nstxout-compressed = 5000 ; save coordinates every 10.0 ps
; Bond parameters
continuation = yes ; continuing from NPT
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained
lincs_iter =1 ; accuracy of LINCS
lincs_order =4 ; also related to accuracy
; Neighbor searching and
vdW cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; search neighboring grid
cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet
rlist = 1.2
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rvdw-switch = 1.0
rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range
electrostatics rcoulomb = 1.2
pme_order =4 ; cubic interpolation
fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; two coupling groups - more
accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for
NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors
tau_p = 2.0 ; time constant, in ps
ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive
FF DispCorr = no
; Velocity generation
gen_vel = no ; continuing from NPT equilibration

1
 BAB IV Tutorial Simulasi

A. Preparasi Ligand dan Protein (Menggunakan Terminal)

1. Semua file input simulasi dapat di download di link berikut:

https://github.com/purnawanpp/tutorial_gromacs
2. Download Protein dengan PDB ID (3htb) https://www.rcsb.org/structure/3HTB
3. Buat folder kerja dengan nama 3htb
4. Preparasi dengan memisahkan Protein menjadi Reseptor (17) (18):
grep ATOM 3htb.pdb > Protein.pdb
5. Pisahkan ligand dari Protein
grep JZ4 3htb.pdb > Ligand.pdb
4. Tambahkan Hidrogen Ligand.pdb menggunakan Software UCSF Chimera, Klik Tools>
Structure Editing > AddH>klik ok, selanjutnya klik File>Save PDB> File name:
Ligand.pdb (Timpa file sebelumnya)> klik save
5. Sangat disarankan untuk mengetik tiap perintah pada terminal linux

B. Penyiapan File Simulasi

1. Memasukkan file Input File Untuk Simulasi dinamika Molecular Dynamics yaitu ions.mdp,
em.mdp, npt.mdp dan nvt.mdp dan md.mdp

1
C. Penyiapan Topologi

1. Topologi Resepor (3htb)

a. Penyiapan topologi reseptor dilakukan dengan menggunakan Gromacs.
b. Posisikan terminal pada folder kerja.
c. Selanjutnya ketikkan perintah untuk membuat topology reseptor di terminal linux
gmx pdb2gmx -f Protein.pdb -ignh

d. Muncul tampilan pemilihan medan gaya (force field) yang akan digunakan dalam
membangun topologi reseptor. Dalam hal ini, topologi yang digunakan akan fokus terhadap
Amber (19), Tiap medan yang dipilih yaitu protein. Pada tutorial ini, medan gaya yang
dipilih adalah medan gaya AMBER99SB dipilih dengan mengetikkan angka 5 pada
terminal
5
e. Selanjutnya muncul tampilan pemilihan model air yang akan digunakan selama proses
simulasi
1

1
 f. Ketika proses selesai berjalan, Gromacs akan mengeluarkan Quote
g. Akan muncul 3 file yaitu topol.top, posre.itp dan conf.gro

2. Topology Ligand (JZ4)

a. Aktifkan conda dengan perintah di terminal
conda activate

b. Secara manual acpype akan menggunakan The General AMBER Force Field (GAFF2)
dalam pembuatan force field (20). Buat topology ligand dengan perintah pada terminal:
acpype -i Ligand.pdb

1
c. Jika proses sudah berjalan maka akan ada folder baru dengan nama Ligand.acpype

2
d. Isi Folder Ligand.acpype

2
e. Buka folder Ligand.acpype pindahkan file Ligand_NEW.pdb dan Ligand_GMX.itp
ke folder kerja

f. Jalankan perintah berikut

gmx editconf -f Ligand_NEW.pdb -o jz4_fix.gro

g. Jika proses selesai akan dihasilkan file: jz4_fix.gro

2
3. Penyatuan File Topologi
a. Penyatuan file topologi reseptor dan ligand dilakukan mengedit dengan menggunakan Text
Editor dengan membuka masing-masing file dan menyatukan file extension conf.gro dan
jz4_fix.gro (ligand dan reseptor) dan pengeditan file topologi topol.top
b. Buka File Gabungkan reseptor dan ligand menjadi kompleks: pada file conf.gro yang
sebelumnya sudah dibuat dengan membuka file conf.gro dan jz4_fix.gro

c. Selanjutnya copy file yang terdapat didalam jz4_fix.gro ke file conf.gro dan ditempatkan ke
bagian paling bawah dari file conf.gro protein seperti yang terlihat pada gambar dibawah
ini:

2
d. File conf.gro yang sudah disatukan akan terlihat seperti ini.

e. Selanjutnya dilakukan perbaikan jumlah atom pada file conf.gro dengan menjumlahkan
atom pada file jz4_fix.gro. Penjumlahan atomnya dalam lingkaran yaitu
2614+22=2636

2
f. Setelah selesai dijumlahkan dan diperbaiki file conf.gro kemudian di save (CTRL+S),
selanjutnya di close:

g. Langkah berikutnya pengeditan file topologi dengan membuka file topol.top di Text
Editor selanjutnya tambahkan perintah berikut di dalam file topol top (bagian yang berada
dalam tanda petik disesuaikan dengan nama file **.itp ligand yang dimiliki):
#include "Ligand_GMX.itp"

Catatan: Letak penulisan #include "Ligand_GMX.itp" di bawah tulisan

#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"

2
h. Selanjutnya pada bagian file paling bawah dari topol.top ditambahkan nama molekul dan
jumlah molekul disesuaikan dengan nama molekul dari file Ligand_GMX.itp, pada gambar
dibawah nama molekulnya adalah Ligand, setelah ditambahkan diberikan angka 1
setelahnya.

i. Save file topol.top yang sudah di edit di save dengan cara menekan CTRL+S pada keyboard.
j. Proses pembuatan Topologi selesai

2
D. Penambahan Ion
1. Penyiapan Box Simulasi
a. Penyiapan box dilakukan dengan mengetikkan perintah pada terminal:
gmx editconf -f conf.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
b. Muncul file baru newbox.gro:

c. Selanjutnya dilakukan penambahan solvent dengan mengetik perintah:

gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
d. Proses penambahan solvent selesai.

2
2. Solvasi dan Penambahan Ion
a. Persiapkan file parameter ions.mdp yang akan digunakan dengan mengetik perintah:
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
b. Proses solvasi dan penambahan ion NaCl dengan konsentrasi netral dilakukan dengan
mengkondisikan sistem dalam suasana yang neutral mengikuti kondisi biologis tubuh, ketik
perintah berikut di terminal:
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
c. Selanjutnya muncul tampilan seperti dibawah ini

d. Kemudian pilih poin 15 (Solvasi) dengan cara ketik perintah:

15
e. Selanjutnya proses solvasi telah selesai

2
E. Minimisasi Energi
1. Pembuatan file parameter untuk minimisasi energi menggunakan parameter file
em.mdp:
gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
2. Selanjutnya dilakukan proses running untuk minimisasi energi sistem:
gmx mdrun -v -deffnm em
3. Proses minimisasi energi selesai.

2
F. Ekuilibrasi
1. Pembuatan file restraint ligand:
a. Buat file position restraint untuk ligand (posre ligand):
gmx genrestr -f jz4_fix.gro -o posre_ligand.itp
b. Selanjutnya pilih JZ4 dengan mengetik angka dua pada
terminal:
2

2. Langkah berikutnya pengeditan file topologi dengan membuka file topol.top selanjutnya
tambahkan teks berwarna biru di bawah ini di dalam file topol top bagian yang berada dalam
tanda petik disesuaikan dengan nama file posre_ligand.itp ligand yang dimiliki:
; Ligand position restraints
#ifdef POSRES
#include "posre_ligand.itp"
#endif

3. Selanjutnya save file dan tutup file topol.top

4. Buat index file:
a. Buat index file dengan mengetikkan perintah:
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx

3
b. Selanjutnya ketik perintah angka dibawah ini untuk memilih Protein dan JZ4:
1 | 13
c. Selanjutnya ketik huruf:
q

3
5. Proses Ekuilibrasi Suhu
a. Buka file nvt.mdp
b. Lakukan penyesuain tc-grps pada file nvt.mdp sesuai dengan ID ligand yang digunakan pada
protokol ini dengan mengacu pada file jz4_fix.gro. Contoh pada file jz4_fix.gro ID: JZ4
(abaikan angka 1 yang ada didepan ID)
c. Selanjutnya sesuaikan file tc-grps dengan mengetik ID ligand pada bagian yang
diwarnai merah. Contoh ID yaitu JZ4:
Protein_JZ4 Water_and_ions

d. Selanjutnya save dan tutup file nvt.mdp dengan menekan pada keyboard ctrl+s
e. Pembuatan file parameter untuk ekuilibrasi suhu menggunakan parameter file nvt.mdp:
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr
f. Selanjutnya dilakukan proses running untuk ekuilibrasi suhu sistem:
gmx mdrun -v -deffnm nvt &

3
g. Tunggu sampai proses selesai dengan melihat balok kotak dibawah 50000 steps berhenti
dan GROMACS reminds you dari Gromacs muncul. Jika Quote tersebut sudah muncul bisa
langsung menekan Enter pada keyboard untuk melanjutkan proses selanjutnya. Proses juga
dapat dilihat dengan new tab pada terminal lalu ketik:

tail -f nvt.log

3
6. Proses Ekuilibrasi Tekanan
a. Buka file npt.mdp
b. Lakukan penyesuain tc-grps pada file npt.mdp sesuai dengan ID ligand yang digunakan
pada protokol ini dengan mengacu pada file jz4_fix.gro. Contoh pada file jz4_fix.gro ID:
JZ4
c. Selanjutnya sesuaikan file tc-grps dengan mengetik ID ligand pada bagian yang
diwarnai merah. Contoh ID yaitu JZ4:
Protein_JZ4 Water_and_ions

d. Selanjutnya save dan tutup file npt.mdp

e. Pembuatan file parameter untuk ekuilibrasi tekanan menggunakan parameter file npt.mdp:
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr
f. Selanjutnya dilakukan proses running untuk ekuilibrasi tekanan sistem:
gmx mdrun -v -s npt.tpr -deffnm npt &
g. Tunggu sampai proses selesai. Proses juga dapat dilihat dengan New Tab pada terminal
lalu ketik
tail -f npt.log
h. Jika proses sudah selesai maka dapat dilihat dengan tulisan Finished mdrun
i. Jika proses sudah selesai pada terminal dapat ditekan enter pada keyboard.

3
G. Simulasi Produksi

1. Simulasi produksi ini merupakan step terakhir dalam simulasi Molecular Dynamics yang
dilakukan dengan melakukan pengeditan pada parameter file md.mdp:
a. Buka file md.mdp dan lakukan pengeditan pada file parameter md.mdp sesuai bentuk
simulasi yang dikehendaki seperti suhu, dan simulasi (nano detik) dan pengaturan tc-grps
(pengaturan kelompok kompleks):
b. Pada bagian yang nsteps, dilakukan pengeditan sesuai jumlah waktu yang diinginkan untuk
simulasi. Misal pada contoh 1 ns:
500000 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
c. Keterangan jumlah waktu simulasi:
- 500000 nsteps = 2 * 500000 = 1000 ps = 1 ns
- 1000000 nsteps = 2 * 1000000 = 2000 ps = 2 ns
- 50000000 nsteps = 2 * 50000000 = 100000 ps = 100 ns
- dan seterusnya
d. Selanjutnya lakukan penyesuaian tc-grps pada file md.mdp sesuai dengan ID ligand yang
digunakan pada protokol ini dengan mengacu pada file jz4_fix.gro. Contoh pada file
jz4_fix.gro ID: JZ4

e. Suhu juga dapat diatur pada ref_t suhu yang digunakan adalah 300 Kelvin
f. Selanjutnya save dan tutup file md.mdp

3
b. Pembuatan file parameter untuk simulasi produksi menggunakan parameter file md.mdp:
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
c. Selanjutnya dilakukan proses running untuk simulasi Molecular Dynamics sistem dengan 1
ns:
gmx mdrun -v -s md.tpr -deffnm md &
d. Tunggu proses simulasi produksi sampai selesai sampai ada Quote dari Gromacs reminds you.

3
H. Analisis dan Visualisasi Hasil
1. Proses Ekstraksi File Hasil Simulasi
a. Ketikkan perintah di terminal:
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
b. Selanjutnya tekan angka “1” untuk memilih “protein” sebagai center dan
c. tekan angka “0” untuk memilih “system” sebagai output
d. Untuk melakukan ekstraksi file berdasarkan tiap ns (nanosecond). Contoh untuk
mengekstrak frame pertama (t = 0 ns) dari lintasan gunakan trjconv -dump dengan lintasan
terbaru seperti dibawah ini:
gmx trjconv -s md.tpr -f md_center.xtc -o start.pdb -dump 0
Selanjutnya tekan angka nol
0

e. Untuk visualisasi yang lebih halus, dapat dilakukan pemasangan parameter rotasi
dan translasi. Jalankan perintah ini di terminal:
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md.xtc -fit rot+trans
pilih “Backbone”
4
Selanjutnya pilih “System”
0

2. Analisis Hasil dari Minimisasi Energi:

a. Analisis energi sistem:
gmx energy -f em.edr -o minimenergi.xvg

3
 b. Ketik perintah angka dibawah ini di terminal (Sepuluh spasi nol):
10 0

c. Untuk Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal
xmgrace minimenergi.xvg

Catatan: Semua file dengan format (.xvg) dapat dibuka menggunakan Excel dan diatur bentuk
Visualisasinya sesuai kebutuhan.
3. Analisis perubahan suhu sistem:
a. Analisis perubahan suhu sistem:
gmx energy -f nvt.edr -o temp.xvg

3
 b. Ketik perintah diterminal (Lima Belas Spasi Nol):
15 0

c. Untuk Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace temp.xvg

4. Analisis Perubahan Tekanan Sistem:

a. Analisis perubahan tekanan sistem:
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg

3
 b. Ketik angka (enambelas spasi nol) pada perintah di terminal:
16 0
c. Untuk Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace pressure.xvg

5. Analisis Hasil RMSD

a. Penyiapan file trajectory untuk analisis:
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o analisis.xtc -pbc mol -ur compact

4
b. Pilih "System” dengan cara ketik perintah angka (nol) diterminal:
0

c. Analisis RMSD sistem:

gmx rms -s md.tpr -f analisis.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

d. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Backbone”:

4
e. Selanjutnya ketik angka empat, pilih “Backbone” lagi
4

4
 f. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsd.xvg

Jika ingin memvisualisasikan RMSD Protein-Ligand yaitu dengan

gmx rms -s md.tpr -f analisis.xtc -o rmsd_pro_lig.xvg -tu ns
e. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Protein”:
1
f. Selanjutnya ketik angka empat, pilih ligand “JZ4”
13
Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsd_pro_lig.xvg

4
6. Analisis Hasil RMSF
a. Analisis RMSF sistem tiap Atom:
gmx rmsf -s md.tpr -f analisis.xtc -o rmsf_atom.xvg

b. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Backbone”:

4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsf_atom.xvg

d. Analisis RMSF sistem tiap Residu:

gmx rmsf -s md.tpr -f analisis.xtc -res -o rmsf_rec.xvg
e. Ketik perintah di terminal untuk memilih “Backbone”:
4
f. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsf_rec.xvg

4
7. Penentuan Radyus of gyration
a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx gyrate -s md.tpr -f md.xtc -o gyration.xvg
b. Ketik perintah di terminal untuk memilih “Backbone”:
4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace gyration.xvg

8. Penentuan Solvent-Accessible Surface Area (SASA)

a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx sasa -s md.tpr -f md.xtc -o sasa.xvg
b. Ketik perintah di terminal untuk memilih “Backbone”:
4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:

4
 xmgrace sasa.xvg

9. Penentuan ikatan Hidrogen

a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -num hbond.xvg
Ketik perintah di terminal untuk memilih grup “Protein”:
1
Ketik perintah di terminal untuk memilih grup “Ligand (LIG)”:
13
b. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace hbond.xvg

4
10. Visualisasi Hasil Simulasi MD dengan Chimera
a. Dibuat file pdb hasil simulasi melalui terminal:
gmx editconf -f md.gro -o MD_visual.pdb
b. Selanjutnya File PDB (MD_visual.pdb) yang diperoleh dapat divisualisasi lebih
lanjut menggunakan aplikasi seperti chimera.
c. Klik File> Open > MD_visual.pdb
d. Klik Presets > Interactive 1 (Ribbons)
e. Klik Presets > Publication 3

f. Visualisasikan fokus ke ligand dengan cara

g. Select > Residu > JZ4
h. Actions > Focus
i. Actions > Color > Red

4
11. Visualisasi pergerakan molekul dengan menggunakan VMD. Buatlah file dengan nama
vmd.tcl dalam folder kerja, buka file tersebut dengan notepad atau text editor dan masukkan
script berikut:

display projection
Orthographic display
rendermode GLSL
mol modselect 0 0 protein
mol modstyle 0 0 NewCartoon 0.300000 10.000000 4.100000 0
mol modcolor 0 0 Structure
mol addrep 0
mol modselect 1 0 noh and resname JZ4
mol modstyle 1 0 Licorice 0.300000 12.000000 12.000000
mol modcolor 1 0
Type color Type C
white mol addrep 0
mol modselect 2 0 noh same resid as within 8 of resname JZ4
mol modstyle 2 0 Licorice 0.200000 12.000000 12.000000
mol addrep 0
mol modselect 3 0 noh same resid as within 8 of resname JZ4
mol representation Licorice 0.200000 12.000000 12.000000
mol modstyle 3 0 HBonds 3.000000 20.000000 1.000000
mol modcolor 3 0 ColorID 0
mol modstyle 3 0 HBonds 3.000000 20.000000 6.000000
mol modcolor 3 0 ColorID 4
mol smoothrep 0 0 5
mol smoothrep 0 1 5
mol smoothrep 0 2 5
mol smoothrep 0 3 5

12. Contoh file vmd.tcl dan script didalamnya

13. Visualisasikan dengan perintah pada terminal

vmd md.gro md.xtc -e vmd.tcl

4
 Pada bagian VMD Main klik tanda panah berikut untuk menjalankan visualisasi dalam
bentuk video.

14. Hasil Visualisasi dalam bentuk video dapat dilihat seperti berikut, dengan
ikatan hidrogen (sistem) ditandai dengan garis putus-putus berwarna kuning

4
 BAB V Perhitungan MMPBSA dan MMGBSA

1. Visualisasikan terlebih dahulu hasil dari Simulasi Molecular Dynamics dengan cara pastikan
hasil visualisasi yang konsisten seperti yang ditunjukkan pada Gambar dibawah ini.
Visualisasi dapat dilakukan dengan cara membuka file md.gro dengan menggunakan VMD,
dengan cara mengetikan di terminal:
vmd md.gro

a) Pada bagian tab VMD Main Klik Graphics lalu Klik Colors

b) Pada bagian color controls pada Categories pilih “Display”, pada kolom names pilih
“Background”, pada bagian Colors Pilih “White”

4
c) Pada bagian tab VMD Main Klik Graphics lalu Klik Representations

d) Pada Bagian Graphical Representations klik Create Rep

5
e) Pada Bagian Selected Atoms ganti tulisan all menjadi “protein”, setelah itu tekan enter

f) Pada bagian Coloring Method pilih “ResType” dan Drawing Method

Pilih “NewCartoon”

5
 g) Maka akan dihasilkan gambar seperti dibawah ini

Perhitungan MMPBSA dan MMGBSA salah jika protein tidak berada dalam box. Ketik
perintah berikut pada terminal:
gmx editconf -f md.tpr -o md.pdb

2. Pemisahan data grup Protein dan Ligand (JZ4) dengan mengetik di terminal:
gmx make_ndx -n index.ndx
Pilih Protein dan Ligand (JZ4) Selanjutnya ketik pada terminal
1 | 13
dan untuk keluar
q
3. Hilangkan Periodic boundary conditions (PBC) dengan mengetik di terminal
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -pbc mol -center -n -ur compact
Selanjutnya Pilih Sistem
0
dan sistem kembali
0
4. Hapus rotasi dan translasi sehubungan dengan struktur referensi (opsional)
gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o md_fit.xtc -n -fit rot+trans
Selanjutnya Pilih Sistem
0
dan sistem kembali
0

5
5. Aktifkan conda gmx_MMPBSA dengan mengetik di terminal
conda activate gmxMMPBSA
6. Perhitungan MMGBSA dengan cara Buat file dengan text editor dengan nama file mmpbsa.in
dalam folder kerja, selanjutnya isi teks mmpbsa.in yaitu seperti dibawah ini (21) (22):
Sample input file for GB calculation
#This input file is meant to show only that gmx_MMPBSA works. Although, we tried to use the
input files as recommended in the
#Amber manual, some parameters have been changed to perform more expensive calculations
in a reasonable amount of time. Feel free to change the parameters
#according to what is better for your system.

&general
sys_name="Prot-Lig-ST",
startframe=5,
endframe=14,
forcefields="oldff/leaprc.ff99SB,leaprc.gaff2"
/
&gb
igb=5, saltcon=0.150,
/

7. Buka Kembali Folder Ligand.acpype selanjutnya copy file “Ligand_bcc_gaff2.mol2” ke

tempat folder kerja
8. Pastikan file berikut sudah ada difolder kerja: mmpbsa.in, md.tpr, index, md_noPBC.xtc
dan Ligand_bcc_gaff2.mol2. Hitung nilai MMGBSA dengan perintah pada terminal:
gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_noPBC.xtc -lm Ligand_bcc_gaff2.mol2

5
9. Jika berhasil akan keluar tampilan seperti dibawah ini, Bagian Correlation dapat dicentang
atau tidak, selanjutnya klik Accept

10. Pada bagian Delta klik simbol > untuk melihat semua pilihan

5
11. Klik symbol ini untuk masing-masing hasil

5
12. Kembali pada folder kerja hasil perhitungan Molecular Mechanics Generalized Born Surface
Area (MMGBSA) dapat dilihat pada file FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat

5
5
13. Perhitungan Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MMPBSA) dengan cara
ubah nama folder kerja 3htb menjadi 3htb_gbsa, Copy langsung file tersebut selanjutnya
paste akan menghasilkan file dengan nama 3htb_gbsa (copy) ubah nama folder tersebut beri
nama 3htb_pbsa

14. Pada folder 3htb_pbsa buka file mmpbsa.in ubah script script tersebut menjadi:

Sample input file for PB calculation building the Amber topologies

from structures. Please refer to the section "How gmx_MMPBSA works"

&general
startframe=5, endframe=15, interval=5,
forcefields="oldff/leaprc.ff99SB,leaprc.gaff2"
/

&pb
istrng=0.15, fillratio=4.0
/

15. Jalankan perintah berikut pada terminal:

gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_noPBC.xtc -lm Ligand_bcc_gaff2.mol2

5
16. Interpretasi hasil MMPBSA seperti pada point 9 sampai 12. Kembali pada folder kerja hasil
perhitungan Molecular Mechanics Poisson–Boltzmann Surface Area (MMPBSA) dapat
dilihat pada file FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat

5
17. Isi file FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat dibuka dengan menggunakan Text Editor

6
6
Keterangan:

File FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat memiliki informasi statistik seperti energi rata-rata,

standar deviasi, dan kesalahan standar rata-rata Generalized Boltzmann (GB) dan Poisson
Boltzmann (PB). Singkatan yang terdapat dalam file tersebut yaitu:

 VDWAALS = Kontribusi van der Waals dari Molecular Mechanics (MM).

 EEL = energi elektrostatik yang dihitung oleh medan gaya MM.
 EPB/EGB = kontribusi elektrostatik terhadap energi bebas solvasi yang
dihitung masing-masing dengan PB atau GB.
 ECAVITY = kontribusi nonpolar terhadap energi bebas solvasi yang dihitung
dengan model empiris.
 Ikatan DELTA G = perkiraan energi bebas ikatan akhir yang dihitung dari persyaratan
di atas. (kKal/mol)
 Bond = Potensial Ikatan
 Angle = Potensial Sudut
 DIHED = Potensial Dihedral
 SD = Sample standard deviation
 SEM = Sample standard error of the mean
 SD(Prop.), SEM(Prop.) = SD and SEM diperoleh dari propagasi dari rumus. Propagasi
adalah efek dari ketidakpastian variabel (kesalahan/kesalahan acak) pada ketidakpastian
fungsi persamaan. Variabel dalam pengukuran eksperimental memiliki ketidakpastian
karena keterbatasan pengukuran seperti presisi instrumen atau kombinasi variabel
fungsi.
 ESURF = ENPOLAR + EDISPER
 EDISPER = Energy Dispersion

Nilai negative total binding free energy MMPBSA yaitu -9,05 kkal/mol dapat
disimpulkan kompleks protein-ligand yang yang terbentuk baik dalam pelarut air tetapi perlu
diingat bahwa hasilnya tidak sama dengan binding free energy yang sebenarnya karena tidak
memperhitungkan kontribusi entropi dalam sistem. Pendekatan GB memberikan binding
energy yang lebih rendah yaitu -24.74 kkal/mol menunjukkan hasil yang baik (8) (22).

gmx_MMPBSA membuat dan menghasilkan file yang berfungsi selama eksekusi script
yang dimulai dengan awalan _GMXMMPBSA_. Jika gmx_MMPBSA tidak berhasil
diselesaikan, beberapa file ini mungkin membantu dalam mendiagnosis masalah. Contoh file
yang dihasilkan yaitu:

 gmx_MMPBSA.log File ini berisi output yang berasal dari gmx_MMPBSA.

 leap.log File ini berisi output yang berasal dari program tleap.
 _GMXMMPBSA_gb.mdin File input yang mengontrol perhitungan GB pada sander
 _GMXMMPBSA_pb.mdin File input yang mengontrol perhitungan PB pada sander
 _GMXMMPBSA_gb_decomp_com.mdin File input yang mengontrol perhitungan
dekompilasi GB untuk kompleks yang dilakukan di sander.
 _GMXMMPBSA_cenptraj.in. Ini digunakan sebagai referensi untuk file
_GMXMMPBSA_ptrajentropy.in di atas.
 _GMXMMPBSA_complex_entropy.out File di mana hasil entropi dari analisis
_GMXMMPBSA_ptrajentropy.in pada kompleks.
 _GMXMMPBSA_receptor_entropy.out Sama diatas, tapi pada receptor
 _GMXMMPBSA_ligand_entropy.out Sama diatas, tetapi pada ligand.
 Dan lain-lain

6
 BAB VI Preparasi Input File Menggunakan CHARMM-GUI

CHARMM-GUI adalah website berbasis aplikasi yang menyediakan layanan preparasi input
file sistem biomolekuler kompleks untuk simulasi molekuler. CHARMM-GUI mampu membuat
file input untuk sejumlah software Molecular Dynamics (MD) seperti: CHARMM, NAMD,
GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond, OpenMM, dan CHARMM/OpenMM.
Kelebihan CHARMM-GUI yaitu menyediakan input file yang cepat dalam simulasi MD. Aplikasi
ini mampu memotong step preparasi input file yang rumit bagi pemula dalam simulasi MD.

1. Langkah awal penggunaan CHARMM-GUI adalah mendaftar di websitenya

http://www.charmm-gui.org terlebih dahulu dengan cara mengklik login

2. Selanjutnya klik Register

3. Isi data anda pada kotak, seperti nama lengkap, asal institusi dan email insitusi (tidak boleh
menggunakan email gmail, yahoo dan lain-lain)

6
4. Jika proses pendaftaran berhasil, password akan dikirimkan via email. Akses link berikut
untuk login https:// www.charmm-gui.org/?doc=sign isi email dan password yang
dikirim via email.

5. Klik Solution Builder

6. Masukkan kode pdb yang akan dilakukan simulasi, selanjutnya klik Next Step, PDB
ID yang digunakan dalam simulasi ini adalah 3htb.

6
7. Centang Protein (PROA) dan Hetero (ligand kode JZ4), selanjutnya klik Next Step

8. Klik Use Antechamber to generate CHARMM and par files selanjutnya klik the SDF file
from RCSB, klik Next Step

9. Ubah ionisasi dari KCL menjadi NaCl klik Add Simple Ion Type

6
10. Delete KCl dengan cara klik simbol (-)

11. Klik Calculate Solvent Composition, selanjutnya klik Next Step

12. Pada system Size, langsung klik Next Step

13. Pada Bagian Force Field Options pilih Amber, Pastikan Hydrogen mass repartitioning
tercentang dan Gromacs tercentang, pilih NPT Ensamble, Temperature 310 K, klik
Next Step.

6
14. Download input file dengan mengklik download.tgz

15. Extract file dengan nama charmm-gui.tgz tersebut. Jika berhasil di ekstrak akan muncul
tampilan seperti dibawah ini, selanjutnya buka folder gromacs

16. Folder gromacs berisi file dengan format .mdp dapat diubah dan disesuaikan nsteps
(lama simulasi), ref_t (suhu dalam kelvin). Secara manual simulasi dilakukan dalam 1 ns

6
17. Buka terminal jalankan perintah minimisasi berikut:
gmx grompp -f step4.0_minimization.mdp -o step4.0_minimization.tpr -c step3_input.gro -r
step3_input.gro -p topol.top -n index.ndx -maxwarn -1
(Perintah diatas ini diketik dalam satu baris text editor selanjutnya dari text editor di copy
lalu di paste di terminal) selanjutnya ketik di terminal:
gmx mdrun -v -deffnm step4.0_minimization
18. Tahap ekuilibrasi yaitu dengan menginput perintah berikut di terminal:
gmx grompp -f step4.1_equilibration.mdp -o step4.1_equilibration.tpr -c step4.0_minimization.gro -r
step3_input.gro -p topol.top -n index.ndx
(Perintah diatas ini diketik dalam satu baris text editor selanjutnya dari text editor di copy lalu
di paste di terminal) selanjutnya ketik di terminal:
gmx mdrun -v -deffnm step4.1_equilibration
19. Tahap Produksi Simulasi Molecular Dynamics yaitu
gmx grompp -f step5_production.mdp -o step5_1.tpr -c step4.1_equilibration.gro -p topol.top -n index.ndx
(Perintah diatas ini diketik dalam satu baris di terminal) selanjutnya ketik di terminal:
gmx mdrun -v -deffnm step5_1
20. Analisis Hasil RMSD
a. Penyiapan file trajectory untuk analisis:
gmx trjconv -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -o analisis.xtc -pbc mol -ur compact

b. Pilih "System” dengan cara ketik perintah angka (nol) diterminal:

0
c. Analisis RMSD sistem:
gmx rms -s step5_1.tpr -f analisis.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

d. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Backbone”:

4
e. Selanjutnya ketik angka empat, pilih “Backbone” lagi
4
f. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsd.xvg

6
 g. Jika ingin memvisualisasikan RMSD Protein-Ligand yaitu dengan
gmx rms -s step5_1.tpr -f analisis.xtc -o rmsd_pro_lig.xvg -tu ns
h. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Protein”:
1
i. Selanjutnya ketik angka empat, pilih ligand “JZ4”
13
j. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsd_pro_lig.xvg

21. Analisis Hasil RMSF

a. Analisis RMSF sistem tiap Atom:
gmx rmsf -s step5_1.tpr -f analisis.xtc -o rmsf_atom.xvg

b. Ketik angka empat pada terminal untuk memilih “Backbone”:

4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsf_atom.xvg

6
 d. Analisis RMSF sistem tiap Residu:
gmx rmsf -s step5_1.tpr -f analisis.xtc -res -o rmsf_rec.xvg
e. Ketik perintah diterminal untuk memilih “Backbone”:
4
f. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace rmsf_rec.xvg

22. Penentuan Radyus of gyration

a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx gyrate -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -o gyration.xvg
b. Ketik perintah diterminal untuk memilih “Backbone”:
4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini di terminal:
xmgrace gyration.xvg

7
23. Penentuan Solvent-Accessible Surface Area (SASA)
a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx sasa -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -o sasa.xvg
b. Ketik perintah diterminal untuk memilih “Backbone”:
4
c. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini
di terminal:
xmgrace sasa.xvg

24. Penentuan ikatan Hidrogen

a. Pada terminal input perintah berikut:
gmx hbond -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -num hbond.xvg
Ketik perintah diterminal untuk memilih grup “Protein”:
1
Ketik perintah diterminal untuk memilih grup “Ligand (LIG)”:
13
b. Visualisasi dengan menggunakan grace dengan mengetikkan perintah ini
di terminal:
xmgrace hbond.xvg

7
25. Visualisasi Hasil Simulasi MD dengan Chimera
a. Dibuat file pdb hasil simulasi melalui terminal:
gmx editconf -f step5_1.gro -o MD_visual.pdb
b. Selanjutnya File PDB (MD_visual.pdb) yang diperoleh dapat divisualisasi
lebih lanjut menggunakan aplikasi seperti chimera.
c. Klik File> Open > MD_visual.pdb
d. Klik Presets > Interactive 1 (Ribbons)
e. Klik Presets > Publication 3

f. Visualisasikan fokus ke ligand dengan cara

g. Select > Residu > JZ4
h. Actions > Focus
i. Actions > Color > Red

7
 Biodata Penulis

apt. Purnawan Pontana Putra, M.Si, merupakan Dosen Bidang Kimia Farmasi Fakultas
Farmasi Universitas Andalas. Menyelesaikan Sarjana S1 dan Apoteker pada Tahun 2015 di
Universitas Hasanuddin Makassar. Pada tahun 2017 menyelesaikan Magister Farmasinya
di Sekolah Farmasi, Institut Teknologi Bandung bidang Farmakokimia. Pernah menjadi
staff pengajar di Universitas Singaperbangsa Karawang Pada Tahun 2017-2019 dan
Menjadi Staf Pengajar di Universitas Andalas Pada Tahun 2019. Sehari-hari menjadi Staf
pengajar mata kuliah Kimia Medisinal, Kimia Analisis Dasar dan Kimia Farmasi
Kualitatif. Memiliki minat penelitian dibidang Kimia Medisinal, Cloud Computing, dan
Kimia Komputasi. Penulis aktif menjadi Reviewer dan Editor pada Jurnal Nasional dan
Internasional. Memiliki akun Youtube dengan nama akun “Purnawan Pontana Putra” dan
github (https://github.com/purnawanpp). Penulis dapat dihubungi pada email:
purnawanpp@phar.unand.ac.id

apt. Junaidin, M.Si, merupakan staf Dosen Bidang Kimia Farmasi dan Sains Fakultas
Farmasi Universitas Muhammadiyah A.R. Fachruddin Tangerang. Penulis menyelesaikan
S1 dan Apoteker nya pada tahun 2016 di Universitas Islam Indonesia Yogyakarta. Pada
Tahun 2018, menyelesaikan Pendidikan Magister Farmasinya di Sekolah Farmasi, Institut
Teknologi Bandung. Mulai Aktif menjadi pengajar pada tahun 2018 dengan konsentrasi
keilmuan pada bidang kimia medisinal dan kimia komputasi yang fokus pada
pengembangan obat berbasiskan komputer (Computer-aided drug design). Penulis juga
aktif menjadi Reviewer, Editor, dan pengelolah di beberapa jurnal ilmiah. Penulis dapat
dihubungi pada email: junaidinfarm03@gmail.com.

7
 Daftar Pustaka

1. Hollingsworth SA, Dror RO, Physiology C, Engineering M. Molecular Dynemic Simulation

for All. 2019;99(6):1129–43.
2. Spoel DVANDER, Lindahl E, Hess B, Groenhof G. GROMACS: Fast, Flexible, and Free.
2005;
3. D.A. Case, H.M. Aktulga, K. Belfon, I.Y. Ben-Shalom, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E.
Cheatham, III, G.A. Cisneros, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, G. Giambasu,
M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, R. Harris, S. Izadi, S.A. Izmailov, C. Jin, K. Ka and
PAK. Amber 2021. Univ California, San Fr. 2021;
4. Attribution-sharealike CC, License I. AMBER Simulation Guide. 2020;
5. Coutsias EA, Wester MJ. RMSD and Symmetry. 2019;
6. Vassetti D, Pagliai M, Procacci P. Assessment of GAFF2 and OPLS-AA General Force Fields
in Combination with the Water Models TIP3P, SPCE, and OPC3 for the Solvation Free
Energy of Druglike Organic Molecules. J Chem Theory Comput. 2019;15(3):1983–95.
7. Sousa Da Silva AW, Vranken WF. ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE. BMC
Res Notes. 2012;5.
8. Valdés-Tresanco MS, Valdés-Tresanco ME, Valiente PA, Moreno E. gmx_MMPBSA
Documentation [Internet]. 2021. Available from: https://valdes-tresanco-
ms.github.io/gmx_MMPBSA/introduction/
9. Wang C, Greene D, Xiao L, Qi R, Luo R. Recent developments and applications of the
MMPBSA method. Front Mol Biosci. 2018;4(JAN).
10. Genheden S, Ryde U. The MM/PBSA and MM/GBSA methods to estimate ligand-binding
affinities. Expert Opin Drug Discov. 2015;10(5):449–61.
11. Ali S, Hassan M, Islam A, Ahmad F. A Review of Methods Available to Estimate Solvent-
Accessible Surface Areas of Soluble Proteins in the Folded and Unfolded States. Curr Protein
Pept Sci. 2014;15(5):456–76.
12. Anwar N, Najam FA. Understanding Cross-Sections. Struct Cross Sect. 2017;39–136.
13. Hubbard RE, Kamran Haider M. Hydrogen Bonds in Proteins: Role and Strength. eLS. 2010;
14. Hornak V, Abel R, Okur A, Strockbine B, Roitberg A, Simmerling C. Comparison of multiple
amber force fields and development of improved protein backbone parameters. Proteins
Struct Funct Genet. 2006;65(3):712–25.
15. Lemkul JA. Pairwise-additive and polarizable atomistic force fields for molecular dynamics
simulations of proteins. Prog Mol Biol Transl Sci. 2020;170:1–71.

7
16. Abraham MJ, Murtola T, Schulz R, Páll S, Smith JC, Hess B, et al. Gromacs: High
performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to
supercomputers. SoftwareX. 2015;1–2:19–25.
17. Lemkul JA. GROMACS Tutorial Protein-Ligand Complex [Internet]. 2018. Available from:
http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html
18. Junaidin J. Protokol Moleculer Dynamic Simulation Menggunakan Software GROMACS.
Sekolah Tinggi Farmasi Muhammadiyah Tangerang; 2020. 26 p.
19. Lindorff-Larsen K, Piana S, Palmo K, Maragakis P, Klepeis JL, Dror RO, et al. Improved
side- chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field. Proteins Struct Funct
Bioinforma. 2010;78(8):1950–8.
20. Wang J, Wolf RM, Caldwell JW, Kollman PA, Case DA. Development and testing of a
general Amber force field. J Comput Chem. 2004;25(9):1157–74.
21. Valdés-Tresanco MS, Valdés-Tresanco ME, Valiente PA, Moreno E. Gmx_MMPBSA: A New
Tool to Perform End-State Free Energy Calculations Valdés-Tresanco, M. S., Valdés-
Tresanco,
M. E., Valiente, P. A., & Moreno, E. (2021). Gmx_MMPBSA: A New Tool to Perform End-
State Free Energy Calculations with GROMACS. Journal of Chemic. J Chem Theory
Comput. 2021;17(10):6281–91.
22. Miller BR, McGee TD, Swails JM, Homeyer N, Gohlke H, Roitberg AE. MMPBSA.py: An
efficient program for end-state free energy calculations. J Chem Theory Comput.
2012;8(9):3314–21.

7
76