ABSTRAK:

Antidiabetes adalah obat-obatan yang digunakan pada diabetes mengobati diabetes mellitus dengan mengubah
kadar glukosa dalam darah. Dengan pengecualian insulin, sebagian besar agonis reseptor GLP, dan
pramlintide, semuanya diberikan secara oral dan dengan demikian juga disebut agen hipoglikemik oral atau
agen antihiperglikemik oral.. Sinamaldehid merupakan senyawa yang mempunyai gugus fungsi aldehid
dan alkena terkonjugasi cincin benzene. Senyawa turunan sinamaldehid, yaitu asam sinamat disintetis
menjadi etil sinamat yang berpotensi sebagai antidiabetes. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui
efektivitas senyawa sintetis etil sinamat yang memiliki potensi untuk antidiabetes terhadap target protein
1KNU yaitu Peroxixme proliferator-activated receptor gamma (PPAR-γ), Senyawa etil sinamat
yang digunakan sebagai ligan utama dari sinamaldehid kemudian dibandingkan dengan receptor 1KNU
yang telah diketahui menggunakan metode in silico dengan molecular docking. Molecular docking secara
in silico dilakukan dengan beberapa tahapan seperti validasi metode, optimasi struktur senyawa Etil
sinamat 3D, dan docking antara senyawa Etil sinamat teroptimasi dengan protein target yang mengacu
pada parameter energi ikatan dimana semakin rendah nilai energi ikatan maka semakin kuat dan stabil
ikatan yang terjadi antara senyawa Etil sinamat dengan protein 1KNU. Diperoleh hasil docking berupa
energi ikatan senyawa Etil sinamat dengan protein 1KNU yaitu -6,53 kkal/mol, sedangkan energi ikatan
native ligand dengan protein 1KNU adalah -10,21 kkal/mol. Energi ikatan tersebut menunjukkan bahwa
senyawa Etil sinamat meskipun nilai ikatan energi dari etil sinamat lebih besar dari nilai energi
ikatan 1KNU, ternyata senyawa etil sinamat dapat berinteraksi dengan reseptor.

Kata Kunci : Antidiabetes, Etil Sinamat, Ligan, Protein.

 ABSTRACT

Antidiabetics are drugs used in diabetes mellitus by changing the level of glucose in the blood.
With insulin receptors, most GLP agonists, and pramlintide are all administered orally and are
thus also called oral hypoglycemic agents or oral antihyperglycemic agents. Cinnamaldehyde is a
compound having an aldehyde functional group and an alkene conjugated to a benzene ring.
Cinnamaldehyde derivative compounds, namely synthesized cinnamic acid which has the
potential as antidiabetic. The purpose of this study was to determine the effectiveness of
synthetic ethyl cinnamate which has the potential for antidiabetic against 1KNU target protein,
namely Peroxixme proliferator-activated receptor gamma (PPAR-γ). in silico method with
molecular docking. Molecular docking in silico was carried out in several stages such as
validation, optimization of the structure of the 3D Ethyl cinnamate compound, and docking
between the optimized Ethyl cinnamate compound of the target protein which refers to the
energy parameter which increases the energy so strongly and stably that occurs between the
Ethyl cinnamate compound and 1KNU protein. The docking results obtained in the form of
binding energy of the Ethyl cinnamate compound with 1KNU protein, which is -6.53 kcal/mol,
while the native ligand energy with 1KNU protein is -10.21 kcal/mol. The energy indicates that
the ethyl cinnamate compound although the energy value of ethyl cinnamate is greater than the
energy value of 1KNU, the ethyl cinnamate compound actually interacts with the receptor.

Keywords: Antidiabetic, Ethyl Cinnamate, Ligand, Protein.

METODE:

Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain perangkat keras dan lunak, perangkat
keras berupa komputer dengan informating system Windows 10 Pro System type 64-bit (10.0,build
19042) Device name DESKTOP-BLFKVS3H, Processor AMD 3020e with Radeon Graphics 1.20 GHz
Installed RAM 8,00 GB (5,88 GB usable). Perangkat lunak yang digunakan berupa Software Autodock
tool, Molegro molecular viewer, Discovery studio 2020 client, CADD-1.5.6, Marvinsketch. Web ADMET,
lipinski's rule of five. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah senyawa utama hasil sintetis
sinamaldehid yaitu Etil sinamat.

Preparasi Senyawa Ligan

Ligan Etil sinamat Digambar dengan Program MarvinSketch, lalu Struktur Etil sinamat dibuat protonasi
pada pH 7,4 disesuaikan dengan pH tubuh. Kemudian Etil sinamat dilakukan Conformational search agar
mendapatkan hasil dari struktur myricetin yang stabil digunakan sebagai ligan untuk di ujikan.
(Ruswanto, 2015).

Preparasi Reseptor
 Reseptor yang digunakan pada penelitian ini di unduh dari situs Protein Data Bank (PDB) pada
alamat http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do. (ID: 1KNU) yaitu Peroxixme proliferator-
activated receptor gamma (PPAR-γ), Reseptor yang digunakan merupakan reseptor mekanisme kerja
dari sebagai target antidiabetes yang sudah ada. Protein dan ligan di preparasi dengan menggunkan
software MMV dengan memisahkan kandungan air selanjutnya memisahkan ligan dan protein. Lalu
protein dan ligan ditambahkan Hidrogen dan muatan dengan menggunakan software Discovery Studio
2020 Client (Ruswanto et al., 2018c).

Moleculer Docking

Docking dilakukan dengan bantuan perangkat lunak moleculer docking Autodock 4.2
Protein Peroxixme proliferator-activated receptor gamma (PPAR-γ) dan ligan Etil sinamat
dimasukan kedalam perangkat lunak Autodock 4.2 dan dijalankan perangkatnya. Hasilnya
disimpan dalam bentuk file pdb. Hasil docking ligan dan protein dianalisis dan divisualisasikan
dengan bantuan perangkat lunak Discovery Studio 4.1. Analisis yang dikaji adalah residu asam
amino, ikatan hidrogen serta energi ikatan yang terbentuk antara ligan dan protein.

Validasi Docking

Validasi Docking reseptor Validasi dengan program autodock digunakan sebagai docking untuk
memvalidasi reseptor dengan CC1_150 sebagai ligan alaminya. Protein dan ligan dimasukan ke
Autodocktool untuk dibuat grid box, setelah di buat grid box reseptor setelah itu protein dan ligan di
dockingkan dengan menjalankan search genetic algorithm 100 run dengan menggunakan Command
prompt (CMD) untuk melihat proses docking validasi dilihat dengan menggunakan Notepad ++.
(Ruswanto, 2015) Prediksi senyawa ligan dengan aturan Lipinski's Rule of Five ligan yang terkandung
dalam daun kelor yaitu myricetin di prediksi dengan menggunakan aturan website:
http://www.scfbioiitd.res.in/software/drugd esign/lipinski. Digunakan sebagai aturan menurut Lipinski's
Rule of Five. Prediksi aspek ADMET Aspek Farmakokinetik dan Toksisitas dilakukan melalui program
pkCSM dengan memasukkan senyawa ligan ke website http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/prediction.

PEMBAHASAN :

Senyawa Etil Sinamat dipilih untuk studi in silico terhadap reseptor Peroxixme
proliferator-activated receptor gamma (PPAR-γ). Reseptor Peroxixme proliferator-activated
receptor gamma (PPAR-γ) (PDB ID: 1KNU) dipilih pada penelitian ini berdasarkan yang sudah
ada dalam organisme Homo sapiens dan metode yang digunakan adalah metode difraksi sinar-x.
Struktur yang dibuat dengan metode ini memiliki resolusi 2,50 A yang merupakan nilai yang
baik. Nilai R bebas yang dimiliki sebesar 0,264, dan nilai R kerja sebesar 0,224. Nilai ini sendiri
dapat digunakan sebagai faktor dalam mengevaluasi kualitas kristal molekul, nilai R kerja juga
dapat digunakan untuk mengukur deviasi antara intensitas pola difraksi yang diamati dan
intensitas prediksi model yang dihitung (Rendi et al., 2021).
Penelitian docking ini dilakukan menggunakan perangkat lunak Autodock versi 4.2
Penelitian ini dimulai dengan tahap preparasi ligan bertujuan untuk menyesuaikan ligan dengan
kondisi yang akan dijadikan target yaitu reseptor dengan darah tubuh manusia. Pada prosesnya
dibuat terlebih dahulu struktur 2D senyawa uji dalam software MarvinSketch. Setelah itu
dilakukan optimasi geometri pada pH 7,4. Setelah itu, dilakukan konformasi suatu molekul
(Conformational search) untuk mendapatkan konformasi molekul yang stabil sehingga
didapatkan energi potensial yang rendah (Ruswanto et al., 2019).
Hasil yang didapatkan setelah di dockingkan yaitu Interaksi antar ligand-protein
ditemukan terdapat 3 ikatan hidrogen yaitu pada residu asam amino HIS323, HIS449 dan
SER289 (Gambar 1 dan Tabel 1). Selain itu ditemukan 11 residu asam amino yaitu LEU330,
MET364, TYR327, GLN286, PHE282, LUE453, LEU465, LEU469, LYS367, ILE326, dan
GLN286 (Gambar 1). Terdapat ikatan hydropobik yang terbentuk pada residu asam amino
(Gambar 2, Tabel 2). Energi yang terbentuk ikatan antara ethyl sinamat dengan Peroxixme
proliferator-activated receptor gamma (PPAR-γ) sebesar – 6.53 kcal/mol.

Gambar 1. Interaksi antara Etil Sinamat dan Peroxixme proliferator-activated receptor gamma
(PPAR-γ). a. interaksi ligan dan protein, b. interaksi struktur 3D

Dasar yang digunakan untuk memberikan penilaian adalah nilai RMSD. Nilai RMSD
dikatakan baik jika kurang dari 2. Berdasarkan hasil docking yang dilakukan didapatkan hasil
yang baik, karena parameter docking yang digunakan memenuhi syarat validitas metode docking
sehingga dapat dilakukan metode docking dengan senyawa uji. 1KNU memiliki nilai RMSD
yang cukup baik yaitu 1,83 hal ini memenuhi syarat karena nilai RMSD yang baik yaitu dibawah
2. Semakin kecil nilai RMSD maka posisi ligan copy akan semakin mendekati ligan aslinya
sehingga akan menjadi lebih baik pada metode yang digunakan (Ruswanto et al., 2018b).
Berdasarkan hasil docking antara senyawa dengan reseptor diperoleh konformasi senyawa
dengan energi terkecil. Binding afinity merupakan ukuran kemampuan obat untuk berikatan pada
reseptor. Ikatan kovalen menghasilkan afinitas kuat, interaksi stabil dan ireversibel. Ikatan
elektrostatik bisa menghasilkan afinitas kuat atau lemah, biasanya bersifat reversibel. Semakin
kecil nilai binding afinity maka afinitas antara reseptor dengan senyawa semakin tinggi begitu
pula sebaliknya semakin besar nilai binding afinity maka afinitas antara reseptor dengan senyawa
semakin rendah (Ruswanto, 2015).

Tabel. 1 Hasil Docking Ligan Uji Pada Reseptor

No Senyawa Run Binding Afinity Hydrogen Bond

(kkal/mol)
1 1KNU 6 -10,21 LEU435, LEU432, ASP441,
LYS434, THR440, ALA 433
2 Etil Sinamat 2 -6,53 LYS367

Berdasarkan data hasil docking ligan dengan reseptor diperoleh konformasi ligan energi
terkecil dapat dilihat pada (Tabel 1). Pada reseptor 1KNU nilai ∆G pada senyawa etil sinamat
adalah -6,53 kkal/mol dan nilai ∆G senyawa penbanding alami adalah -10,21 kkal/mol.
Meskipun nilai ikatan energi dari etil sinamat lebih besar dari nilai energi ikatan 1KNU, ternyata
senyawa etil sinamat dapat berinteraksi dengan reseptor dapat dilihat pada (gambar 1b). semakin
banyak ikatan ligan dengan asam amino reseptor maka semakin dekat jarak antara ikatan, maka
ikatan yang dihasilkan akan semakin stabil (kuat) dan baik. Adanya ikatan hidrogen dapat
mempengaruhi sifat fisika kimia obat sehingga berperan penting terhadap aktivitas biologis obat
(Ruswanto et al., 2019).

Tabel. 2 Data Lipinski’s rule of five ligan

No Nama Senyawa Drug Scan

Berat Donor Akseptor Log P Refractory
 Molekul Proton Proton Molar
<500 <5 <10 <5 40-130
g/mol
1 Etil sinamat 176.215 0 2 2.2629 77.145782

Kemudian dilakukan pengujian terhadap ligan Lipinski’s rule of five yang bertujuan
sebagai perancangan suatu molekul obat untuk menemukan senyawa obat baru yang dapat
berinteraksi secara efektif terhadap reseptor target agar dapat menimbulkan aktivitas biologi.
Aturan ini menjelaskan sifat molekul penting bagi farmakokinetik obat dalam tubuh manusia,
termasuk penyerapan distribusi, metabolisme dan ekskresi (Lipinski, 2009).
Analisis pengamatan obat dilakukan dengan memperhatikan the rule of good medicine
(Lipinski’s rule of five) dan bioavaibilitas oral dari ligan berat molekul <500 g/mol sehingga
senyawa akan mudah diabsorpsi. Log P <5 berhubungan dengan lipofilitas atau hidrofobisitas
molekul obat yaitu kemampuan suatu senyawa kimia untuk larut dalam lemak, minyak, lipid,
atau pelarut non polar. Donor ikatan hidrogen <5 dan aseptor ikatan hidrogen <10 berhubungan
dengan aktivitas biologis dari molekul obat. Refractory molar antara 40-130 dimana nilai ini
merupakan ukuran nilai total polarisabilitas dari molekul obat (Ruswanto et al., 2019). Dari hasil
skrining Lipinski's rule of five Ligan etil sinamat sebagai senyawa uji tersebut pada Tabel 2
menunjukkan bahwa senyawa etil sinamat memenuhi lima kriteria Rule of Five, sehingga
kemungkinan aktif secara klinik bila diberikan secara oral karena absorbsinya yang baik.
Untuk menganalisis senyawa etil sinamat sebagai obat antidiabetes, kami telah
mengevaluasi toksisitas dengan alat pkCSM. Hasil dari pkCSM menunjukkan bahwa kelarutan
dalam air suatu senyawa didapatkan hasil -2,236. Kemudian untuk Permeabilitas Caco2 temasuk
tinggi karena mempunyai nilai lebih dari > 0,90 yaitu sebesar 1,777. Pada penyerapan usus
(manusia) menunjukkan senyawa diserap karena didapat hasil lebih dari 30% yaitu 96,383%.
Pada permeabilitas kulit didapat hasil -1,614 menunjukkan permeabilitas rendah karena memiliki
nilai > -2,5. Peremabilitas BBB didapat nilai 0,256 termasuk baik didistribusikan ke otak karena
> -1.

Tabel 3. Hasil Prediksi Toksisitas dari senyawa Uji

Nama Senyawa Ames Test Carcino test
Oral Rat Acute Oral Rat Chronic
Toxicity (LD50) Toxicity (LOAEL)
 Etil Sinamat Non Mutagen 1.789 2.218

Uji toksisitas dilakukan dengan menggunakan program berbasis web sama dengan program
yang digunakan pada uji ADME yaitu PreADMET yang bertujuan untuk mengetahui ada atau
tidaknya efek toksisitas dari senyawa uji. Parameter yang digunakan untuk uji toksisitas ini yaitu
Ames Test. Berdasarkan hasil dapat diketahui bahwa toksisitas dari senyawa acetogenins non
mutagen, terdapat karsinogenik terhadap tikus.

KESIMPULAN
Senyawa etil sinamat yang didapat dari hasil sintetis sinamaldehid sebagai antidiabetes
dengan protein target 1KNU (Proliferator-Activated Receptor Gamma) didapatkan hasil validasi
∆G -10,21 kkal/mol dan docking dengan senyawa etil sinamat dengan nilai afinitas ∆G sebesar
-6,53 kkal/mol, hasi tersebut menunjukkan bahwa senyawa etil sinamat berinteraksi lebih rendah
dengan senyawa pembandingnya. Namun, meskipun nilai ∆G senyawa etil sinamat lebih besar
tapi etil sinamat memiliki aktivitas pada reseptor target.
 DAFTAR PUSTAKA

Lipinski CA (December 2004). Drug Discovery Today 1(4): 337-341.

doi:10.1016/j.ddtec.2004.11.007

Ruswanto, Rahayuningsih, N., Hidayati, N. L. D., Nuryani, G. S., & Mardianingrum2, R. (2019).
Uji In Vitro dan Studi In Silico Senyawa Turunan N ’ -Benzoylisonicotinohydrazide
sebagai Kandidat Antituberkulosis ( In Vitro and In Silico Study of N ’
-Benzoylisonicotinohydrazide as Antituberculosis Candidate ). Jurnal ILmu Kefarmasian
Indonesia, 17(2), 218–226.
Ruswanto, R. (2015). Molecular Docking Empat Turunan Isonicotinohydrazide Pada
Mycobacterium Tuberculosis Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (Inha). Jurnal
Kesehatan Bakti Tunas Husada: Jurnal Ilmu-Ilmu Keperawatan, Analis Kesehatan Dan
Farmasi, 13(1), 135–141. Https://Doi.Org/10.36465/Jkbth.V13i1.25
Ruswanto, R., Garna, I. M., Tuslinah, L., Mardianingrum, R., Lestari, T., & Nofianti, T. (2018).
Kuersetin, Penghambat Uridin 5-Monofosfat Sintase Sebagai Kandidat Anti-kanker. ALCHEMY
Jurnal Penelitian Kimia, 14(2), 236.