LAPORAN PRAKTIKUM

SISTEMATIKA MIKROBIOLOGI

ACARA 6

KLASIFIKASI MOLEKULER FILOGENETIK BERDASARKAN GEN 16S

rRNA

Disusun oleh :

Nama Lengkap /NIM : Yunita Dwi Lestari /2008016008

Kelompok Praktikum / Kelas : Kelompok 2 / Bio 5A

Nama Asisten : Aisyah Chofifawati

Nama Dosen : Andang Syaifudin. M.Si

PROGRAM STUDI BIOLOGI

LABORATURIUM MIKROBIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI WALISONGO

SEMARANG

2022
A. LATAR BELAKANG

Filogeni adalah salah satu metode yang paling umum digunakan dalam
sistematika mikrobia untuk memahami keberagaman jenis hayati melalui rekonstruksi
hubungan filogenetik . Dengan adanya perkembangan pesat didalam biologi
molekuler, data sekuens DNA sekarang ini dipergunakan dalam berbagai studi
pembelajaran filogenetik untuk memberikan informasi yang lebih tepat (Topik
hidayat, 2008). Dalam ilmu kehidupan biologi, filogeni memainkan peranan penting
dalam mengkarakterisasi suatu organisme dan pada saat yang sama memberikan juga
informasi pengetahuan untuk memahami keanekaragaman. Pada dasarnya, tujuan
sistematis adalah untuk memahami dan menggambarkan keanekaragaman hayati dan
merekonstruksi hubungannya dengan organisme lain (Gravendeel 2000). Oleh karena
itu, salah satu tugas utama filogenetik adalah merekonstruksi hubungan evolusioner
dari kelompok organisme. Hubungan evolusioner yang direkonstruksi dengan baik
menjadi dasar untuk studi perbandingan di bidang ekologi dan biogeografi.

Ide dasar pemanfaatan sekuens dari DNA dalam pembelajaran filogenetik

adalah bahwa basa nukleotida selalu berubah seiring berjalannya waktu, oleh
karenanya memperkirakan laju evolusi yang telah terjadi, dan menyediakan hubungan
antara satu kelompok dari organisme satu dengan organisme yang lain (Topik hidayat,
2008). Beberapa alasan pemanfaatan sekuens DNA menurut Hillis et al. 1996,yaitu
(1) DNA merupakan unit dasar informasi yangmengkode organisme, (2) lebih
memudahkan dalammengekstrak dan menggabungkan informasi menge-nai proses
evolusi suatu kelompok organisme, sehing-ga mudah untuk dianalisis, (3)
memudahkan dalampembuatan model dari peristiwa evolusi secara kom-paratif, dan
(4) menghasilkan informasi yang banyakdan beragam, dengan demikian akan ada
banyak bukti tentang kebenaran suatu hubungan filogenetika.

Urutan asam amino dan analisis filogenetik dari protein biasanyamenghasilkan

wilayah kunci dalam analisis urutan. Selain itu, Filogeni memungkinkan Anda
menganalisis perubahan yang terjadi dalam evolusi organisme berbeda. Jika keluarga
gen ditemukan di organisme atau kelompok organisme, hubungan filogenetik antara
gen dapat memprediksi bagaimana memiliki fungsi yang setara. Prediksi fungsional
ini dapat diuji dengan eksperimen gen. Analisis filogenetik juga telah digunakan
untuk melacak spesies yang cepat berubah spesies, seperti virus (mcdonald dan
kreitman,1991).oleh karena itu untuk dapat mempelajari lebih lanjut mengenai
klasifikasi filogenetik berdasarkan gen 16S rRNA ini perlu dilakukan pengkajian
lebih mendalam dengan dilakukannya praktikum ini untuk dapat mengembangkan
pemahaman informasi baru bagi setiap mahasiswa dan juga klasifikasi berdasarkan
gen 16S rRNA ini mempunyai keuntungan dimana waktu praktik yang singkat dan
tingginya tingkat akurasi dan keefektifan dalam kajian klasifikasi (Akihary &
Kolondam, 2020).

B. TUJUAN
1. Untuk dapat melakukan identifikasi mikroorganisme menggunakan klasifikasi
molekuler filogenetik yang berdasarkan gen 16S rRNA

C. ALAT DAN BAHAN

Pada praktikum klasifikasi molekuler filogenetik berdasarkan gen 16S rRNA
alat yang digunakan berupa laptop yang terinstal aplikasi Bio Edit,clustalx , MEGA,
dan beberapa aplikasi pendukung lainnya.

D. PROSEDUR KERJA

Pada praktikum yang dilakukan langkah pertama adalah persiapan data

(pencarian data molekuler ) menggunakan urutan sekuens nukleotida/asam amino
dengan mengunduh dari internet melalui GenkBank. Pada GenkBank cari sekuens
DNA berdasarkan nama gen,spesies, pemilik gen atau accession number pada kolom
search. Pada praktikum ini persiapan data berfokus pada pencarian menu
nucleotida,protein dan genom dengan membuka situs www.ncbi.nlm.nih.gov.
Kemudian Klik [all database] dan ubah ke nucleotide dengan 7 code :
➢ LC666913.1 → rename Strain 1
➢ LC682613.1 → rename Strain 2
➢ X67464.1 → rename Strain 3
➢ KC484945.1 → rename Strain 4
➢ HG326187.1 → rename Strain 5
➢ NZ_VCHQ01000081.1 → rename Strain 6
➢ MZ447508 → rename Strain 7
Setelah itu data yang muncul disimpn bentuk FASTA file
 Kemudian langkah kedua dengan pembuatan pohon filogenik menggunakan
aplikasi MEGA, dengan cara membuka program MEGA kemudian klik aligment dan
edit, kemudian klik Create a new alignment klik DNA kemudian Klik Edit lalu insert
sequence from file dan masukkan semua file Fasta

Kemudian Pada sequence 8 dihapus karena kosong dengan cara klik kanan delete lalu
Klik salah satu basa dengan klik ctrl+A lalu Klik alignment dilanjutkan dengan align
by Clustalx kemudian Hapus basa yang tidak rapi dengan klik kanan dan klik shift
lalu Klik phylogeny kemudian konstruk neighborjoining tree dan klik yes, Ubah Test
Phylogeni dengan memilih menu Bootsrap method dan Bootstrap replication 1000.
Ubah substitution method lalu Kimura2 Parameter kemudian Klik Compute dan
Lihat hasil yang terbentuk kemudian Simpan File dengan cara Save as dan beri Nama
simpan Gambar dengan Klik image dan terakhir save as PNG

E. HASIL PENGAMATAN
Gambar 1. Dendogram PhyloAnalysis

69 Strain 5
67
Strain 4
Strain 3
Strain 6
92 Strain 7
Strain 2
90 Strain 1

F. PEMBAHASAN

Taksonomi Secara umum merupakan cabang ilmu biologi yang menelaah

penamaan,pencirian serta pengelompokan makhluk hidup dengan berdasarkan
persamaan dan perbedaan sifat yang dimilikinya. Dalam taksonomi molekuler
terdapat filogenetika molekuler yang secara umum merupakan cabang ilmu dari
filogeni yang menganalisis perbedaan molekull genetik yang dapat diturunkan
terutama dalam urutan dna,untuk mendapatkan informasi mengenai hubungan evolusi
organisme.
Pada praktikum ini dilakukan dengan berdasarkan pada gen 16S rRNA,
perbandingan sekuens gen 16S rRNA dapat membedakan organisme pada level genus
dari semua strain bakteri utama dengan tujuan untuk mengklasifikasikan strain pada
berbagai level, seperti level spesies dan subspesies (Clarridge 2004). Gen yang
mengkode rRNA difungsikan sebagai media untuk menentukan taksonomi, filogeni
(hubungan evolusioner), dan untuk memperkirakan tingkat divergensi spesies antar
bakteri. Membandingkan urutan rRNA dapat mengungkapkan hubungan evolusioner
antara organisme (Rinanda, 2011). Urutan gen RNA 16Sr juga telah ditentukan pada
tingkat regangan untuk banyak spesies bakteri. Genbank, database urutan nukleotida
terbesar, berisi lebih dari 20 juta urutan, di mana lebih dari 90.000 adalah gen 16S
rRNA. Ini berarti bahwa banyak sekuens yang dikonservasi untuk dibandingkan
dengan sekuens parental yang tidak teridentifikasi (Clarridge, 2004). Hasil silsilah
berdasarkan analisis seluruh genom dan analisis gen 16S rRNA serupa (Bansal &
Mayer, 2003). Ini tentunya merupakan nilai tambah lain dari analisis 16S rRNA,
karena hasil analisis yang serupa dapat diperoleh tanpa mengurutkan seluruh genom
bakteri. Tidak heran jika gen 16S rRNA kini banyak digunakan di berbagai bidang
penelitian bakteri, terutama untuk keperluan identifikasi (Akihary & Kolondam,
2020).

Salah satu tahapan yang penting dalam analisis data genetik/molekuler adalah
rekrontuksi pohon filogenetik. Pohon filogenetik ini mempunyai fungsi untuk
menganalisis hubungan kedekatan dan kekerabatan suatu individu atau bisa juga
untuk mencari fungsi gen/protein tertentu. Penggunaan aplikasi MEGA pada
praktikum yang telah dilakukan ini memiliki beberapa opsi cara penggunaannya
dimana pad alangkah pertama ini dengan cara klik align dan edit/viewer sequencer
file kemudian klik Create a new alignment klik DNA kemudian Klik Edit lalu insert
sequence from file dan masukkan semua file Fasta, Kemudian Pada sequence 8
dihapus karena kosong dengan cara klik kanan delete lalu Klik salah satu basa dengan
klik ctrl+A lalu Klik alignment dilanjutkan dengan align by Clustalx kemudian Hapus
basa yang tidak rapi dengan klik kanan dan klik shift lalu Klik phylogeny dan
berikutnya dilanjutkan dalam pembentukan pohon phylogeny. MEGA memiliki
kegunaan sebagai media aplikasi untuk mencari kekerabatan spesies dengan cara
melihat DNA dan menentukan analisis filogenetiknya

Filogenetik merupakan salah satu sistem klasifikasi yang berdasarkan pada

hubungan kkerabatan nenek moyang (Purnomo dan Pudjiarto,1999). Tujuan dari
penyusunan filogenetik adalah untuk mengkontruksi hubungan antara organisme dan
mengidentifikasi perbedaan yang terjadi dari satu nenek moyang kepada
keturunannya(Li et al, 1999). Proses penyusunan filogenetik terdiri dari 2 dasar proses
utama yakni persiapan data yang pada praktikum ini terdiri dari 7 strain yang sudah
dituliskan pada prosedur kerja dan analisis hasil sekuensing yang kemudian
dilanjutkan dengan proses pembentukan pohon filogenetik pada praktikum dengan
menggunakan aplikasi MEGA dan terakhir adalah dengan mengevaluasi hasil, Pohon
filogenetik akan menyajikan hasil analisis sekuensing yang sesuai dengan ciri ciri
cabang yang terbentuk , sehingga sampel nucleotide yang berkerabat akan
membentuk satu kelompok dan yang tidak berkerabat akan membentuk kelompok
sendiri dan membentuk garis berupa dendogram. (Rahmad, 2013).

Hasil dendogram yang telah ditampikan pada gambar 1 menunjukan bahwa

Tingkat kesamaan (homogenitas) yang diperoleh dari hasil analisis BLAST cukup
tinggi, yang dapat dilihat dari strain 1 dan strain 2 memiliki kekerabatan sebesar 90,
strain 6 dan strain 7 memiliki kekerabatan sebesar 92, strain 3 dan strain 4 memeiliki
kekerabatan sebesar 67 dan strain 4 dan strain 5 memiliki kekerabatan sebesar 69.
seperti yang terlihat kekerabatan paling tinggi dimiliki oleh strain 6 dengan strain 7.
Hal ini membuktikan bahwa hasil analisis DNA barcoding dan pohon filogenetik
dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies secara molekuler

G. SIMPULAN

Dari keseluruhan hasil dan pembahasan diatas maka dapat ditarik kesimpulan
bahwa Pada praktikum ini dilakukan dengan berdasarkan pada gen 16S rRNA,
perbandingan sekuens gen 16S rRNA dapat membedakan organisme pada level genus
dari semua strain bakteri utama dengan tujuan untuk mengklasifikasikan strain pada
berbagai level, seperti level spesies dan subspesies. Hasil dendogram dari strain 1 dan
strain 2 memiliki kekerabatan sebesar 90, strain 6 dan strain 7 memiliki kekerabatan
sebesar 92, strain 3 dan strain 4 memeiliki kekerabatan sebesar 67 dan strain 4 dan
strain 5 memiliki kekerabatan sebesar 69. seperti yang terlihat kekerabatan paling
tinggi dimiliki oleh strain 6 dengan strain 7. Hal ini membuktikan bahwa hasil analisis
DNA barcoding dan pohon filogenetik dapat digunakan untuk mengidentifikasi
spesies secara molekuler

H. DAFTAR PUSTAKA
Rahmad, 2013. Taksonomi Molekuler Dna Barcoding Dan Analisis Fiogenetik Ikan
Hiu Di Pelabuhan Perikanan Pelabuhan Ratu Berdasarkan Marka
Mitokondria. Skripsi Departemen Ilmu Dan Teknologi Kelautan, Bogor.
Topik, H., Adi, P. 2008. Kajian Filogenetika Molekuler Dan Peranannya Dalam
Menyediakan Informasi Dasar Untuk Meningkatkan Sumber Genetik Anggrek.
Jurnal Agrobiogen 4(1):35-40.
Shafa, N. 2021. Identifikasi Bakteri Molekuler Menggunakan 16S r Rna. Edu
Biologia 1(1): 1-6.
Janda, J. M., & Abbott, S. L. (2007). 16S Rrna Gene Sequencing For Bacterial
Identification In The Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, And Pitfalls.
Journal Of Clinical Microbiology, 45(9), 2761–2764.
Rinanda, T. (2011). Analisis Sekuensing 16S Rrna Di Bidang Mikrobiologi. Jurnal
Kedokteran Syiah Kuala, 11, 172-177.
Lampiran