NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul2 Kelompok4B

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni
NIM : 118270102
LAPORAN PRAKTIKUM Kelas : Struktur dan Fungsi
Struktur dan Fungsi Biomolekul Biomolekul (RB)
PROGRAM STUDI KIMIA Kelompok: 4B
Nama Asprak:
INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si.
LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

DATABASE GEN & PROTEIN

NIM : 118270102
Kelompok :4B
Asisten Praktikum : -Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
-Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si
PROGRAM STUDI KIMIA

INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA
2020
NIM : 118270102
Nama Asprak:
PERCOBAAN KE : 2 (dua)
JUDUL PERCOBAAN : Database Gen & Protein
TUJUAN PERCOBAAN :
 Memahami pemanfataan data gen di NCBI
 Memahami pemanfataan data protein di RCSB PDB
DASAR TEORI :
Protein berasal dari bahasa Yunani proteios yang berarti pertama atau utama. Protein
merupakan makromolekul yang menyusun lebih dari separuh bagian dari sel. Protein menentukan
ukuran dan struktur sel, komponen utama dari sistem komunikasi antar sel serta sebagai katalis
berbagai reaksi biokimia di dalam sel. Karena itulah sebagian besar aktivitas penelitian biokimia
tertuju pada protein khususnya hormon, antibodi dan enzim. Semua jenis protein terdiri dari
rangkaian dan kombinasi dari 20 asam amino. Setiap jenis protein mempunyai jumlah dan urutan
asam amino yang khas. Di dalam sel, protein terdapat baik pada membran plasma maupun
membran internal yang menyusun organel sel seperti mitokondria, retikulum endoplasma,
nukleus dan badan golgi dengan fungsi yang berbeda-beda tergantung pada tempatnya. Protein-
protein yang terlibat dalam reaksi biokimiawi sebagian besar berupa enzim banyak terdapat di
dalam sitoplasma dan sebagian terdapat pada kompartemen dari organel sel. Protein merupakan
kelompok biomakromolekul yang sangat heterogen. Ketika berada di luar makhluk hidup atau
sel, protein sangat tidak stabil. Untuk mempertahankan fungsi dan nya, setiap jenis protein
membutuhkan kondisi tertentu ketika diekstraksi dari normal biological milieu. Protein yang
diekstraksi hendaknya dihindarkan dari proteolisis atau dipertahankan aktivitas enzimatiknya.
Untuk menganalisa protein yang ada di dalam sel tersebut, diperlukan prosedur fraksinasi sel
yaitu
1. memisahkan sel dari jaringannya,
2. menghancurkan membran sel untuk mengambil kandungan sitoplasma dan organelnya
serta
3. memisahkan organelorganel dan molekul penyusunnya. Prosedur mempertahankan
struktur dan fungsi protein,
NCBI ( National Centre for Biotechnology Information ) merupakan suatu institusi yang
konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database
yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software
penganalisis data genome dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan
NIM : 118270102
Nama Asprak:
mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi
manusia dan kesehatannya. Pada NCBI GenBank, kita dapat menemukan rangkaian - rangkaian
DNA yang terdapat dalam tubuh makhluk hidup, baik itu rangkaian yang mengkodekan warna
kulit, warna mata, bentuk hidung, bentuk bibir, bentuk telinga, bentuk mata, dan banyak lainnya.
Semua itu dapat kita dapatkan di NCBI GenBank dengan cara memasukkannomor akses yang
telah disahkan. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI adalah BLAST ( Basic Local
Alignment Search Tool), yaitu suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen
yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui
GenBank DNA database dalam waktu singkat (Parikesit, 2014).
Databases and Software
1. Entrez
Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses
terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural.
Entrez juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan
keunggulan Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan
referensi. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat
penghubung pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di
MEDLINE. Entrez Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
2. Nucleotide Database
Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk
diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein
Data Bank (PDB).
a. GenBank
GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of Health),
berupa koleksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan
didistribusikan oleh NCBI. Data sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.
3. Blast
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian
kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter
genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan dengan database DNA
dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik). Keterangan lengkap mengenai program BLAST
dapat dilihat pada : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a. Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan
(query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
b. Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki
dengan database sekuen protein.
c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida
(translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.
d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
Dengan beberapa sekuen dari berbagai jenis spesies dalam database, ini mungkin bagi
peneliti untuk mengetahui evolusi molekuler dari target yang diinginkan. Dengan menggunakan
BLAST dengan metode phylogenetic berdasarkan karakter umumnya atau berdasakan jaraknya
telah ditingkatkan untuk merekonstruksi phylogeni dan meningkatkan kekuatan data molekuler
meskipun masih ada beberapa kelemahan dari penggunaanya (Wang et al, 2015). Sekuen data
yang akan dianalisis untuk mengidentifikasi suatu gen dimana konfirmasi sebaik untuk
menemukan homolog yang terdekat dengan menggunakan BLAST. Web berbasis NCBI BLAST
(BLASTn) digunakan untuk mengobservasi sekuen homolog padanon redundan nukleotida
database (Bhattacharyya, 2014).
Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari
molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data tersebut, biasanya
diperoleh dari kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang terbaru melalui mikroskopi
elektron kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh
dunia, dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya (PDBe,
PDBj, dan RCSB). PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan Worldwide Protein
Data Bank, wwPDB. (Laskowski RA, 1997). PDB merupakan basis data yang sangat penting
dalam bidang biologi struktur, seperti genomika struktur. Sebagian besar jurnal ilmiah utama, dan
beberapa agensi pendanaan, saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur
hasil penelitian mereka pada PDB. Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein
yang tersimpan di PDB. Misalnya, SCOP dan CATH mengelompokkan struktur protein,
sementara PDBsum menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari
sumber lain, seperti ontologi gen (Berman, 2008).
NIM : 118270102
Nama Asprak:
HASIL DATA PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN :

Pada percobaan ini menggunakan laman NCBI (National Center for Biotechnology
Information) dan RCSB PBD (Protein Data Bank). Untuk percobaan kali ini sampel enzim yang
digunakan adalah enzim Catalase dari kelas Oksidoreduktase.
A. NCBI (National Center for Biotechnology Information)
1. Buka browser www.ncbi.nlm.nih.gov
setelah membuka browser diatas, tampilan lama NCBI adalah sebagai berikut :
1. Enzim Catalase
All database → Search Catalase
2. Informasi Umum terkait Enzim Catalase

a) PubMed
 Jumlah data PubMed terkait enzim Catalase : 67,154
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Data apa yang ditampilkan berdasarkan data Pubmed : adalah basis data referensi dan
abstrak berdasarkan tahun ke tahun yang memuat tentang Catalase.
b) Gene
 Jumlah data Gene terkait Catalase : 5,718
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Data yang ditampilkan berdasarkan data Gene : memuat data base tentang informasi
kesehatan dan bioteknologi yang terkait dengan enzim Catalase. Dimana database nya
terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut
DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi.
c) Protein
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Jumlah data Protein terkait Catalase : 422,297
 Data yang ditampilkan berdasarkan data Protein : Database protein menyimpan

catatan teks untuk sekuens protein individu, yang berasal dari berbagai sumber daya
seperti proyek NCBI Reference Sequence (RefSeq), GenBank, PDB, dan UniProtKB /
SWISS-Prot.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Perbedaan spesies dan jumlahnya yang dapat menghasilkan Catalase sebagai protein
Dari data diatas dapat dilihat bahwa pada setiap masing masing spesies memiliki
jumlah yang beragam untuk menghasilkan enzim catalase sebagai protein.
Species
1. Animals(3,563)
2. Plants(2,473)
3. Fungi(9,398)
4. Protists(542)
5. Bacteria(403,500)
6. Archaea(1,687)
7. Viruses(15)
Dimana pada spesies bakteri lebih banyak menghasilkan enzim catalase sebagai
protein.
d) Conserved Domain dan Structure
Berapa perbedaan jumlah data Conserved Domain dan Structure terkait katalase?
Jelaskan perbedaan data apa yang ditampilkan berdasarkan data Conserved Domain
dan Structure terkait katalase!
 Conserved Domain
- Jumlah data Conserved Domain terkait enzim Catalase : 39
- CDD mencakup domain yang dikurasi NCBI , yang menggunakan informasi
struktur 3D untuk secara eksplisit menentukan batas domain dan memberikan
wawasan tentang hubungan urutan / struktur / fungsi , serta model domain yang
diimpor dari sejumlah database sumber eksternal ( Pfam , SMART ,COG , PRK ,
TIGRFAMs ).
 Structure
- Jumlah data Structure terkait enzim Catalase : 1,689
NIM : 118270102
Nama Asprak:
e) Nucleotide
 Berapa jumlah data Nucleotide terkait Catalase : 264,208
 Data yang ditampilkan berdasarkan data Nucleotide

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk
diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA)
dan Protein Data Bank (PDB).
NIM : 118270102
Nama Asprak:
3. Ikuti langkah berikut.

a. Search nucleotide terkait enzim berdasarkan Kelas Oksidoreduktase menggunakan
enzim catalase.
b. Data tentang enzim Catalase pada 5 organisme dari kingdom yang berbeda
1. Bakteri
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds

 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds.
2. Protista
 Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds

 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
3. Fungi
 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds

 Emericella nidulans catalase A (catA) gene, complete cds
4. Plantae
 Oryza sativa Japonica Group CatC gene for catalase, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds

5. Animal
 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete

cds
 Drosophila melanogaster catalase gene, complete cds
c. Klik data catalase gene yang complete cds.
1. Bakteri
 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Di peroleh data berikut sebagai berikut :

o Panjang base pair = 1788 bp
o Accession Number GeneBank = M8405
o Organisme asal = Lactobacillus sakei Bacteria; Firmicutes; Bacilli;
Lactobacillales; Lactobacillaceae; Latilactobacillus.
o Judul Jurnal terkait = Cloning, sequence, and phenotypic expression of
katA, which encodes the catalase of Lactobacillus sake LTH677
o Urutan nukelotida dari coding sequences (data berupa file fasta)
>lcl|M84015.1_cds_AAC19139.1_1[gene=katA][protein=catalase][protein
_id=AAC19139.1] [location=191..1627] [gbkey=CDS]
ATGACAAATCAACTAACGACTAACGAGGGGCAACCGTGGGCGG
ACAACAACATTCGCAAACTGCCGGCCAACGCGGCCCCGTCTTAA
TCCAAGATTATTACTCGAAAAACTCGCCCACTTTAACCGCGAACG
CATCCCTGAACGGTGGTGCATGCCAAAGGCGCTGGCGCTAAAGG
CTATTTCAAGGTTACCAAGGACATGAGCGCATATACCAAAGCCGC
TGTTTTCAGTGGCGTCGGCAAAAAACACCGCTTATCACTCGTTTT
TCTCAAGTCGCTGGTGAAGCCGGCTATCCCGATACATACCGCGAT
GTCCGCGGTTTCGCCGTTAAATTCTATACGGAGAAGGCAATTACG
ATATTGTCGGCAATAACACGCCGGTCTTCTTCGTCAATGATCCACT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AAAATTCCCCGATTTCATCCACTCTCAAAAACGTGATCCCCGGAC
ACATGCCCGTAGCCAAGATATGCAATGGGATTTCTGGTCCCTGTC
ACCCGAATCTGTCCACCAAGTCACGATTCTCATGAGTGACGCGG
GATTCCTGCTAGTTACCGGATGATGCACGGCTTTGGTAGCCACAC
TTCAAATGGGTTAACGCACAAGGTGAACAATTCTGGGTTAAATAC
CATTTCAAGACGAACCAAGGTATTCACAATCTCAGCAACGAACT
CGCCGATGAACTCGCTGGTAAGGATACTGATTACCTTCAAAATGA
TTTATTCGACGCAATTGAAACCGGCGATTATCCAAGTTGGACGGT
TGCCGTCCAACTCGTCCCTTATGAAGATGGCTTGAATTATCCCCA
AGATATTTTTGATGTTACTAAAGTTATTTCACAAAAGGATTATCCA
TTAATCGAAATCGGTCAAATGGTCCTCGATGAAAATCCAACGAAT
AACTTCGAAGATATCCAAGAACTGGCCTTCTCACCGGCTAACTTA
GTCCCTGGGATTGAAGCATCACCCGACAAATTACTTCAAGGTCG
ACTATTTGGCTATAAGGATGCTGAACGTTACCGGCTTGGTGCCAA
CTACGAGCAACTCCCTGTCAACCGACCAAAAGTCCCCGTTCATA
ATTACGAACGTGACGGTGCGATGGCCCAAAATCAAGCAACTGGC
GTTAACTACGAACCCAACAGTCAAGATGGACCCACTGAAGTCCC
AGCAGCTAAGATTCATGGCGATCAACTCTCTGGTACAACTGGCA
ACTTCTCTGCCGATCCCGATTATTACTCAGCAGCTGGCAAACTTA
CCGGTTATTATCAGCCGATGAACAAACCCGCTTAATCGAAAATAT
TCGCATGAATCTTGGTCAAGTGACTAAACCAGAAATTCAAATTCG
CGAAGTTAAACAATTTTACCAAGCTGATCCAGAATATGGTCGGCG
CGTCGCAACCAGCGTTAAACTTAGATTTAGCTCAGTTTGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds
Di peroleh data berikut sebagai berikut :

o Panjang base pair = 2326 bp
o Accession Number GeneBank = U06270
o Organisme asal = Mycobacterium tuberculosis Bacteria; Actinobacteria;
Corynebacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium
tuberculosis complex.
o Judul Jurnal terkait = Rapid Identification of a point mutation of the
Mycobacterium tuberculosis catalase-peroxidase (katG) gene associated
with isoniazid resistance
o Urutan nukelotida dari coding sequences (data berupa file fasta)
>lcl|U06270.1_cds_AAA18240.1_1[gene=katG][protein=catalase][protein
_id=AAA18240.1] [location=69..2291] [gbkey=CDS]
GTGCCCGAGCAACACCCACCCATTACAGAAACCACCACCGGAGC
CGCTAGCAACGGCTGTCCCGTCGTGGGTCATATGAAATACCCCGT
CGAGGGCGGCGGAAACCAGGACTGGTGGCCCAACCGGCTCAAT
CTGAAGGTACTGCACCAAAACCCGGCCGTCGCTGACCCGATGGG
TGCGGCGTTCGACTATGCCGCGGAGGTCGCGACCATCGACGTTG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
ACGCCCTGACGCGGGACATCGAGGAAGTGATGACCACCTCGCAG
CCGTGGTGGCCCGCCGACTACGGCCACTACGGGCCGCTGTTTATC
CGGATGGCGTGGCACGCTGCCGGCACCTACCGCATCCACGACGG
CCGCGGCGGCGCCGGGGGCGGCATGCAGCAGTTCGCGCCGCTTA
ACAGCTGGCCCGACAACGCCAGCTTGGACAAGGCGCGCCGGCT
GCTGTGGCCGGTCAAGAAGAAGTACGGCAAGAAGCTCTCATGG
GCGGACCTGATTGTTTTCGCCGGCAACTGCGCGCTGGAATCGAT
GGGCTTCAAGACGTTCGGGTTCGGCTTCGGCCGGGTCGACCAGT
GGGAGCCCGATGAGGTCTATTGGGGCAAGGAAGCCACCTGGCTC
GGCGATGAGCGTTACAGCGGTAAGCGGGATCTGGAGAACCCGCT
GGCCGCGGTGCAGATGGGGCTGATCTACGTGAACCCGGAGGGGC
CGAACGGCAACCCGGACCCCATGGCCGCGGCGGTCGACATTCGC
GAGACGTTTCGGCGCATGGCCATGAACGACGTCGAAACAGCGGC
GCTGATCGTCGGCGGTCACACTTTCGGTAAGACCCATGGCGCCG
GCCCGGCCGATCTGGTCGGCCCCGAACCCGAGGCTGCTCCGCTG
GAGCAGATGGGCTTGGGCTGGAAGAGNTCGTATGGCACCGGAA
CCGGTAAGGACGCGATCACCAGCGGCATCGAGGTCGTATGGACG
AACACCCCGACGAAATGGGACAACAGTTTCCTCGAGATCCTGTA
CGGCTACGAGTGGGAGCTGACGAAGAGCCCTGCTGGCGCTTGG
CAATACACCGCCAAGGACGGCGCCGGTGCCGGCACCATCCCGGA
CCCGTTCGGCGGGCCAGGGCGCTCCCCGACGATGCTGGCCACTG
ACCTCTCGCTGCGGGTGGATCCGATCTATGAGCGGATCACGCGTC
GCTGGCTGGAACACCCCGAGGAATTGGCCGACGAGTTCGCCAA
GGCCTGGTACAAGCTGATCCACCGAGACATGGGTCCCGTTGCGA
GATACCTTGGGCCGCTGGTCCCCAAGCAGACCCTGCTGTGGCAG
GATCCGGTCCCTGCGGTCAGCCACGACCTCGTCGGCGAAGCCGA
GATTGCCAGCCTTAAGAGCCAGATCCGGGCATCGGGATTGACTG
TCTCACAGCTAGTTTCGACCGCATGGGCGGCGGCGTCGTCGTTC
CGTGGTAGCGACAAGCGCGGCGGCGCCAACGGTGGTCGCATCC
GCCTGCAGCCACAAGTCGGGTGGGAGGTCAACGACCCCGACGG
GGATCTGCGCAAGGTCATTCGCACCCTGGAAGAGATCCAGGAGT
CATTCAACTCCGCGGCGCCGGGGAACATCAAAGTGTCCTTCGCC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GACCTCGTCGTGCTCGGTGGCTGTGCCGCCATAGAGAAAGCAGC
AAAGGCGGCTGGCCACAACATCACGGTGCCCTTCACCCCGGGCC
GCACGGATGCGTCGCAGGAACAAACCGACGTGGAATCCTTTGCC
GTGCTGGAGCCCAAGGCAGATGGCTTCCGAAACTACCTCGGAAA
GGGCAACCCGTTGCCGGCCGAGTACATGCTGCTCGACAAGGCGA
ACCTGCTTACGCTCAGTGCCCCTGAGATGACGGTGCTGGTAGGT
GGCCTGCGCGTCCTCGGAGCAAACTACAAGCGCTTACCGCTGGG
CGTGTTCACCGAGGCCTCCGAGTCACTGACCAACGACTTCTTCG
TGAACCTGCTCGACATGGGTATCACCTGGGAGCCCTCGCCAGCA
GATGACGGSACCTACCAGGGCAAGGATGGCAGTGGCAAGGTGA
AGTGGACCGGCAGCCGCGTGGACCTGGTCTTCGGSTCCAACTCG
GAGTTGCGGGCGCTTGTCGAGGTCTATGGCGCCGATGACGCGCA
GCCGAAGTTCGTGCAGGACTTCGTCGCTGCCTGGGACAAGGTGA
TGAACCTCGACAGGTTCGACGTGCGCTGA
2. Protista
 Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds
Dari data tersebut diketahui bahwa

o panjang basepoair : 1509 bp
o ACCESSION Number MK934829
NIM : 118270102
Nama Asprak:
o ORGANISM Blastocrithidia triatomae

o referens judul An enigmatic catalase of Blastocrithidia
o urutan Nukleotida dari Coding Squence sebagai berikut:
ATGTCAGAGGAATTGAAGCCTACCTATCTCACCACCCTCAATGGT
GCACCAGTGGTGGATAATCAAAACAGCATGACAGCAGGACCACG
TGGTCCGATCTTGTCGCAGGATGTGTGGTTGCATGAGAAGATGG
GACAGTTTGCACGTGAGGTAATCCCATAACGTCGAATGCATGCTA
AGGGTGGTGGTGCGTTTGGTGTGTTTACCGTCACTCATGACATCA
CCAAGTATACTCGGGCAAAATTGTTCAGTGAAATTGGTAAACAA
ACCGAAATGTTTGCCCGCTTCTCCACAGCAGCCGGGTAGCGCGG
CGCTGCGGATGCGGAGCGTGACATTCGCGGGTTTGCCCTTCGCTT
CTACACCGAAGAAGGCAATTGGGATTTGGTGGGCAACAACACAC
CAGTCTTCTTTGTCCGTGACCCGCGCAAGTTTATTGACTTCAATC
ACTCTGTCAAGCGTGATCCTAAAACAAATTTGAAAAGTCCAACG
TACAACTTTGACTTTTGGACCTTATTGCCGTAATCAATGCACCAA
GTAACTATTGTGATGTCTGATCGAGGCATTCCAGCATCATTTCGTC
ACATGCACGGCTTCGGAAGTCACACATTTAGCTTTATCAATGCAG
ATAATGTGAGATACTGGGTAAAGTTTCATTTTCTCACTCAACAAG
GTATAAAGAACTTGACAGACCCTGAGGCTAAAAAATTAATTGGTA
ATGATCGTGACAGCAATATACGTGACTTGTTTGAGGCAATTGAGC
GAGGTGATTACCCTCGTTGGACGATGTATGTGCAAATTATGACCT
AGGAGGAGGCAAAACAGGTGCCCTACAATCCATTTGATTTGACC
AAAGTGTGACCTCATGGCGATTTCCCGTTAATCGAGGTTGGCTTT
TTCGAACTCAATCGCAACCCTGAAAATTACTTCCTCGATGTTGAA
CAAGCTGCCTTTGGACCTAACCACGTCGTACCAGGCATCAGCTTT
TCACCTGATAAAATGTTACAGGCTCGTTTGTTTAACTACACAGAC
GCAGAACGTTATCGTATTGGTGTAAATTTTCATCAAGTGCCAGTA
AATCAGCCACGGTGTCCTGTATTCTCGTTTCATCGTGATGGTAAG
ACGCGATGTGATCACAACTATGGTGGATTACCACATTATGAGCCT
AATAGCTTTTGTCAGTGGCAGGAACAACCAGAGTATCGTTAGCC
GCCACTTTAGCTGACCGGTGATGCAGATTTTTACGAGTTCAGACA
AGACGACGACGATTACTACTCTCAACCAAGGGCACTGTTTTTGTT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AATGAACGATCAACAAAAACAAGCGTTGTTTGACAACACAGCA
GGTCAATTGCGTAATGCTATGGAAATGGTCCGTGAGCGTCACATT
GCCAACTGCACTAAATGTCATCCTGATTATGGCAAAGGTGTGCGT
GAGGCACTTGAACGAATGGATCCTAAAGAGGCCGTCGCTCAAAC
AGACCCGCATGTTCACTTTCCTTTCAATTGTTAA
 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds
Dari data tersebut diketahui bahwa

o ACCESSION Number MK934828
o ORGANISM Blastocrithidia sp. p57
o referens judul An enigmatic catalase of Blastocrithidia
ATGTCAGAGGAATTGAAGCCTACCTATCTCACCACCCTCAATGGT
GCACCTGTGGTGGATAATCAAAACAGCATGACAGCAGGACCACG
TGGTCCGATCTTGTCGCAGGATGTGTGATTACATGAGAAGATGGG
ACAGTTTGCACGTGAGGTGATCCCATAGCGTCGAATGCATGCTAA
GGGTGGTGGTGCGTTTGGTGTGTTTACCGTCACTCATGACATCAC
TAAGTACACTCGGGCAAAATTGTTTAGTGAAATTGGTAAACAAA
CCGAAATGTTTGCCCGCTTTTCCACAGCAGCCGGATAGCGCGGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GCTGCGGATGCGGAGCGTGACATTCGTGGTTTTGCCCTTCGCTTC
TACACCGAAGAAGGGAATTGGGATTTGGTGGGCAACAACACACC
AGTTTTCTTTGTCCGTGACCCGCGCAAGTTTATTGACTTCAATCAT
TCTGTCAAGCGTGATCCTAAAACAAATTTGAAAAGTCCAACATAC
AACTTTGACTTTTGGACCTTGTTGCCGTAATCTATGCACCAAGTA
ACTATTGTAATGTCTGATCGAGGCATTCCAGCATCATTTCGTCACA
TGCACGGCTTCGGAAGTCACACATTTAGCTTTATCAATGCAGATA
ATGTGAGATACTGGGTAAAGTTTCATTTTCGCACTCAACAAGGTA
TAAAAAACTTGACAGACCCTGAGGCTAAAAAAATAATTGGTAAT
GACCGTGACAGCAACATACGTGACTTGTTTGAGGCAATTGAGCG
AGGTGATTACCCTCGTTGGACGATGTATGTGCAAATTATGACCTA
GGAGGAGGCAAAACAGGTGCCTTACAATCCATTTGACTTGACCA
AAGTGTGGCCTCATGGCGATTTTCCGTTAATCGAGGTCGGCTTTT
TCGAACTCAATCGCAATCCTGAAAATTACTTCCTTGATGTTGAAC
AAGCTGCCTTTGGGCCTAACCACGTCGTGCCAGGCATCAGCTTTT
CACCTGATAAAATGTTACAGGCACGTTTGTTTAACTATACAGACG
CAGAACGTTATCGTATTGGTGTAAATTTTCATCAAGTACCAGTAAA
TCAGCCACGGTGTCCTGTATTCTCGTTTCATCGTGATGGTAAGAC
GCGATGTGATCACAACTATGGTGGATTACCACATTACGAGCCTAA
TAGCTTTTGTCAATGGCAGGAACAGCCAGAGTATCGTTAGCCACC
ACTGGAGTTGACTGGTGATGCAGATTTTTACGATTTCAGACAAGA
CGACGACGATTACTACTCTCAACCAAGAGCATTGTTTTTGTTAAT
GAGCGATGAACAGAAACAAGCGTTGTTCGACAACACAGCAGGT
CAATTGCGTAATGCTATGGAAATGGTCCGTGAGCGTCACATTGCC
AACTGCACTAAATGTCATCCTGATTATGGCAAAGGTGTGCGTGAG
GCACTTGAACGAATGGATCCTAAAGAGGCCGTCGCCCAAACAGA
CCCGCATGTTCACTTCCCTTTTAATTGTTAA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
3. Fungi
 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds
o Panjang base pair : 3535 bp

o Accession Number GeneBank : D55675
o Organisme asal : Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) Eukaryota;
Fungi; Dikarya; Ascomycota; Taphrinomycotina; Schizosaccharomycetes;
Schizosaccharomycetales;Schizosaccharomycetaceae;
Schizosaccharomyces.
o Judul Jurnal terkait : Nakagawa, C. W., Mutoh, N. and Hayashi, Y.
Transcriptional regulation of catalase gene in the fission yeast
Schizosaccharomyces pombe: molecular cloning of the catalase gene and
northern blot analyses of the transcript. J Biochem (Tokyo) 118 (1), 109-
116 (1995) 8537298
o Urutan nukelotida dari coding sequences (file fasta) :
ATGAACTCGAAAGACTCAAATACCGTCCCTGTTTACACCACCAA
CACCGGTTGTCCCATTTTTAACCCTATGGCTGCGGCTCGTGTGGG
TAAGGGAGGTCCTGTCTTACTTCAAGATTCCCATTTAATCGACGT
CTTTCAACACTTTGATCGCGAGCGTATTCCTGAACGTGTCGTCCA
TGCAAAGGGTTCCGGTGCTTTTGGTGAATTCGAATGCACCGACG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
ACATTACCAAGTATACCAAACATACCATGTTTTCTAAGGTTGGTA
AGAAAACCCCTATGGTTGCTCGTTTCTCCACCGTCGGTGGTGAA
AGGGGTACTCCTGATACTGCTCGTGATCCTCGTGGGTTCGCATTA
AAGTTCTACACCGATGAAGGTATTTTCGATATGGTTGGAAACAAT
ACCCCTGTCTTCTTCCTTCGTGATCCCGCTAAATTCCCTCTCTTCA
TCCATACTCAGAAGCGTAACCCTCAAAATGATATGAAGGATGCTA
CTATGTTTTGGGATTACCTTTCTCAAAACGCAGAGTCCATCCATC
AAGTTATGATTCTTTTCTCTGACTTGGGTGGTACCCCTTATAGCTA
CCGTTTCATGGATGGCTTTTCCAGTCATACCTACAAATTTGTTAAT
GATAAGGGTGAATTCTACTATTGCAAATGGCATTTCATTACTAATC
AAGGAACCAAGGGTTTAACAAATGAAGAAGCCGCTGCATTGGAT
GGATCCAATCCCGACCATGCTCGTCAAGATCTATTCGAAGCTATT
GAACGTGGTGATTACCCCAGTTGGACGCTTTACGTTCAAGTTATG
ACCCCTCAGGAGGCTGAAAAATATCGCTACAACATTTTCGATCTT
ACTAAGGTCTGGCCTCATAAGGACGTACCAATGCAAAGGGTTGG
ACGCTTTACCTTGAATCAGAATCCTACCAATTTCTTTGCAGATATC
GAGCAGGCTGGGTTCTCTCCTTCTCATATGGTTCCTGGTATTGAA
GTCTCAGCGGATCCTGTTTTGCAAGTACGTACATTTTCCTATCCTG
ATACCCACCGCCATCGTTTGGGTGCTAATTTCGAGCAAATTCCCG
TCAATTCTCCTAAGTGTCCTGTCTTTAACTATTCTCGTGACGGCCC
TATGAATGTCAATGGAAACCAAGGAAATTGGCCAAACTATCCATC
CTCAATCCGACCACTTGCTAAAGTTCAATATGAGCCTGACGAAG
GTCACGAAAAGTGGGTAGGTCAAGTTACTTACCATATGGACGAA
ATTACCGACGTTGATTTTGAGCAACCTAGAGCGTTTTGGCAAAAT
GTTTTGGGCAAGAAACCTGGACAGCAAGATAACTTTGTTAAGAA
CGTTGCCGGTCACTTGTCTGGTGCTATATCTCCTGTACGTGAACG
CCAATACGGTGTATTTACTCGTGTTGATTCAGAGCTTGGTCGCCG
TATTCGTGAGGCTACTGAAGCTGAAGTGAAGAAGATGGAAGAAA
AAGCCCCCAAGCCAATTAACAAGGGCGAACCCCATATGTTCCAA
GGAAGCTCATAA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Emericella nidulans catalase A (catA) gene, complete cds
Diperoleh data sebagai berikut :

o Panjang Base Pair : 2674
o Accession : U37803
o Organisme Asal : Aspergillus nidulans
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota;
Pezizomycotina;Eurotiomycetes; Eurotiomycetidae;
Eurotiales; Aspergillaceae;Aspergillus; Aspergillus
subgen. Nidulante
o Jurnal Terkait : Curr Genet 29 (4), 352-359 (1996)
o Urutan Nukleotia : >lcl|U37803.1_cds_AAC49254.1_1 [gene=catA]
[protein=catalase][protein_id=AAC49254.1][location=join(238..784,834..2
521)] [gbkey=CDS]
ATGGCTACTAGTATCACCGCCGGCCTACAAAAGGCCCAGCAAGC
AGTGCAGGACACTGCCACCAAGAACAAGAAGATTGTCGATATTA
GCCACGACACAGTAAATGTCCACACAGACCAGGAGCAGCGAAC
AGATTTTGGTGTCGCGATCACCGACCCTGATCACTGGCTGCGCGT
CACCAACGAGACGCACTCGGGCCCCTCGCTGCTAGAAGACCACA
TCGCGCGAGAGCGCATCCATCGTTTCGACCACGAGCGCATCCCT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GAGCGCGTTGTTCATGCCCGTGGAACGGGCGCCTACGGCAATTT
CACCCTCAAGGAGAGCATCGAAGATTTGACCTATGCTGGAGTGTT
AACGGATACTTCGCGCAACACCCCGGTGTTCGTGCGTTTCTCTAC
TGTCCAGGGCAGCCGGGGGAGTGCTGATACCGTTCGCGATGTTC
GCGGGTTCGCTGTCAAGTTCTACACTGACGAGGGAAATTGGGAT
ATTGTCGGCAACAACATCCCCGTCTTCTTCATTCAGGATGCCATC
AAGTTCCCTGACTTTGTCCACGCTGTCAAGCCCGAGCCTCACAA
CGAAGTGCCCCAGGCCCAGACGGCCCATAACAATTTCTGGGACT
TTGTGTACTTGCACCCCGAAGCCACGCACATGTTCATGTGGGCGA
TGTCTGACCGCGCCATCCCGCGGTCCTACCGTATGATGCAGGGTT
TCGGTGTTAACACGTTCTCGCTGGTCAACAAGGAGGGTAAGCGC
CACTTTGTCAAATTCCACTGGATCCCTCACCTCGGAGTGCACTCG
CTCGTCTGGGACGAGGCCCTGAAGCTGGCGGGACAGGATCCCG
ACTTCCACCGCAAGGACCTGATGGAGGCCATCGATAACAAGGCC
TATCCCAAGTGGGACTTTGCCATCCAGGCCATCCCCGAGGAGGA
CCAGGACAAGTTCGAGTTTGACATCTTCGATGCCACCAAGGTCT
GGCCGGAAGAGCAGGTGCCCCTGCGTGTGGTCGGCGAGCTCGA
ACTGAACCGCAACATCGACGAGTTCTTCCCCGAGACTGAACAGG
TCGCCTTCTGCACTAGCCATATCGTGCCTGGTATCGACTTCTCTGA
CGACCCGCTTCTCCAGGGCCGCAACTTCTCATATCAGGATACACA
AATTAGTCGTCTGGGTGTGAACTGGGAAGAAATACCCATCAACC
GACCTGTCTGCCCGTTCCTCAACCATAACCGGGACGGAGCTAAA
CGCCACCGCATCACCAAGGGCACGGTGAACTATTGGCCCAACCG
CTTCGAGGCCAACCCTCCAGCTAGCGACAAGGGCTTCAAGTCGC
ACCCAGCCCCGATTACAGGCCGCAAGCGCCGCGATCTCACACCC
AAGTTCAAGGAATACCACAACCAGGCGCAGCTTTTCTATAACTCC
CTCTCCGAAGTCGAGAAGGTGCACGTCAAGAAGGCCTTTTCCTT
CGAGCTTGACCACTGTGACGACCCGATCGTTTACGAGCGGCTCG
CAGGCCAGCGCCTCGCAGAGATCGATCTCCCCCTGGCTCAAGCC
GTGGCCGAGATGGTCGGCGCGCCCATCCCCACGAAGGCACTGCG
TGATAACCACGGCAAGACCTCCGTCCGTCTCTCCCAGTTCGACTT
CACTCCTAAGGCTCCTGGCATTATCAGCCGTCGCATTGCCATCAT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CATCGGTGACGGCTACGACAAGATCGCCTTCAATGGCATGAAGG
CCGCTATTCTCGCCGCTGCAAGCGCTCCCCTTCGTCATTGGCACC
AAACGTCCGCCATCTACGCACAGGGCGAGGATAAGAATAGCTCT
AAGGGTGTGATTCCCGACCACATGTATGACGGCATGCGCTCCACC
ATGTTCGACGCGACCTTCATCCCCGGCGGCTCGCACATTGAGACT
CTCCAAAAGAACGGCCAGATTCGGTACTGGATTGCCGAGACATT
CGGGCACCTCAAGGCGCTCGGTGCCATGGGCGAAGCCGCGCAG
CTGGTCAAGGAAGTTCTGGGCAATGTGATGGGCGTCCAAATTGC
CGGTGCGGACTCTGCTGAGCCCGTCGAATGGTATGGTGTTGTTAC
AGCTCGTGGACCAGAGAGCGCCGAGAGCCTCAGTGAGGGCTTC
AAGGTGCTCAAGGACGCCGGTGATTTCACAAGCAAGTTCTTTTA
CCAGATCAGTCAGCACCGCAACTGGCAGCGTGAGTTGGATGGAT
TGGCTTCGACGGTTGCGTTCTAA
4. Plantae
 Oryza sativa Japonica Group CatC gene for catalase, complete cds
di dapat data sebagai berikut :

o Panjang base pair = 4167bp
o Accession Number GeneBank D86611
NIM : 118270102
Nama Asprak:
o Organisme asal yaitu Eukaryota; Viridiplantae;

Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliopsida; Liliopsi da; Poal es;
Poaceae; BOP clade; Oryzoideae; Oryzeae;
Oryzinae; Oryza; Oryza sati va.
o Referensi judul jurnal terkait “Evolutionary relationship of
plant catalase genes inferred from exon-intron structures:
isozyme divergence after the separation of monocots and
dicots.Theor. Appl. Genet. 97, 9-19 (1998)”.
o Urutan nukelotida dari coding sequences (data berupa file
fasta) sebagai berikut :
ATGGATCCCTACAAGCACCGCCCGTCGAGCTCGTTCA
ACGGCCCGCTGTGGAGCACCAACTCCGGCGCCCCCGT
ATGGAACAACAACAACTCGCTCACCGTCGGCTCCCGA
GGCCCGATCCTTCTGGAGGACTACCACCTGGTTGAGA
AGCTGGCCAACTTCGACAGGGAGCGTATCCCGGAGC
GCGTGGTGCACGCCCGCGGGGCCAGCGCCAAGGGCT
TCTTCGAGGTCACCCACGACATCACCCACCTCACCTG
CGCCGACTTCCTCCGCGCCCCGGGCGTCCAGACCCCG
GTCATCGTCCGCTTCTCCACCGTCATCCACGAGCGCG
GCAGCCCGGAACCCTCCGCGACCCGCGTGTGTTCGCC
ATCAAGTTCTACACCCGGGAGGGCAACTGGGACCTCG
TCGGCAACAACTTCCCCGTCTTCTTCATCCGCGACGGC
ATGAAGTTCCCGGACATGGTGCACTCGCTCAAGCCCA
ACCCCAAGTCGCACGTCCAGGAGAACTGGCGCATCCT
CGACTTCTTCTCCCACCACCCGGAGAGCCTCCACATGT
TCACCTTCCTCTTCGATGACATCGGCATCCCCGCCGAC
TACCGCCACATGGACGGCTCCGGCGTCAACACCTACA
CGCTCGTCAACCGCGCCGGCAAGTCGCACTACGTCAA
GTTCCACTGGAAGCCCACCTGCGGCGTCAAGTCGCTG
CTCGACGACGAGGCCGTCACCGTCGGCGGGACCAAC
CACAGCCACGCCACGCAGGACCTCTACGACTCCATCG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CCGCCGGCAACTTCCCGGAGTGGAAGCTGTTCATCCA
GACCATCGACCCCGACCACGAGGACCGCTTCGACTTC
GACCCGCTCGACGTCACCAAGACGTGGCCCGAGGACA
TCGTCCCGCTGCAGCCCGTGGGGAGGATGGTGCTCAA
CCGCAACATCGACAACTTCTTCTCGGAGAACGAGCAG
CTGGCGTTCTGCCCCGGGATCATCGTGCCGGGGATCT
ACTACTCCGACGACAAGCTGCTGCAGACGAGGATCTT
CTCCTACTCCGACACGCAGCGCCACCGCCTCGGACCA
AACTACCTGCT
 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds
Dari data tersebut diketahui bahwa :

o ACCESSION Number L05934
o ORGANISM Zea mays
o referens judul Isolation and characterization of a genomic sequence
encoding the maize Cat3 catalase gene
GTCGACTCCAACGGTTGCCTGCAACGTGAACAGTGCGCGGACAA
TTCACGCAGAGTCGGAGCAGCGCCAGAAGGCACACCAGAGAGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GAACAGTGCATGTTCGGTGCGGCACCGGACTGTCCGGTGCCCCA
AGATGTCAGAGCTCCAACGATCGAAACTGTCAGAACCTAACGGT
TGGGTGACGTGGCTGGCGCACCAGACATTGTTTGGGAGGTCTTT
GATAAGGTGAATGTGCCAAACCCGGCCGATAAGGAGAATCCATT
ACTAAAGGCAAAGTGCAAATATTGTAAAAAGCTTTTATAGTTATG
CACAAGGGTCAACAACAACGACATTGTCGATGCATATGAAGAAC
TATGACAAGTATCAAAAGCATATCGAACAGAAGCTTGATAAGTCT
CTATTGAACTTTGCTCCTTCAACGATAGGTGAATCTGGATCTGGT
CTCCCTACTATCTCATCACCTAAAGATTATAATCATAAGCAAGTAA
AAAAACTAATTGCCAAAATGATCATAGTTCATGAGTACCCATTTA
GAATGGTTGAGCATACATGGTTTAATATTCTCATGAATTATATGAAT
CTGTTGTATGAATTTGTTGGTAGGAAGACCATAAGAGCTGAATGA
TTAAAGACCATAAGAGATGTAAGTTTGTATTATGCTTAGCTAGTTG
AGTGATTTTTTCTTTAAAAGTGTCCATTCAATACTTATTTTAAGTTT
ACTTGCATTTGGATCTAACTTGTTATATTTTTTCTATTGTGGTATCT
ATATGGCTGAACCTGAACCTGAACGGCCTGGACCTGCACGCCTG
GACAACATGGATGAACTGTTATTTGTATTTATTTATGTTCTATTTCT
GGTGGACAGCATGGATAAACTGTTCTGTAATCTACTTTTTAATTTT
TGTATGAAGAAATTCAACTATGCAAATGCAAGTATCTGTTCTGTTT
GGACAATATATGATGTCATGCTGCTATGAATCATGGAGATGGAGTT
TTGAGACTTCTTATTCTGTATTATTGTGTTGTTGGATGCATCATAAA
TATATATTTCATTAGTTGGATGAATAACTGCAAGTATCAAGTGCAA
CTGATGAACTATTAATGTTATATTTCCTATAATCTAGAATTTTGGAC
TGCATTATTATTCTGGCTCGCGAGCCTATAACGAGCTGAGCCTATG
TTCCCAACTCGTTTAATGAACGGGCTGAGAGCTCGGCTCAGCTC
GTTTCCAGCCCTAATGATGGTGATGAGAAGAGGCGTACGATTAGA
GGTTGAGTGAGTTAGGAGTGCGGCTAACTTCCTATAGATTACACA
AGTACTCTAGGAAGTTACTTAACTTTACTAGAGGTGGTCGTAGAA
AGTTAGTAGGGCCTGCTAACTTCCTAGAGGAGGTCGTAGGAAGT
TAGTGACTCTTTGACCGCGCTCGTTTGTCAATAGTTGAAAGCTAA
CTTTCTAGAGGAGACCGTAGAAAGTTAGTGGCTCGTTTGATCGC
GCTCGTTTGTCAATAGCTGAAAGCTAACTTTCTAGAGGAGACCG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CCCCTGCTAACTTCCTACGACCTTTGTGGTTGGGGCTATAAATAC
CCGACCTTTGTGGACTTCTCAACGGAGAGTAGGTTATTTGGAACC
AAACCTCGGAAAACAAATCACCGTGTTCATTTGTGTTGATCTTCA
TCACTTGATTTGTTTCTTCCCTCTCCTCTCTCTAAAGTTCTCTTGC
TCACATTGTTTTGAGTTTGCTTCTAAAGTTATCTGTATTGATTGAG
TAACTCATAGCAAAAAGAACTATCTTTTGCACTCCGAAATATTACT
AACACTAACCCCGAGTATAATGTGTGTTCAAACTTTATAAATTTCA
GATTTCGTCTATTTATCCTCTTTAGACGACTTTCAAAGTTTATATTT
TTGGTGTAATGGCTACCACATCAACATGCTTGATTTCCTGGCACAT
GCATTTATTTTTGTCAATACTTTTGCGTGGCCCTTTTCACGTATAG
AAGAGTGAAGCTAACATTACATTACATAAATATTTTTTCCCTCTAA
TTGCGGCAATCAAGCACGAACGCACTAGCTAGTAAGCTTTTTGT
GAAGATTTGGCATGTTGCTGTGACTGTGAGTGGATTACCGCGAC
GACAGGGACGATATGCGTGCCCTTATCTCTTGGGGATTTCCTCGG
GCCCGACCATCAGACGAACAACACATGCATGTGCTACCTCGTGT
CAGCAATCTAGATGACCTCTCAATTTTCCACACGAGGTGGGGCCC
TCGCCACCTCATCTCTTGTCTTTTCCCGGTTAGGGCTTGTTCGGTT
CTACCCCAATCCATATGGATTGAGGGGGATTGAGGGGGTTTTAAT
CCCTAGTAAGTCAAAATCCCCTCCAATCCGTATCAATCCCCTCCA
ATCCATATGGATTGAAAATAACCGAACAAGCCCTTAGGTGACATG
GAGCACATGAGCCCTCGAGCTCACCGGGGGGTGACGCCACCTCC
CCCAAGCACCTCGCCGCTATTTAAGCAGCAAAAGGTTTGGAGAG
GGAGTATGTAAACCACACTCCACTCCAGCACTGAACACTTGATT
GATTCAGTGGGTAGCTAGCTAGGTGAATGACAATGGATCCTACCA
AGGTGAGCTCAGTATATCGATCTTTGATTTGAGATTCGTAGCTGA
GTATGATTTTTGTGTTGTGTTGATTTTGCTTTGCGTTGCAGTTCCG
TCCGTCCAGCAGCCACGACACGACGGTGACGACGACGAACGCT
GGCGCTCCTGTGTGGAACGACAACGAGGCGCTGACTGTGGGGC
CTCGCGGTCCCATCCTGCTGGAGGACTACCACCTGATCGAGAAG
GTGGCGCACTTCGCGCGCGAGCGCATCCCGGAGCGCGTGGTGCA
CGCGCGCGGCGCGTCCGCCAAGGGCTTCTTCGAGTGCACCCACG
ACGTGACGTCGCTGACGTGCGCCGACTTCCTGCGCGCGCCCGGC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GTGCGGACGCCCGTGATCGTGCGCTTCTCGACGGTGATCCACGA
GCGGGGGTCCCCGGAGACGATCCGCGACCCGCGCGGGTTCGCC
GTGAAGTTCTACACCCGCGAGGGCAACTGGGACCTGCTGGGCA
ACAACTTCCCCGTCTTCTTCATCCGCGACGGCATCAAGTTCCCCG
ACGTGATCCACGCGTTCAAGCCCAACCCGCGGTCGCACGTGCAG
GAGTACTGGCGGGTGTTCGACTTCCTGTCGCACCTCCCCGAGAG
CCTGCACACCTTCTTCTTCCTCTTCGACGACGTGGGCGTGCCGTC
CGACTACCGCCACATGGAAGGGTTCGGCGTGAACACGTACACGT
TCGTGAGCGCGGCGGGGAAGGCGCAGTACGTGAAGTTCCACTG
GAAGCCGACGTGCGGCGTGCGGTGCATCCTGACGGACGAGGAG
GCGGCGCTGGTCGGGGGACGGAACCACAGCCACGCGACGCAGG
ACCTGTACGACTCCATCGCGGCGGGGAGCTTCCCGGAGTGGACG
CTGTACGTGCAGGTGATGGACCCGGACACGGAGGAGCAGTACG
ACTTCGACCCGCTGGACGACACCAAGACGTGGCCGGAGGACCT
GCTGCCGCTCCGCCCCGTGGGGAGGCTGGTGCTGGACAGGAAC
GTGGACAACTTCTTCAACGAGAACGAGCAGCTGGCGTTCGGGCC
GGGGCTGGTGGTGCCAGGGATCTACTACTCGGACGACAAGATGC
TGCAGTGCCGGGTGTTCGCCTACGCCGACACGCAGCGCTACAGG
CTGGGTCCCAACTACCTGATGCTGCCCGTCAACGCGCCGCGCTG
CGCGCACCACAACAACCACTACGACGGCGCCATGAACTTCATGC
ACCGCGACGAGGAGGTGGACTACTACCCGTCCAGGCACGCGCC
GCTGCGGCAGGCGGCGCCGCCCACGCCACTGCCGCCCAGGCCG
GTCGCGGGGAGGAGGGAGAAGGCAACCATACGCAAGCCCAACG
ACTTCAAGCAGCCAGGGGAGAGGTACCGCTCCTGGGACGCCGA
CCGACAGGACCGATTCGTGAGGCGATTCGCCGACTCGCTCGGAC
ACCCAAAGGTCAGCCAGGAGCTCAGGTCCATCTGGATAGACCTC
CTCGCCAAGGTACGTGGATGGCATGGCATGGCAGTGCCACACGT
GTTTTCGATCGATCTAGCTACTCATGCATGATATACGACGATTGCT
TTGCATATGCAGTGCGACGCGTCGCTGGGGATGAAGATTGCCAC
CCGGCTCAACATGAAGGCAAACATGTGATGCTTCTGCTGAATAG
AATAATAATGAAGACGCATGCATGTCGTCGCCAGGAACAAGAGA
AATAATACAAGACCACCACGCATGGGCATACTCCATATATATATGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
ATAGCCCGTGCCCGTGTCCGCCTTTGTACCAATACAAGCCAAGAC
TAGTGGATGTATTATTATTATTATTATTGCGCTATCACATACATGTAC
CCCTGCTACCTGAAGATGGATGTGTATCGAGTTATCAAATTAAGA
CACCTGCAGCAAAAAACTATATATGTTGCATAAGAATACTCGTCT
CGATATGGACATGATTCCCTCAGCTGCTAATTTAACCCTCCAACA
AATTCTGTAAGATCCTCTCGCTTCTCAGTCTATATATGTTTAAATAA
AATCCTCAGTCTATGGTTGAATACTCTTATATTCACCCTGATCAAC
GGATTAAATTGGATTGAGGTGTAATTTAGGGAGTGTTTGTTCGTA
GAGACTAATTTTTAGCCCGTCTATTTTATTACATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTAT
CCCCTCCTAGAAAGCACATCTATGCGGGAGAATTTGAAGCTATAT
GCTTCGGGATATCTTGTGTATCCCCTTCGTCTTCTTCTGAGTACAA
CTGTGGGCAAGAAGTTGATTACCATGTCATTTTCCACTGGTCGAT
ATTTCTATGGCTGCAATATATATATATAAGCGACTTTGACGTTTCGA
TTGTACACGTTACCTTCTTCATTTCAATATAAAAGTGCCGGTGGTT
TGGATTATTTATTTATTTATTTATTTTCCCCCCATGTGCCTTATCGAT
AGCTCCATACATGATAGTCCTACGATTTTTCACCCTCGTTAGCTTG
TAAACTAAGGGAGAGAAAAAAACTGCAATCACAATAAAGAACT
GCGCGCCTGGCGATCAATAATAATCCTGGGAGATACCGAGCAAA
GTTGGAAGGAACCATGCATGATTGTGATGTGCCACGACAGATGG
ATAAGGATAGACAGTGATAAACTCAGGTTCCCGGCATGATCGTTG
TACCTTTGCTGAAGAAATCAACAGGACGACGCCGCCGCCGACGA
CGACGTAAGTCTGTGTGTATCATCTGAATTAAAGACCACTGGCTC
TGCTGCTAACTAGTTTCCTTCAAGCAAGGCCATATGCAGTTGATG
GACAATGCACAAAATCCAGCCAGGCCATAGCATATGGATTGATCG
GCAGAAACACAAGGGACTACGCTACAAATGCACAAAATACACA
GGCAACTAGTAGATCTAGAAGATGCCGCGGCTGCGAGCAACCTC
GAGGATATCCTCACCACCGGTGATTGTAGAAGGAGCGGTGGGGA
TCATGAGCACGGCCCTGGCGAGAGGGTCCAGTTCGGGGCTGCGG
CTCGGAGTCGGAGACCTGATCTTGTTGGCTCTTCTCACCTTCCTC
TTGCAGGCACTCTTCCTCTTGCAGACCTTCTTCCGCGGCTTCAAT
TTGACCCGCTCCGGACGGCGACTCTTACTGTCCGAGGGAGGGGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GGGAGCGGGAGCGGGAGCGGGAGGAGGGGTGGGGTCAGGCTG
GGTGAAGGGGATGGAGCACATGACGATGGCCTCTTCCCCCGGAC
TCTGCGGGTCCTGATGCGTGAGAGGCGGCGTGCTGAACACCTCG
ACCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCTCAT
TGTCACGGGAGATGAAGCGGGCGCGGACGATGAGCTC
5. Animal
 Drosophila melanogaster catalase gene, complete cds
Dari data tersebut diketahui bahwa :

o panjang base pairnya adalah 8062bp
o Accession Number U00145 dari versi U00145.1
o Organisme Drosophila melanogaster. Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa;
Arthropoda; Hexapoda; Insecta; Pterygota; Neoptera; Holome-tabola;
Diptera; Brachycer; Muscomorpha; Ephydroidea; Drosophilidae;
Drosophila; Sopho-phora.
o referensi judul jurnal terkait adalah “Molecular analysis of the Drosophila
catalase gene Journal Arch Biochem Biophys 330 (2), 251-258 (1996)
PUBMED 8660653.
ATGGCTGGACGCGATGCGGCTTCCAATCAGTTGATTGACTACAA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AAACTCCCAAACGGTTTCTCCTGGTGCCATTACCACCGGCAATG
GAGCACCCATTGGTATCAAGGATGCCTCCCAGACGGTTGGTCCG
CGAGGACCTATCCTGCTGCAGGATGTGAACTTCCTGGATGAGAT
GTCGCACTTCGACAGGGAGCGGATTCCAGAGCGTGTCGTGCAC
GCCAAGGGAGCTGGTGCTTTTGGTTACTTTGAGGTGACCCACGA
CATCACCCAGTATTGTGCCGCCAAGATTTTCGACAAGGTCAAGA
AGCGCACTCCACTGGCCGTGCGATTCTCCACCGTGGGTGGTGAG
AGCGGATCTGCGGACACCGCCCGCGATCCTCGAGGATTTGCCGT
CAAGTTCTACACTGAGGATGGCGTTTGGGATTTGGTTGGCAACA
ACACGCCGGTCTTCTTCATTCGCGACCCGATCCTATTCCCCAGCT
TCATTCACACCCAGAAGCGCAACCCGCAGACGCATCTGAAGGAT
CCGGACATGTTCTGGGACTTCCTCACCCTGCGACCGGAGTCCGC
TCACCAGGTGTGCATCCTGTTCAGCGATCGCGGCACCCCCGACG
GTTACTGCCACATGAACGGCTATGGCTCGCACACCTTCAAATTGA
TCAACGCCAAGGGCGAGCCCATCTATGCCAAGTTCCACTTCAAG
ACGGACCAGGGCATCAAGAATCTGGACGTGAAGACCGCCGATC
AGTTGGCTAGCACTGATCCGGATTACAGCATTCGCGATCTGTACA
ACAGGATCAAGACCTGCAAGTTCCCCAGTTGGACGATGTACATT
CAGGTCATGACCTACGAGCAGGCCAAGAAGTTCAAGTACAACC
CCTTCGATGTCACCAAGGTCTGGTCGCAGAAGGAGTACCCTCTG
ATTCCTGTGGGCAAAATGGTGCTGGATCGCAATCCCAAGAACTA
CTTTGCTGAGGTGGAGCAGATCGCCTTCAGTCCCGCTCACCTGG
TGCCCGGCGTCGAGCCCTCTCCGGACAAGATGCTGCATGGTCGT
CTGTTCTCCTACTCGGACACCCATCGCCATCGCCTGGGACCGAA
CTACTTGCAGATCCCGGTGAACTGCCCGTACAAGGTGAAGATTG
AGAACTTCCAGCGGGATGGAGCCATGAATGTGACGGACAACCA
GGATGGTGCCCCCAACTACTTCCCCAACTCGTTCAACGGTCCCC
AGGAATGCCCCAGGGCCAGGGCCTTGTCCTCCTGCTGTCCGGTG
ACTGGAGATGTCTACCGCTACAGCAGCGGCGACACCGAGGACA
ACTTCGGCCAGGTCACCGACTTCTGGGTGCATGTGCTCGACAAG
TGCGCCAAGAAGCGCCTGGTGCAGAACATCGCCGGCCATTTGA
GCAACGCCAGCCAGTTCCTGCAGGAGCGGGCCGTCAAGAACTT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CACCCAGGTGCACGCCGATTTCGGTCGCATGCTGACTGAGGAAC
TCAACCTGGCCAAGTCCTCGAAGTTCTAA
 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete
cds
Dari data diatas diperoleh :

o Panjang base pair : 10544 bp
o Accession Number GeneBank : AH004967 M23742 M25669 M25670
M25671 M25672 M25673 M25674 M25675 M25676 M25677 M25678
M25679 M25680
o Organisme asal : Rattus norvegicus Eukaryota; Metazoa; Chordata;
Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria;
Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae;
Murinae; Rattus.
o Judul Jurnal terkait : Isolation and characterization of the rat catalase-
encoding gene
o Urutan nukelotida dari coding sequences(data berupa file fasta),
>lcl|AH004967.2_cds_AAB42378.1_1 [gene=catalase] [protein=catalase]
[protein_id=AAB42378.1]
[location=join(4689..4754,5146..5317,5518..5628,5829..5959,6160..6264,
NIM : 118270102
Nama Asprak:
6465..6590,6791..6982,7183..7335,7536..7674,7875..8005,8206..8313,851
4..8597,8858..8923)] [gbkey=CDS]
ATGGCGGACAGCCGGGACCCAGCCAGCGACCAGATGAAGCAGT
GGAAGGAGCAGCGGGCCCCTCAGAAACCCGATGTCCTGACCAC
CGGAGGCGGGAACCCAATAGGAGATAAACTTAATATCATGACT
GCGGGGCCCCGAGGGCCCCTCCTCGTTCAAGATGTGGTTTTCAC
CGACGAGATGGCACACTTTGACAGAGAGCGGATTCCTGAGAGA
GTGGTACATGCAAAGGGAGCAGGTGCTTTTGGATACTTTGAGGT
CACCCACGATATTACCAGATACTCCAAGGCAAAGGTGTTTGAG
CATATTGGGAAGAGGACTCCTATTGCCGTCCGATTCTCCACAGT
CGCTGGAGAGTCAGGCTCAGCTGACACAGTTCGTGACCCTCGTG
GGTTTGCAGTGAAATTCTACACTGAAGATGGTAACTGGGACCTT
GTGGGAAACAACACCCCTATTTTCTTCATCAGGGATGCCATGTT
GTTTCCATCCTTTATCCATAGCCAGAAGAGAAACCCACAAACTC
ACCTGAAGGACCCTGACATGGTCTGGGACTTCTGGAGTCTTTGT
CCAGAGTCTCTCCATCAGGTTACTTTCTTGTTCAGCGACCGAGG
GATTCCAGATGGACATCGGCACATGAATGGCTATGGCTCACAC
ACCTTCAAGCTGGTTAATGCGAATGGAGAGGCAGTGTACTGCA
AGTTCCATTACAAGACTGACCAGGGCATCAAAAACTTGCCTGTT
GAAGAGGCAGGAAGACTTGCACAGGAAGACCCGGATTATGGCC
TCCGAGATCTTTTCAATGCCATCGCCAGTGGCAATTACCCATCC
TGGACTTTTTACATCCAGGTCATGACTTTCAAGGAGGCAGAAAC
CTTCCCATTTAATCCATTTGACCTGACCAAGGTTTGGCCTCACA
AGGACTACCCTCTTATACCAGTTGGCAAACTGGTCTTAAACAGA
AATCCTGCTAATTATTTTGCTGAAGTTGAACAGATGGCTTTTGA
CCCAAGCAACATGCCCCCTGGCATTGAGCCCAGCCCGGACAAG
ATGCTCCAGGGCCGCCTTTTTGCTTACCCAGACACTCACCGCCA
CCGCCTGGGACCAAACTATCTGCAGATACCTGTGAACTGTCCCT
ACCGTGCTCGCGTGGCCAACTACCAGCGCGATGGCCCCATGTGC
ATGCATGACAACCAGGGTGGTGCTCCCAACTACTACCCCAACA
GCTTCAGCGCACCAGAGCAGCAGGGCTCGGCCCTGGAGCACCA
TAGCCAGTGCTCTGCAGATGTGAAGCGCTTCAACAGTGCTAATG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AAGACAACGTCACTCAGGTGCGGACATTCTATACGAAGGTGTT
GAATGAGGAGGAGAGGAAACGCCTGTGTGAGAACATTGCCAAC
CACCTGAAAGATGCTCAGCTTTTCATTCAGAGGAAAGCGGTCA
AGAATTTCACTGACGTCCACCCTGACTACGGGGCCCGAGTCCAG
GCTCTTCTGGACCAGTACAACTCCCAGAAGCCTAAGAATGCAAT
TCACACCTACGTACAGGCCGGCTCTCACATAGCTGCCAAGGGA
AAAGCTAACCTGTAA
6. Apa yang dimaksud dengan cds?
Coding sequences adalah bagian dari DNA atau RNA gen yang mengkode
protein . Mempelajari panjang, komposisi, regulasi, splicing, struktur, dan fungsi
daerah pengkodean dibandingkan dengan daerah non-pengkode pada spesies dan
periode waktu yang berbeda dapat memberikan sejumlah besar informasi penting
mengenai organisasi gen dan evolusi prokariota dan eukariota (Höglund M, Säll T,
Röhme D (Februari 1990). "Tentang asal urutan pengkodean dari bingkai
pembacaan terbuka acak". Jurnal Evolusi Molekuler . 30 (2): 104–108. )
d. Klik send to → analysis tool → BLAST
diperhatikan: blastn, standard database, highly similar sequence → BLAST.
e. Data yang didapat setelah melakukan blastn :

Hasil blast umumnya akan menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian.
Informasi dari hasil BLAST tersebut berupa Score, Query Coverage, E-value dan
Maximum identity. Score adalah jumlah keselarasan semua segmen dari urutan
database yang cocok dengan urutan nukleotida. Nilai skor menunjukkan keakuratan
nilai penjajaran sekuens berupa nukleotida yang tidak diketahui dengan sekuens
nukleotida yang terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi nilai skor yang diperoleh
NIM : 118270102
Nama Asprak:
maka semakin tinggi tingkat homologi kedua sekuens. Query coverage adalah
persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database yang terdapat pada
BLAST. Max identity adalah nilai tertinggi dari persentasi identitas atau kecocokan
antara sekuen query dengan sekuen database yang tersejajarkan (Miller 1990). Nilai
E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistic yang signifikan
terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat
homologi antar sekuens semakin rendah, sedangkan nilai E-value yang semakin
rendah menunjukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai E-value
bernilai 0 (nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens tersebut identik (Claverie 2003).
B. RCSB PBD (Protein Data Bank)
1. Buka browser RCSB PDB (https://www.rcsb.org/) dan akan muncul tampilan sebagai
berikut :
1. Data 6LU7
Search dengan entry 6LU7, dan muncul halaman sebagai berikut :
2. Informasi Umum terkait 6LU7

NIM : 118270102
Nama Asprak:
a. Nama protein dengan id number 6LU7? Jenis homologi protein?

 Nama protein dengan id number 6LU7 : Protease, Viral Protein
 Jenis homologi protein : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
(SARS-CoV-2.
 Berat molekul protein : 34.51 kDa
 Jumlah asam amino : 312
 Jumlah chain : 2
 Jumlah atom : 2500
 Metode apa yang didapatkan untuk menghasilkan gambar dengan entry 6LU7 :
X-RAY DIFFRACTION
 Sumber referensi jurnal dalam menghasilkan gambar dengan entry 6LU7 :
Structure of Mprofrom SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors.
Jin, Z., Du, X., Xu, Y., Deng, Y., Liu, M., Zhao, Y., Zhang, B., Li, X., Zhang,
L., Peng, C., Duan, Y., Yu, J., Wang, L., Yang, K., Liu, F., Jiang, R., Yang,
X., You, T., Liu, X., Yang, X., Bai, F., Liu, H., Liu, X., Guddat, L.W., Xu,
W., Xiao, G., Qin, C., Shi, Z., Jiang, H., Rao, Z., Yang, H. (2020) Nature 582:
289-293
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Sequence asam amino dari protein dengan entry 6LU7
 Representasi NewCartoon untuk chain A metode pewarnaan Secondary

Structure pada program VMD. Apakah chain A tersebut?
Chain A :
SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSE
DMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTA
NPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLN
GSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQ
TAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMK
YNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGS
ALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQ
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Representasi NewCartoon untuk chain C metode pewarnaan Secondary

Structure pada program VMD. Apakah chain C tersebut?
Chain C : XAVLXX
NIM : 118270102
Nama Asprak:
KESIMPULAN :
Pada percobaan ini dapat ditarik kesimpulan bahwa analisis dari suatu Gen dan Protein
dapat dilakukan dengan menggunakan NCBI ( National Centre for Biotechnology Information )
dan Protein Data Bank (PDB). Dimana NCBI merupakan suatu institusi yang konsen sebagai
sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses
oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data
genome dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada
pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan
kesehatannya. Sedangkan, Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data
struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat.
DAFTAR PUSTAKA :
Guyton and Hall. 1996. Buku Ajar Fisiologi Kedokteran. Edisi 9. Jakarta : EGC
Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Desember
1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB
structures". Trends Biochem. Sci. (dalam bahasa Inggris). 22 (12): 488–90.
Lewitter F1 1987 Online use of the GenBank Genetik Seguence Data Bank. Development in
Industrial Microbiology. Journal of Industrial Microbiology Suppl. Vol. 27. No.1
Maulana, R.A. 2010. Isolasi DNA dan Elektroforesis DNA. Jakarta : UniversitasPendidikan
Indonesia.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Nuswantara S. 2000. Internet untuk biologi molekuler. Warta Biotek. Vol.14 No 2 Juni 2000.
Wang, Y.C., Wang, J.D., Chen, C. H., Chen, Y. W., Li, C. 2015. A Novel BLAST-Based
Relative Distance (BBRD) Method Can Effectively Group Members OfProtein
Arginine Methyltransferases And Suggest Their Evolutionary Relationship.
Molecular Phylogenetics And Evolution.
LAMPIRAN
Tugas Pendahuluan :
1. Apa kegunaan dari adanya database untuk gene dan protein?
Jawab :
Database protein menyimpan catatan teks untuk sekuens protein individu, yang
berasal dari berbagai sumber daya seperti proyek NCBI Reference Sequence (RefSeq),
GenBank, PDB, dan UniProtKB / SWISS-Prot. Catatan protein ada dalam format berbeda
termasuk FASTA dan XML dan ditautkan ke sumber daya NCBI lainnya. Protein
memberikan data yang relevan kepada pengguna seperti gen, urutan DNA / RNA, jalur
biologis, data ekspresi dan variasi, dan literatur. Ini juga menyediakan set yang ditentukan
sebelumnya dari protein serupa dan identik untuk setiap urutan seperti yang dihitung oleh
BLAST. Database Struktur NCBI berisi kumpulan koordinat 3D untuk struktur yang
ditentukan secara eksperimental di PDB yang diimpor oleh NCBI. Database Domain
Konservasi ( CDD ) protein berisi profil sekuens yang mengkarakterisasi domain yang
sangat terkonservasi dalam sekuens protein. Ini juga memiliki catatan dari sumber daya
eksternal seperti SMART dan Pfam . Ada database lain dalam protein yang dikenal
sebagai database Protein Clusters yang berisi kumpulan urutan protein yang
dikelompokkan sesuai dengan penyelarasan maksimum antara urutan individu yang
dihitung oleh BLAST. (Sayers E. (2013). Buku Pegangan NCBI, edisi ke-2, Sumber Daya
Protein NCBI)
2. Sebutkan laman untuk database gene dan protein! (minimal 5)!
Jawab :
- INSDC ( International Nucleotide Sequence Database Collaboration ), yaitu GenkBank
pada NCBI ( National Center Biotechnology Information – USA).
- EMBL – Bank ( European Molecular Biology Laboratory ).
- DDBJ ( DNA Datat Bank of Japan ) pada CIB ( Center for Information Biology -Jepang ).
- Expasy ( Expert Protein Analysis )
NIM : 118270102
Nama Asprak:
- SWISS PROT protein Sequence Database oleh SIB ( Swiss Institute of Bioinformatic).
- EBI ( Europe Bioinformatic Institute ).
3. Jelaskan hubungan antara gene dan protein sehingga protein dalam menjalankan
fungsinya!
Jawab :
- Dalam sintesis protein, gen berperan penting tahapnya. Pertama, gen akan disalin dan
digandakan menjadi RNA Polimerase setelah digandakan RNA Polimerase tersebut
akan disintesis oleh Ribosom.
- Pada dasarnya, sel menggunakan informasi genetik (gen) yang terdapat di DNA untuk
membuat protein, proses pembuatan protein atau sintesis protein ini dibagi menjadi tiga
langkah, yaitu transkripsi, translasi dan pelipatan protein.
- DNA itu tersusun dari basa nitrogen yang merupakan kode-kode materi genetik yang
menyusun suatu makhluk hidup. Namun tidak semua DNA dapat dikodekan, hampir
90% DNA adalah intron (intranslated region) yang tidak mengode apa-apa. Exon
(expressed region) adalah segmen DNA yang dapat dikodekan. Gen adalah bagian dari
DNA yang akan diekspresikan. Tujuan dari ekspresi gen adalah sintesis protein karena
ribosom pada sitoplasma mengode mRNA menjadi kumpulan asam amino yang
merupakan monomer-monomer dari protein.
Post-Test :
1. Jelaskan perbedaan data yang diperoleh antara NCBI dan RCSB PDB! (minimal 3
perbedaan)
Jawaban : Jika NCBI menyimpan serangkaian basis data yang relevan untuk bioteknologi
dan biomedis tetapi data base utamanya adalah Genbank untuk urutan DNA dan PubMed,
database blibliografi biomedis serta database Epigenomics. Sedangkan RSCB PDB
menyimpan serangkaian basis data struktur tiga dimensi dari molekul biologis seperti
protein dan asam nukleat.
2. Jelaskan manfaat dari mempelajari data yang diperoleh dari database gene dan protein
dalam menemukan informasi terkait suatu penyakit tertentu contohnya COVID-19!
Jawaban : Manfaatnya bisa menjadi data yang valid untuk melakukan penelitian lebih
lanjut mengenai penyakit tersebut dan bisa mempermudah peniliti untuk membuat obat
ataupun inhibitor dari penyakit tersebut karena sudah mengetahui gen dan protein
penyakit tersebut tanpa melakukan percobaan.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul2 Kelompok4B

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul2 Kelompok4B

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

PROGRAM STUDI KIMIA

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

HASIL DATA PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN :

2. Informasi Umum terkait Enzim Catalase

 Jumlah data Protein terkait Catalase : 422,297

 Data yang ditampilkan berdasarkan data Protein : Database protein menyimpan

 Data yang ditampilkan berdasarkan data Nucleotide

3. Ikuti langkah berikut.

 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds

 Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds

 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds

 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds

 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete

Di peroleh data berikut sebagai berikut :

 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds

Di peroleh data berikut sebagai berikut :

Dari data tersebut diketahui bahwa

o ORGANISM Blastocrithidia triatomae

Dari data tersebut diketahui bahwa

o Panjang base pair : 3535 bp

 Emericella nidulans catalase A (catA) gene, complete cds

Diperoleh data sebagai berikut :

di dapat data sebagai berikut :

o Organisme asal yaitu Eukaryota; Viridiplantae;

Dari data tersebut diketahui bahwa :

Dari data tersebut diketahui bahwa :

Dari data diatas diperoleh :

diperhatikan: blastn, standard database, highly similar sequence → BLAST.

e. Data yang didapat setelah melakukan blastn :

2. Informasi Umum terkait 6LU7

a. Nama protein dengan id number 6LU7? Jenis homologi protein?

 Sequence asam amino dari protein dengan entry 6LU7

 Representasi NewCartoon untuk chain A metode pewarnaan Secondary

 Representasi NewCartoon untuk chain C metode pewarnaan Secondary

Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

Anda mungkin juga menyukai