Format Laporan Resmi Praktikum SFB (Genap)

LAPORAN PRAKTIKUM Nama : Lani Puspita
NIM : 119270078
STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL Kelas : SFB RA
PROGRAM STUDI KIMIA Kelompok: 4 Empat
INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA Nama Asprak: Syahdila
PERCOBAAN KE :2
JUDUL PERCOBAAN (2) : Database Gen & Protein
TUJUAN PERCOBAAN (3) :

1. Memahami pemanfataan data gen di NCBI
2. Memahami pemanfataan data protein di RCSB PDB
DASAR TEORI (10) :
Alur pengerjaan dan Penjelasan
Tugas 1
Kelas enzim : HIDROLASE
Enzim : LIPASE
Diakses tanggal 26 April 2021

NIM : 119270078
Berdasarkan data Lipase di NCBI

a. Jumlah data PubMed : 45.902 data
Data Pubmed berisi : Berisi tentang tahun penelitian enzim lipase,enzim
ini diteliti pertama kali pada tahun 1909 hingga saat ini.Selain itu terdapat berbagai jurnal
yang berkaitan tentang enzim lipase.
NIM : 119270078
b. Jumlah data gene : 68.354 data

Data gene berisi : berisikan data enzim lipase yang terdapat dalam
berbagai takson.Terdapat enzim lipase dengan ID bermacam-macam yang memiliki fungsi
masing masing terhadap objek yang dituju.
Terdapat 82533 item didalam gene enzim lipase.

 Brassica napus (572)
 Camelina sativa (550)
 Hibiscus syriacus (524)
 Triticum dicoccoides (478)
 Quercus suber (353)
 All other taxa (64565)
Contoh : triacylglycerol lipase [ Triticum aestivum (bread wheat) yang terdapat pada roti
gandum. Dengan ID 543006.
NIM : 119270078
Tipe gene nya adalah protein koding

Organism : Triticum aestivum
Lineage : Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliopsida; Liliopsida; Poales; Poaceae; BOP clade; Pooideae;
Triticodae; Triticeae; Triticinae; Triticum
c. Jumlah data protein : 1.141.955 data

Data protein berisi : terdapat 1.141.955 item.
Perbedaan spesies yang dapat meghasilkan enzim lipase adalah

NIM : 119270078
Spesies :
 Animals(59,508)
 Plants(48,068)
 Fungi(53,564)
 Protists(6,222)
 Bacteria(967,149)
 Archaea(1,575)
 Viruses(1,147)
Kompartemen genetik terdiri dari
 Chloroplast(1)
 Mitochondrion(25)
 Plasmid(2,064)
 Plastid(1)
Pencarian yang sering dicari :
 Staphylococcus aureus (104445)
 Mycobacterium tuberculosis (81881)
 Streptococcus pneumoniae (63977)
 Acinetobacter baumannii (29236)
 Mycobacteroides abscessus (27785)
 All other taxa (834631)
Contoh protein lipase yaitu lipase [Trifolium pratense] yang terdiri dari 354 aa protein.
ORGANISM Trifolium pratense
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; Gunneridae;
NIM : 119270078
Pentapetalae; rosids; fabids; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae;

Trifolieae; Trifolium.
ACCESSION PNY15192
TITLE Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense;
Fabaceae)
Susunan aa :
MLHYSSIVLHCCYSRYLIILELKARHTSPLAQYNHTLATILVEYASAVYMSDLTQLFTWTCSRCGDLTKG
FEIIELVVDVEHCLQAFVGVAEDPHAIIIAFRGTNEHSLQNWIEDLYWKQYEINYPDMDDAMVHRGFYTA
YHNTTIRPAVLGAVERAKKFYGNIQIIVVGHSMGGAMAAFCALDLTVNKQENXVQVMTFGQPRIGNGVFA
SLYSKLVPNTIRVTHDHDIVPHLPPYYYYLPQKTYQHFPREVWLYNIGLGSLVYRVEKICDGSGEDPSCS
RSVSGNSITDHLVYYGVDMGSDDPEACRIVLNSFVLNTGIRDSKGNLVLSRDPANSLLKLSREFDSQEKP
IRVY
d. Jumlah data conserved domain : 100 data

Jumlah data structure : 858 data
Perbedaan data :
Gambar struktur protein menggambarkan susunan asam amino yang sudah bisa
dipakai.Rangkaian protein ini terdiri dari bentuk a’ helix,turn,coil b’ sheet dan dilengkapi
oleh ikatan peptida.
NIM : 119270078
NIM : 119270078
Terdiri dari sekuens asam amino yang banyak,dan terdapat daerah lestari.
e. Jumlah data nukleotida : 516.544 data

Data nukleotida berisi :
 Spesies Animals(54,470)
 Plants(120,343)
NIM : 119270078
 Fungi(21,187)
 Protists(2,585)
 Bacteria(307,525)
 Archaea(461)
 Viruses(558)
Dengan tpe molekul :DNA/RNA sebanyak 358,355 data
mRNA sebanyak 42,125 data
rRNA sebanyak 2 data

Sequence Type
o Nucleotide(500,699)
o EST(6,337)
o GSS(63)
Genetic compartments
o Chloroplast(1)
o Plasmid(568)
o Plastid(1)
Data pada nukleotida Nukleotida
Apa terdapat perbedaan panjang base pair(bp)

Jelaskan perbedaan tersebut
NIM : 119270078
Spesies Plantae : 120.343 data

Dengan tipe molekul : DNA/RNA sebanyak 11.674 data
mRNA sebanyak 5.798
Plantae : Gossypium hirsutum lipase mRNA
NIM : 119270078
panjang base pair : 1286 bp

NIM : 119270078
Accession number : EU273289
ORGANISM Gossypium hirsutum

NIM : 119270078
TITLE Molecular cloning, characterization, and mapping of the lipase gene

in Gossypium hirsutum L.
CATACTAAGACAGTCTCCAATAAACCACTATCTTAGTGTGTGTTATTCTGCTTCTGGTTTTTCAATTCAA
TGGAAAGTTCAGTTGTTGTTCCATGGTTGATTTTAGGGGTTTTGATGGCAATTTCAAGCACTCAAGTTGA
AGCAGCTGCCAGGGCTTTTTTCGTATTTGGTGATTCACTGGTTGATAATGGCAATAACAATTACCTTGCC
ACCACTGCTCGAGCTGACTCACCTCCTTATGGCATTGACACTCCTAGTCGTCATCCCACAGGCCGTTTCT
CCAATGGCAAAAACATTCCTGATTTCATCACTGATGCACTTGGATCAGAGCCAACATTACCATATTTGAG
TCCAGAACTGAAGGGAGATAAGCTACTTGTTGGTGCCAACTTTGCTTCTGCTGGTATTGGAATCCTCGAT
GACACTGGAATCCAATTTATGAACATTATAAGAATGTTCAGACAATTCCAATACTTCGAAGAATACCAAA
AAAAGTTGGCTGACCTTGTGGGAAAAGATGAAGCACAGAGGATTGTAAGCGAAGCACTTGTCCTCATCAC
NIM : 119270078
TGTTGGCGGCAATGATTTCGTCAACAACTACTTCTTAGTGCCTTTTTCAGCAAGATCTCGCCAATTCAAC
CTTCCAGATTATGTTAGATATCTCATCTCCGAGTACAGAAAACTTCTAGTGAGACTATATGATCTAGGAG
CCCGAAAGGTTCTTGTGACGGGGACTGGACCGTTAGGGTGTGTTCCGGCGGAACTAGCAATGAGAAGCCC
AAGTGGTCAATGTGCAACAGAGCTGCAACAAGCGGCCGCATTATATAATCCGCAACTGGTGGAAATGGTC
AATGGACTGAATAGCCAGTTGGGTGCAAATATTTTCATTGCTGCTAACACACAGCAACAAACCAGTGATT
TCATCAGTAATCCTGGAGCCTATGGGTTTACTACATCAAAAATAGCTTGTTGCGGCCAAGGACCTTATAA
TGGTTTGGGATTATGCACTCAATTATCAAATTTGTGTTCAAACCGAAACGAATATGTATTTTGGGATGCA
TTCCACCCATCCGAAAGAGCTAATGGAATTATCGTTGACATGATCTTAAATGGTTCAACAAGCTACATGA
ATCCCATGAATCTCAACGCCTTCTTGGCTTTAGACACCAAAACCAAGACTTAGTTTAACTGCATTTGTCG
CAGGACAACCTAAGCTTTTGTTGTTGTTATCATGCATTTGATTGTTAATTTATCATGTTGTTGTTGTGGT
TGGGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Masuk ke blastn untuk mengetahui kekerabatan Gossypium hirsutum

NIM : 119270078
BLASTN
Data yang didapatkan dari blastn adalah perbandingan suatu sekuen antara nukleotida
satu dengan nukleotida lainnya berdasarkan kemiripakan sekuen dan sebagai alat
identifikasi karakter genetik dan gennya.
Pastikan bahwa blastn yang terpelih ,karena data enzim dari nukleotida yang diminta.
NIM : 119270078
Ouput blast didapatkan identitas dari nukleotida yang meliputi nama ges spesies,dan panjang base
pair.
Molecule Type :mixed DNA
Update date :2021/04/25
Number of sequences :69692899
Kekerabatan Gossypium hirsutum.

NIM : 119270078
NIM : 119270078
JAWABAN TUGAS PENDAHULUAN/TUGAS TIAP MODUL (15) :

NIM : 119270078
KESIMPULAN (10) :
NIM : 119270078
DAFTAR PUSTAKA (5) :
Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

Format Laporan Resmi Praktikum SFB (Genap)

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Format Laporan Resmi Praktikum SFB (Genap)

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

LAPORAN PRAKTIKUM Nama : Lani Puspita

TUJUAN PERCOBAAN (3) :

DASAR TEORI (10) :

Alur pengerjaan dan Penjelasan

Diakses tanggal 26 April 2021

Berdasarkan data Lipase di NCBI

b. Jumlah data gene : 68.354 data

Terdapat 82533 item didalam gene enzim lipase.

Tipe gene nya adalah protein koding

c. Jumlah data protein : 1.141.955 data

Perbedaan spesies yang dapat meghasilkan enzim lipase adalah

Pentapetalae; rosids; fabids; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae;

d. Jumlah data conserved domain : 100 data

e. Jumlah data nukleotida : 516.544 data

mRNA sebanyak 42,125 data

rRNA sebanyak 2 data

Apa terdapat perbedaan panjang base pair(bp)

Spesies Plantae : 120.343 data

panjang base pair : 1286 bp

Accession number : EU273289

ORGANISM Gossypium hirsutum

TITLE Molecular cloning, characterization, and mapping of the lipase gene

Masuk ke blastn untuk mengetahui kekerabatan Gossypium hirsutum

Kekerabatan Gossypium hirsutum.

JAWABAN TUGAS PENDAHULUAN/TUGAS TIAP MODUL (15) :

DAFTAR PUSTAKA (5) :

Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

Anda mungkin juga menyukai