PRATIKUM TEMA 1

EKPLORASI BIOKIMIA BERBASIS INTERNET

Oleh :
Ni Putu Aryanti (2013031020)
Ni Made Diantari Pratiyaksi (2013031021)
Gede Wisnu Ambara Putra (2013031023)

JURUSAN KIMIA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
2022
 Percobaan 1
Eksplorasi Biomolekul Berbasis Internet

I. Tujuan
Mengeksplorasi dan mempelajari struktur serta fungsi molekul-molekul biokimia
menggunakan beberapa basis data yang diakses melalui internet.

II. Dasar Teori

Sumber informasi berbasis internet telah mendorong perkembangan yang pesat dari
cabang ilmu bioinformatika dan biokimia komputasi. Sumber informasi ini telah banyak
berkontribusi bagi pengumpulan dan diseminasi informasi biokimia. Berbagai basis data
bermunculan dengan kekhasan masing-masing. Contoh basis data yang sering diakses
untuk tujuan mengeksplorasi struktur biokimia diberikan pada Tabel-1.

Tabel-1. Contoh basis data yang sering diakses untuk analisis biomolekul

Genomik Proteomik Metabolomik

GenBank RSCB Kyoto Encyclopedia of Genes
http://www.ncbi.nlm.nih.g http://www.rscb.org and Genomes (KEGG)
ov http://www.genome.jp/kegg/ke
gg2.html
EMBL PDBJ
http://www.ebi.ac.uk/embl http://pdbj.org
/
DNA Data Bank of BRENDA
Japan http://www.brenda-
http://www.ddbj.nig.ac.jp enzyme.info/index/php4
CSA
http://www.ebi.ac.uk/thornton
-srv/databases/CSA/

III. Persiapan

1. Pastikan komputer desktop ataupun notebook/laptop yang digunakan pada

praktikum kali ini telah terhubung dengan internet.
2. Beberapa situs basis data memerlukan aplikasi java. Oleh karena itu, pastikan
browser yang digunakan telah didukung oleh Java Runtime Enviroment (JRE).
Program ini dapat diunduh dari situs www.java.com.

IV. Prosedur

Praktikum #1
Pada tabel 1 di atas baru dicontohkan database untuk mengeksplorasi struktur protein dan
DNA. Sedangkan biomolekul lainnya seperti karbohidrat dan lipid belum dituliskan
dalam daftar di atas.
 Tugas:
1. Cari minimal dua basis data baik untuk karbohidrat dan lipid, berikan lengkap
dengan alamat webnya. Tampilkan halaman muka masing-masing web di dalam
laporan.
2. Informasi apa yang dapat diperoleh dari masing-masing web yang ditemukan baik
untuk karbohidrat dan lipid.
3. Berikan satu contoh cara penggunaan untuk setiap basis data yang ditemukan di atas.

Pratikum #2
Enzim Phenylalanine hydroxylase (PAH), EC 1.14.16.1, adalah enzim yang berperan
dalam biosintesis asam amino L-tirosin. Enzim ini mengkatalisis penambahan gugus
hidroksil pada L-fenilalain. PAH merupakan enzim multisubunit yang terdiri dari 4
subunit yang identik. Setiap subunit terdiri dari tiga domain, yaitu domain regulator,
domain katalitik, dan domain tetramerisasi. PAH juga mengikat kofaktor Fe2+ pada tiap
subunitnya.
1. urutan DNA pada subunit PAH manusia di GenBank.
2. penyakit yang terkait dengan defisiensi PAH di OMIM.
3. struktur 3D PAH di RSCB atau PDBJ dengan kode akses 2pah.
4. nilai KM, kcat, pH Optimum, temperatur optimum dari PAH manusia dengan
substrat L-fenilalanin di BRENDA.
5. residu yang terlibat pada pusat aktif enzim di CSA.
6. jalur metabolisme yang melibatkan PAH di KEGG.

Praktikum #3
Cari informasi satu enzim yang memiliki keterkaitan dengan penyakit tertentu pada
manusia. Cari informasi minimal seperti pada tugas praktikum #2

V. Hasil dan Pembahasan

Pratikum #1
A. Basis Data Lipid
1) Alamat web : http://www.jlr.org/content/46/5/839.abstract
 Informasi dari sumber web diatas :
Sebuah sistem klasifikasi yang komprehensif untuk lipid, Lipid diproduksi,
diangkut, dan diakui oleh tindakan bersama dari berbagai enzim, protein yang
mengikat, dan reseptor. Suatu analisis yang komprehensif molekul lipid,
"lipidomics," dalam konteks genomik dan proteomik sangat penting untuk
memahami fisiologi dan patologi seluler, akibatnya, biologi lipid telah menjadi
target penelitian utama dari revolusi postgenomic dan sistem biologi. Untuk
memfasilitasi komunikasi internasional tentang lipid, klasifikasi komprehensif
lipid dengan platform umum yang kompatibel dengan persyaratan informatika
telah dikembangkan untuk menangani sejumlah besar data yang akan dihasilkan
oleh masyarakat lipid kami. Sebagai langkah awal dalam pembangunan ini, kita
membagi lipid ke dalam delapan kategori (acyls lemak, gliserolipid,
gliserofosfolipid, sphingolipids, lipid sterol, lipid prenol, saccharolipids, dan
poliketida) yang mengandung kelas yang berbeda dan subclass molekul, menyusun
secara umum mewakili struktur kimia lipid individu dan turunannya, dan
memberikan identifier 12 digit untuk setiap molekul lipid yang unik. Skema
klasifikasi lipid kimia berbasis dan didorong oleh unsur-unsur hidrofobik dan
hidrofilik yang berbeda yang membentuk lipid.
 Contoh penggunaan data basis :
Kosakata terstruktur ini akan memudahkan sistematisasi biologi lipid dan
memungkinkan katalogisasi lipid dan sifat mereka dengan cara yang kompatibel
dengan database makromolekul lainnya.
2) Alamat Web: http://www.lipidmaps.org/

 Informasi dari sumber diatas :

The LIPID MAPS infrastruktur merupakan sumber daya yang unik untuk
komunitas biomedis. Selain menyediakan database terbesar struktur molekul lipid,
sumber daya peta lipid berisi informasi tentang proteome lipid, perkiraan
kuantitatif lipid dalam plasma manusia, peta lengkap pertama dari lipidome
makrofag, dan sejumlah alat untuk biologi lipid termasuk alat spektrometri massa,
alat struktur dan alat jalur.

 Contoh penggunaan data basis :

The LIPID MAPS secara luas dianggap sebagai "one stop shop" untuk
penelitian lipid dan sumber informasi yang berharga bagi para peneliti yang
 tertarik dalam biologi lipid dan kimia, dan juga menyediakan satu set rinci tutorial
untuk kepentingan mahasiswa dan orang-orang baru ke lapangan . The LIPID
MAPS sistem klasifikasi dan nomenklatur telah diadopsi di seluruh dunia untuk
pedoman terhadap organizization dan reperentation struktural kelas lipid. Selain
berbagai kutipan, LIPID MAPS dipuji oleh pers ilmiah. Misalnya LIPID MAPS
direferensikan oleh artikel berita popular.

B. Basis Data Karbohidrat

1) Alamat Web: http://www.glycome-db.org/

 Informasi sumber diatas :

Karbohidrat adalah kelas utama ketiga makromolekul biologis, selain protein
dan molekul DNA. Mereka terlibat dalam berbagai proses biologis, di antaranya
protein folding dan antar / intra pengakuan sel. Berbeda dengan DNA dan protein
bukan sebuah database yang komprehensif untuk struktur karbohidrat atau
nomenklatur universal untuk keperluan komputasi ada. Setelah gencatan
pendanaan untuk Struktur Kompleks Karbohidrat database (CCSDB, sering
disebut sebagai CarbBank) pada tahun 1997, empat inisiatif mengembangkan
database independen dengan fokus sebagian tumpang tindih. Untuk setiap
database, skema encoding eksklusif untuk residu dan topologi struktur dirancang.
Akibatnya maka hampir tidak mungkin untuk mendapatkan gambaran dari semua
struktur yang ada, dan untuk membandingkan isi dari database yang berbeda.
Kami telah menganalisis semua database umum yang ada dan didefinisikan
format urutan berdasarkan XML (GlycoCT) mampu menyimpan semua informasi
struktural urutan karbohidrat. Kami telah menerapkan perpustakaan parser untuk
menafsirkan skema encoding yang berbeda untuk karbohidrat. Dengan
perpustakaan ini kami telah menerjemahkan urutan karbohidrat dari semua
 database tersedia secara bebas (CFG, KEGG, GLYCOSCIENCES.de, BCSDB dan
Carbbank) ke GlycoCT, dan menciptakan database baru (GlycomeDB) yang
mengandung semua struktur dan penjelasan.
 Contoh penggunaan data basis :
Dengan database baru, GlycomeDB, adalah mungkin untuk mendapatkan
gambaran dari semua struktur karbohidrat dalam database yang berbeda dan untuk
crossling struktur umum di database yang berbeda. Para ilmuwan sekarang dapat
mencari struktur tertentu dalam database meta dan mendapatkan informasi tentang
terjadinya struktur ini dalam lima database struktur karbohidrat.

Pratikum #2

1. Urutan DNA pada sub unit PAH manusia

Saya mengambil sub unit dari Human Phenylalanine Hydroxylase mRNA :
a. Tampilan Fasta

b. Tampilan Notepad

2. Penyakit yang terkait dengan defisiensi PAH di OMIM

Penyakit yang saya temukan adalah Phenyketonuria :
a. Deskripsi
Fenilalanin hidroksilase (PAH, EC 1.14.16.1) mengkatalisis hidroksilasi fenilalanin
menjadi tirosin, dari langkah tingkat-pembatas dalam katabolisme fenilalanin. Reaksi ini
tergantung pada tetrahydrobiopterin (BH4), sebagai kofaktor, molekul oksigen, dan besi.
Fenilketonuria (PKU, 261600) adalah autosomal resesif kesalahan bawaan metabolisme akibat
kekurangan PAH (Zurfluh et al, 2008.).

b. Kloning
Dua fenilalanin hidroksilase isozim dilaporkan ada di hati janin manusia (Barranger et al.,
1972). Sebagian besar dari variasi ini dapat dijelaskan oleh :
1. Enzim murni yang mengandung struktur yang berbeda dari polimer subunit tunggal, yaitu,
trimer atau tetramer.
2. Hewan heterozigot untuk varian polimorfik pada gen PAH subunit menghasilkan protein
dengan biaya yang sedikit berbeda dan migrasi elektroforesis.
3. Modifikasi posttranslational. Tidak ada bukti untuk mendukung keterlibatan lebih dari 1 lokus
pengkodean apoenzyme untuk PAH.
Kwok et al. (1985) mengisolasi rantai panjang cDNA mengkode PAH dari pasokan cDNA
hati manusia. Protein diperkirakan mengandung 452 asam amino dan saham 96% homologi
dengan tikus Pah. Scriver (2007) menyatakan bahwa protein PAH berisi peraturan, katalitik, dan
tetramerization domain. Mereka mencatat bahwa monomer asam amino 452-merakit untuk
membentuk bentuk dimer dan tetrameric fungsional enzim.
Dengan analisis Northern blot, Lichter-Konecki et al. (1999) terdeteksi ekspresi tertinggi
dari 2,5 kb PAH transkrip dalam hati manusia, diikuti oleh ginjal, pankreas, dan otak. Sebuah
transkrip 4.6-kb juga terdeteksi pada hati, ginjal, dan pankreas. Tes perlindungan RNase
dikonfirmasi ekspresi PAH dalam hati dan ginjal. RNA hibridisasi in situ menunjukkan ekspresi
PAH dalam belitan tubulus proksimal dewasa dan korteks ginjal janin dan di korteks serebral otak
janin. Analisis imunohistokimia dikonfirmasi ekspresi protein PAH di belitan tubulus proksimal
ginjal.

c. Struktur Gen
Gen PAH mencakup 90 kb (Guttler dan Woo, 1986) dan berisi 13 ekson (Konecki et al.,
1991). Scriver (2007) menyatakan bahwa urutan genom PAH dan wilayah yang mengapit rentang
sekitar 171 kb. The 5-prime UTR mencakup sekitar 27 kb, dan urutan 3-prime hilir dari poli (A)
situs di ekson 13 mencakup sekitar 65 kb.

d. Pemetaan
Menggunakan probe cDNA untuk PAH manusia untuk menganalisis sel hibrida manusia-
tikus dengan hibridisasi Southern, Lidsky et al. (1984) menunjukkan bahwa gen PAH adalah pada
kromosom 12 dan mungkin pada bagian distal dari 12q karena dalam hibrida mengandung
translokasi kromosom 12, itu dipisahkan dengan PEPB (12q21) dan tidak dengan TPI (12p13).
Woo et al. (1984) ditugaskan gen PAH ke kromosom 12q21-qter dengan analisis restriksi DNA
dari manusia-hamster hibrida sel somatik. Dengan hibridisasi in situ, penugasan gen PAH
dipersempit ke kromosom 12q22-q24.1 (Woo et al., 1984). Dengan cara RFLPs, O'Connell et al.
(1985) menegaskan penugasan gen PAH ke terminal 12q.
e. Fungsi Gen
Ledley et al. (1985) menemukan bahwa ekspresi dari PAH manusia dalam fibroblast tikus,
yang biasanya tidak mengekspresikan Pah, menghasilkan karakteristik aktivitas enzim PAH di
hati manusia. Wang et al. (1992), yang dihasilkan beberapa tikus mengekspresikan fragmen DNA
9-kb dari ujung 5-prime gen PAH manusia menyatu dengan bakteri kloramfenikol
asetiltransferase (CAT) gen reporter. Di semua lini mengungkapkan, aktivitas CAT terdeteksi
terutama di hati, dengan tingkat jauh lebih rendah di ginjal. Analisis imunohistokimia ekspresi
lokal CAT untuk hepatosit dan sel epitel ginjal, keduanya juga mengungkapkan tikus endogen
dengan Pah. Kedua transgen dan mouse endogen Pah yang diaktifkan di sekitar area yang sama
dari perkembangan embrio dalam hati tikus. Wang et al. (1992) menyimpulkan bahwa fragmen
DNA 9-kb mengapit akhir 5-prime gen PAH manusia mengandung semua elemen yang
diperlukan cis-acting untuk ekspresi jaringan-dan pengembangan-spesifik langsung in vivo.
Menggunakan tes enzim PAH, Lichter-Konecki et al. (1999) menunjukkan hidroksilasi
enzimatik fenilalanin menjadi tirosin dalam hati dan ginjal lisat manusia, dengan meningkatnya
pembentukan tirosin dari waktu ke waktu. Hasil penelitian menunjukkan 40 sampai 45% lebih
banyak aktivitas enzimatik dalam lysates ginjal seperti dalam lysates hati. Kaufman (1999)
dijelaskan derivasi dari model kuantitatif metabolisme fenilalanin pada manusia. Model ini
didasarkan pada sifat kinetik murni PAH manusia rekombinan dan perkiraan in vivo tingkat
fenilalanin transaminasi dan degradasi protein. Nilai yang dihitung untuk konsentrasi stabil dari
phenylalanine darah, tingkat clearance fenilalanin dari darah setelah beban oral asam amino, dan
toleransi diet fenilalanin semua setuju dengan data dari normal maupun dari pasien
phenylketonuric dan mewajibkan heterozigot. Kaufman (1999) mengemukakan bahwa nilai-nilai
ini dihitung dapat membantu dalam keputusan tentang tingkat pembatasan asupan fenilalanin
yang diperlukan untuk mencapai hasil klinis yang memuaskan pada pasien dengan PKU klasik
dan pada mereka dengan bentuk ringan dari penyakit.
f. Genetika Molekuler
1. PAH Mutasi
Yang pertama PKU mutasi diidentifikasi dalam gen PAH adalah perubahan basa tunggal
(GT-to-AT) dalam kanonik 5-prime sambatan situs donor dari intron 12 (612349,0001). Transfer
gen dan ekspresi percobaan menunjukkan bahwa mutasi sambatan situs donor mengakibatkan
normal pengolahan PAH mRNA dan hilangnya aktivitas PAH (DiLella et al., 1986).
Ledley et al. (1986) mempelajari 2 keluarga di mana anggota memiliki 1 klasik PKU dan anggota
lain memiliki non-PKU HPA ringan. Mereka mengidentifikasi RFLPs yang membedakan alel
hidroksilase fenilalanin 4 di setiap keluarga. PKU dan non-PKU hyperphenylalaninemia ringan
yang ditemukan alel. Pasangan tertentu alel diinduksi fenotip PKU lebih parah, sedangkan yang
lain disebabkan fenotip hyperphenylalaninemia kurang parah. Beberapa alel memberikan
kontribusi ke salah satu atau yang lain. Orang yg makan terlalu banyak dan Woo (1986) meninjau
genetika molekuler dari PKU.
Eisensmith dan Woo (1992) terakhir mutasi dan polimorfisme pada gen PAH manusia.
Sekitar 50 dari mutasi substitusi basa tunggal, termasuk 6 mutasi omong kosong dan 8 mutasi
splicing, dengan sisanya menjadi mutasi missense. Dari mutasi missense, 12 rupanya berasal dari
metilasi dan deaminasi berikutnya sangat mutagenik dinucleotides CpG. Mutasi berulang telah
diamati di beberapa situs, menghasilkan asosiasi dengan haplotipe yang berbeda dalam populasi
yang berbeda. Studi ekspresi in vitro menunjukkan korelasi yang signifikan antara aktivitas PAH
residual dan tingkat keparahan fenotip penyakit. Okano et al. (1998) ditandai mutasi PAH pada 41
pasien Jepang dengan PKU. Dari 21 mutasi yang diidentifikasi, yang paling sering adalah arg413
pro (R413P, 612349,0016), yang ditemukan pada 30,5% pasien.
2. Karakterisasi PAH Mutasi
Waters et al. (2000) ditandai 4 mutasi PAH PKU terkait yang mengubah asam amino jauh
dari situs aktif enzim. Menggunakan 3 komplementer in vitro sistem ekspresi protein dan
lokalisasi struktural 3D, Waters et al. (2000) menunjukkan mekanisme umum, yaitu, PAH protein
folding dipengaruhi, menyebabkan oligomerisasi diubah dan dipercepat degradasi proteolitik,
yang mengarah ke penurunan tingkat seluler protein sitosol ini. Aktivitas enzim spesifik dan sifat
kinetik tidak terpengaruh, menyiratkan bahwa satu-satunya cara mutasi ini mengurangi aktivitas
enzim dalam sel in vivo adalah dengan menghasilkan perubahan struktural yang memprovokasi
sel untuk menghancurkan protein menyimpang. Mutasi dipilih karena asosiasi mereka dengan
spektrum hyperphenylalaninemia in vivo antara pasien. Waters et al. (2000) menyimpulkan
bahwa data mereka in vitro menunjukkan bahwa perbedaan antar dalam penanganan seluler
protein mutan PAH tapi aktif memberikan kontribusi terhadap variabilitas diamati keparahan
fenotip.
Kebanyakan mutasi missense PAH mengganggu aktivitas enzim dengan menyebabkan
peningkatan ketidakstabilan protein dan agregasi. Gjetting et al. (2001) menggambarkan sebuah
mekanisme alternatif dimana beberapa mutasi PAH dapat membuat fenilalanin hidroksilase rusak.
Mereka menggunakan pencarian database untuk mengidentifikasi daerah di domain N-terminal
dari PAH dengan homologi dengan domain regulasi dehydratase prephenate (PDH), enzim
tingkat-pembatas dalam bakteri fenilalanin jalur biosintesis.
Kebanyakan mutasi missense ditemukan dalam hasil PKU di misfolding protein
fenilalanin hidroksilase, peningkatan omset protein, dan hilangnya fungsi enzimatik. Pey et al.
(2007) mempelajari prediksi dampak energik pada PAH stabilitas asli negara dari 318 PKU terkait
mutasi missense, menggunakan algoritma protein-desain FoldX. Untuk 80 mutasi yang ekspresi
analisis telah dilakukan pada eukariota, dalam banyak kasus mereka menemukan korelasi
keseluruhan substansial antara dampak energik mutasi dan baik in vitro aktivitas residual dan
fenotipe metabolik pasien. Temuan ini menegaskan bahwa penurunan stabilitas protein adalah
mekanisme patogenik utama molekul di PKU dan penentu hasil fenotipik. Fenotipe metabolik
telah terbukti lebih baik daripada diprediksi in vitro aktivitas residual, mungkin karena keketatan
yang lebih besar dalam proses fenotip. Semua 238 mutasi missense sisa PKU disusun dalam lokus
pengetahuan PAH (PAHdb) dianalisis, dan hasil fenotipik mereka diperkirakan berdasarkan
dampak energik disediakan oleh FoldX. Residu dalam ekson 7-9 dan di daerah interdomain dalam
subunit tampaknya memainkan peran struktural penting dan merupakan hotspot untuk
destabilisasi.
Menggunakan protein rekombinan disajikan dalam E. coli, Gersting et al. (2008) ditandai
10 mutasi PAH BH4-responsif, termasuk arg408 ke trp (R408W, 612349,0002) dan tyr414 ke
CYS (Y414C, 612349,0017). Aktivitas residual umumnya tinggi, tetapi allostery terganggu di
hampir semua varian, menyarankan diubah konformasi protein. Hipotesis ini dikonfirmasi oleh
penurunan stabilitas proteolitik, gangguan tetramer perakitan atau agregasi, peningkatan
hidrofobisitas, dan dipercepat termal berlangsung, yang terutama mempengaruhi domain
peraturan, dalam banyak varian. Pemodelan tiga dimensi mengungkapkan bahwa misfolding itu
dikomunikasikan ke seluruh protein. Gersting et al. (2008) menyimpulkan bahwa perubahan
konformasi global dalam PAH menghambat gerakan molekul penting untuk fungsi enzim.
g. Genotipe / Fenotip Korelasi
1. PAH Genotipe dan Penyakit Severity
 Guldberg et al. (1998) diperpanjang studi sebelumnya menunjukkan bahwa fenotipe
metabolik sangat bervariasi defisiensi PAH berkorelasi dengan genotipe PAH. Mereka
mengidentifikasi kedua penyebab mutasi pada 686 pasien dari 7 pusat Eropa. Mereka
menggunakan karakteristik fenotipik dari 297 pasien fungsional hemizygous (yaitu, pasien dengan
1 nol alel rendering alel lainnya fungsional hemizygous) untuk menetapkan 105 dari mutasi 1 dari
4 kategori fenotipe. Temuan menunjukkan bahwa variasi alel pada lokus PAH adalah penentu
utama fenotipe metabolik defisiensi PAH. Tingkat keparahan penyakit pada kebanyakan kasus
ditentukan oleh paling parah dari 2 mutasi PAH, yaitu, ringan PKU adalah 'dominan.' Selain itu,
mutasi 2 dengan tingkat keparahan yang sama dapat memberikan fenotipe lebih ringan daripada
salah satu dari mutasi akan dilakukan jika bertindak sendirian. Klasifikasi dari 105 mutasi PAH
memungkinkan prediksi fenotip biokimia di lebih dari 10.000 kombinasi genotip, yang mungkin
berguna untuk pengelolaan hyperphenylalaninemia pada bayi baru lahir.
Orang yg makan terlalu banyak et al. (1999) melaporkan temuan dari ibu PKU kolaboratif
studi tentang genotipe, fenotipe biokimia, dan kinerja kognitif pada wanita dengan defisiensi
fenilalanin hidroksilase. Mutasi gen PAH diperiksa dalam 222 wanita hyperphenylalaninemic,
dengan penemuan dari total 84 mutasi yang berbeda, dan genotipe lengkap diperoleh dalam 199
individu. Berdasarkan pengetahuan sebelumnya tentang asosiasi mutasi-fenotipe, 78 dari mutasi
dapat ditugaskan untuk 1 dari 4 kelas keparahan: parah PKU, sedang PKU, ringan PKU, dan non-
PKU hyperphenylalaninemia ringan.

2. PAH Genotipe dan tetrahydrobiopterin-Responsif PKU

Setidaknya setengah dari pasien dengan fenilketonuria memiliki fenotip klinis ringan.
Muntau et al. (2002) mengeksplorasi kemanjuran terapi tetrahydrobiopterin untuk pengobatan
fenilketonuria ringan. Tetrahydrobiopterin secara signifikan menurunkan kadar phenylalanine
darah pada 27 dari 31 pasien dengan hyperphenylalaninemia ringan (10 pasien) atau
fenilketonuria ringan (21 pasien). Oksidasi fenilalanin secara signifikan ditingkatkan di 23 dari 31
pasien. Sebaliknya, tak satu pun dari 7 pasien dengan fenilketonuria klasik memiliki respon
terhadap tetrahydrobiopterin. Pengobatan jangka panjang dengan tetrahydrobiopterin pada 5 anak-
anak meningkat toleransi fenilalanin harian, yang memungkinkan mereka untuk menghentikan
diet mereka dibatasi. Tujuh mutasi diklasifikasikan sebagai mungkin terkait dengan tanggap
terhadap tetrahydrobiopterin, termasuk V245A (612349,0059) dan E390G ({} 6.123.449,0051).
Mutasi terhubung ke respon tetrahydrobiopterin terutama adalah dalam domain katalitik dari
protein dan tidak terlibat langsung dalam kofaktor mengikat. Muntau et al. (2002) menyimpulkan
bahwa respon tidak bisa konsisten diprediksi berdasarkan genotipe, khususnya di heterozigot
majemuk.
Lassker et al. (2002) melaporkan 2 pasien baru dengan tetrahydrobiopterin-responsif PKU
dan dibandingkan genotipe PAH mereka kepada orang-orang dari kasus-kasus sebelumnya dari
literatur. Pasien-pasien ini dilakukan mutasi missense pada gen PAH, membenarkan saran
Erlandsen dan Stevens (2001) bahwa pasien tetrahydrobiopterin-responsif sering membawa
mutasi missense dalam coding region DNA untuk domain katalitik enzim. Kedua pasien tidak
menunjukkan efek tetrahydrobiopterin sebesar 7,5 mg / kg / hari pada tingkat fenilalanin plasma
pada periode baru lahir, dan penulis menyarankan bahwa tes tetrahydrobiopterin neonatal yang
normal tidak selalu mengecualikan respon tetrahydrobiopterin pada semua pasien tersebut. Pey et
al. (2004) menyimpulkan bahwa respon terhadap terapi substitusi BH4 oleh mutasi PKU mungkin
memiliki dasar multifaktorial, melibatkan pendamping kimia dan efek protektif.

3. Struktur 3D PAH di PDBJ

a. Tanpa Rotasi

b. Rotasi sumbu x 90º

c. Rotasi sumbu y 90º

4. Nilai KM, kcat, pH Optimum, temperatur optimum dari PAH manusia dengan substrat L-
fenilalanin di BRENDA
a. Nilai KM

b. kcat
c. pH Optimum

d. Temperatur Optimum PAH dari manusia

5. residu yang terlibat pada pusat aktif enzim di CSA
6. jalur metabolisme yang melibatkan PAH di KEGG
Pratikum #3

Kami menggunakan Enzim Kolagenase yang berhubungan dengan penyakit tertentu

1. urutan DNA pada subunit Kolagenase manusia di GenBank.
Kami mengambil sub unit dari Bovine CLG mRNA for Collagnase

a. Tampilan Fasta
 2. penyakit yang terkait dengan defisiensi Kolagenase di OMIM.
Penyakit yang kami temukan adalah {Epidermolysis bullosa dystrophica, autosomal
recessive,

a. Deskripsi
Matriks metaloproteinase adalah protease yang bergantung pada seng yang mendegradasi
protein matriks ekstraseluler. MMP1 juga dikenal sebagai kolagenase (EC 3.4.23.7) (Nagase et
al., 1992)
b. Kloning
Brinckerhoff dkk. (1987) mengidentifikasi klon cDNA dari kolagenase manusia. Klon
mengidentifikasi gen kolagenase tunggal sekitar 17 kb dari bercak DNA genom manusia. Analisis
enzim restriksi dan data urutan DNA menunjukkan bahwa klon cDNA memiliki panjang penuh
dan identik dengan yang dijelaskan untuk kolagenase fibroblas kulit manusia. Kolagenase adalah
satu-satunya enzim yang dapat memulai pemecahan kolagen interstisial, tipe I, II, dan III. Fakta
bahwa kolagen adalah protein yang paling melimpah dalam tubuh berarti bahwa kolagenase
memainkan peran kunci dalam remodeling yang terjadi terus-menerus baik dalam kondisi normal
maupun sakit. Identitas kulit manusia dan kolagenase sel sinovial serta keberadaan enzim ini dan
substratnya, kolagen I, II, dan III, menyiratkan bahwa mekanisme umum yang mengendalikan
kolagenolisis di seluruh tubuh dapat bekerja baik dalam keadaan normal maupun penyakit.

c. Struktur Gen
Gen PAH mencakup 90 kb (Guttler dan Woo, 1986) dan berisi 13 ekson (Konecki et al.,
1991). Scriver (2007) menyatakan bahwa urutan genom PAH dan wilayah yang mengapit rentang
sekitar 171 kb. The 5-prime UTR mencakup sekitar 27 kb, dan urutan 3-prime hilir dari poli (A)
situs di ekson 13 mencakup sekitar 65 kb.

d. Pemetaan
Gerhard dkk. (1987) mengkonfirmasi penugasan gen kolagenase ke kromosom 11 dengan
menggunakan probe DNA untuk analisis selatan hibrida sel somatik. Analisis garis sel dengan
penataan ulang yang melibatkan kromosom 11 menunjukkan bahwa gen tersebut berada di
wilayah 11q11-q23. Gereja dkk. (1983) telah menggunakan hibrida sel somatik antara sel tikus
dan kulit normal manusia dan fibroblas kornea dan resesif distrofi epidermolisis bulosa (RDEB;
226600) fibroblas kulit untuk menetapkan gen struktural manusia untuk kolagenase ke kromosom
11. Produksi kolagenase diukur dengan spesifik radioimmunoassay. Tampaknya gen kolagenase
normal dan RDEB dipetakan ke kromosom 11. Ini sebelumnya diambil untuk menunjukkan
bahwa kolagenase abnormal yang diproduksi oleh sel RDEB mewakili mutasi gen struktural.
Pekerjaan selanjutnya menunjukkan bahwa baik bentuk autosomal dominan (131750) dan
autosomal resesif epidermolisis bulosa distrofik disebabkan oleh mutasi pada gen kolagen tipe VII
(COL7A1; 120120). Pembentukan kolagenase yang berlebihan harus mewakili fenomena
sekunder, bukan cacat primer. Perlu dicatat bahwa fibroblas dari pasien dengan sindrom Werner
(277700) juga mengekspresikan tingkat kolagenase yang tinggi secara in vitro (Bauer et al.,
1986). Pendas dkk. (1996) mengisolasi pemetaan klon YAC 1,5-Mb ke 11q22. Analisis rinci klon
YAC nonchimeric ini memerintahkan 7 gen MMP sebagai berikut: cen--MMP8 (120355)--
MMP10 (185260)--MMP1--MMP3 (185250)--MMP12 (601046)--MMP7 (178990)-- MMP13
(600108)--telp.

e. Fungsi Gen
Maymon dkk. (2000) mengukur kadar MMP1 dalam cairan ketuban dari 353 wanita,
termasuk mereka yang memiliki selaput ketuban utuh, dalam persalinan aterm atau prematur atau
tidak dalam persalinan, dan mereka yang mengalami ketuban pecah dini (610504), dengan atau
tanpa invasi mikroba rongga amnion. MMP1 terdeteksi pada 81,3% (287 dari 353) sampel cairan
ketuban, dan konsentrasinya meningkat seiring dengan bertambahnya usia kehamilan. Analisis
profil matriks metaloproteinase cairan ketuban pada ketuban pecah dini dan aterm menunjukkan
bahwa pola yang sama untuk setiap enzim kecuali MMP1 dan MMP8 (120355), menunjukkan
mekanisme patofisiologi molekuler yang berbeda untuk degradasi matriks ekstraseluler dari
ketuban pecah pada kehamilan aterm dan prematur. Maymon dkk. (2000) menyimpulkan bahwa
MMP1 terlibat dalam mekanisme pecahnya membran.
Lahmann dkk. (2001) menemukan secara signifikan lebih banyak mRNA MMP1 pada
kulit pantat perokok daripada bukan perokok dan menyarankan bahwa MMP1 yang diinduksi oleh
rokok mungkin penting dalam efek penuaan kulit dari merokok tembakau.
Safarian dkk. (2004) menunjukkan bahwa kolagenase teraktivasi (MMP1) bergerak secara
proses pada fibril kolagen. Mekanisme pergerakannya adalah difusi bias dengan komponen bias
bergantung pada proteolisis substratnya, bukan hidrolisis ATP. Inaktivasi enzim dengan substitusi
residu asam amino tunggal di pusat aktif menghilangkan bias tanpa efek nyata pada laju difusi.
Simulasi Monte Carlo menggunakan model yang mirip dengan ratchet Brown 'jembatan terbakar'
secara akurat menggambarkan hasil eksperimen dan pengamatan sebelumnya tentang kinetika
pencernaan kolagen. Safarian dkk. (2004) menyimpulkan bahwa implikasi biologis dari MMP1
yang bertindak sebagai ratchet molekuler yang ditambatkan ke permukaan sel menyarankan
mekanisme baru untuk perannya dalam remodeling jaringan dan interaksi sel-matriks.
Boire dkk. (2005) menemukan bahwa ekspresi PAR1 (F2R; 187930) diperlukan dan cukup
untuk mendorong pertumbuhan dan invasi sel karsinoma payudara dalam model tikus xenograft.
MMP1 bertindak sebagai agonis protease dari PAR1, membelah reseptor di tempat yang tepat
untuk menghasilkan sinyal dan migrasi Ca(2+) yang bergantung pada PAR1. Aktivitas MMP1
berasal dari fibroblas dan tidak ada
f. Genetika Molekuler
Joos dkk. (2002) menemukan hubungan antara penyisipan 1-bp pada gen MMP1 (G-
1607GG; rs1799750; 120353.0001) dan tingkat penurunan fungsi paru pada penyakit paru
obstruktif kronik (PPOK; 606963).
Fujimoto dkk. (2002) menganalisis polimorfisme promotor G-1607GG pada gen MMP1
pada 75 bayi Afrika-Amerika yang lahir setelah ketuban pecah dini prematur (PPROM; 610504)
dan 235 kontrol, dan menemukan hubungan yang signifikan antara pembawa janin dari alel 2G
dan PPROM (ATAU = 2,29; p = 0,028).
Dalam studi di fibroblas amnion, Wang et al. (2008) menemukan bahwa penghambatan
metilasi DNA menghasilkan peningkatan transkripsi gen MMP1 yang signifikan dan peningkatan
signifikan terkait dalam produksi MMP1. Efek ini berkorelasi dengan pengurangan metilasi DNA
di situs tertentu, -1538C, di promotor MMP1, dan metilasi DNA di situs itu berkurang dalam
persentase yang lebih besar dari membran janin yang pecah sebelum waktunya. Para penulis
mengidentifikasi SNP lain, 3447T-C (penomoran berdasarkan AF007878.1; rs2075847), dan
mengamati bahwa alel C minor selalu termetilasi in vivo dan bahwa metilasi menghasilkan
peningkatan afinitas untuk protein nuklir dalam fibroblas amnion. Studi transfeksi plasmid dan uji
imunopresipitasi kromatin menunjukkan penurunan aktivitas promotor alel C minor. Dalam studi
kasus-kontrol yang melibatkan 284 neonatus Afrika-Amerika dari kehamilan dengan komplikasi
PPROM dan 361 neonatus Afrika-Amerika dari kehamilan normal, Wang et al. (2008)
menemukan alel C minor menjadi pelindung terhadap PPROM (OR = 0,7451; p = 0,0326),
konsisten dengan fungsi promotornya yang berkurang. Neonatus homozigot untuk alel T mayor
memiliki risiko 3,51 lebih tinggi untuk PPROM dibandingkan dengan homozigot CC (p = 0,007).
Wang dkk. (2008) menyimpulkan bahwa, selain variasi genetik, metilasi DNA berperan dalam
mengendalikan ekspresi MMP1 dan risiko PPROM.
Titeux dkk. (2008) menunjukkan bahwa polimorfisme G-1607GG di MMP1
menghasilkan peningkatan regulasi transkripsi. Mereka menemukan hubungan yang signifikan
antara SNP ini dan keparahan penyakit di antara pasien dengan autosomal resesif distrofi
epidermolisis bulosa (RDEB; 226600). Aktivitas berasal dari fibroblas dan tidak ada dari.

3. struktur 3D Kolagenase di RSCB atau PDBJ dengan kode akses 2HLC

Struktur 3D

a. Unit Asimetris
 b. Unit Biological

.
4. jalur metabolisme yang melibatkan kolagenase di KEGG