Praktikum -1

Eksplorasi Biokimia Berbasis Internet

• Sumber informasi berbasis internet telah
mendorong perkembangan yang pesat dari
cabang ilmu bioinformatika dan biokimia
komputasi.
• Sumber informasi ini telah banyak berkontribusi
bagi pengumpulan dan diseminasi informasi
biokimia.
• Berbagai basis data bermunculan dengan
kekhasan masing-masing.
 Tujuan Praktikum
• Tujuan praktikum ini adalah untuk mengeksplorasi struktur
biomolekul via informasi yang terdapat pada berbagai basis
data yang dapat diakses melalui internet kemudian
mengaitkannya dengan aplikasi medis pada perjalanan
penyakit, patogenesis, diagnosis, terapi bahkan komplikasi
hingga prediksi prognosis.
 Persiapan

1. Pastikan komputer desktop ataupun

notebook/laptop yang digunakan pada
praktikum kali ini telah terhubung dengan
internet.
2. Beberapa situs basis data memerlukan aplikasi
java. Oleh karena itu, pastikan browser yang
digunakan telah didukung oleh Java Runtime
Enviroment (JRE). Program ini dapat diunduh
dari situs www.java.com (jika diperlukan)
 SOAL 1
• Enzim Phenylalanine hydroxylase (PAH), EC 1.14.16.1,
adalah enzim yang berperan dalam biosintesis asam
amino L-tirosin.
• Enzim ini mengkatalisis penambahan gugus hidroksil
pada L-fenilalain. PAH merupakan enzim multisubunit
yang terdiri dari 4 subunit yang identik.
• Setiap subunit terdiri dari tiga domain, yaitu domain
regulator, domain katalitik, dan domain tetramerisasi.
• PAH juga mengikat kofaktor Fe2+ pada tiap
subunitnya.
 Tugas:
Cari informasi mengenai:
(A) urutan DNA pada subunit PAH manusia di GenBank.
(B) penyakit yang terkait dengan defisiensi PAH di OMIM.
(C) struktur 3D PAH di RSCB atau PDBJ dengan kode akses
2pah.
(D) nilai KM, kcat, pH Optimum, temperatur optimum dari
PAH manusia dengan substrat L-fenilalanin di BRENDA.
(E) residu yang terlibat pada pusat aktif enzim di CSA.
(F) jalur metabolisme yang melibatkan PAH di KEGG.
 SOAL 2
• Pyruvate Dehydrogenase Complex merupakan
suatu kompleks multienzim yang terdapat
dalam membran dalam mitokondria. Pada
kondisi aerobik , PDC mengkatalisis reaksi
oksidatif eliminasi glukosa, pyruvate dan laktat
dan membantu mempertahankan TCA dengan
cara menyediakan asetil koA.
Pyruvate dehidrogenase Complex terdiri atas:
• Pyruvate dehydrogenase (E1; EC 1.2.4.1)
• Dihidrolipoamide transacetylase (E2; EC
2.3.1.12)
• Dihidrolipoyl dehydrogenase (E3; EC 1.8.1.4)
 Tugas:
Cari informasi mengenai:
(A) urutan DNA pada subunit PDC E1 manusia di GenBank.
(B) penyakit yang terkait dengan defisiensi PDC E1 di OMIM.
(C) struktur 3D PDC E1 di RSCB atau PDBJ dengan kode akses
3exe.
(D) nilai KM, Kcat, pH Optimum, temperatur optimum dari
PDH E1 manusia dengan substrat pyruvate di BRENDA.
(E) residu yang terlibat pada pusat aktif enzim di CSA.
(F) jalur metabolisme yang melibatkan PDH E1 di KEGG.
 SOAL 3
• Alcohol dehydrogenase (ADH) adalah salah satu enzim yang terlibat dalam metabolisme alkohol
dalam tubuh manusia.
• Alcohol dehydrogenase mengoksidasi ethanol and mereduksi nicotinamide adenine dinucleotide
(NAD+) to NADH .
• Gen ADH mempengaruhi level konsumsi alkohol dan risiko terjadinya alkoholisme (ketergantungan
alkohol)
Gunakan kode ADH1A pada laman https://www.genecards.org
1. Dimana lokasi gen ini berada?
2. Berapa ukuran panjang basa gen ini?
3. Berapa jumlah asam amino gen ini?
4. Cari informasi pada laman tersebut pada bagian pathways untuk
Reactome pathways terkait oksidasi ethanol (
https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-71384). Tulis reaksi
metabolisme ethanol.
Gunakan laman:
http://oca.weizmann.ac.il/oca-bin/ocamain,
masukan kode pada mode PDB menggunakan
kode 1HSO, lalu jawab pertanyaan berikut:
• Apa saja ligand enzim ADH1 tersebut?
Gunakan laman
https://www.malacards.org/card/alcohol_use_di
sorder?search=Ethanol
• Deskripsikan mengenai AUD secara singkat
• Apa saja gen yang berpengaruh pada
keracunan methanol
• Gunakan laman:
https://www.malacards.org/card/fetal_alcohol
_syndrome?search=Ethanol
Deskripsikan kelainan ini berdasarkan informasi
yang disajikan oleh MedlinePlus!
Gunakan laman
: https://www.malacards.org/card/fatty_liver_d
isease?search=Ethanol
Apa saja obat-obatan yang telah disetujui untuk
dugunakan dalam terapi kelainan FLD ini?
 Masih pada laman:
https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ADH1A&keywords=ADH

• Jika menggunakan metode microarray, dari

jaringan mana gen ADH1A ini dapat diisolasi
paling banyak?
• Pada organ mana ekspresi protein ini paling
berkelimpahan?
• Jika anda ingin mengisolasi gen ADH1 ini menggunakan
urutan nukelotidanya, maka anda harus mendesain
primer yang akan digunakan pada proses PCR nya.
• Gunakan laman https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ masukan
ID nukleotida NM_000667.3 untuk memperoleh urutan
primernya. Pilih menu Pick Primers  Clik pilihan Get
Primers (Perlu Waktu beberapa menit). Sajikan
beberapa 3 pilihan primer teratas beserta parameternya
(Urutan primer Forward, Reberse, Tm, GC%, Panjang
produk akhir):
Gunakan kode ADH1A pada laman
https://www.omim.org/

Deskripsikan fungsi gen tersebut?

Apa yang menjadi pembeda 3 subunit ADH1A,
ADH1B dan ADH1C berdasarkan website ini?