NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul3 Kelompok4B

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni
NIM : 118270102
LAPORAN PRAKTIKUM Kelas : Struktur dan Fungsi
Struktur dan Fungsi Biomolekul Biomolekul (RB)
PROGRAM STUDI KIMIA Kelompok: 4B
Nama Asprak:
INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si.
LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

ANALISIS STRUKTUR SEKUNDER PROTEIN

NIM : 118270102
Kelompok :4B
Asisten Praktikum : -Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
-Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si
PROGRAM STUDI KIMIA

INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA
2020
NIM : 118270102
Nama Asprak:
PERCOBAAN KE : 3 (tiga)
JUDUL PERCOBAAN : Analisis Struktur Sekunder Protein
TUJUAN PERCOBAAN :
1. Menentukan struktur sekunder protein
2. Menentukan titik isolistrik (pI) dan berat molekul (Mw) protein
DASAR TEORI :
Protein adalah polimer panjang yang tersusun atas asam-asam amino, yang seringkali disebut
sebagai “residu” (terutama selama degradasi protein untuk memastikan sekuens-sekuens asam
aminonya) yang terikat secara kovalen oleh ikatan-ikatan peptida. Secara alamiah, terdapat dua
puluh jenis asam amino berbeda pada protein. Semua asam amino yang terionisasi secara biologis
dengan sempurna, kecuali prolin, memiliki struktur umum seperti yang ditunjukkan pada Gambar
1. Karbon-α adalah atom sentral tempat sebuah gugus amino (NH3+) dan sebuah gugus karboksil
(COO–) melekat. Seiring meningkatnya pH melebihi kenetralan (pH 7), lingkungan yang semakin
basa cenderung menetralisasi gugus-gugus karboksil yang asam dari protein, dan seiring
menurunnya pH di bawah kenetralan, lingkungan yang semakin asam cenderung menetralisasi
gugus-gugus amino yang basa (Elrod dan Stansfield, 2007).
Struktur protein distabilkan oleh 2 macam ikatan yang kuat (peptida dan sulfida) dan dua
macam ikatan yang lemah(hidrogen dan hidrofobik). Ikatan peptida adalah struktur primer
protein yang berasal dari gabungan asam amino L-alfa oleh ikatan alfa-peptida. Bukti utama
untuk ikatan peptida sebagai ikatan struktur primer dituliskan sebagai berikut:
1. Protease adalah enzim yang menghidrolisis protein, menghaslkan polipeptida sebagai
produknya. Enzim ini juga menghidrolisis ikatan peptida protein.
2. Spektrum inframerah protein menunjukkan adanya banyak ikatan peptide Dua protein,
insulin dan ribonuklease telah disintesis hanya dengan menggabungkan asam-asam amino
dengan ikatan peptida.
3. Protein mempunyai sedikit gugus karboksil dan gugus amina yang dapat dititrasi.
4. Protein dan polipeptida sintetik bereaksi dengan pereaksi biuret, membentuk warna merah
lembayung. Reaksi ini spesifik untuk 2 ikatan peptida atau lebih.
5. Penyediaan difraksi sinar X pada tingkat kekuatan pisah 0,2mm telah menyajikan
identifikasi ikatan peptida pada protein mioglobin dan hemoglobin. (Winarno, 1984)
Menurut Chang (2008), struktur protein biasanya dibagi menjadi empat tingkat organisasi, yaitu:
- Struktur primer
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Struktur primer adalah sebutan untuk urutan asam amino khas dari rantai polipeptida.
- Struktur sekunder
Struktur sekunder meliputi bagian-bagian dari rantai polipeptida yang distabilkan oleh
suatu pola teratur dari ikatan-ikatan hidrogen antara gugus CO dan gugus NH dari tulang
punggung, misalnya, α-heliks.
- Struktur Tersier
Struktur tersier berbeda dari struktur sekunder karena asam amino yang mengambil
bagian dalam interaksi ini mungkin jaraknya berjauhan dalam rantai polipeptida.
- Struktur Kuartener
Molekul protein dapat terdiri atas lebih dari satu rantai polipeptida. Jadi, selain berbagai
interaksi di dalam rantai yang menghasilkan struktur sekunder dan tersier, kita juga harus
mempertimbangkan interaksi di antara rantai. Susunan keseluruhan rantai polipeptida
dinamakan struktur kuartener.
Penggolongan Protein
Menurut Marzuki, dkk. (2010), berdasarkan strukturnya, protein dapat dibedakan menjadi dua
golongan besar, yaitu:
 Protein sederhana
Protein sederhana adalah protein yang hanya terdiri atas molekul-molekul asam amino.
Protein sederhana dibedakan menjadi dua, yaitu protein serat dan protein globular. Protein
serat mempunyai bentuk molekul panjang dan mempunyai sifat tidak larut dalam air serta
sukar diuraikan enzim. Contoh protein serat adalah keratin sutera alam, dan kolagen.
Protein globular berbentuk bulat dan pada umumnya dapat larut dalam air, larutan asam
atau basa, serta etanol. Beberapa jenis protein globular di antaranya adalah albumin,
globumin, histon, dan protamina.
 Protein gabungan
Protein gabungan adalah protein yang berikatan dengan senyawa bukan protein. Bagian
yang bukan protein ini disebut gugus prostetik. Jenis protein gabungan antara lain
mukoprotein, lipoprotein, dan nucleoprotein. Mukoprotein adalah gabungan antara protein
dan karbohidrat yang terdapat dalam bagian putih telur, serum darah, dan urine wanita
hamil. Lipoprotein adalah gabungan antara protein yang larut dalam air dengan lipid.
Nukleoprotein terdiri atas protein yang bergabung dengan asam nukleat.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
HASIL DATA PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN :

A. Analisis Struktur Sekunder Protein
Klik link website predictprotein http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/
1. Bakteri
 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds
Selanjutnya buka laman NCBI untuk mendapatkan urutan protein dari sampel seperti
pada gambar dibawah ini:
Sehingga di dapatkan urutan asam amino yang diperoleh melalui data NCBI yaitu
sebagai berikut :
MTNQLTTNEGQPWADNQHSQTAGQRGPVLIQDYQLLEKLAHFNRERIPERVVHA
KGAGAKGYFKVTKDMSAYTKAAVFSGVGKKTPLITRFSQVAGEAGYPDTYRDV
RGFAVKFYTEEGNYDIVGNNTPVFFVNDPLKFPDFIHSQKRDPRTHARSQDMQW
DFWSLSPESVHQVTILMSDRGIPASYRMMHGFGSHTFKWVNAQGEQFWVKYHF
KTNQGIHNLSNELADELAGKDTDYLQNDLFDAIETGDYPSWTVAVQLVPYEDGL
NYPQDIFDVTKVISQKDYPLIEIGQMVLDENPTNNFEDIQELAFSPANLVPGIEASP
NIM : 118270102
Nama Asprak:
DKLLQGRLFGYKDAERYRLGANYEQLPVNRPKVPVHNYERDGAMAQNQATGV
NYEPNSQDGPTEVPAAKIHGDQLSGTTGNFSADPDYYSAAGKLYRLLSADEQTRL
IENIRMNLGQVTKPEIQIREVKQFYQADPEYGRRVATSVKLRFSSV
Selanjutnya plot data urutan asam amino tersebut, seperti pada gambar dibawah ini :
Kemudian klik PredictProtein, dan data yang dihasilkan adalah sebagai berikut :
- Berikut merupakan hasil struktur sekunder yang dimiliki oleh protein Lactobacillus
sake catalase (katA) gene, complete cds
Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur sekunder dari data yang ada yaitu :
a. Strand : 14,23%
b. Helix : 21,13%
c. Loop : 64,64%
- Protein dapat diklasifikasikan sebagai campuran berdasarkan kelas-kelas berikut:
'all-alpha':% H> 45% DAN% E <5%
NIM : 118270102
Nama Asprak:
'all-beta':% H <5% AND% E> 45%

'alpha-beta':% H> 30% DAN% E> 20%
'campuran': Semua lainnya
Keterangan :
Orange : turn (belokan)
Biru :alfa-helix
Merah :strand (beta-sheet)
Asam amino dari 1 sampai 478 asam amino
- Kemudian, berikut merupakan data struktur protein berdasarkan keterjangkauan oleh
pelarut (Solvent Accesibillity) :
Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur protein berdasarkan keterjangkauan

pelarutnya dari data yang ada yaitu :
a. Exposed : 37,87%
b. Intermediate : 12,55%
c. Buried : 49,58%
Keterangan :
Biru : Exposed (akan ada dibagian luar dari struktur protein tersebut / yang akan
berinteraksi dengan pelarut )
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Kuning: Buried (akan tertanam pada bagian inti/ memiliki sifat-sifat yang
hidrofobik)
 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds.
Berdasarkan presentasi di atas banyaknya jenis struktur sekumder dari data yang
ada yaitu Proteins can be classified as mixed given the following classes:
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein adalah

 Strand : 15.45 %
 Helix : 14.5 %
 Loop : 70.05 %
Sedangkan struktur protein berdasarkan keterjangkauan oleh pelarut yang dimiliki
masing-masing proteinnya adalah
 Termediate : 11.6 %
 Exposed : 38.50%
 Buried : 49.90 %
Proteins can be classified as mixed given the following classes:
 'all-alpha': %H > 45% AND %E < 5%
 'all-beta': %H < 5% AND %E > 45%
 'alpha-beta': %H > 30% AND %E > 20%
 'mixed': All others
2. Animals
 Drosophila melanogaster catalase gene, complete cds
Urutan asam amino yang diperoleh melalui data NCBI yaitu sebagai berikut
MAGRDAASNQLIDYKNSQTVSPGAITTGNGAPIGIKDASQTVGPRGPILLQDV
NFLDEMSHFDRERIPERVVHAKGAGAFGYFEVTHDITQYCAAKIFDKVKKRTP
LAVRFSTVGGESGSADTARDPRGFAVKFYTEDGVWDLVGNNTPVFFIRDPILFP
SFIHTQKRNPQTHLKDPDMFWDFLTLRPESAHQVCILFSDRGTPDGYCHMNG
YGSHTFKLINAKGEPIYAKFHFKTDQGIKNLDVKTADQLASTDPDYSIRDLYNR
IKTCKFPSWTMYIQVMTYEQAKKFKYNPFDVTKVWSQKEYPLIPVGKMVLD
RNPKNYFAEVEQIAFSPAHLVPGVEPSPDKMLHGRLFSYSDTHRHRLGPNYLQ
IPVNCPYKVKIENFQRDGAMNVTDNQDGAPNYFPNSFNGPQECPRARALSSC
CPVTGDVYRYSSGDTEDNFGQVTDFWVHVLDKCAKKRLVQNIAGHLSNASQ
FLQERAVKNFTQVHADFGRMLTEELNLAKSSKF
NIM : 118270102
Nama Asprak:
a. Berikut merupakan hasil struktur sekunder yang dimiliki oleh protein Drosophila
melanogaster catalase gene, complete cds.
Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur sekunder dari data yang ada yaitu :
a. Strand : 15,42%
b. Helix : 23,32%
c. Loop : 61,26%
Dan Protein dapat diklasifikasikan sebagai campuran berdasarkan kelas-kelas berikut:
'all-alpha' : %H > 45% AND %E < 5%
'all-beta' : %H < 5% AND %E > 45%
'alpha-beta' : %H > 30% AND %E > 20%
'mixed' : Semua campuran
Keterangan :
Orange : turn (belokan)
Biru :alfa-helix
Merah :strand (beta-sheet)
Asam amino dari 1 sampai 507 asam amino
Kemudian, berikut merupakan data struktur protein berdasarkan keterjangkauan oleh pelarut
(Solvent Accesibillity) :
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur protein berdasarkan keterjangkauan pelarutnya

dari data yang ada yaitu :
a. Exposed : 38,93%
b. Intermediate : 10,87%
c. Buried : 50,20%
Keterangan :
Biru : Exposed (akan ada dibagian luar dari struktur protein tersebut / yang akan
berinteraksi dengan pelarut )
Kuning: Buried (akan tertanam pada bagian inti/ memiliki sifat-sifat yang hidrofobik)
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete cds

 Strand : 15.56%
 Helix : 24.29%
 Loop : 60.15%
 Termediate : 11.20%
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Exposed : 40.23%
 Buried : 48.58%
 'all-alpha': %H > 45% AND %E < 5%
 'all-beta': %H < 5% AND %E > 45%
 'alpha-beta': %H > 30% AND %E > 20%
3. Fungi
 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds
Struktur sekunder yang dimiliki dalam protein diantaranya ada struktur Strand, Helix
dan Loop. Struktur yang paling mendominasi pada protein adalah struktur Loop.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Struktur protein berdasarkan keterjangkauan oleh pelarut yang dimiliki dari protein
diantaranya terdapat struktur Exposed, Bured, dan Intermediate. Struktur yang paling
mendominasi pada protein ini adalah struktur Bured.
 Emericella nidulans catalase A (catA) gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Komposisi struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein sebagai

berikut :
 Strand : 3,01 %
 Helix : 58,73 %
 Loop : 38,25 %
 Intermediate : 3,61 %
 Exposed : 20,48 %
 Buried : 75,90 %
NIM : 118270102
Nama Asprak:
4. Plantae
 Oryza sativa Japonica Group CatC gene for catalase, complete cds
Komposisi struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein sebagai berikut :

1. Strand : 10.37%
2. Helix : 12.80%
3. Loop : 76.83%

1. intermediate : 6.30%
2. Exposed : 51.83%
3. Buried : 41.87%
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds
Struktur sekunder yang di dapat adalah TURN, HELIX, STRAND yang menandakan
terdapat 3bentuk protein.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
a. Helix : 61,10 %
b. Loop : 21,38 %
c. Strand : 17, 52%
NIM : 118270102
Nama Asprak:
5. Protista
 Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds
Dari data protein Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds dengan urutan
asam amini yang di dapat dari data NCBI yaitu s ebagai berikut
MSEELKPTYLTTLNGAPVVDNQNSMTAGPRGPILSQDVWLHEKMGQFAREVP
ERRMHAKGGGAFGVFTVTHDITKYTRAKLFSEIGKQTEMFARFSTAAGERGA
ADAERDIRGFALRFYTEEGNWDLVGNNTPVFFVRDPRKFIDFNHSVKRDPKTN
LKSPTYNFDFWTLLPESMHQVTIVMSDRGIPASFRHMHGFGSHTFSFINADNV
RYWVKFHFLTQQGIKNLTDPEAKKLIGNDRDSNIRDLFEAIERGDYPRWTMYV
QIMTEEEAKQVPYNPFDLTKVWPHGDFPLIEVGFFELNRNPENYFLDVEQAAF
GPNHVVPGISFSPDKMLQARLFNYTDAERYRIGVNFHQVPVNQPRCPVFSFHR
DGKTRCDHNYGGLPHYEPNSFCQWQEQPEYREPPLELTGDADFYEFRQDDDD
YYSQPRALFLLMNDQQKQALFDNTAGQLRNAMEMVRERHIANCTKCHPDYG
KGVREALERMDPKEAVAQTDPHVHFPFNC
Berdasarkan presentasi di atas banyaknya jenis struktur sekumder dari data yang ada
yaitu Proteins can be classified as mixed given the following classes
 Strand : 3.01 %
 Helix : 58.73 %
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Loop : 38,25 %
 Termediate : 3,61 %
 Exposed : 20.48%
 Buried : 75.90 %
 'all-alpha': %H > 45% AND %E < 5%
 'all-beta': %H < 5% AND %E > 45%
 'alpha-beta': %H > 30% AND %E > 20%
 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds
Dari data protein Blastocrithidia sp.p57 dengan urutan asam amino yang di dapat dari
data ncbi yaitu sebagai berikut:
MSEELKPTYLTTLNGAPVVDNQNSMTAGPRGPILSQDVWLHEKMGQFAREVP
ERRMHAKGGGAFGVFTVTHDITKYTRAKLFSEIGKQTEMFARFSTAAGERGA
ADAERDIRGFALRFYTEEGNWDLVGNNTPVFFVRDPRKFIDFNHSVKRDPKTN
LKSPTYNFDFWTLLPESMHQVTIVMSDRGIPASFRHMHGFGSHTFSFINADNV
RYWVKFHFLTQQGIKNLTDPEAKKLIGNDRDSNIRDLFEAIERGDYPRWTMYV
QIMTEEEAKQVPYNPFDLTKVWPHGDFPLIEVGFFELNRNPENYFLDVEQAAF
GPNHVVPGISFSPDKMLQARLFNYTDAERYRIGVNFHQVPVNQPRCPVFSFHR
DGKTRCDHNYGGLPHYEPNSFCQWQEQPEYREPPLELTGDADFYEFRQDDDD
YYSQPRALFLLMNDQQKQALFDNTAGQLRNAMEMVRERHIANCTKCHPDYG
KGVREALERMDPKEAVAQTDPHVHFPFNC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan presentasi di atas banyaknya jenis struktur sekumder dari data yang ada
yaitu Proteins can be classified as mixed given the following classes:
Strand : 3.01 %
Helix : 58.73 %
Loop : 38,25 %
Termediate : 3,61 %
Exposed : 20.48%
Buried : 75.90 %
NIM : 118270102
Nama Asprak:
B. Analisis Struktur 3D Protein

Klik link website prediksi struktur 3D protein http://swissmodel.expasy.org/interactive
1. Bakteri
Plot data target sequence plot project title plot email
Sehingga akan muncul data sebagai berikut :

NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan data yang ditampilkan, didapatkan bahwa terdapat 1 model protein

yang terbentuk yaitu Catalase Crystal structure of E. faecalis catalase.
Selanjutnya, nilai persentase identitas sekuen antara target dan template adalah penilaian
pertama terhadap kualitas model. Semakin besar nilai % identitas antara sekuen dan target
maka model yang dibuat semakin mendekati yang sebenarnya. Berdasarkan data yang
diperoleh didapatkan % identitas sekuen tertinggi adalah 61,18 % pada template 1si8.1.A.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
2. Animals
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan data yang ditampilkan, didapatkan bahwa terdapat 1 model protein

yang terbentuk yaitu CATALASE the NADPH binding on beef liver.
Selanjutnya, nilai persentase identitas sekuen antara target dan template adalah
penilaian pertama terhadap kualitas model. Semakin besar nilai % identitas antara
sekuen dan target maka model yang dibuat semakin mendekati yang sebenarnya.
Berdasarkan data yang diperoleh didapatkan % identitas sekuen tertinggi adalah
65,60 % pada template 7cat.1A
.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Model protein yang terbentuk yaitu 1. Memiliki percent identity tertingginya 91,97%
Model struktur 3D yang terbentuk terlihat pada kotak sebelah kanan tersebut :
Yang dibawah ini adalah prediksi model strukturnya dari swiss model terhadap asam
amino yang dimasukkan (warna biru) dan 3rgs tersebut adalah template yang squences
identity paling tinggi.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Selain itu, untuk dapat melihat templatesnya  Klik Templates. Dan akan
menampilkan :
NIM : 118270102
Nama Asprak:
3. Fungi
Setelah itu hasilnya akan keluar seperti tampilan diatas. Kemudian klik “Model”.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Dari hasil dapat dilihat diperoleh hasilnya 1 Model struktur protein yang terbentuk.
Model struktur 3D yang terbentuk berdasarkan % identity tertinggi yaitu 56.82 %
digambarkan berupa Peroxisomal Catalase, struktur Kristal pada peroxisomal catalase
dari mikroorganisme atau fungi Hansenula polymorpha.
Berdasarkan % identity tertinggI, molekul yang terbentuk adalah sebagai berikut.

NIM : 118270102
Nama Asprak:
4. Plantae
berdasarkan % identity tertinggi

untuk dapat melihat templatesnya  Klik Templates. Dan akan menampilkan
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Model protein yang terbentuk sebayak 1 model yang terbentuk yaitu Catalase
Structure of Bacillus pumilus catalase
NIM : 118270102
Nama Asprak:
meiliki satu bentuk protein denga identy tertinggi 52,84%

NIM : 118270102
Nama Asprak:
5. Protista
Model protein yang terbentuk yaitu 1. Memiliki percent identity tertingginya 66.32%
Model struktur 3D yang terbentuk terlihat pada kotak sebelah kanan tersebut :
Kemudian Yang dibawah ini yaitu prediksi model strukturnya dari swiss model
terhadap asam amino yang dimasukkan (warna biru) dan 3rgs tersebut adalah template
yang squences identity paling tinggi.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Model protein yang terbentuk yaitu :

Memiliki percent identity tertingginya 66.53 %
Kemudian yang dibawah itu yaitu prediksi model strukturnya dari swiss model
terhadap asam amino yang dimasukkan (warna biru) dan 3rgs tersebut adalah template
NIM : 118270102
Nama Asprak:
yang squences identity paling tinggi.

C. pI dan Berat Molekul
Klik link website pI dan berat molekul protein http://web.expasy.org/compute_pi/
1. Bakteri
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan data yang diperoleh, diketahui titik isolistrik (pI) adalah pada 5,53 dengan
berat molekul dari protein (Mw) sebesar 54076,30kD.
NIM : 118270102
Nama Asprak:

NIM : 118270102
Nama Asprak:
2. Animals
Berdasarkan data yang diperoleh, diketahui titik isolistrik (pI) adalah pada 8,39
dengan berat molekul dari protein (Mw) sebesar 57149,61kD.
Dari data tersebut, maka diketahui

pI : 7.07
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berat Molekul : 59757.20

3. Fungi
Tampilan dari hasil pencarian :
Diperoleh nilai titik isolistrik (pI) sebesar 6.39 dan berat molekul dari protein (Mw)
NIM : 118270102
Nama Asprak:
adalah 58279.38
Titik isoelektrik dan berat molekul dapat ditentukan dari gambar di bawah ini. Titik
isoelektriknya adalah 6,02 dan berat molekulnya adalah 84063,60.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
4. Plantae
search template dan akan menampilkan hasil titik

isolistrik (pI) dan berat molekul dari protein (Mw) dari protein tersebut.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Sehingga didapat titik isoelektrik 6,93 dan berat molekul 56806.00

NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berdasarkan data yang diperoleh, diketahui titik isolistrik (pI) adalah pada 6,66
dengan berat molekul dari protein (Mw) sebesar 56465,56 kD.
5. Protista

pI : 5.90
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Berat Molekul : 58187.32


Data pI : 5.90
Data Berat Molekul : 58190,26
KESIMPULAN :
Dari semua data yang ada dapat di tarik kesimpulan bahwa analisis suatu struktur
sekunder dari suatu enzim dapat di lakukan dengan beberapa langkah yaitu dengan website
predictprotein, kemudian memprediksi struktur 3D dari suatu protein.
Pada setiap contoh kingdom dari enzim Catalase, rata rata menghasilkan 1 model struktur
3D untuk setiap proteinnya. Selain itu nilai presentase identitas sikuen anatara target dan template
adalah penilaian pertama terhadap kualitas model, sehingga apabila semakin besar nilai %
identitasnya maka model ang dihasilkan/dibuat akan mendekati yang sebenarnya.dan juga pada
percobaan ini, titik isoelektrik (pI) dan berat molekul yang dihasilkan pada setiap kingdom
beragam.
DAFTAR PUSTAKA :
Bintang, M. 2010. Biokimia Teknik Penelitian. Erlangga, Jakarta.
Campbell, N.A., Reece, J.B., dan Mitchell, L.G. 2002. Biologi Edisi Kelima Jilid
NIM : 118270102
Nama Asprak:
1. Erlangga, Jakarta.
Chang, R. 2008. Kimia Dasar Jilid 2 Edisi Ketiga. Erlangga, Jakarta.
Elrod, S.L, dan Stansfield, W.D. 2007. Schaum’s Outlines: Genetika Edisi
Keempat. Erlangga, Jakarta.
Fearon, W.R. 1920. A Study of Some Biochemical Tests No.2: The Adamkiewicz
Protein Reaction. The Mechanism of The Hopkins-Cole Test for
Tryptophan. A New Colour Test for Glyoxylic Acid. Biochemical Journal,
14(5): 548–564.
Hart, H., Craine, L.E., dan Hart, D.J. 2003. Kimia Organik: Suatu Kuliah Singkat.
Erlangga, Jakarta.
LAMPIRAN :
Tugas Pendahuluan
1. Jelaskan perbedaan 4 hierarki struktur protein?
Jawab :
- Struktur primer merupakan sekuens dari asam amino yang terikat dengan ikatan
kovalen ataupun ikatan peptida.
- Struktur sekunder merupakan struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam
amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen.
- Struktur tersier merupakan struktur tiga dimensi dari molekul protein tunggal dan
terbentuk dari gabungan struktur sekunder yang mengalami pelipatan (folding)
membentuk struktur yang kompleks.
- Struktur kuartener merupakan struktur yang ditentukan dari bentuk komponen
polipeptida dan interaksi kimia yang terjadi antar rantai polipeptida. Struktur ini juga
berisi beberapa protein yang sudah melipat dan tersusun.
2. Jelaskan masing-masing jenis struktur sekunder?
Jawab :
- Alpha-helix merupakan struktur periodik dimana backbone coils protein berbentuk
seperti sekrup dan sisi rantai potongan asam amino keluar dari helix yang dibentuk
dari asam amino tunggal.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
- Beta-sheet merupakan struktur yang terbentuk oleh sepasang asam amino yang sisi
rantainya diperluas.
- Coil merupakan struktur lain yang memiliki pengaruh penting terhadap bentuk
formasi dan kestabilan bentuk protein.
3. Jelaskan perbedaan antara struktur tersier dan kuartener?
Jawab :
Struktur tersier dan kuartener sama-sama menggambarkan struktur protein. Perbedaan
utama di antara kedua struktur tersebut adalah bahwa selain ikatan-H, ikatan peptida dan
ikatan ion, struktur tersier memiliki jembatan di-sulfida sementara struktur kuaterner
memiliki interaksi hidrofobik.
Post-Test
1. Jelaskan pengaruh pI terhadap muatan protein.
Jawab :
Pada koloid, jika pH sama dengan titik isoelektrik, maka sebagian atau semua muatan
pada partikelnya akan hilang selama proses ionisasi terjadi. Jika pH berada pada kondisi
di bawah titik isoelektrik, maka muatan partikel koloid akan bermuatan positif.
Sebaliknya jika pH berada di atas titik isoelektrik maka muatan koloid akan berubah
menjadi netral atau bahkan menjadi negatif.
2. Bagaimana protein dapat membentuk struktur 3D nya?
Jawab :
Untuk menjalankan fungsi biologinya, protein "melipat" menjadi satu atau lebih struktur
tiga dimensi yang dipengaruhi oleh sejumlah interaksi non kovalen, seperti ikatan
hidrogen, interaksi ionik, gaya van der Waals, dan tumpukan hidrofobik. Untuk
mengetahui cara kerja protein dalam level molekul, ilmuwan sering harus mengetahui
terlebih dahulu struktur tiga dimensinya. Hal ini menjadi topik dalam bidang biologi
struktur, yang menggunakan teknik-teknik seperti kristalografi sinar X, spektroskopi
NMR, mikroskopi elektron kriogenik, dan interferometri polarisasi ganda untuk mencari
tahu struktur protein.
3. Jelaskan yang terjadi dari protein jika bentuk struktur 3D dari suatu protein mengalami
kerusakan?
Jawab :
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Jika struktur 3D dari suatu protein mengalami kerusakan maka protein akan mengalami
denaturasi. Protein didenaturasi dapat menunjukkan berbagai karakteristik, dari hilangnya
kelarutan untuk agregasi komunal. agregasi Komunal adalah fenomena agregasi protein
hidrofobik untuk datang mendekat dan membentuk ikatan antara mereka, sehingga
mengurangi luas areal terkena air. Kebanyakan protein biologis kehilangan fungsi
biologisnya ketika didenaturasi.
Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul3 Kelompok4B

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul3 Kelompok4B

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

PROGRAM STUDI KIMIA

HASIL DATA PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN :

'all-beta':% H <5% AND% E> 45%

Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur protein berdasarkan keterjangkauan

Struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein adalah

Berdasarkan presentase, banyaknya jenis struktur protein berdasarkan keterjangkauan pelarutnya

 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete cds

Struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein adalah

Komposisi struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein sebagai

Komposisi struktur sekunder yang dimiliki masing-masing protein sebagai berikut :

Sedangkan struktur protein berdasarkan keterjangkauan oleh pelarut yang dimiliki

 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds

B. Analisis Struktur 3D Protein

Sehingga akan muncul data sebagai berikut :

Berdasarkan data yang ditampilkan, didapatkan bahwa terdapat 1 model protein

 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds.

Berdasarkan data yang ditampilkan, didapatkan bahwa terdapat 1 model protein

 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete cds

Berdasarkan % identity tertinggI, molekul yang terbentuk adalah sebagai berikut.

berdasarkan % identity tertinggi

 Zea mays catalase (Cat3) gene, complete cds

meiliki satu bentuk protein denga identy tertinggi 52,84%

 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds

Model protein yang terbentuk yaitu :

yang squences identity paling tinggi.

 Mycobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (katG) gene, complete cds.

Dari data tersebut, maka diketahui

Berat Molekul : 59757.20

Tampilan dari hasil pencarian :

search template dan akan menampilkan hasil titik

Sehingga didapat titik isoelektrik 6,93 dan berat molekul 56806.00

Dari data tersebut, maka diketahui

Berat Molekul : 58187.32

Dari data tersebut, maka diketahui

Chang, R. 2008. Kimia Dasar Jilid 2 Edisi Ketiga. Erlangga, Jakarta.

Keempat. Erlangga, Jakarta.

Protein Reaction. The Mechanism of The Hopkins-Cole Test for

Tryptophan. A New Colour Test for Glyoxylic Acid. Biochemical Journal,

Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

Anda mungkin juga menyukai