NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul4 Kelompok4B

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni
NIM : 118270102
LAPORAN PRAKTIKUM Kelas : Struktur dan fungsi
Struktur dan Fungsi Biomolekul Biomolekul (RB)
PROGRAM STUDI KIMIA Kelompok: 4B
Nama Asprak:
INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si.
LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

KONSTRUKSI POHON FILOGENETIK

NIM : 118270102
Kelompok : 4B
Asisten Praktikum : -Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
-Aditya Ayuwulanda,S.Pd., M.Si
PROGRAM STUDI KIMIA

INSTITUT TEKNOLOGI SUMATERA
2020
NIM : 118270102
Nama Asprak:
PERCOBAAN KE : 4 (empat)
JUDUL PERCOBAAN : Konstruksi Pohon Filogenetik
TUJUAN PERCOBAAN :
1. Menentukan identitas spesies dari data protein di NCBI
2. Menentukan pohon filogenetik dari data protein di NCBI
3. Membuat pohon filogenetik 16S rRNA (data hasil sequence bakteri) denggan
menggunakan Mega
DASAR TEORI :
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan
bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini
yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, ncbi
juga menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian
primer, pencarian conserve doamain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank
data gen, protein dan literature khususnya dib dang kesehatan yang terlengkap dan di acu oleh
para peneliti didunia.
Saat ini, salah satu alat yang paling umum digunakan untuk memeriksa sekuens DNA
dan protein adalah Alat Pencarian Alignment Lokal Dasar, juga dikenal sebagai BLAST
(Altschul et al., 1990). BLAST adalah algoritma komputer yang tersedia untuk digunakan
secara online di situs web Pusat Nasional untuk Informasi Bioteknologi (NCBI), serta banyak
situs lainnya. BLAST dapat dengan cepat menyelaraskan dan membandingkan urutan DNA
kueri dengan basis data urutan, yang membuatnya menjadi alat penting dalam penelitian
genom yang sedang berlangsung. Bahkan, makalah awal yang menjelaskan program, yang
diterbitkan dalam Journal of Molecular Biology dan berjudul "Alat Pencarian Alignment
Lokal Dasar," adalah publikasi yang paling banyak dikutip dari tahun 1990-an (Taubs, 2000).
Dalam beberapa tahun terakhir, perkembangan paralel proyek sekuensing skala besar dan
alat-alat bioinformatika seperti BLAST telah memungkinkan para ilmuwan untuk
mempelajari cetak biru genetik kehidupan di banyak spesies, dan juga telah membantu
menghubungkan biologi dan ilmu komputer di bidang jatuh tempo bioinformatika.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang
berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST
search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam
nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna
NIM : 118270102
Nama Asprak:
misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa
keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil
sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
BLAST meningkatkan kecepatan penyelarasan dengan mengurangi ruang pencarian atau
jumlah perbandingan yang dibuatnya. Secara khusus, alih-alih membandingkan setiap residu
terhadap satu sama lain, BLAST menggunakan "kata" (w) segmen pendek untuk menciptakan
keselarasan "benih." BLAST dirancang untuk membuat daftar kata dari urutan permintaan
dengan kata-kata dengan panjang tertentu, seperti yang didefinisikan oleh pengguna. Skor
cutoff (S) digunakan untuk memilih keberpihakan pada cutoff, yang berarti urutan berbagi
homologi yang signifikan. Jika hit terdeteksi, maka algoritma memeriksa apakah w yang
terkandung dalam pasangan segmen yang lebih panjang yang memiliki skor cutoff lebih besar
dari atau sama dengan S (Altschul et al., 1990).
Sejak tahun 1990, banyak varian BLAST telah dikembangkan, masing-masing dengan
fitur khusus. Sejak awal, BLAST asli dibagi menjadi dua adaptasi: NCBI BLAST dan
Washington University BLAST (WU BLAST). Kedua BLAST memiliki variasi program.
Misalnya, BLASTN dapat digunakan untuk membandingkan urutan nukleotida dengan
database nukleotida; BLASTP dapat digunakan untuk membandingkan urutan protein dengan
database urutan protein; dan BLASTX dapat mengambil urutan nukleotida,
menerjemahkannya, dan mempertanyakannya dengan database protein dalam satu langkah
(Gish & States, 1993). TBLASTN membandingkan urutan permintaan protein ke semua enam
bingkai bacaan yang mungkin dari database dan sering digunakan untuk mengidentifikasi
protein dalam genom baru yang tidak terdeskripsikan. Akhirnya, TBLASTX membandingkan
semua enam bingkai pembacaan dari urutan kueri ke semua enam bingkai pembacaan dari
database-suatu prestasi algoritmik yang intensif yang dapat membawa bahkan komputer
modern ke penghentian penggilingan jika tidak digunakan dengan benar.
Selain itu, NCBI memiliki beberapa varian khusus dari BLAST. Sebagai contoh,
MEGABLAST adalah program yang dapat dengan cepat menyelesaikan pencarian untuk
urutan hanya dengan sedikit variasi dan dapat lebih efisien mengelola kueri dengan urutan
yang lebih panjang (Altschul et al., 1994). PSI- dan PHI- adalah alat BLAST kuat lainnya
yang memungkinkan protein divergen yang lebih kompleks dan evolusioner untuk
disejajarkan (Altschul et al., 1997). Program ini dan program lainnya, serta database BLAST
genom, semuanya tersedia di situs web NCBI BLAST.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Pohon filogenetika atau pohon evolusi adalah diagram percabangan atau "pohon" yang
menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan
kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik dan/atau genetik mereka. Takson yang terhubung
pada pohon tersebut berarti diturunkan dari satu nenek moyang bersama. Penggambaran
pertama pohon ini antara lain ditemukan pada buku Elementary Geology dari Edward
Hitchcock (1840) dan The Origin of Species dari Charles Darwin (1859).
Linnaeus mengklasifIkasikan organisme berdasarkan ciri-ciri fisik yang jelas. Pada

dasarnya, organisme dikelompokkan bersama-sama jika mereka tampak sama. Setelah
Darwin menerbitkan teori evolusi pada 1800-an, para ilmuwan mencari cara untuk
mengklasifikasikan organisme yang menunjukkan filogeni. Filogeni adalah sejarah evolusi
dari kelompok organisme yang terkait. Hal ini diwakili oleh pohon filogenetik, seperti pada
Gambar di bawah ini.
Salah satu cara untuk mengklasifikasikan organisme yang menunjukkan filogeni adalah
dengan menggunakan yang disebut dengan klade. Klade adalah sekelompok organisme yang
meliputi leluhur dan semua keturunannya. Klade didasarkan pada kladistika. Ini adalah
metode membandingkan ciri-ciri spesies terkait untuk menentukan hubungan leluhur dan
keturunannya.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Pohon filogenetik.
Pohon filogenetik ini menunjukkan bagaimana tiga spesies hipotetis terkait satu sama lain
melalui nenek moyang yang sama.
Klade diwakili oleh kladogram, seperti pada Gambar di bawah ini. Kladogram ini
merupakan klade mamalia dan reptil. Klade Reptil termasuk burung. Hal ini menunjukkan
bahwa burung berevolusi dari reptil. Linnaeus mengklasifikasikan mamalia, reptil, dan
burung-burung di kelas yang terpisah. Ini menutupu hubungan evolusi mereka.
Kladogram ini mengklasifikasikan mamalia, reptil, dan burung-burung pada

Klade didasarkan pada hubungan evolusioner mereka.
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait. Hal ini diwakili
oleh pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana spesies terkait satu sama lain melalui
nenek moyang yang sama. Sebuah Klade adalah sekelompok organisme yang meliputi leluhur
dan semua keturunannya. Ini adalah klasifikasi filogenetik, berdasarkan pada hubungan
evolusioner.
Dalam pembuatan pohon Filogenetik, terdapat sebuah konsep yang perlu dipegang
terlebih dahulu. Konsep itu mengenai bagaimana sekelompok makhluk hidup membagi sifat
yang dimilikinya satu dengan yang lainnya. Dalam ilmu Biologi, pembagian sifat ini
mempunyai istilahnya sendiri. Beberapa istilah tersebut adalah:
NIM : 118270102
Nama Asprak:
a. Symplesiomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tapi juga ditemukan pada taksa
nenek moyang yang sebelumnya. Misalnya pada monyet dan tikus ditemukan terdapat 5
kubu jari, hal ini juga ditemukan pada kadal. Namun, kedua kelompok ini terdapat pada
taksa yang berbeda.
b. Homoplasy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tetapi tidak dimiliki oleh nenek
moyang yang paling terakhir yang dimilki. Misalnya saja pada mamalia dan aves.
Keduanya berdarah panas, tetapi pada nenek moyang terakhir sebelum keduanya terpisah
sifat ini tidak ditemukan.
c. Synapomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh satu atau dua taksa yang mempunyai nenek moyang terakhir
yang sama. Misalnya saja pada kelompok mamalia, semua mamalia membagi sifat mempunyai
rambut dan berdarah panas.
HASIL DAN DATA PERCOBAAN :
A. TUGAS 1
1. Cara mencari data nukleotida Catalase dari Lactobacillus sake catalase (katA) gene,
complete cds di NCBI
NCBI → search Catalase pada nukleotida → pilih spesies yang sesuai (bakteri, fungi,
Protista, plantae, animals)
Sehingga akan dimuncul data seperti dibawah ini, selanjunnya unduh coding sequence
region dalam bentuk fasta
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Kemudian klik Run Blast → BLAST
Hasil blast nukleotida Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Klik persen identy terbesar untuk menunjukan tingkat kekerabatan yang paling dekat,
kemudian unduh aligned sequances berupa file fasta
File fasta : >M84015.1:1-1788 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds
GCGTGTCTAAATACCACTAACCCGAAAAAGAACTGCCGATAACCTCGGCAGTT
CTTTTTTAGTAACTTGTTGAGCAAGCTCTTTCATTTGACGGTTGCCTGTTGAAG
GTCCTATAGTGACTAGGTAAGTTGCGCACAATCTTTTTCAGTGTGTTCCTAGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
TTTTAAACTATTCTTAGGAGGTCAAATATTATGACAAATCAACTAACGACTAACG
AGGGGCAACCGTGGGCGGACAATCAACATTCGCAAACTGCCGGCCAACGCGG
CCCCGTCTTAATCCAAGATTATCAATTACTCGAAAAACTCGCCCACTTTAACC
GCGAACGCATCCCTGAACGGGTGGTGCATGCCAAAGGCGCTGGCGCTAAAGG
CTATTTCAAGGTTACCAAGGACATGAGCGCATATACCAAAGCCGCTGTTTTCAG
TGGCGTCGGCAAAAAAACACCGCTTATCACTCGTTTTTCTCAAGTCGCTGGTG
AAGCCGGCTATCCCGATACATACCGCGATGTCCGCGGTTTCGCCGTTAAATTCTA
TACGGAAGAAGGCAATTACGATATTGTCGGCAATAACACGCCGGTCTTCTTCGT
CAATGATCCACTAAAATTCCCCGATTTCATCCACTCTCAAAAACGTGATCCC
CGGACACATGCCCGTAGCCAAGATATGCAATGGGATTTCTGGTCCCTGTCACCC
GAATCTGTCCACCAAGTCACGATTCTCATGAGTGATCGCGGGATTCCTGCTAGT
TACCGGATGATGCACGGCTTTGGTAGCCACACCTTCAAATGGGTTAACGCAC
AAGGTGAACAATTCTGGGTTAAATACCATTTCAAGACGAACCAAGGTATTCAC
AATCTCAGCAACGAACTCGCCGATGAACTCGCTGGTAAGGATACTGATTACCTT
CAAAATGATTTATTCGACGCAATTGAAACCGGCGATTATCCAAGTTGGACGGT
TGCCGTCCAACTCGTCCCTTATGAAGATGGCTTGAATTATCCCCAAGATATTTTT
GATGTTACTAAAGTTATTTCACAAAAGGATTATCCATTAATCGAAATCGGTCAAA
TGGTCCTCGATGAAAATCCAACGAATAACTTCGAAGATATCCAAGAACTGGCC
TTCTCACCGGCTAACTTAGTCCCTGGGATTGAAGCATCACCCGACAAATTACTT
CAAGGTCGACTATTTGGCTATAAGGATGCTGAACGTTACCGGCTTGGTGCCAAC
TACGAGCAACTCCCTGTCAACCGACCAAAAGTCCCCGTTCATAATTACGAACG
TGACGGTGCGATGGCCCAAAATCAAGCAACTGGCGTTAACTACGAACCCAACA
GTCAAGATGGACCCACTGAAGTCCCAGCAGCTAAGATTCATGGCGATCAACTC
TCTGGTACAACTGGCAACTTCTCTGCCGATCCCGATTATTACTCAGCAGCTGGC
AAACTTTACCGGTTATTATCAGCCGATGAACAAACCCGCTTAATCGAAAATATT
CGCATGAATCTTGGTCAAGTGACTAAACCAGAAATTCAAATTCGCGAAGTTAA
ACAATTTTACCAAGCTGATCCAGAATATGGTCGGCGCGTCGCAACCAGCGTTAA
ACTTAGATTTAGCTCAGTTTGAATAATCACTAACACGAAAAAATAGGTGGCCCC
AGTTTGGGACACCTATTTTTTATTCGTTATCTTTTTTCCCTGTCTCTTGTTTTGCC
GCCACTCTTTTTTCGGTTAATAATCAGAAACGTTCATCTTGATTTTCGTAACGTT
AAGCCAGTCATTTTATGC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Selanjutnya Konstruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbor Joining.
Plot data aligned sequances pada aplikasi Bioedit sehingga diperoleh data sebagai
berikut :
DNA molecule: M84015.1:1-1788 Lactobacillus sake catalase (katA) gene, complete cds
Length = 1788 base pairs
Molecular Weight = 544899,00 Daltons, single stranded
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Molecular Weight = 1085398,00 Daltons, double stranded

G+C content = 44,85%
A+T content = 55,15%
Nucleotide Number Mol%
A 509 28,47
C 446 24,94
G 356 19,91
T 477 26,68
Langkah yang sama dilakukan untuk beberapa contoh kingdom dan diperoleh data sebagai
berikut :
1. Bakteri
 Mycrobacterium tuberculosis L6627-92 catalase (KatG) gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
2. Fungi
 Emericella nidulans catalase A (catA) gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds

NIM : 118270102
Nama Asprak:
3. Plantae
 Oryza sativa Japonica Group CatC gene for catalase, complete cds.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Zea Mays Catalase Cat3

NIM : 118270102
Nama Asprak:
4. Protista
 Blastocrithidia triatomae catalase gene, complete cds
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds

NIM : 118270102
Nama Asprak:
5. Animals
 Drosophila melanogaster catalase gene, complete cds.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete cds

NIM : 118270102
Nama Asprak:
B. TUGAS 2
Kelompok Sequence Amino Acid
I Sekuens 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10
II Sekuens 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15
III Sekuens 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20
IV Sekuens 1, 2, 3, 4, 5, 16, 17, 18, 19, 20
V Sekuens 1, 2, 3, 4, 5, 11, 12, 13, 14, 15
Lakukan blastn setiap sekuens 1,2,3,4,5,16,17,18,19,20 dengan terhadap data base 16S
ribosomal RNA sequences (Bacteria and Archea) di web NCBI
Web NCBI → klik BLASTN → Nucleotide Blast → plot data dari masing masing sekuens
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Sehingga pada setiap sekuens akan diperoleh data sebagai berikut :

 >S_U_1
File fasta :>KY750689.1:14-1528 Bacillus cereus strain DFT-5 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
GCTATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGC
GGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATT
GAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTT
GGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTG
ATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAG
TAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGT
GATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAG
TTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTAC
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGG
CGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCA
ACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTG
GAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGC
GAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAG
CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGT
GTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCT
GGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC
AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT
CTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGT
GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
CCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCT
AAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAAGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAT
CATGCCCCTTATGACCTGGGCTACCACCGTGCTACAATGGACGGTACAAAAAG
CTGCAAAACCGCGAAGTGGAACTAATCCCAAAAACCGTTTCCATTCCGGTTGG
AGGCTGCAACCCGCCCACTGAAACTGGAATCCCTAAAAATCCGGATACCATTG
CCCCGCGTAAAAATTTCCCGGGCCTTTTAAACCCCGCCGTGCACACCAGATTTT
GTAAACCCCAAACCGGGGGGGAACTTTTTGGACCCCCCCTATGGGGGCAAAGA
TTGGGGGGATCCCAAAGCCTCGGTCGGGGGGGGGGGGGGGCGCCGCCTCTATT
AAAGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 >S_U_2
File fasta :>KY750690.1:9-1498 Bacillus cereus strain DFT-6 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
CGGCGGCTATAATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGT
TAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATA
ACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCT
AGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG
GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA
GCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT
GAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTG
CTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAA
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTAT
TGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGG
CTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAA
AGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAG
TGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGG
GGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCT
AAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCC
GCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC
GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC
AGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCA
AAATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCCTCAGCTCGTGTCCTGAGATGTTGGGTTA
AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCAC
TCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACTTCCAAT
CATCATGCCCCTTAAGACCTGGGCTAACACGTGCTACATGGACGGTACAAAGA
CTGCAAAACCGCGAGGGGAACTAATCCCTAAAACCTTCTCCATTCGAATGGAG
GCTGCACTCCCCTAATGGAACTGGAATCCCTATAATCCGGAAACCATGCCCGGG
GAAAATTTCCCGGCCTTGTAACCCCCCCCTCAACCCAGAATTGTAACCCCCAAT
CGGGGGGAACCTTTTGAACCCCCCTAGGGGGCAAAAATTGGGGGATCCAAAG
CCTCCAAGGAGGGTTTGGGCTTGCTCCTAAAAGAAAAAGGGGGGGGGGAGGG
CGGGGGG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 >S_U_3
File fasta :>MG708178.1:2-1305 Bacillus cereus strain SM-3 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
GCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCATATATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTA
ACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTA
ATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCA
CCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGAC
TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAAT
GGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTC
GTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCT
TGACGGTACCTAACCCAGAAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCG
GTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCA
GGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCAT
TGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAG
CGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTG
GTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT
ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCG
CCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCG
CAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCAT
GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTG
AAAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCAT
GGTTGTCGTCAGCTCGAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGC
CGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT
GACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCG
CGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAAC
TCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGA
ATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGT
NIM : 118270102
Nama Asprak:
 >S_U_4
File fasta :>MG696052.1:4-748 Bacillus cereus strain MuaraRH12 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
TCCGGCGGCTATAATGCAGTCGAGCGATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGT
TAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATA
ACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCT
AGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG
GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA
GCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT
GAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTG
CTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAA
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTAT
TGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGG
CTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAA
AGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAG
TGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGG
GGAGC
 >S_U_5
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>KY750686.1:3-1456 Bacillus toyonensis strain DFT-2 16S ribosomal RNA
GCATGCGGGGTCTATAATGCAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATG
AAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTG
GGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGG
TTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCAT
TAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTG
AGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA
GGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC
GCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACA
AGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGG
CTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGA
ATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCC
ACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGA
GGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACA
CCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGC
GTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAG
TGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCA
CTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
GCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACC
TTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGG
AGCAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG
GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTG
GGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGT
CAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACCACCGTGCTACAATGGACGGTA
CAAAGAGCTGCAAAACCCCGAGGTGGAGCTAATCTCTAAAAACCGTTCCCAGT
TCGGATTGGAGGGCTGCACTCCCCCAACTGAAACTGGGATCCCTTGAAATCCG
GGAAAACCATGGCCCGGGTGAAAACTTTCCCGGGCCTGTTAACACCCGCCGGT
CACACCCCGAGATTGTTAACACCCGAATTCGGGGGGAACCTTTTTGGACACCC
CCCCAAGGGGGCAAAAATTGGGGT
 >S_U_16
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>AY005042.1:22-1371 Streptococcus sp. oral clone BW009 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence
GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAGGAGGA
GCTTGCTTCTCTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGC
CTGGTAGCGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATATTGATT
ATTGCATGATAGTCAATTAAAAGGTGCAATTGCATCACTACCAGATGGACCTGC
GTTGTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGCC
GACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCT
ACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGC
AACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGA
AGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGACGGTATCTTACCAGAAA
GGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTT
GTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGT
TAAAGGCTGTGGCTTAACCATAGTACGCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCA
AGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAG
GAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTCG
AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG
ATGAGTGCTAGGTGTTAGACCCTTTCCGGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATT
AAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA
GAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCT
TCGGGACAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA
TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCCATCATTC
AGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGAT
GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGC
TGGTACAACGAGTCGCAAGCCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTC
TCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAA
TCGCGGATCAGCACGCCGCGGTG
 >S_U_17
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>MK753099.1:150-1385 Rhizobium pisi strain 22AT 16S ribosomal RNA
GGGGAAAGATTTATCGGTAAAGGATCGGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTG
GGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAG
CCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG
AATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAA
GGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACCGGAGAAGATAATGACGGTATCCGGA
GAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGC
TAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCGATCAGT
CAGGGGTGAAATCCCAGGGCTCAACCCTGGAACTGCCTTTGATACTGTCGATC
TGGAGTATGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGA
TATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCCATTACTGACGCT
GAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACG
CCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAGCTA
ACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGG
AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAAC
GCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATGCCCGGCTACTTGCAGAGATGCAAGG
TTCCCTTCGGGGACCGGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTC
GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCC
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAG
GTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGC
TACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGCACGCGAGTGTGAGCTAATCTCCAA
AAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGAAT
CGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTAC
ACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTAGTGCGCTAAC
CGCAAGGAGGCAGCTAACC
 >S_U_18
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>NR_159172.1:1-1493 Gellertiella hungarica strain RAM11 16S ribosomal

RNA, partial sequence
GCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGCCCCT
CCTTCAAGCAAGCTTGAAGGGAAAACCCTTGAAAAAGAAGATCGAGAAGAGC
TTCGAAGAAGCTTTCTTGATGGAGGGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGT
GGGAACGTACCCTTTTCTACGGAATAACGCATGGAAACGTGTGCTAATACCGTA
TACGCCCTTAGGGGGAAAGATTTATCGGAGAAGGATCGGCCCGCGTTGGATTA
GCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAG
AGGATGATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGG
CAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCG
TGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACCGGTGAAGATAATGA
CGGTAACCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA
CGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGG
ATAATTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTGAT
ACTGGTTATCTAGAGTATGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGA
AATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCCAT
TACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG
GTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCAGTTTACTGTTCGGT
GGCGCAGCTAACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATCTGGGTCGCGGATACC
GGAGACGGTTTCCTTCAGTTCGGCTGGACCCAAGACAGGTGCTGCATGGCTGT
CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT
CGCCCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATA
AGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTG
GGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAAGGAGCGATCC
CGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGT
GCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACG
TTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCG
AAGGTAGTGCGCTAACCGCAAGGAGGCAGCTAACCACGGTAGGGTCAGCGAC
TGGGGTGAAGTCGTA
 >S_U_19
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>NR_157010.1:1-1341 Agrobacterium salinitolerans strain YIC 5082 16S

ribosomal RNA, partial sequence
AGTCGAACGCATCGCAAGATGAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAC
ATACCCTTTCCTGCGGAATAGCTCCGGGAAACTGGAATTAATACCGCATACGCC
CTACGGGGGAAAGATTTATCGGGGAAGGATTGGCCCGCGTTGGATTAGCTAGT
TGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATG
ATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAG
TGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTG
ATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACCGATGAAGATAATGACGGTAGT
CGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGG
GGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATATTTA
AGTCAGGGGTGAAATCCCGCAGCTCAACTGCGGAACTGCCTTTGATACTGGGT
ATCTTGAGTATGGAAGAGGTAAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGT
AGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGTCCATTACTGAC
GCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC
CACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGC
AGCTAACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA
AGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCTCTTGACATTCGGGGTATGGGCATTGGAG
NIM : 118270102
Nama Asprak:
ACGATGTCCTTCAGTTAGGCTGGCCCCAGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTC
AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCC
CTTAGTTGCCAGCATTTAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATAAGCC
GAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTA
CACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGACAGCGATGTCGAGCT
AATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGA
AGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGG
GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTAG
TGCGCTAACCGCAAGGA
 >S_U_20
NIM : 118270102
Nama Asprak:
File fasta :>NR_157680.1:1-1452 Pararhizobium haloflavum strain XC0140 16S

ribosomal RNA, partial sequence
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCA
AGTCGAACGCACCCTTCGGGGTGAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGA
ATCTACCCATCCCTACGGAATAGCTCCGGGAAACTGGAATTAATGCCGTATACG
CCCTTTTGGGGAAAGATTTATCGGGGATGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAG
TTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGAT
GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGT
GATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCAACGGTGAAGATAATGACGGTA
GCCGTAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAG
GGGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGACATT
TAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTGATACTGG
GTGTCTAGAGTCCGGAAGAGGTGAGTGGAATTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTC
GTAGATATTCGCAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCCGGTACTG
ACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT
CCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCG
CAGTTAACGCATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA
NIM : 118270102
Nama Asprak:
AGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGATCGCGGTGAGTGGAG
ACATTCACCTTCAGTTAGGCTGGATCGGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCA
GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCC
CTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAGGGGGACTGCCGGTGATAAGCCG
AGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTAC
ACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGGCAGTGATGCCGAGCT
AATCTCCAAAAACCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGGGTGCATGA
AGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG
GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTCTACCCGAAGGCGC
TGCGCTAACCGCAAGGGGGCAGGCGACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTG
AAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA
Kemudian setelah didapat 10 sekuens dari data sekuens 16s RNA, plot data tersebut
menggunakan aplikasi Bioedit.
Bioedit → file → open file fasta 1 → file → klik import → sequence aligment file
Blok semua file fasta, kemudian lakukan alignment, dengan cara klik accessory
application → ClustalW Multiple Alignment → full multiple alignment → bootstrap NJ
tree → number of bootstraps: 1000 → run ClustalW
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Save hasil alignment sebagai data fasta dengan nama file align1
Selanjutnya buka aplikasi Mega dan lakukan langkah langkah berikut :
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Klik align → data → open a file/session → klik file (align 1) → analyze → nucleotide
sequence → OK → standard → yes
Sehingga didapatkan hasil sebagai berikut :
Kemudian, Klik phylogeny → construct/test NJ tree → compute dan didapatkan data

sebagai berikut.
NIM : 118270102
Nama Asprak:
KESIMPULAN :
NCBI adalah server yang memuat data base tentang Informasi Gen yang dibutuhkan.
BLAST merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip
dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA
database dalam waktu singkat. Metode In Silico, metode yang dilakukan secara online.
Pohon filogenetika atau pohon evolusi adalah diagram percabangan atau "pohon" yang
menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan
dan perbedaan karakteristik fisik dan/atau genetik mereka.
Metode Neighbor Joining (NJ) merupakan metode algoritma pembuatan pohon yang
menggunakan metode jarak, dimana metode ini memanfaatkan banyaknya perbedaan antara dua
sekuens untuk pembuatan pohon.
DAFTAR PUSTAKA :
Dr. Mokosuli Yermia Semuel, SSi, MSi
(https://scholar.google.co.id/scholar?q=related:e9BVUKYknsgJ:scholar.google.com/&scioq=y
eremia+mokosuli&hl=id&as_sdt=0,5) Diakses pada Google Scholar. Pada 1 Desember 2020
jam 14:00 WIB
Hisham.2015. Klasifikasi Filogenetik Makhluk Hidup
(https://hisham.id/2015/05/klasifikasi-filogenetik-makhluk-hidup.html)
Kamagi, D. D. W., A. D. Corebima and M. Rengkuan (2014). “Phylogenetic Position of North
NIM : 118270102
Nama Asprak:
Sulawesi Tarsius sp. Based on Partial Cytochrome b Gene Sequences.” Open Journal of Genetics
4(4): 332.
Syafirasbila.2015. analisis filogenetik dari pohon filogeni
(https://syafirasbila.wordpress.com/2015/06/07/analisis-filogenetik-dari-pohon-filogeni/)
https://www.academia.edu/24064164/PRAKTIKUM_II_PENGENALAN_SITUS_BIOINFORM
ATIKA_NCBI_DAN_PENGGUNAANNYA_DALAM_MEMAHAMI_PROSES_EKSPRESI_G
EN
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153387/ Diakses pada Google Scholar. Pada jam
14:00 WIB
LAMPIRAN :
Tugas Pendahuluan :
1. Apa yang dimaksud dengan blast?
Jawab :BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk
pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi
gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan
dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik). Keterangan lengkap
mengenai program BLAST dapat dilihat pada :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#
2. Jelaskan perbedan antara blastn dan blastp?
Jawab :Nucleotide blast (blastn) adalah membandingkan suatu sekuen nukleotida
meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
Sedangkan Protein blast (blastp) adalah membandingkan suatu sekuen asam amino yang
kita miliki dengan database sekuen protein.
3. Bagaimana cara menentukan identitas spesies dari data protein yang dimiliki?
Jawab : Kita dapat menggunakan metode identifikasi berbasis molekuler yang lebih cepat
dengan tingkat sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, yaitu dengan analisis sekuensing
gen 16S rRNA (16S ribosomal Ribonucleic acid/Asam ribonukleat pengkode ribosom
16S, S menyatakan Svedberg, yaitu satuan ukuran ribosom). Dengan demikian setiap
organisme yang memiliki jarak kekerabatan tertentu dapat disejajarkan sehingga lebih
mudah untuk menentukan perbedaan dalam sekuens yang menjadi ciri khas organisme
tersebut. Daerah yang lestari ini juga yang menyebabkan gen ini dapat digunakan sebagai
primer universal yang digunakan dalam Polymerase Chain Reaction (PCR) serta dapat
NIM : 118270102
Nama Asprak:
ditentukan urutan nukleotidanya melalui sekuensing. Gen pengkode RNA ribosomal

(rRNA) adalah gen yang paling lestari (conserved).
4. Bagaimana cara menentukan identitas spesies dari data nukleotida 16S rRNA yang
dimiliki?
Jawab : Saat kita memiliki urutan nukleotida dan 16s rRNA yang di ikuti dengan metode
yang didasarkan atas aplifikasi polymerase chain reaction (PCR) dilakukan dengan
perpotongan oleh enzim restriksi (enzim yang memotong molekul DNA). Sekuen 16S
rDNA (gen yang mengkode 16S rRNA) pada makhluk hidup mempunyai sekuen yang
lestari (conserved) sehingga dapat digunakan sebagai dasar untuk analisis kekerabatan
sebagai identitas spesies.
Post-Test :
1. Apakah identitas bakteri perlu dilakukan ketika telah mengetahui fungsi enzim tertentu?
Jelaskan jika Ya atau tidak!
Jawab : ya, karena pengklasifikasian bakteri dengan fungsi enzim tertentu hanya
didasarkan pada morfologinya. Dari identifikasi morfologi inilah muncul nama-nama
bakteri seperti Bacillus, Coccus, Streptococcus, dan lain-lain. Pada tahap perkembangan
selanjutnya, pengklasifikasian bakteri menggunakan metode pendekatan fisiologi. Sistem
penamaan bakteri yang didasarkan pada penggabungan sifat morfologi dan fisiologi
menjadi semakin sulit dan kompleks, sehingga dilakukan perkembangan
pengklasifikasian lebih lanjut. Pada tahun 1940-an muncul metode pengklasifikasian
bakteri secara molekular dengan pendekatan genetik. Pendekatan genetik digunakan untuk
mengukur kedekatan dan kekerabatan antara isolat-isolat bakteri. Proses pengklasifikasian
tersebut terus dikembangkan sampai akhirnya ditemukan
metode baru, yaitu metode analisis urutan DNA yang menyandi gen 16S rRNA. Metode
ini digunakan untuk menentukan kebaharuan isolat bakteri yang ditemukan dari alam.
2. Apa fungsi blast dalam menentukan identitas suatu spesies?
Jawab :Dengan beberapa sekuen dari berbagai jenis spesies dalam database, ini mungkin
bagi peneliti untuk mengetahui evolusi molekuler dari target yang diinginkan. Dengan
menggunakan BLAST dengan metode phylogenetic berdasarkan karakter umumnya atau
berdasakan jaraknya telah ditingkatkan untuk merekonstruksi phylogeni dan
meningkatkan kekuatan data molekuler meskipun masih ada beberapa kelemahan dari
penggunaanya (Wang et al, 2015). Sekuen data yang akan dianalisis untuk
NIM : 118270102
Nama Asprak:
mengidentifikasi suatu gen dimana konfirmasi sebaik untuk menemukan homolog yang
terdekat dengan menggunakan BLAST. Web berbasis NCBI BLAST (BLASTn)
digunakan untuk mengobservasi sekuen homolog padanon redundan nukleotida database
(Bhattacharyya, 2014).
3. Bagaimana cara mendapatkan sequence 16s rRNA?
Jawab : Analisis 16S rRNA dilakukan dengan bantuan primer universal. Primer universal
menargetkan dan memperkuat wilayah lestari gen 16S rRNA agar dapat mengamplifikasi
seluruh urutan 16S rRNA secara lengkap. Primer universal terdiri dari primer forward
(mengamplifikasi bagian awal) dan primer reverse (mengamplifikasi bagian akhir) (Huber
et al., 2002). Pasangan primer universal yang umum digunakan adalah B27F dan U1492R
(Tabel 2), yang dirancang oleh
Weisburg et al (1991)
Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul4 Kelompok4B

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

NiWayanDevieAnggreani 118270102 Modul4 Kelompok4B

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

LAPORAN PRAKTIKUM STRUKTUR DAN FUNGSI BIOMOLEKUL

Nama : Ni Wayan Devie Anggraeni

PROGRAM STUDI KIMIA

Linnaeus mengklasifIkasikan organisme berdasarkan ciri-ciri fisik yang jelas. Pada

Kladogram ini mengklasifikasikan mamalia, reptil, dan burung-burung pada

Kemudian klik Run Blast → BLAST

Selanjutnya Konstruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbor Joining.

Molecular Weight = 1085398,00 Daltons, double stranded

 Schizosaccharomyces pombe gene for catalase, complete cds

 Zea Mays Catalase Cat3

 Blastocrithidia sp. p57 catalase gene, complete cds

 Rattus norvegicus strain Sprague-Dawley catalase (catalase) gene, complete cds

Sehingga pada setiap sekuens akan diperoleh data sebagai berikut :

File fasta :>NR_159172.1:1-1493 Gellertiella hungarica strain RAM11 16S ribosomal

File fasta :>NR_157010.1:1-1341 Agrobacterium salinitolerans strain YIC 5082 16S

File fasta :>NR_157680.1:1-1452 Pararhizobium haloflavum strain XC0140 16S

Kemudian, Klik phylogeny → construct/test NJ tree → compute dan didapatkan data

ditentukan urutan nukleotidanya melalui sekuensing. Gen pengkode RNA ribosomal

Tanda Tangan Praktikan Paraf Asisten Praktikum Nilai Laporan

Anda mungkin juga menyukai