MAKALAH

TEKNIK MEMPEROLEH MOLEKULER DATA

Makalah ini disusun untuk memenuhi Tugas Biosistematika yang diampu oleh
Fuad Ardiyansyah, S.Pd.,M.Si.

Disusun oleh:
Kelompok 3
Ardianingsih 214620100021
Nadila 214620100381
Navila Eka Febrian 214620100241
Nur Imamah 214620100251
Vhita Syukrya Arini 214620100311

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS PGRI BANYUWANGI

2022
 KATA PENGANTAR

‫هَّٰلل‬
ِ ‫س ِم ٱ ِ ٱل َّر ْح ٰ َم ِن ٱل َّر ِح‬
‫يم‬ ْ ‫ِب‬
Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah swt karena atas limpahan karunia,
rahmat, dan hidayah-Nya yang berupa kesehatan, sehingga makalah yang berjudul
“Teknik memperoleh molekuler data” dapat terselesaikan. Makalah ini disusun sebagai
tugas kelompok mata kuliah Biosistematika, kami berusaha menyusun makalah ini
dengan segala kemampuan, namun kami menyadari bahwa makalah ini masih banyak
memiliki kekurangan baik dari segi penulisan maupun segi penyusunan, oleh karena itu
kritik dan saran yang bersifat membangunkan, kami terima dengan senang hati demi
perbaikan makalah selanjutnya. Semoga makalah ini bisa memberikan manfaat bagi para
pembacanya, atas perhatian dan kesempatan yang diberikan untuk membuat makalah ini
kami ucapkan terimakasih.

Banyuwangi, 21 Desember 2022

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

JUDUL i
KATA PENGANTAR ii
DAFTAR ISI iii
BAB I 1
PENDAHULUAN 1
1.1 Latar Belakang 1
1.2 Rumusan Masalah 1
1.3 Tujuan 1
BAB II 2
PEMBAHASAN 2
2.1 Pohon Filogeni 2
2.2 Pasangan Primer 2
2.3 Analisis DNA 3
2.4 Gel Elektroforesis 4
2.5 Reaksi Rantai Polymerase (PCR) 6
BAB III 8
PENUTUP 8
3.1 Kesimpulan 8
3.2 Saran 8
DAFTAR PUSTAKA 9

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 . Latar Belakang

Secara umum, Gen adalah materi genetik yang terdiri atas sepenggal DNA yang
menentukan sifat individu. Unit terkecil materi genetik ini terdapat dalam setiap lokus yang
khas pada kromosom. Gen terdiri atas sepenggal DNA yang menentukan sifat individu melalui
pembentukan polipeptida. Gen berukuran antara 4 - 8 m (mikron)
.

1.2 Rumusan Masalah

1) Jelaskan gen untuk merekonstruksi Pohon Filogeni?

2) Pemilihan Pasangan Primer?
3) Bagaimana pengambilan sampel untuk analisis DNA?
4) Apa yang dimaksud Gel Elektroforesis?
5) Apa itu PCR?
1.3 Tujuan

1) Mengetahui pemilihan gen untuk merekonstruksikan dari pohon filogeni

2) Mengetahui pemilihan pasangan primer
3) Mengetahui cara pengambilan sampel untuk analisis DNA
4) Untuk mengetahui maksud dari gel elektroforesis
5) Untuk mengetahui reaksi rantai polymerase (PCR)

1
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 GEN MEREKONSTRUKSI POHON FILOGENI

Pohon filogenetik berawal dari suatu akar yang menunjukkan nenek moyang evolusi.
Akar tersebut kemudian membentuk batang pohon filogenetik yang menunjukkan garis
keturunan nenek moyang tersebut. Garis keturunan tersebut biasanya menghasilkan satu
garis keturunan yang tidak bercabang. Keturunan awal evolusi ini disebut dengan takson
basal. Garis keturunan terus memanjang dan membentuk percabangan yang menunjukkan
hubungan evolusioner.

Dilansir dari Biology LibreTexts, dua cabang dari titik cabang yang sama disebut
dengan taksa saudara (sister taxa), sedangkan lebih dari dua cabang dari titik cabang yang
sama disebut dengan politomi. Keberadaan politomi menggambarkan ketidakpastian
hubungan evolusi. Artinya, ilmuan belum secara pasti menguraikan hubungan evolusi
spesies dalam politomi. Karena pada dasarnya, percabangan pohon filogeni yang hanya
boleh terdiri dari dua cabang. Dilansir dari Khan Academy, setiap titik cabang atau simpul
internal mewakili peristiwa divergensi atau pemisahan satu grup menjadi dua grup
keturunan. Dua spesies dari titik cabang yang sama menggambarkan keterkaitan garis
evolusi yang kuat. Ada keistimewaan dalam struktur pohon filegeni. Yaitu, jika titik
cabangnya diputar, maka informasi evolusinya tidak akan berubah.
Dilansir dari Lumen Learning, hal tersebut dikarenakan evolusi setiap takson dari titik
cabang tidak bergantung pada yang lainnya. Terlihat pada gambar ketika cabang diputar,
hal tersebut tidak akan mengubah takson hasil evolusi.

2
 Berdasaran garis keturunan evolusinya, organisme dalam pohon filogeni
dikelompokkan menjadi tiga yaitu grup monofiletik, grup parafiletik, dan grup polifiletik.
Yang pertama yaitu Grup monofiletik adalah sekelompok organisme dalam takson yang
sama dan berasal dari nenek moyang yang sama. Contoh grup monofiletik adalah mamalia,
burung, angiospermae (tumbuhan berbiji tertutup), dan juga serangga. Yang kedua yaitu
Grup parafiletik Grup parafiletik adalah sekelompok organisme dari nenek moyang yang
sama, namun tidak mencakup seluruh organisme dalam takson. Selanjutnya yang ketiga
yaitu Dilansir dari Biology Dictionary, grup parafiletik menunjukkan bahwa beberapa
anggota takson telah ditempatkan ke dalam kelompok yang berbeda. Contoh grup
parafiletik adalah reptilia. Amniota adalah vertebrata berkaki empat yang memiliki telur
bercangkang juga berselaput ketuban. Amniota kemudian menghasilkan keturunan berupa
reptilia, burung (aves), dan mamalia. Beberapa keturunannya berupa tetrapoda bersisik
yang dikenal sebagai reptilia. Sementara, dua keturunan lainnya berevolusi menjadi burung
dan mamalia. Sehingga, reptil adalah grup parafiletik. Baca juga: Sistem Klasifikasi
Makhluk Hidup Grup polifiletik Grup polifiletik adalah sekelompok makhluk hidup yang
memiliki kesamaan sifat namun berasal dari nenek moyang berbeda. Contohnya adalah
mamalia laut, mamalia bipedal, pohon, dan vertebrata terbang.

3
2.1 PEMILIHAN PASANGAN PRIMER

Primer adalah sekuens DNA yang komplemen terhadap sekuens yang akan
diamplifikasi, terutama dalam reaksi berantai polimerase (PCR). Batasannya, primer ini
akan menempel pada kedua ujung sekuens DNA yang ingin diamplifikasi dengan arah
yang berkebalikan (utas sense dan antisense). Dalam suatu reaksi berantai polimerase
digunakan dua primer, yaitu primer maju dan primer mundur. Kedua primer ini harus ada
dalam reaksi polimerasi agar amplifikasi DNA terjadi. Molekul primer dapat berupa
molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. Biasanya, primer yang digunakan pada
PCR adalah molekul DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-
fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Setelah dilakukan amplifikasi, terdapat berbagai
cara untuk melihat hasilnya. Salah satu diantaranya adalah elektroforesis gel.
Keberhasilan dalam pemilihan primer yang tepat dan sesuai pada proses
Polymerase Chain Reaction (PCR) khususnya dalam bidang sekuensing DNA sangat
dipengaruhi oleh karakteristik primer yang digunakan. Desain Primer yang dipilih untuk
beberapa penelitian umumnya menggunakan berbagai macam algoritma dan karakter
primer yang berbeda-beda.Literature review ini bertujuan untuk memberikan panduan bagi
pengguna terutama terkait pada sifat/karakteristik primer yang signifikan perlu
diperhatikan,terutama disesuaikan dengan tujuan penelitian.
Pada dasarnya Primer disusun dari sintesis oligonukleotida sepanjang 15-32 bp dan
primer ini harus mampu mengenali urutan yang akan diamplifikasi. Untuk standar
amplifikasi sepasang primer akan mempunyai kisaran pasangan basa sekitar 20 basa dan
kandungan GC antara 45-60%. Temperatur anneling antara primer yang digunakan berkisar
antara 1°C. Pada penyusunannya sepasang primer diperlukan parameter antara lain panjang
primer, suhu leleh primer, suhu anneling primer, kandungan GC, penjepit GC, struktur
sekunder Primer dan beberapa pertimbangan lainnya yangpenting harus dijaga agar urutan
primer tidak saling komplementer sehingga membentuk Dimer-Primers.Beberapa hal lain
perlu dihindari khususnya pada daerah sekuens DNA yang berulang (repetitif).Dengan
demikian dapat diterapkan pada penelitian lanjut sebagai patokan dalam pengujian
menggunakan Primer yang tepat sehingga diperoleh hasil yang optimal.

4
2.2 ANALISIS DNA

Kini dengan analisis dan teknologi deoxyribonucleic acid (DNA), kasus-kasus yang

sulit terungkap menjadi lebih mudah terungkap dan terpecahkan. Seperti kita ketahui, DNA
adalah bahan dasar yang membangun seluruh ciri genetik seseorang. DNA terdapat pada
setiap sel manusia, dan seluruh sel memiliki DNA yang sama satu dengan yang lainnya.
Misalnya, DNA yang ada pada sel kulit sama dengan DNA yang terdapat pada sel darah
maupun DNA pada sel rambut dan lain sebagainya. Selain itu, DNA bersifat unik yakni
setiap DNA seseorang berbeda dengan DNA orang yang lain. Karena sifat inilah DNA bisa
dipakai sebagai penanda identitas individu, garis keturunan, dan etnis. DNA terdapat pada
darah, sel kulit, otot, sel-sel otak, tulang, gigi, rambut, saliva, jantung, mukosa, urine, dan
pada seluruh sel manusia.
Analisis DNA manusia bertujuan untuk mengarakterisasi DNA seseorang untuk
mengidentifikasi susunan DNA-nya. Barang bukti DNA dapat diambil dari barang bukti
biologis, baik dalam keadaan utuh maupun tidak utuh lagi. Hal ini berbeda dengan analisis
sidik jari yang mudah rusak atau hilang dan akurasinya sangat bergantung pada
keutuhannya. Tes DNA dapat dilakukan hanya dengan barang bukti DNA yang jumlahnya
sedikit. Hal ini karena digunakannya teknik yang disebut Polymerase Chain Reaction
(PCR) atau reaksi polimerasi berantai. Analisis DNA banyak digunakan untuk karakterisasi
sifat genetik pada level molekuler yang secara langsung mencerminkan sifat genotip
(materi genetik) yang dimiliki oleh organisme tertentu. Analisis DNA ini terdiri dari tiga
tahap yaitu ekstraksi DNA, PCR, dan  elektroforesis.

2.3 TAHAP GEL ELEKTROFORESIS

Selanjutnya tahap elektroforesis merupakan suatu proses migrasi dari fragmen DNA di
dalam gel yang direndam dalam larutan penyangga. Pada pratikum ini primer yang
digunakan adalah primer FBPA ( 5΄GAC AAC GGM TCY GGY 3΄), dan primer RBP 1 (5΄
TAG AAG GTG TGR TGC 3΄).
Metode elektroforesis ini dapat dikelompokkan menjadi tiga langkah pertama,
persiapan gel agarosa dengan konsentrasi agarose yang disesuaikan dengan ukuran DNA
fragmen yang akan dipisahkan. Kedua, DNA sampel dimasukkan ke dalam lubang gel dan
gel ditaruh di bak elektroforesis yang dialiri listrik dengan tegangan dan waktu tertentu
sehingga menghasilkan pemisahan yang baik. Pada tahap ketiga, gel direndam dalam
etidium bromida atau etidium bromida telah digunakan pada gel dan penyngga
elektroforesis. Hasil elektroforesis ini dapat dilihat langsung pada penyinaran dengan sinar
UV. Perjalanan DNA ini dipengaruhi oleh arus listrik, The electric current gived between
two electrode causes DNA move from negative pole to positive pole
Metode Electroporesis / PolymeraseChain Reaction-Temperature Gradient Gel
Electrophoresis (PCR-TGGE) adalah suatu metode analisis keragaman yang mendeteksi
adanya mutasi menggunakan gelyang memiliki perbedaan suhu. Denaturing Gradient Gel
Electrophoresis (DGGE) merupakan salah satumetode yang dapat membedakan adanya
mutasi berdasarkan berat molekul fragmenDNA pada gel yang memiliki perbedaan
konsentrasi bahan untuk menyamakan beratmolekul (denaturing).

5
2.4 REAKSI RANTAI POLYMERASE (PCR)

Dalam analisa DNA selanjutnya dilakukan PCR, Menurut Lisdiyanti (1997) prinsip
analisa PCR adalah reaksi memperbanyak DNA dengan memanfaatkan cara replikasi DNA
dengan bantuan enzim DNA polimerase dan perubahan sifat fisik DNA terhadap suhu.
Replikasi DNA terjadi jika DNA utas tunggal yang bertindak sebagai cetakan, dan ada
energi pembangun basa yaitu dNTP, maka enzim DNA polimerase akan mengatalisis
pembuatan DNA utas lain yang merupakan komplemen utas dari cetakan. Reaksi ini harus
dimulai dengan adanya primer atau pemula.
Dalam proses PCR dilakukan sejumlah siklus yang digunakan untuk mengamplifikasi
suatu sekuen DNA spesifik. Satu siklus terdiri dari tiga tahapan yaitu denaturasi, annealing
(hibridisasi), dan ekstensi (polimerasi). Denaturasi dilakukan pada suhu 90-95˚C, pada
tahap ini terjadi pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal DNA yang menjadi
cetrakan sebagai tempat penempelan primer dan tempat kerja DNA polymerase (Sulandari
dan Zein, 2003). Kemudian dilanjutkan dengan tahap annealing yaitu tahap pelekatan
primer pada masing-masing untaian pita DNA, dengan menggunakan suhu sedang. Setelah
itu pada tahap extention, enzim DNA polimerase akan bekerja memperpanjang primer
hingga terbentuk untaian pasangan basa pada sepanjang target sekuens DNA. Ketiga tahap
ini akan diulang kembali sampai 25-30 ulangan (Arnheim, 1990).

6
 BAB III

PENUTUP

3.1 KESIMPULAN

DNA merupakan suatu unit terkecil dari makhluk hidup yang merupakan pembawa
sifat keturunan. Analisa DNA banyak digunakan untuk karakterisasi sifat genetik pada level
molekuler yang secara langsung mencerminkan sifat genotip (materi genetik) yang dimiliki
oleh organisme tertentu. Analisis DNA ini terdiri dari tiga tahap yaitu ekstraksi
DNA,PCR,dan elektroforesis. DNA terdiri atas dua utas  benang polinukleotida yang saling
berpilin membentuk heliks ganda (double helix).Sekarang ini, profil DNA
berhasilmemungkinkan untuk mengaitkan sampel DNA ke orang tertentu dengan tingkat
kepastian yang tinggi, memberikan sesuatu yang baru di bidang penegak hokum, ilmu forensic
dan anti penuaan

3.2 SARAN

Adapun mengingat keterbatasan kami sebagai penulis dan penyusun makalah ini, jika
ada kekeliruan atau kesalahan dalam penyusunan, maka sebagai penulis kami mohon kritik
dan saran dari teman-teman atau pembaca. Untuk menambah wawasan, pembaca dapat
melihat reverensi yang lain mengenai Teknik molekuler data.

7
 DAFTAR PUSTAKA

Budiskj. (2022). Pengertian Ekologi populasi dan karakteristiknya – Biologi Sridianti.

Retrieved December 23, 2022, from Sridianti.com website:
https://www.sridianti.com/biologi/pengertian-populasi-ekologi.html

Gramedia.com. 2021. Pengertian Dinamika Populasi dan Faktor Dinamika Populasi.

Diakses pada 22 Desember, dari https://www.gramedia.com/literasi/dinamika-populasi/

M. Prawiro. (2018, November 12). Pengertian populasi adalah: Arti, Ciri-Ciri, Jenis, Faktor
Populasi. Retrieved December 23, 2022, from Pengertian dan Definisi Istilah website:
https://www.maxmanroe.com/vid/sosial/pengertian-populasi-adalah.html

Novaamelia. (2022). populasi hewan. Retrieved December 23, 2022, from Blogspot.com
website: https://ekologihewan-nova.blogspot.com/2011/12/populasi-hewan.html

Resume Materi Kelimpahan dan Kerapatan Populasi. (2022). Retrieved December 23,
2022, from Studocu website: https://www.studocu.com/id/document/universitas-negeri-
semarang/biology/resume-materi-kelimpahan-dan-kerapatan-populasi/29177072
‌

‌
‌
‌