MAKALAH KELOMPOK

GENETIKA MIKROBIA

DISUSUN OLEH:

RAHMATIA (520 011 104)

WIDIA SARI (520 011 164)

JURUSAN FARMASI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM
UNIVERSITAS PANCASAKTI MAKASSAR
2020
 KATA PENGANTAR
 
Puji dan Syukur kami panjatkan ke Hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena berkat
limpahan Rahmat dan Karunia-nya sehingga kami dapat menyusun makalah ini dengan baik dan
tepat pada waktunya. Dalam makalah ini kami membahas mengenai “Genetika Mikrobia”

Makalah ini dibuat dengan berbagai observasi dan beberapa bantuan dari berbagai pihak
untuk membantu menyelesaikan tantangan dan hambatan selama mengerjakan makalah ini. Oleh
karena itu, kami mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada semua pihak yang
telah membantu dalam penyusunan makalah ini.

Kami menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada makalah ini.
Oleh karena itu kami mengundang pembaca untuk memberikan saran serta kritik yang dapat
membangun kami. Kritik konstruktif dari pembaca sangat kami harapkan untuk penyempurnaan
makalah selanjutnya. 

Akhir kata semoga makalah ini dapat memberikan manfaat bagi kita sekalian.

Makassar, 26 Maret 2021

Penulis

1
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR 1

DAFTAR ISI 2

BAB I PENDAHULUAN 3

1.LATAR BELAKANG

2.MAKSUD DAN TUJUAN 4

3.POKOK PERMASALAHAN

BAB II PEMBAHASAN 5

1.GENETIKA MIKROBIA 6

2.PLASMID DAN STRUKTUR PLASMID

3.FUNGSI PLASMID DALAM REKAYASA GENETIKA 6

BAB III PENUTUP 12

1.KESIMPULAN

2.SARAN

DAFTAR PUSTAKA 13

2
 BAB I
PENDAHULUAN

1.Latar Belakang
Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi
dan perubahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk
karakter organisme. Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen
DNA yang nukleotidanya membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis
tertentu. Pendekatan tradisional pada genetika telah mengidentifikasikan gen
sebagai dasar kontribusi karakter fenotip atau karakter dari keseluruhan stuktural
dan fisiologis dari suatu sel atau organisme, karakter fenotif seperti warna mata
pada manusia atau resistensi terhadap antibiotik pada bakteri, pada umumnya di
amati pada tingkat organisme. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau
perubahan urutan DNA dalam suatu gen atau dalam organisasi gen.
Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani
bangsa Austria, Gregor Mendel  pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun
1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-
akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna,bentuk,
ukuran, dan sifat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian inilah ia
mengembangkan hukum-hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum
bagi semua bentuk kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku manusia dan juga
organisme percobaan dahulu amat populer dalam genetika, yakni lalat
buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percobaan ilmu kebakaan dengan
menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini dipilih karena paling mudah
dipelajari pada taraf molekuler sehingga merupakan organisme pilihan bagi
banyak ahli genetika. Hal ini membantu perkembangan bidang genetika mikroba.
Jasad renik yang di pelajari dalam bidang genetika mikroba meliputi bakteri,
khamir, kapang, dan virus.
Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau
observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar
kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang
mengandung satu gen yang resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari
bakteri kekurangan gen selama pertumbuhannya dalam lingkungan yang
mengandung antibiotik sebagai suatu bahan penyeleksi. Catatan bahwa seleksi gen
memerlukan ekspresinya dibawah kondisi yang tepat dapat diamati pada tingkat

3
fenotif. Genetika bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu
teknologi yang bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.

4
2. Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan Genetika Mikrobia?

2. Apa yang dimaksud dengan Plasmid?
3. Bagaimana struktur dalam dan luar dalam Plasmid?
4. Apa saja fungsi Plasmid dalam Rekayasa Genetika?

3. Maksud dan Tujuan

● Agar mahasiswa dapat mengetahui pengertian Genetika Mikrobia dan
Plasmid
● Agar mahasiswa dapat mengetahui struktur dalam dan luar dalam
Plasmid
● Agar mahasiswa dapat memahami dan mengetahui fungsi Plasmid
dalam Rekayasa Genetika

5
 BAB II
PEMBAHASAN
 1.Pengertian Genetika Mikrobia
            Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang
ahli botani bangsa Austria, Gregor Mendel  pada tanaman kacang
polongnya. Pada tahun 1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang
polong dan mempelajari akibat-akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi
perubahan-perubahan pada warna,bentuk, ukuran, dan siat-sifat lain dari
kacang polong tersebut.penelitian inilah ia mengembangkan hukum-
hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum bagi semua
bentuk kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku manusia dan juga
organisme percobaan dahulu amat populer dalam genetika, yakni lalat
buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percobaan ilmu kebakaan
dengan menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini di pilih
karena paling mudah di pelajari pada taraf molekuler sehingga
merupakan organisme pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini
membantu perkembangan bidang genetika mikroba. Jasad renik yang di
pelajari dalam bidang genetika mikroba meliputi bakteri, khamir,
kapang, dan virus (Waluyo, 2005).
            Genetika mikrobia tradisional terutama berdasarkan pada
pengamatan atau observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif
telah diamati berdasar kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi

6
terseleksi, misalnya bakteri yang mengandung satu genyang resisten
terhadap ampisilin dapat dibedakan dari bakteri kekurangan gen selama
pertumbuhannya dalam lingkungan yang mengandung anti biotik
sebagai suatu bahan penyeleksi. Catatan, bahwa seleksi gen memerlukan
expresinya dibawah kondisi yang tepat, dapat diamati pada tingkat
fenotif.
            Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari
DNA, suatu pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler.
Penemuan selanjutnya dari bakteri telah mengungkapkan
adanya restriction enzymes (enzim restriksi) yang memotong DNA pada
tempat spesifik, menghasilkan fragmen potongan DNA. Plasmida
diidentifikasikan sebagai elemen genetika kecil yang mampu melakukan
replikasi diri pada bakteri dan ragi. Pengenalan dari sebuah fragmen
potongan DNA kedalam suatu plasmid memungkinkan fragmen di
perbanyak (teramplifikasi). Amplifikasi regio DNA spesifik dapat di
capai oleh enzim bakteri menggunakan polymerase chain reaction (PCR)
atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim yang lain (misalnya
amplifikasi berdasar transkripsi). DNA yang di masukkan kedalam
plasmid dapat di kontrol oleh promoter ekspresi pada bakteri yang
mengamati protein, di ekspresi pada tingkat tinggi. Genetika bakteri
mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang
bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.
(Jewetz, 2001).
Ada dua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:
1.      Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang
terbentuk dari pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan
induknya.

7
2.      Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat
generasi berikut dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu,
misalnya mutasi.
Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri
lazimnya disebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam
molekul DNA (asam deoksirinukleat) tunggal, meskipun dikenal pula
adanya materi genetik di luar kromosom (ekstra kromosomal), yang di
sebut plasmid, yang tersebar luas dalam populasi bakteri. Meskipun
bakteri bersifat haploid, transimisi gen dari satu generasi ke generasi
berikutnya berlangsung secara linier, sehingga pada setiap siklus
pembelahan sel, sel anaknya menerima satu set gen yang identik dengan
sel induknya.
Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai berat  lebih
kurang 2-3% dari berat kering satu sel. Dengan mikroskop elektron,
DNA tampak sebagai benang-benang fibriler yang menempati sebagian
besar dari volume sel. Molekul DNA bila diekstraksi dari sel bakteri
biasanya mempunyai bentuk yang sirkuler, dengan panjang kira-kira 1
mm. DNA ini mempunyai berat molekul yang tinggi karena terdiri dari
heteropolimer dari deoksiribonukleotida purin yaitu Adenin dan Guanin
dan deoksiribonukleotida pirimidin yaitu Sitosin dan Timin.
Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA
terdiri dari dua rantai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama
lain oleh ikatan hidrogen antara purin di satu rantai dengan pirimidin di
rantai lain, dalam keadaan antiparalel, dan disebut sebagai
struktur double helix. Ikatan hidrogen ini hanya dapat menghubungkan
Adenin (6 aminopurin) dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil pirimidin) dan
antara Guanin (2 amino 6 oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino
pirimidin). Singkatnya pasangan basa pada suatu sekuens DNA adalah
A-T dan S-G. Karena adanya sistem berpasangan demikian, maka setiap
8
rantai DNA dapat dijadikan cetakan/template untuk membangun rantai
DNA yang komplementer. Waktu terjadinya proses replikasi DNA
dalam pembelahan sel, molekul DNA dari sel anaknya terdiri dari satu
rantai DNA yang komplememter tapi dibuat baru, dengan kata lain,
pemindahan materi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya
adalah dengan cara semikonservatif.
Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber perbekalan
informasi genetik yang dimiliki oleh sel induk. Proses replikasi di
kerjakan dengan amat lengkap sehingga sel anaknya mendapatkan pula
informasi genetik yang lengkap, sehingga terjadi kesetabilan genetik
dalam suatu  populasi mikroorganisme. Satu benang kromosom biasanya
terdiri dari lima juta pasangan basa dan terbagi atas segmen atau sekuens
asam amino tertentu yang akan membentuk stuktur protein. Protein ini
kemudian menjadi enzim-enzim, komponen membran sel dan struktur
sel yang lain yang  secara keseluruhan menentukan karakter dari sel itu.
Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen
menentukan sekuens asam amino pada pembentukan protein adalah
sebagai berikut:
1.      Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA
polimerase membentuk satu rantai oliribonukleotida
(= messesnger RNA = mRNA) dari rantai DNA yang ada. Proses ini
diseut transkripsi. Jadi pada transkripsi DNA, terbentuk satu rantai RNA
yang komplementer dengan salah satu rantai double helix dari DNA.
2.      Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer
kepada transfer RNA (= tRNA yang mempunyai daptor basa yang
komplementer dengan basa mRNA di satu ujungnya dan mempunyai
asam amino spesifik di ujung lainnya tiga buah basa pada mRNA di

9
sebut triplet basa yang lazim disebut sebagai kodon untuk suatu asam
amino.
3.      mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom
kuman, dan disinilah rantai polipeptida terbentuk sampai seluruhkodon
selesai dibaca menjadi menjadi suatu sekwen asam amino yang
membentuk protein tertentu. Proses ini disebut translasi.

2.2. Mutasi dan Mutagen

Mutasi adalah suatu perubahan yang terjadi pada bahan genetika
sehingga ekspresinya (fenotip) berubah. Mutasi dapat terjadi pada
pasangan basa, satu ruas ADN, atau bahkan pada kromosom. Perubahan
ADN dapat menyebabkan perubahan kodon-kodon ARNd dan akhirnya
menyebabkan perubahan jenis asam nukleat yang disintesisnya.

2.2.1. Macam-macam Mutasi

1. Berdasarkan jenis sel yang mengalami mutasi, dibedakan menjadi
-            Mutasi Somatis, adalah mutasi yang terjadi pada sel-sel somatis.
Mutasi ini hanya diwariskan/diturunkan pada sel-sel somatis. Misalnya
mutasi pada sel-sel kulit yang menyebabkan kanker kulit.
-            Mutasi Germinal, adalah mutasi yang terjadi pada sel-sel gamet
(sperma atau ovum). Mutasi ini diwariskan pada generasi berikutnya.
Misalnya berbagai macam cacat dan penyakit menurun yang terpaut
kromosom X atau kromosom Y.
2. Berdasarkan jumlah/banyak sedikitnya materi genetik yang
mengalami mutasi, dibedakan menjadi:

10
a. Mutasi kromosom (aberasi) mutasi yang menyebabkan terjadinya
perubahan pada jumlah dan struktur kromosom.
Macam-macam mutasi kromosom:
- Aneuploidi adalah penambahan atau pengurangan satu atau
beberapa kromosom pada genom (ploidi) sehingga kandungan
kromosom di dalam nukleus bukan merupakan kelipatan haploidnya.
- Euploidi adalah perubahan kromosom pada tingkat ploidi atau genom.
b. Mutasi Gen adalah mutasi yang terjadi akibat perubahan pada satu
pasang basa ADN suatu gen.
3. Berdasarkan faktor penyebabnya, dibedakan menjadi:
a. Mutasi alam, jika penyebabnya adalah mutagen-mutagen alam
b. Mutasi buatan (mutasi induksi), jika penyebabnya adalah mutagen
buatan

2.2.2. Macam-macam Mutagen

Mutagen dibagi dalam 3 golongan:
1. Mutagen kimia, dapat masuk ke dalam replikasi ADN sehingga
mengubah struktur basa ADN
2. Mutagen fisik, berupa bahan fisik misalnya sinar ultraviolet, sinar X,
sinar gamma.
3. Mutagen biologi, berupa virus dan bakteri. Hal ini dapat
menyebabkan kerusakan pada kromosom
Mutagen alami, misalnya:
1. Sinar kosmis
2. Batuan radioaktif alam (uranium, thorium, radium) masuk bersama
makanan dan minuman menyebabkan ionisasi internal.
3. Sinar ultraviolet matahari, karena daya tembusnya hanya beberapa
mm ke dalam kulit, sehingga menyebabkan mutasi pada sel-sel kulit.

11
4. Temperatur yang terlalu tinggi
5. Kekeliruan metabolisme, terjadi pada saat replikasi gen
6. Virus, asam nukleatnya merusak DNA sel inang.
Mutagen buatan, misalnya:
1. Sinar-sinar radioaktif buatan (sinar x, β, γ)
2. Penggunaan senjata nuklir
3. Zat-zat alkilase (gas mustard, etil metil sulfat, etil metan sulfat)
4. Zat-zat yang sifatnya sama dengan basa nitrogen dapat menggantikan
basa normal pada saat replikasi.

2.3. Mekanisme Mutasi
Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana suatu
mutasi diciptakan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang
dikenal sebagai plasmid.
Peristiwa kimia yang paling umum yang dapat menyebabkan mutasi
spontan adalah depurinasi dan deaminasi basa-basa tertentu. Pada
peristiwa depurinasi, adenin dan guanin tersingkir dari DNA karena
terputusnya ikatan kimia antara purin dan deoksiribose. Pada peristiwa
depurinasi, jika tersingkirnya purin itu tidak segera diperbaiki maka
pada saat replikasi tidak terbentuk pasangan basa komplementer yang
lazim. Yang terjadi adalah secara random basa apapun dapat diadakan.
Pada replikasi berikutnya, keadaan tersebut dapat menyebkan mutasi
jika basa baru yang diadakan secara acak tersebut tidak sama dengan
basa mula-mula.
Sementara pada proses deaminasi, peristiwa yang terjadi adalah
tersingkirnya gugus amino dari basa. Contoh dari deaminasi adalah
deaminasi sitosin menjadi urasil. Oleh karena urasil merupakan basa
nitrogen yang tidak lazim bagi DNA maka sebagian besar urasil tersebut

12
harus segera disingkirkan dan diadakan proses perbaikan untuk
mengembalikan sitosin. Apabila urasil tidak segera diperbaiki maka hal
itu akan menyebabkan pengadaan adenin pada unting DNA baru hasil
replikasi berikutnya, dan sebagai hasilnya adalah terjadinya mutasi
berupa perubahan pasangan bsa S-G menjadi T-A.
Mekanisme dasar:
1. Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin
dimutasi.
2. Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen
yang diinginkan.
3. Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase.
4. Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang dan
dikloning.
5. Pemilihan mutan.

Gambar.1 Mutagenesis
2.4. Tipe Mutan Bakteri

13
Karena semua sifat sel-sel hidup pada akhirnya dikendalikan oleh gen
maka ciri sel yang manapun dapat berubah karena mutasi. Berbagai
ragam mutan bakteri telah diisolasi dan dipelajari secara intensif.
Beberapa dari tipe-tipe utama mutan adalah sebagai berikut:
1. Mutan yang memperlihatkan toleransi yang meningkat terhadap
unsur-unsur penghambat, terutama antibiotik (mutan yang resisten
terhadap antibiotik atau obat-obatan)
2. Mutan yang menunjukkan kemampuan fermentasi yang berubah atau
meningkatnya atau berkurangnya kapasitas untuk menghasilkan
beberapa produk akhir
3. Mutan yang mempunyai defisiensi akan nutrisi, yaitu membutuhkan
medium yang lebih kompleks untuk tumbuhnya ketimbang biakan
aslinya.
4. Mutan yang memperlihatkan perubahan dalam bentuk koloni atau
kemampuan untuk menghasilkan pigmen
5. Mutan yang menunjukkan perubahan pada struktur permukaan dan
komposisi selnya (mutan antigenik)
6. Mutan yang resisten terhadap aksi bakteriofage
7. Mutan yang memperlihatkan beberapa perubahan pada ciri-ciri
morfologis, misalnya hilangnya kemampuan untuk menghasilkan spora,
kapsul atau flagella.
Ada banyak implikasi praktis yang berkaitan dengan terjadinya mutan
mikrobia. Hal ini digambarkan oleh contoh-contoh berikut:
1. Diketahui ada beberapa mikroorganisme yang menggambarkan
resistensi terhadap antibiotik-antibiotik tertentu akibat mutasi.
Kenyataan ini sangat penting dalam pengobatan penyakit, karena

14
antibiotik yang pada mulanya efektif untuk mengendalikan suatu infeksi
bacterial menjadi kurang atau tidak lagi efektif ketika muncul mutan-
mutan yang resisten terhadap antibiotik yang bersangkutan
2. Dapat diisolasi mutan biokimiawi yang mampu menghasilkan suatu
produk akhir dalam jumlah besar. Hal ini penting dalam industri.
Sebagai contoh, jumlah penisilin yang dihasilkan dalam produksi
komersial meningkat secara dramatis melalui seleksi galur-galur
mutan Penicillium
3. Pemeliharaan biakan murni spesies-spesies jasad renik yang tipikal
mensyaratkan tercegahnya mutasi, kalau tidak maka biakan tersebut
tidak akan tipikal lagi
4. Mutan mikroba telah digunakan secara meluas di dalam penyelidikan
berbagai proses biokimiawi, terutama reaksi-reaksi bio-sintetik. Sebagai
contoh, mutan-mutan yang terhalang atau rusak pada langkah-langkah
enzimatik yang berbeda-beda telah digunakan untuk menyingkap seluk
beluk rangkaian metabolik
Banyak mutan, mungkin sebagian besar dapat balik ke kondisi liar
melalui mutasi balik, yaitu kembalinya sel-sel mutan ke fenotipe
asalnya. Akan tetapi, hal ini tidak mesti disebabkan oleh pembalikan
mutasi aslinya secara tepat. Kadang-kadang, pengaruh mutasi asli dapat
ditekan sebagian atau seluruhnya oleh mutasi kedua pada situs yang
berbeda pada kromosom(Pelczar, 2008).

2.5. Pemindahan Materi Genetik Pada Bakteri

1. Konjugasi

15
            Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik
(DNA) dari sel donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak
sel dengan sel. Konjugasi bakteri pertama kali ditemukan oleh
Lederberg dan Tatum pada tahun 1946. Mereka menggabungkan dua
galur mutan Escherichia coli yang berbeda yang tidak mampu
mensintesis satu atau lebih faktor tumbuh esensiil dan memberinya
kesempatan untuk kawin.
            Jika suatu sel E.coli mengandung faktor F yang berupa badan
terpisah dari kromosom utama, maka ia dinyatakan berkelamin jantan.
Namun, jika tak mengandung F pada sel tersebut, maka dinyatakan
berkelamin betina.
            Transfer materi genetik dari sel E.coli jantan ke sel E.coli betina
didahului terbentuknya pasangan konjugasi antara kedua sel. Pasangan
konjugasi ini terbentuk melalui perlekatan suatu pilus kelamin jantan
pada permukaan suatu sel kelamin betina.
            Menurut Watson (1987), pilus yang berlekatan di atas,
merangsang suatu rangkaian kejadian yang mendorong terjadinya
replikasi DNA faktor F yang membawa transfer DNA faktor F (hasil
replikasi) kepada sel F-. Hanya DNA faktor F (hasil replikasi) yang
ditransfer.  Transfer materi genetik faktor F mengakibatkan seluruh sel
kelamin betina (F-) di sekitarnya segera berubah menjadi sel kelamin
jantan (F+).

16
Gambar 2 perlekatan suatu pilus kelamin jantan pada permukaan suatu
sel kelamin betina

Gambar 3 mekanisme konjugasi pada bakteri

17
2.5.1. Sel-Sel E.coli Berkelamin jantan (Hfr)
            Faktor F dalam sel.coli dapat berintegrasi dengan kromosom
utama sel melalui peristiwa pindah silang. Sel-sel E.coli berkelamin
jantan yang faktor F nya terintegrasi ke dalam kromosom utama akan
berubah menjadi sel Hfr (high frequency recombination). Sama seprti F+,
sel Hfr ini dapat membentuk pilus konjugasi dan mentransfer materi
genetik ke sel F-.
            Watson dkk (1987) menyatakan, jika suatu sel Hfr berdekatan
dengan sel F-, terjadi replikasi DNA yang terinduksi oleh konjugasi, dan
karena ujung pengarah faktor F berlekatan dengan kromosom utama,
jadi transfer materi genetik kromosom utama terjadi pula.Transfer materi
genetik utuh jarang terjadi karena konjugasi sel jantan dan sel betina
sangat rapuh dan mudah terpisah, sebelum proses transfer utuh selesai.
Sehingga biasanya sel betina (F-) tidak berubah menjadi sel berkelamin
jantan. (Corebima, 1997).

2.      Tranformasi
            Transformasi pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith
pada tahun 1928. Dia mempelajari transformasi satu tipe Streptococcus
pneumoniae menjadi tipe yang berbeda. S. pneumoniae dibagi menjadi
100 tipe lain yang berbeda atas dasar perbedaan kimia pada kapsulnya.
Jadi, tipe 1 menghasilkan kapsul yang berbeda dengan tipe 2, dan
seterusnya.
 Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel yang
mengandung sejumlah informasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel
lainnya. DNA tersebut diperoleh dari sel donor melalui lisis sel alamiah

18
atau dengan cara ekstraksi kimiawi. Begitu fragmen DNA dari sel donor
tertangkap oleh sel resipien, maka terjadilah rekombinasi.

Manfaat yang didapat dari transformasi gen pada bakteri adalah :

a.                   Sarana penting  dalam rekayasa genetika.
b.                  Memetakan kromosom bakteri.
c.                   Bermanfaat dalam penelitian-penelitian genetik bakteri di
laboratorium.

3.    Transduksi
            Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri.
Virus-virus yang inangnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage
atau fage. Pada waktu fage menginfeksi bakteri, fage memasukkan
DNA-nya ke dalam bakteri tersebut. DNA fage ini kemudian bereplikasi
di dalam sel bakteri atau berintegrasi dengan kromosom bakteri. Inilah
yang dikenal dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah proses
perpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu
oleh bakteriofage tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri.
Transduksi ditemukan oleh Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada
tahun 1952. Pada waktu DNA fage dikemas di dalam pembungkusnya
untuk membentuk bakteri-bakteri fage baru, DNA fage tersebut dapat
membawa sebagian dari DNA bakteri yang telah menjadi inangnya.
Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan
memasukkan DNA-nya yang mengandung sebagian dari DNA bakteri
inang sebelumnya. Dengan demikian, fage tidak hanya memasukkan
DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang diinfeksinya, tetapi juga

19
memasukkan DNA dari bakteri lain yang ikut terbawa pada DNA fage.
Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari satu sel bakteri ke
bakteri lainnya.
Ada dua tipe transduksi, yaitu:

1. Transduksi terbatas
Pada proses ini tidak semua gen dapat ditransfer. Transduksi terbatas
terjadi saat profage telah terintegrasi pada kromosom bakteri. Gen-gen
bakteri yang  mengalami transduksi terbatas adalah yang berdekatan
dengan profage yang terintegrasi.
 
2.    Transduksi umum

Gambar 4 Proses Transduksi pada Sel Bakteri

20
Transduksi umum terjadi bila suatu fage memindahkan gen dari kromosom bakteri
atau plasmid. Pada saat fage memulai siklus litik, enzim-enzim virus
menghidrolisis kromosom bakteri menjadi potongan-potongan kecil DNA. Setiap
bagian dari kromosom bakteri tersebut dapat digabungkan dengan kepala fage
selama perakitan fage. Fage yang telah berisi DNA sel bakteri dapat menginfeksi
sel lain dan mentransfer gen bakteri di dalam sel resipien DNA bakteri dan
bergabung dengan rekombinasi homolog menggantikan gen dalam sel resipien.
Transduksi ini terjadi pada bakteri gram positif dan gram negatif.

2.Plasmid beserta Strukturnya

Pengertian Plasmid
Plasmid merupakan suatu molekul DNA kecil di dalam sel yang secara fisik
terpisah dari DNA kromosom dan bisa bereplikasi secara independen. Dapat
dijumpai sebagai molekul DNA melingkar kecil, beruntai ganda pada bakteri.
Akan tetapi, plasmid kadang-kadang ada dalam organisme archaea dan
eukariotik.

Di alam, plasmid sering mengangkut gen yang bisa berguna bagi kelangsungan
hidup organisme, misalnya resistensi antibiotik. Sedangkan kromosom besar dan
mengandung semua informasi genetik penting untuk hidup dalam kondisi normal,
plasmid umumnya sangat kecil dan hanya mengandung gen tambahan yang
mungkin berguna bagi organisme dalam keadaan tertentu atau kondisi tertentu.
Plasmid buatan banyak digunakan sebagai vektor dalam kloning molekuler,
memiliki fungsi untuk mendorong replikasi urutan DNA rekombinan dalam
organisme inang. Di laboratorium, plasmid dapat dimasukkan ke dalam sel
melalui transformasi.

Ciri – Ciri Plasmid

● Plasmid termasuk molekul DNA kecil yang bentuknya terpisah secara fisik
dan bisa mereplikasi secara independen.

21
 ● Umumnya dijumpai sebagai molekul DNA sirkuler, untai ganda dalam
bakteri.
● Plasmid kadang berada pada organisme purba dan eukariotik.
● Plasmid mengangkut gen yang mungkin bermanfaat bagi kelangsungan
hidup organisme yang resisten antibiotik.
● Plasmid buatan banyak digunakan sebagai vektor dalam kloning
molekuler, sekuensing DNA dll.
● Ukuran plasmid beragam dari 1 hingga lebih dari 1000 kbp.
● Biasanya ukuran plasmid mulai dari 1×106 hingga 1×108 kromosom
bakteri.
● Plasmid besar memiliki ukuran 1×108 diamati pada pseudomonas dan
Agrobacterium.

Jenis – Jenis Plasmid

● Plasmid Resistan (R-Plasmid)

Mereka mempunyai gen yang memungkinkan host untuk menjadi resisten terhadap
antibiotik atau racun.

● Plasmid degradatif

Ini menanamkan sel inang dengan kemampuan untuk memetabolisme senyawa

organik umumnya sulit atau tidak biasa seperti toluena dan asam salisilat.

● Plasmid fertilitas (F-Plasmid)

Mereka terkait dalam konjugasi bakteri, dan mempunyai gen (tra-) yang memulai
pembentukan F-pilus untuk memungkinkan konjugasi. Materi genetik ditransfer
melalui pilus ini antara sel-sel terkonjugasi. Ini ialah penularan sendiri, dan F-pilus
juga disebut pilus seks.

● Col Plasmid atau coligenik

Plasmid ini memproduksi racun yang disebut bakteriosin yang mematikan bakteri,
namun kepemilikan plasmid ini membuat inang tahan terhadap racun.

22
 ● Tumor-inducing Plasmid (Ti-Plasmid)

Mampu mengubah sel inang menjadi patogen. Mereka berlangsung di

Agrobacterium tumefaciens, patogen yang mengakibatkan penyakit crown gall
pada tanaman. Pada saat infeksi, plasmid ditransfer ke sel-sel normal dari tanaman
di mana ia berproliferasi dan selanjutnya memperburuk penyakit dengan beralih ke
keadaan tumor. Dalam kondisi tersebut, sel-sel mensintesis racun serta faktor
virulensi lainnya.

Struktur Plasmid

Sebagian besar plasmid mempunyai struktur sirkuler, namun ada juga plasmid
linear yang bisa dijumpai pada mikroorganisme tertentu, seperti Borrelia
burgdorferi dan Streptomyces. Plasmid dijumpai dalam bentuk DNA utas ganda
yang sebagian besar tersusun menjadi superkoil atau kumparan terpilin. Struktur
superkoil terjadi sebab enzim topoisomerase membuat sebagian DNA utas ganda
lepas (tidak terikat) selama replikasi plasmid terjadi. Struktur superkoil akan
menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran
tertutup kovalen atau covalently closed circular (ccc), namun jika kedua utas DNA
terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin)
dan konformasi tersebut disebut sebagai open circuler (oc)

23
24
 Plasmid dan Penggunaannya dalam Rekayasa
Genetika
A. Pengertian Plasmid Sebagai Vektor dalam Rekayasa Genetika

Vektor merupakan molekul DNA yang membawa suatu DNA asing kedalam sel
inang, dengan harapan sifat yang ada pada DNA asing tersebut dapat terekspresi dalam sel
inang. Salah satu vektor yang bisa digunakan untuk membawa molekul DNA asing masuk
dalam sel inang adalah plasmid. Plasmid digunakan untuk melakukan rekayasa pada
berbagai organisme yang tidak bisa diperoleh secara alami. Rekayasa ini dilakukan pada
tingkat genetik sehingga disebut sebagai rekayasa genetika.

Plasmid adalah molekul DNA sirkuler (lingkaran tertutup) yang berantai ganda dan
dapat bereplikasi sendiri di luar kromosom dan tidak mengandung gen-gen esensial.
Plasmid terdapat secara alami maupun sudah mengalami modifikasi yang disesuaikan
dengan keperluan manipulasi genetik. Plasmid terdapat pada organisme prokariot maupun
eukariot. Plasmid inilah yang berfungsi sebagai pembawa sifat rekombinan pada organisme
yang akan direkayasa. Plasmid memilki ciri-ciri antara lain :
a.       berbentuk lingkaran tertutup dan untaiannya ganda (double stranded)
b.      dapat melakukan replikasi sendiri di luar kromosom inti
c.       terdapat di luar kromosom
d.      secara genetik dapat ditransfer secara stabil

Agar dapat digunakan sebagai vektor, plasmid harus memiliki syarat-syarat

diantaranya sebagai berikut :
1.      ukurannya relatif kecil dibanding dengan pori dinding sel inangnya
2.    mempunyai sekurang-kurangnya 2 gen marker yang dapat menandai masuk tidaknya
plasmid ke dalam sel inang
3.  mempunyai tempat pengenalan restriksi sekurang-kurangnya di dalam salah satu marker
yang dapat digunakan sebagai tempat penyisipan fragmen DNA asing
4.      memiliki titik awal replikasi sehingga dapat melakukan replikasi dalam sel inang

 Menurut tujuan penggunaannya, plasmid dibedakan menjadi 2 yaitu :

1.      plasmid untuk kloning prokariot, sebagai contoh adalah plasmid pUC 19 dan pBR 322
2.      plasmid yang digunakan untuk kloning eukariot yang digunakan adalah plasmid Ti 

Gambar plasmid pBR 322 dengan tempat pengenalan pemotongan DNAnya dapat
dilihat pada gambar1.

25
 Gambar 1. Plasmid pBR 322

Gambar plasmid pUC 19 dan tempat pengenalan pemotongan DNAnya dapat dilihat
pada gambar2.

 
Gambar 2. Plasmid pUC 19

B. Kegunaan Plasmid
Plasmid digunakan sebagai vektor dalam rekayasa genetika. Dalam hal ini plasmid
digunakan untuk membawa suatu rangkaian fragmen DNA asing masuk dalam sel inang
dengan harapan plasmid rekombinan itu mengalami replikasi dan mengekspresikan sifat

26
baru pada DNA asing tersebut, sehingga sifat yang diinginkan dapat diperoleh dari plasmid
rekombinan tersebut.

C. Proses penggunaan plasmid di dalam rekayasa genetika

Penggunaan plasmid untuk rekayasa genetika harus disesuaikan kebutuhannya
sebab ada berbagai macam plasmid yang digunakan. Proses penggunaan plasmid dalam
rekayasa genetika melalui langkah-langkah sebagai berikut :
1.     penentuan terlebih dahulu jenis plasmid yang hendak digunakan sebab ada beberapa
jenis plasmid seperti pBR 322 dan pUC19 yang bisa digunakan untuk prokariot dan
plasmid Ti yang bisa digunakan untuk organisme eukariot
2.  bila plasmid telah ditentukan maka selanjutnya adalah menentukan tempat pengenalan
enzim restriksi (pemotongan) yang hendak digunakan sebagai tempat penyisipan DNA
asing dan marker untuk menandai masuk tidaknya plasmid pada sel inang
3.  apabila telah diketahui tempat pengenalan restriksi dan markernya maka langkah
selanjutnya adalah menyiapkan enzim restriksi sebagai pemotong plasmid. Enzim yang
digunakan untuk memotong plasmid harus sama dengan pemotong DNA asing sehingga
nanti keduanya bisa bersatu misal : EcoR1
4.   langkah selanjutnya adalah plasmid dipotong dengan enzim restriksi yang sesuai pada
daerah potongannya
5.  plasmid siap disambungkan dengan DNA asing yang memiliki sifat tertentu, yang telah
dipotong juga dengan enzim restriksi yang sama dengan pemotong plasmid

D. Enzim restriksi sebagai pemotong plasmid

Untuk memotong plasmid digunakan enzim restriksi. Enzim restriksi adalah enzim
yang digunakan untuk memotong DNA secara spesifik. Enzim restriksi disebut sebagai
gunting biologi. Enzim ini diisolasi dari bakteri. Restriksi yang digunakan untuk memotong
plasmid harus sama dengan pemotong DNA asing agar urutan basanya bisa sesuai sehingga
antara plasmid dan DNA asing yang disisipkan bisa  bersatu. Prinsip kerja enzim restriksi
adalah:
1.      Enzim restriksi yang digunakan adalah enzim endonuklease restriksi. Enzim pemotong
ini mengenali DNA pada situs kusus dan memotong pada situs tersebut
2.      Situs pengenalan enzim restriksi adalah daerah yang simetri dengan poliandrom,
artinya bila kedua utas DNA tersebut masing-masing dibaca dengan arah yang sama
akan memberikan urutan yang sama pula nukleotidanya
3.      Pemotongan enzim restriksi akan menghasilkan potongan yaitu ujung kohesif (sticky
end) dan ujung rata (blunt end).

Perbedaan antara hasil pemotongan yang berupa sticky end dan blunt end dapat
dilihat pada tabel 1. berikut ini.

27
  Berbagai contoh restriksi enzim yang mengenali pada situs pemotongan tertentu
pada DNA dapat dilihat pada tabel 2.

  

Proses pemotongan DNA digambarkan pada gambar 3. berikut ini

 

Gambar 3. Pemotongan enzim restriksi pada DNA

E. Enzim Ligase sebagai penyembung plasmid dengan DNA asing

28
 Enzim ligase adalah enzim yang berfungsi untuk menyambung dua ujung potongan
DNA. Enzim ligase yang sering digunakan adalah DNA ligase dari E. Coli dan DNA ligase
dari Fage T4. Prinsip kerja enzim ligase sebagai berikut:
1.     Enzim ligase menyambung dua ujung DNA yang semulanya terpotong
2.   penyambungan dilakukan dengan cara menyambung 2 ujung DNA melalui ikatan
kovalen antara ujung 3’OH dari utas satu dengan ujung 5’P dari utas yang lain
3.  Penggunaan ligasi DNA ini mengkatalis ikatan fosfodiester antara kedua ujung DNA
sehingga kedua fragmen DNA yang berupa potongan bisa bersatu menjadi satu.

Gambar struktur enzim ligase dapat dilihat pada gambar 4 berikut ini :

   
Gambar 4. Struktur enzim ligase

Proses penyambungan DNA ligasi pada daerah pemotongan digambarkan pada

gambar 5.

   
Gambar 5. Penyambungan DNA ligase pada potongan DNA

29
F. Pemotongan dan penyambungan plasmid dan DNA asing sehingga
dihasilkan Plasmid Rekombinan
Untuk menciptakan plasmid rekombinan yang mengandung sifat DNA asing
tertentu yang dilakukan adalah dengan menyambung DNA asing tersebut dengan plasmid
yang ada. Plasmid rekombinan terbentuk sebagai sambungan antara plasmid dengan DNA
asing, sehingga plasmid tersebut mengandung sifat tertentu yang telah disesuaikan dengan
kebutuhan. Secara sederhana prosedur untuk menciptakan plasmid rekombinan dapat
dilakukan sebagai berikut:
1.      menyiapkan bakteri yang mengandung DNA asing dengan sifat tertentu
2.      menyiapkan plasmid yang akan digunakan sebagai vektor
3.      pemotongan DNA asing dengan sifat yang dibutuhkan dengan enzim restriksi semisal
dari E. coli
4.      pemotongan plasmid yang akan digunakan sebagai vektor dengan enzim restriksi yang
sama yaitu E. Coli
5.  hasil potongan DNA dengan sifat tertentu disambungkan pada plasmid dngan
menggunakan enzim penyambung yaitu DNA ligase. DNA ligase akan mengikat ujung
3’OH dengan ujung 5’P dan membentuk ikatan fosfodiester sehingga plasmid dan DNA
asing dengan sifat tertentu bisa bersatu
6.    terbentuklah plasmid rekombinan yang membawa DNA asing dengan sifat tertentu
tersebut. Plasmid ini siap ditransfer ke dalam sel inang untuk memperoleh organisme
transgenik

Gambar proses terbentuknya Plasmid rekombinan sebagai hasil penyambungan

plasmid dengan DNA asing dengan sifat tertentu dapat dilihat pada gambar 6 berikut ini.

   
Gambar 6. Penyambungan Plasmid dengan DNA asing

G. Plasmid Ti

30
 Sel-sel tumbuhan tidak mengandung plasmid alami yang dapat digunakan sebagai
vektor kloning, akan tetapi ada suatu bakteri yaitu Agrobacterium tumefaciens yang dapat
membawa plasmid berukuran 200 kb dan disebut dengan plasmid Ti (Tumor inducing atau
penyebab tumor). Bakteri Agrobacterium tumefaciens dapat menginfeksi tanaman dikotil
seperti tomat dan tembakau serta tanaman monokotil khususnya padi. Ketika infeksi
berlangsung bagian tertentu plasmid Ti yang disebut dengan T-DNA, akan terintegrasi ke
dalam DNA kromosom tanaman menyebabkan pertumbuhan sel-sel yang tak terkendali,
akibatnya akan terbentuk tumor.

Plasmid Ti rekombinan dengan suatu gen target yang disisipkan pada daerah T-
DNA dapat mengintegrasikan gen tersebut ke dalam DNA tanaman. Gen target ini
selanjutnya akan diekspresikan dengan menggunakan sistem DNA tanaman. Dalam
prakteknya ukuran plasmid yang begitu besar sangat sulit untuk dimanipulasi. Namun
ternyata apabila bagian T-DNA dipisahkan dari bagian-bagian lain plasmid Ti, integrasi
DNA tanaman masih dapat terjadi asalkan T-DNA dan bagian lainnya tersebut masih
berada dalam satu sel Agrobacterium tumefaciens. Dengan demikian, manipulasi atau
penyisipan fragmen DNA asing hanya dilakukan pada T-DNA dengan cara seperti halnya
yang dilakukan pada plasmid E. Coli. Selanjutnya plsmid T-DNA rekombinan yang
dihasilkan ditransformasikan ke dalam sel Agrobacterium tumefaciens yang membawa
plamid Ti tanpa bagian T-DNA. Perbaikan prosedur berikutnya adalah pembuangan gen-
gen pembentuk tumor yang terdapat pada T-DNA.

 
Gambar. Plasmid Ti

Pemanfaatan plasmid Ti dalam rekombinan tumbuhan sudah banyak

dimanfaatkan seperti plasmid Ti Agrobacterium tumefaciens yang digunakan untuk
pembuatan tanaman kapas Bt yang tahan terhadap hama ulat. Ulat yang memakan
tanaman akan mengalami kematian. Pemanfaatan plamid ini juga untuk meningkatkan
produksi tanaman. Misalkan saja tanaman yang mengandung protein tertentu setelah
direkayasa dengan menggunakan plasmid rekombinan ini. Sehingga pada saat makan
tanaman ini sudah mengandung protein tertentu.

31
   
Gambar. Rekayasa tanaman dengan menggunakan Plasmid Ti
Dari gambar di atas dapat dijelaskan bahwa penggunaan plasmid Ti dilakukan
dengan cara menyambung plasmid dengan DNA asing. Pemotongan DNA dilakukan
dengan menggunakan enzim restriksi kemudian masing-masing potongan dilekatkan
dengan ligasi DNA terbentuklah plasmid rekombinan. Sebagai hasilnya plasmid
rekombinan dimasukan dalam nukleus tanaman melalui fusi protoplasma dan plasmid
rekombinan akan berfusi dengan inti tanaman. Protopalasma selanjutnya dikulturkan
dalam media kultur jaringan kemudian setelah terbentuk tanaman, setelah itu tanaman
ditumbuhkan pada habitatnya. Tanaman yang dihasilkan akan memiliki sifat tertentu
sesuai dengan sifat DNA asing yang digunakan. Sehingga apabila kita memakan
tanaman tersebut berarti telah mengkonsumsi protein tertentu. Sifat inilah yang mulai
dikembangkan pada tanaman.

32
 BAB III
PENUTUP

1.Kesimpulan
Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA.Plasmid diidentifikasi
sebagai elemen genetika kecil.Dan Plasmid sebagai vektor rekayasa genetika.

2.Saran
Penulis menyadari sepenuhnya jika makalah ini masih banyak kesalahan dan jauh dari
sempurna.Oleh karena itu, untuk memperbaiki makalah tersebut penulis meminta kritik yang
membangun dari para pembaca

DAFTAR PUSTAKA

http://linda-haffandi.blogspot.com/2011/12/genetika-mikroba.html

http://dunianyabiosains.blogspot.com/2014/08/plasmid-dan-penggunaannya-
dalam_20.html

33
https://materi.co.id/plasmid/

34