No.

Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

ACARA 5
KLASIFIKASI MIKROBIA SECARA FILOGENETIK
MENGGUNAKAN DATA MOLEKULAR

Nama : Daniel Saputra W

NIM : 17/ 411688/ BI/ 09828
Gol. / Kelompok : Selasa/ 1
Asisten : Sas Retno Dwi Utami

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2019
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ACARA 5
KLASIFIKASI MIKROBIA SECARA FILOGENETIK MENGGUNAKAN
DATA MOLEKULAR

A. PENDAHULUAN
a. Latar Belakang
Klasifikasi didalam ilmu biologi merupakan suatu prosedur pengelompokkan
makhluk hidup kedalam kelompok tertentu berdasarkan kesamaan dan perbedaan
yang dimiliki (Expert, 2017). Klasifikasi merupakan salah satu ilmu penting karena
melalui klasifikasi dapat mempermudah dalam mempelajari makhluk hidup yang
beragam, mengetahui hubungan kekerabatan antar makhluk hidup, serta secara tidak
langsung melalui klasifikasi dapat diketahui sifat khas yang dimiliki tiap kelompok
untuk nantinya dapat dimanfaatkan oleh manusia dalam berbagai bidang. Secara garis
besar, kasifikasi dapat digolongkan menjadi 2 jenis, yaitu klasifikasi fenetik dan
klasifikasi filogenetik. Klasifikasi fenetik adalah klasifikasi yang didasarkan pada
sifat tampak yang dimiliki suatu organisme, sedangkan klasifikasi filogenetik adalah
klasifikasi yang didasarkan pada kemiripan materi genetic (DNA dan RNA) yang
dimiliki oleh organisme yang dibandingkan. Hasil klasifikasi (taksonomi) secara
filogenetik menghasilkan pohon filogenetik yang menggambarkan kekerabatan
organisme (Roger, 2019).
Klasifikasi makhluk hidup secara filogenetik dapat dilakukan untuk berbagai
organisme, salah satunya dari kelompok mikrobia yaitu bakteri. Bakteri merupakan
organisme prokariotik berukuran kecil yang memiliki keragaman sangat tinggi,
sehingga klasifikasi bakteri penting dilakukan agar mudah dipelajari dari segi
pemanfaatan maupun bahaya yang dapat ditimbulkan bakteri. Klasifikasi mikrobia
secara filogenetik dapat dilakukan dengan analisis taksonomi molekuar, dimana data
yang digunakan dapat berupa sequence gen DNA maupun RNA. Sequence DNA dapat
berupa 16S rDNA atau 16S rRNA, hibridasi DNA-DNA maupun DNA-RNA. Metode
ini dipilih untuk mengklasifikasikan mikrobia karena klasifikasi mikrobia secara
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

numerik fenetik tidak dapat membentuk pohon filogeni karena tidak menggambarkan
hubungan kekerabatan antar mikroorganisme dan hanya memberikan informasi
kedekatan antar mikroorganisme. Pada metode klasifikasi filogenetik, data yang biasa
digunakan adalah sequence gen yang mengkode 16S rRNA (16S rDNA), hal ini
dipilih karena gen 16S rRNA bakteri bersifat universal, artinya ada pada tiap spesies
bakteri, dan besifat conserved , artinya bersifat tetap dan tidak berubah saat diturunkan
dari satu generasi ke generasi berikutnya (Maheshwari, 2014). Hasil dari klasifikasi
filogenetik ini akan bersifat kekerabatan, bukan kemiripan saja.
Pada masa sekarang, klasifikasi secara filogenetik berkembang pesat setelah
dikembangkan system Gene Bank. Gene Bank merupakan pusat informasi digital yang
menyajikan data sequence materi genetic (DNA, RNA, bahkan protein) maupun
keseluruhan materi genetic (whole genome) yang telah ditemukan oleh peneliti
terdahulu. Jadi klasifikasi filogenetik ini dapat dilakukan hanya dengan mengambil
data sequence materi genetic sejumlah spesies bakteri untuk dapat dibandingkan
menggunakan beberapa software pendukung lainnya sehingga dapat diketahui
hubungan kekerabatan antar spesies tersebut (Tyagi, 2009). Berdasarkan uraian
tersebut, percobaan ini penting dilakukan untuk mempelajari dan mengetahui
kekerabatan beberapa strain bakteri secara filogenetik menggunakan data molecular
yang diambil dari Gene Bank NCBI (National Center For Biotechnology Information).

b. Tujuan
Tujuan dari percobaan ini adalah mempelajari dan melakukan prosedur
taksonomi molecular khususnya klasifikasi filogenetik berdasarkan data molecular
berupa sequence gen pengkode 16S rRNA dari sejumlah strain bakteri yang diambil
dari Gene Bank NCBI.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

B. METODE
a. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada percobaan ini yaitu situs NCBI sebagai sumber
informasi sequence 16S rDNA 15 strain bakteri yang diproses; software molecular
filogenetik berupa ClustalX, berfungsi dalam proses alignment sequence 16S rDNA;
Phylip, berfungsi dalam rekonstruksi phylogeny tree; TreeView, berfungsi dalam
visualisasi phylogeny tree; Phydit, berfungsi dalam konstruksi matriks similaritas;
Mega 6, berfungsi sebagai protocol lain dalam penyusunan phylogeny tree; serta
terdapat beberapa aplikasi bantuan yaitu Notepad yang berfungsi untuk menyimpan
urutan sequence nukleotida dari berbagai strain bakteri dalam format txt, serta
Microsoft Excel yang berfungsi untuk menampilkan hasil akhir tabel similaritas.
Bahan yang digunakan dalam percobaan ini yaitu urutan basa nitrogen dari
15 strain Streptococcus mitis yang diperoleh dari situs NCBI.

b. Cara Kerja
Pada praktikum kali ini dilakukan pembuatan pohon filogenetik yang dilakukan
dengan beberapa tahap dan berbagai aplikasi. Tahap pertama yaitu preparasi sequence
16S rDNA yang dilakukan dengan mengambil data sequnce urutan basa nitrogen 15
strain Streptococcus mitis dari NCBI dengan format fasta menggunakan accession
number yang diperoleh dari Jurnal berjudul “Exploring internal features of 16S rRNA
gene for identification of clinically relevant species of the genus Streptococcus”,
sequence ini kemudian dicatat didalam aplikasi Notepad dan disimpan dalam format
txt. Tahap kedua dilakukan penyusunan atau alignment dari sequence 16S rDNA yang
didapat tadi, penyusunan ini dilakukan dengan menggunakan aplikasi ClustalX,
langkah yang dilakukan yaitu dibuka aplikasi ClustalX, kemudian diklik file dan load
sequence, lalu data Notepad yang telah disimpan dibuka, diklik pilihan alignment >
output format options > diklik CLUSTAL format, GDE format, dan PHYLIP format >
diklik Ok > dipilih alignment > do complete alignment > diklik Ok, maka dari proses
ini dihasilkan data sequence yang telah ditata (align) dalam format aln, gde, dan phy.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Tahap ketiga dilakukan kontruksi pohon fiologenetik dengan menggunakan

aplikasi Phylip (Phylogeny Ineference Package), yang dilakukan dengan cara
memasukkan file hasil alignment dalam format phylip kedalam aplikasi exe Phylip,
setelah data dimasukkan kedalam exe phylip kemudian nama file diganti menjadi
“infile” (sebelumnya semua data infile, outfile, intree, dan outree dihapus terlebih
dahulu), selanjutnya diklik subprogram DNADIST, dalam dnadist format diubah
menjadi kimura dengan menekan “d”, dan diubah menjadi ANSI dengan menekan “0”
dan dilanjutkan dengan menekan “y” enter. Kemudian outfile dari dnadist diubah
menjadi infile, sedangkan infile dari phy tadi dihapus. Selanjutnya diklik subprogram
NEIGHBOR, pada tahap ini format kembali diubah menjadi ANSI dengan menekan
“0”, kemudian ditekan “y” enter.
Tahap ke empat yaitu visualisasi pohon fiologenetik yang dilakukan dengan
menggunakan aplikasi TREEVIEW dengan cara membuka file "intree" tadi dalam
aplikasi Treeview, kemudian dapat dilakukan pilihan bentuk dendogram yang
diinginkan. Hasil yang diperoleh ini adalah pohon filogenetik tanpa bootstrap (tanpa
pengulangan). Tahap yang dilakukan untuk menggunakan pengulangan (bootstrap)
yaitu semua data infile, outfile, intree, outree pada exe Phylip dihapus, kemudian
dipilih subprogram Seqboot, terminal types diubah menjadi ANSI dengan menekan
“0”, input “r” kemudian pada pilihan how many replicates ditulis “1000”, ditekan enter,
kemudian random number seed ditulis “5”, hasilnya yaitu outfile, kemudian outfile ini
diubah menjadi infile dan infile lama dihapus. Dibuka subprogram DNADIST, distance
diubah menjadi kimura, terminal types diubah menjadi ANSI, diklik “m” untuk analyze
data sets, kemudian diklik “d” dan keluar pilihan how many lalu diinput “1000” enter,
y enter. Selanjutnya diklik subprogram NEIGHBOR, terminal types diubah menjadi
ANSI dengan diinput “0”, ditekan “m” kemudian pilihan how many diinput “1000”,
diinput “y” lalu diinput “5” enter. Semua data infile, outfile dihapus, kemudian outree
diganti menjadi intree. Selanjutnya dipilih subprogram CONSENSE, terminal types
diubah menjadi ANSI dan ditekan y enter. Outree diubah menjadi intree, kemudian
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

data dibuka dengan aplikasi TREEVIEW maka diperoleh pohon filogenetik dengan
bootstrap sebanyak 1000 kali.
Tahap kelima yaitu konstruksi matriks similaritas dengan data perbedaan
nukleotida 16S rDNA menggunakan data sequence yang telah di-alignment dalam
format GDE dan dengan aplikasi Phydit untuk mengkonstruksi matriks similaritas,
yang dilakukan dengan meng-import data dalam format GDE ke dalam aplikasi Phydit,
kemudian dilakukan analysis "Sim table : Generating Similarity Table" sehingga
dihasilkan tabel matrik similaritas yang kemudian di copy dan di paste dalam Microsoft
Excel.
Terdapat pula cara konstruksi dendogram dengan menggunakan program Mega
6, dilakukan dengan cara memasukkan file dengan format aln ke dalam program Mega
6 dan mengalignment data tersebut, kemudian terbentuk file dengan format mega yang
kemudian dimasukkan untuk membentuk pohon filogenetik. Pada program Mega
dilakukan contruct / test neighbour joining tree sehingga akan terbentuk tabel pilihan
dan keterangan dari pohon filogenetik yang ingin dibuat. Test filogeni yang dibuat
dipilih Bootstrap method, dengan ulangan 1000 kali. Model / method yang digunakan
yaitu Kimura 2 Parameter Model dengan Rates among sites Gamma distribution (G)
dengan gamma paramter 0 (nol), kemudian di compute sehingga terbentuk 2 buah jenis
pohon filogenetik, yaitu original tree dan bootstrap consensus tree.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

C. HASIL
Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan, diperoleh hasil sebagai berikut,

Gambar 1. Phylogeny Tree Phylip tanpa bootstrap

Gambar 2. Phylogeny Tree Phylip dengan bootstrap

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Tabel 1. Matriks similaritas

Gambar 3. Phylogeny Tree MEGA (tanpa bootstrap)

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 4. Phylogeny Tree MEGA (dengan bootstrap)

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

D. PEMBAHASAN
Taksonomi molekular filogenetik merupakan taksonomi filogenetik dengen
menggunakan data molekular. Taksonomi filogenetik merupakan pengelompokan
spesies dengan cara analisis molekular serta morfologi yang mengacu pada hubungan
evolusioner (Hamilton, 2013). Data molekular yang digunakan dapat berupa sidik jari
DNA, Sequence DNA, hibridisasi DNA-DNA atau DNA-RNA. Tujuan dari analisis
filogenetik adalah untuk memahami hubungan masa lalu evolusioner antar organisme.
Hasil yang didapat dari taksonomi molekular filogenetik ini berupa pohon filogenetik
yang terbentuk antar strain yang digunakan. Pohon filogenetik adalah diagram
percabangan yang menunjukkan hubungan evolusi berbegai spesies yang dibandingkan
berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik dan genetika (Oren & Papke,
2010).
Dalam taksonomi molecular filogenetik, data genetic yang digunakan dapat
bermacam-macam, namun salah satu yang sering digunakan adalah gen pengkode 16S
rRNA, yaitu jenis rRNA yang menyusun subunit kecil ribosom. Gen pengkode RNA
ribosomal (rRNA) adalah gen yang paling lestari (conserved), artinya gen ini terus
diturunkan ke generasi berikutnya dan cenderung tetap. Porsi sekuens rDNA dari tiap
organisme yang secara genetik berkorelasi umumnya adalah sama. Dengan demikian
setiap organisme yang memiliki jarak kekerabatan tertentu dapat disejajarkan sehingga
lebih mudah untuk menentukan perbedaan dalam sekuens yang menjadi ciri khas
organisme tersebut. Gen pengkode rRNA digunakan untuk menentukan taksonomi,
filogeni (hubungan evolusi) serta memperkirakan jarak keragaman antar spesies (rates
of species divergence) bakteri. Perbandingan sekuens rDNA dapat menunjukkan
hubungan evolusi antar organisme (Rinanda, 2011).
Pada masa sekarang, klasifikasi secara filogenetik berkembang pesat setelah
dikembangkan system Gene Bank. Gene Bank merupakan pusat informasi digital yang
menyajikan data sequence materi genetic (DNA, RNA, bahkan protein) maupun
keseluruhan materi genetic (whole genome) yang telah ditemukan oleh peneliti
terdahulu. Jadi klasifikasi filogenetik ini dapat dilakukan hanya dengan mengambil
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

data sequence materi genetic sejumlah spesies bakteri untuk dapat dibandingkan
menggunakan beberapa software pendukung lainnya sehingga dapat diketahui
hubungan kekerabatan antar spesies tersebut (Tyagi, 2009). Didalam system Gene
Bank ada sebuah istilah yang perlu diketahui, yaitu accession number. Accession
number adalah nomor yang diberian oleh database (gene bank) untuk mengakses suatu
informasi, misalnya data sequence DNA spesies bakteri tertentu. Accession number ini
penting untuk diketahui jika dalam proses klasifikasi filogenetik digunakan data
molecular yang diperoleh dari gene bank.
Dalam percobaan ini dilakukan klasifikasi bakteri secara filogenetik
menggunakan data molecular. Data sequence yang digunakan adalah gen pengkode
16S rRNA 15 strain bakteri spesies Streptococcus mitis yang diperoleh dari gene bank
NCBI. Accession number spesies bakteri yang digunakan diperoleh dari sebuah jurnal
yang berjudul “Exploring internal features of 16S rRNA gene for identification of
clinically relevant species of the genus Streptococcus”, 15 accession number diberi
nama strain 1 sampai strain 15, accession number yang digunakan urut dari strain 1
sampai 15 yaitu AF316592; EF151145; AF385523; FJ405281; AY880050;
AY880051; AF385526; AB038371; EF151150; AY005041; AF479579; AY005040;
AY134908; AY741062; AY741061 . Jurnal ini dilatarbelakangi karena genus
Streptococcus yang merupakan pathogen pada manusia dan hewan yang telah
ditemukan saat ini masih sulit untuk dibedakan meskipun telah diidentifikasi
berdasarkan gen 16S rRNA, oleh karena itu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk
melengkapi identifikasi menggunakan 16S rRNA ini, yaitu penyempurnaan
menggunakan analisis enzim restriksi secara in-siliko, hasil yang diperoleh yaitu
penggunaan enzim restriksi ini dapat menghasilkan pola fragmen DNA yang khas pada
tiap spesies sehingga dapat digunakan lebih lanjut untuk idntifikasi bakteri secara
filogenetik dengan lebih spesifik.
Terdapat beberapa program yang digunakan untuk mengolah data pada
percobaan ini. Program yang digunakan untuk mengurutkan atau alignment adalah
ClustalX, dimana hasil dari program ini yaitu output files dengan format yang dapat
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

kita tentukan utnuk digunakan dalam program berikutnya. Pada praktikum ini, hasil
yang didapat dibuat dalam format Clustal, GDE, dan Phylip. Setelah dilakukan
alignment, dilakukan konstruksi pohon filogenetik yang dilakukan dengan
menggunakan program Phylip (Phylogeny Ineference Package), dimana dengan
memasukkan file yang telah di-alignment pada program ini maka akan terbentuk pohon
filogenetik. Pada program ini digunakan pula beberapa subprogram seperti seqboot
yang berfungsi untuk menata ulang sequence dan menentukan jumlah ulangan/
bootstrap yang diinginkan, DNADIST yang digunakan untuk menghitung nilai DNA
distance / jarak DNA, dan juga subprogram NEIGHBOR yang bertujuan untuk
mengkonstruksi pohon filogenetik. Hasil dari Program Phylip yaitu file dengan nama
"outtree" yang kemudian di rename menjadi "intree" agar dapat digunakan dalam
proses selanjutnya. Program yang digunakan yaitu Treeview yang bertujuan untuk
memvisualisasikan pohon filogenetik, dilakukan dengan cara membuka file "intree"
dalam program Treeview, kemudian akan terbentuk pohon filogenetik. Digunakan juga
program Phydit yang berfungsi untuk membentuk matriks similaritas strain yang
dibandingkan. Hasil yang diperoleh pada percobaan ini yaitu jika dilihat pada tabel
matriks similaritas yang diperoleh dari program Phydit, bakteri strain 5 dan strain 6
memiliki nilai similaritas 100%, artinya yaitu dari sequence 16S rRNA pada kedua
strain tersebut identic 100% sehingga dapat disimpulkan bahwa kedua strain tersebut
adalah satu spesies yang sama meskipun diperoleh dari strain yang berbeda.
Pada percobaan ini dilakukan penyusunan phylogeny tree menggunakan
bootstrap dan tidak menggunakan bootstrap. Bootstrap sendiri berarti pengulangan
yang dilakukan hingga akhirnya terbentuklah hasil akhir pohon filogeni. Struktur
phylogeny tree yang terbentuk cukup berbeda antara data yang menggunakan bootstrap
dan tidak, hal ini dikarenakan keakuratan yang berbeda pula dimana penyusunan
phylogeny tree yang menggunakan bootstrap lebih akurat karena dilakukan berkali-kali
ulangan hingga ditentukan hasil akhir pohon filogeni, sedangkan data tanpa bootstrap
kurang akurat karena hanya dilakukan 1 kali pengujian untuk menghasilkan pohon
filogeni. Pengulangan yang dilakukan pada percobaan ini sebanyak 1000 kali, hasil
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

yang diperoleh dapat dilihat pada pohon filogeni yang menggunakan bootstrap terdapat
angka di setiap percabangan pohon, misalnya saja pada Phylogeny Tree Phylip dengan
bootstrap 1000 kali terdapat angka 999 pada penyatuan strain 14 dan 15, hal ini
menandakan dari 1000 kali ulangan, sebanyak 999 kali ulangan yang dilakukan
menunjukkan hasil yang sama yaitu strain 14 dan 15 memiliki hubungan kekerabatan
yang dekat.
Pada percobaan ini digunakan 2 software berbeda untuk membentuk phylogeny
tree, yaitu Phylip dan Mega 6. Perbedaan pada kedua software ini yaitu proses yang
dilakukan menggunakan software Phylip sangatlah kompleks dibandingkan dengan
Mega 6 yang lebih sederhana; pada software Phylip dapat dibentuk matriks similaritas
antar strain bakteri melalui program Phydit, sedangkan software Mega 6 tidak dapat
melakukannya; keakuratan phylogeny tree yang dibuat menggunakan Phylip lebih
akurat dibanding melalui Mega 6, hal ini dapat dilihat dari hasil phylogeny tree yang
menggunakan bootstrap pada Phylip menghasilkan kecocokan ulangan yang tinggi
yaitu mendekati 1000 kali ulangan yang digunakan, sedangkan pada Mega 6 lebih
rendah, hal ini menandakan software Phylip lebih akurat dibanding Mega 6. Meskipun
demikian, kedua program ini adalah program yang valid untuk digunakan membentuk
phylogeny tree dalam identifikasi molecular filogenetik, dimana kedua program ini
memiliki kelebihan dan kekurangannya masing-masing, yaitu program Phylip lebih
akurat meskipun pengoperasiannya lebih kompleks dan program Mega 6 yang
pengoperasiannya lebih sederhana namun hasilnya kurang akurat dibanding Phylip.

E. KESIMPULAN
Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa prosedur
taksonomi molekular filogenetik dapat dilakukan dengan menggunakan 2 cara, yaitu
dengan menggunakan Program Mega 6 atau dengan menggunakan serangkaian
program ClustalX, Phylip, TreeView, dan Phydit. Keakuratan phylogeny tree yang
dihasilkan melalui program Phylip lebih akurat dibanding program Mega 6, serta hasil
analisis menggunakan bootstrap menghasilkan data yang lebih akurat.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

F. DAFTAR PUSTAKA

Expert, D. 2017. The General Science Compendium for IAS Prelims General Studies
CSAT. Disha Publications. New York, p.2.
Hamilton, A. 2013. The evolution of phylogenetic systematics Vol. 5. University of
California Press. California, p. 56.
Maheshwari,D.K. 2014. Bacterial Diversity in Sustainable Agriculture. Springer.
New York, p. 307.
Oren, A., & Papke, R. T. 2010. Molecular phylogeny of microorganisms. Horizon
Scientific Press. California, p. 24
Rinanda, T. 2011. Analisis Sekuensing 16S rRNA di Bidang Mikrobiologi. Jurnal
Kedokteran Syiah Kuala. 11(3) : 172-177.
Roger, T.H. 2019. Lessons in Environmental Microbiology. CRC Press. Boca Raton,
p.257.
Tyagi, R. 2009. Computational Molecular Biology. DPH. New Delhi, p. 312.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

LAMPIRAN
 Sequence gen pengkode 16S rRNA pada 15 strain bakteri S. mitis :
>strain1
ACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAGGAG
GAGCTTGCTTCTCTGGATGAG
TTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGTAGCGGGGGAT
AACTATTGGAAACGATAGCTA
ATACCGCATAACAGTAGATGTTGCATGACATTTRCTTAAAAGGTGCAAW
TGCATCACTACCAGATGGACC
TGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGAT
ACATAGCCGACCTGAGAGGGT
GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA
GCAGTAGGGAATCTTCGGCAA
TGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCG
GATCGTAAAGCTCTGTTGTAA
GAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGACGGTATCTTA
CCAGAAAGGGACGGCTAACTA
CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTT
ATTGGGCGTAAAGCGAGCGCA
GGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATAGTACG
CTTTGGAAACTGTTTAACTTG
AGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG
ATATATGGAGGAACACCGGTG
GCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTG
GGGAGCAAACAGGATTAGATA
CCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGACCCTTTC
CGGGGTTTAGTGCCGTAGCT
AACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCG
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTT
ACCAGGTCTTGACATCCCTCT
GACCACTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGTGGT
GCATGGTTGTCGTCAGCTCGT
GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTA
GTTGCCATCATTTAGTTGGG
CACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACG
TCAAATCATCATGCCCCTTAT
GACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGAGTCGCAAGC
CGGTGACGGCAAGCTAATCTC
TTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAG
TCGGAATCGCTAGTAATCGC
GGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCC
CGTCACACCACGAGAGTTTGT
AACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCGTAAGGAGCCAGCCGCCTAAGGTG
GGATAGATGATTGGGGTGAAG
TCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG

>strain2
ATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAAC
GCTGAAGGAGGAGCTTGCTTN
TCNGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGT
AGCGGGGGATAACTATTGGAA
ACGATAGCTAATACCGCATAACAGTAGATNTTGCATGATATCTGCTTGAA
AGGTGCAANTGCATCACTAC
CAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCA
AGGCNACGATACATAGCCGAC
CTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCT
ACGGGAGGCAGCAGTAGGGAA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAG
AAGGTTTTCGGATCGTAAAGC
TCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGA
CGGTATCTTACCAGAAAGGGA
CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTT
GTCCGGATTTATTGGGCGTAA
AGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAA
CCATAGTACGCTTTGGAAACT
GTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTG
AAATGCGTAGATATATGGAGG
AACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCT
CGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGT
TAGACCCTTTCCGGGGTTTAG
TGCCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAG
GTTGAAACTCAAAGGAATTGA
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGC
GAAGAACCTTACCAGGTCTTG
ACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGCTTTCCTTCGGGACAGAGGTG
ACAGGTGGTGCATGGTTGTC
GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC
CCCTATTGTTAGTTGCCATCA
TTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGT
GGGGATGACGTCAAATCATCA
TGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGGTACAACG
AGTCGCAA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

>strain3
GAGTTTGATYCTGGCTCAGGACGACCGCTGGCGGCGTGCTTAATACATG
CAAGTAGAACGCTGAAGGAAG
GAGCTTGCTCTTTCCGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGT
AACCTGCCTGGTAGCGGGGGA
TAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAACAGTAGATATCGCATG
ATATTTGCTTAAAAGGTGCAA
TTGCACCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTA
ACGGCTCACCAAGGCCACGA
TACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACG
GCCCAGACTCCTACGGGAGGC
AGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCC
GCGTGAGTGAAGAAGGTTTTC
GGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAG
TTCACACTGTGACGGTATCTT
ACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG
GTCCCGAGCGTTGTCCGGATT
TATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAG
GCTGTGGCTTAACCATAGTAC
GCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCA
TGTGTAGCGGTGAAATGCGTA
GATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACT
GACGCTGAGGCTCGAAAGCGT
GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAGGTGTTAGACCCTT
TCCGGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGT
ACGACCGCAAGGTTGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGAAGAACCT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTC
GGGACAGAGGTGACAGGTGG
TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCA
ACGAGCGCAACCCCTATTGT
TAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAAC
CGGAGGAAGGTGGGGATGAC
GTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
TTGGTACAACGAGTCGCAAG
CCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAATCTCAGTTCGGATTGTAG
GCTGCAACTCGCCTACATGA
AGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTT
CCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCAT
TTGGAGCCAGCCGCCTAAGGT
GGGATAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGG
TGCGGYTGGAWCACCTCCTTC

>strain4
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACAT
GCAAGTAGAACGTTGAAGGAA
GGAGCTTGCTCTTTCCGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGG
TAACCTGCCTGGTAGCGGGGG
ATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAACAGTAGATATCGCAT
GATAGCTGCTTAAAAGGTGCA
ATTGCACCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGT
AACGGCTCACCAAGGCAACG
ATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACAC
GGCCCAGACTCCTACGGGAGG
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

CAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGC
CGCGTGAGTGAAGAAGGTTTT
CGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAA
GTTCACACTGTGACGGTATCT
TACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTA
GGTCCCGAGCGTTGTCCGGAT
TTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAA
GGCTGTGGCTTAACCATAGTA
CGCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCC
ATGTGTAGCGGTGAAATGCGT
AGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAAC
TGACGCTGAGGCTCGAAAGCG
TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAAGTCCACGCCGTAAACGA
TGAGTGCTAGGTGTTAGACCC
TTTCCGGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGA
GTACGACCGCAAGGTTGAAA
CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTA
ATTCGAAGCAACGCGAAGAAC
CTTACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCT
TCGGGACAGAGGTGACAGGT
GGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG
CAACGAGCGCAACCCCTATT
GTTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAA
ACCGGAGGAAGGTGGGGATG
ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAAT
GGTTGGTACAACGAGTCGCA
AGCCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAATCTCAGTTCGGATTGT
AGGCTGCAACTCGCCTACAT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACG
TTCCCGGGCCTTGTACACACC
GCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACC
ATTTGGAGCCAGCCGCCTAAG
GTGGGATAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCC

>strain5
GCTTGCTCTTCTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAAC
CTGCCTGGTAGCGGGGGATAA
CTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATGACAACAGTTATTGCATGATA
ACTGTTTAAAAGGGGCAATTG
CTCCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACG
GCTCACCAAGGCGACGATAC
ATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC
CAGACTCCTACGGGAGGCAGC
AGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCG
TGAGTGAAGAAGGTTTTCGGA
TCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTC
ACACTGTGACGGTATCTTACC
AGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTC
CCGAGCGTTATCCGGATTTAT
TGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCT
GTGGCTTAACCATAGTACGCT
TTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGT
GTAGCGGTGAAATGCGTAGAT
ATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGAC
GCTGAGGCTCGAAAGCGTGGG
GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGT
GCTAGGTGTTAGACCCTTTCC
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

GGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTAC
GACCGCAAGGTTGAAACTCAA
AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
AAGCAACGCGAAGAACCTTAC
CAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGG
ACAGAGGTGACAGGTGGTGC
ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACG
AGCGCAACCCCTATTGTTAG
TTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGG
AGGAAGGTGGGGATGACGTC
AAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTG
GTACAACGAGTCGCAAGTCG
GTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCT
GCAACTCGCCTACATGAAGT
CGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCC
GGGCCTTGCACACACCGCCCG
TCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAG

>strain6
GGAGGAGCTTGCTCTTCTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTA
GGTAACCTGCCTGGTAGCGGG
GGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATGACAACAGTTATTGC
ATGATAACTGTTTAAAAGGGG
CAATTGCTCCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAG
GTAACGGCTCACCAAGGCGA
CGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGAC
ACGGCCCAGACTCCTACGGGA
GGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAAC
GCCGCGTGAGTGAAGAAGGTT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGA
AAGTTCACACTGTGACGGTAT
CTTACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACG
TAGGTCCCGAGCGTTATCCGG
ATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTA
AAGGCTGTGGCTTAACCATAG
TACGCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATT
CCATGTGTAGCGGTGAAATGC
GTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTA
ACTGACGCTGAGGCTCGAAAG
CGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG
ATGAGTGCTAGGTGTTAGACC
CTTTCCGGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGG
AGTACGACCGCAAGGTTGAA
ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTT
AATTCGAAGCAACGCGAAGAA
CCTTACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCC
TTCGGGACAGAGGTGACAGG
TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC
GCAACGAGCGCAACCCCTAT
TGTTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATA
AACCGGAGGAAGGTGGGGAT
GACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAA
TGGCTGGTACAACGAGTCGC
AAGTCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTG
TAGGCTGCAACTCGCCTACA
TGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATAC
GTTCCCGGGCCTT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

>strain7
GAGTTTGATYCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG
CGAGTAGAACGCTGAAGCTTG
GTGCTTGCACCGAGCGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGT
AACCTGCCTGGTAGCGGGGGA
TAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATGACAACAGTTATTGCATG
ATAACTGTTTAAAAGGGGCAA
TTGCTCCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTA
ACGGCTCACCAAGGCGACGA
TACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACG
GCCCAGACTCCTACGGGAGGC
AGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCC
GCGTGAGTGAAGAAGGTTTTC
GGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAG
TTCACACTGTGACGGTATCTT
ACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG
GTCCCGAGCGTTATCCGGATT
TATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAG
GCTGTGGCTTAACCATAGTAC
GCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCA
TGTGTAGCGGTGAAATGCGTA
GATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACT
GACGCTGAGGCTCGAAAGCGT
GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAGGTGTTAGACCCTT
TCCGGGGTTTAGTGCCGTAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGT
ACGACCGCAAGGTTGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGAAGAACCT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTC
GGGACAGAGGTGACAGGTGG
TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCA
ACGAGCGCAACCCCTATTGT
TAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAAC
CGGAGGAAGGTGGGGATGAC
GTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
CTGGTACAACGAGTCGCAAG
TCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAG
GCTGCAACTCGCCTACATGA
AGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTT
CCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTT
TTA

>strain8
GGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAGAGAGGAGCTTGCTCT
TCTTGGATGAGTTGCGAACGG
GTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACTATTGGA
AACGATAGCTAATACCGCATA
ATAGCAGTTATTGCATGATAACTGTTTGAAAGGTGCAAATGCATCACTAC
CAGATGGACCTGCGTTGTAT
TAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGCCGA
CCTGAGAGGGTGATCGGCCAC
ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGG
AATCTTCGGCAATGGACGGAAG
TCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAG
CTCTGTTGTAAGAGAAGAACG
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

AGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGACGGTATCTTACCAGAAAGGG
ACGGCTAACTACGTGCCAGCA
GCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAA
AGCGAGCGCAGGCGGTTAGA
TAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATAGTACGCTTTGGAAACT
GTTTAACTTGAGTGCAAGAG
GGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAG
GAACACCGGTGGCGAAAGCGG
CTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC
AGGATTAGATACCCTGGTAGT
CCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGACCCTTTCCGGGGTTTAG
TGCCGCAGCTAACGCATTAA
GCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTG
ACGGGGGCCCGCACAAGCGGT
GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTT
GACATCCCTCTGATCGCTCTA
GAGATAGAGCTTTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGT
CGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT
GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTTAGTTGCCATCA
TTTAGTTGGGCACTCTAGCG
AGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATC
ATGCCCCTTATGACCTGGGCT
ACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGAGTCGCAAGCCGGTGACGGC
AAGCTAATCTCTTAAAGCCAG
TCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGC
TAGTAATCGCGGATCAGCAC
GCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT

>strain9
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

AGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACAT
GCAAGTAGAACGCTGAAGGAG
GAGCTTGCTTCTCTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTA
ACCTGCCTGGTAGCGGGGGAT
AACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATAGCAGTTATTGCATGA
TAACTGTTTGAAAGGTGCAAT
TGCATCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAA
CGGCTCACCAAGGCGACGAT
ACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGG
CCCAGACTCCTACGGGAGGCA
GCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCG
CGTGAGTGAAGAAGGTTTTCG
GATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGT
TCACACTGTGACGGTATCTTA
CCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
TCCCGAGCGTTGTCCGGATTT
ATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGG
CTGTGGCTTAACCATAGTACG
CTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCAT
GTGTAGCGGTGAAATGCGTAG
ATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTG
ACGCTGAGGCTCGAAAGCGTG
GGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGA
GTGCTAGGTGTTAGACCCTTT
CCGGGGTTTAGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGT
ACGACCGCAAGGTTGAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT
CGAAGCAACGCGAAGAACCTT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCG
GGACAGAGGTGACAGGTGGT
GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAA
CGAGCGCAACCCCTATTGTT
AGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACC
GGAGGAAGGTGGGGATGACG
TCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTG

>strain10
TTAACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTA
ATACATGCAAGTAGAACGCTG
AAGAGAGGAGCTTGCTCTTCTTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACG
CGTAGGTAACCTGCCTGGTAG
CGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAAAATGGATTA
TCGCATGATAATCCATTGAAA
GGTGCAAATGCATCACTACCAGATGGACCTNCGTTGTATTAGCTAGTTGG
TGGGGTAACGGCTCACCAAG
GCGACGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTG
AGACACGGCCCNGACTCCTAC
GGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGA
GCAACGCCGCGTGAGTGAAGAA
GGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAG
TGGAAAGTTCACACTGTGACG
GTATCTTACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAA
TACGTAGGTCCCNAGCGTTGT
CCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAA
GTTAAAGGCTGTGGCTYAACC
ATAGTACGCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGG
AATTCCATGTGTAGCGGTGAA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCT
TGTAACTGACGCTGAGGCTCG
AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTA
AACGATGAGTGCTAGGTGTTA
GACCCTTTCCGGGGTTCAGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCT
GGGGAGTACGACCGCAAGGT
TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG
GTTTAATTCGAAGCAACGCGA
AGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTT
TTCCTTCGGGACAGAGGTGA
CAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTNAG
TCCCGCAACGAGCGCAACCC
CTATTGTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGT
AATNAACCGGAGGAAGGTGG
GGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCT
ACAATGGCTGGTACAACGAG
TCGCAAGCCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCG
GATTGTAGGCTGCAACTCGCC
TACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGA
ATACGTTCCCGGGCCTTGTAC
ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGG
TAACCTTTTNGGAGCCAGCCG
CCTAAGGTGGGATAGATGATTGGGG

>strain11
GCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCT
GAAGAGAGGAGCTTGCTCTTC
TTGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGTA
GCGGGGGATAACTATTGGAAA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

CGATAGCTAATACCGCATAAAATTGATTATCGCATGATAATTAATTGAAA
GGTGCAAATGCATCACTACC
AGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAA
GGCGACGATACATAGCCGACC
TGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTA
CGGGAGGCAGCAGTAGGGAAT
CTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGA
AGGTTTTCGGATCGTAAAGCT
CTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGAC
GGTATCTTACCAGAAAGGGAC
GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTG
TCCGGATTTATTGGGCGTAAA
GCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAAC
CATAGTACGCTTTGGAAACTG
TTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGA
AATGCGTAGATATATGGAGGA
ACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTC
GAAAGCGTGGGGAGCAAACAG
GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTT
AGACCCTTTCCGGGGTTTAGT
GCCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGG
TTGAAACTCAAAGGAATTGAC
GGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCG
AAGAACCTTACCAGGTCTTGA
CATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGGACAGAGGTGA
CAGGTGGTGCATGGTTGTCG
TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACC
CCTATTGTTAGTTGCCATCAT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TTAATTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTG
GGGATGACGTCAAATCATCAT
GCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGA
GTCGCAAGCCGGTGACGGCAA
GCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCC
TACATGAAGTCGGAATCGCT
AGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTA
CACACCGCCCGTCACACCACG
AGAGTTTG

>strain12
AGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAG
CTTGGTGCTTGCACCGAGCGG
ATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGTAGCGG
GGGATAACTATTGGAAACGAT
AGCTAATACCGCATAAAATGGATTATCGCATGATAATCCATNGAAAGGT
GCAAATGCATCACTACCAGAT
GGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCG
ACGATACATAGCCGACCTGAG
AGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGG
AGGCAGCAGTAGGGAATCTTC
GGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGG
TTTTCGGATCGTAAAGCTCTGT
TGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGACGGTA
TCTTACCAGAAAGGGACGGCT
AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCG
GATTTATTGGGCGTAAAGCGA
GCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATA
GTACGCTTTGGAAACTGTTTA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATG
CGTAGATATATGGAGGAACAC
CGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAA
GCGTGGGGAGCAAACAGGATT
AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGAC
CCTTTCCGGGGTTTAGTGCCG
CAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGA
AACTCAAAGGAATTGACGGGG
GCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
ACCTTACCAGGTCTTGACATC
CCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGGACAGAGGTGACAG
GTGGTGCATGGTTGTCGTCAG
CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTAT
TGTTAGTTGCCATCATTCAG
TTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGA
TGACGTCAAATCATCATGCCC
CTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGAGTCG
CAAGCCGGTGACGGCAAGCTA
ATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACA
TGAAGTCGGAATCGCTAGTA
ATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACA
CCGCCCGTCACACCACGAGAG
TTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCATTTGGAGCCAGCCGCCTA
AGGTGGGATAGATGATTGGGG
TGAA

>strain13
GGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAGC
TTGGTGCTTGCACCGAGCGGA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTGGTAGCGGG
GGATAACTATTGGAAACGATA
GCTAATACCGCATGATATTGATTATTGCATGATAGTCAATTAAAAGGTGC
AATTGCATCACTACCAGATG
GACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAA
CGATACATAGCCGACCTGAGA
GGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA
GGCAGCAGTAGGGAATCTTCG
GCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTT
TTCGGATCGTAAAGCTCTGTT
GTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACACTGTGACGGTAT
CTTACCAGAAAGGGACGGCTA
ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGG
ATTTATTGGGCGTAAAGCGAG
CGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATAG
TACGCTTTGGAAACTGTTTAA
CTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGC
GTAGATATATGGAGGAACACC
GGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAG
CGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGACC
CTTTCCGGGGTTTAGTGCCGC
AGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAA
ACTCAAAGGAATTGACGGGGG
CCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA
CCTTACCAGGTCTTGACATCC
CTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGT
GGTGCATGGTTGTCGTCAGC
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATT
GTTAGTTGCCATCATTCAGT
TGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGAT
GACGTCAAATCATCATGCCCC
TTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGAGTCGC
AAGCCGGTGACGGCAAGCTAA
TCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACAT
GAAGTCGGAATCGCTAGTAA
TCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC
CGCCCGTCACACCACGAGAGT
TTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCTA
AGGTGGGATAGATGATTGGGG
TGAA

>strain14
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTAGAACGCTGAAGGA
GGAGCTTGCTCTTCTGGAAGA
GTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGTAACCTGCCTCTTAGCGGGGGA
TAACTATTGGAAACGATAGCT
AATACCGCATAAAAGTCGACATTGCATGATGTTGACTTGAAAGGTGCAA
CTGCATCACTAAGAGATGGAC
CTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGA
TACATAGCCGACCTGAGAGGG
TGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC
AGCAGTAGGGAATCTTCGGCA
ATGGGGGCAACCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTC
GGATCGTAAAGCTCTGTTGTA
AGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAGTTCACGCTGTGACGGTATCTT
ACCAGAAAGGGACGGCTAACT
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTATCCGGATT
TATTGGGCGTAAAGCGAGCGC
AGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATAGTAC
GCTTTGGAAACTGTTTAACTT
GAGTGCAGAAGGGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTA
GATATATGGAGGAACACCGGT
GGCGAAAGCGGCTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGT
GGGGAGCAAACAGGATTAGAT
ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGTCCTTT
CCGGGACTCAGTGCCGCAGC
TAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCC
GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCT
TACCAGGTCTTGACATCCCTC
TGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTCGGGACAGAGGTGACAGGTGG
TGCATGGTTGTCGTCAGCTCG
TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATTGTT
AGTTGCCATCATTCAGTTGG
GCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGAC
GTCAAATCATCATGCCCCTTA
TGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCTGGTACAACGAGTCGCGAG
TCGGTGACGGCAAGCTAATCT
CTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAA
GTCGGAATCGCTAGTAATCG
CGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCT

>strain15
GAGTTTGATYCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG
CAAGTAGAACGCTGAAGGAAG
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

GAGCTTGCTCTTTCCGGATGAGTTGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGT
AACCTGCCTGGTAGCGGGGGA
TAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAACAGTAGATGTTGCATG
ACATCTGCTTGAAAGGTGCAA
ATGCACCACTACCAGATGGACCTGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTA
ACGGCTCACCAAGGCGACGA
TACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACG
GCCCAGACTCCTACGGGAGGC
AGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGGAAGTCTGACCGAGCAACGCC
GCGTGAGTGAAGAAGGTTTTC
GGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGAGTGGAAAG
TTCACACTGTGACGGTATCTT
ACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG
GTCCCGAGCGTTATCCGGATT
TATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAAGTTAAAG
GCTGTGGCTTAACCATAGTAC
GCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAGAAGGGGAGAGTGGAATTCCA
TGTGTAGCGGTGAAATGCGTA
GATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGTCTGTAACT
GACGCTGAGGCTCGAAAGCGT
GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAGGTGTTGGGTCCTT
TCCGGGACTCAGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAG
TACGACCGCAAGGTTGAAACT
CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGAAGAACCT
TACCAGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTAGAGATAGAGTTTTCCTTC
GGGACAGAGGTGACAGGTGG
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCA
ACGAGCGCAACCCCTATTGT
TAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAGCGAGACTGCCGGTAATAAAC
CGGAGGAAGGTGGGGATGAC
GTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
CTGGTACAACGAGTCGCAAG
TCGGTGACGGCAAGCTAATCTCTTAAAGCCAGTCTCAGTTCGGATTGTAG
GCTGCAACTCGCCTACATGA
AGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTT
CCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTT
TTA
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

JURNAL
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 5. Pencarian data di NCBI

Gambar 6. Input data ke Notepad

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 7. Input data ke CLUSTALX

Gambar 8. Hasil alignment dg CLUSTAL X

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 9. Input data ke dnadist (PHYLIP)

Gambar 10. Running dlm NEIGHBOR

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 11. Hasil visualisasi dg TREEVIEW (tanpa bootstrap)

DG PENGULANGAN

Gambar 12. Running di Seqboot

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 13. Running di dnadist

Gambar 14. Hasil Neighbor

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 15. Hasil consence

Gambar 16. Hasil Treeview

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 17. Pembentukan matriks similaritas dg PHYDIT

Gambar 18. Data dipindah ke Excel

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 19. Proses running dengan MEGA

Gambar 20. Proses running dengan MEGA

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 21. HASIL MEGA (tanpa bootstrap)

Gambar 22. HASIL MEGA (dengan bootstrap)