BORANG

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

LAPORAN SITEMATIKA MIKROBIA

ACARA III
KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK-FENETIK

Disusun Oleh :
Nama

: Devi Aditya Shara

NIM

: 13/348991/BI/9111

Gol/Kel

: II(Lab. Parasitologi)

Asisten

: Anita

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2015

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK-FENETIK

I.

Pendahuluan
A. Latar Belakang
Menurut Burrows (1964), kapang merupakan fungi multiseluler yang
terbagi menjadi empat filum yaitu Ascomycota, Basidiomycota, Zygomicota,
dan Cythridiomicota. Beberapa spesies dari kapang ini sering dimanfaatkan
oleh manusia dalam berbagai bidang seperti kesehatan dan farmasi, pangan,
dan industri. Hal ini dilakukan karena beberapa spesies kapang dapat
melakukan fermentasi seperti Aspergillus wentii yang digunakan dalam
pembuatan kecap dan juga dapat menghasilkan toksin atau senyawa kimia
tertentu.
Kapang

merupakan

salah

satu

objek

kajian

yang

memiliki

keanekaragaman yang besar. Keanekaragaman kapang ini disebabkan oleh

adanya karakter atau sifat umum maupun khusus yang dimiliki kapang itu
sendiri. Keanekaragaman yang besar ini menyebabkan kesulitan dalam
mengenali serta mengetahui kedekatan antar kapang tersebut. Untuk
mempelajari keanekaragaman tersebut maka perlu dilakukan klasifikasi,
identifikasi, dan pemberian nama atau nomenclature, ketiganya merupakan
subdisiplin dari sistematika mikrobia. Terdapat beberapa metode klasifikasi
yang dapat digunakan dalam dalam mempelajari mikrobia termasuk kapang,
salah satunya yaitu metode taksonomi numerik-fenetik.
Metode

taksonomi

numerik-fenetik

merupakan

suatu

metode

klasifikasi atau pengelompokkan mikrobia yang didasarkan pada sebanyakbanyaknya karakter atau sifat. Metode numerik-fenetik juga dikenal sebagai
metode adansonian yang mempunyai lima prinsip utama yaitu : 1) taksonomi
alami ideal yaitu taksonomi yang memuat informasi yang didasarkan pada
sebanyak-banyaknya karakter yang dimiliki, 2) masing-masing sifat memiliki
tersebut mempunyai kedudukan yang setara dalam mengkonstruksi takson
yang bersifat alami, 3) tingkat kedekatan antara dua strain merupakan proporsi
kemiripan sifat yang dimiliki bersama, 4) kelompok atau taksa yang berbeda
dibentuk berdasarkan sifat yang dimiliki, dan 5) similaritas ini bersifat fenetis

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

bukan filogenetis (Bergey, 2001). Metode ini juga menerapkan prinsip taxospecies concept yaitu strain mikrobia dimasukkkan ke dalam satu spesies yang
sama jika nilai similaritasnya 70

(Prescoot et al., 1999).

Nilai similaritas dapat dihitung menggunakan dua metode yaitu

Jaccard Coeficient (Sj) dan Simple Matching Coeficient (Ssm). Ssm
merupakan analisis similaritas yang ditentukan oleh proporsi karakter yang
ada dan tidak ada pada kedua kapang yang dibandingkan. Sedangkan Sj
merupakan analisis similaritas yang mengabaikan adanya sifat double negatif
diantara dua kapang yang dibandingkan (Prescoot et al., 1999).
Oleh karena pentingnya proses klasifikasi dalam mempelajari
keanekaragaman mikrobia khususnya kapang atau mold maka praktikum ini
dilakukan. Pada praktikum ini, digunakan enam kapang yaitu kapang A, B, C,
D, E, dan F yang akan diklasifikasikan dengan metode taksonomi numerikfenetik sehingga dapat diketahui hubungan kemiripan (fenetik) dari keenam
kapang tersebut. Praktikum ini didahului dengan proses karakterisasi
(penentuan karakter) yang meliputi karakterisasi morfologi dan fisiologis (sifat
biokimiawi). Selain itu, dalam praktikum ini juga digunakan dua metode
analisis similaritas Jaccard Coeficient (Sj) dan Simple Matching Coeficient
(Ssm) untuk mengetahui kelebihan dan kekurangan masing-masing metode
tersebut.
B. Permasalahan
Dari uraian latar belakang di atas maka dapat dirumuskan
permasalahan yaitu :
1. Bagaimana cara klasifikasi mikrobia khususnya kapang atau mold dengan
menggunakan metode taksnomi numerik fenetik ?
2. Apakah terdapat perbedaan keakuratan hasil antara klasifikasi dengan
analisis similaritas Jaccard Coeficient (Sj) dan Simple Matching Coeficient
(Ssm) ?
3. Bagaimana hubungan (fenetik) dari keenam kapang kapang yang diuji
berdasarkan nilai similaritasnya ?
C. Tujuan
Tujuan dari praktikum ini yaitu untuk :

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

1. Mempelajari dan melakukan klasifikasi mikrobia khususnya kapang

menggunakan metode taksonomi numerik-fenetik.
2. Mengetahui perbedaan dan keakuratan hasil antara analisis similaritas
menggunakan Jaccard Coeficient (Sj) dan Simple Matching Coeficient
(Ssm).
3. Mengetahui hubungan (fenetik) dari keenam kapang kapang yang diuji
II.

berdasarkan nilai similaritasnya.

Metode
A. Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan dalam percobaan ini antara lain : mikroskop
untuk pengamatan secara mikroskopis, petridish sebagai media kultur kapang
yang diamati, gelas benda untuk pembuatan preparat, lemari es sebagai tempat
penyimpanan kultur kapang, jarum ose untuk inokulasi kapang dan pembuatan
preparat pada gelas benda, dan pipet tetes untuk mengambil suatu reagen.
Sedangkan, bahan-bahan yang digunakan dalam percobaan ini yaitu berbagai
medium pertumbuhan kapang antara lain PDA plate, media MEA, media
Czapeck Dox Agar dan media pati agar, larutan JKJ untuk pengamatan
hidrolisis amilum, serta kultur kapang yang belum diketahui yaitu kapang A,
B, C, D, E, dan F.
B. Cara Kerja
Praktikum ini dilakukan dengan beberapa tahap yaitu :
1. Penentuan Kapang Kapang dan Karakterisasi
Pada tahap ini ditentukan kapang - kapang yang akan dilakukan
klasifikasi yaitu kapang A, B, C, D, E, dan F. Selanjutnya, dilakukan
karakterisasi yaitu meliputi :
a. Karakteristik pertumbuhan
Strain kapang yang diinokulasikan ke dalam medium PDA plate,
MEA, dan Czapeck Dox Agar diamati pertumbuhannya (lebat, sedang,
jarang), warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, dan
pigmen terlarut dalam medium.
b. Morfologi hifa
Kapang yang ditumbuhkan dalam media PDA secara goresan
(pour plate) dan diinkubasi pada suhu kamar selama 2-3 hari, diamati
morfologi hifanya secara mikroskopis, yaitu termasuk hifa bersekat
atau tidak bersekat.
c. Karakteristik miselium

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA kemudian diamati

karakteristik miselium secara mikroskopis, yaitu jernih atau gelap
(smoky) dan berwarna atau tidak berwarna.
d. Tipe spora seksual
Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA kemudian diamati
ada tidaknya spora seksual yaitu oospora, zygospora, atau askospora.
e. Tipe spora aseksual
Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA, diamati ada atau
tidaknya spora aseksual yaitu sporangiospora, konidiospora, atau
artrospora.
f. Karakteristik sporangia
Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA, kemudian diamati
ukuran, warna, bentuk, dan lokasi sporangia.
g.

Karakteristik spore head bearing conidia

Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA kemudian diamati
jumlah konidia, rantai tunas atau massa, bentuk, dan susunan sterigma
atau phialide.

h. Karakteristik spora aseksual, terutama konidia

Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA kemudian diamati
bentuk, ukuran, warna, tekstur permukaan, dan jumlah sel penyusun
konidia.
i.

Struktur tambahan
Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA kemudian diamati
adanya struktur tambahan yaitu stolon, rhizoid, sel kaki, apophysis,
klamidospora, dan sklerotia.

j. Karakteristik fisiologis (Hidrolisis amilum)

Strain kapang yang ditumbuhkan dalam medium pati agar dan
diinkubasikan selama 1 - 2 minggu kemudian ditetesi dengan larutan
jodium (JKJ).
2. Penghitungan Nilai Similaritas
Nilai similaritas dihitung dengan menggunakan dua metode yaitu
Simple Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (Sj).

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Penghitungan nilai similaritas ini dapat dilakukan berdasarkan rumus

berikut :
Ssm=

Sj=

a+d
x 100
a+b+c +d

a
x 100
a+ b+c

Keterangan :
a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua kapang
b = jumlah karakter yang (+) untuk kapang pertama dan (-) untuk kapang
kedua
c = jumlah karakter yang (-) untuk kapang pertama dan (+) untuk kapang
kedua
d = jumlah karakter yang (-) untuk kedua kapang
Nilai similaritas yang didapat dari kedua metode tersebut kemudian
dimasukkan ke dalam matriks similaritas.
3. Analisis Pengklasteran (Clustering analysis)
Pada praktikum ini analisis pengklasteran dilakukan dengan
menggunakan algoritma pengklasteran Average Linkage atau UPGMA yaitu
fusi klaster dengan nilai similaritas rerata. Hasil yang diperoleh kemudian
dimasukkan ke dalam matriks Clustering analysis.
4. Konstruksi Dendogram
Konstruksi dendogram dilakukan berdasarkan hasil dari analisis
pengklasteran dimana hasil peleburan pada kapang kapang yang
diidentifikasi dibuat menjadi bentuk sederhana secara hierarki (dendogram).
Setelah didapat dendogram, kemudian dapat ditarik garis pada level
similaritas 70% untuk memperoleh jumlah spesies yang diwakili keenam
5.

kapang kapang yang digunakan pada praktikum ini.

Koefisien Korelasi (r)
Koefisien korelasi digunakan untuk menguji dendogram yang
dihasilkan. Koefisien korelasi diperoleh dari nilai similaritas awal (X) dan
nilai similaritas yang didapatkan atau diturunkan dari dendogram (Y). Hasil
dari perhitungan antara (X) dan (Y) ini kemudian dimasukkan dalam rumus
koefisien korelasi sebagai berikut berikut :

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

XY
X
( Y )

X
Y
n Y 2

2
X 2
n

n
r=
Hasil koefisien korelasi yang diterima jika lebih dari 60%.
III.

Hasil dan Pembahasan

A. Hasil
Hasil yang diperoleh dari praktikum ini yaitu sebagai berikut :
1. Tabel n xt
Tabel 1. Karakterisasi Fenotipik Kapang
N
o
1
2
3

4
5
6
7
8

9
10

Karakter
Tipe spora seksual
Tidak ada spora
Tipe spora aseksual
Sporangiospora
Konidiospora
Karakteristik sporangia
Bentuk sporangia
Globose
Obvoid
Fusiform
Letak sporangia
Terminal
Terminal Whorls
Karakteristik pertumbuhan
Media PDA
Pertumbuhan
Lebat
Sedang

Operational Taxonomical Units

C
D
E

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25

26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41

Jarang
Warna koloni bagian atas
Putih
Kuning
Hitam
Biru
Warna koloni bagian bawah
krem
putih
kuning
Morfologi hifa
Bersekat
Tidak bersekat
Karakteristik miselium
Jernih
Gelap
Berwarna
Tidak berwarna
Karakteristik fisiologis
Hidrolisis pati/amilum
Karakter pertumbuhan
medium MEA
jarang
sedang
lebat
warna koloni bagian atas
putih
krem
hitam
abu-abu
warna koloni bagian bawah
krem
coklat tua
hitam
struktur tambahan
stolon
rhizoid
sel kaki
apophysis
karakteristik
sporangiofor/konidiofor
keberadaan sporangiofor
keberadaan konidiofor
karakteristik spora aseksual

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
+

+
+

+
+

+
+

+
+
-

+
+

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
+
+

+
+
-

+
-

+
+
-

+
+
-

+
-

+
-

+
-

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

42
43
44
45
46
47

vesikel
metula
phialide
kolumela
jumlah konidia
3
4 sampai 7

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

+
+
+
-

+
+
-

+
+
-

+
-

+
-

2. Matriks Similaritas
Tabel 2. Matriks Similaritas Ssm
SSM
A
B
C
D
E
F

A
100
55.3
2
70.2
1
70.2
1
40.4
2
48.9
4

100
51.06

100

51.06

87.2
3
36.1
7
48.9
4

55.32
55.32

100
36.1
7
48.9
4

100
74.4
7

100

Tabel 3. Matriks Similaritas Sj

SJ
A
B
C
D
E
F

A
100
27.5
9
39.1
3
39.1
3
12.5
0
20.0
0

100
20.6
9
20.6
9
30.0
0
30.0
0

100
66.6
7
6.25

100
6.25

100

17.2
4

17.2
4

52.0
0

3. Matriks Clustering analysis

Tabel 4. Matriks Clustering analysis Ssm
Ssm

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Strain

100

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

A
A
A
A
A
A

100
90
87.23
80
74.47
70.21
60
55.32
50
46.34
40
30

C
C
C

D
D
D

B
B
B
B
B
B
B
B

E
E
E
E
E

(C,D)
(C,D)
(C,D)
(E,F)
{(A) (C,D)}
(E,F)
{(A) (C,D)}
(E,F)
{(A) (C,D)}
{(B) (E,F)}
{(A) (C,D)}
{(B) (E,F)}
[(A)(C,D){(B)(E,F)}]
[(A)(C,D){(B)(E,F)}]
[(A)(C,D){(B)(E,F)}]

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

F
F
F
C
C

Tabel 5. Matriks Clustering analysis Sj

SJ
100
90
80
70
66.67
60
52
50
40
39.13
30
20
16.49
10

Strain
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A

C
C
C
C
C

D
D
D
D
D

B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B

E
E
E
E
E
E
E

(C,D)
(C,D)
(C,D)
(E,F)
(C,D)
(E,F)
(C,D)
(E,F)
{(A)(C,D)}
(E,F)
{(A)(C,D)}
{(B)(E,F)}
{(A)(C,D)}
{(B)(E,F)}
[{(A) , (C D)} , {(B) , (E F)}]
[{(A) , (C D)} , {(B) , (E F)}]

F
F
F
F
F
F
F

4. Matriks Similaritas Turunan

Tabel 6. Matriks Similaritas Turunan n x t SSM
Ssm
A
B
C
D
E
F

A
100
46.34
87.23
70.21
46.34
46.34

100
46.34
46.34
55.32
55.32

100
70.21
46.34
46.34

100
46.34
46.34

100
74.47

100

Tabel 7. Matriks Similaritas Turunan n x t Sj

SJ

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

A
B
C
D
E
F

100
16.49
66.67
39.13
16.49
16.49

100
16.49
16.49
30.00
30.00

100
39.13
16.49
16.49

100
16.49
16.49

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

100
52.00

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

100

5. Konstruksi Dendogram
A
C
D
B
E
F
10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

Gambar 1. Konstruksi Dendogram dengan Metode Ssm

A
C
D
B
E
F
10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

Gambar 2. Konstruksi Dendogram dengan Metode Sj

6. Koefisien Korelasi (r)

Tabel 8. Analisis Korelasi Kofenetik Ssm
Ssm
A-B

X
55.32

Y
46.34

X2
3060.30

Y2
2147.40

XY
2563.53

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

A-C
A-D
A-E
A-F
B-C
B-D
B-E
B-F
C-D
C-E
C-F
D-E
D-F
E-F
Jumla
h

70.21
70.21
40.42
48.94
51.06
51.06
55.32
55.32
87.23
36.17
48.94
36.17
48.94
74.47

87.23
70.21
46.34
46.34
46.34
46.34
55.32
55.32
70.21
44.34
44.34
44.34
44.34
74.47

829.78

821.82

4929.44
4929.44
1633.78
2395.12
2607.12
2607.12
3060.30
3060.30
7609.07
1308.27
2395.12
1308.27
2395.12
5545.78
48844.5
8

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

7609.07
4929.44
2147.40
2147.40
2147.40
2147.40
3060.30
3060.30
4929.44
1966.04
1966.04
1966.04
1966.04
5545.78
47735.4
7

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

6124.42
4929.44
1873.06
2267.88
2366.12
2366.12
3060.30
3060.30
6124.42
1603.78
2170.00
1603.78
2170.00
5545.78
47828.9
3

Tabel 9. Analisis Korelasi Kofenetik Sj

Sj
A-B
A-C
A-D
A-E
A-F
B-C
B-D
B-E
B-F
C-D
C-E
C-F
D-E
D-F
E-F
Jumla
h

X
27.59
39.13
39.13
12.50
20.00
20.69
20.69
30.00
30.00
66.67
6.25
17.24
6.25
17.24
52.00
405.38

Y
X2
Y2
XY
16.49
761.21
271.92
454.96
66.67 1531.16 4444.89 2608.80
39.13 1531.16 1531.16 1531.16
16.49
156.25
271.92
206.13
16.49
400.00
271.92
329.80
16.49
428.08
271.92
341.18
16.49
428.08
271.92
341.18
30.00
900.00
900.00
900.00
30.00
900.00
900.00
900.00
39.13 4444.89 1531.16 2608.80
16.49
39.06
271.92
103.06
16.49
297.22
271.92
284.29
16.49
39.06
271.92
103.06
16.49
297.22
271.92
284.29
52.00 2704.00 2704.00 2704.00
405.3
4 14857.37 14458.48 13700.69

Tabel 10. Nilai r untuk SSM dan SJ

SSm

Sj

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

Nilai r

B. Pembahasan
Sistematika

83,83%

mikrobia

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

94,77%

merupakan

ilmu

yang

mempelajari

keanekaragaman mikrobia dan hubungan sesamanya ditinjau dari kemiripan

sifat (fenetik) maupun hubungan filogenetik (kekerabatan) dan meliputi tiga
subdisiplin yaitu identifikasi, klasifikasi, dan tata nama (nomenclature)
(Pelczar et al., 1993). Mikrobia tersebut dapat berupa bakteri, archea, khamir
atau yeast, dan kapang atau mold. Secara umum terdapat tiga macam sistem
klasifikasi yaitu klasifikasi artifisial, klasifikasi fenetik, dan klasifikasi
filogenetik, yang ketiganya mempunyai keunggulan dan kelemahan masingmasing. Salah satu penerapan klasifikasi fenetik yaitu metode taksonomi
numerik (numerical taxonomy) (Boone and Castenholz, 2001). Menurut
Sembiring (2003), metode taksonomi numerik-fenetik (numerical taxonomy)
merupakan suatu metode klasifikasi yang bersifat objektif yang didasarkan
pada sebanyak-banyaknya kemiripan karakter atau sifat yang dimiliki
sehingga bersifat politetik. Metode ini menganut prinsip-prinsip Adansonian
sehingga sering disebut metode adansonian yakni bersifat politetik, setiap
karakter diberi nilai setara dalam konstruksi takson alami, Operational
Taxonomical Unit (OTU) merupakan fungsi proporsi similaritas sifat yang
dimiliki bersama, penentuan taksa berbeda diperoleh berdasarkan sifat yang
dimiliki, serta similaritas bersifat fenetis bukan filogenetis. Selain itu, metode
ini didasarkan pada Taxo-species concept yaitu salah satu konsep spesies yang
menyatakan bahwa suatu mikrobia dikatakan satu spesies jika nilai similaritas
yang dimiliki kapang tersebut 70 % (Prescoot et al., 1999; Priest and
Goodfellow, 1999). Nilai similaritas tersebut dapat dihitung dengan metode
Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (Sj).
Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi kapang dengan metode
taksonomi numerik-fenetik terhadap enam kapang yaitu kapang A, B, C, D, E,
dan F. Klasifikasi ini diawali dengan karakterisasi terhadap enam kapang
tersebut yaitu dengan menggunakan berbagai karakter uji yang meliputi
karakter pertumbuhan, morfologi dan fisiologis atau sifat biokimiawi.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Karakteristik pertumbuhan meliputi kareakter pertumbuhan (lebat, sedang,

jarang), warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, dan pigmen
terlarut dalam medium. Morfologi hifa yaitu hifa bersekat atau tidak bersekat.
Karakteristik miselium yaitu jernih atau gelap (smoky) dan berwarna atau tidak
berwarna. Tipe spora seksual meliputi oospora, zygospora, atau askospora.
Tipe spora aseksual meliputi sporangiospora, konidiospora, atau artrospora.
Karakteristik sporangia yaitu ukuran, warna, bentuk, dan lokasi sporangia.
Karakteristik spore head bearing conidia meliputi jumlah konidia, rantai tunas
atau massa, bentuk, dan susunan sterigma atau phialide. Karakteristik spora
aseksual terutama konidia yaitu bentuk, ukuran, warna, tekstur permukaan,
dan jumlah sel penyusun konidia. Struktur tambahan meliputi stolon, rhizoid,
sel kaki, apophysis, klamidospora, dan sklerotia. Sedangkan, karakteristik
fisiologis yang diamati yaitu hidrolisis amilum. Beberapa kapang mampu
menghidrolisis amilum karena mempunyai enzim amilase sehingga ketika
ditetesi jodium (JKJ) tidak akan terbentuk warna biru keunguan karena
amilum pada medium telah diubah menjadi gula sederhana (glukosa).
Jumlah unit karakter yang digunakan pada praktikum ini yaitu
sebanyak 30 karakter. Menurut Sulia dan Shantharam (1997), jumlah karakter
minimal yang diuji untuk mendapatkan hasil yang valid pada metode
taksonomi numerik-fenetik yaitu 50 karakter, sehingga dapat diketahui bahwa
praktikum ini belum memenuhi syarat jumlah karakter minimal tersebut. Data
yang didapat dari karakterisasi tersebut kemudian disajikan dalam bentuk
numerik dengan memberikan nilai positif atau negatif pada tabel n x t
sehingga menunjukkan bahwa setiap karakter diberi nilai yang sama besar atau
setara. Selanjutnya, data yang diperoleh kemudian digunakan untuk mencari
Nilai Similaritas (IS) antara keenam kapang kapang tersebut. Metode analisis
nilai similaritas yang digunakan pada praktikum ini yaitu Simple Matching
Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (Sj). Pada metode Ssm semua sifat
digunakan baik double positif maupun double negatif pada dua kapang yang
dibandingkan. Sedangkan, pada metode Sj nilai yang double negatif tidak
digunakan. Selanjutnya data nilai similaritas tersebut dimasukkan dalam
matriks similaritas masing-masing untuk Ssm maupun Sj.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Tahap berikutnya yaitu analisis klastering (clustering analysis) dari

matriks similaritas yang telah didapatkan dengan algoritma pengklasteran.
Dalam metode taksonomi numerik fenetik dikenal tiga macam algoritma
pengklasteran yaitu Single linkage, Average linkage, dan Complete linkage.
Pada praktikum ini digunakan algoritma pengklasteran average linkage
(UPGMA = Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Averages) yaitu
yaitu fusi klaster dengan nilai similaritas rerata karena diharapkan dengan nilai
rata-rata nilai similaritas yang didapatkan semakin valid. Selanjutnya dibuat
matriks analisis klastering (clustering analysis) baik Ssm maupun Sj.
Selanjutnya, dilakukan pembuatan atau konstruksi dendrogram untuk
memudahkan pembacaan dari analisis klustering yang telah dilakukan
sebelumnya. Setelah dendrogram didapatkan kemudian dibuat matriks turunan
dendrogram untuk digunakan dalam analisis korelasi kofenetik (r). Dalam
analisis korelasi kofenetik (r) digunakan nilai nilai similaritas awal (X) dan
nilai nilai similaritas turunan dendogram (Y). Analisis korelasi kofenetik ini
bertujuan untuk menguji kevalidan dendrogram yang didapatkan. Nilai
koefisien korelasi (r) sama dengan atau lebih dari 60% menunjukan
dendrogram tersebut dapat diterima atau cukup valid.
Dari hasil praktikum ini dapat dilihat bahwa pada tabel 4 dan gambar 1
(dendogram untuk Simple Matching Coeficient (Ssm)) terdapat kapang yang
mengkluster pada nilai similaritas lebih dari atau sama dengan 70%. Kapang
C dan D bergabung lebih dulu pada similaritas 87,23 %. Pada nilai similaritas
74,47 %, kapang E bergabung dengan kapang F

sedangkan kapang A

bergabung dengan kapang C dan D pada nilai similaritas 70,21 %. Ini berarti
kapang dengan strain A,C,D,E dan F merupakan satu spesies. Selanjutnya,
kapang B baru bergabung dengan kapang E, dan F pada similaritas 55,32%.
Dan semua kapang bergabung pada nilai similaritas 46,34 %. Sedangkan
untuk hasil perhitungan koefisien korelasi (r) didapatkan untuk metode Simple
Matching Coeficient (Ssm) ini sebesar 83,83 %. Ini menunjukkan dendogram
yang diperoleh dengan analisis pengklusteran Simple Matching Coeficient
(Ssm) dinilai cukup valid karena memiliki koefisien korelasi di atas 60%.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Sedangkan untuk metode analisis similaritas Jaccard Coeficient (Sj)

dapat dilihat dari tabel 5 dan gambar 2 bahwa tidak ada kapang yang
mengkluster pada nilai similaritas lebih atau sama dengan 70%. Hal ini
menunjukan bahwa tidak ada satupun kapang kapang yang diuji masuk
kedalam satu spesies. Berbeda dengan Ssm, kapang C dan D bergabung pada
nilai similaritas 66,67 %. Kemudian, kapang E bergabung dengan kapang F
pada nilai similaritas 52 %. Sedangkan kapang A bergabung dengan kapang C
dan D pada nilai similaritas 39,13 %. Pada nilai similaritas 30 %, kapang B
bergabung dengan kapang E dan F. Dan semua kapang bergabung pada nilai
similaritas 20%. Untuk hasil perhitungan koefisien korelasi (r) didapatkan
hasil sebesar 94,77%. Ini menunjukkan metode pengklusteran dengan Jaccard
Coeficient (Sj) dinilai valid karena memiliki koefisien korelasi di atas 60%.
Jika dibandingkan antara hasil nilai r antara analisis pengklasteran Jaccard
Coeficient (Sj) dan Simple Matching Coeficient (Ssm) maka nilai r untuk
Simple Matching Coeficient (Ssm) lebih kecil dari Jaccard Coeficient (SSJ)
yang menunjukkan bahwa pada praktikum ini metode Jaccard Coeficient (Sj)
memberikan hasil yang lebih valid dibandingkan dengan metode Simple
Matching Coeficient (Ssm).
Perbedaan hasil antara metode analisis similaritas Jaccard Coeficient
(Sj) dan Simple Matching Coeficient (Ssm) dikarenakan adanya perbedaan
pada penggunaan karakter atau sifat double negative yang akan berdampak
pada nilai similaritas yang diperoleh. Nilai similaritas pada analisis Ssm
cenderung lebih tinggi daripada Sj. Selain itu, faktor tersebut akan
mempengaruhi akurasi (kevalidan) hasil klasifikasi yang diperoleh. Karakter
double negative dapat menimbulkan hasil yang semu karena sifat double
negative belum tentu menunjukkan bahwa kedua kapang yang dibandingkan
memiliki karakter yang sama.
Secara umum, kedua metode tersebut masing-masing mempunyai
kelebihan maupun kekurangan masing-masing. Kelebihan dari metode Ssm
yaitu kemudahan dalam menghitung nilai pembagi dalam perhitungan nilai
similaritas sebab nilai pembaginya merupakan jumlah total dari karakter yang
diuji sehingga lebih mempermudah dalam perhitungan secara manual.

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Sementara kekurangannya yaitu adanya sifat double negative yang ikut

diperhitungkan sehingga membuat hasil klasifikasi metode ini menjadi kurang
akurat (bersifat semu). Sifat double negative merupakan sifat yang tidak
dimiliki oleh kedua kapang yang dibandingkan, sifat ini cenderung kurang
jelas dalam pengasumsiannya. Selanjutnya untuk kelebihan dari metode Sj
yaitu metode ini lebih akurat karena sifat double negative tidak digunakan
dalam perhitungan nilai similaritas. Kekurangannya yaitu sulitnya dalam
menentukan nilai pembagi dalam perhitungan nilai similaritas sehingga nilai
pembagi setiap pembandingan dua kapang uji yang digunakan akan berbeda
satu sama lain sehingga proses perhitunga secara manual lebih rumit dari pada
Ssm dan waktu yang diperlukan juga lebih lama.
Berdasarkan uraian diatas dapat diketahui bahwa dengan metode
taksonomi numerik-fenetik, hasil similaritas yang didapatkan hanya bersifat
fenetik dan tidak menunjukkan hubungan filogenetis/ kekerabatan (Sembiring,
2008). Sehingga meskipun nilai similaritas tinggi baik pada Ssm maupun pada
Sj, kapang kapang tersebut belum tentu mempunyai hubungan kekerabatan
atau filogenetis yang dekat.
IV.

Kesimpulan
Klasifikasi kapang dapat dilakukan dengan metode taksonomi numerikfenetik menghasilkan hubungan yang bersifat fenetik (bukan felogenetis). Metode
taksonomi numerik-fenetik yang dilakukan terdiri dari empat tahap yaitu
penentuan kapang yang akan diklasifikasikan dan karakterisasi, penentuan nilai
similaritas, analisis pengklasteran, dan konstruksi dendogram. Hasil dendogram
dengan metode analisis similaritas Jaccard coefficient (Sj) menunjukkan hasil
yang lebih valid (r = 94,77 %) jika dibandingkan dengan analisis Simple Matching
Coeficient (Ssm) (r = 83,83%). Dari analisis klustering dan konstruksi dendogram
Simple Matching Coeficient (Ssm) terdapat kapang yang merupakan satu spesies
yaiut strain A,C,E dan F, sedangkan untuk

kontruksi dendrogam Jaccard

coefficient (Sj) menujukkan tidak ada satupun kapang yang termasuk kedalam satu
spesies (kapang A, B, C, D, E, dan F merupakan spesies kapang yang berbeda)
sehingga dapat diketahui bahwa dari analisis similaritas Simple Matching

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari

Coeficient (Ssm) maupun Jaccard coefficient (Sj) diperoleh 6 spesies (taxo

species).
V.

Daftar Pustaka
Bergey. 2001.

Bergeys Manual of Systematic

Bacteriology. 2 ed.

Vol I.Springer velay. New York. p.39 42.

Boone, R.D. & R.W. Castenholz. 2001. Bergeys Manual Of Systematics
Bacteriology. 2nd edition. Springer. New York, p. 567-634.
Burrows, W. 1964. Textbook of Microbiology. W.B. Saunders Company.
Philadelphia. p. 45-49.
Pelczar, M.J. dan E.C.S. Chan. 1993. Dasar-Dasar Mikrobiologi jilid 1. UI-Press.
Jakarta. hal. 100-120.
Prescott, L.M., J.P. Harley, and B.A. Klein. 1999. Microbiology. Mc Graw Hill
Company, Inc. New York.p.
Priest, F. and Goodfellow. 1999. Applied Microbial Systematic. Kluwer Academic
Publisher. Netherland. p.8-10, 94.
Sembiring, L. 2003. Petunjuk Praktikum Sistematika Mikrobia untuk Mahasiswa
S-1. Laboratorium Mikrobiologi .UGM.Yogyakarta.hal. 1.
Sembiring, L. 2008. Petunjuk Praktikum Sistematik Mikrobia. Laboratorium
Mikrobiologi. UGM. Yogyakarta.hal. 1-6.
Sulia, S.B, and S. Shantharam. 1997. General Microbiology. Science Pub Inc.
USA. p. 22 23.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku Sejak
Revisi
Halaman

FO-UGM-BI-07-13
03 Maret 2008
01
00 dari