LAPORAN SISTEMATIKA MIKROBA

KLASIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK-

FENETIK

DILLA ASRIZALNI
1403113804
KELOMPOK : 2

DOSEN PENGAMPU :

Bernadeta Leni Fibriani,M.Si.

Dr.Tetty Martalinda, M.Si

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS RIAU
PEKANBARU
2018
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bakteri merupakan organisme bersel tunggal atau prokariot, bakteri

disebut salah satu organisme prokariot karna bakteri tidak memiliki inti
sel. Bakteri memiliki materi genetik sirkuler yang biasa disebut nukleoid.
Untuk mengamati morfologi koloni kita melihat dari bentuk, ukuran,
tepian dan elevasi koloni, mengamati morfologi koloni dapat dilakukan
setelah bakteri di inkubasi selama 24-48 jam.Suatu bakteri dikatakan gram
positif jika pada pewarnaan gram bakteri tersebut berwarna ungu, dan
dikatakan gram negatif jika pada pewarnaan gram bakteri tersebut
berwarna pink (Waluyu 2007)
Sistematika mikroba adalah ilmu yang mempelajari
keanekaragaman mahkluk hidup serta hubungan kekerabatan antar
sesama.kajian sistematika meliputi : klasifikasi, yaitu penyusunan
organisme dalam suatu kelompok berdasarkan hubungan kekerabatan,
taksonomi, yaitu penyususnan organisme berdasarkan prinsip dan aturan
kalsifikasi, identifikasi, yaitu penentuan aapakah organisme tersebuat
adalah organisme baru atau yang sudah diketahui. Sistematika bertujuan
untuk mengkarakterisasi suatu organisme dan karakter yang digunakan
minimal 50 karakter, agar lebih mudah membedakan antara satu spesies
dengan spesies lainnya.
1.2 Tujuan
1. Memperkenalkan prosedur, taksonomi numerik-fenetik dalam klasifikasi
bakteri
2. Melihat bentuk morfologi koloni bakteri dan morfologi sel bakteri.
3. Untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghidrolisis pati dan
menghidrolisis kasein.
4. Mengetahui kemampuan bakteri dalam pencairan gelatin dan dalam
mereduksi methylen blue.
5. Mendeteksi adanya enzim katalase pada bakteri dan Mendeteksi
kemampuan bakteri dalam hal mengoksidase dan kemampuan bakteri
menfermentasi karbohidrat.
 II. TINJAUAN PUSTAKA

Karakteristik dari bakteri dapat diketahui dengan melakukan pengamatan

morfologi koloni bakteri, dimana dengan mengetahui ciri-ciri morfologi tersebut
maka dapat mempermudah dalam melakukan identifikasi jenis bakteri.
Teknik pewarnaan Gram
Diambil akuades diteteskan pada kaca objek ditambahkan 1 ose biakan
sampel, lalu difiksasi di atas api. Tetesi pewarnaan kristal violet dan biarkan
selama 1menit, cuci dengan air mengalir, kemudian tetesi lugol biarkan selama
satu menit dan kembali dicuci dengan air mengalir. Selanjutnya tetesi alkohol
96% biarkan selama 10-20 detik, cuci dengan air mengalir dan tambahkan
safranin biarkan selama 20-30 detik kemudian cuci lagi dengan air mengalir.
Tahap selanjutnya keringkan dengan menggunakan kertas serap dan tambahkan
minyak emersi dan amati di bawah mikroskop. Bila hasil pewarnaan diperoleh
bakteri berwarna merah maka bakteri tersebut adalah bakteri gram negatif,
sedangkan bila diperoleh bakteri berwarna ungu maka bakteri tersebut adalah
gram positif (Fitri 2014).

Pembiakan mikroba dalam laboratorium memerlukan medium yang berisi

zat hara serta lingkungan pertumbuhan yang sesuai dengan mikroorganisme. Zat
hara dibutuhkan oleh mikroorganisme untuk pertumbuhan, sistesis sel, keperluan
energi dalam metabolism, dan pergerakan.Lazimnya, medium biakan berisi air,
sumber energi, zat hara sebagai sumber karbon, nitrogen, sulfur, phospat, oksigen,
hidrogen, serta unsur-unsur sekelumit (trace element).Dalam bahan dasar,
medium dapat pula ditambahkan faktor pertumbuhan berupa asam amino,
vitamin, dan nukleotida (Waluyo 2007).

Taksonomi numerik juga dikenal sebagai taksonomi Adansonian yang

didasarkan atas lima prinsip utama yaitu:
1. Taksonomi yang ideal adalah taksonomi yang mengandung informasi
terbesar yaitu yang didasarkan atas sebanyak-banyaknya karakter.
 2. Masing-masing karakter diberi nilai yang setara dalam mengkonstruksi
takson yang bersifat alami.
3. Tingkat kedekatan antara dua strain (OTU: operational taxonomical unit)
merukapan fungsi proporsi similaritas sifat yang dimiliki bersama.
4. Taksa yang berbeda dibentuk berdasarkan atas sifat yang dimiliki.
5. Similaritas tidak bersifat filogenetis melainkan bersifat fenetis.

Taksonomi numerik membandingkan kemiripan sifat antara spesies tanpa

memperhatikan hubungan kekerabatan secara evolusionernya sehingga kadang
disebut juga dengan sistem fenetik. Derajat kemiripan antara mikrobia yang diuji
dapat disajikan dalam matriks similaritas yang akan digunakan dalam
mengkonstruksi dendrogram. Berdasarkan konsep takso spesies, jika indeks
similaritas yang dimiliki antar mikrobia ≥ 70% maka mikrobia tersebut dapat
dikatakan merupakan spesies yang sama (Priest and Austin, 1993). Taksonomi
numerik didasarkan atas analisis kuantitatif dan lebih bersifat objektif.
Penggunaan taksonomi numerik sering dilakukan dalam klasifikasi dan
identifikasi mikrobia khususnya bakteri, tetapi masih jarang dilakukan untuk
klasifikasi dan identifikasi dari kelompok fungi dan protozoa (Sembiring 2004).

Identifikasi kekerabatan pada mikroorganisme merupakan hal yang sangat

penting dalam aplikasi industri dan klinis karena hubungan kekerabtan
menyiratkan perlakuan yang sama. Klasifikasi mikroba didasarkan pada kesamaan
aspek fisiologis dan sifat genetik organisme secara eksperimen sulit, dapat
dibantah dan subjektif. Taksonomi mikroba saat ini berdasarkan aturan filogeni,
organisme dikelompokkan berdasarkan hubungan evolusioner, digambarkan
dengan turunan informasi genetik dari sel induk ke sel yang anak (daughter cell)
(Zhu 2015.).

Berdasarkan kebutuhan bakteri terhadap oksigen, bakteri terbagi menjadi

bakteri obligat aerob yang membutuhkan oksigen dalam pertumbuhannya, bakteri
mikroaerofilik yang hidup dengan keadaan oksigen sedikit, bakteri obligat
anaerob yang tidak membutuhkan oksigen untuk hidup, dan bakteri anaerob
fakultatif yang dapat hidup dengan atau tanpa oksigen. Contoh bakteri anaerob
yang terdapat pada rongga mulut manusia adalah Eubacterium, Bifidobacterium,
Lactobacillus, dan Peptococcus (Vargas H 2015).

Bakteri merupakan organisme bersel tunggal mikroskopik yang tersebar di

berbagai lingkungan. Bakteri mampu hidup di tanah, di laut, bahkan di dalam
pencernaan manusia. Hubungan manusia dengan bakteri sangat kompleks.
Terkadang bakteri membantu dalam pencernaan manusia maupun dalam
pembuatan bahan makanan fermentasi seperti yogurt dan keju. Tetapi tidak sedikit
pula bakteri yang menyebabkan kerusakan den penyakit seperti pneumonia dan
MRSA (Torsvik and Overeas 2013).

Ada tiga bentuk dasar bakteri berdasarkan “Mims Medical Microbiology”.

Bakteri yang berbentuk bulat disebut cocci (singular: coccus), silindris, bekteri
berbentuk kapsul atau bacilli (singular: bacillus), bakteri yang berbentuk spiral
disebut spirilla (singular: spirillum). Cocci dapat berasosiasi satu sama lain
membentuk konfigurasi berbeda: kombinasi dua atau diplococcus, seperti rantai
atau streptococcus, dan bergerombol atau staphylococcus. Bentuk dan konfigurasi
yang dimiliki bakteri sering direfleksikan dalam nama mereka. Contohnya
Lactobacillus acidophillus berbentuk bacilli dan Streptococcus pneumoniae
berbentuk rantai cocci (Pelczar 2007)

Taksonomi dapat dilakukan secara numerik ataupun secara fenetik, dimana

taksonomi secara numerik (numerical taxonomy), adalah taksonomi yang
dikelompokkan berdasarkan pada informasi sifat suatu organisme yang
dikonversikan ke dalam bentuk yang sesuai untuk analisis numerik dan
dibandingkan menggunakan komputer, ada atau tidaknya sekurang kurangnya 50
(sebaiknya beberapa ratus) karakater yang dapat dibandingkan; karakter tersebut
di antaranya adalah karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi, dan koefisien
asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua atau lebih
organisme. (Pelczar 2008).
 III. METODE
3.1 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah Bunsen, cawan petri,
jarum ose, kertas label, kertas bekas, kertas saring, magnetik stirrer with
heater, penjepit, rak tabung, sprayer, tabung reaksi

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah Alkohol, aquades,

gelatin, H2O2, iodin, kristal violet, medium NA, mesium pati, metilen blue,
NA tegak, NA miring, NB, malachite green, medium agar susu, medium uji
phenol red glukosa, medium uji phenol red sukrosa, medium uji phenol red
laktosa, medium uji phenol red maltosa, safranin.

3.1 Cara Kerja

3.1.1 NA miring dan NA tegak

Medium NA tegak dan NA miring disiapkan terlebih dahulu,
sebanyak 6 buah, 3 Na tegak , 3 Na miring , lalu Jarum ose dipanaskan,
lalu strain bakteri diambil dengan jarum ose bulat untuk NA miring
dan lurus untuk NA tegak. NA miring distreak lurus dan NA ditusuk
2/3 bagian. NA miring dan NA tegak di inokulasi selama 24 jam
Kemudian Diamati.
3.1.2 NA plate cawan petri
Siapkan 3 buah cawan petri , lalu ambil isolat bakteri s3pp9 dengan
menggunakan jarum ose bulat secara aseptis. Isolat diinokulasikan
dengan cawan petri , dengan cara di totol dan 2 cawan dengan cara
streak kuadrat. Kemudian cawan petri diberi label dan di inkubasi
selama 24 jam.

3.1.3 Medium NB
Siapkan medium NB sebanyak 3 buah , ambil isolat bakteri s3pp9
dengan menggunakan jarum ose lurus dengan cara aseptis. Isolast
inokulasi kedalam medium NB dan beri label dan inkubasi selama 24
jam. NB di inkubasi selama 24 jam kemudian diamati.
3.1.4 pour plate
cawan petri disiapkan 3 buah . isolat bakteri s3pp9 cair di tuang
dalam cawan petri , medium PDA di tuang dalam petri yang berisi
isolat , cawan petri di beri label dan di inkubasi selama 24 jam.

3.1.5 Pewarnaan Sederhana

Pertama Glass objek disterilkan dan tetesi 2 tetes aquades. Strain
bakteri di inokulasi ke glass objek, lalu di fiksasi. Glass objek ditetes
metilen blue dan diamkan selama 2-5 menit. Glass objek dicuci dengan
aquades dan dikering anginkan. Diamati

3.1.6 Pewarnaan Gram

Glass objek disterilkan dan ditetes 2 tetes aquades. Strain bakteri di
inokulasi ke glass objek, lalu di fiksasi. Glass objek ditetes kristal
violet dan diamkan selama 2-5 menit. Glass objek dicuci dengan
aquades dan dikering anginkan. Diberi iodin pada glass objek dan
diamkan selama 2-5 menit. Glass objek dicuci lagi dengan aquades dan
dikering anginkan. Ditambah alkohol pada glass objek, lalu dicuci dan
dikering anginkan lagi. Diberi safranin pada glass objek dan diamkan
 selama 45 detik. Glass objek dicuci dan dikering anginkan lagi.
Kemudian diamati.
3.1.7 pewarnaan spora
gelas objek disipakan dan dibersihkan. Isolat s3pp9 72 jam di
totol di atas permungkaan gelas objek kemudian ditutup dengan kertas
merang. Larutan malachite green ditetesi diatas kertas merang dan
diletakan diatas water bath selama 5 menit. Setelah dingin dibilas
dengan akuades mengalir. Safranin diteteskan dan didiamkan selama
45 detik. Pengamatan dilakukan dibawah mikroskop dengan
perbesaran 4 x10.

3.1.8 Hidrolisi Pati

Medium pati dituang ke 3 cawan petri . Strain bakteri s3pp9 diambil,
lalu dibuat 1 cawan petri ditotol dan 2 cawan petri di streak kuadrat
pada medium di cawan petri. Dan di beri label . Di inkubasi selama 24
jam. Kemudian diamati

3.1.9 Penguraian protein bakteri menggunakan indol

Medium indol di siapkan sebanyak 3 buah. Isolat bakteri s3pp9
24 jam diambil menggunakan jarum ose bulat. kemudian Isolat
diinokulasikan dalam medium indol . Tabung reaksi diberi label dan
inokulasi selama 3 hari.
3.1.10 Glukosa
Medium cair glukosa disiapkan terlebih dahulu sebanyak
3 buah. Isolat bakteri s3pp9 24 jam diambil menggunakan jarum
ose bulat. Isolat diinokulasikan dalam larutan glukosa . Tabung
reaksi diberi label dan inokulasi selama 3 hari.
3.1.11 Laktosa
Medium cair laktosa disiapkan sebanyak 3 buah. Isolat
bakteri s3pp9 24 jam diambil menggunakan jarum ose bulat.
Kemudian Isolat diinokulasikan dalam larutan laktosa. Tabung
reaksi diberi label dan inokulasi selama 3 hari.
3.1.12 Sukrosa
 Medium cair sukrosa disiapkan sebanyak 3 buah. Isolat
bakteri s3pp9 24 jam diambil menggunakan jarum ose bulat. Isolat
diinokulasikan dalam larutan sukrosa . Tabung reaksi diberi label
dan inokulasi selama 3 hari.
3.1.13 Mannitol
Medium cair mannitol disiapkan sebanyak 3 buah. Isolat
bakteri s3pp9 24 jam diambil menggunakan jarum ose bulat. Isolat
diinokulasikan dalam larutan mannitol. Tabung reaksi diberi label
dan inokulasi selama 3 hari.
3.1.14 Hidrolisis kasein
Medium susu skem dalam cawan petri disiapkan sebanyak 3
buah. Isolat bakteri s3pp9 72 jam diambil menggunakan jarum ose
bulat. Isolat diinokulasikan dalamm medium susu skem dengan cara 1
cawanpetri ditotol dan 2 cawan petri distreakan. Tabung reaksi diberi
label dan inokulasi selama 4 hari.
3.1.15 Pencairan gelatin
Medium gelatin disiapkan sebanyak 3 buah. Isolat s3pp9
diambil menggunakan jaru ose lurus. Isolat diinokulasikan dalam
medium gelatin. Medium gelatin diberi label dan diinkubasi selama 24
jam.
3.1.16 Reduksi hydrogen peroksida ( H2O2 )
Gelas objek disterilkan menggunakan alkohol . Gelas objek
ditetesi larutan H2O2 3%. Isolat bakteri s3pp9 ditotol dan diamati
perubahan yang terjadi.
3.1.17 Reduksi metilen blue
Medium cair disiapkan dan isolat bakteri s3pp9 diambil
menggunakan jarum ose bulat secara aseptis.Isolat diinokulasikan
dalam medium dan diamati perubahan yang terjadi.
3.1.18 Uji KOH
Gelas objek disterilkan dengan alkohol dan ditetesi larutan
KOH. Isolat diambil menggunakan jarum ose dan ditotol diatas gelas
objek. Diamati perubahan yang terjadi. Uji postif adalah terbentuk
lender pada gelas objek.
3.2 Desain Praktikum

Klasifikasi Bakteri

Morfologi koloni Morfologi sel Sifat Biokimia

koloni

NA Tegak
Pewarnaan Hidrolisis Pati
sederhana
NA Miring
Pewarnaan gram Reduksi H2O2
Pour Plate

OKsidase
Pewarnaan spora

KOH

Hidrolisis Protein

Hidrolisis Kasein

Fermentasi
karbohidrat

Reduksi
Methylen blue

Pencairan gelatin
 IV HASIL DAN PEMBAHASAN

Gambar 1. Simple matching coeffcient (SSM) Dendogram strain bakteri

berdasarkan klasifikasi fenetik numerik dengan indekssimil aritas
SSM didapatkan 8 spesies berbeda

Gambar 2. Dendogram jaccard coeffcient (SJ) Dendogram strain bakteri

berdasarkan klasifikasi fenetik numerik dengan indekssimilaritas Sj
didapatkan 8 spesies berbeda
 Klasifikasi merupakan suatu alat atau cara untuk mengelompokkan

organisme ke dalam suatu takson berdasarkan hubungan kekerabatan ataupun

kemiripan. Klasifikasi juga berlaku untuk organisme-organisme uniseluer untuk

menciptakan keteraturan.

Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi bakteri dengan metode

taksonomi, taksonomi merupakan teori klasifikasi yang mencakup dasar, prinsip

dan aturan klasifikasi. Dimana isolat-isolat bakteri yang digunakan tidak diberi

nama spesiesnya melainkan hanya diberi dengan simbol huruf isolat D8, isolat

S3PP9, isolat B49, isolat D20, isolat S3PP8, isolat S3PP12, isolat S3PP7 dan

isolat A27. masing-masing kelompok diberi 1 isolat. Isolat tersebut hanya diberi

simbol huruf dan angka karena mikroba yang digunakan belum diketahui

termasuk kedalam kelompok apa, dan oleh karena itu untuk dapat mengklasifikasi

mikroba tersebut, kita harus mengamati karakter-karakter yang dimiliki oleh

masing-masing mikroba tersebut.

Pada pengamatan morfologi sel, cara yang dilakukan yaitu dengan cara

pewarnaan pada strain bakteri. Ada 3 jenis pewarnaan yang dilakukan, yaitu

pewarnaan sederhana, pewarnaan gram dan pewarnaan endospora. Dalam

pewarnaan sederhana zat warna yang digunakan adalah methylen blue. Dari hasil

pewarnaan sederhana ternyata di dapat hasil bahwa untuk strain bakteri positif

pada umumnya berbentuk coccus dan untuk strain bakteri negatif pada umumnya

berbentuk coccobacilli. Pada pewarnaan gram ini , ada dua jenis yang kita di

tentukan yaitu bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. Bakteri gram positif

menunjuk kan warna ungu setelah di lakukan pewarnaan dan bakteri gram negatif

menunjukan warna pink hasil yang dilakukan pewarnaan. Dari hasil pengamatan
kedelapan strain yang diamati, ternyata hasil jenis strain yang di dapat dominan

merupakan bakteri gram positif. Dan untuk pewarnaan endospora, pewarna yang

di gunakan yaitu malachite green yang menunjukkan hasil positif nya yaitu

berwarna hijau. Dari pengamatan yang lakukan selama pratikum ternyata hanya

setengah (4) strain bakteri yang ada endosporanya dan setengah lagi tidak terlihat

endosporanya.

Pada pengamatan morfologi koloni ada 4 media yang di lakukan yaitu

media nutrien secara spread plate, medium nutrien agar tegak, medium nutrien

agar miring dan medium nutrien cair. Pada media nutrien secara spread plate akan

di amati ukuran koloni, bentuk koloni, tepian koloni dan elevasi koloni. Dari 8

strain ukuran koloni yang di amati dominan berukuran kecil. Untuk bentuk koloni

dari 8 strain yang di amati dominan berbentuk circular. Untuk tepian koloni dari

8 strain yang di amati dominan memiliki tepian yang entire. Dan untuk elevasi

koloninya dari 8 strain yang di amati tidak ada yang dominan namun lebih banyak

memiliki elevasi koloni flate dan raised. Sedangkan pada media NA Tegak,

miring dan NB, bagian yang diamati yaitu pertumbuhan dari ke delapan strain

tersebut. Dari ketiga media pertumbuhan ternyata strain isolat paling cepat

tumbuh pada media NA miring dengan bentuk pertumbuhannya yaitu spreading.

Pada pengujian KOH, indikator yang diamati yaitu ada tidaknya lendir

yang terbentuk. Dari kedelapan strain yang diamati, dari tujuh diantaranya

menunjukan hasil yang positif yaitu ditandai dengan tidak adanya lendir yang

terbentuk, sedangkan satu lagi menunjukkan hasil yang negatif yang di tandai

dengan terbentuknya lendir.

 Pada pengujian kasein, indikator yang kita amati adalah ada tidaknya zona

bening pada strain yang diamati. Dari kedelapan strain 6 diantaranya tidak ada

terbentuk zona bening sedangkan 2 lainnya terdapat zona bening. Adanya

terbentuk zona bening dapat disimpulkan bahwa bakteri mampu menghidrolisis

kasein. Pada uji proteolitik ditujukan untuk mengetahui kemampuan

mikroorganisme menghasilkan enzim protease. Pada praktikum ini protein yang

digunakan yaitu dalam bentuk kasein susu. Hidrolisis kasein secara beratahap

akan menghasilkan monomernya berupa asam amino. Proses ini dinamakan

peptonisasi atau proteolysis.

Pada pengujian gelatin, ada dua indikator yang diamati yaitu cair dan

padat. Dari kedelapan strain yang diujikan didapatkan hasil negatif pada pencairan

gelatin. Ini ditandai karena dengan memadatnya medium pada kedelapan strain

bakteri. Ada beberapa mikroorganisme tertentu yang mampu menghasilkan

enzim gelatinase yang dapat menguraikan molekul gelatin menjadi peptida-

peptida kecil penyusun gelatin tersebut, sehingga peptida-peptida yang dihasilkan

dari proses penguraian tersebut dapat digunakan sebagai zat hara. Hidrolisis

gelatin oleh mikroorganisme dikatalisasikan oleh enzim gelatinase. Gelatin yang

telah dicerna oleh mikroba tidak dapat membentuk gel dan akan berwujud cair.

Pada pengujian katalase semua strain isolat yang kami gunakan isolat

menunjukkan hasil negatif yang ditandai dengan tidak terbentuknya gelembung.

Karena bakteri katalase positif akan memecah H2O2 menjadi H2O dan O2 dimana

parameter menunjukkan adanya aktivitas katalase tersebut adalah adanya

gelembung-gelembung oksigen.
 Pada uji pembentukan indol, ada 2 proses yang kita amati yaitu peptonisasi

dan fermentasi. Karena terjadinya proses peptonisasi ditujukan dengan

terbentuknya warna ungu terang dan terjadinya fermentasi di tunjukan dengan

adanya gumpalan berwarna putih. Dari kedelapan strain yang di amati, tidak ada

satupun strain yang mengalami proses peptonisasi, melainkan mengalami proses

fermentasi semua.

Pada pengamatan fermentasi karbohidrat yang diuji adalah maltosa,

sukrosa, glukosa dan laktosa, semua medium uji phenol red ini berubah

menunujukan warna kuning dan ada gelembung gas.,pada uji phenol merah yang

digunakan jika dalam kondisi asam akan menjadi berwarna kuning hal ini

menunjukan hasil medium uji phenol red positif terjadi fermentasi, pada isolat H

pada m merah yang digunakan jika dalam kondisi asam akan menjadi berwarna

kuning edium laktosa terdapat lapisan merah pada permukaannya. Uji fermentasi

ini dilakukan untuk melihat kemampuan bakteri dalam memfermentasikan

glukosa dan mannitol.

Digunakannya klasifikasi numerik-fenetik karena banyak karakter yang

digunakan untuk membedakan masing-masing dari mikroba tersebut, pada

praktikum ini kami mendapatkan 50 karakter. Karakter standar yang digunakan

untuk klasifikasi numerik-fenetik minimal 50 karakter, agar lebih mudah untuk

membedakan suatu mikroba. Karakter-karakter yang digunakan adalah morfologi

koloni, morfologi sel, dan uji biokimia. suatu individu termasuk ke dalam jenis

spesies yang sama apabila memiliki indeks similaritas < 70% dan termasuk

kedalam jenis spesies yang berbeda apabila memiliki indeks similaritas > 70%.

Data yang diperoleh dari pratikum karakterisasi tersebut dianalisis lebih lanjut
untuk mencari Indeks Similaritas (IS) antara kedelapan strain mikroba tersebut

Dengan menggunakan koefisien SSJ.

Pada praktikum ini klasifikasi numerik-fenetik menghasilkan kesamaan

antara 8 isolat bakteri yang digunakan, untuk mendapatkan matriks tersebut

digunakan koefisien kesamaan SSM dan SJ. Dengan indeks sismilaritas kedua

metode tersebut, kita dapat membuat dendogram yang menunjukkan kekerabatan

secara fenetik dari ke-8 strain mikroba yang diuji. Pada percobaan perhitungan

dengan indeks similaritas SSM, didapatkan hasil akhir yaitu berupa similaritas

dari strainnya tercluster semua pada persentasi kemiripan 52 % dan untuk konsep

takso spesies dimana indeks similaritasnya di atas 70% terdapat 4 organisme

strain yang berbeda yaitu A, D,BF, dan HECG. Sedangkan Pada percobaan

perhitungan dengan indeks similaritas SJ, didapatkan hasil akhir berupa

similaritas dari strainnya tercluster semua pada persentasi kemiripan 37,6 % dan

untuk konsep takso spesies dimana indeks similaritasnya di atas 70% terdapat 5

organisme strain yang berbeda yaitu D, H ,CG, BFE dan A.

 V KESIMPULAN

Dari praktikum Klasifikasi dengan Metode Taksonomi Numerik-Fenetik yang

dilakukan didapatkan kesimpulan :

1. Untuk dapat mengidentifikasi dan mengklasifikasi mikroorganisme, yang

pertama kali harus kita lakukan adalah memperlajari karakteristik
mikroorganisme tersebut.
2. Semakin tinggi indeks similaritas suatu strain, bisa dikatakan kedua strain
tersebut memiliki banyak kesamaan atau kemiripan
3. Taksonomi dapat dilakukan secara numerik ataupun secara fenetik.
4. Dengan menggunakan koefisien SSM, bakteri B dengan C dan B dengan
G memiliki similaritas atau kesamaan yang tinggi, yakni 73,076%
5. Dengan menggunakan koefisien SJ, bakteri B dengan G memiliki
similaritas atau kesamaan yang tertinggi, yakni 48,148%.
6. Berdasarkan konsep taxospesies, dimana mikroba dengan indeks
similaritas (kesamaan) ≤ 70% merupakan spesies yang sama.
 DAFTAR PUSTAKA

Fitri. 2014. jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi. Biologi Edukasi. 3(2) : 20-25

Pelczar, MJ, chan E.S.C. 2008. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta : UI press

Pelczar, MJ, chan, E.S.C. 2007. Dasar-dasar Mikroiologi. Jilid ke-1.

Hadioetomo, R.S. Imas,T, Tjitrosomo, S.S., Angka, S.L, penerjemah.
Jakarta: UI Press. Terjemahan dari : Elements of Microbiology

Sembiring, L. 2004. Peranan Biosistematika Dalam Menunjang Pemanfaatan

Keanekaragaman Hayati. Seminar Nasional Biologi ITS, Surabaya.

Torsvik, V. and Overeas L. 2013. Microbial Diversity and Function in Soils: From
Genes to Ecosystems. Curr Opin Microbiol. 5: 240-245.

Vargas H, et al. 2015. Identification of Human Papilloma Virus (VHP) in the Oral
Cavity of Asymptomatic Colombian Men. Mol Biol. 4 (1):144.

Waluyo. 2007.Mikrobiologi Umum.Erlangga. Jakarta

Zhu et al. 2015. Functional Basic of Microorganism Classification. Plos Comput

Biol. 11(8): 10-17.