Laporan Praktikum Sistematika Mikroba

Taksonomi Numerik Fenetik

Acara 10

Disusun oleh

Nazuliya Ulfa
H1041181070
Rabu, 2 Desember 2020

Program Studi Biologi

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Tanjungpura
Pontianak
2020
 BAB 1
PENDAHULUAN
1.1.  Latar Belakang
Mikroba atau mikroorganisme merupakan suatu organisme yang
berukuran sangat kecil dan tidak dapat dilihat oleh mata telanjang, sehingga agar
dapat  mengamatinya diperlukan suatu alat bantu yang dikenal dengan sebutan
mikroskop. Mikroorganisme atau mikroba memiliki cakupan yang sangat luas dan
terdiri dari berbagai macam kelompok serta jenis, sehingga diperlukanlah suatu
usaha atau cara dalam melakukan pengelompokan dan pengklasifikasiannya
(Sembiring, 2003).
Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan
sebagai taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan
sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa
(tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan
diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara
keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian
mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba.
Sistematika mikroba merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman
mikroba dan hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan
(fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetis). Cakupan kajian dalam
sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan identifikasi. Klasifikasi merupakan
suatu alat untuk mengelompokkan organisme ke dalam suatu kelompok (takson)
berdasarkan hubungan kemiripan ataupun kekerabatan (Dwijoseputro 1994).
Cakupan kajian dalam ilmu sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan
identifikasi. Klasifikasi merupakan suatu alat atau cara untuk mengelompokkan
organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
maupun kekerabatan. Identifikasi adalah proses dan hasil penentuan benar
tidaknya suatu strain yang diteliti merupakan anggota takson yang sudah dikenal
sebelumnya atau merupakan proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme
yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui
sebelumnya atau bukan. Identifikasi merupakan aplikasi dari klasifikasi dan
tatanama terhadap strain sampel. Tatanama adalah cara pemberian nama ilmiah
kepada makhluk hidup berdasarkan kode tatanama. Untuk dapat mengidentifikasi
dan mengkasifikasi suatu mikroorganisme, maka perlu mempelajari karakteristik
mikroorganisme tersebut terlebih dahulu (pelczar 1986).
Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya
dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan
mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang
didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit
dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada
sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologinya. Dalam
mengidentifikasi bakteri meskipun tidak ada skema klasifikasi yang diakui secara
resmi atau secara internasional, skema klasifikasi yang paling terkenal dan paling
umum digunakan adalah yang dipaparkan dalam Bergey’s Manual of
Determinative Bacteriology, dan identifikasi dapat juga dilakukan dengan
penggunaan kunci komprehensif Skerman (Boone dan Castenholz, 2001).

1.2. Rumusan Masalah

1.2.1 Apa yang dimaksud dengan taksonomi numerik fenetik
1.2.2 Bagaimana cara klasifikasi bakteri?
1.2.3 Apa saja karakter untuk identifikasi bakteri?
1.2.4 Bagaimana cara analisis data bakteri menjadi dendogram?
1.2.5 Apa yang dimaksud dengan simple matching coeficient dan jaccard
coeficient?
1.2.6 Bagaimana cara menghitung simple matching coeficient dan jaccard
coeficient?

1.3 Tujuan
1.3.1 Mengetahui pengertian taksonomi numerik fenetik
1.3.2 Mengetahui cara mengklasifikasikan bakteri
1.3.3 Mengetahui karakter yang digunakan untuk identifikasi bakteri.
1.3.4 Dapat menganalisis data bakteri menjadi dendogram
1.3.5 Mengetahui pengertian simple matching coeficient dan jaccard coeficient
1.3.6 Dapat menghitung simple matching coeficient dan jaccard coeficient

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Mikrobiologi adalah ilmu yang mengkaji tentang organisme hidup yang
berukuran mikroskopis. Jasad hidup yang tergolong mikrobia adalah bakteri,
khamir, jamur benang (mold), protozoa, virus serta algae mikroskopis (Pelczar
and Chan, 1986). Di dunia ini banyak sekali dijumpai berbagai jenis mikrobia.
Oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan
pendekatan secara taksonomi.
Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari tentang penyusunan
organisme dalam satu golongan yang disebut taxa berdasarkan kriteria-kriteria
yang digunakan dalam penggolongan organisme.. Taksonomi dapat dilakukan
secara numerik ataupun secara fenetik (Sulia and Shantharam, 1998)
Bakteri merupakan salah satu jenis organisme yang tidak mempunyai inti
sel selayaknya organisme lainnya. Ia masuk ke dalam kelompok prokariota
dengan ukuran yang sangat kecil .Untuk melihat keberadaan bakteri ini, manusia
mutlak memerlukan alat pembesar berupa mikroskop. Sebagai sel prokariot,
bakteri memiliki struktur yang teramat sangat sederhana. Ia hanya terdiri atas
kerangka sel dan juga organel-organel semisal mitokondria juga kloroplas. Bakteri
bisa dijumpai di semua tempat. Misalnya di udara, air, tanah dan tempat lainnya
(Frobisher 1962)
Ciri-ciri Bakteri
Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannnya dengan mahluk hidup lain
yaitu :
1. Organisme multiselluler
2. Prokariot (tidak memiliki membran inti sel )
3. Umumnya tidak memiliki klorofil
4. Memiliki ukuran tubuh yang bervariasi antara 0,12 s/d ratusan mikron
umumnya memiliki ukuran rata-rata 1 s/d 5 mikron.
5. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam
6. Hidup bebas atau parasit dapat hidup di lingkungan ekstrim seperti
pada mata air panas, kawah atau gambut dinding selnya tidak
mengandung peptidoglikan
7. Yang hidupnya kosmopolit diberbagai lingkungan dinding selnya
mengandung peptidoglikan
Taksonomi Numerik
Salah satu cara pendekatan dalam klasifikasi tumbuhan adalah dengan
menggunakan taksonomi numerik. Istilah taksonomi numerik (numerical
taxonomy) atau taxometrics diciptakan oleh Sokal dan Sneath (1963). Taksonomi
numerik muncul secara kebetulan bersama-sama dengan pendekatan fenetik
dalam klasifikasi tumbuhan. Oleh sebab itu muncul pendapat bahwa kedua
pendekatan ini sama, padahal tidak demikian. Sebab taksonomi numerik tidak
menghasilkan data baru, bukan pula sistem pendekatan baru, tetapi metode baru
dalam pengorganisasian data, dan biasanya dengan bantuan komputer, sehingga
taksonomi numerik bisa digunakan dalam menentukan hubungan kekerabatan
dalam pendekatan fenetik.
Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari tentang penyusunan
organisme dalam satu golongan yang disebut taxa berdasarkan kriteria-kriteria
yang digunakan dalam penggolongan organisme. (Sulia and Shantharam, 1998).
Pertama kali, penggolongan ini hanya dilakukan dalam lingkungan tumbuh-
tumbuhan dan hewan, namun ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan.
Dari segi mikrobiologi sendiri, dunia mikroba terbagi menjadi dua
kelompok besar, dimana pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti, baik
yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum, yaitu: penyusunan urutan DNA
telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA
diantara beragam gen yang mana dapat menggambarkan hubungan perbedaan
susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat, sehingga dapat
digunakan untuk menentukan hubungan kekerabatan untuk masing-masing
individu (Felsenstein, 1981; Nei dan Kumar, 2000).
Taksonomi secara numerik (numerical taxonomy), adalah taksonomi yang
dikelompokkan berdasarkan pada informasi sifat suatu organisme yang
dikonversikan ke dalam bentuk yang sesuai untuk analisis numerik dan
dibandingkan menggunakan komputer, ada atau tidaknya sekurang kurangnya 50
(sebaiknya beberapa ratus) karakater yang dapat dibandingkan; karakter tersebut
di antaranya adalah karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi, dan koefisien
asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua atau lebih
organisme (Lehninger 1995).
Taksonomi numerik diawali dengan analisis karakter yang diuji dengan
berbagai uji, antara lain: uji morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi yang
menghasilkan data fenotip yang beragam, data fenotip yang didapat, akan diolah
lebih lanjut sehingga menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang
mengukur tingkat kemiripan yang dimiliki oleh dua atau lebih stain mikroba yang
dibandingkan, yang diperoleh dari karakter yang dibandingkan antar dua atau
lebih strain mikroba. Koefisien ini terdiri atas dua jenis yaitu, simple matching
coeficient (ssm) dan jaccard coeficient (sj).Ssm merupakan koefisien similaritas
yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi karakter
yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada
(negatif).Sedangkan sj dihitung, tanpa memperhitungkan karakter yang tidak
dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Harly 2005).
Taksonomi secara fenetik (phenetic systems) adalah taksonomi yang
dikelompokkan berdasarkan pada kesamaan secara keseluruhan, seringkali berupa
suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan karakter, dan tidak tergantung
pada analisis filogenetik, koefisien jaccard (jaccard coefficient) akan mengabaikan
karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme, nilai-nilai tersebut diatur
untuk membentuk matriks kesamaan (similarity matrix), dimana organisme
dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons),
perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat, namun fenon dengan
kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri) (Waluyo 2008).
Taksonomi fenetik merupakan suatu sistem klasifikasi mikroba tanpa
mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat
fenotip dan genotip, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi,
kimiawi dan pembedaan dna. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis
memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang
objektif, bukan klasifikasi yang bersifat subjektif. Salah satu cara yang paling
mudah dalam membandingkan operational taxonomical unit (otu) adalah dengan
mencari jumlah karakter yang identik diantara masing-masing individu yang
disebut sebagai koefisien asosiasi (Edwards 1964).
Menurut Priest dan Austin (1993) taksonomi numerik diawali dengan
analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, antara lain: uji morfologi,
fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data fenotip yang beragam, data
fenotip yang didapat, akan diolah lebih lanjut sehingga menghasilkan koefisien
similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur tingkat kemiripan yang dimiliki
oleh dua atau lebih stain mikroba yang dibandingkan, yang diperoleh dari karakter
yang dibandingkan antar dua atau lebih strain mikroba (Priest dan Austin, 1993).
Koefisien ini terdiri atas dua jenis yaitu, Simple Matching Coeficient
(Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien similaritas yang
umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi karakter yang
sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada (negatif).
Sedangkan SJ dihitung, tanpa memperhitungkan karakter yang tidak dimiliki oleh
kedua organisme tersebut (Felsenstein, 2004).
Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal yang memiliki perbedaan,
namun pada dasarnya saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat
diidentifikasikan sebagai penyusunan suatu organisme ke dalam suatu kelompok
taksonomi (taksa) berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme
prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman
dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang
penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu
kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata
telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya, misalnya
mikroskop, lup, dan lain-lain. (Sembiring, 2003).
Mikroorganisme memiliki cakupan yang sangat luas,dan terdiri dari
berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau
pengklasifikasian Klasifikasi dan identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui
terlebih dahulu karakteristik atau ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya
yang sangat kecil, tidaklah mungkin untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja,
sehingga yang dipelajari adalah karakteristik suatu biakan yang merupakan
populasi dari suatu mikroorganisme (Loy, 1994).
Identifikasi bakteri dengan pewarnaan
Pada umumnya bakteri bersifat tembus cahaya, hal ini disebabkan karena
banyak bakteri yang tidak mempunyai zat warna. Salah satu cara untuk
mengamati bentuk sel bakteri sehingga mudah untuk diidentifikasi ialah dengan
metode pengecatan atau pewarnaan. Hal tersebut juga berfungsi untuk mengetahui
sifat fisiologisnya yaitu mengetahui reaksi dinding sel bakteri melalui serangkaian
pengecatan (Purwoko dkk 2010).
Pewarnaan atau pengecatan terhadap mikroba banyak dilakukan baik
secara langsung (bersama bahan yang ada) ataupun secara tidak langsung (melalui
biakan murni). Tujuan dari pewarnaan tersebut ialah untuk :
1. Mempermudah melihat bentuk jasad, baik bakteri, ragi, ataupun fungi.
2. Memperjelas ukuran dan bentuk jasad.
3. Melihat struktur luar dan kalau memungkinkan juga struktur dalam
jasad.
4. Melihat reaksi jasad terhadap pewarna yang diberikan sehingga sifat-
sifat fisik dan kimia yang ada akan dapat diketahui (Karuniawati dkk
2005).
Ada tiga macam prosedur pewarnaan, yaitu pewarnaan sederhana (simple
stain), pewarnaan diferensial (differential strain), dan pewarnaan khusus (special
strain) (Hadioetomo 1993). Pada pewarnaan sederhana hanya digunakan satu
macam zat warna untuk meningkatkan kontras antara mikroorganisme dan
sekelilingnya. Prosedur pewarnaan sederhana mudah dan cepat, sehingga
pewarnaan ini sering digunakan untuk melihat bentuk ukuran dan penataan pada
mikroorganisme bakteri pada bakteri dikenal bentuk yang bulat (coccus), batang
(basil), dan spiral Pewarnaan bakteri yang menggunakan lebih dari satu zat warna
seperti pewarnaan gram dan pewarnaan tahan asam (lay 1994).
Pewarnaan gram adalah salah satu teknik pewarnaan diferensial yang
paling penting dan paling luas digunakan untuk bakteri.Bakteri yang diwarnai
dengan metode gram ini dibagi menjadi dua kelompok, salah satu diantaranya
bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. Pada pewarnaan gram, bakteri yang
telah difiksasi dengan panas sehingga membentuk noda pada kaca objek diwarnai
dengan pewarna basa yaitu crystal violet. Karena warna ungu mewarnai seluruh
sel, maka pewarna ini disebut pewarna primer. Selanjutnya noda dicuci dan pada
noda spesimen ditetesi iodin yang merupakan mordant.Setelah iodin dicuci, baik
bakteri gram positif maupun gram negatif tampak berwarna ungu. Selanjutnya
noda spesimen dicuci dengan alkohol yang merupakan decolorizing agent
(senyawa peluntur warna) yang pada spesies bakteri tertentu dapat menghilangkan
warna ungu dari sel. Setelah alkohol dicuci, noda spesimen diwarnai kembali
dengan safranin yang merupakan pewarna basa berwarna merah (Dwijoseputro
1994). Bakteri yang tetap berwarna ungu digolongkan ke dalam gram positif,
sedangkan bakteri yang berwarna merahdigoongkan ke dalam gram negatif
(Edwards et all 1964).
Perbedaan warna antara bakteri gram negatif dan bakteri gram positif
disebabkan oleh adanya perbedaan struktur pada dinding sel nya. Dinding gram
positif mengandung banyak peptidoglikan,sedangkan dinding bakteri gram negatif
banyak mengandung lipopolisakarida(sale 1961).Pewarna yang digunakan antara
lain : kristal violet sebagai gram a, iodine sebagai gram b, alkohol sebagai gram c,
serta safranin sebagai gram d.
Bakteri tahan asam merupakan bakteri yang kandungan lemaknya sangat
tebal sehingga tidak bisa diwarnai dengan reaksi pewarnaan biasa, tetapi harus
dengan pewarnaan tahan asam. Kelompok bakteri ini disebut bakteri tahan asam
(bta) karena dapat mempertahankan zat warna pertama sewaktu dicuci dengan
larutan pemucat. Golongan bakteri ini biasanya bersifat patogen pada manusia
contohnya adalah mycobacterium tuberculosis (pelczar dan  chan 1986).
Morfologi koloni dan uji biokimia
Pengamatan morfologi bakteri meliputi bentuk, ukuran, tekstur, dan warna
koloni. Bakteri memiliki beberapa bentuk yaitu basil (tongkat), coccus, spirilum.
Bakteri yang berbentuk tongkat maupun kokus dibagi menjadi beberapa macam.
Pada bentuk basil pembagiannya yaitu basil tunggal, diplobasil, dan
tripobasil.sedangkan pada coccus dibagi menjadi monococcus, diplococcus,
sampai stophylococcus.Isolat murni diidentifikasi dengan mengenali karakternya,
yaitu dengan mencatat karakter koloni, pengamatan morfologi sel dengan
pewarnaan gram, dan pewarnaan endospora menggunakan malachite green
(Irianto 2007).
Bentuk Bakteri
 Bentuk dasar bakteri terdiri atas bentuk bulat (kokus), batang (basil),dan
spiral (spirilia) serta terdapat bentuk antara kokus dan basil yang disebut
kokobasil.
Morfologi Koloni Bakteri
Ciri-ciri yang perlu diperhatikan adalah sebagai berikut :
Ukuran; pinpoint/punctiform (titik)
 Small(kecil)
 Moderate(sedang)
 Large(besar)
Bentuk :
 Circular
 Irregular
 Spindle
 Filamentous
 Rhizoid
Elevasi :
 Flat
 Raised
 Convex
 Umbonate
Margins :
 Entire
 Lobate
 Undulate
 Serrate
 Felamentou
 BAB III
METODE PRAKTIKUM
3.1 Waktu dan Tempat
3.1.1 Waktu
Praktikum kali ini dilakukan pada hari Rabu, Tanggal 25
November 2020
3.1.2 Tempat
Praktikum kali ini dilakukan di laboratorium mikrobiologi di
Jurusan Biologi FMIPA Universitas Tanjungpura.

3.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah Cawan
petri, tabung reaksi, Bunsen, gelas ukur, jarum ose, kertas pH, spuit,
rak tabung.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah 10
spesies bakteri yang memiliki karakteristik masing-masing
.
3.3 Cara Kerja
1. Menganalisis dan mengidentifikasi setiap spesies bakteri sesuai
karakter yang dimilikinya.
2. Catat dan buat tabel dari data tersebut.
3. Kemudian hitung simple matching coeficient (ssm) dan jaccard
coeficient (sj) pada setiap spesies bakteri.
4. Membuat dendogram berdasarkan karakteristik bakteri yang telah
didata.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
Sp 1 Sp 2 Sp 3 Sp 4 Sp 5 Sp 6 Sp 7 Sp 8 Sp 9
Sp 10

BERSILIA 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0

BERLEKUK 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0

COCCUS 0 1 0 1 0 0 0 0 0
1

BASIL 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0

STREPTO 0 0 0 0 1 0 0 0 0
0

COMA 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0

STAPHYLO 0 0 0 0 0 0 1 0 0
0
POSITIF 0 0 0 1 1 1 0 1 0
0

NEGATIF 1 1 1 0 0 0 1 0 1
1

MOTIL 1 0 1 1 1 0 1 1 0
1

FERMENTATIF 1 1 1 1 1 1 1 1
0 0

OKSIDATIF 0 0 0 0 0 0 0 0 1
1

SITRASE 0 0 1 1 1 1 1 0 1
1

KATALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 1
1

4.2 Pembahasan
Pada praktikum ini, digunakan prosedur taksonomi numerik-fenetik
dengan konsep taxo-species dalam  klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi
numerik fenetik politetik adalah salah satu cara untuk mendapatkan suatu hasil
klasifikasi yang objektif berdasarkan sebanyak-banyaknya karakter. Klasifikasi ini
memiliki lima konsep adansonian yaitu: berdasarkan sebanyak-banyaknya
karakter, tiap karakter diberi nilai yang sama dan setara dalam mengkonstruksi
takson,
 Metode taksonomi numerik merupakan metode  pengelompokan mikrobia
berdasarkan karakter-karakter yang dimiliki. Adapun mikrobia yang dimaksud
adalah bakteri. Dalam praktikum ini digunakan sepuluh macam strain bakteri,
spesies 1-10. . Masing masing spesies tersebut di karakterisasi dengan
pengamatan dan pengujian. Pengamatan meliputi sifat morfologi, baik koloni
maupun sel.
Taksonomi numerik adalah pengelompokan suatu organisme yang
dikelompokkan berdasarkan pada informasi sifat suatu organisme yang
dikonversikan ke dalam bentuk yang sesuai untuk analisis . Taksonomi numerik
diawali dengan analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, antara lain: uji
morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data fenotip yang
beragam, data fenotip yang didapat, akan diolah lebih lanjut sehingga
menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur tingkat
kemiripan yang dimiliki oleh dua atau lebih stain mikroba yang dibandingkan,
yang diperoleh dari karakter yang dibandingkan antar dua atau lebih strain
mikroba.
Taksonomi secara fenetik (phenetic systems) adalah taksonomi yang
dikelompokkan berdasarkan pada kesamaan secara keseluruhan, seringkali berupa
suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan karakter, dan tidak tergantung
pada analisis filogenetik, koefisien jaccard (jaccard coefficient) akan mengabaikan
karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme, nilai-nilai tersebut diatur
untuk membentuk matriks kesamaan (similarity matrix), dimana organisme
dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons),
perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat, namun fenon dengan
kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri).
Taksonomi fenetik merupakan suatu sistem klasifikasi mikroba tanpa
mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat
fenotip dan genotip, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi,
kimiawi dan pembedaan dna. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis
memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang
objektif, bukan klasifikasi yang bersifat subjektif. Salah satu cara yang paling
mudah dalam membandingkan operational taxonomical unit (otu) adalah dengan
mencari jumlah karakter yang identik diantara masing-masing individu yang
disebut sebagai koefisien asosiasi.
Koefisien ini terdiri atas terdiri atas dua jenis yaitu, simple matching
coeficient (ssm) dan jaccard coeficient (sj). Ssm merupakan koefisien similaritas
yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi karakter
yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada
(negatif).Sedangkan sj dihitung, tanpa memperhitungkan karakter yang tidak
dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Harly 2005).
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan dan Saran

Sistematika merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk
hidup serta hubungan kekerabatan antar sesamanya.baik hubungan yang bersifat
kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetis).Bakteri
merupakan salah satu jenis organisme yang tidak mempunyai inti sel selayaknya
organisme lainnya. Ia masuk ke dalam kelompok prokariota dengan ukuran yang
sangat kecil.
Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari tentang penyusunan
organisme dalam satu golongan yang disebut taxa berdasarkan kriteria-kriteria
yang digunakan dalam penggolongan organisme.
Dalam pratikum kali ini data yang ditemukan sebanyak 40 karakter.
Digunakan dua macam koefisien similaritas yaitu Simple Matching Coeficient
(SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SSM kontruksi dendogramnya
menujukkan terdapat empat spesies mikroba sedangkan pada SJ terdapat lima
spesies mikroba.
Tingkat kepercayaan yang lebih baik adalah menggunakan SSM
karena tidak mengabaikan karakter yang tidak ada pada masing-masing strain dan
persentase kemiripan ≥70%,dimana (-) pada kedua strain tetap dihitung. Pada
SJ mengabaikan karakter yang tidak ada pada kedua strain tersebut, dimana nilai
(-) tidak dihitung dan persentase kemiripan ≤ 70%.

5.2 Saran
Penyusun menyadari bahwa dalam pembuatan laporan praktikum ini
masih terdapat banyak kekurangan, oleh karena itu kritik dan saran yang
membangun sangat diharapkan untuk perbaikan selanjutnya. Diharapkan pula
pembaca dapat menambah wawasan dari berbagai sumber lain terkait dengan
materi ini.
 DAFTAR PUSTAKA
Boone, R.D., and R.W. Castenholz. 2001. Bergey’s Manual Of Systematics
Bacteriology. 2nd edition. Springer. New York
Dwijoseputro, d. 1994. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta : Djambatan
Edwards, A. W. F. and Cavalli-Sforza, L. L. 1964. Reconstruction of phylogenetic
trees. in
Phenetic and Phylogenetic Classification. ed. Heywood, V. H. and
McNeill.London: Systematics Assoc. Pub No. 6.
Felsenstein, J. 1981. Evolutionary trees from DNA sequences: A maximum
likelihood approach. J Mol Evol 17: 368-376
Felsenstein, J. 2004 Inferring Phylogenies. Sunderland, MA: Sinauer Associates.
Frobisher, M. 1962. Fundamental of Microbiology. 6th Edition. W.B. Saunders
Company. London, pp. 243-251.
Hadioetomo, R. 1993. Mikrobiologi Dasar Dalam Praktek. Jakarta : Gramedia.
Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw
Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York
Jutono, Joedoro, S., Sri Hartadi, Siti Kobirun, S., Suhadi, D. & Soesanto.
1993. Pedoman Praktikum Mikrobiologi Umum untuk Perguruan
Tinggi. Departemen Mikrobiologi, Fakultas Pertanian UGM, Yogyakarta.
Karuniawati, Risdiyani, S. Nilawati, Prawoto, Y. Rosana, B. Alisyahbana, I.
Parwati, Wia Melia, dan T.M. Sudiro. 2005. Perbandingan Tan Thiam
Hok, Ziehl Neelsen dan Fluorokrom sebagai Metode Pewarna Basil Tahan
Asam untuk Pemeriksaan Mikroskopik Sputum. Makara Kesehatan Vol. 9
No. 1
Lay, B.W. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.
Jakarta: 168 hlm
Lehninger. 1995. Dasar – dasar  Biokimia, Jilid I. Erlangga :Jakarta
Loy, B. W. 1994. Annalisis Mikrobia Di Lahro . PT Raja Grafindo Persada.
Jakarta.
Pelczar, M.J. Dan Chan, E.C.S. 1986, Dasar-Dasar Mikrobiologi.Jakarta :UI
Press
Pelczar J. Michaeal, Jr. E.C.S Chan. 2010. Dasar-dasar Mikrobiologi.  UI Press.
Jakarta.
Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition.
Champman dan Hall. London.
Purwoko, Tjahjadi. dkk. 2010. Petunjuk Praktikum Mikrobiologi. Laboratorium
Mikrobiologi UNS
Sulia, S.B, and S. Shantharam. 1997. General Microbiology. Science Pub Inc.
USA
Sembiring, L. 2003. Petunjuk Praktikum Sistematik mikrobia. Laboratorium
Mikrobiologi, UGM, Yogyakarta
Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM
Press