MIKROBIOLOGI TEKNIK
TAKSONOMI BAKTERI
Oleh :
Kelompok 9
UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG
2021
BAB I PENDAHULUAN
Mempelajari bakteri merupakan bagian yang sangat penting bagi kehidupan manusia dan sangat penting dipelajari
olah mahasiswa biologi maupun prodi kesehatan lainnya. Mengingat pentingnya untuk mempelajari tentang bakteri,
maka ilmu bakteriologi ini tidak bisa dipelajari sembarangan, harus ada orang-orang yang sangat ahli dalam ilmu
tersebut.
Taksonomi merupakan cabang ilmu dari biologi yang masih sangat erat dipergunakan dalam kehidupan sehari-hari.
Unsur-unsur taksonomi langsung maupun tidak, selalu ada dalam kehidupan manusia hingga saat ini.
Keanekaragaman sifat dan ciri yang dimiliki suatu makhluk hidup sesungguhnya menggambarkan keanekaragaman
potensi dan manfaat yang dapat digali. Bila data dan informasi ilmiah mengenai sumber daya hayati belum
sepenuhnya dapat diungkap maka kepunahan suatu makhluk hidup sama artinya dengan kehilangan kesempatan
untuk memanfaatkan potensi yang dimiliki makhluk hidup tersebut. Seperangkat gen yang ikut hilang bersama
peristiwa kepunahan itu mungkin memiliki potensi dan manfaat yang tidak akan dijumpai lagi pada makhluk hidup
yang lain.
Bakteri ini sangat bermamfaat untuk di pelajari di dalam dunia pendidikan gunanya agar mengetahui karakteristik,
morfologi, fungsi dan lain-lain dari bakteri tersebut. Bakteri pada dasarnya ada yang menguntungkan dan ada juga
yang merugikan bagi kehidupan.
Gambar Animalcules
Sumber : http://photos1.blogger.com/blogger/2008/2754/1600/animalcules1.jpg
Bakteri pertama kali diamati oleh ahli mikroskop dari Belanda, Antonie van Leeuwenhoek pada tahun 1676,
menggunakan mikroskop lensa tunggal buatannya sendiri. Ia menyebut Bacteria sebagai “animalcules” yang berarti
hewan kecil. Barulah pada tahun 1828 Christian Gottfried Ehrenberg memperkenalkan kata “bacterium” yang berarti
tongkat, karena “bacterium” tersebut adalah genus yang terdiri dari kelompok bakteri yang berbentuk tongkat. Sebuah
langkah maju yang besar dalam studi Bakteri datang pada tahun 1977 ketika Carl Woese menyadari bahwa Arkea
memiliki garis keturunan evolusi yang terpisah dari Bakteri. Taksonomi filogenetik baru ini bergantung pada urutan
RNA ribosom 16S, dan membagi Prokariota menjadi dua domain evolusi (Bacteria dan Archaea), sebagai bagian dari
sistem tiga-domain (Bacteria, Archaea, dan Eukarya).
Kata taksonomi diciptakan oleh A.P. de Candolle, seorang ahli tumbuhan bangsa Swiss di herbarium Genewa, yang
artinya teori tentang klasifikasi tumbuhan (Rideng, 1989). Secara etimologi taksonomi berasal dari bahasa Yunani:
takson artinya unit atau kelompok, dan nomos artinya hukum. Jadi definisi taksonomi adalah hukum atau aturan yang
digunakan untuk menempatkan suatu makhluk hidup pada takson tertentu.
Seorang ahli taksonomi harus mempunyai pengetahuan tentang morfologi, embriologi, anatomi, sitogenetika dan ilmu
jenis lainnya. Ada pun urutan penggolongan dalam ilmu taksonomi sebagai berikut: fase eksplorasi, fase konsolidasi,
fase biosistematika, dan fase ensiklopedik.
Kenapa dibutuhkan ilmu taksonomi? Ilmu taksonomi digunakan untuk penemuan flora dan fauna, memberikan
sebuah metode identifikasi yang tepat sehingga menghasilkan sistem klasifikasi yang terkait dan menyeluruh
sehingga nantinya dihasilkan nama ilmiah yang benar pada setiap takson tumbuhan sesuai dengan aturan tata nama
tumbuhan, membuat keteraturan dan keharmonian ilmu pengetahuan organisme sehingga tercipta suatu sistem yang
sederhana dan dapat digunakan orang lain.
Untuk membuat taksonomi tumbuhan biasanya digunakan cara determinasi. Determinasi yaitu membandingkan suatu
tumbuhan dengan tumbuhan lainnya yang sudah dikenal sebelumnya.
Sejak tahun 1753 sistem polynomial digantikan dengan binomial sejak publikasi “Systema Plantarum” oleh Carolus
Linnaeus dan berlaku secara internasional.
Sistem binomial yaitu sistem penamaan di mana nama jenis terdiri dari dua kata, kata pertama adalah nama marga dan
kata kedua merupakan penunjuk jenis atau spesies epithet. Contoh: Hibiscus tiliaceus.
Klasifikasi ilmiah menunjuk ke bagaimana ahli biologi mengelompokkan dan mengkategorikan spesies dari
organisme yang punah maupun yang hidup. Klasifikasi modern berakar pada sistem Carolus Linnaeus, yang
mengelompokkan spesies menurut kesamaan sifat fisik yang dimiliki. Pengelompokan ini sudah direvisi sejak Carolus
Linnaeus untuk menjaga konsistensi dengan asas sifat umum yang diturunkan dari Darwin.
Untuk mengenali dan mempelajari makhluk hidup secara keseluruhan tidak mudah sehingga dibuat klasifikasi
(pengelompokan) makhluk hidup. Klasifikasi makhluk hidup adalah suatu cara memilah dan mengelompokkan
makhluk hidup menjadi golongan atau unit tertentu. Urutan klasifikasi makhluk hidup dari tingkat tertinggi ke
terendah (yang sekarang digunakan) adalah Domain (Daerah), Kingdom (Kerajaan), Phylum atau Filum
(hewan)/Divisio (tumbuhan), Classis (Kelas), Ordo (Bangsa), Famili (Suku), Genus (Marga), dan Spesies (Jenis).
Klasifikasi makhluk hidup didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang dimiliki makhluk hidup, misalnya
bentuk tubuh atau fungsi alat tubuhnya. Makhluk hidup yang memliliki ciri yang sama dikelompokkan dalam satu
golongan.
Contoh klasifikasi makhluk hidup adalah:
1) Berdasarkan ukuran tubuhnya.
Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi pohon, perdu, dan semak.
Cara pengelompokan makhluk hidup seperti ini dianggap kurang sesuai yang disebabkan karena dalam
pengelompokan makhluk hidup dengan cara demikian dibuat berdasarkan keinginan orang yang
mengelompokkannya.
Bakteri, berasal dari kata Latin, bacterium (jamak, bacteria); adalah kelompok raksasa dari organisme hidup. Mereka
sangatlah kecil (mikroskopik) dan kebanyakan uniselular (bersel tunggal), dengan struktur sel yang relatif sederhana
tanpa nukleus/inti sel, sitoskeleton, dan organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Struktur sel mereka dijelaskan
lebih lanjut dalam artikel mengenai prokariota, karena bakteri merupakan prokariota, untuk membedakan mereka
dengan organisme yang memiliki sel lebih kompleks, disebut eukariota. Istilah “bakteri” telah diterapkan untuk semua
prokariota atau untuk kelompok besar mereka, tergantung pada gagasan mengenai hubungan mereka.
Bakteri adalah yang paling berkelimpahan dari semua organisme. Mereka tersebar (berada di mana-mana) di tanah,
air, dan sebagai simbiosis dari organisme lain. Banyak patogen merupakan bakteri. Kebanyakan dari mereka kecil,
biasanya hanya berukuran 0,5-5 μm, meski ada jenis dapat menjangkau 0,3 mm dalam diameter (Thiomargarita).
Mereka umumnya memiliki dinding sel, seperti sel hewan dan jamur, tetapi dengan komposisi sangat berbeda
(peptidoglikan). Banyak yang bergerak menggunakan flagela yang berbeda dalam strukturnya dari flagela kelompok
lain.
Terdapat dua kelompok besar Eubacteria berdasarkan respirasinya, yaitu Bakteri anaerob dan aerob. Bakteri aerob
adalah Eubacteria yang memerlukan oksigen untuk tumbuh, sedangkan Bakteri anaerob adalah Eubacteria yang tidak
memerlukan oksigen untuk tumbuh. Bakteri anaerob ini dapat bereaksi negatif dan mati apabila terpapar oksigen.
Terdapat tiga kategori pada organisme anaerob, yaitu
Anaerob obligat, yang bereaksi negatif pada adanya oksigen.
Contoh: Actinomyces, Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Peptostreptococcus, Porphyromonas,
Prevotella, dan Veillonella
Autotoleran, yang tidak dapat menggunakan oksigen untuk tumbuh, tetapi dapat menoleransi keberadaan
oksigen.
Anaerob fakultatif, yang dapat tumbuh tanpa oksigen, tetapi menggunakan oksigen apabila tersedia.
Contoh: Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Escherichia coli, Listeria spp., dan Shewanella oneidensis.
Berdasarkan sumber energinya autotrof bisa dibedakan menjadi dua, yaitu fotoautotrof dan kemoautotrof.
Fotoautotrof menggunakan cahaya sebagai sumber energi, sedangkan kemoautotrof memanfaatkan donor elektron
sebagai sumber energi, baik dari sumber organik atau anorganik; Namun dalam kasus autotrof, donor elektron ini
berasal dari sumber kimia anorganik. Kemoautotrof disebut juga litotrof, karena litotrof menggunakan senyawa
anorganik, seperti hidrogen sulfida, unsur sulfur, amonium dan besi, sebagai zat pereduksi untuk biosintesis dan
penyimpanan energi kimia.
Contoh Bakteri fotoautotrof: Cyanobacteria, Green sulfur bacteria, Chloroflexi, atau Purple bacteria.
Contoh Bakteri kemoautotrof: Thermodesulfobacteria, Hydrogenophilaceae, atau Nitrospirae.
Bakteri heterotrof adalah Eubacteria yang tidak dapat mengikat karbon sehingga menggunakan karbon organik untuk
tumbuh. Bakteri heterotrof memiliki dua kelompok besar, yaitu Bakteri saprofit dan Bakteri parasit. Bakteri saprofit
hidup pada sisa-sisa organisme lain, seperti bangkai dan kotoran, sedangkan Bakteri parasit mengambil makanan dari
inangnya, misalnya Bakteri patogen pada manusia.
Beberapa Bacteria dapat bertukar materi genetik horizontal sebelum menjalankan proses pembelahan. Pada spesies
ini, struktur seperti tabung terbentang di antara dua sel bakteri, proses kontak antar sel ini disebut konjugasi. Saat
konjugasi, Bakteri donor mengirimkan bagian dari DNA-nya ke Bakteri penerima. Hal ini memungkinkan Bakteri
untuk mengirimkan sifat genetik tertentu, seperti resistensi obat pada Bakteri lain dalam populasi mereka.
Proses transfer gen horizontal juga dapat terjadi melalui transformasi dan transduksi, walaupun proses ini tidak
melibatkan kontak antar sel. Transformasi adalah perubahan genetik dari sel yang dihasilkan dari penyerapan
langsung dan penggabungan materi genetik eksogen (DNA eksogen) dari lingkungan (luar)-nya yang diambil melalui
membran sel. Transduksi adalah proses dimana DNA ditransfer dari satu Bakteri ke Bakteri lain dengan virus.
C. Plasma Membran
Meskipun membran plasma yang umum di seluruh sel hidup lainnya, membran ini bukan fitur bakteri. Tidak
adanya organel internal yang pada akhirnya menurunkan banyak fungsi yang terjadi dalam sel-sel eukariotik
terjadi pada membran plasma bakteri. Misalnya, infoldings khusus dari membran plasma memungkinkan
bakteri fotosintetik untuk melakukan reaksi tergantung cahaya fotosintesis sehingga fotosintesis eukariota
dilakukan pada selaput thykaloid dalam kloroplas.
D. Dinding sel
Sebuah dinding sel peptidoglikan adalah fitur umum di antara Eubacteria. Dinding sel ini menyelubungi sel
bakteri, memberikan kekuatan dan mencegah pecah di lingkungan yang berubah. Salah satu pengujian yang
mendasar dilakukan dalam mengidentifikasi bakteri adalah pewarnaan Gram, yang mengkategorikan sebagai
Eubacteria Gram positif atau Gram negatif didasarkan pada kemampuan dinding sel untuk mempertahankan
kristal violet pewarna. Dinding sel merupakan target antibiotik penisilin dan turunannya. Penisilin
menghambat pembentukan dinding sel dan dapat menghancurkan dinding, terutama di cepat tumbuh dan
berkembang biak bakteri. Sekali lagi menggarisbawahi keragaman dalam kelompok ini, tidak semua
Eubacteria memiliki dinding sel peptidoglikan. Dinding sel klamidia tidak memiliki peptidoglikan.
Kurangnya Mycoplasma setiap dinding sel. Archaea juga memiliki dinding sel tetapi menggunakan bahan
selain peptidoglikan. Karakteristik Umum Bakteri
E. DNA
Beberapa, kromosom linier sering diwakili grafis dalam buku teks biologi yang khusus untuk eukariota.
Sebaliknya, baik archaea dan Eubacteria memiliki kromosom tunggal melingkar dan sebuah urutan DNA jauh
lebih pendek daripada yang ditemukan pada eukariota. Semakin pendek urutan DNA mungkin sebagian dapat
dijelaskan oleh relatif berkurang kompleksitas sel bakteri tetapi juga hasil dari berkurangnya keberadaan
intron – segmen gen yang dikeluarkan selama terjemahan DNA menjadi protein. Genom bakteri ditambah
dengan fragmen kecil dari DNA yang dikenal sebagai plasmid, meskipun ini tidak unik untuk bakteri dan juga
dapat ditemukan pada eukariota. Plasmid yang direplikasi dalam sel bakteri independen dari kromosom
bakteri dan dapat dipertukarkan antara organisme bakteri yang berbeda. Plasmid mungkin memberikan atribut
ke sel inang seperti resistensi antibiotik.
2 Basil (Bacillus)
Bacil adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi
sebagai berikut:
a) Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua
b) Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai
3 Spiral (Spirilum)
Spiral adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:
a) Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah lingkaran (bentuk koma)
b) Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran
c) Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.
I. Bagian eksternal
a) Kapsul
b) Flagela
c) Pili
Tata cara atau aturan penamaan bakteri menurut nomenklatur adalah tata nama binomial. Tata nama
binomial (binomial berarti 'dua nama') merupakan aturan penamaan baku bagi semua organisme (makhluk
hidup) yang terdiri dari dua kata dari sistem taksonomi (Biologi), dengan mengambil nama genus dan
nama spesies. Nama yang dipakai adalah nama baku yang diberikan dalam bahasa Latin atau bahasa lain
yang dilatinkan. Aturan ini pada awalnya diterapkan untuk fungi, tumbuhan dan hewan oleh
penyusunnya(Carolus Linnaeus), namun kemudian segera diterapkan untuk bakteri pula. Sebutan yang
disepakati untuk nama ini adalah 'nama ilmiah' (scientific name). Orang awam seringkali menyebutnya
sebagai "nama latin" meskipun istilah ini tidak tepat sepenuhnya, karena sebagian besar nama yang
diberikan bukan istilah asli dalam bahasa latin melainkan nama yang diberikan oleh orang yang pertama
kali memberi pertelaan atau deskripsi (disebut deskriptor) lalu dilatinkan.
Aturan penamaan binomial pada bakteri sama dengan aturan penamaan binomial pada tumbuhan. Secara
umum, tata nama binomial atau sistem binomial nomenklatur memiliki aturan-aturan dasar sebagai
berikut.
Aturan penulisan dalam tatanama binomial selalu menempatkan nama ("epitet" dari epithet) genus
di awal dan nama ("epitet") spesies mengikutinya.
Nama genus selalu diawali dengan huruf kapital (huruf besar, uppercase) dan nama spesies selalu
diawali dengan huruf biasa (huruf kecil, lowercase).
Penulisan nama ini tidak mengikuti tipografi yang menyertainya (artinya, suatu teks yang
semuanya menggunakan huruf kapital/balok, misalnya pada judul suatu naskah, tidak menjadikan
penulisan nama ilmiah menjadi huruf kapital semua) kecuali untuk hal berikut:
1. Pada teks dengan huruf tegak (huruf latin), nama ilmiah ditulis dengan huruf miring (huruf
italik), dan sebaliknya.
Contoh: Glycine soja, Mycobacterium tuberculosis. Perlu diperhatikan bahwa cara penulisan
ini adalah konvensi yang berlaku saat ini sejak awal abad ke-20. Sebelumnya, seperti yang
dilakukan pula oleh Carolus Linnaeus, nama atau epitet spesies diawali dengan huruf besar
jika diambil dari nama orang atau tempat.
2. Pada teks tulisan tangan, nama ilmiah diberi garis bawah yang terpisah untuk nama genus dan
nama spesies.
Nama lengkap (untuk hewan) atau singkatan (untuk tumbuhan) dari deskriptor boleh diberikan di
belakang nama spesies dan ditulis dengan huruf tegak (latin) atau tanpa garis bawah (jika tulisan
tangan). Jika suatu spesies digolongkan dalam genus yang berbeda dari yang berlaku sekarang,
nama deskriptor ditulis dalam tanda kurung. Contoh: Glycine max Merr., Passer domesticus
(Linnaeus, 1978) — yang terakhir semula dimasukkan dalam genus Fringilla, sehingga diberi
tanda kurung (parentesis).
Pada penulisan teks yang menyertakan nama umum/trivial, nama ilmiah biasanya menyusul dan
diletakkan dalam tanda kurung. Contoh pada suatu judul: "PENGUJIAN DAYA TAHAN
KEDELAI (Glycine max Merr.) TERHADAP BEBERAPA TINGKAT SALINITAS".
(Penjelasan: Merr. adalah singkatan dari deskriptor (dalam contoh ini E.D. Merrill) yang hasil
karyanya diakui untuk menggambarkan Glycine max. Nama Glycine max diberikan dalam judul
karena ada spesies lain, Glycine soja, yang juga disebut kedelai.).
Nama ilmiah ditulis lengkap apabila disebutkan pertama kali. Penyebutan selanjutnya cukup
dengan mengambil huruf awal nama genus dan diberi titik lalu nama spesies secara lengkap.
Contoh: Tumbuhan dengan bunga terbesar dapat ditemukan di hutan-hutan Bengkulu, yang
dikenal sebagai padma raksasa (Rafflesia arnoldii). Di Pulau Jawa ditemukan pula kerabatnya,
yang dikenal sebagai R. patma, dengan ukuran bunga yang lebih kecil. Sebutan E. coli atau T. rex
berasal dari konvensi ini.
Singkatan "sp." (zoologi) atau "spec." (botani) digunakan jika nama spesies tidak dapat atau tidak
perlu dijelaskan. Singkatan "spp." (zoologi dan botani) merupakan bentuk jamak. Contoh: Canis
sp., berarti satu jenis dari genus Canis; Adiantum spp., berarti jenis-jenis Adiantum.
Sering dikacaukan dengan singkatan sebelumnya adalah "ssp." (zoologi) atau "subsp." (botani)
yang menunjukkan subspesies yang belum diidentifikasi. Singkatan ini berarti "subspesies", dan
bentuk jamaknya "sspp." atau "subspp."
Singkatan "cf." (dari confer) dipakai jika identifikasi nama belum pasti. Contoh: Corvus cf.
splendens berarti "sejenis burung mrip dengan gagak (Corvus splendens) tapi belum dipastikan
sama dengan spesies ini".
Selain aturan umum yang tersebut di atas, terdapat aturan khusus penamaan bakteri menurut nomenklatur yang
sama dengan aturan penamaan pada tumbuhan.
Pemberian nama kelas, bangsa, dan famili
a) Nama Kelas biasanya berakhiran –acea
b) Nama Ordo biasanya berakhiran –ales
c) Nama Familia biasa berakhiran –aceae
Nama bakteri dapat berasal dari kata baru yang disesuaikan dengan bahasa Latin atau nama seseorang
(penyelidik) yang dilatinkan. Contoh :
a) Bentuk
Bacillus : batang
Clostridium : spindle, pintalan yang halus
Micrococcus : butir kecil
b) Nama Penyelidik
Erwinia : dari nama Erwin
Pasteurella : dari nama Pasteur
Salmonella : dari nama Salmon
Brucella : dari nama Bruce
Clostridium welchii : ditemukan oleh Welch
Nama ilmiah (scientific name) pada kehidupan sehari-hari yang lebih banyak dipakai adalah :
Sifilis : Treponema pallidum
Lepra : Mycobacterium leprae
Koch, TBC : Mycobacterium tuberculosis Spesies adalah suatu suatu mikroorganisme yang sudah tertentu.
Contoh :
Kingdom : Procaryotae
Subkingdom : Eubacteria
Divisio : Cyanobacteria
Subdivisio : Bacteria
Kelas : Actinomycetacea
Ordo : Actinomycetales
Familia : Mycobacteriaceae
Genus : Mycobacterium
Spesies : Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium lepre
Mycobacterium bovis
Mycobacterium phlei
2.3. Klasifikasi umum Bakteri
Klasifikasi adalah meletakkan organisme kedalam kelompok taksonomik berdasarkan persamaan karakter
yang dimiliki. Klasifikasi Bakteri Patogen Tanaman mengikuti Bergey’s Manual of Determinative
Bacteriology, Ninth Edition (1994).
2. John Ray (1627 – 1708), merintis pengelompokkan makhluk hidup kearah grup-grup kecil. Ia
telah melahirkan konsep tentang jenis dan spesies.
3. Carolus Linnaeus (1707 – 1778), mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan pada kesamaan
struktur. Ia juga mengenalkan pada system tata nama makhluk hidup yang dikenal dengan
binomial nomenklatur. Karena itu Carolus linneaus dikenal sebagai bapak Taksonomi dunia
4. R.H Whittaker pada tahun 1969 mengelompokkan makhluk hidup menjadi 5 (lima) kingdom /
kerajaan, yaitu : Monera, Protista, Fungi, Plantae dan Animalia.
a) Monera (bakteri dan ganggang biru) Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan
Monera memiliki sel prokariotik. Kelompok ini terdiri dari bakteri dan ganggang hijau
biru (Cyanobacteria)
b) Protista (ganggang dan protozoa) Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan
Protista rnemiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau
banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan
dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai hewan (Protozoa) dan
Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), dan Protista menyerupai jamur.
c) Fungi (jamur) Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya
sendiri. Cara makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari
lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari
semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycota).
d) Plantae (tumbuhan) Tumbuhan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya terdiri dari banyak sel
yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Tumbuhan memiliki kloroplas sehingga
dapat membuat makanannya sendiri (bersifat autotrof). Kelompok ini terdiri dari
tumbuhan lumut, tumbuhan paku, tumbuhan berbiji terbuka, dan tumbuhan berbiji
tertutu.
e) Animalia (hewan) Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak
sel .yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat
makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua
hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata) dan hewan bertulang
belakang (vertebrata).
2.3.4. Sistem Klasifikasi Domain
Belakangan, sistem Kingdom sempat dianggap basi, sehingga dibentuk sistem baru yang menambah urutan dan
memiliki lebih sedikit jenis, yaitu Domain. Ada tiga jenis Domain, yaitu:
1. Archaea (dari Archaebacteria)
2. Bacteria (dari Eubacteria)
3. Eukarya (termasuk fungi, hewan, tumbuhan, dan protista)
2. Tumbuhan memiliki klorofil sehingga dapat membuat makanannya sendiri melalui proses fotosintesis dan
tidak dapat berpindah tempat dan hewan tidak memiliki dinding sel sementara hewan tidak dapat membuat
makanannya sendiri dan umumnya dapat berpindah tempat.
Namun ada tumbuhan yang tidak dapat membuat makanannya sendiri, yaitu jamur (fungi). Berarti tumbuhan
berbeda dengan jamur maka para ahli taksonomi kemudian mengelompokkan makhluk hidup menjadi tiga
kelompok, yaitu Plantae (tumbuhan), Fungi (jamur), dan Animalia (hewan).
Setelah para ahli mengetahui struktur sel (susunan sel) secara pasti, makhluk hidup dikelompokkan menjadi
empat kerajaan, yaitu Prokariot, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan ada tidaknya
membran inti sel. Sel yang memiliki membran inti disebut sel eukariotik sedangkan sel yang tidak memiliki
membran inti disebut sel prokariotik.
Pada tahun 1969 Robert H. Whittaker mengelompokkan makhluk hidup menjadi lima kingdom, yaitu Monera,
Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan pada susunan sel, cara makhluk hidup
memenuhi makanannya, dan tingkatan makhluk hidup. Namun sistem ini kemudian diubah dengan dipecahnya
kingdom monera menjadi kingdom Eubacteria dan Archaebacteria.
Penjelasan mengenai sistem klasifikasi makhluk hidup enam kingdomyaitu sebagai berikut:
1. Kingdom Eubacteria
Para makhluk hidup di Kingdom Eubacteria berupa makhluk hidup sel tunggal (uniseluler). Makhluk hidup
yang dimasukkan dalam kerajaan Eubacteria memiliki sel prokariotik (sel sederhana yang tidak mempunyai
kapsul sebagai lapisan terluarnya dan dinding sel didalamnya). Eubacteria juga dikenal dengan istilah bakteria.
2. Kingdom Archaebacteria
Pada tahun 1977 seorang mikrobiolog bernama Carl Woese dan peneliti lain dari university of Illinois
menemukan suatu kelompok bakteri yang memiliki ciri unik dan berbeda dari anggota kingdom Monera
lainnya.
Kelompok tersebut dinamakan Archaebacteria. Archaebacteria lebih mendekati makhluk hidup eukariot
dibandingkan bakteri lain yang merupakan prokariot. Hal itu menyebabkan terciptanya sistem klasifikasi enam
kingdom pemisah kingdom Archaebacteria dari anggota kingdom Monera lain yang kemudian disebut
Eubacteria.
Namun hingga sekarang yang diakui sebagai sistem klasifikasi standar adalah sistem Lima Kingdom yang
ditemukan oleh Whittaker.
Makhluk hidup di Kingdom Archaebacteria tidak jauh berbeda dengan yang ada di Kingdom Eubacteria karena
mereka dulunya satu Kingdom. Namun Archaebacteria umumnya tahan di lingkungan yang lebih ekstrim.
3. Kingdom Protista
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista memiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang
tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan
dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), Protista menyerupai jamur,
dan Protista menyerupai hewan (Protozoa, Protos: pertama, zoa: hewan). Protozoa mempunyai klasifikasi
berdasarkan sistem alat geraknya, yaitu Flagellata/Mastigophora (bulu cambuk, contoh Euglena, Volvox,
Noctiluca, Trypanosoma, dan Trichomonas), Cilliata/Infusiora (rambut getar, contoh Paramaecium),
Rhizopoda/Sarcodina (kaki semu, contoh Amoeba), dan Sporozoa (tidak mempunyai alat gerak, contoh
Plasmodium).
4. Kingdom Fungi (Jamur)
Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat
heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit.
Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycota).
Beberapa kelompok kelas antara lain:
a. Kelas Myxomycetes (jamur lendes), contohnya Physarum policephalius.
b. Kelas Phycomycetes (jamur ganggang), contohnya jamur tempe (Rhizopus oryzae, mucor mue)
5. Kingdom Plantae (Tumbuhan)
Tumbuhan terdiri dari tumbuhan lumut (Bryophyta), tumbuhan paku (Pteridophyta), tumbuhan berbiji terbuka
(Gymnospermae), dan tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae).
Taksonomi tumbuhan (juga hewan) sering kali dikacaukan dengan sistematika tumbuhan dan klasifikasi
tumbuhan. Klasifikasi tumbuhan adalah bagian dari taksonomi tumbuhan. Sistematika tumbuhan adalah ilmu
yang berkaitan sangat erat dengan taksonomi tumbuhan. Namun demikian, sistematika tumbuhan lebih banyak
mempelajari hubungan tumbuhan dengan proses evolusinya. Dalam sistematika bantuan ilmu seperti filogeni
dan kladistika banyak berperan. Di sisi lain, taksonomi
tumbuhan lebih banyak mempelajari aspek penanganan sampel-sampel (spesimen) tumbuhan dan
pengelompokan (klasifikasi) berdasarkan contoh-contoh ini.
Ilmu taksonomi tumbuhan mengalami banyak perubahan cepat semenjak digunakannya berbagai teknik biologi
molekular dalam berbagai kajiannya. Pengelompokan spesies ke dalam berbagai takson sering kali berubah-
ubah tergantung dari sistem klasifikasinya.
1. Klasifikasi
a. Klasifikasi tumbuhan adalah pembentukan kelompok-kelompok dari seluruh tumbuhan yang ada di bumi
ini hingga dapat disusun takson-takson secara teratur mengikuti suatu hierarki.
b. Sifat-sifat yang dijadikan dasar dalam mengadakan klasifikasi berbeda-beda tergantung orang yang
mengadakan klasifikasi dan tujuan yang ingin dicapai dengan pengklasifikasian itu.
c. Takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) yang lebih rendah mempunyai kesamaan sifat lebih
banyak daripada takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) di atasnya.
d. Perbedaan antara istilah takson dengan kategori yaitu istilah takson yang ditekankan adalah pengertian
unit atau kelompok yang mana pun, sedangkan istilah kategori yang ditekankan adalah tingkat atau
kedudukan golongan dalam suatu hierarki tertentu.
e. Dalam taksonomi tumbuhan istilah yang digunakan untuk menyebutkan suatu nama takson sekaligus
menunjukkan pula tingkat takson (kategori).
f. Ada tiga sistem klasifikasi dalam taksonomi tumbuhan yaitu sistem klasifikasi buatan, sistem klasifikasi
alam, dan sistem klasifikasi filogenetik.
g. Berdasarkan sejarah perkembangannya ketiga sistem klasifikasi tersebut dibagi menjadi empat periode
yaitu periode sistem habitus, periode sistem numerik, periode sistem alam, dan periode sistem filogenetik.
2. Identifikasi
a. Identifikasi tumbuhan adalah menentukan namanya yang benar dan tempatnya yang tepat dalam
sistem klasifikasi.
b. Tumbuhan yang akan diidentifikasikan mungkin belum dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan
(belum ada nama ilmiahnya), atau mungkin sudah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan.
c. Penentuan nama baru dan penentuan tingkat-tingkat takson harus mengikuti aturan yang ada dalam
KITT.
d. Prosedur identifikasi tumbuhan yang untuk pertama kali akan diperkenalkan ke dunia ilmiah
memerlukan bekal ilmu pengetahuan yang mendalam tentang isi KITT.
e. Untuk identifikasi tumbuhan yang telah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan, memerlukan sarana
antara lain bantuan orang, spesimen herbarium, buku-buku flora dan monografi, kunci identifikasi dan
lembar identifikasi jenis.
f.Flora adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan yang
ditemukan dalam suatu wilayah tertentu.
g. Monografi adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan
yang tergolong dalam kategori tertentu. baik yang terbatas pada suatu wilayah tertentu saja maupun
yang terdapat di seluruh dunia.
h. Kunci identifikasi merupakan serentetan pertanyaan-pertanyaan yang jawabnya harus ditemukan
pada spesimen yang akan diidentifikasi.
i. Bila semua pertanyaan berturut-turut dalam kunci identifikasi ditemukan jawabnya, berarti nama
serta tempatnya dalam sistem klasifikasi tumbuhan yang akan diidentifikasi dapat diketahui.
j. Lembar Identifikasi Jenis adalah sebuah gambar suatu jenis tumbuhan yang disertai dengan nama
klasifikasi jenis yang bersangkutan.
1. Kingdom
Kingdom merupakan tingkatan takson tertinggi makhluk hidup. Kebanyakan ahli Biologi
sependapat bahwa makhluk hidup di dunia ni dikelompokkan menjadi 5 kingdom (diusulkan oleh
Robert Whittaker tahun 1969). Kelima kingdom tersebut antara lain : Monera, Proista, Fungi,
Plantae, dan Animalia.
3. Kelas (Classis)
Kelompok takson yang satu tingkat lebih rendah dari filum atau division.
4. Ordo (Bangsa)
Setiap kelas terdiri dari beberapa ordo. Pada dunia tumbuhan, nama ordo umumnya diberi
akhiran ales.
5. Famili
Famili merupakan tingkatan takson di bawah ordo. Nama famili tumbuhan biasanya diberi
akhiran aceae, sedangkan untuk hewan biasanya diberi nama idea. Dalam penyebutan indonesia
nama suku selalu diulang penyebutannya : kacangkacangan, angrek-anggrekan, jahe-jahean.
6. Genus (Marga)
Genus adalah takson yang lebih rendah dariada famili. Nama genus terdiri atas satu kata, huruf
pertama ditulis dengan huruf kapital, dan seluruh huruf dalam kata itu ditulis dengan huruf miring
atau dibedakan dari huruf lainnya.
7. Species (Jenis)
Species adalah takson yang terendah. Spesies adalah suatu kelompok organisme yang dapat
melakukan perkawinan antar sesamanya untuk menghasilkan keturunan yang fertil (subur) aturan
penulisannya disebut binomial nomenklatur.
Kingdom Prokariot
Memiliki membran dan dinding sel
Devisi I : GRACCILICUTES – Bakteri Gram negatif
Klas : PROTEOBACTERIA – Umumnya bersel tunggal
Famili : Enterobacteriaceae
Genus : Erwinia
Taksonomi dari bakteri Erwinia carotovora adalah :
Kingdom : Bakteria
Phylum : Protobacteria
Class : Gammaproteobacteria
Order : Enterobacterialles
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Erwinia
Speceis : Erwinia carotovora
Sel bakteri berbentuk batang dengan ukuran (1,5 x 2,0) x (0,6 x 0,9) mikron,umumnya
membentuk rangkaian sel-sel seperti rantai, tidak mempunyai kapsul, dan tidak berspora. Bakteri
bergerak dengan menggunakan flagella yang terdapat di keliling bakteri.
Erwinia carotovora adalah bakteri bergram negatif, berbentuk batang yang hidup soliter atau
berkelompok dalam pasangan atau rantai. Merupakan bakteri tanpa spora berflagella. Batkeri ini
termasuk jenis fakultatif anaerob.
Famili : Pseudomonadacea
Genus : Acidovorax, Pseudomonas, Rhizobacter, Xanthomonas, Xylophilus
Kingdom : Bacteria
Fillum : Proteobacteria
Kelas : Gamma Proteobacteria
Ordo : Pseudomonadales
Famili : Pseudomonadaceae
Genus : Pseudomonas
Spesies : Pseudomonas aeruginosa
P. aeruginosa adalah bakteri gram negatif yang berbentuk batang halus atau lengkung, motil,
berukuran sekitar 0.6 x 2 mm. Bakteri ini dapat ditemukan soliter, berpasangan dan kadang-
kadang membentuk rantai pendek (Gambar 1). P. aeruginosa merupakan bakteri motil karena
mempunyai flagela monotrika (flagel tunggal pada kutub) dan memerlukan oksigen untuk
motilitas.
P. aeruginosa adalah aerob obligat yang tumbuh dengan mudah pada banyak jenis media
pembiakan, kadangkadang berbau manis seperti anggur atau seperti bau corn taco. Beberapa
strain dari P. aeruginosa menghemolisis agar darah. P. aeruginosa tumbuh dengan baik pada suhu
37 – 42 ºC. Pertumbuhannya pada suhu 42ºC membantu membedakannya dari spesies
Pseudomonas lain dalam kelompok fluoresen. Bakteri ini oksidase positif, nonfermenter tetapi
beberapa strain ada yang mengoksidasi glukosa.
Famili : Rhizobiaceae
Genus : Agrobacterium, Rhizobium
Karakteristik Rhizobium:
a) Obligat aerobic
b) Bentuk sel batang
c) Ukuran 0.5-0.9 µm x 1.2-3.0 µm
d) Tidak membentuk spora
e) Bakteri Gram negatif
20
f) Mengandung enzyme nitrogenase.
g) Cepat tumbuh
h) Pada umumnya Granul tersusun poly- hydroxybutyrate.
i) Bergerak dengan satu flagel atau 2-6 flagel peritrik.
j) Membentuk bintil akar dengan tanaman legume
k) Coloni berwarna putih
l) Coloni melingkar, cembung, semi-translucent, dan mucilaginous.
m) Presentase G+C berkisar antara 59-64%.
Bakteri yang berperan dalam pembusukan daging, salah satunya yaitu bakteri B. subtilis.
Bakteri ini memiliki karakterkarakter tertentu dan spesifik. Berikut adalah klasifikasi B. subtilis :
(Madigan, 2005)
Kingdom:Bacteria
Phylum :Firmicutes
Class :Bacilli
Order :Bacillales
Family :Bacillaceae
Genus :Bacillus
Species : B. Subtilis
dalam ditanah, Beberapa bakteri Arthrobacter bersifat patogen, sementara yang lain bermanfaat
bagi manusia.
(MLO)
5.
8. Devisi IV: MENDISICUTE
Klas : Archaeobacteria
Ciri-ciri :
a. Bentuk sel bulat, batang, vibrio, atau spiral.
b. Gram negative.
c. Perkembangbiakan dengan pembelahan biner.
d. Bergerak dengan flagella atau nonmotil.
e. Fotosintetik.
f. Bakterioklorofil.
g. Berpigmen.
h. Habitat di lingkungan akuatik.
Contoh : Thiospirillum sp., Chromatium sp.
Ciri-ciri :
a. Bentuk sel batang, bola atau filamen.
b. Gram negatif. 22
c. Motil
d. Sel-sel dapat terbenam dalam lendir.
e. Beberapa membentuk tubuh buah. f) Habitat di tanah, bahan tumbuhan
membusuk, lingkungan akuatik.
Contoh : Cytophagales
3. Kelompok 3 : Bakteri Berselongsong
Ciri-ciri :
a. Sel terbungkus dalam selongsong.
b. Bentuk sel batag, atau seperti filmen.
c. Motil.
d. Gram negatif.
e. Beberapa membentuk pelekap (dasar penghisap) yang digunakan untuk
menempelkan diri pada permukaan.
f. Habitat di lingkungan akuatik dan lumpur.
Contoh : Sphaerotilus, Leptothrix, Cladothrix, Crenothrix
Ciri-ciri :
a. Sel dengan prosteka atau pelekap.
b. Perbanyakan dengan berkuncup dan membelah.
c. Motil karena flagela kutub atau nonmotil.
d. Bentuk sel bola, oval, ginjal, batang dengan ujung meruncing, beberapa
menunjukkan pertumbuhan seperti hifa (filament).
e. Habitat di tanah, lingkungan akuatik.
Contoh : Hyphomirobium.
Ciri-ciri :
a. Dinding sel kaku.
b. Bentuk sel batang terpilin-pilin.
c. Motil karena flagella.
d. Gram negatif.
e. Habitat di lingkungan akuatik, organ-organ reproduktif, saluran pencernan, dan
rongga mulut hewan ( termasuk manusia).
f. Patogenesitas. Contoh : Campylobacter fetus.
Contoh : spirillum sp
7. Kelompok 7 : bakteri batang dan kokus aerobik gram negatif
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel batang, lonjong, bola, dimensi khas untuk bakteri.
b. Motil karena flagella atau nonmotil.
c. Aerobik.
d. Gram negatif.
e. Beberapa dapat menambat nitrogen dari udara, dapat mengoksidasi senyawa
berkarbon satu, dapat menghancurkan berbagai macam senyawa.
f. Habitat di tanah, lingkungan akuatik, dan air asin.
g. Patogenesitas.
Contoh : Brucella dan Francisella tularensis.
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel batang pendek.
b. Motil, flagella secara merata tersebar diseluruh permukaan sel atau nonmotil.
c. Anaerobic fakultaif.
d. Habitat di lingkungan akuatik, tanah , makanan, air seni, tinja.
e. Patogenesitas.
Contoh : escherichia coli, salmonella sp.
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : kokus, berpasangan (diplokokus),beberapa kokobasili (batang-
batang pendek),terdapat tunggal dan berpasangan.
b. Nonmotil.
c. Gram negatif.
d. Aerobik.
e. Habitat di saluran lendir manusia dan hewan.
f. Patogenesitas.
Contoh : Neisseria gonorrhoeae dan Neisseria meningitidis.
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel sngat kecil sampai sel-sel bulat yang lebih besar.
b. Nonmotil.
c. Anaerobik.
d. Habitat di saluran pernafasan dan pencernaan manusia dan hewan.
e. Parasitik.
Contoh : Veillonella
Ciri-ciri :
a. Autotrofik atau heterotrofik.
b. Morfologi sel : bola, batang, spiral.
c. Motil karena flagella kutub atau nonmotil.
d. Gram positif atau gram negatif.
e. Anaerobic.
f. Beberapa spesies termofilik.
g. Habitat di saluran gastrointestinal pada hewan, endapan pada lingkungan
akuatik dan limbah.
Contoh : Methanospirillum.
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : batang.
b. Motil karena flagella atau nonmotil.
c. Reaksi gram : kebanyakan gram positif.
d. Aerobic, anaerobic fakultatif, anaerobic, atau mikroaerofilik.
e. Endospora.
f. Habitat di tanah, air, lingkungan akuatik, saluran pencernaan hewan dan
manusia.
g. Patogenesitas. 26
Contoh : Sporosarcina
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel sangat beragam dan pleomorfik, bentuk batang tak
beraturan,filament, dan filamen bercabang, struktur miselium.
b. Nonmotil.
c. Gram positif.
d. Aerobic, anaerobic, atau anaerobic fakultatif.
e. Habitat di tanah, lingkungan akuatik, air, dan binatang serta manusia.
f. Patogenesitas.
Contoh : Mycobacterium tuberculosis
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel :batang pendek, atau lonjong.
b. Gram negatif.
c. Nonmotil.
d. Parasit obligat intraselular ( kultivasi laboratories dalam system kultur jaringan
atau hewan).
e. Habitat di serangga pembawa, burung, dan mamalia terasuk manusia.
f. Patogenesitas.
Contoh : Chlamydia. Rickettsia prowazekii, Chlamydia trachomatis, Coxiella burnetii
19. Kelompok 19 : mikoplasma 27
Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : tidak ada dinding sel sejati, kandungan sel terbungkus oleh
membrn berlapis 3 yang tak kaku.
b. Nonmotil.
c. Gram negatif.
d. Anaerobic fakultatif.
e. Habitat di selaput lendir saluran pernafasan dan saluran alat kelamin bawah.
f. Patogenesitas.
Contoh : koloni mycoplasma molare,Mycoplasma mycoides, M. homonia, M. orale,
Acholeplasma, Spiroplasma
BAB III KESIMPULAN
1.Klasifikasi makhluk hidup didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang dimiliki makhluk hidup,
misalnya bentuk tubuh atau fungsi alat tubuhnya. Makhluk hidup yang memliliki ciri yang sama dikelompokkan
dalam satu golongan. Contoh klasifikasi makhluk hidup adalah berdasarkan ukuran tubuhnya, berdasarkan
lingkungan tempat hidupnya, berdasarkan manfaatnya, dan berdasarkan jenis makanannya.
2. Nomenklatur merupakan metode penamaan yang diperlukan dalam klasifikasi. Nomenklatur digunakan untuk
memberi nama suatu kelompok organisme tertentu. Nomenklatur bertujuan untuk memudahkan komunikasi
antar ilmuwan biologi mengenai jenis makhluk hidup. Sistem nama ini diciptakan oleh Carolus Linnaeus pada
tahun 1753. Nomenklatur merupakan bahasa Latin nomen, yang artinya nama.
3. Klasifikasi adalah meletakkan organisme kedalam kelompok taksonomik berdasarkan persamaan karakter
yang dimiliki. Klasifikasi Bakteri Patogen Tanaman mengikuti Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology,
Ninth Edition (1994)
4. Kelompok Utama Bakteri Berdasarkan Bergey’s Manual Edisi Ke-8 memiliki 19 kelompok bakteri
DAFTAR PUSTAKA
https://www.tentorku.com/sejarah-ciri-karakteristik-bakteri-bacteria-eubacteria/
https://www.gurupendidikan.co.id/ciri-ciri-bakteri/
http://hamdi-iswan.blogspot.com/2015/06/makalah-mikrobiologi-taksonomi-bakteri.html
https://www.scribd.com/doc/30736754/Tata-Cara-Penamaan-Bakteri
http://www.academia.edu/6314918/Makalah_Taksonom