MAKALAH

TAKSONOMI BAKTERI

Dosen Pengampu :
Panca Nugrahini F.N, S.T ., M.T

Disusun Oleh :

Kelompok 4

Tri Hantoro 2215051118

Egi Galuh Yuliana 2255041003
Syifa Syarifa Hikmatullah 2215041105
Dhea Wisudawati 2215041124
Lulu Mumtaz P 2215041128

MATA KULIAH MIKROBIOLOGI TEKNIK

PROGRAM STUDI S-1 TEKNIK KIMIA
FAKULTAS TEKNIK
UNIVERSITAS LAMPUNG
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah memberikan rahmat dan hidayah- Nya sehingga
kami dapat menyelesaikan makalah yang berjudul "Taksonomi Bakteri” ini tepat pada waktunya.

Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu Panca Nugrahini, S.T., M.T, selaku dosen mata kuliah
Mikrobiologi Teknik yang telah memberikan tugas ini sehingga dapat menambah pengetahuan dan wawasan
sesuai dengan bidang studi yang kami tekuni. Kami juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak atas
bantuan dan perhatiannya selama penyusunan makalah ini sehingga makalah ini dapat terselesaikan dengan
baik.

Kami menyadari dalam penulisan serta penyusunan makalah ini masih jauh dari kata sempurna. Oleh
sebab itu, kritik dan saran dari segala pihak yang bersifat membangun akan kami nantikan demi terciptanya
kesempurnaan makalah ini.

Bandar Lampung, 09 Mei 2023

Kelompok 4

ii
DAFTAR ISI

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata
telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia
mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan
atau pengklasifikasian. Hal itu nampak dari kemampuannya menginfeksi manusia, hewan, serta tanaman,
menimbulkan penyakit yang berkisar dari infeksi ringan sampai pada kematian.

Mempelajari bakteri merupakan bagian yang sangat penting bagi kehidupan manusia dan sangat penting dipelajari
olah manusia. Mengingat pentingnya untuk mempelajari tentang bakteri, maka ilmu bakteriologi ini tidak bisa
dipelajari sembarangan, harus ada orang-orang yang sangat ahli dalam ilmu tersebut.

Taksonomi merupakan cabang ilmu dari biologi yang masih sangat erat dipergunakan dalam kehidupan sehari-
hari. Unsur-unsur taksonomi langsung maupun tidak, selalu ada dalam kehidupan manusia hingga saat ini.
Keanekaragaman sifat dan ciri yang dimiliki suatu makhluk hidup sesungguhnya menggambarkan keanekaragaman
potensi dan manfaat yang dapat digali. Bila data dan informasi ilmiah mengenai sumber daya hayati belum
sepenuhnya dapat diungkap maka kepunahan suatu makhluk hidup sama artinya dengan kehilangan kesempatan untuk
memanfaatkan potensi yang dimiliki makhluk hidup tersebut. Seperangkat gen yang ikut hilang bersama peristiwa
kepunahan itu mungkin memiliki potensi dan manfaat yang tidak akan dijumpai lagi pada makhluk hidup yang lain.

Bakteri ini sangat bermamfaat untuk di pelajari di dalam dunia pendidikan gunanya agar mengetahui karakteristik,
morfologi, fungsi dan lain-lain dari bakteri tersebut. Bakteri pada dasarnya ada yang menguntungkan dan ada juga
yang merugikan bagi kehidupan.

1.2 Capaian Pembelajaran

Setelah mengikuti kegiatan pembelajaran ini diharapkan Mahasiswa dapat memahami dan menjelaskan materi
tentang Taksonomi Bakteri .

1.3 Tujuan Umum

Setelah membaca makalah ini diharapkan agar pembaca dapat mengetahui dan memahami tentang Taksonomi
Bakteri.

1.4 Tujuan Khusus

1. Mengetahui apa saja karakteristik taksonomi bakteri .

2. Mengetahui tentang tata nama bakteri.
3. Mengetahui tentang bagaimana pengklasifikasian bakteri secara umum.

iv
 BAB II

ISI

2.1. Karakteristik Taksonomi Bakteri

Bakteri pertama kali diamati oleh ahli mikroskop dari Belanda, Antonie van Leeuwenhoek pada tahun 1676,
menggunakan mikroskop lensa tunggal buatannya sendiri. Ia menyebut Bacteria sebagai “animalcules” yang berarti
hewan kecil. Barulah pada tahun 1828 Christian Gottfried Ehrenberg memperkenalkan kata “bacterium” yang berarti
tongkat, karena “bacterium” tersebut adalah genus yang terdiri dari kelompok bakteri yang berbentuk tongkat.
Sebuah langkah maju yang besar dalam studi Bakteri datang pada tahun 1977 ketika Carl Woese menyadari bahwa
Arkea memiliki garis keturunan evolusi yang terpisah dari Bakteri. Taksonomi filogenetik baru ini bergantung pada
urutan RNA ribosom 16S, dan membagi Prokariota menjadi dua domain evolusi (Bacteria dan Archaea), sebagai
bagian dari sistem tiga-domain (Bacteria, Archaea, dan Eukarya).

Kata taksonomi diciptakan oleh A.P. de Candolle, seorang ahli tumbuhan bangsa Swiss di herbarium Genewa,
yang artinya teori tentang klasifikasi tumbuhan (Rideng, 1989). Secara etimologi taksonomi berasal dari bahasa
Yunani: takson artinya unit atau kelompok, dan nomos artinya hukum. Jadi definisi taksonomi adalah hukum atau
aturan yang digunakan untuk menempatkan suatu makhluk hidup pada takson tertentu.

Kegiatan pokok taksonomi tumbuhan adalah sebagai berikut:

1. Penamaan
2. Penelaahan ciri-ciri
3. Penggolongan

Seorang ahli taksonomi harus mempunyai pengetahuan tentang morfologi, embriologi, anatomi, sitogenetika dan
ilmu jenis lainnya. Ada pun urutan penggolongan dalam ilmu taksonomi sebagai berikut: fase eksplorasi, fase
konsolidasi, fase biosistematika, dan fase ensiklopedik.

Kenapa dibutuhkan ilmu taksonomi? Ilmu taksonomi digunakan untuk penemuan flora dan fauna, memberikan
sebuah metode identifikasi yang tepat sehingga menghasilkan sistem klasifikasi yang terkait dan menyeluruh sehingga
nantinya dihasilkan nama ilmiah yang benar pada setiap takson tumbuhan sesuai dengan aturan tata nama tumbuhan,
membuat keteraturan dan keharmonian ilmu pengetahuan organisme sehingga tercipta suatu sistem yang sederhana
dan dapat digunakan orang lain.

Untuk membuat taksonomi tumbuhan biasanya digunakan cara determinasi. Determinasi yaitu membandingkan
suatu tumbuhan dengan tumbuhan lainnya yang sudah dikenal sebelumnya.

Sejak tahun 1753 sistem polynomial digantikan dengan binomial sejak publikasi “Systema Plantarum” oleh
Carolus Linnaeus dan berlaku secara internasional.
Sistem binomial yaitu sistem penamaan di mana nama jenis terdiri dari dua kata, kata pertama adalah nama marga dan
kata kedua merupakan penunjuk jenis atau spesies epithet. Contoh: Hibiscus tiliaceus.

Klasifikasi ilmiah menunjuk ke bagaimana ahli biologi mengelompokkan dan mengkategorikan spesies dari
organisme yang punah maupun yang hidup. Klasifikasi modern berakar pada sistem Carolus Linnaeus, yang
mengelompokkan spesies menurut kesamaan sifat fisik yang dimiliki. Pengelompokan ini sudah direvisi sejak
Carolus Linnaeus untuk menjaga konsistensi dengan asas sifat umum yang diturunkan dari Darwin.

Untuk mengenali dan mempelajari makhluk hidup secara keseluruhan tidak mudah sehingga dibuat klasifikasi
(pengelompokan) makhluk hidup. Klasifikasi makhluk hidup adalah suatu cara memilah dan mengelompokkan
makhluk hidup menjadi golongan atau unit tertentu. Urutan klasifikasi makhluk hidup dari tingkat tertinggi ke
terendah (yang sekarang digunakan) adalah Domain (Daerah), Kingdom (Kerajaan), Phylum atau Filum
(hewan)/Divisio (tumbuhan), Classis (Kelas), Ordo (Bangsa), Famili (Suku), Genus (Marga), dan Spesies (Jenis).

Klasifikasi makhluk hidup didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang dimiliki makhluk hidup, misalnya
bentuk tubuh atau fungsi alat tubuhnya. Makhluk hidup yang memliliki ciri yang sama dikelompokkan dalam satu
golongan.
Contoh klasifikasi makhluk hidup adalah:
1) Berdasarkan ukuran tubuhnya.
Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi pohon, perdu, dan semak.

2) Berdasarkan lingkungan tempat hidupnya.

v
 Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi tumbuhan yang hidup di lingkungan kering (xerofit), tumbuhan
yang hidup di lingkungan air (hidrofit), dan tumbuhan yang hidup di lingkungan lembap (higrofit).
3) Berdasarkan manfaatnya.
Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi tanaman obat-obatan, tanaman sandang, tanaman hias, tanaman
pangan dan sebagainya
4) Berdasarkan jenis makanannya.
Contoh: Hewan dikelompokkan menjadi hewan pemakan daging (karnivora), hewan pemakan tumbuhan
(herbivora), dan hewan pemakan hewan serta tumbuhan (omnivora).

Cara pengelompokan makhluk hidup seperti ini dianggap kurang sesuai yang disebabkan karena dalam
pengelompokan makhluk hidup dengan cara demikian dibuat berdasarkan keinginan orang yang
mengelompokkannya.

2.1.1. Pengertian Bakteri

Bakteri, berasal dari kata Latin, bacterium (jamak, bacteria); adalah kelompok raksasa dari organisme hidup.
Mereka sangatlah kecil (mikroskopik) dan kebanyakan uniselular (bersel tunggal), dengan struktur sel yang relatif
sederhana tanpa nukleus/inti sel, sitoskeleton, dan organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Struktur sel mereka
dijelaskan lebih lanjut dalam artikel mengenai prokariota, karena bakteri merupakan prokariota, untuk membedakan
mereka dengan organisme yang memiliki sel lebih kompleks, disebut eukariota. Istilah “bakteri” telah diterapkan
untuk semua prokariota atau untuk kelompok besar mereka, tergantung pada gagasan mengenai hubungan mereka.

Bakteri adalah yang paling berkelimpahan dari semua organisme. Mereka tersebar (berada di mana-mana) di
tanah, air, dan sebagai simbiosis dari organisme lain. Banyak patogen merupakan bakteri. Kebanyakan dari mereka
kecil, biasanya hanya berukuran 0,5-5 μm, meski ada jenis dapat menjangkau 0,3 mm dalam diameter
(Thiomargarita). Mereka umumnya memiliki dinding sel, seperti sel hewan dan jamur, tetapi dengan komposisi
sangat berbeda (peptidoglikan). Banyak yang bergerak menggunakan flagela yang berbeda dalam strukturnya dari
flagela kelompok lain.

2.1.2. Respirasi Bakteri

Terdapat dua kelompok besar Eubacteria berdasarkan respirasinya, yaitu Bakteri anaerob dan aerob. Bakteri aerob
adalah Eubacteria yang memerlukan oksigen untuk tumbuh, sedangkan Bakteri anaerob adalah Eubacteria yang tidak
memerlukan oksigen untuk tumbuh. Bakteri anaerob ini dapat bereaksi negatif dan mati apabila terpapar oksigen.
Terdapat tiga kategori pada organisme anaerob, yaitu :
 Anaerob obligat, yang bereaksi negatif pada adanya oksigen.
Contoh: Actinomyces, Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Peptostreptococcus, Porphyromonas,
Prevotella, dan Veillonella
 Autotoleran, yang tidak dapat menggunakan oksigen untuk tumbuh, tetapi dapat menoleransi keberadaan
oksigen.
 Anaerob fakultatif, yang dapat tumbuh tanpa oksigen, tetapi menggunakan oksigen apabila tersedia.
Contoh: Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Escherichia coli, Listeria spp., dan Shewanella oneidensis.

2.1.3. Cara Bakteri Memperoleh Makanan

Berdasarkan cara memperoleh makanan, Eubacteria dapat dibedakan menjadi Bakteri autotrof dan Bakteri
heterotrof. Bakteri autotrof adalah bakteri yang menghasilkan senyawa organik kompleks (seperti karbohidrat, lemak,
dan protein) dari zat-zat sederhana yang ada di sekitarnya, umumnya menggunakan energi dari cahaya (fotosintesis)
atau reaksi kimia anorganik (kemosintesis). Autotrof dapat mereduksi karbon dioksida untuk membuat senyawa
organik untuk biosintesis dan juga membuat simpanan energi kimia. Kebanyakan autotrof menggunakan air sebagai
zat pereduksi, tetapi beberapa dapat menggunakan senyawa hidrogen lain seperti hidrogen sulfida.

Berdasarkan sumber energinya autotrof bisa dibedakan menjadi dua, yaitu fotoautotrof dan kemoautotrof.
Fotoautotrof menggunakan cahaya sebagai sumber energi, sedangkan kemoautotrof memanfaatkan donor elektron
sebagai sumber energi, baik dari sumber organik atau anorganik; Namun dalam kasus autotrof, donor elektron ini
berasal dari sumber kimia anorganik. Kemoautotrof disebut juga litotrof, karena litotrof menggunakan senyawa
anorganik, seperti hidrogen sulfida, unsur sulfur, amonium dan besi, sebagai zat pereduksi untuk biosintesis dan
penyimpanan energi kimia.

 Contoh Bakteri fotoautotrof: Cyanobacteria, Green sulfur bacteria, Chloroflexi, atau Purple bacteria.
 Contoh Bakteri kemoautotrof: Thermodesulfobacteria, Hydrogenophilaceae, atau Nitrospirae.

vi
 Bakteri heterotrof adalah Eubacteria yang tidak dapat mengikat karbon sehingga menggunakan karbon organik
untuk tumbuh. Bakteri heterotrof memiliki dua kelompok besar, yaitu Bakteri saprofit dan Bakteri parasit. Bakteri
saprofit hidup pada sisa-sisa organisme lain, seperti bangkai dan kotoran, sedangkan Bakteri parasit mengambil
makanan dari inangnya, misalnya Bakteri patogen pada manusia.

2.1.4. Reproduksi Bakteri Kebanyakan

Bacteria bereproduksi secara aseksual dengan membelah menjadi dua, proses ini disebut dengan pembelahan
biner. Kedua sel-sel baru tumbuh dan kemudian masing-masing membelah lagi untuk membentuk dua sel baru,
sehingga menghasilkan total empat sel dengan DNA yang identik dari sel induk tunggal. Beberapa spesies membagi
hanya setiap 16 jam atau lebih. Pada Bakteri yang dapat tumbuh dengan cepat, pembelahan dapat terjadi setiap 15
menit, sehingga menghasilkan miliaran bakteri dengan DNA yang identik hanya dalam waktu 24 jam.

Beberapa Bacteria dapat bertukar materi genetik horizontal sebelum menjalankan proses pembelahan. Pada
spesies ini, struktur seperti tabung terbentang di antara dua sel bakteri, proses kontak antar sel ini disebut konjugasi.
Saat konjugasi, Bakteri donor mengirimkan bagian dari DNA-nya ke Bakteri penerima. Hal ini memungkinkan
Bakteri untuk mengirimkan sifat genetik tertentu, seperti resistensi obat pada Bakteri lain dalam populasi mereka.

Proses transfer gen horizontal juga dapat terjadi melalui transformasi dan transduksi, walaupun proses ini tidak
melibatkan kontak antar sel. Transformasi adalah perubahan genetik dari sel yang dihasilkan dari penyerapan
langsung dan penggabungan materi genetik eksogen (DNA eksogen) dari lingkungan (luar)-nya yang diambil melalui
membran sel. Transduksi adalah proses dimana DNA ditransfer dari satu Bakteri ke Bakteri lain dengan virus.

2.1.5. Ciri-Ciri Bakteri

A. Bersel tunggal
Mungkin ciri paling sederhana dari bakteri adalah keberadaan mereka sebagai organisme bersel tunggal.
Sementara sebagian besar bakteri, archaeans dan Eubacteria sama, menghabiskan seluruh siklus hidup
mikroskopis mereka sebagai sel tunggal independen, beberapa seperti dalam tanah myxobacteria akan
membentuk tubuh berbuah multiseluler sebagai bagian dari siklus hidup mereka.
B. Tidak ada Organel
Sel eukariotik, seperti tanaman, hewan dan jamur, memiliki inti yang terikat membran yang
compartmentalizes DNA sel dari sisa sel. Fungsi lain di dalam sel-sel ini juga diserap ke membran-terikat
organel khusus, seperti mitokondria untuk respirasi sel dan kloroplas untuk fotosintesis. Bakteri tidak
memiliki nukleus dan organel kompleks dalam sel mereka. Ini bukan untuk mengatakan bahwa bakteri tidak
memiliki organisasi internal, DNA mereka sering diasingkan ke wilayah sel bakteri yang dikenal sebagai
nucleoid tersebut. Namun, penting untuk dicatat bahwa nucleoid tersebut tidak secara fisik dipisahkan dari
seluruh sel dengan membran.

C. Plasma Membran
Meskipun membran plasma yang umum di seluruh sel hidup lainnya, membran ini bukan fitur bakteri.
Tidak adanya organel internal yang pada akhirnya menurunkan banyak fungsi yang terjadi dalam sel-sel
eukariotik terjadi pada membran plasma bakteri. Misalnya, infoldings khusus dari membran plasma
memungkinkan bakteri fotosintetik untuk melakukan reaksi tergantung cahaya fotosintesis sehingga
fotosintesis eukariota dilakukan pada selaput thykaloid dalam kloroplas.

D. Dinding sel
Sebuah dinding sel peptidoglikan adalah fitur umum di antara Eubacteria. Dinding sel ini menyelubungi
sel bakteri, memberikan kekuatan dan mencegah pecah di lingkungan yang berubah. Salah satu pengujian
yang mendasar dilakukan dalam mengidentifikasi bakteri adalah pewarnaan Gram, yang mengkategorikan
sebagai Eubacteria Gram positif atau Gram negatif didasarkan pada kemampuan dinding sel untuk
mempertahankan kristal violet pewarna. Dinding sel merupakan target antibiotik penisilin dan turunannya.
Penisilin menghambat pembentukan dinding sel dan dapat menghancurkan dinding, terutama di cepat tumbuh
dan berkembang biak bakteri. Sekali lagi menggarisbawahi keragaman dalam kelompok ini, tidak semua
Eubacteria memiliki dinding sel peptidoglikan. Dinding sel klamidia tidak memiliki peptidoglikan. Kurangnya
Mycoplasma setiap dinding sel. Archaea juga memiliki dinding sel tetapi menggunakan bahan selain
peptidoglikan. Karakteristik Umum Bakteri

E. DNA
Beberapa, kromosom linier sering diwakili grafis dalam buku teks biologi yang khusus untuk eukariota.
Sebaliknya, baik archaea dan Eubacteria memiliki kromosom tunggal melingkar dan sebuah urutan DNA jauh
lebih pendek daripada yang ditemukan pada eukariota. Semakin pendek urutan DNA mungkin sebagian dapat
dijelaskan oleh relatif berkurang kompleksitas sel bakteri tetapi juga hasil dari berkurangnya keberadaan
intron – segmen gen yang dikeluarkan selama terjemahan DNA menjadi protein. Genom bakteri ditambah
dengan fragmen kecil dari DNA yang dikenal sebagai plasmid, meskipun ini tidak unik untuk bakteri dan juga
vii
 dapat ditemukan pada eukariota. Plasmid yang direplikasi dalam sel bakteri independen dari kromosom
bakteri dan dapat dipertukarkan antara organisme bakteri yang berbeda. Plasmid mungkin memberikan atribut
ke sel inang seperti resistensi antibiotik.

F. Bentuk sel bakteri

Pada umumnya bakteri dibagi menjadi tiga golongan besar (berdasarkan bentuknya) yaitu:
1 Kokus (Coccus)
Kokus adalah bakteri yang berbentuk bulat seperti bola dan mempunyai beberapa variasi
sebagai berikut:
a) Mikrococcus, jika kecil dan tungga.
b) Diplococcus, jka berganda dua-dua
c) Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar
d) Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus
e) Staphylococcus, jika bergerombol
f) Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai

2 Basil (Bacillus)
Bacil adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi
sebagai berikut:
a) Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua
b) Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai

3 Spiral (Spirilum)
Spiral adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:
a) Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah lingkaran (bentuk koma)
b) Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran
c) Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.

G. Ukuran sel bakteri

a) Sangat kecil dan bervariasi : 1,0 - 5,0 x 0,5 - 1,0 μm, diameter 0,6 - 3,5 μm
b) Diamati dengan mikroskop pada pembesaran maksimum (100 X) c)
Detil struktur sel dapat diamati dengan menggunakan mikroskop elektron

H. Struktur Sel bakteri

Struktur Sel bakteri dapat dibagi atas 3 bagian utama yaitu :
a) Dinding sel
b) Bagian internal berupa protoplasma yang mengandung :
c) Membran sel
d) Inclusion body
e) Mesosom
f) Ribosom g) Nukleoid (DNA)

I. Bagian eksternal
a) Kapsul
b) Flagela
c) Pili

J.Umumnya tidak memiliki klorofil

K. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam.
L. Ciri umum lainnya dari bakteri hidup adalah mereka makhluk yang parasit (membutuhkan inang seperti
manusia atau hewan) tapi ada juga yang hidup bebas. M. Habitat bakteri dapat tinggal dilingkungan yang
keras seperti air panas, kawah, gambut

Sebagai bagian dari perlindungan, bakteri dapat mensekresikan lendir ke permukaan dinding sel. 8-10 %
fosfolipid dan protein adalah penyusun membran sitoplasma dan bakteri. Bakteri ada yang memiliki ekor juga
disebut dengan flagela untuk bergerak sedangkan bakteri yang tidak memiliki flagela bergerak dengan cara
seperti berguling (Rosihan, 2015).

2.2. Tata Nama Bakteri

Nomenklatur merupakan metode penamaan yang diperlukan dalam klasifikasi. Nomenklatur digunakan untuk
memberi nama suatu kelompok organisme tertentu. Nomenklatur bertujuan untuk memudahkan komunikasi antar
ilmuwan biologi mengenai jenis makhluk hidup. Sistem nama ini diciptakan oleh Carolus Linnaeus pada tahun 1753.
Nomenklatur merupakan bahasa Latin nomen, yang artinya nama.

viii
 Tata cara atau aturan penamaan bakteri menurut nomenklatur adalah tata nama binomial. Tata nama binomial
(binomial berarti 'dua nama') merupakan aturan penamaan baku bagi semua organisme (makhluk hidup) yang terdiri
dari dua kata dari sistem taksonomi (Biologi), dengan mengambil nama genus dan nama spesies. Nama yang dipakai
adalah nama baku yang diberikan dalam bahasa Latin atau bahasa lain yang dilatinkan. Aturan ini pada awalnya
diterapkan untuk fungi, tumbuhan dan hewan oleh penyusunnya(Carolus Linnaeus), namun kemudian segera
diterapkan untuk bakteri pula. Sebutan yang disepakati untuk nama ini adalah 'nama ilmiah' (scientific name). Orang
awam seringkali menyebutnya sebagai "nama latin" meskipun istilah ini tidak tepat sepenuhnya, karena sebagian
besar nama yang diberikan bukan istilah asli dalam bahasa latin melainkan nama yang diberikan oleh orang yang
pertama kali memberi pertelaan atau deskripsi (disebut deskriptor) lalu dilatinkan.

Aturan penamaan binomial pada bakteri sama dengan aturan penamaan binomial pada tumbuhan. Secara umum,
tata nama binomial atau sistem binomial nomenklatur memiliki aturan-aturan dasar sebagai berikut.
 Aturan penulisan dalam tatanama binomial selalu menempatkan nama ("epitet" dari epithet) genus di awal dan
nama ("epitet") spesies mengikutinya.
 Nama genus selalu diawali dengan huruf kapital (huruf besar, uppercase) dan nama spesies selalu diawali dengan
huruf biasa (huruf kecil, lowercase).
 Penulisan nama ini tidak mengikuti tipografi yang menyertainya (artinya, suatu teks yang semuanya menggunakan
huruf kapital/balok, misalnya pada judul suatu naskah, tidak menjadikan penulisan nama ilmiah menjadi huruf
kapital semua) kecuali untuk hal berikut:
1. Pada teks dengan huruf tegak (huruf latin), nama ilmiah ditulis dengan huruf miring (huruf italik), dan
sebaliknya.
Contoh: Glycine soja, Mycobacterium tuberculosis. Perlu diperhatikan bahwa cara penulisan ini adalah
konvensi yang berlaku saat ini sejak awal abad ke-20. Sebelumnya, seperti yang dilakukan pula oleh Carolus
Linnaeus, nama atau epitet spesies diawali dengan huruf besar jika diambil dari nama orang atau tempat.

2. Pada teks tulisan tangan, nama ilmiah diberi garis bawah yang terpisah untuk nama genus dan nama spesies.
 Nama lengkap (untuk hewan) atau singkatan (untuk tumbuhan) dari deskriptor boleh diberikan di
belakang nama spesies dan ditulis dengan huruf tegak (latin) atau tanpa garis bawah (jika tulisan
tangan). Jika suatu spesies digolongkan dalam genus yang berbeda dari yang berlaku sekarang, nama
deskriptor ditulis dalam tanda kurung. Contoh: Glycine max Merr., Passer domesticus (Linnaeus, 1978)
— yang terakhir semula dimasukkan dalam genus Fringilla, sehingga diberi tanda kurung (parentesis).
 Pada penulisan teks yang menyertakan nama umum/trivial, nama ilmiah biasanya menyusul dan
diletakkan dalam tanda kurung. Contoh pada suatu judul: "PENGUJIAN DAYA TAHAN KEDELAI
(Glycine max Merr.) TERHADAP BEBERAPA TINGKAT SALINITAS". (Penjelasan: Merr. adalah
singkatan dari deskriptor (dalam contoh ini E.D. Merrill) yang hasil karyanya diakui untuk
menggambarkan Glycine max. Nama Glycine max diberikan dalam judul karena ada spesies lain,
Glycine soja, yang juga disebut kedelai.).
 Nama ilmiah ditulis lengkap apabila disebutkan pertama kali. Penyebutan selanjutnya cukup dengan
mengambil huruf awal nama genus dan diberi titik lalu nama spesies secara lengkap. Contoh: Tumbuhan
dengan bunga terbesar dapat ditemukan di hutan-hutan Bengkulu, yang dikenal sebagai padma raksasa
(Rafflesia arnoldii). Di Pulau Jawa ditemukan pula kerabatnya, yang dikenal sebagai R. patma, dengan
ukuran bunga yang lebih kecil. Sebutan E. coli atau T. rex berasal dari konvensi ini.
 Singkatan "sp." (zoologi) atau "spec." (botani) digunakan jika nama spesies tidak dapat atau tidak perlu
dijelaskan. Singkatan "spp." (zoologi dan botani) merupakan bentuk jamak. Contoh: Canis sp., berarti
satu jenis dari genus Canis; Adiantum spp., berarti jenis-jenis Adiantum.
 Sering dikacaukan dengan singkatan sebelumnya adalah "ssp." (zoologi) atau "subsp." (botani) yang
menunjukkan subspesies yang belum diidentifikasi. Singkatan ini berarti "subspesies", dan bentuk
jamaknya "sspp." atau "subspp."
 Singkatan "cf." (dari confer) dipakai jika identifikasi nama belum pasti. Contoh: Corvus cf. splendens
berarti "sejenis burung mrip dengan gagak (Corvus splendens) tapi belum dipastikan sama dengan
spesies ini".

Selain aturan umum yang tersebut di atas, terdapat aturan khusus penamaan bakteri menurut nomenklatur
yang sama dengan aturan penamaan pada tumbuhan.
 Pemberian nama kelas, bangsa, dan famili
a) Nama Kelas biasanya berakhiran –acea
b) Nama Ordo biasanya berakhiran –ales
c) Nama Familia biasa berakhiran –aceae

 Pemberian nama genus dan spesies

Di dalam penamaan tidak ada penggolongan prokariotik, tetapi nama yang diberikan pada prokariotik
diatur dalam Kode Internasional tata nama Bakteri (International Code of Nomenclature of Bacteria).
Bakteri juga menggunakan sistem pemberian nama binomial (binomial name) yang diajukan Carolus

ix
 Linnaeus, ilmuwan Swedia kelahiran 23 Mei 1707, sedangkan untuk tanaman pada tahun 1753. Sistem
penamaan nama ini dikenal dengan sebutan “Binomial nomenclatur” yaitu merupakan sistem tata nama
terdiri dari 2 bagian, yaitu bagian pertama sebagai nama genus dan bagian kedua sebagai penunjuk
spesies (epitheton specificum). Nama genus dimulai dengan huruf besar dan penunjuk spesies ditulis
dengan huruf kecil. Misalnya Streptococcus pneumoniae. Nama genus dapat memberi keterangan
mengenai genus tersebut

Nama bakteri dapat berasal dari kata baru yang disesuaikan dengan bahasa Latin atau nama seseorang
(penyelidik) yang dilatinkan. Contoh :
a) Bentuk
 Bacillus : batang
 Clostridium : spindle, pintalan yang halus
 Micrococcus : butir kecil

b) Nama Penyelidik
 Erwinia : dari nama Erwin
 Pasteurella : dari nama Pasteur
 Salmonella : dari nama Salmon
 Brucella : dari nama Bruce
 Clostridium welchii : ditemukan oleh Welch

Nama ilmiah (scientific name) pada kehidupan sehari-hari yang lebih banyak dipakai adalah :
 Sifilis : Treponema pallidum
 Lepra : Mycobacterium leprae
 Koch, TBC : Mycobacterium tuberculosis Spesies adalah suatu suatu mikroorganisme yang sudah tertentu.

Spesies bakteri ditentukan oleh:

 Sifat-sifat struktural yang terdiri dari bentuk, besar, cara pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan gram serta
pertumbuhan makroskopik (sifat-sifat koloni).
 Sifat-sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi, produk-produk akhir metaboisme, susunan biokimiawi
komponen sel dan metabolit-metabolitnya.
 Sifat-sifat fisiologisnya terhadap oksigen, temperatur, PH, dan repon terhadap zat-zat anti bakteri.
 Sifat ekologi.
 Komposisi basa DNA, homologi dan sifat-sifat genetik.

Contoh :

Kingdom : Procaryotae
Subkingdom : Eubacteria
Divisio : Cyanobacteria
Subdivisio : Bacteria
Kelas : Actinomycetacea
Ordo : Actinomycetales
Familia : Mycobacteriaceae
Genus : Mycobacterium
Spesies : Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium lepre
Mycobacterium bovis
Mycobacterium phlei

2.3. Klasifikasi umum Bakteri

Klasifikasi adalah meletakkan organisme kedalam kelompok taksonomik berdasarkan persamaan karakter yang
dimiliki. Klasifikasi Bakteri Patogen Tanaman mengikuti Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, Ninth
Edition (1994).

2.3.1. Tujuan Pengklasifikasian Makhluk Hidup

1. Mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan persamaan ciri-ciri yang dimiliki

2. Mengetahui ciri-ciri suatu jenis makhluk hidup untuk membedakannya dengan makhluk hidup dari jenis lain
3. Mengetahui hubungan kekerabatan makhluk hidup memberi nama makhluk hidup yang belum diketahui
namanya atau belum memiliki nama

x
2.3.2. Manfaat Klasifikasi Makhluk Hidup

1. Klasifikasi memudahkan kita dalam mmpelajari makhluk hidup yang sangat beraneka ragam
2. Klasifikasi membuat kita mengetahui hubungan kekerabatan antarjenis makhluk hidup
3. Klasifikasi memudahkan komunikasi

2.3.3. Sejarah Klasifikasi

1. Aristoteles (384 – 322 SM), mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kelompok, yaitu tumbuhan dan
hewan. Tumbuhan dikelompokkan menjadi herba, semak dan pohon. Sedangkan hewan digolongkan menjadi
vertebrata dan avertebrata.

2. John Ray (1627 – 1708), merintis pengelompokkan makhluk hidup kearah grup-grup kecil. Ia telah
melahirkan konsep tentang jenis dan spesies.

3. Carolus Linnaeus (1707 – 1778), mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan pada kesamaan struktur. Ia
juga mengenalkan pada system tata nama makhluk hidup yang dikenal dengan binomial nomenklatur. Karena
itu Carolus linneaus dikenal sebagai bapak Taksonomi dunia

4. R.H Whittaker pada tahun 1969 mengelompokkan makhluk hidup menjadi 5 (lima) kingdom / kerajaan,
yaitu: Monera, Protista, Fungi, Plantae dan Animalia.
a) Monera (bakteri dan ganggang biru) Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Monera memiliki
sel prokariotik. Kelompok ini terdiri dari bakteri dan ganggang hijau biru (Cyanobacteria)
b) Protista (ganggang dan protozoa) Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista rnemiliki sel
eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak
berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari
Protista menyerupai hewan (Protozoa) dan Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), dan Protista
menyerupai jamur.
c) Fungi (jamur) Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara
makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat
parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan
jamur air (Oomycota).
d) Plantae (tumbuhan) Tumbuhan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya terdiri dari banyak sel yang telah
berdiferensiasi membentuk jaringan. Tumbuhan memiliki kloroplas sehingga dapat membuat
makanannya sendiri (bersifat autotrof). Kelompok ini terdiri dari tumbuhan lumut, tumbuhan paku,
tumbuhan berbiji terbuka, dan tumbuhan berbiji tertutu.
e) Animalia (hewan) Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel .yang telah
berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat
heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata)
dan hewan bertulang belakang (vertebrata).

2.3.4. Sistem Klasifikasi Domain

Belakangan, sistem Kingdom sempat dianggap basi, sehingga dibentuk sistem baru yang menambah
urutan dan memiliki lebih sedikit jenis, yaitu Domain. Ada tiga jenis Domain, yaitu:
1. Archaea (dari Archaebacteria)
2. Bacteria (dari Eubacteria)
3. Eukarya (termasuk fungi, hewan, tumbuhan, dan protista)

2.3.5. Sistem Klasifikasi Enam Kingdom (Menurut Woese tahun 1977)

xi
 Semula para ahli hanya mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kerajaan, yaitu kerajaan tumbuhan
dan kerajaan
hewan. Dasar para ahli mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kerajaan yaitu:
1. Kenyataan bahwa sel kelompok tumbuhan memiliki dinding sel yang tersusun dari selulosa.

2. Tumbuhan memiliki klorofil sehingga dapat membuat makanannya sendiri melalui proses fotosintesis dan
tidak dapat berpindah tempat dan hewan tidak memiliki dinding sel sementara hewan tidak dapat
membuat makanannya sendiri dan umumnya dapat berpindah tempat.

Namun ada tumbuhan yang tidak dapat membuat makanannya sendiri, yaitu jamur (fungi). Berarti
tumbuhan berbeda dengan jamur maka para ahli taksonomi kemudian mengelompokkan makhluk hidup
menjadi tiga kelompok, yaitu Plantae (tumbuhan), Fungi (jamur), dan Animalia (hewan).

Setelah para ahli mengetahui struktur sel (susunan sel) secara pasti, makhluk hidup dikelompokkan
menjadi empat kerajaan, yaitu Prokariot, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan ada
tidaknya membran inti sel. Sel yang memiliki membran inti disebut sel eukariotik sedangkan sel yang tidak
memiliki membran inti disebut sel prokariotik.

Pada tahun 1969 Robert H. Whittaker mengelompokkan makhluk hidup menjadi lima kingdom, yaitu
Monera, Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan pada susunan sel, cara
makhluk hidup memenuhi makanannya, dan tingkatan makhluk hidup. Namun sistem ini kemudian diubah
dengan dipecahnya kingdom monera menjadi kingdom Eubacteria dan Archaebacteria.

Penjelasan mengenai sistem klasifikasi makhluk hidup enam kingdomyaitu sebagai berikut:
1. Kingdom Eubacteria
Para makhluk hidup di Kingdom Eubacteria berupa makhluk hidup sel tunggal (uniseluler). Makhluk
hidup
yang dimasukkan dalam kerajaan Eubacteria memiliki sel prokariotik (sel sederhana yang tidak
mempunyai kapsul sebagai lapisan terluarnya dan dinding sel didalamnya). Eubacteria juga dikenal
dengan istilah bakteria.

2. Kingdom Archaebacteria
Pada tahun 1977 seorang mikrobiolog bernama Carl Woese dan peneliti lain dari university of Illinois
menemukan suatu kelompok bakteri yang memiliki ciri unik dan berbeda dari anggota kingdom Monera
lainnya.

Kelompok tersebut dinamakan Archaebacteria. Archaebacteria lebih mendekati makhluk hidup eukariot
dibandingkan bakteri lain yang merupakan prokariot. Hal itu menyebabkan terciptanya sistem klasifikasi
enam kingdom pemisah kingdom Archaebacteria dari anggota kingdom Monera lain yang kemudian
disebut Eubacteria.

Namun hingga sekarang yang diakui sebagai sistem klasifikasi standar adalah sistem Lima Kingdom yang
ditemukan oleh Whittaker. Makhluk hidup di Kingdom Archaebacteria tidak jauh berbeda dengan yang
ada di Kingdom Eubacteria karena mereka dulunya satu Kingdom. Namun Archaebacteria umumnya
tahan di lingkungan yang lebih ekstrim.

3. Kingdom Protista
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista memiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh
yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat
antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), Protista
menyerupai jamur, dan Protista menyerupai hewan (Protozoa, Protos: pertama, zoa: hewan). Protozoa
mempunyai klasifikasi berdasarkan sistem alat geraknya, yaitu Flagellata/Mastigophora (bulu cambuk,
contoh Euglena, Volvox, Noctiluca, Trypanosoma, dan Trichomonas), Cilliata/Infusiora (rambut getar,
contoh Paramaecium), Rhizopoda/Sarcodina (kaki semu, contoh Amoeba), dan Sporozoa (tidak
mempunyai alat gerak, contoh Plasmodium).

4. Kingdom Fungi (Jamur)

Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat
heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit.
Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycota).
Beberapa kelompok kelas antara lain:
a. Kelas Myxomycetes (jamur lendes), contohnya Physarum policephalius.
xii
 b. Kelas Phycomycetes (jamur ganggang), contohnya jamur tempe (Rhizopus oryzae, mucor mue)
5. Kingdom Plantae (Tumbuhan)

Tumbuhan terdiri dari tumbuhan lumut (Bryophyta), tumbuhan paku (Pteridophyta), tumbuhan berbiji
terbuka
(Gymnospermae), dan tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae).

6. Kingdom Animalia (Hewan)

Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel yang telah berdiferensiasi membentuk
jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini
terdiri dari emua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata/avertebrata) dan hewan
bertulang belakang (vertebrata). namun dengan memisahkan Eukaryota dari Protista yang bersifat autotrof
menjadi Kingdom baru, yaitu Chromista.
Enam Kingdom menurut Klasifikasi Cavalier-Smith, yaitu:
1. Bacteria
2. Protozoa
3. Chromista
4. Fungi
5. Plantae
6. Animalia
Walaupun sekarang Indonesia sedang berusaha mengadaptasikan klasifikasi Domain, namun klasifikasi
menurut
ketentuan terakhir (yang terbaru) adalah klasifikasi Cavalier-Smith ini.

2.3.6. Taksonomi Tumbuhan

Taksonomi tumbuhan adalah ilmu yang mempelajari penelusuran, penyimpanan contoh, pemerian,
pengenalan
(identifikasi), pengelompokan (klasifikasi), dan penamaan tumbuhan. Ilmu ini merupakan cabang dari
taksonomi.

Taksonomi tumbuhan (juga hewan) sering kali dikacaukan dengan sistematika tumbuhan dan klasifikasi
tumbuhan. Klasifikasi tumbuhan adalah bagian dari taksonomi tumbuhan. Sistematika tumbuhan adalah ilmu
yang berkaitan sangat erat dengan taksonomi tumbuhan. Namun demikian, sistematika tumbuhan lebih
banyak mempelajari hubungan tumbuhan dengan proses evolusinya. Dalam sistematika bantuan ilmu seperti
filogeni dan kladistika banyak berperan. Di sisi lain, taksonomi
tumbuhan lebih banyak mempelajari aspek penanganan sampel-sampel (spesimen) tumbuhan dan
pengelompokan (klasifikasi) berdasarkan contoh-contoh ini.

Ilmu taksonomi tumbuhan mengalami banyak perubahan cepat semenjak digunakannya berbagai teknik
biologi
molekular dalam berbagai kajiannya. Pengelompokan spesies ke dalam berbagai takson sering kali berubah-
ubah tergantung dari sistem klasifikasinya.

1. Klasifikasi
a. Klasifikasi tumbuhan adalah pembentukan kelompok-kelompok dari seluruh tumbuhan yang ada di
bumi ini hingga dapat disusun takson-takson secara teratur mengikuti suatu hierarki.
b. Sifat-sifat yang dijadikan dasar dalam mengadakan klasifikasi berbeda-beda tergantung orang yang
mengadakan klasifikasi dan tujuan yang ingin dicapai dengan pengklasifikasian itu.
c. Takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) yang lebih rendah mempunyai kesamaan sifat
lebih banyak daripada takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) di atasnya.
d. Perbedaan antara istilah takson dengan kategori yaitu istilah takson yang ditekankan adalah
pengertian unit atau kelompok yang mana pun, sedangkan istilah kategori yang ditekankan adalah
tingkat atau kedudukan golongan dalam suatu hierarki tertentu.
e. Dalam taksonomi tumbuhan istilah yang digunakan untuk menyebutkan suatu nama takson
sekaligus menunjukkan pula tingkat takson (kategori).
f. Ada tiga sistem klasifikasi dalam taksonomi tumbuhan yaitu sistem klasifikasi buatan, sistem
klasifikasi alam, dan sistem klasifikasi filogenetik.
g. Berdasarkan sejarah perkembangannya ketiga sistem klasifikasi tersebut dibagi menjadi empat
periode yaitu periode sistem habitus, periode sistem numerik, periode sistem alam, dan periode
sistem filogenetik.

xiii
 2. Identifikasi
a. Identifikasi tumbuhan adalah menentukan namanya yang benar dan tempatnya yang tepat dalam
sistem klasifikasi.
b. Tumbuhan yang akan diidentifikasikan mungkin belum dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan
(belum ada nama ilmiahnya), atau mungkin sudah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan.
c. Penentuan nama baru dan penentuan tingkat-tingkat takson harus mengikuti aturan yang ada dalam
KITT.
d. Prosedur identifikasi tumbuhan yang untuk pertama kali akan diperkenalkan ke dunia ilmiah
memerlukan bekal ilmu pengetahuan yang mendalam tentang isi KITT.
e. Untuk identifikasi tumbuhan yang telah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan, memerlukan sarana
antara lain bantuan orang, spesimen herbarium, buku-buku flora dan monografi, kunci identifikasi
dan lembar identifikasi jenis.
f. Flora adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan yang
ditemukan dalam suatu wilayah tertentu.
g. Monografi adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan yang
tergolong dalam kategori tertentu. baik yang terbatas pada suatu wilayah tertentu saja maupun yang
terdapat di seluruh dunia.
h. Kunci identifikasi merupakan serentetan pertanyaan-pertanyaan yang jawabnya harus ditemukan
pada spesimen yang akan diidentifikasi.
i. Bila semua pertanyaan berturut-turut dalam kunci identifikasi ditemukan jawabnya, berarti nama
serta tempatnya dalam sistem klasifikasi tumbuhan yang akan diidentifikasi dapat diketahui.
j. Lembar Identifikasi Jenis adalah sebuah gambar suatu jenis tumbuhan yang disertai dengan nama
klasifikasi jenis yang bersangkutan.

2.3.7 Tingkatan Takson

Dalam sistem klasifikasi, makhluk hidup dikelompokkan menjadi suatu kelompok besar kemudian
kelompok besar ini dibagi menjadi kelompok-kelompok kecil sehingga pada akhirnya terbentuk kelompok-
kelompok terkecil yang beranggotakan satu jenis makhluk hidup.
Tingkatan-tingkatan pengelompokan itu disebut takson, ilmunya Taksonomi. Semakin tinggi tingkat
taksonnya :
a. Anggotanya semakin banyak
b. Tingkat persamaannya semakin kecil
c. Detil pengelompokkannya semakin sederhana
d. Perbedaannya semakin banyak karena tuntutan kesamaannya sedikit
e. Tingkat kekerabatannya semakin jauh

Sebaliknya tingkat takson semakin rendah sifat-sifatnya kebalikan dari yang disebutkan di atas. Tingkatan
takson yaitu:

1. Kingdom
Kingdom merupakan tingkatan takson tertinggi makhluk hidup. Kebanyakan ahli Biologi sependapat
bahwa makhluk hidup di dunia ni dikelompokkan menjadi 5 kingdom (diusulkan oleh Robert
Whittaker tahun 1969). Kelima kingdom tersebut antara lain : Monera, Proista, Fungi, Plantae, dan
Animalia.

2. Filum/Divisio (Keluarga Besar)

Nama filum digunakan pada dunia hewan, dan nama division digunakan pada tumbuhan. Filum atau
division terdiri atas organism-organisme yang memiliki satu atau dua persamaan ciri. Nama filum tidak
memiliki akhiran yang khas sedangkan nama division umumnya memiliki akhiran khas, antara lain
phyta dan mycota.

3. Kelas (Classis)
Kelompok takson yang satu tingkat lebih rendah dari filum atau division.

4. Ordo (Bangsa)
Setiap kelas terdiri dari beberapa ordo. Pada dunia tumbuhan, nama ordo umumnya diberi akhiran
ales.

5. Famili
Famili merupakan tingkatan takson di bawah ordo. Nama famili tumbuhan biasanya diberi akhiran
aceae, sedangkan untuk hewan biasanya diberi nama idea. Dalam penyebutan indonesia nama suku
selalu diulang penyebutannya : kacangkacangan, angrek-anggrekan, jahe-jahean.

xiv
 6. Genus (Marga)
Genus adalah takson yang lebih rendah dariada famili. Nama genus terdiri atas satu kata, huruf
pertama ditulis dengan huruf kapital, dan seluruh huruf dalam kata itu ditulis dengan huruf miring atau
dibedakan dari huruf lainnya.

7. Species (Jenis)
Species adalah takson yang terendah. Spesies adalah suatu kelompok organisme yang dapat
melakukan perkawinan antar sesamanya untuk menghasilkan keturunan yang fertil (subur) aturan
penulisannya disebut binomial nomenklatur.

2.3.8 Kingdom Prokariot

Memiliki membran dan dinding sel

Devisi I : GRACCILICUTES – Bakteri Gram negatif
Klas : PROTEOBACTERIA – Umumnya bersel tunggal
Famili : Enterobacteriaceae
Genus : Erwinia
Taksonomi dari bakteri Erwinia carotovora adalah :
Kingdom : Bakteria
Phylum : Protobacteria
Class : Gammaproteobacteria
Order : Enterobacterialles
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Erwinia
Speceis : Erwinia carotovora

2.3.9 CIRI UMUM BAKTERI

Erwinia carotovora memproduksi banyak enzim ekstra selluler seperti pectik yang mendegradasi pectin,
cellulose yang mendegradasi cellulase, hemicellulases, arabanases, cyanoses dan protease.Sebagai bakteri
mesofilik. Erwinia carotovora menghabiskan hidupnya pada temperatur berkisar 27–30°C. Suhu optimal
untuk perkembangan bakteri 27°C. Pada kondisi suhu rendah dan kelembaban rendah bakteri terhambat
pertumbuhannya.

Sel bakteri berbentuk batang dengan ukuran (1,5 x 2,0) x (0,6 x 0,9) mikron,umumnya membentuk
rangkaian sel-sel seperti rantai, tidak mempunyai kapsul, dan tidak berspora. Bakteri bergerak dengan
menggunakan flagella yang terdapat di keliling bakteri.

Erwinia carotovora adalah bakteri bergram negatif, berbentuk batang yang hidup soliter atau
berkelompok dalam pasangan atau rantai. Merupakan bakteri tanpa spora berflagella. Batkeri ini termasuk
jenis fakultatif anaerob.

Erwinia carotovora memproduksi banyak enzim ekstraselluler seperti pectic yang mendegradasi pektin,
cellulase yang mendegradasi cellulose, hemicellulases, arabanases, cyanoses, dan protease. Sebagai bakteri,
Erwinia carotovora menghabiskan hidupnya pada temperatur yang berkisar antara 27 – 30°C. Sekuen genom
dari Erwinia carotovora subsp. Atroseptica mengindikasikan bahwa mikroba jenis ini tidak mampu untuk
melakukan fiksasi nitrogen akan tetapi dapat mendapat suplai energi dari 80 sistem transport energi.

Famili : Pseudomonadacea
Genus : Acidovorax, Pseudomonas, Rhizobacter, Xanthomonas, Xylophilus

Pseudomonas aeruginosa termasuk dalam kelas Gamma Proteobacteria dan famili Pseudomonadaceae.
Berdasarkan pada conserved macromolecules (misalnya 16S ribosomal RNA) famili Pseudomonadaceae
mencakup hanya anggota dari genus Pseudomonas yang dibagi menjadi delapan kelompok. Pseudomonas
aeruginosa adalah spesies jenis kelompok tersebut yang terdiri dari 12 anggota lain. Adapun taksonomi dan
klasifikasi Pseudomonas aeruginosa adalah sebagai berikut:

Kingdom : Bacteria
Fillum : Proteobacteria
Kelas : Gamma Proteobacteria
Ordo : Pseudomonadales
Famili : Pseudomonadaceae
xv
 Genus : Pseudomonas
Spesies : Pseudomonas aeruginosa

P. aeruginosa adalah bakteri gram negatif yang berbentuk batang halus atau lengkung, motil, berukuran
sekitar 0.6 x 2 mm. Bakteri ini dapat ditemukan soliter, berpasangan dan kadang-kadang membentuk rantai
pendek (Gambar 1). P. aeruginosa merupakan bakteri motil karena mempunyai flagela monotrika (flagel
tunggal pada kutub) dan memerlukan oksigen untuk motilitas.

P. aeruginosa adalah aerob obligat yang tumbuh dengan mudah pada banyak jenis media pembiakan,
kadangkadang berbau manis seperti anggur atau seperti bau corn taco. Beberapa strain dari P. aeruginosa
menghemolisis agar darah. P. aeruginosa tumbuh dengan baik pada suhu 37 – 42 ºC. Pertumbuhannya pada
suhu 42ºC membantu membedakannya dari spesies Pseudomonas lain dalam kelompok fluoresen. Bakteri ini
oksidase positif, nonfermenter tetapi beberapa strain ada yang mengoksidasi glukosa.
Famili : Rhizobiaceae
Genus : Agrobacterium, Rhizobium

Karakteristik Rhizobium:
a) Obligat aerobic
b) Bentuk sel batang
c) Ukuran 0.5-0.9 µm x 1.2-3.0 µm
d) Tidak membentuk spora
e) Bakteri Gram negatif
f) Mengandung enzyme nitrogenase.
g) Cepat tumbuh
h) Pada umumnya Granul tersusun poly- hydroxybutyrate.
i) Bergerak dengan satu flagel atau 2-6 flagel peritrik.
j) Membentuk bintil akar dengan tanaman legume
k) Coloni berwarna putih
l) Coloni melingkar, cembung, semi-translucent, dan mucilaginous.
m) Presentase G+C berkisar antara 59-64%.

Devisi II : FIRMICUTES – Bakteri Gram Positif

Klas : FIRMIBACTERIA – Umumnya bersel tunggal
Genus : Bacillus, Clostridium

Karakteristik bacillus subtilis

Bakteri yang berperan dalam pembusukan daging, salah satunya yaitu bakteri B. subtilis. Bakteri ini
memiliki karakterkarakter tertentu dan spesifik. Berikut adalah klasifikasi B. subtilis : (Madigan, 2005)
Kingdom:Bacteria
Phylum :Firmicutes
Class :Bacilli
Order :Bacillales
Family :Bacillaceae
Genus :Bacillus
Species : B. Subtilis

Karakteristik dari bakteri B. Subtilis dapat dilihat pada table berikut :

Klas : THALLOBACTERIA – Bakteri Bercang

xvi
 Arthrobacter, Clavibacter, Curtobacterium, Rhodococcus, Streptomyces, Arthrobacter termasuk
kedalam kelompok bakteri yang berbentuk basil dan kokus. Arthrobacter mampu berubah bentuk
berkali-kali selama siklus hidup mereka. Bakteri ini banyak ditemukan didalam tanah, beberapa bakteri
Arthrobacter bersifat pathogen, sementara yang lain bermanfaat bagi manusia.

Devisi III: TENERICUTES

Klas : Mollicutes
Famili : Spiroplasmataceae
Genus : Spiroplasma

Famili : -
Genus : belum ditetapkan, dikenal sebagai phytoplasma (dulu disebut micoplasmalike organisms
(MLO)

Devisi IV: MENDISICUTE

Klas : Archaeobacteria

Kelompok Utama Bakteri Berdasarkan Bergey’s Manual Edisi Ke-8

1. Kelompok 1 : Bakteri Fototrofik

Ciri-ciri :
a. Bentuk sel bulat, batang, vibrio, atau spiral.
b. Gram negative.
c. Perkembangbiakan dengan pembelahan biner.
d. Bergerak dengan flagella atau nonmotil.
e. Fotosintetik.
f. Bakterioklorofil.
g. Berpigmen.
h. Habitat di lingkungan akuatik.
Contoh : Thiospirillum sp., Chromatium sp.

xvii
2. Kelompok 2 : Bakteri Luncur

Ciri-ciri :
a. Bentuk sel batang, bola atau filamen.
b. Gram negatif. 22
c. Motil
d. Sel-sel dapat terbenam dalam lendir.
e. Beberapa membentuk tubuh buah. f) Habitat di tanah, bahan tumbuhan
membusuk, lingkungan akuatik.
Contoh : Cytophagales

3. Kelompok 3 : Bakteri Berselongsong

Ciri-ciri :
a. Sel terbungkus dalam selongsong.
b. Bentuk sel batag, atau seperti filmen.
c. Motil.
d. Gram negatif.
e. Beberapa membentuk pelekap (dasar penghisap) yang digunakan untuk
menempelkan diri pada permukaan.
f. Habitat di lingkungan akuatik dan lumpur.
Contoh : Sphaerotilus, Leptothrix, Cladothrix, Crenothrix

xviii
4. Kelompok 4 : Bakteri kuncup dan/atau bakteri berapendiks

Ciri-ciri :
a. Sel dengan prosteka atau pelekap.
b. Perbanyakan dengan berkuncup dan membelah.
c. Motil karena flagela kutub atau nonmotil.
d. Bentuk sel bola, oval, ginjal, batang dengan ujung meruncing, beberapa
menunjukkan pertumbuhan seperti hifa (filament).
e. Habitat di tanah, lingkungan akuatik.
Contoh : Hyphomirobium.

5. Kelompok 5 : Bakteri Spiroket

Ciri-ciri :
a. Dinding sel lentur (tidak kaku).
b. Morfologi sel langsing terpilin (spiral).
c. Perbanyakan dengan pembelahan melintang.
d. Motil.
e. Banyak spesies gram negatif.
f. Habitat di tanah dan lingkungan akuatik. 23
g. Patogenesitas.
Contoh : Treponema pallidum

xix
6. Kelompok 6 : Bakteri Spiral dan Lengkung

Ciri-ciri :
a. Dinding sel kaku.
b. Bentuk sel batang terpilin-pilin.
c. Motil karena flagella.
d. Gram negatif.
e. Habitat di lingkungan akuatik, organ-organ reproduktif, saluran pencernan, dan
rongga mulut hewan ( termasuk manusia).
f. Patogenesitas. Contoh : Campylobacter fetus.
Contoh : spirillum sp
7. Kelompok 7 : bakteri batang dan kokus aerobik gram negatif

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel batang, lonjong, bola, dimensi khas untuk bakteri.
b. Motil karena flagella atau nonmotil.
c. Aerobik.
d. Gram negatif.

xx
 e. Beberapa dapat menambat nitrogen dari udara, dapat mengoksidasi senyawa
berkarbon satu, dapat menghancurkan berbagai macam senyawa.
f. Habitat di tanah, lingkungan akuatik, dan air asin.
g. Patogenesitas.
Contoh : Brucella dan Francisella tularensis.

8. Kelompok 8 : Batang anaerobik Fakultatif Gram negative

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel batang pendek.
b. Motil, flagella secara merata tersebar diseluruh permukaan sel atau nonmotil.
c. Anaerobic fakultaif.
d. Habitat di lingkungan akuatik, tanah , makanan, air seni, tinja.
e. Patogenesitas.
Contoh : escherichia coli, salmonella sp.

9. Kelompok 9 : Batang gram negatif anaerobik

Ciri-ciri :
xxi
 a. Morfologi sel batang,lurus, atau lengkung, memperlihatkan banyak sekali
pleomorfisme.
b. Motilitas, beberapa spesies nonmotil.
c. Anaerob obligat.
d. Habitat di rongga-rongga alamiah pada manusia dan hewan, juga saluran
pencernaan serangga.
e. Patogenesitas.
Contoh : Desulfovibrio, Succinivibrio, Butyrivibrio, Selenomonas

10. Kelompok 10 : Kokobasilus dan kokus gram negative

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : kokus, berpasangan (diplokokus),beberapa kokobasili (batang-
batang pendek),terdapat tunggal dan berpasangan.
b. Nonmotil.
c. Gram negatif.
d. Aerobik.
e. Habitat di saluran lendir manusia dan hewan.
f. Patogenesitas.
Contoh : Neisseria gonorrhoeae dan Neisseria meningitidis.

11. Kelompok 11 : Bakteri anaerobik gram negative

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel sngat kecil sampai sel-sel bulat yang lebih besar.
b. Nonmotil.
c. Anaerobik.
d. Habitat di saluran pernafasan dan pencernaan manusia dan hewan.
xxii
 e. Parasitik.
Contoh : Veillonella

12. Kelompok 12 : bakteri kemolitotrofik gram negatif

Ciri-ciri :
a. Autotrofik.
b. Morfologi sel : bulat, batang, spiral, membran berlapis banyak pada beberapa
spesies. 25
c. Motil karena flagella atau nonmotil.
d. Habitat di tanah, limbah, lingkungan akuatik, lingkungan alamiah yang banyak
mengndung belerang, besi atau mangan.
Contoh : Nitrococcus

13. Kelompok 13 : bakteri penghasil metan (metanogenik)

Ciri-ciri :
a. Autotrofik atau heterotrofik.
b. Morfologi sel : bola, batang, spiral.
c. Motil karena flagella kutub atau nonmotil.

xxiii
 d. Gram positif atau gram negatif.
e. Anaerobic.
f. Beberapa spesies termofilik.
g. Habitat di saluran gastrointestinal pada hewan, endapan pada lingkungan
akuatik dan limbah.
Contoh : Methanospirillum.

14. Kelompok 14 : kokus gram positif

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel :kokus terdapat tunggal atau berpasangan, dalam rantai, paket,
atau gerombol.
b. Nonmotil.
c. Gram positif.
d. Anaerobic fakultatif atau mikroaerofilik.
e. Heterotrofik.
f. Habitat di tanah, air tawar, kulit, dan selaput lendir pada binatang berdarah
panas termasuk manusia.
g. Patogenesitas.
Contoh : Sarcina 15.

15. Kelompok 15 : batang dan kokus pembentuk endospore

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : batang.
b. Motil karena flagella atau nonmotil.
c. Reaksi gram : kebanyakan gram positif.
d. Aerobic, anaerobic fakultatif, anaerobic, atau mikroaerofilik.
e. Endospora.

xxiv
 f. Habitat di tanah, air, lingkungan akuatik, saluran pencernaan hewan dan
manusia.
g. Patogenesitas. 26
Contoh : Sporosarcina

16. Kelompok 16 : bakteri gram positif tak membentuk spora

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : Basilus terdapat tunggal atau dalam rantai.
b. Nonmotil.
c. Gram positif.
d. Anaerobic atau anaerobic fakultatif.
e. Habitat di produk persusuan, produk dari daging dan butiran, air, limbah, serta
produk fermentasi, rongga mulut, vagina, serta saluran pencernaan makanan
hewan termasuk manusia.
Contoh : Lactobacillus

17. Kelompok 17 : aktinomisetes dan organisme yang sekerabat

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel sangat beragam dan pleomorfik, bentuk batang tak
beraturan,filament, dan filamen bercabang, struktur miselium.
b. Nonmotil.
c. Gram positif.
d. Aerobic, anaerobic, atau anaerobic fakultatif.
e. Habitat di tanah, lingkungan akuatik, air, dan binatang serta manusia.
f. Patogenesitas.
Contoh : Mycobacterium tuberculosis

xxv
18. Kelompok 18 : riktesia

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel :batang pendek, atau lonjong.
b. Gram negatif.
c. Nonmotil.
d. Parasit obligat intraselular ( kultivasi laboratories dalam system kultur jaringan
atau hewan).
e. Habitat di serangga pembawa, burung, dan mamalia terasuk manusia.
f. Patogenesitas.
Contoh : Chlamydia. Rickettsia prowazekii, Chlamydia trachomatis, Coxiella burnetii

19. Kelompok 19 : mikoplasma 27

Ciri-ciri :
a. Morfologi sel : tidak ada dinding sel sejati, kandungan sel terbungkus oleh
membrn berlapis 3 yang tak kaku.
b. Nonmotil.
c. Gram negatif.
d. Anaerobic fakultatif.
e. Habitat di selaput lendir saluran pernafasan dan saluran alat kelamin bawah.
f. Patogenesitas.
Contoh : koloni mycoplasma molare,Mycoplasma mycoides, M. homonia, M. orale,
Acholeplasma, Spiroplasma

xxvi
 BAB III

KESIMPULAN

1. Klasifikasi makhluk hidup didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang dimiliki makhluk hidup,
misalnya bentuk tubuh atau fungsi alat tubuhnya. Makhluk hidup yang memliliki ciri yang sama
dikelompokkan dalam satu golongan. Contoh klasifikasi makhluk hidup adalah berdasarkan ukuran
tubuhnya, berdasarkan lingkungan tempat hidupnya, berdasarkan manfaatnya, dan berdasarkan jenis
makanannya.

2. Nomenklatur merupakan metode penamaan yang diperlukan dalam klasifikasi. Nomenklatur digunakan
untuk memberi nama suatu kelompok organisme tertentu. Nomenklatur bertujuan untuk memudahkan
komunikasi antar ilmuwan biologi mengenai jenis makhluk hidup. Sistem nama ini diciptakan oleh Carolus
Linnaeus pada tahun 1753. Nomenklatur merupakan bahasa Latin nomen, yang artinya nama.

3. Klasifikasi adalah meletakkan organisme kedalam kelompok taksonomik berdasarkan persamaan karakter
yang dimiliki. Klasifikasi Bakteri Patogen Tanaman mengikuti Bergey’s Manual of Determinative
Bacteriology, Ninth Edition (1994)

4. Kelompok Utama Bakteri Berdasarkan Bergey’s Manual Edisi Ke-8 memiliki 19 kelompok bakteri

xxvii
 DAFTAR PUSTAKA

http://hamdi-iswan.blogspot.com/2015/06/makalah-mikrobiologi-taksonomi-bakteri.html

http://www.academia.edu/6314918/Makalah_Taksonom

https://www.gurupendidikan.co.id/ciri-ciri-bakteri/

https://www.scribd.com/doc/30736754/Tata-Cara-Penamaan-Bakteri

https://www.tentorku.com/sejarah-ciri-karakteristik-bakteri-bacteria-eubacteria/

xxviii