FINAL REPORT

PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI
KLASIFIKASI BAKTERI METODE NUMERIK – FENETIK
Disusun untuk memenuhi sebagian tugas mata kuliah Praktikum Mikrobiologi

Disusun oleh:
Tri Purwa Ningrum (18308141064)
Biologi F

PROGRAM STUDI BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2021
A. JUDUL
Klasifikasi Bakteri Metode Numerik-Fenetik
B. TUJUAN
1. Mengetahui tujuan klasifikasi numerik fenetik dalam bidang mikrobiologi.
2. Mengetahui nilai similaritas dari masing-masing mikroorganisme berdasarkan
klasifikasi bakteri secara numerik-fenetik dan menggunakan program MVSP
(Simple Matching Coeficient dan Jaccard’s Coefficient).
C. ABSTRAK

Mikroorganisme merupakan organisme berukuran kecil atau jasad renik yang

umumnya terdapat di mana-mana dan beranekaragam. Identifikasi dan karakterisasi suatu
mikroorganisme terutama bakteri merupakan keahlian yang diperlukan di bidang
mikrobiologi. Tujuan praktikum ini yaitu untuk mengetahui tujuan klasifikasi numerik
fanatik dan memahami konsepnya melalui program Mvsp. Studi literatur yang dilakukan
meliputi karakteri morfologi serta biokimia bakteri yang bersumber dari jurnal, referensi
petunjuk praktikum, makalah dan dianalisis menggunakan Simple Matching Coeficient
dan Jaccard’s Coefficient pada program MVSP.
Terdapat sembilan spesies bakteri yang dianalisis dalam praktikum ini. Bakteri
yang memiliki hubungan kekerabatan paling dekat yaitu bakteri Bacillus subtilis dan
Bacillus cereus dengan nilai similaritas yaitu sebesar 0,9 dari Simple Similarity
Coefficient dan Jaccard’s Coefficient. Sedangkan nilai similaritas paling kecil
terdapat pada node 6 dengan node 7. Hasil analisis ini tidak sepenuhnya sesuai dengan
kenyataan di alam. Hal ini dikarenakan sekurang kurangnya 50 hingga beberapa ratus
karakter yang spesifik yang dapat dibandingkan berupa karakter morfologi,
biokimiawi, fisiologi. Hasil analisis dalam praktikum ini direpresentasikan dengan
lebih baik didasarkan pada tingkatan genus.
Keywords : bakteri, sistematika, numerik-fenetik

D. KAJIAN PUSTAKA
I. Bakteri
Menurut Kenneth (2012) bakteri adalah mikroorganisme bersel tunggal
dengan komponen selular prokariot. Berdasarkan respon terhadap pewarnaan
gram, bakteri dibedakan menjadi dua macam yaitu bakteri gram positif dan
bakteri gram negatif. Perbedaan dari kedua bakteri ini adalah dari struktur
 dinding selnya. Dinding sel bakteri gram positif terdiri dari lapisan
peptidoglikan (ketebalan ± 20 – 80 nm, yang terletak di luar lapisan membrane
plasma), sedangkan dinding sel bakteri gram negatif memiliki lapisan
peptidoglikannya (ketebalan ± 2 – 7 nm dan dilapisi oleh membran luar
dengan ketebalan 7 – 8 nm). Bakteri gram positif memiliki peptidoglikan lebih
tebal dibandingkan bakteri gram negatif. Hal ini menjadikan bakteri ini akan
terlihat berwarna ungu dibandingkan dengan bakteri gram negatif yang akan
menghasilkan warna pink jika dilakukan pewarnaan gram (Willey et al.,
2008).
II. Klasifikasi
Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal yang memiliki perbedaan,
namun pada dasarnya saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat
diidentifikasikan sebagai penyusunan suatu organisme kedalam suatu
kelompok taksonomi (taksa) berdasarkan persamaan atau hubungan.
Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan
yang didapat dari pengalamandan juga teknik observasi, sifat biokimia,
fisiologi, genetik dan morfologi yang penting untuk menggambarkan sebuah
takson.
III. Taksonomi
Di dunia ini banyak sekali dijumpai berbagai jenis mikrobia. Oleh
karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan
pendekatan secara taksonomi. Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari
tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taxa
berdasarkan kriteria-kriteria yang digunakan dalam penggolongan organisme.
Taksonomi dapat dilakukan secara numerik ataupun secara fenetik.
i. Taksonomi Numerik
Taksonomi secara numerik (numerical taxonomy), adalah
taksonomi yang dikelompokkan berdasarkan pada informasi sifat suatu
organisme yang dikonversikan ke dalam bentuk yang sesuai untuk
analisis numerik dan dibandingkan menggunakan komputer, ada atau
tidaknya sekurang kurangnya 50 (sebaiknya beberapa ratus) karakter
yang dapat dibandingkan; karakter tersebut di antaranya adalah
karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi, dan koefisien asosiasi
ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua atau lebih
 organisme. (Pelczar et al., 1993). Taksonomi numerik digunakan untuk
menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat lebih teliti, reproducible
dan padat informasi, sehingga dapat dikatakan taksonomi numerik
merupakan sistem klasifikasi terbaik.
ii. Taksonomi Fenetik
Taksonomi secara fenetik (phenetic systems) adalah taksonomi
yang dikelompokkan berdasarkan pada kesamaan secara keseluruhan,
seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan
karakter, dan tidak tergantung pada analisis filogenetik, koefisien
Jaccard (Jaccard coefficient) akan mengabaikan karakter-karakter yang
tidak ada pada kedua organisme, nilai-nilai tersebut diatur untuk
membentuk matriks kesamaan (similarity matrix), dimana organisme
dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon
(phenons), perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat,
namun fenon dengan kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies
bakteri (Felsenstein, 2004).

Menurut Priest dan Austin (1993) taksonomi numerik diawali dengan

analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, antara lain: uji morfologi,
fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data fenotip yang beragam,
data fenotip yang didapat, akan diolah lebih lanjut sehingga menghasilkan
koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur tingkat kemiripan
yang dimiliki oleh dua atau lebih stain mikroba yang dibandingkan, yang
diperoleh dari karakter yang dibandingkan antar dua atau lebih strain mikroba
(Priest dan Austin, 1993). Koefisien ini terdiri atas dua jenis yaitu, Simple
Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ).

i. Simple Matching Coeficient (Ssm)

Simple Matching Coeficient (Ssm) merupakan koefisien similaritas
yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur
proporsi karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif)
maupun tidak ada (negatif).
ii. Jaccard Coeficient (SJ).
 Sedangkan SJ dimana koefisien similaritas dihitung tanpa
memperhitungkan karakter yang tidak dimiliki oleh kedua organisme
tersebut (Felsenstein, 2004) .

IV. Koefisien Kesamaan

Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau
perbedaan. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan
beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain.
Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari
organisme yang serupa. Beberapa metode utuk menentukan derajat
kesamaan:
a) Cluster analysis
Analisis data menghasilkan cluster analysis yaitu matriks
similaritas yang menunjukkan besarnya karakter yang dimiliki oleh
suatu strain dengan dibandingkan dengan strain lain. Analisis
pengelompokkan (clustering) merupakan teknik matematis untuk
mengelompokkan sejumlah sampel yang memiliki indeks pengukuran
kesamaan satu dengan yang lainnya.
b) Phenogram / dendrogram
Dendogram merupakan diagram pohon yang mengekspresikan
hubungan fenetik suatu spesies dengan spesies lain dengan
membandingkan ciri morfologi yang dimiliki spesies tersebut. Bentuk
dari diagram pohon ini dapat dipengaruhi oleh penanda fenetik yang
digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan meliputi penanda
morfologi dan penanda protein.
c) Ordination methods
Ordinasi atau teknik ordinasi adalah suatu teknik pemetaan unit
dalam dimensi satu atau ganda agar suatu posisi masing-masing unit
(spesies) sepanjang sumbu memebrikan informasi maksimum tentang
komposisi tersebut atau hubungannya dengan unit lain.
d) Similarity Matrix
Similarity Matrix atau matriks kesamaan unsur-unsur matriks
kesamaan mengukur kesamaan objek berpasangan. Semakin besar
kesamaan dua objek, semakin besar nilai ukurannya.
V. Morfologi koloni dan uji biokimia
Pengamatan morfologi bakteri meliputi bentuk, ukuran, tekstur, dan
warna koloni. Bakteri memiliki beberapa bentuk yaitu basil, coccus, spirilum.
Uji biokimia merupakan salah uji yang digunakan untuk menentukan spesies
kuman yang tidak diketahui sebelumnya. Setiap kuman memiliki sifat
biokimia yang berbeda sehingga tahapan uji biokimia ini sangat membantu
proses identifikasi. Setelah sampel diinokulasikan pada media differensial atau
selektif, kemudian koloni kuman diinokulasikan pada media uji biokimia. Ada
12 jenis uji yang sering digunakan dalam uji biokimia walaupun sebenarnya
masih banyak lagi media yang dapat digunakan (Adam, 2001).
Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara atau perlakuan yang
dilakukan untuk mengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan murni
bakteri hasil isolasi melalui sifat - sifat fisiologinya. Ciri fisiologi ataupun
biokimia merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi spesimen
bakteri yang tidak dikenal karena secara morfologis biakan ataupun sel bakteri
yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil pegamatan fisiologis yang
memadai mengenai kandungan organik yang diperiksa maka penentuan
spesiesnya tidak mungkin dilakukan (Cowan, 2004).
a) Fermentasi Karbohidrat
Reaksi-reaksi enzimatik yang dimasukkan dalam kategori ini
berkaitan dengan proses respirasi dan fermentasi. Banyak mikroba
dapat memfermentasi karbohidrat seperti glukosa, laktosa, dan sukrosa.
Karbohidrat digunakan oleh sebagian mikroba sebagai sumber karbon
dan energi. Sifat-sifat fermentasi karbohidrat dapat diketahui dengan
menginokulasikan bakteri ke dalam medium karbohidrat (Nutrient
Broth + 0,5% karbohidrat tertentu) yang telah diberi indikator pH
(bromothymblue, fenol red) dan tabung durham. Tabung durham
adalah suatu tabung kecil yang diletakkan terbalik dalam medium
karbohidrat.
Ketika mikroba mampu memfermentasi karbohidrat tertentu
maka akan terbentuk asam dan mungkin gas. Keberadaan asam dapat
dideteksi dengan perubahan warna menggunakan indikator pH yang
ditambahkan dalam medium. Salah satu indikator yang biasa
digunakan adalah fenol red yang berubah warna dari merah menjadi
 kuning apabila medium menjadi asam. Sedangkan produksi gas
dideteksi dengan pembentukan gelembung- gelembung udara yang
terkumpul dalam tabung durham.
Glukosa merupakan suatu monosakarida yang dapat
difermentasi oleh banyak bakteri. Produk akhir yang dihasilkan dapat
berupa asam piruvat, asam laktat, hydrogen, CO2, dan etanol
tergantung pada jalur reaksinya. Laktosa merupakan disakarida yang
terdiri dari glukosa dan galaktosa. Fermentasi laktosa memerlukan
enzim β-galaktosidase yang memecah ikatan antara glukosa dan
galaktosa kemudian baru terjadi fermentasi glukosa dan galaktosa.
b) Uji Katalase
Mayoritas bakteri aerob dan fakultatif anaerob menggunakan
oksigen dan memproduksi hydrogen peroksida yang bersifat toksik
bagi sistem enzim mikroba. Hydrogen peroksida dapat diubah menjadi
air dan oksigen dengan adanya enzim katalase. Ada tidaknya enzim ini
mempunyai arti penting membedakan grup tertentu bakteri.
c) Uji Sitrat
Kemampuan beberapa bakteri seperti Enterobacter aerogenes
dan Salmonella typhimurium, untuk menggunakan sodium sitrat
sebagai satu-satunya sumber karbon. Sangat bermanfaat dalam
identifikasi bakteri. Bakteri yang mempunyai enzim sitrat liase dapat
memecah sitrat dan membentuk piruvat, yang akan direduksi dalam
fermentasi. Bila bakteri menggunakan sodium sitrat sebagai satu-
satunya sumber karbon dan ammonium sebagai sumber nitrogen, maka
medium akan menjadi basa karena adanya ammonia (NH3) yang
dihasilkan dari NH4+. Pada pengujian ini indikator Bromothymol blue
akan menjadi biru bila medium bersifat basa, dan hal ini menunjukkan
bakteri menggunakan sodium sitrat sebagai sumber karbon.
d) Produksi H2S
Beberapa bakteri, seperti Proteus vulgaris menghasilkan
hydrogen sulfit (H2S) dari asam amino yang mengandung sulfur
misalnya: Cysteine. Bakteri seperti Proteus vulgaris mempunyai enzim
cysteine desulfhydrase yang mengkatalisis deaminasi cysteine
sehingga dihasilkan H2S. Produksi H2S dapat dideteksi melalui
terbentuknya presipitat hitam yang berasal dari Ferro Sulfida (FeS),
yang terbentuk dari reaksi Ferro Sulfat (FeSO4) dengan H2S.
E. METODE PENELITIAN
Waktu Pelaksanaan :
Studi literatur : 10 Mei 2021 - 08 Juni 2021

Alat dan Bahan :

1) Alat tulis
2) Jurnal
3) Makalah
4) Referensi Petunjuk Praktikum Mikrobiologi
5) Komputer/Laptop
6) Handphone
7) Sambungan Internet

Prosedur Kerja :
Kegiatan : Studi literatur
Mengumpulkan literatur (jurnal, ebook, buku, dll) mikrobiologi mengenai
definisi, tujuan, teknik, serta prosedur kerja klasifikasi bakteri metode
Numerik-Fenetik dalam praktikum Mikrobiologi

Mengkaji makna klasifiksi bakteri metode Numerik-Fenetik kemudian

mengidentifikasi tujuan, teknik serta prosedur kerja klasifikasi bakteri
metode Numerik-Fenetik yang digunakan dalam praktikum Mikrobiologi

Menyusun dan menampilkan hasil kajian literatur mengenai karakteristik

morfologi dan hasil uji biokimia bakteri-bakteri dalam file Microsoft Excel
atau dengan format mvs.

Data karakteristik morfologi serta hasil uji biokimia dari setiap bakteri
kemudian dianalisis menggunakan aplikasi MVSP agar dapat
diklasifikasikan menggunakan metode Numerik-Fenetik.
Kegiatan : Analisis menggunakan aplikasi MVSP
Program MVSP dibuka

Klik Open pada Menu File, buka file atau import file yang telah disimpan
sebelumnya dengan format .mvs atau pada Microsoft Excel.

Klik Analysis, pilih Cluster Analysis.

Diatur None untuk data transformation pada menu Option, UPGMA untuk
Clustering Method, dan pilih Jaccard’s Ceofficient, atau Simple Matching
Coefficient.

Checklist semua pilihan Result to display pada menu Advance. Setelah

selesai, klik Ok.

File kemudian disimpan dengan format .mvd.

Muncul dendogram dan Cluster analysis berupa matriks similaritas.