Karakterisasi Biosistematika Dari

Sisi Mikroba

Oleh
Jupriadi (1810421010)
 Pendahuluan

 Biosistematika atau sistematik adalah telaah (studi) tentang keanekaragaman

organisme dan hubungan kekerabatan antar organisme-organisme tersebut
(Simpson, 2006).
 Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme
dalam satu golongan yang disebut taxa berdasarkan kriteria-kriteria yang digunakan
dalam penggolongan organisme. (Sulia and Shantharam, 1998).
 Sistematika mikroba merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman mikroba
dan hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan (fenetik)
maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetis).
 Cakupan kajian dalam ilmu sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan
identifikasi.
 Fungsi Biosistematika

 Pengenalan taksa (diferensiasi),

 Diagnosis universal taksa (identifikasi),
 Memberikan/ menetapkan nama taksa yang diterima secara universal (nomenklatur),
 Analisis hubungan (relationships) antar taksa (perbandingan), dan mengelompokkan taksa
berdasarkan hubungannya tersebut (klasifikasi)

Hubungan kekerabatan didapatkan dengan dua jalan, yaitu menggunakan metode fenetik dan
filogenetik atau kladistik. Dalam metode fenetik hasil analisis hubungan kekerabatan dapat
divisualisasikan dengan suatu dendrogram yang disebut fenogram, sedangkan dalam metode
kladistik memiliki dendrogram yang disebut kladogram

(Tjitrosoepomo, 2009)
 Pendekatan dalam klasifikasi Mikroba

1. Taksonomi secara numerik (numerical taxonomy)

Taksonomi numerik diawali dengan analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, antara lain: uji morfologi,
fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data fenotip yang beragam, data fenotip yang didapat, akan diolah
lebih lanjut sehingga menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur tingkat kemiripan yang
dimiliki oleh dua atau lebih stain mikroba yang dibandingkan, yang diperoleh dari karakter yang dibandingkan antar
dua atau lebih strain mikroba. Koefisien ini terdiri atas dua jenis yaitu, simple matching coeficient (ssm) dan jaccard
coeficient (sj).
2. Taksonomi fenetik
Taksonomi yang dikelompokkan berdasarkan pada kesamaan secara keseluruhan, seringkali berupa suatu sistem
alami yang didasarkan atas kesamaan karakter, dan tidak tergantung pada analisis filogenetik, koefisien jaccard (jaccard
coefficient) akan mengabaikan karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme, nilai-nilai tersebut diatur untuk
membentuk matriks kesamaan (similarity matrix), dimana organisme dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama
dalam fenon (phenons), perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat, namun fenon dengan kesamaan 80%
seringkali dianggap satu spesies (bakteri) (Waluyo 2008).
Analisis Fenetik

Tabel 1. Strain bakteri hasil isolasi dari sampel darah pasien gejala klinis demam tifoid asal Daerah Istimewa
Yogyakarta (DIY) dan Jawa Tengah.

Gambar 1. Dendogram yang menunjukkan

hubungan similaritas antara 6 strain bakteri
S.typhi asal Jawa Tengah dan DIY
 Analisis filogenetik

Sebelum berkembangnya teknik biologi molekuler, mikrobia dikarakterisasi berdasarkan sifat morfologi, fisiologi, dan
koloninya. Biotyping, serotyping, bacteriocin typing, phage typing, pola kerentanan terhadap anti mikrobia, dan metode
berbasis protein lainnya merupakan contoh metode fenotipik yang umumnya digunakan (Fakruddin, 2013).
 1.      Analisis Sidik Jari Menggunakan rep-PCR

Teknik ini secara khusus menggunakan metode sistematis dalam menghasilkan serangkaian fragmen dari
DNA kromosom organisme.

Rep-PCR pertama kali diperkenalkan oleh Versalovic et al. (1991) dan menghasilkan sidik jari DNA yang
terdiri atas multipel amplikon DNA dengan ukuran berbeda-beda. Amplikon ini mengandung segmen
kromosom DNA yang bersifat unik yang berada diantara sekuen repetitif, dimana sekuen repetitif tersebut
menjadi target penempelan primer (tabel 1) dengan sekuen repetitif (Versalovic et al., 1999)
Contoh Profil REP-PCR serta dendrogramnya
 2. Identifikasi Bakteri dengan sekuen 16S rDNA dan gen gyrB.

Penggunyang menunjukkan bahwa hubungan filogenetik bakteri, termasuk semua bentuk kehidupan,
dapat ditentukan dengan membandingkan suatu bagian kode genetik yang bersifat stabil.aan gen 16S
rRNA yang luas untuk identifikasi dan taksonomi digagas oleh Woese et al. (1980)

Gen gyrB menyandi subunit B protein DNA girase, DNA topoisomerase tipe II, yang berperan penting dalam
replikasi DNA dan terdistribusi secara universal di antara spesies bakteri. ekuen gen gyrB telah banyak
digunakan untuk identifikasi spesies bakteri, seperti spesies Campylobacter (Gunther et al., 2011),
kelompok Bacillus subtilis (Wang et al., 2007), kelompok Bacillus cereus (La duc et al., 2011), dan
spesies Pandorea (Coenye & LiPuma., 2002).
Contoh Artikel
Gambar 1. Pohon filogenetik.
THANKS