Taksonomi Tumbuhan Tingkat Tinggi

REVIEW JURNAL, KRITIKAL JURNAL DAN REKAYASA IDE

Nama : RIDO ILAHI

NIM : 4153220015
Kelas : Biologi NONDIK B 2015

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
 BAB 1
PENDAHULUAN

1.1. Latar belakang

Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal yang memiliki perbedaan,
namun pada dasarnya saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat
diidentifikasikan sebagai penyusunan suatu organisme kedalam suatu kelompok
taksonomi (taksa) berdasarkan persamaan atau hubungan. Untuk itu perlu
berbagai cara untuk mengidentifikasi baik dari segi kekerabatan maupun DNA
dan hal tersebut dalam makalah ini akan membahas program Cladogram dan akan
diusahakan untuk dijelaskan sedetail mungkin. Berdasarkan dari hasil pengamatan
dan analisis melalui program CLAD yang telah dilakukan bahwa spesies yang
dianalisis memiliki indeks similarity diatas 70-75% berarti spesies tersebut
terletak dalam satu family yang sama kemudian jika suatu spesies dikatakan
memiliki indeks similarity yang tinggi jika suatu spesies indeksnya sekitar diatas
90 – 95% baru tergolong terletak dalam genus dan spesies yang sama. Jadi
program ini merupakan program yang bagus digunakan apabila sesuai dengan
objek yang akan diteliti.

1.2. Tujuan
Tujuan makalah ini yaitu untuk menginformasikan bagaimana penggunaan
program cladogram tersebut.
 BAB 2
ISI

1. Teoritis
Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal yang memiliki perbedaan,
namun pada dasarnya saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat
diidentifikasikan sebagai penyusunan suatu organisme kedalam suatu kelompok
taksonomi (taksa) berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme
prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman
dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang
penting untuk menggambarkan sebuah takson.
Taksonomi merupakan suatu langkah dalam pengelompokan jasad hidup
di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Pertama kali, pengelompokan ini
hanya dilakukan dalam lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan, namun ternyata
bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. Dari segi mikrobiologi sendiri, dunia
mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar, dimana pembagian ini berdasarkan
kepada ada tidaknya inti, baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum,
yaitu: penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan
perbandingan susunan DNA diantara beragam gen yang mana dapat
menggambarkan hubungan perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang
tersebar secara cepat, sehingga dapat digunakan untuk menentukan hubungan
kekerabatan untuk masing-masing individu (Felsenstein, 1981; Nei dan Kumar,
2000).
Menurut Boone & Castenholz (2001) taksonomi numerik merupakan
pengelompokkan suatu unit taksonomi dengan metode numerik ke dalam taksa
tertentu berdasarkan atas karakter yang dimiliki, dimana taksonomi numerik
memiliki tujuan utama yaitu untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat
teliti, reprodusibel serta padat informasi. Taksonomi numerik juga dikenal sebagai
Taksonomi Adansonian. Taksonomi numerik ini berdasarkan atas lima prinsip
utama, yaitu taksonomi yang ideal yang merupakan taksonomi yang mengandung
informasi terbesar, dimana masing-masing karakter diberi nilai yang setara dalam
mengkonstruksikan takson yang bersifat alami, tingkat kedekatan antara dua strain
merupakan fungsi proporsi similaritas sifat yang dimiliki bersama, taksa yang
berbeda dibentuk berdasarkan atas sifat yang dimiliki, dan similaritas tidak
bersifat filogenetis melainkan bersifat fenetis (Boone & Castenholz, 2001).
Taksonomi fenetik merupakan suatu sistem klasifikasi mikroba tanpa
mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat
fenotip dan genotip, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi,
kimiawi dan pembedaan DNA. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis
memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang
objektif, bukan klasifikasi yang bersifat subjektif. Salah satu cara yang paling
mudah dalam membandingkan Operational Taxonomical Unit (OTU) adalah
dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara masing-masing individu
yang disebut sebagai koefisien asosiasi (Stanier, dkk., 1982).
2. Program Cladogram
Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan evolusi diantara
organisme atau gen dari unit taksonomi, yang dipelajari menggunakan kombinasi
antara biologi molekuler dan teknik statistik. Dasar klasifikasi yang digunakan
dalam sistem filogenetik adalah persamaan dan perbedaan sifat anatomi dan
morfologi. Sistem tersebut mencerminkan urutan perkembangan serta jauh
dekatnya kekerabatan antartakson, selain mencerminkan persamaan dan
perbedaan sifat morfologi dan anatomi. Fenetik adalah suatu studi yang
mengklasifikasikan berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau
kemiripan morfologi dan sifat lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada
asal evolusi organisme bersangkutan. Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan
adanya proses konvergensi evolusi berdasarkan dari hal yang telah dijelaskan
bahwa pentingnya dilakukan praktikum ini adalah untuk mengetahui hubungan
kekerabatan mikroorganisme satu dengan lainnya dengan menggunakan analisis
kladogram  Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis data yang telah
dilakukan bahwa indeks similaritas antara  spesies  A dan B itu sekitar 70% dan
spesies C dan D sekitar 84% jadi yang lebih similar atau memiliki indeks
kemiripan yang paling tinggi adalah spesies C dan D berdasarkan analisis dengan
menggunakan aplikasi atau program Free Tree dan Tree View, kemudian pada
program analisis clad diperoleh nilai HTU I yaitu sebesar 1,00000 dan  HTU2
sebesar 0,915264 serta HTU3 sebesar 0,737288 pada spesimen Bacillus, isolat
E1B1, dan E2B1. Bahwa spesies hasil dari praktikum ini memiliki kesamaan
dalam hubungan kekerabatan tingkat family karena memilik indeks similaritas
lebih dari 70%. Jika suatus spesies memiliki indeks similaritas yang besar maka
indeksnya mencapai diatas 95%  atau  diatas 90% yang berarti spesies tersebut
terletak dalam satu genus.
Pertama, tanda +/ -  diganti menjadi + saja atau – saja kemudian table di
copy lalu di paste transposes pada sheet yang baru kemudian tanda – diganti
dengan 0, + dengan 1 kemudian copy baris nama isolate sampai akhir karakter uji
kemudian dipaste di notepad kemudian diganti nama isolate dengan ABC
kemudian jarak dihapus lalu bari 1 : 04 (9 jumlah isolate) ,lalu baris 2 = 059
(jumlah bakteri) baris ketiga diberi tanda * lalu nama isolate diberi tanda petik
lalu sama dengan “A” = dan seterusnya tanpa spasi kemudia diklick save file
kemudian program CLAD dibuka lalu diklik open file yang ada di note pad tadi
kemudia klik Construct Fenetic kemudian diklik ok lalu klik fenetic tool dan di
klik AUGEN kemudian full automatic di pilih kemudiaan klik ok. 

BAB 3
PENUTUP

3.1. Kesimpulan
      Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis melalui program CLAD yang
telah dilakukan bahwa spesies yang dianalisis memiliki indeks similarity diatas
70-75% berarti spesies tersebut terletak dalam satu family yang sama kemudian
jika suatu spesies dikatakan memiliki indeks similarity yang tinggi jika suatu
spesies indeksnya sekitar diatas 90 – 95% baru tergolong terletak dalam genus dan
spesies yang sama. Jadi program ini merupakan program yang bagus digunakan
apabila sesuai dengan objek yang akan diteliti.