Kladogram/pohon filogeni

Keluaran dari kladistika yang pokok adalah kladogram (cladistic dendrogram), suatu diagram
percabangan yang dianggap mewakili hubungan kekerabatan di antara organisme/komponen yang
dikelompokkan. Kladogram dapat dianggap sebagai pohon evolusi. Kladogram dibuat dengan
memanfaatkan ratusan ribu hingga jutaan informasi genetik, baik berupa penanda maupun sekuens
DNA dan RNA. Penggunaan komputer tidak dapat diabaikan dalam kajian ini.

1 Karakter dalam Konsep Filogeni

Karakter adalah penampakan atau fenotip yang dapat berupa morfologi,anatomi, histology,
fisiologi maupun molekuler yang dimiliki oleh suatu individu yang pada umumnya dapat diinderai,
dan merupakan ekspresi dari gen yang dipengaruhi oleh lingkunganya. Karakter merupakan subyek
pertama yang diperlukan untuk identifikasi suatu spesies sehingga bisa didapatkan nama
dantingkatan takson spesies tersebut. Semakin banyak persamaan karakternya semakindekat
hubungan kekerabatannya, sebaliknya semakin banyak perbedaanya semakin jauh hubungan
kekerabatannya. Karakter merupakan subyek pertama yang diperlukan untuk identifikasi suatu
spesies sehingga bisa didapatkan nama dan tingkatan takson spesies tersebut. Semakin banyak
persamaan karakternya semakin dekat hubungan kekerabatannya, sebaliknya semakin banyak
perbedaanya semakin jauh hubungan kekerabatannya. Seperti contoh dalam penyusunan filogeni
tumbuhan yang terbagi menjadi dua karakter dalam konsep filogeni yaitu, hal yang harus dilakukan
terlebih dahulu adalah menyusun tabel karakter apomorfi dari semua kelompok tumbuhan yang
akan dibuat filogeninya. Selain tabel karakter, juga harus dibuat tabel karakter numerik, kemudian
dilanjutkan dengan pembuatan kladogram yang disusun berdasarkan tabel kesamaan karakter
apomorfi. Dari kedua karakter tersebut kita bisa ketahui perbedaan nya dalam konsep filogeni
karena karakter apomorfi itu lebih ke karakter keturunan, penentuan apakah karakter tersebut maju
ataukah primitif dilakukan oleh pendukung kladistik dan sedangkan karakter numerik adalah untuk
menentukan hubungan kekerabatan antar spesies tersebut dalam konsep filogeni.

2.2 Definisi Pohon Filogeni

Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara kelompok-
kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang dianggap mendasarinya. Istilah
“filogeni” dipinjam dari bahasa Belandafylogenie, yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani
Kuna yang berarti “asal-usul suku, ras”.

Pohon filogenetik atau pohon evolusi adalah genealogi (silsilah) kemungkinan hubungan evolusioner
di antara kelompok-kelompok taksonomik, atau dapat dikatakan sebagai diagram percabangan atau
“pohon” yang menunjukan hubungan evolusi antara berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan
kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik dan/ atau genetik mereka, sebab pohon filogenetika ini
dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi, seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon
ini dapat digunakan untuk mencari fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Para ahli
sistematika menggunakan bukti-bukti yang diperoleh dari catatan fosil dan organisme yang masih
ada untuk merekonstruksi filogeni. Karena susunan genetik dan penampakan fenotipe organisme
yang hidup saat ini mencerminkan episode makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika
mendapatkan informasi filogenetik dengan cara membandingkan spesies modern. Di dalam pohon
filogenetik menunjukan jenjang taksonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah evolusi, dalam
filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan waktu terlalu lama untuk berubah.
Ada beberapa metode yang di gunakan dalam Penyusunan Filogeni

a. Fenetik, Metode penyusunan filogeni dengan pendekatan analisa numerik. Pendekatan

tersebut meliputi penghitungan Indeks ketidaksamaan, Indeks keanekaragaman, Anaisa pola dan
berbagai indeks yang lain. Dalam pendekatan fenetik semua subyek dan faktor yang dianalisispunya
kedudukan yang sama.

b. Kladistik, Metode ini muncul atas dasar pemikiran bahwa proses alamiah akan selalu
mengambil jalan yang paling singkat. Dalam kladistik setiap ciri fisik mempunyai tingkatan yang
berbeda dan juga menggunakan metode untuk merumuskan hipotesis filogenetik dari data urutan
DNA, RNA dan protein.

Contoh pohon filogeni :

Gambar pohon filogeni dari dinasaurus

Pohon filogeni dari hewan carnivora

Hubungan antar klasifikasi dan filogeni, pohon filogeni atau pohon evolusi yang bercabang-cabang
menunjukan pengaturan jenjang taksa, pohon filogenetik (silsilah) ini menyatakan kemungkinan
kedekatan genealogis di antara beberapa taksa yang berada di bawah ordo Carnivora, yang
merupakan cabang dari kelas mamalia. Dimana posisi cabang pohon itu juga menandakan umur
relative divergensi evolusioner dengan demikian spesies taksa yang paling terakhir di turunkan,
berada pada cabang paling atas pohon ini. Dan para ahli sistematika menggunakan catatan fosil dan
anatomi perbandingan untuk membantu membangun pohon filogenetik tetapi dapat juga
menggunakan metode lain, seperti membandingkan DNA dan protein dari spesies-spesies tersebut.

2.3 Prosedur Skuensi

Teknik sekuensing DNA mulai dikembangkan pada tahun 1970-an dan telah menjadi hal rutin dalam
penelitian biologi molekular pada dekade berikutnya berkat dua metode yang dikembangkan secara
independen namun hampir bersamaan oleh tim Walter Gilbert di Amerika Serikat dan tim Frederick
Sanger di Inggris sehingga kedua ilmuwan tersebut mendapatkan Penghargaan Nobel Kimia pada
tahun 1980. Selanjutnya, metode Sanger menjadi lebih umum digunakan dan berhasil diautomatisasi
pada pertengahan 1980-an. Sejak tahun 1995, berbagai proyek genom yang bertujuan menentukan
sekuens keseluruhan DNA pada banyak organisme telah diselesaikan, termasuk Proyek Genom
Manusia. Sekuensing DNA seluruh genom semakin terjangkau dan cepat dilakukan berkat
pengembangan sejumlah teknik sekuensing generasi berikutnya mulai tahun 2000-an.

Prosedur skuensi merupakan suatu proses atau teknik penentuan urutan basa nukleotida pada suatu
molekul DNA yang merupakan informasi yang paling mendasar suatu gen atau genom karena
mengandung instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan tubuh makhluk hidup.Teknik ini
digunakan dalam riset dasar biologi maupun berbagai bidang terapan seperti kedokteran,
bioteknologi, forensik, dan antropologi.Dengan demikian kita dapat memperkirakan bahwa spesies
yang secara filogenetik masih berkerabat dekat memiliki lebih banyak urutan nukleotida yang sama
dalam asam nukleatnya dan lebih banyak asam amino yang sama dalam proteinnya dibandingkan
dengan spesies yang hubungan kekerabatannya lebih jauh. Dalam teori tersebut digunakan
peralatan yang untuk membandingkan spesies yang secara morfologi tidak dapat dibedakan dan
untuk mengevaluasi hubungan antara kelompok-kelompok organisme yang secara filogenetik sangat
jauh, sehingga terjadinya kemiripan morfologi yang dimiliki sangat kecil. Penggunaan perbandingan
molekuler dan filogeni merupakan salah satu bagian ilmu biologi yang paling cepat
perkembangannya saat ini. Dengan adanya prosedur skuensi seperti mtDNA berubah akibat mutasi
sehingga memungkinkan untuk mengetahui hubungan filogenetik diantara spesies-spesies yang
sangat berkerabat dekat atau antara populasi yang berbeda dengan spesies yang sama.
Berhubungan dengan analisis urutan DNA adalah pengurutan RNA ribosom, karena DNA yang
mengkode rRNA berubah relatif lebih lambat dari DNA lainnya. Perbedaan dalam urutan rRNA dapat
digunakan untuk melacak beberapa percabangan terawal dalam pohon kehidupan.