BAB II

PEMBAHASAN

A. Definisi Filogeni
Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang
dianggap mendasarinya. Istilah “filogeni” berasal dari bahasa Belanda
fylogenie,yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani Kuno yang berarti
“asal-usul suku, ras”. Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi
hingga DNA. Filogeni sangan diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan
penyususn taksonomi. Evolusi sendiri dapat diasrtikan sebagai perubahan yang
berangsur-angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian dengan waktu
dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme
terhadap lingkungannya.
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait. Hal
ini diwakili dengan pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana spesies
terkait satu sama lain melalui nenek moyang yang sama. Pohon filogenetik atau
pohon evolusi adalah genealogi (silsilah) kemungkinan hubungan evolusioner
diantara kelompok-kelompok taksonomik, atau dapat dikatakan sebagai diagram
percabangan atau “pohon” yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai
spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik
dan/ atau genetic mereka, sebab pohon filogenetika ini dapat diaplikasikan untuk
membuat sistematika biologi, seperti pohon kehidupan. Selain itu phpn ini dapat
digunakan untuk mencari fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Para
ahlis sistematika menggunakan bukti-bukti yang diperoleh dari catatan fosiil dan
organisme yang masih ada untuk merekontruksi filogeni. Karena susunan genetic
dan penampakan fenotipe organisme yang hidup saat ini mencerminkan episode
makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika mendapatkan informasi filogenetik
dengan cara membandingkan spesies modern. Di dalam pohon filogenetik
 menunjukkan jenjang ekonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah evolusi, dalam
filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan waktu terlalu lama
untuk berubah.
Klasifikasi system filogenetik adalah suatu system klasifikasi untuk
mencerminkan gambaran urutan perkembangan makhluk hidup menurut sejarah
filogenetiknya, serta jauh dekatnya hubungan kekerabatan antara takson yang satu
dengan takson yang lain, sesuai sejarah evolusi. Sistematika ini memiliki tujuan
lebih dekat dari sekedar organisasi sederhana, agar klasifikasi menunjukkan
kedekatan evolusioner spesies.
B. Pelacakan Filogeni dengan Catatan Fosil dan Karakteristik Morfologi
Catatan fosil merupakan susunan teratur dimana fosil mengendap dalam
lapisan, atau strata, pada batuan sedimen yang menandai berlalunya waktu
geologis. Para ahli paleontology mengumpulkan dan menterpretasikan fosil
tersebut untuk menentukan umurnya dan kontribusinyadalam filogeni (Campbell
ddk, 2003). Fosil terbentuk dari organisme mati yang terkubur dalam sedimen.
Bahan organic dari organisme mati, umumnya terurai dengan cepat. Namun
bagian yang keras dan kaya akan mineral seperti cangkang vertebrata dan Protista
bisa tetap beryahan sebagao fosil.
Fosil juga terbentuk sebagai lapisan tipis yang tertekan di antara lapisan-
lapisan batu pasir dan serpihan. Contohnya, fosil daun tumbuhan berumur jutaan
tahun dan masih tetap hijau karena mengandung klorofil. Dalam banyak
penggalian, fosil juga ditemukan dalam bentuk bebatuan yang membentuk
replikasi organisme tersebut. Para ahli juga banyak menemukan bentuk perilaku
yang terfosilisasi, seperti fosil jejak kaki, dan sarang lubang hewan. Selain itu,
organisme yang mati pada tempat dimana bakteri dan jamur tidak dapat
menguraikannya, maka tubuhnya bisa terawetkan membentuk fosil. Contohnya,
fosil kalajengking yang terjerat dlam resin dan berumur 30 juta tahun. Penemuan-
penemuan fosil sedimen di atas selanjutnya dijadikan dasar oleh para ilmuwan
untuk merekrontuksi sejarah kehidupan.
 Menurut Kimball (1999), berdasarkan catatan fosil yang ada teori evolusi
memberikan gagasan bahwa semua organisme yang hidup sekarang ini pada suatu
periode dalam sejarahnya mempunyai moyang yang sama. Secara tidak langsung
hal itu menyatakan bahwa pada waktu yang lampau terdapat lebih sedikit jenis
makhluk hidup, dan bahwa makhluk hidup ini bersifat lebih sederhana. Salah satu
bukti yang mendukung hal ini, adalah susunan lapisan batuan sedimen di Grand
Canyon, di mana semakin dalam menuruni lembah galian maka berkurang jenis
fosil. Begitu pula pada tingkat kompleksitas fosil organisme yang ditemukan,
semakin ke dalam semakin sederhana.
Menurut Campbell, dkk (2003) penemuan fosil adalah puncak dari
serangkaiann keebtulan yang tidak mungkin terjadi secara bersamaan. Organisme
harus mati pada tempat yang tepat pada wkatu yang tepat sehingga
memungkinkan terbentuknya fosil. Sebagian besra dari spesies yang pernah hidup
mungkin tidak meninggalkan fosil, atau sebagian besar fosil telahhancur dan
hanya sedikit yang ditemukan. Namun demikian, dalam ketidaklengkapannya
catatan fosil tetap merupakan suatu dokumen yang detail mengenai filogeni dan
mencakup waktu geologis yang begitu panjang. Urutan strata sedimen merekam
urutan perubahan biologis, dan metode penentuan umur memberikan perkiraan
masa terjadinya perubahan itu. Dengan demikian, yang terekam dalam batuan
adalah kronologi perubahan lingkungan yang berkaitan dengan perubahan-
perubahan akibat evolusi organisme.

C. Karakteristik dalam Konsep Filogeni

Karakter adalah penampakan atau fenotip yang dapat berupa morfologi,
anatomi, fisiologi maupun molekuler yang dimiliki oleh suatu individu yang pada
umumnya dapat iinderai, dan merupakan ekspresi dari gen yang dipengaruhi oleh
lingkungannya. Karakter merupakan subyek pertama yang diperlukan untuk
identifikasi suatu spesies sehingga bisa didapatkan nama dan tingkatan takson
spesies tersebut. Semakin banyak persamaan karakternya semakin dekat
 hubungan kekerabatannya, sebaliknya semakin banyak perbedaannya semakin
jauh hubungan kekerabatannya.
Seperti contoh dalam penyusunan filogeni tumbuhan yang terbagi
menjadi dua karakter dalam konsep filogeni yaitu, hal yang harus dilakukan
terlebih dahulu adalah menyusun table karakter apormofi dari semua kelompok
tumbuhan yang akan dibuat filogeninya. Selain tabel karakter, juga harus dibuat
tabel karakter numeric, kemudian dilanjutkan dengan pembuatan kladogram yang
disusun berdasarkan tabel kesamaan karakter apormofi.
Dari kedua karakter tersebut kita bisa diketauui perbedaannya dalam
konsep filogeni karena karakter apormofi itu lebih ke karakter keturunan,
penentuan apakah karakter tersebut maju ataukah primitive dilakukan oleh
pendukung kladistik dan sedangkan karakter numeric adalah untuk menentukan
hubungan kekerabatan antar spesies tersebut dalam konsep filogeni.

D. Metode dalam Penyusunan Filogeni

a. Phenetic system yaitu pengelompokan organisme berdasarkan kesamaan
(fisik dan kimia) karakteristik. Pengelompokan Phenetic mungkin atau
tidak mungkin berkorelasi dengan hubungan evolusi
b. Kladistik atau Filogenetik system yaitu pengelompokan organisme
didasarkan pada kesmanaan warisan evolusi. Teknik sekuensing DNA dan
RNA dianggap memberikan filogeni paling berarti.
Biologi molekuler memandang proses perkembangan organisme yang ada saat ini
adalah merupakan hasil perkembangan makhluk hidup sebelumnya. Keragaman
organisme yang ada pada saat ini dipandang sebagai perubahan organisme yang
dimulai dari struktur DNA dimana mekanisme perubahan tersebut dimulai dari
tingkat molekul DNA sehingga memungkinkan adannya keragaman organisme
makhluk hidup. Dari kajian bidang molekuler muncul banyak konsep penting
adanya gen yang tidak berubah selama proses evolusi. Gen-gen tersebut memiliki
tingkah homologi (kesamaan) struktur antara spesies dalam skala luas dan
 ekspresi fungsional protein yang dihasilkannya tidak berbeda satu dengan yang
lainnya. Gen-gen ini disebut gen-gen yang mengalami konservasi. Berdasarkan
konsep biologi molekuler bahwa kajian asal-usul organisme sangat diuntungkan
oleh keberadaan mitokondria karena dalam kedua organda tersebut diketahui
adanya DNA yang berbeda dengan DNA kromosom. Selain itu, telah terbukti
bahwa DNA mitokondria hanya berasal dari biu. Sehingga untuk menelaah asal
usul manusia, hewan dan tanaman tingkat tinggi, banyak diilakukan dengan
analisis DNA mitokondria.

E. Pohon Filogeni
Dalam pembuatan pohon Filogenik, terdapat sebuah konsep yang perlu
dipegang terlebih dahulu. Konsep ini mengenai bagaimana sekelompok makhluk
hidup membagi sifat yang dimilikinya satu dengan yang lainnya. Dalam ilmu
Biologi, pembagian sifat ini mempunyai istilahnya sendiri. Beberapa istilah
tersebut adalah :
a. Symplesiomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tapi juga
ditemukan pada taksa nenek moyang sebelumnya. Misalnya pada monyet dan
tikus ditemukan terdapat 5 kubu jari, hal ini juga ditemukan pada kadal.
Namun, kedua kelompok ini terdapat pada taksa yang berbeda.
b. Homoplasy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tetapi tidak
dimiliki oleh nenek moyang yang paling terakhir yang dimiliki. Misalnya saja
pada mamalia da naves. Keduanya berdarah panas, tetapi pada nenek moyang
terakhir sebelum keduanya terpisah sifat ini tidak ditemukan.
c. Synapomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh satu atau dua taksa yang mempunyai
nenek moyang terakhir yang sama. Misalnya saja pada kelompok mamalia,
semua mamalia membagi sifat mempunyai rambut dan berdarah panas.
Pohon filogeni atau filogenetik merupakan genealogi (silsilah) atau diagram
yang melacak kemungkinan hubungan evolusioner di antara kelompok-
kelompok taksonomik. Pola percabangan suatu pohon filogenetik
menunjukkan jenjang taksonomik. Dimana posisi cabang pohon menandakan
umur devergensi evolusioner, dengan demikian spesies taksa yang paling
terakhir diturunkan berada pada cabang paling atas. Dalam membangun
pohon filogeni digunakan catatan fosil dan anatomi perbandingan. Akan tetapi
dapat pula digunalan metoode lain yakni membandingkan DNA dan protein
spesies-spesies yang akan dibuatkan silsilah.
Dalam penentuan taksa, diperlukan pengelompokan spesies kedalam
taksa yang lebih spesifik, seperti :
1. Monofiletik yaitu jika nenak moyang tunggalnya hanya menghasilkan
semua spesies turunan dalam takson tersebut dan bukan spesies pada
takson lain.
2. Polifiletik yaitu jika anggotanya diturunkan dari dua atau lebih bentuk
nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya.
3. Parafiletik yaitu jika takson itu tidak meliputi spesies yang memiliki
nenek moyang yang sama yang menurunkan spesies yang termasuk
dalam takson tersebut.