BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dalam biologi, filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan
di antara kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi
yang dianggap mendasarinya. Istilah "filogeni" dipinjam dari bahasa Belanda,
fylogenie, yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani Kuna yang berarti
"asal-usul suku, ras".
Filogeni tidak sepenuhnya sama dengan kladistika (sistematika filogenetik),
namun banyak menggunakan metode-metode dan konsep yang dipakai di
dalamnya. Kladistika banyak dipakai untuk merumuskan keterkaitan filogenik
dalam bentuk diagram pohon, namun di dalam filogeni dipelajari pula anatomi
perbandingan dari berbagai organisme. Filogeni pada masa sekarang banyak
menggunakan dukungan genetika dan biologi molekuler. Sistematika
(klasifikasi) biologi juga banyak menggunakan masukan dari cabang ilmu ini.
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait.
Filogeni diwakili oleh pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana mereka
terkait. Filogenetika diartikan sebagai model untuk merepresentasikan sekitar
hubungan nenek moyang organisme, sekuen molekul atau keduanya. Salah satu
tujuan dari penyusunan filogenetika adalah untuk mengkonstruksi dengan tepat
hubungan antara organisme dan mengestimasi perbedaan yang terjadi dari satu
nenek moyang kepada keturunannya. Konstruksi pohon filogenetika adalah hal
yang terpenting dan menarik dalam studi evolusi.
Pernyataan evolusionis adalah bahwa setiap spesies di bumi berasal dari
satu nenek moyang yang sama melalui perubahan sedikit demi sedikit. Dengan
kata lain, teori ini menganggap kehidupan sebagai sebuah peristiwa yang
berkelanjutan, tanpa ada pengelompokan tetap atau yang telah ditentukan
sebelumnya. Akan tetapi, pengamatan di alam dengan jelas tidak mengungkap
gambaran berkelanjutan semacam itu. Apa yang muncul dari dunia kehidupan

1
adalah bahwa bentuk kehidupan benar-benar terpisah dalam kelompok-kelompok
yang benar-benar berbeda.
Robert Carrol, seorang evolusionis yang berpengaruh, mengakui kenyataan
ini dalam bukunya Patterns and Processes of Vertebrate Evolution (Pola dan
Proses Evolusi Vertebrata). Walaupun jumlah spesies yang hidup di bumi
saat ini hampir tidak bisa dibayangkan, mereka tidak membentuk sebuah
rantai dengan sambungan yang hampir tidak bisa dibedakan. Malahan, hampir
semua spesies bisa dikenali sebagai anggota kelompok-kelompok besar yang
sangat berbeda dan terbatas jumlahnya, sangat sedikit yang menggambarkan
bentuk atau cara hidup peralihan.
Oleh karena itu, evolusionis beranggapan bahwa bentuk kehidupan
“peralihan” yang menjadi penghubung antar makhluk hidup pernah hidup
di masa lalu. Inilah sebabnya mengapa disadari bahwa ilmu pengetahuan dasar
yang bisa memecahkan persoalan ini adalah paleontologi, ilmu yang mempelajari
fosil-fosil.
Evolusi dikatakan sebagai sebuah proses yang terjadi di masa lalu, dan satu-
satunya sumber ilmiah yang bisa memberi kita informasi tentang sejarah
kehidupan hanyalah penemuan fosil. Berkenaan dengan hal ini, ahli paleontologi
Perancis, Pierre-Paul Grasse, berkata: Para Naturalis harus ingat bahwa proses
evolusi hanya terungkap melalui bentukan fosil hanya paleontologi yang bisa
menyediakan bukti evolusi bagi mereka dan mengungkap tata cara atau jalannya.
Supaya temuan fosil bisa memperjelas persoalan ini, kita hendaknya
membandingkan hipotesis teori evolusi dengan temuan-temuan fosil.
Menurut teori evolusi, setiap spesies muncul dari satu pendahulu. Satu
spesies yang telah ada sebelumnya berubah menjadi spesies lain sejalan dengan
waktu, dan semua spesies telah mewujud dengan cara ini. Menurut teori
ini, perubahan bentuk ini berlangsung secara bertahap selama jutaan tahun.
Jika demikian kejadiannya, maka seharusnya telah hidup spesies peralihan yang
tak terhitung jumlahnya selama masa panjang ketika perubahan bentuk ini
dianggap sedang berlangsung. Sebagai contoh, seharusnya telah hidup di masa
lalu makhluk setengah ikan-setengah reptilia yang yang telah memperoleh

2
beberapa ciri reptilia sebagai tambahan atas ciri ikan yang telah mereka miliki.
Atau seharusnya telah hidup makhluk reptilia-burung, yang telah memperoleh ciri
burung sebagai tambahan atas ciri reptilia yang telah mereka miliki. Evolusionis
menyebut makhluk khayalan ini, yang mereka percaya pernah hidup di masa
lampau, sebagai “bentuk-bentuk peralihan.” Jika hewan semacam itu benar-
benar ada, seharusnya terdapat jutaan, bahkan milyaran, dari mereka. Lebih
penting lagi, sisa-sisa dari makhluk khayalan ini seharusnya ada dalam rekaman
fosil. Jumlah bentuk peralihan ini seharusnya lebih besar daripada spesies yang
ada, dan sisa-sisa mereka seharusnya ditemukan di seluruh penjuru dunia.
Dalam The Origin of Species, Darwin menerima kenyataan ini dan
menjelaskan: Satu- satunya penjelasan yang dapat diajukan Darwin untuk
menghadapi keberatan ini adalah bahwa temuan fosil saat ini belum lengkap. Ia
menyatakan bahwa ketika temuan fosil telah dipelajari secara teliti, mata
rantai yang hilang akan ditemukan. Para ahli paleontologi evolusi telah
menggali fosil-fosil dan mencari mata rantai yang hilang ini diseluruh dunia
sejak pertengahan abad ke-19. Semua fosil yang ditemukan dalam penggalian
menunjukkan bahwa kehidupan muncul di bumi secara tiba-tiba dan dalam bentuk
lengkap.
Pohon filogenetik adalah pendekatan logis untuk menunjukkan hubungan
evolusi antar organisme. Filogenetika dapat menganalisis perubahan yang terjadi
dalam evolusi organisme yang berbeda. Berdasarkan analisis, yang mempunyai
kedekatan dapat diidentifikasi dengan menempati cabang yang bertetangga pada
pohon. Hubungan filogenetika diantara gen dapat memprediksikan kemungkinan
yang satu mempunyai fungsi yang ekuivalen. Berdasarkan latar belakang tersebut
perlu maka dapat dibahas makalah evolusi yang berjudul filogeni sehingga dapat
mengetahui filogeni secara jelas.

3
1.2 Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah pada makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apa yang dimaksud dengan filogeni?
2. Bagaimana metode pelacakan filogeni dengan catatan fosil ?
3. Bagaimana karakter dalam konsep filogeni?
4. Bagaimana metode penyusunan dan filogeni?
5. Bagaimana konsep pohon filogeni?
1.3 Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah pada makalah ini adalah sebagai berikut:
1. untuk mengetahui dan memahami pengertian filogeni.
2. Untuk memahami metode pelacakan filogeni dengan menggunakan catatan
fosil.
3. Untuk memahami karakter dalam konsep filogeni.
4. Untuk memahami metode penyusunan filogeni.
5. Untuk memahami konsep pohon filogeni.

4
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Filogeni

Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang
dianggap mendasarinya. Istilah “filogeni” berasal dari bahasa Belanda fylogenie,
yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani Kuno yang berarti “asal-usul
suku, ras”. Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi hingga DNA.
Filogeni sangat diperlukan dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan
taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan sebagai perubahan yang berangsur-
angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian dengan waktu dan tempat.
Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme terhadap
lingkungannya.
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait. Hal
ini diwakili oleh pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana spesies terkait
satu sama lain melalui nenek moyang yang sama. Pohon filogenetik atau pohon
evolusi adalah genealogi (silsilah) kemungkinan hubungan evolusioner di antara
kelompok-kelompok taksonomik, atau dapat dikatakan sebagai diagram
percabangan atau “pohon” yang menunjukan hubungan evolusi antara berbagai
spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik
dan/ atau genetik mereka, sebab pohon filogenetika ini dapat diaplikasikan untuk
membuat sistematika biologi, seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon ini dapat
digunakan untuk mencari fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Para
ahli sistematika menggunakan bukti-bukti yang diperoleh dari catatan fosil dan
organisme yang masih ada untuk merekonstruksi filogeni. Karena susunan genetik
dan penampakan fenotipe organisme yang hidup saat ini mencerminkan episode
makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika mendapatkan informasi filogenetik
dengan cara membandingkan spesies modern. Didalam pohon filogenetik
menunjukan jenjang taksonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah evolusi, dalam

5
filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan waktu terlalu lama
untuk berubah.
Klasifikasi sistem filogenetik adalah suatu sistem klasifikasi untuk
mencerminkan gambaran urutan perkembangan makhluk hidup menurut sejarah
filogenetiknya, serta jauh dekatnya hubungan kekerabatan antara takson yang satu
dengan takson yang lain, sesuai sejarah evolusi. Sistematika ini memiliki tujuan
lebih dari sekedar organisasi sederhana, agar klasifikasi menunjukan kedekatan
evolusioner spesies.
2.2 Metode Pelacakan dengan Menggunakan Catatan Fosil dan
Karakteristik Morfologi
A. Catatan Fosil
Catatan fosil merupakan susunan teratur di mana fosil mengendap dalam
lapisan, atau strata, pada batuan sedimen yang menandai berlalunya waktu
geologis. Para ahli paleontology mengumpulkan dan menterpretasikan fosil
tersebut untuk menentukan umurnya dan konstribusinya dalam filogeni. Fosil
terbentuk dari organisme mati yang terkubur dalam sedimen. Bahan organik dari
organisme mati, umumnya terurai dengan cepat. Namun bagian yang keras dan
kaya akan mineral seperti cangkang vertebrata dan protista bisa tetap bertahan
sebagai fosil.
Fosil juga dapat terbentuk sebagai lapisan tipis yang tertekan di antara
lapisan-lapisan batu pasir dan serpihan. Contohnya, fosil daun tumbuhan berumur
jutaan tahun dan masih tetap hijau karena mengandung klorofil. Dalam banyak
penggalian, fosil juga ditemukan dalam bentuk bebatuan yang membentuk
replika organisme tersebut. Para ahli juga banyak menemukan bentuk perilaku
yang terfosilisasi, seperti fosil jejak kaki, dan sarang lubang hewan. Selain itu,
organisme yang mati pada tempat di mana bakteri dan jamur tidak dapat
menguraikannya, maka tubuhnya bisa terawetkan membentuk fosil. Contohnya,
fosil kalajengking yang terjerat dalam resin dan berumur 30 juta tahun.
Penemuan-penemuan fosil sedimen di atas, selanjutnya dijadikan dasar oleh para
ilmuwan untuk merekonstruksi sejarah kehidupan.

6
 Berdasarkan catatan fosil yang ada teori evolusi memberikan gagasan
bahwa semua organisme yang hidup sekarang ini pada suatu periode dalam
sejarahnya mempunyai moyang sama. Secara tidak langsung hal itu menyatakan
bahwa pada waktu yang lampau terdapat lebih sedikit jenis makhluk hidup, dan
bahwa makhluk ini bersifat lebih sederhana. Salah satu bukti yang mendukung hal
ini, adalah susunan lapisan batuan sedimen di Grand Canyon, dimana semakin
dalam menuruni lembah galian maka berkurang jenis fosil. Begitu pula pada
tingkat kompleksitas fosil organisme yang ditemukan, semakin ke dalam semakin
sederhana.
Penemuan fosil adalah puncak dari serangkaian kebetulan yang tidak
mungkin terjadi secara bersamaan. Organisme harus mati pada tempat yang tepat
pada waktu yang tepat sehingga memungkinkan terbentuknya fosil. Sebagian
besar dari spesies yang pernah hidup mungkin tidak meninggalkan fosil, atau
sebagian besar fosil telah hancur dan hanya sedikit yang ditemukan. Namun
demikian, dalam ketidaklengkapannya catatan fosil tetap merupakan suatu
dokumen yang detail mengenai filogeni dan mencakup waktu geologis yang
begitu panjang. Urutan strata sedimen merekam urutan perubahan biologis, dan
metode penentuan umur memberikan perkiraan masa perjadinya perubahan itu.
Dengan demikian, yang terekam dalam batuan adalah kronologi perubahan
lingkungan yang berkaitan dengan perubahan-perubahan akibat evolusi
organisme.

7
 a. Batuan sedimen merupakan sumber fosil yang paling kaya
Batuan sedimen atau batuan endapan terbentuk dari lapisan mineral yang
mengendap dan memisah dari air. Pasir dan endapan lumpur yang sudah lapuk
dan tererosi oleh tanah dibawa oleh aliran sungai ke laut atau kerawa, dimana
partikel-partikel itu akan mengendap ke bagian dasar. Sedimen akan menumpuk
dan menekan endapan yang lebih tua di bawahnya menjadi serpihan, serpihan
menjadi pasir, dan pasir menjadi batu. Ketika bentuk kehidupan akuatik dan
organisme darat yang terbawa ke lautan dan rawa itu mati, organisme yang mati
tersebut akan megendap bersama sedimen tadi. Sebagian kecil akan diawetkan
secara alami menjadi fosil. Di lokasi manapun, sedimentasi tidak berlangsung
secara terus menerus, tetapi terjadi secara berkala ketika permukaan laut berubah
atau ketika danau dan rawa mengering.
b. Para ahli paleontologi menggunakan beraneka ragam metode untuk
memperkirakan usia fosil
Strata pada suatu lokasi sering kali berkorelasi dengan strata fosil pada
lokasi lain melalui kehadiran fosil yang sama, yang dikenal sebagai fosil indeks.
Dengan mempelajari banyak tempat yang berbeda, para ahli geologi telah
membuat skala waktu geologis. Skala waktu geologis dibuat berdasarkan
perkiraan hubungan antara ketebalan lapisan sedimen dengan usia fosil atau lama
fosil tersebut tertimbun. Rekaman batuan adalah suatu rangkaian yang mencatat
umur relatif fosil. Salah satu metode yang digunakan dalam penentuan umur fosil
ayitu dengan penentuan umur absolut. Metode ini tidak dapat diartikan sebagai
penentuan umur tanpa kesalahan. Dalam penentuan umur ini, dinyatakan dalam
tahun, dan bukan dalam istilah relatif seperti sebelum, setelah, awal dan akhir.
c. Catatan fosil adalah suatu rekaman sejarah evolusi yang sangat penting,
meskipun tidak lengkap
Penemuan suatu fosil adalah puncak dari serangkaian kebetulan yang tidak
mungkin terjadi secara bersamaan. Pertama, organism itu harus mati pada tempat
yang tepat, waktu yang tepat, dan kondisi penguburan yang memungkinkan proses
terbentuknya fosil.

8
 d. Filogeni memiliki dasar biogeografis dalam pergeseran benua (continental
drift)
Benua tidak menetap dalam satu tempat, tetapi bergeser di sekitar
permukaan bumi, seperti penumpang pada lempengan raksasa kerak bumi yang
mengapung di atas lapisan dasar yang panas. Sebagai contoh, amerika utara dan
eropa sat ini saling menjauhi dengan laju 2 cm pertahun. Pergeseran ini
meembantu persebaran geografis spesies yang menyebabkan keterkaitan fosil
pada berbagai daerah (fosil indeks).
e. Sejarah kehidupan diselingi oleh adanya kepunahan massal yang diikuti
oleh radiasi adaptif oleh spesies yang hidup
Zona adaptif yang kosong mungkin masih ada, bahkan pada saat ini. Suatu
zona adaptif yang kosong hanya dapat dimanfaatkan jika terjadi pembentukan
struktur baru akibat evolusi dimana struktur itu sesuai. Serangga yang terbang
sudah hidup paling tidak 100 juta tahun sebelum reptilia dan burung terbang yang
memakan serangga tersebut berevolusi. Sebaliknya, suatu kemunculan struktur
baru tidak memberikan kemempuan untuk memanfaatkan zona adaptif yang tidak
ada atau yang sudah ditempati sebelumnya. Mamalia sudah ada paling tidak 75
tahun sebelum radiasi adaptifnya yang pertama. Radiasi adaptif baru sering kali
menyusul kepunahan massal yang menyapu bersih penghuni lama zona adaptif
tersebut.
Evolusi memiliki dimensi dalam ruang dan dalam waktu. Sejarah bumi telah
membantu menjelaskan sebaran geografis spesies saat ini. Contohnya, munculnya
pulau-pulau vulkanik seperti Galapagos membuka lingkungan baru bagi makhluk
hidup dan penyebaran adaptif untuk mengisi relung yang tersedia. Di samping itu,
benua mengalami pergeseran pada sepanjang waktu. Pergeseran seperti yang
terjadi antara Erofa dan Amerika yang saling menjauhi menyebabkan banyak
spesies yang telah berkembang dalam keadaan terisolasi bertemu dengan yang
lain dan bersaing satu sama lain. Seiring dengan pemisahan benua, masing-masing
daerah menjadi tempat evolusi yang terpisah, dan flora serta fauna dari alam
biogeografis yang berbeda mulai menyebar. Hal ini dapat dicontohkan dengan
penemuan fosil reptilian masa Trias di Ghana yang persis sama dengan yang

9
diketemukan di Brazil. Padahal kedua daratan saat ini terpisah dengan jarak 3000
km, namun diperkirakan menyatu sebagai daratan pada awal zaman Mesozoikum.
B. Pelacakan Filogeni dengan Teknik Molecular Marker
Dalam perspektif ini filogeni merupakan deskripsi hubungan gen, protein
atau spesies. Dalam filogeni diasumsikan objek yang diteliti berhubungan
melalui evolusi. Pohon filogeni digunakan untuk menunjukkan hubungan evolusi
antar organisme. Analisis filigenetik ini memerlukan data yang tepat untuk
menentukan pohon filogenetik yang tepat. Data yang tepat untuk analisis
filigenetik berupa taxa, yaitu kelompok organisme yang ingin diketahui hubungan
evolusinya. Karakter, yaitu daftar sifat organisme dan beberapa anggota kelompok
memiliki sifat yang berbeda (character states).
Pendekatan klasik dalam filogeni menggunakan karakteristik morfologi
untuk mempelajari hubungan antar spesies. Selanjutnya berkembang: Molecular
Phylogeny, yang menggunakan data molekuler untuk menentukan hubungan antar
spesies. Molecular phylogenetics bertujuan menentukan kecepatan dan pola-pola
perubahan yang terjadi pada DNA dan protein dan merekonstruksi sejarah evolusi
gen dan organisme. Adapun data yang digunakan dapat berupa karakteristik yang
bervariasi seperti urutan/sekuens protein, hibridisasi DNA, frekuensi gen,
urutan/sekuens DNA, data imunologi, pola-pola restriksi.
2.3 Karakter dalam Konsep Filogeni
Karakter adalah penampakan atau fenotip yang dapat berupa morfologi,
anatomi, histology, fisiologi maupun molekuler yang dimiliki oleh suatu individu
yang pada umumnya dapat diinderai, dan merupakan ekspresi dari gen yang
dipengaruhi oleh lingkunganya. Karakter merupakan subyek pertama yang
diperlukan untuk identifikasi suatu spesies sehingga bisa didapatkan nama dan
tingkatan takson spesies tersebut. Semakin banyak persamaan karakternya
semakin dekat hubungan kekerabatannya, sebaliknya semakin banyak
perbedaanya semakin jauh hubungan kekerabatannya.
Seperti contoh dalam penyusunan filogeni tumbuhan yang terbagi menjadi
dua karakter dalam konsep filogeni yaitu, hal yang harus dilakukan terlebih
dahulu adalah menyusun tabel karakter apomorfi dari semua kelompok tumbuhan

10
yang akan dibuat filogeninya. Selain tabel karakter, juga harus dibuat tabel
karakter numerik, kemudian dilanjutkan dengan pembuatan kladogram yang
disusun berdasarkan tabel kesamaan karakter apomorfi.
Dari kedua karakter tersebut kita bisa ketahui perbedaannya dalam konsep
filogeni karena karakter apomorfi itu lebih ke karakter keturunan, penentuan
apakah karakter tersebut maju ataukah primitif dilakukan oleh pendukung
kladistik dan sedangkan karakter numerik adalah untuk menentukan hubungan
kekerabatan antar spesies tersebut dalam konsep filogeni.
2.4 Metode Penyusunan Filogeni
Metode yang digunakan dalam penyusunan filogeni adalah sebagai berikut:
a. Phenetic sistem yaitu pengelompokan organisme berdasarkan kesamaan (fisik
dan kimia) karakteristik. Pengelompokan Phenetic mungkin atau tidak
mungkin berkorelasi dengan hubungan evolusi. Metode penyusunan filogeni
dengan pendekatan analisa numerik. Pendekatan tersebut meliputi
penghitungan Indeks ketidaksamaan, Indeks keanekaragaman, analisa pola
dan berbagai indeks yang lain. Dalam pendekatan fenetik semua subyek dan
faktor yang dianalisis punya kedudukan yang sama.
b. Kladistik atau Filogenetik sistem yaitu pengelompokan organisme didasarkan
pada kesamaan warisan evolusi. Teknik sekuensing DNA dan RNA dianggap
memberikan filogeni paling berarti. Metode ini muncul atas dasar pemikiran
bahwa proses alamiah akan selalu mengambil jalan yang paling singkat.
Dalam kladistik setiap ciri fisik mempunyai tingkatan yang berbeda.
Biologi molekuler memandang proses perkembangan organisme yang ada
saat ini adalah merupakan hasil perkembangan makhluk hidup sebelumnya.
Keragaman organisme yang ada pada saat ini dipandang sebagai perubahan
organisme yang dimulai dari struktur DNA dimana mekanisme perubahan
tersebut dimulai dari tingkat molekul DNA (penyandi program kehidupan)
sehingga memungkinkan adanya keragaman organisasi makhluk hidup. Dari
kajian bidang molekuler muncul banyak konsep penting adanya gen yang tidak
berubah selama proses evolusi. Gen-gen tersebut memiliki tingkah homologi
(kesamaan) struktur antara spesies dalam skala luas dan ekspresi fungsional

11
protein yang dihasilkannya tidak berbeda satu dengan yang lainnya. Gen-gen ini
disebut gen-gen yang mengalami konservasi. Berdasarkan konsep biologi
molekuler bahwa kajian asal usul organisme sangat diuntungkan oleh keberadaan
mitokondria karena dalam kedua organela tersebut diketahui adanya DNA yang
berbeda dengan DNA kromosom.Selain itu telah terbukti bahwa DNA
mitokondria hanya berasal dari ibu.Sehingga untuk menelaah asal usul manusia,
hewan dan tanaman tingkat tinggi. Banyak dilakukan dengan analisis DNA
mitokondria.
2.5 Konsep Pohon Filogeni
Pohon filogenetika dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi,
seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari
fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Para ahli sistematika
menggunakan bukti-bukti yang diperoleh dari catatan fosil dan organisme yang
masih ada untuk merekonstruksi filogeni. Karena susunan genetik dan
penampakan fenotipe organisme yang hidup saat ini mencerminkan episode
makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika mendapatkan informasi filogenetik
dengan cara membandingkan spesies modern. Didalam pohon filogenetik
menunjukan jenjang taksonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah evolusi, dalam
filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan waktu terlalu lama
untuk berubah.
Dalam pembuatan pohon Filogenetik, terdapat sebuah konsep yang perlu
dipegang terlebih dahulu. Konsep itu mengenai bagaimana sekelompok makhluk
hidup membagai sifat yang dimilikinya satu dengan yang lainnya. Dalam ilmu
Biologi, pembagian sifat ini mempunyai istilahnya sendiri. Beberapa istilah
tersebut adalah:
1. Symplesiomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tapi juga ditemukan
pada taksa nenek moyang yang sebelumnya. Misalnya pada monyet dan tikus
ditemukan terdapat 5 kubu jari, hal ini juga ditemukan pada kadal. Namun, kedua
kelompok ini terdapat pada taksa yang berbeda.

12
 2. Homoplasy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tetapi tidak dimiliki
oleh nenek moyang yang paling terakhir yang dimilki. Misalnya saja pada
mamalia dan aves. Keduanya berdarah panas, tetapi pada nenek moyang terakhir
sebelum keduanya terpisah sifat ini tidak ditemukan.
3. Synapomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh satu atau dua taksa yang mempunyai
nenek moyang terakhir yang sama. Misalnya saja pada kelompok mamalia, semua
mamalia membagi sifat mempunyai rambut dan berdarah panas.
Pohon filogeni atau filogenetik merupakan genealogi (silsilah) atau diagram
yang melacak kemungkinan hubungan evolusioner di antara kelompok-kelompok
taksonomik. Pola percabangan suatu pohon filogenetik menunjukkan jenjang
taksonomik. Dimana posisi cabang pohon menandakan umur devergensi
evolusioner, dengan demikian spesies taksa yang paling terakhir diturunkan,
berada pada cabang paling atas. Dalam membangun pohon filogeni digunakan
catatan fosil dan anatomi perbandingan. Akan tetapi dapat pula digunakan metode
lain yakni membandingkan DNA dan protein spesies-spesies yang akan dibuatkan
silsilah.
Dalam penentuan taksa, diperlukan pengelompokan spesies kedalam taksa
yang lebih spesifik seperti:
1. Monofiletik yaitu jika nenek moyang tunggalnya hanya menghasilkan
semua spesies turunan dalam takson tersebut dan bukan spesies pada takson
lain.
2. Polifiletik yaitu jika anggotanya diturunkan dari dua atau lebih bentuk
nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya.
3. Parafiletik yaitu jika takson itu tidak meliputi spesies yang memiliki nenek
moyang yang sama yang menurunkan spesies yang termasuk dalam takson
tersebut.

13
 Monofiletik, polifiletik dan parafiletik di ilustrasikan dalam bagan diatas :
a. Monofiletik

Takson 1 yang terdiri dari tujuh spesies (B-H), memenuhi kualifikasi

sebagai suatu pengelompokan monofiletik, yang merupakan bentuk ideal dalam
taksonomi. Takson tersebut meliputi semua spesies terutama dan juga nenek
moyang bersama yang paling dekat (spesies B).
b. Polifiletik
Takson 2 suatu subkelompok di dalam takson 1 adalah polifiletik (spesies E
dan G) diturunkan dari dua nenek moyang yang paling dekat (spesies C dan F).
c. Parafiletik
Takson 3 adalah parafiletik, spesies A dimasukan tanpa menggabungkan
semua keturunan dari nenek moyang tersebut.
Contoh lain adalah pengelompokkan berbagai monofiletik, terdapat
kelompok besar dikotil yang monofiletik yang dinamai, sebagai contoh misalnya :
Oryza sativa (padi), Zea mays (jagung), dan Musa paradisiaca. Kelompok
semacam itu dikatakan sebagai kelompok monofiletik, yang dapat digambarkan.
Kajian di atas membuktikan bahwa monokots adalah monofiletik dan dikot adalah
parafiletik. Satu contoh lain adalah zaitun (Olea europaea).
Ada juga tumbuhan runjung atau Pinophyta, atau lebih dikenal dengan nama
konifer (Coniferae), merupakan sekelompok tumbuhan berbiji terbuka
(Gymnospermae) dengan ciri yang paling jelas yaitu memiliki runjung ("cone")
sebagai pembawa biji. Kelompok ini dulu dalam klasifikasi berada pada takson
"kelas" namun sekarang menjadi divisio tersendiri setelah diketahui bahwa
pemisahan Gymnospermae dan Angiospermae secara kladistik adalah polifiletik.
Contoh Pohon Filogeni

14
 Gambar Pohon Filogeni dari Hewan Reptil

Gambar Pohon Filogeni dari Hewan Karnovira

Gambar Pohon Filogeni Beruang

15
Gambar Pohon Filogeni Hewan

Gambar Pohon Filogeni Tumbuhan

Gambar Pohon Filogeni Dinosaurus

16
 Hubungan antar klasifikasi dan filogeni, pohon filogeni atau pohon evolusi
yang bercabang-cabang menunjukan pengaturan jenjang taksa, pohon filogenetik
(silsilah) ini menyatakan kemungkinan kedekatan genealogis di antara beberapa
taksa yang berada di bawah ordo Carnivora, yang merupakan cabang dari kelas
mamalia. Dimana posisi cabang pohon itu juga menandakan umur relative
divergensi evolusioner dengan demikian spesies taksa yang paling terakhir di
turunkan, berada pada cabang paling atas pohon ini. Dan para ahli sistematika
menggunakan catatan fosil dan anatomi perbandingan untuk membantu
membangun pohon filogenetik tetapi dapat juga menggunakan metode lain,
seperti membandingkan DNA dan protein dari spesies-spesies tersebut.
Ketika silsilah membelah (spesiasi), itu direpresentasikan sebagai
percabangan pada filogeni. Ketika peristiwa spesiasi terjadi, garis keturunan
leluhur tunggal menimbulkan dua atau lebih garis keturunan. Filogeni melacak
pola keturunan dari garis keturunan. Setiap garis keturunan memiliki bagian dari
sejarah yang unik dan bagian yang dibagi dengan garis keturunan lainnya.
Demikian pula, setiap keturunan memiliki nenek moyang yang unik dengan
garis keturunan dan nenek moyang yang dibagi dengan garis keturunan lain
(common ancestors). Clade adalah pengelompokan yang mencakup satu nenek
moyang dan semua keturunan (hidup dan punah) leluhur itu. Menggunakan
filogeni, mudah untuk mengetahui apakah kelompok garis keturunan membentuk
clade.
Ujung filogeni merupakan garis keturunan. Tetapi hal itu tergantung pada
berapa banyak cabang pohon. Namun, keturunan di ujung mungkin populasi yang
berbeda dari spesies, spesies yang berbeda, clades yang berbeda, atau masing-
masing terdiri dari banyak spesies.

17
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang diperoleh pada pembahasan makalah ini adalah
sebagai berikut:
1. Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang
dianggap mendasarinya. Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme
yang saling terkait. Hal ini diwakili oleh pohon filogenetik yang
menunjukkan bagaimana spesies terkait satu sama lain melalui nenek moyang
yang sama.
2. Catatan fosil merupakan susunan teratur di mana fosil mengendap dalam
lapisan, atau strata, pada batuan sedimen yang menandai berlalunya waktu
geologis. Dengan demikian, yang terekam dalam batuan adalah kronologi
perubahan lingkungan yang berkaitan dengan perubahan-perubahan akibat
evolusi organisme. Perkembangan Pendekatan klasik dalam filogeni
menggunakan karakteristik morfologi untuk mempelajari hubungan antar
spesies.
3. Karakter merupakan subyek pertama yang diperlukan untuk identifikasi suatu
spesies sehingga bisa didapatkan nama dan tingkatan takson spesies tersebut.
Semakin banyak persamaan karakternya semakin dekat hubungan
kekerabatannya, sebaliknya semakin banyak perbedaanya semakin jauh
hubungan kekerabatannya.
4. Metode penyusunan filogeni terbagi atas dua yaitu Phenetic dan kladistik.
Phenetic mungkin atau tidak mungkin berkorelasi dengan hubungan evolusi.
Metode penyusunan filogeni dengan pendekatan analisa numerik.Dalam
pendekatan fenetik semua subyek dan faktor yang dianalisis punya
kedudukan yang sama. Pada kladistik atau filogenetik sistem yaitu
pengelompokan organisme didasarkan pada kesamaan warisan evolusi.
Teknik sekuensing DNA dan RNA dianggap memberikan filogeni paling

18
 berarti. Metode ini muncul atas dasar pemikiran bahwa proses alamiah akan
selalu mengambil jalan yang paling singkat. Dalam kladistik setiap ciri fisik
mempunyai tingkatan yang berbeda.
5. Pohon filogenetika dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi,
seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari
fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Didalam pohon filogenetik
menunjukan jenjang taksonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah evolusi,
dalam filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan waktu
terlalu lama untuk berubah.
3.2 Saran
Saran dari penulis yaitu di harapakan kepada para pembaca agar memahami
makalah mengenai filogeni ini, agar di dalam kehidupan sehari-hari tidak terjadi
kesalahpahaman dari ilmu yang dimiliki. Penulis mengetahui terdapat banyak
kekeliruan dalam penyajian makalah ini, oleh karena itu kritik dan saran sangat
diperlukan untuk membangun kami menjadi pribadi yang baik dan agar dihari
kemudian penulis dapat menyajikan makalah yang lebih baik dari sebelum-
sebelumnya.

19