PEMETAAN

GENETIK/
PETA KROMOSOM
 Outline
Pengertian Peta Kromosom

Jarak peta

Urutan gen

Persentase rekombinasi

Nilai Koefisien Koinsiden (KK)

Nilai Interferensi

Peta genetik VS Peta Fisik

 Peta Kromosom
• Gambar skema sebuah kromosom yang
digambarkan sebagai sebuah garis lurus,
dimana diperlihatkan lokus setiap gen yang
terletak pada kromosom tersebut.
 Jarak Peta
• Ada dua aspek utama pemetaan genetik :

Penentuan urutan linier unit-unit genetik

satu sama lain (urutan gen, gen order)

Penentuan jarak relatif antar unit genetik

(jarak gen)
 Jarak antara satu gen terhadap gen yang lainnya yang berangkai
pada sebuah kromosom dinyatakan dengan unit peta

Unit peta seringkali disebut sebagai sentimorgan (cM)

Satu unit jarak peta ekuivalen dengan 1% pindah silang

Contoh :
1. Pindah silang gen a-b=5%, berarti jarak a-b=5 unit peta
Pindah silang gen b-c=9%, berarti jarak b-c=9 unit peta
Pindah silang gen c-d=12%, berarti jarak c-d=12 unit
peta
Maka, gambar peta kromosomnya:
a b c d
5 9 12
2. Jika jarak peta antara lokus B dan C adalah 12 unit, hitunglah
persentase pindah silang masing-masing tipe rekombinan.
Jawab :
Jika jarak peta antara lokus B dan C adalah 12 unit, maka 12% dari
gamet-gamet bergenotipe BC/bc pastilah merupakan tipe pindah
silang, dengan kata lain, 6% Bc dan 6% bC.
B C = BC = Parental

B C = Bc = Rekombinan = 6%

b c = bC = Rekombinan = 6%

b c = bc = Parental
 Urutan Gen
• Karena jarak-jarak peta bisa dijumlahkan, kita pun bisa
menempatkan gen-gen dalam urutan liniernya yang sesuai.
• Tiga gen yang bertautan bisa tersusun dalam urutan yang
mana saja dari tiga kemungkinan yang ada, tergantung pada
gen apa yang terletak di tengah.
• Jika tidak terjadi pindah silang ganda, jarak peta bisa
diperlakukan sepenuhnya sebagai unit-unit penjumlahan.

• Contoh :
Jika kita mendapat informasi bahwa jarak A-B=12 cM, B-C=7 cM,
A-C=5 cM, maka urutan gen yang benar adalah..
• Kemungkinan I : Anggaplah bahwa A ada di tengah
B 12 A

B 7 C A 5 C

Lokus C tidak klop posisinya, karenanya tidak mungkin A di tengah

• Kemungkinan II : Anggaplah bahwa B di tengah

A 12 B
A 5 C B 7 C
Lagi-lagi, Lokus C tidak klop posisinya, karenanya
tidak mungkin B di tengah
• Kemungkinan III : Anggaplah bahwa C ada di tengah
A 5 C
C 7 B
A 12 B
Sekarang, ketiga Lokus pun sudah klop posisinya.
Maka, pastilah C di tengah
 Mengkombinasikan
Segmen-Segmen Peta
Segmen-segmen peta yang ditentukan dari
percobaan-percobaan tautan tiga titik bisa
dikombinasikan setiap kali ada dua di antara
ketiga gen tersebut yang sama.
 Contoh :
Anggaplah ada tiga segmen peta sbb:
1. a 8 b 10 c

2. c 10 b 22 d
3. c 30 e 2 d
Tumpang tindihkan masing-masing segmen dengan cara
mencocokkan gen-gen yang sama.
1. a 8 b 10 c
2. d 22 b 10 c
3. d 2 e 30 c
Lalu kombinasikan ketiga segmen tersebut menjadi satu peta.
Jarak a ke d = (d ke b)-(a ke b) = 22-8 = 14
Jarak a ke e = (a ke d)-(d ke e) = 14-2 = 12
d 2 e 12 a 8 b 10 c
• Frekuensi rekombinan atau nilai pindah silang
adalah angka yang menunjukkan persentase
rekomendasi dari hasil- hasil persilangan.
• Nilai pindah silang dapat digunakan untuk
menentukan jarak antara dua gen yang
berdekatan.
• 1% frekuensi rekombinan menunjukkan jarak
gen 1 unit peta atau 1 centimorgan.
 

F = x 100%
 Nilai Koefisien Koinsiden (KK)
• Koefisien koinsidens adalah ukuran kekuatan
interferensi. Dengan arti lain, perbandingan
pindah silang sebenarnya (yang teramati)
dengan pindah silang harapan (bila tidak ada
pengaruh).
 

KK =
 Nilai Interferensi
• Interferensi adalah pindah silang yang terjadi
pada suatu tempat mampu mengurangi
kemungkinan terjadinya pindah silang pada
daerah lain yang berdekatan. Dengan kata
lain, jika interferensi berkurang, koinsidens
bertambah.

I = 1-KK
 Contoh
Pada jagung, biji berwarna (C) dominan
terhadap tidak berwarna (c). Biji tidak keriput (S)
dominan terhadap biji keriput (s). Jagung yang
mempunyai biji berwarna dan tidak keriput
(CCSS) disilangkan dengan varietas yang bijinya
tidak berwarna dan keriput (ccss). Kemudian F1-
nya diuji silang dan akan memperoleh F2
dengan total 8368 batang. Terdiri dari CCSS :
4032 batang, ccss: 2035 batang, CCss: 149
batang, dan ccSS : 152 batang. Hitunglah
frekuensi parental dan rekombinannya.
P1 : CCSS
P2 : ccss
CCSS x ccss

F1 : CcSs
CcSs x ccss
F2 : CCSS : 4032 batang
ccss : 2035 batang
CCss : 149 batang
ccSS: 152 batang
Total : 8368 batang
• Frekuensi
  parental :
x 100% = 96,40%

• Frekuensi rekombinan :
x 100% = 3,60%

• Frekuensi parental > 50% menunjukkan bahwa gen C

dan S berada pada kromosom yang sama.

• Frekuensi rekombinan 3,60% menunjukkan bahwa

jarak gen C dan S adalah 3,6 centi morgan atau unit
peta.
 Contoh
• Pada lalat Drosophilla melanogaster dikenal
gen-gen terangkai pada autosom:
+ = sayap normal
cu = sayap keriting
+ = dada normal
sr = dada bergaris
+ = bulu normal
ss = bulu tak bertulang
• Uji silang lalat trihibrid
P = +++ X cu ss sr
cu ss sr cu ss sr
(normal,normal,normal) (keriting,tak bertulang, bergaris)

Menghasilkan keturunan F2 misalnya sbb:

330 lalat sayap normal, bulu normal, dada normal
22 lalat sayap normal, bulu tak bertulang, dada normal
6 lalat sayap keriting, bulu tak bertulang, dada normal
148 lalat sayap normal, bulu tak bertulang, dada bergaris
8 lalat sayap keriting, bulu normal, dada bergaris
292 lalat sayap keriting, bulu tak bertulang, dada bergaris
186 lalat sayap keriting, bulu normal, dada normal
8 lalat sayap normal, bulu normal, dada bergaris
1000 lalat
• Buatlah peta dari kromosom tersebut dengan menggambarkan lokus dari
masing-masing gen tersebut dan menetapkan jarak antara gen-gen yang
berangkai.
• Jawab :
1. Hasil uji silang itu nyatakan dalam gen-gennya.
330 + + +
Lalat tipe parental (tipe PAR)
292 cu ss sr
148 + ss sr Lalat hasil pindah silang I (tipe
186 cu + + PS I)
22 + ss + Lalat hasil pindah silang II
8 cu + sr (tipe PS II)
6 cu ss + Lalat hasil pindah silang ganda
8 + + sr (tipe PSG)
1000
2. Mencari urutan letak gen yang sebenarnya. Urutan gen yang tertulis itu
didasarkan atas kemauan yang mengadakan percobaan itu, sehingga belum
menjamin bahwa urutan letak gen itu sudah benar. Untuk mengetahui urutan
letak gen yang sebenarnya, kita tulis:
TIPE PARTIPE PSG
+++ cu ss +
cu ss sr + + sr

Jika diperhatikan dengan saksama, maka antara tipe PAR dan tipe PSG ada
perbedaan mengenai letak gen sr (Kita hanya diperkenankan memindahkan
letak sebuah gen saja, sebab pada peristiwa pindah silang ganda, yang berubah
tempat juga hanya sebuah gen saja, yaitu gen yang berada di tengah, sedang
gen-gen yang terdapat di ujung-ujung letaknya tetap). Berhubung letak gen
yang benar ialah cu sr ss atau jika dibaca terbalik ss sr cu.
Andaikata kita menggunakan urutan letak gen cu sr ss maka tipe PAR yang
benar ialah: + + +
cu sr ss
3. Menghitung jarak antara gen-gen itu, yaitu dengan menghitung kekuatan
pindah silang antara gen-gen tersebut.
Pindah silang antara gen cu-sr = (+ sr ss) + (cu + +) + (+ sr +) + (cu + ss) X 100%
1000
= 148 + 186 + 8 + 6 X 100% = 34,8%
1000
Pindah silang antara gen sr-ss = (+ + ss) + (cu sr +) + (+ sr +) + (cu + ss) X 100%
1000
= 22 + 8 + 8 + 6 X 100% = 4,4%
1000
Jadi, jarak :
antara gen cu-sr = 34,8 unit
antara gen sr-ss = 4,4 unit
antara gen cu-ss = 39,2 unit
4. Menggambar peta kromosom dalam bentuk garis linier, yaitu

cu 34,8 sr 4,4 ss
•5.  Menghitung nilai KK
PSG yang diperoleh = = 0,014
KK = = 0,93
I = 1-KK
= 1-0,93
=0,07
Uji silang individu-individu trihibrid. Tanaman
jagung homozigot untuk gen resesif glossy (g) yaitu
menghasilkan daun-daun yang mengkilat. Semai
hijau kekuning-kuningan ialah hasil gen resesif yang
disebut viresen (v). Gen resesif ketiga ialah steril
variable (a) yang menunjukkan distribusi kromosom
yang teratur selama meiosis. Ketiga gen berpautan.
Dua tumbuhan homozigot disilangkan menghasilkan
F1 yang semuanya normal. Bila F1 diujisilangkan,
fenotip keturunan yang muncul sebagai berikut:
 FENOTIP JUMLAH GENOTIP KETERANGAN

Normal 235 G-V-A Parental

Mengkilat steril pucat 270 g-v-a Parental

Mengkilat steril 62 g-V-a s.c.o

Pucat 60 G-v-A s.c.o

Mengkilat pucat 48 g-v-A s.c.o

Steril 40 G-V-a s.c.o

Steril pucat 4 G-v-a d.c.o

Mengkilat 7 g-V-A d.c.o

Jumlah 726
• Gen
  G DCO tidak sama dengan gen G parental,
sehingga gen G dipindah ketengah. Oleh sebab
itu, urutan gen yang benar adalah seperti di
bawah ini :

• Menghitung jarak antar gen

Jarak gen V-G : x 100%

Jarak gen G-A : x 100%

•• Frekuensi
  sebenarnya =
= 11/726 = 0,015

• Frekuensi harapan =
= 18,3% x 13,6% /1000
= 248,88/1000 = 0,025

• KK =
= 0,015/0,025
= 0,6

• I = 1-KK
= 1-0,6
= 0,4
 Peta Genetik VS Peta Fisik
Frekuensi pindah silang biasanya bervariasi pada segmen-
segmen kromosom yang berbeda-beda, tapi merupakan
peristiwa yang sangat bisa diperkirakan terjadi di antara dua
lokus gen manapun. Karenanya, jarak fisik sebenarnya
(dalam pasang basa nukleotida) antara gen-gen yang
bertautan tidak berhubungan langsung dengan jarak peta
yang dihitung berdasarkan persentase pindah silang. Bagi
kromosom manusia, 1 cM kira-kira ekuivalen dengan 1-
3x106bp DNA. Peta genetik digambarkan dalam unit-unit
centimorgan (cM), sedangkan peta fisik digambarkan dalam
pasang basa (bp, base pair) DNA.
 Mengapa perlu dilakukan
pemetaan fisik?
• Peta genetik memiliki resolusi yang relatif
buruk dan cenderung tidak akurat, dan harus
disempurnakan oleh pemetaan fisik jika peta
tersebut akan digunakan dalam proyek
pengurutan genom.
 SOAL
•  Buatlah
1.
phase”.
3 contoh gen-gen yang terangkai dalam keadaan “repulsion

2. Buatlah 3 contoh gen-gen yang terangkai dalam keadaan “coupling

phase”.
3. Satuan jarak peta disebut dengan...
4. Jika diketahui jarak gen H dan I adalah 10 cM, maka besar persentase
pindah silang kedua gen tersebut sebesar....%
5. Andaikata jarak antara gen d dan e pada suatu individu dengan
genotipe adalah 18 unit, maka analisislah berapa persen masing-
masing gamet tersebut membentuk rekombinan.
6. Jika kita mendapat informasi bahwa jarak A-B=22 cM, B-C=16 cM, A-
C=6 cM. Gambarkan urutan gen yang benar.
7. Jika pada peta kromosom dengan gen WXYZ diketahui jarak gen W-
Z=34 cM, Y-Z=5cM, dan X-Y=11 cM. Maka jarak gen W-X sebesar....cM
 SOAL
4. Mula-mula kita mengawinkan lalat Drosophila betina homozigotik
untuk gen-gen resesif cu (sayap berkeluk), sr (tubuh bergaris) dan e
(tubuh hitam) dengan lalat jantan tipe liar (normal) homozigotik, yaitu
Cu (sayap lurus), Sr (tubuh tak bergaris) dan E (tubuh kelabu). Lalat-
lata betina F1 (yang berbentuk trihibrid) kemudian diujisilangkan
dengan lalat jantan yang sama sekali resesif, yaitu sayap berkeluk,
tubuh bergaris, tubuh hitam. Hasil F2 menunjukkan 1926 lalat buah,
dengan rincian 786 lalat lurus, tak bergaris, kelabu; 753 lalat berkeluk,
bergaris, hitam; 107 lalat lurus, bergaris, hitam; 97 lalat berkeluk, tak
bergaris, kelabu; 86 lalat lurus, tak bergaris, hitam; 94 lalat berkeluk,
bergaris, kelabu; 1 lalat lurus,bergaris, kelabu; dan 2 lalat berkeluk, tak
bergaris, hitam. Hitunglah jarak peta ketiga gen jika gen letaknya
berangkaian, jangan lupa menggambar peta kromsomnya. Hitung juga
persentase parental dan rekombinasinya, nilai KK dan I nya.