Taksonomi :

Klasifikasi Makhluk Hidup


 KEBUTUHAN
KLASIFIKASI

 sejak kehidupan pertama kali muncul di Bumi 3,5
miliar tahun yang lalu, banyak jenis baru organisme
telah berevolusi.
 Banyak organisme ini telah punah, sementara
beberapa telah berkembang menjadi fauna dan flora
yang hadir di dunia .
 Kepunahan dan diversifikasi terus meningkat,
 SEMUA KENAIKAN BIODIVERSITY 10000000-
13000000 spesies di Bumi
 NAMA DAERAH membingungkan,
kebutuhan untuk Binomial
Nomenklatur

Burung Eropa umumnya disebut robin
adalah spesies yang berbeda dari burung
robin Amerika
Robin Eropa
Erithacus rubecula, 

Robin Amerika
Turdus migratorius.
 
Sejarah taksonomi
 herba , semak , dan
pohon-pohon

 Secara tradisional, organisme dikelompokkan
berdasarkan kemiripan fisik,
 Pengelompokan tanaman, hewan, dan
mikroorganisme ke dalam kategori yang semakin
luas berdasarkan fitur bersama
 Aristoteles 300 SM

 Taksonomi adalah salah satu ilmu tertua, masih
merupakan bidang yang kuat penuh penemuan baru
dan metode .
 Pemikir besar telah membentuk kursus klasifikasi
 skema klasifikasi awal didirikan oleh Filsuf Yunani
Aristoteles,  menurutnya kompleksitas kehidupan
dapat dibagi menjadi tatanan alam berdasarkan
dikotomi  yang mengekompokkan berdasarkan ada
atau tidak adanya darah
 Abad Pertengahan :
abad ke-5 sampai abad ke-15

 Para sarjana menerjemahkan nama umum
organisme ke dalam bahasa Latin - pada saat itu
bahasa orang terdidik.
 Nama-nama ini sering panjang dan rumit, dan
termasuk berbagai istilah deskriptif. Proses
penamaan kompleks ini disederhanakan menjadi
binomial sebuah sistem penamaan pada pertengahan
abad ke - 16 sampai pertengahan abad ke - 17 oleh
sekelompok naturalis yang dikenal sebagai herbalis.
 Botanis Italia Andrea Cesalpino adalah ilmuwan
pertama mengklasifikasikan tanaman terutama
sesuai dengan karakteristik struktural , seperti

buah-buahan dan biji-bijian.
 Ia mengembangkan metode pembobotan karakter
di mana ia mendefinisikan karakteristik kunci
tertentu yang penting untuk mengenali kelompok
tanaman.
 Metode ini diadaptasi oleh botanis Swiss Caspar
Bauhin, membuat daftar katalog panjang mengenai
tanaman. Lebih penting lagi , Bauhin adalah yang
pertama untuk mengatur tanaman ke dalam sistem
kasar yang menyerupai genera modern dan
spesies .
Klasifikasi hewan pada abad ke-16

 Naturalis Perancis Pierre Belon mempelajari secara
ekstensif katalog burung. Dia adalah orang pertama
yang menggunakan adaptasi terhadap habitat dan
membagi burung menjadi kelompok-kelompok
seperti burung air, burung migran, Burung
pemangsa, burung bertengger, dan burung tanah,
kategori masih digunakan secara informal saat ini .
Burung migran

Bangau merah tua

Burung bangau Eropa

 Abad ke 17

 Naturalis Inggris John Ray adalah orang pertama
yang menerapkan metode pembobotan karakter ke
fitur struktural pada hewan. Dia menggunakan
karakteristik kunci, seperti bentuk dan ukuran paruh
burung, untuk mengklasifikasikan burung.
 Pertengahan tahun 1700
Carolus Linnaeus

 Linnaeus (1707-1778) dilahirkan dalam sebuah keluarga religius di
sebuah kota kecil di Småland pedesaan. Ayahnya, seorang menteri
dengan hasrat pada tanaman, memiliki sebuah taman besar di mana ia
memperkenalkan anaknya ke botani. Linnaeus menjadi terpikat dengan
sejarah alam dan mengejar kepentingan ini dalam setiap pengaturan
pendidikan berikutnya. Pada 1727 ia memasuki Universitas untuk belajar
kedokteran, terutama karena pelatihan termasuk materia medica ( studi
botani ). Tahun berikutnya, ia belajar di Uppsala karena universitas di
sana memiliki kepemilikan botani yang lebih baik dan komunitas besar
ahli botani. Linnaeus menemukan masalah dalam pengaturan yang
sistematis untuk botani dan mulai membuat sketsa metode klasifikasi
sendiri pada awal 1730. Pada saat ia meninggalkan Swedia pada tahun
1735 untuk menyelesaikan pendidikan kedokteran di Belanda, reputasi
Linnaeus sebagai seorang ahli botani aman
 Pertengahan tahun 1700
Carolus Linnaeus lanjutan ......

 aturan formal dikembangkan untuk sistem dua – nama.
 Organisme yang sama dikelompokkan ke dalam genus,
dan setiap organisme diberikan dua kata nama Latin.
Kata pertama adalah nama genus, dan kata kedua
biasanya kata sifat yang menggambarkan organisme,
lokasi geografis, atau orang yang menemukannya.
Dengan sistem ini, anjing domestik Canis familiaris .
Canis adalah nama genus untuk kelompok hewan yang
termasuk anjing, anjing hutan, coyote, dan serigala . Kata
familiaris bertindak sebagai deskriptor untuk lebih
membedakan anjing domestik dari sepupu liarnya
 Perubahan Species

 Pada tahun 1751 Linnaeus menerbitkan Philosophia
botanica, sebuah karya yang paling berpengaruh. Di
dalamnya diklaim bahwa sistem alami klasifikasi
bisa berasal dari aslinya, semua spesies ciptaan
Tuhan berubah.  
 Linnaeus adalah orang pertama yang meresmikan
penggunaan taksa lebih tinggi dalam bukunya
Systema Naturae ( 1735 ), menetapkan standar
hirarki taksonomi yang masih digunakan sampai
sekarang
 Sistem Linnaeus

 Sistem Klasifikasi Linnaeus didasarkan pada
persamaan dan perbedaan dengan demikian
klasifikasi logis bebas tetapi banyak taksanya masih
diterima, meskipun saat ini tema dominan
taksonomi berdasarkan keturunan yang disebut
sebagai klasifikasi alami
Pengembangan Sistem Alam dan
Keberhasilan sistem Linnaeus

 Mengklasifikasikan dengan kriteria yang di pilih. Hal ini
berlaku dalam mengklasifikasikan organisme juga.
Namun ada pertanyaan praktis : apa yang dipelajari dari
klasifikasi ? Apa guna Jika klasifikasik dengan kriteria
yang bebas untuk mengetahui penempatan suatu
organisme dalam klasifikasi dapat sangat tidak informatif.
 Sebagai contoh, jika mengklasifikasikan bakteri
berdasarkan bentuknya. Idealnya, klasifikasi, pada
silsilahnya. Hal ini unik berguna karena mengetahui
bahwa dua organisme yang terkait erat memberitahukan
bahwa mereka akan memiliki banyak sifat yang sama .
 Klasifikasi Linnaeus masih
diterima

 Darwin mengklasifikasi berdasarkan sejarah evolusi sebagai sistem alami.
 Mengakui kedekatan filogenetik dengan kesamaan spesies, Darwin
menjelaskan mengapa sistem Linnaeus telah begitu sukses pada tanaman
dan hewan makroskopik : mereka telah ditempatkan ke dalam kelompok-
kelompok hirarkis dari klasifikasi Linnaeus atas dasar kesamaan, karena
kesamaan tercermin kedekatan evolusi dari spesies yang bersangkutan,
klasifikasi cenderung untuk mencerminkan hubungan sejarah mereka.
 Secara umum, ketika kesamaan karena nenek moyang yang sama mudah
untuk mengenali dan mengukur , klasifikasi organisme cenderung
mendekati sistem alami .
 Keberhasilan asli dari sistem Linnaeus sebagian besar terbatas pada
tumbuhan tingkat tinggi dan hewan yang memiliki banyak fitur yang
dapat dilihat dan dibandingkan . kesamaan benar-benar merupakan hasil
warisan dari nenek moyang yang sama yang juga memiliki fitur bersama .
 
 Sebuah Konsekuensi umum Silsilah Apakah Kesamaan Sisa
species
 Spesies A1 dan A2 masing-masing harus menanggung kesamaan
sisa untuk A0 ( nenek moyang mereka terbaru), sehingga mereka
juga harus mirip satu sama lain.
 Berbalik ini , spesies yang paling mirip hari ini cenderung
menjadi orang-orang yang berbagi nenek moyang yang sama
terbaru.
 Demikian pula, spesies yang berbeda lebih cenderung memiliki
lebih banyak nenek moyang yang jauh.
 Darwin melihat bahwa setelah menerima perspektif ini , maka
telah menerima nenek moyang yang sama dari semua kehidupan
.
 Taksa

 Kategori hirarkis disebut taksa ( takson , singular )
 Tingkat paling rendah dalam hirarki taksonomi
adalah spesies
 Setiap takson berturut-turut dibedakan oleh satu set
karakteristik yang lebih umum.
 Taksa

 Setiap takson berturut-turut dibedakan oleh satu set
karakteristikyang lebih umum            
Filum
Kelas
ordo
Famili
Genus
species
 Periode Darwin

 Sebelum abad ke-19, Linnaeus dan ahli taksonomi lainnya
mengklasifikasikan organisme dengan cara bebas tetapi logis
yang membuatnya lebih mudah untuk berkomunikasi
dengan informasi ilmiah. Tetapi dengan penerbitan On the
Origin of Species pada tahun 1859 oleh naturalis Inggris
Charles Darwin, tujuan klasifikasi memiliki makna baru.
Darwin berpendapat bahwa sistem klasifikasi harus
mencerminkan sejarah kehidupan - yaitu, spesies harus
terkait berdasarkan nenek moyang mereka bersama. Ia
mendefinisikan spesies sebagai kelompok yang telah
menyimpang dari leluhur dalam sejarah, sementara
organisme dalam taksa yang lebih tinggi, seperti genera,
kelas, atau ordo, menyimpang dari nenek moyang bersama
lebih jauh ke belakang dalam sejarah
 Penggunaan mikroskop pada
akhir abad ke-16

 Organisme bersel tunggal, masalah klasifikasi baru , bagi
para ilmuwan, yang masih mengandalkan sistem klasifikasi
dua kerajaan.
 Melakukan fotosintesis diklasifikasikan dalam Kerajaan
Plantae, dan organisme yang menelan makanan
ditempatkan di Kerajaan Animalia.
 Pada abad ke-19, organisme mikroskopis dengan anatomi
beragam sel, struktur internal yang khusus yang disebut
organel, dan pola reproduksi yang tidak mudah masuk ke
dalam sistem klasifikasi tanaman atau hewan. Keragaman
ini oleh Ahli biologi Jerman Ernst Haeckel diusulkan
menempatkan bentuk-bentuk uniseluler dalam kerajaan
ketiga, Protista .
 
 Haeckel menempatkan bakteri kedalam Kerajaan
Protista dalam kelompok terpisah dari Monera,
karena tidak ada inti, membran yang terikat organel,
seperti mitokondria , Led French Ahli Biologi Laut
   Edouard Chatton membuat perbedaan penting
antara prokariota dan eukariota, sekarang Kingdom
prokariota
 
 Pada tahun 1950 , ahli biologi Amerika Robert H. Whittaker
mengusulkan menambahkan kerajaan kelima , Kerajaan
Jamur , berdasarkan metode unik jamur yang mendapatkan
makanan  Carl Woese awalnya mengusulkan sistem
klasifikasi enam kingdom , di mana ia dipisahkan organisme
prokariotik menjadi dua kerajaan , yang Archaebacteria dan
Eubacteria , atau bakteri yang benar , dan menempatkan
organisme eukariotik ke Kerajaan Plantae , Animalia , Fungi ,
dan Protista . kemudian menganjurkan penggunaan kategori
baru domain . Aku , semua bentuk kehidupan
dikelompokkan ke dalam tiga domain : bakteri , archaea , dan
eukariot
 
METODE KLASIFIKASI
 Bagi banyak organisme, sistematika molekuler
penelitian telah mendukung klasifikasi tradisional ;


Namun, dalam beberapa kasus, bukti dari studi genetika
telah menunjukkan bahwa organisme harus
direklasifikasi. Sigung, misalnya, secara tradisional telah
diklasifikasikan dengan luak, dan musang dalam
keluarga Mustelidae. Tapi studi terbaru dari sifat-sifat
molekul menunjukkan bahwa sigung berbeda secara
signifikan dari hewan-hewan ini dan mungkin
memerlukan klasifikasi dalam keluarga mereka sendiri
 Skunk (SIGUNG)


Badger (LUWAK)
Mink (CEPERLAI)
 BAGAIMANA ORGANISME
DIKELOMPOKKAN

 MORFOLOGI
 FISIOLOGI
 BIOKIMIA
 ETOLOGI
 Taksonomi molekuler didasarkan kemiripan atau
perbedaan DNA
Pendekatan Klasik berdasarkan kesamaan
dan perbedaan morfologi

 Kelelawar dan Burung Animalia
 Serangga Arthropoda
 Kelelawar mamalia
 burung  Aves
Klasifikasi IDEAL seharusnya didasarkan
pada

 Homolog yaitu, berbagi karakteristik yang diwarisi
dari nenek moyang yang sama . Semakin banyak
dua spesies berbagi nenek moyang yang sama,
semakin banyak homologi mereka dan lebih mirip
homologinya.
 
 Sampai beberapa dekade terakhir, studi homologi
terbatas pada
 struktur anatomi dan
 pola perkembangan embrio  
 kelahiran biologi molekuler,
homologi dipelajari pada tingkat
 proteins dan DNA
 Hibridisasi DNA-DNA
 pewarnaan kromosom
 Membandingkan Urutan DNA
Contoh homologi
anatomi

 
 fungsi yang berbeda seperti melempar, berenang, dan terbang,
semuamemiliki struktur dasar yang sama jelas dalam. warna
merah adalah radius.
 Bagian tubuh dianggap homolog jika mereka memiliki struktur
dasar yang sama, hubungan yang sama ke bagian tubuh
lainnya, dan, mengembangkan dengan cara yang sama pada
embrio.
 penafsiran adanya pola dasar sebagai bukti warisan dari nenek
moyang yang sama, dengan melihat bahwa berbagai modifikasi
adaptasi kebutuhan khusus organisme. Ini memberitahukan
bahwa evolusi adalah oportunistik, bekerja dengan bahan yang
telah diturunkan oleh warisan.
Perkembangan embrio

 Perkembangan embrio

Perkembangan embrio semua vertebrata menunjukkan kesamaan
yang luar biasa.   Baris atas adalah dari Pharyngula tahap embrio.
semua mengandung :
a. Notochord
b. Punggung saluran saraf berongga
c. Ekor pos-anal,
d. Alur branchial berpasangan.

Alur branchial sama dengan rangkaian pasangan kantong insang.

Pada ikan, kantong dan alur akhirnya bertemu dan membentuk celah
insang, yang memungkinkan air untuk masuk dari faring atas insang
dan keluar dari tubuh .
 Rekapitulasi

 " ontogeni merekapitulasi filogeni " Ernst Haeckel ; yaitu,
perkembangan embrio (ontogeni) mengulangi filogeni
(silsilah spesies).
 Ini adalah penyimpangan dari kebenaran, misalnya, di
awal perkembangan embrio melalui tahap seperti ikan.  
 Sebaliknya, melalui beberapa (tidak semua) dari tahap
embrionik bahwa nenek moyang melaluinya. Oleh karena
itu, ditemukan bahwa lebih jauh terkait dua vertebrata,
semakin pendek periode mereka melewati tahap-tahap
berupa embrio (ikan dan manusia) dan sebaliknya (ikan
dan salamander)
 Biologi molekuler

Urutan protein Protein
 sequencing menyediakan alat untuk membangun
homologi dari mana silsilah dapat dibangun dan pohon
filogenetik ditarik.
 Manusia dan hewan lainnya memiliki hemoglobin
Contoh homologi molekuler.
 Pada slide selanjutnya Angka-angka merupakan jumlah
perbedaan asam amino antara rantai beta dari manusia
dan hemoglobin dari spesies lain . Secara umum, jumlah
ini berbanding terbalik dengan kedekatan kekerabatan .

 Sitokrom C

 Sitokrom c ditemukan dalam mitokondria setiap eukariota
aerobik - hewan, tumbuhan, dan protista. Urutan asam amino
dari banyak ini telah ditentukan, dan membandingkan mereka
menunjukkan bahwa mereka berhubungan .
 Sitokrom c manusia mengandung 104 asam amino, dan 37 di
antaranya telah ditemukan pada posisi yang setara dalam
setiap sitokrom c yang telah diurutkan.
 Asumsi : masing-masing molekul-molekul ini telah turun dari
sitokrom prekursor dalam mikroba primitif yang ada lebih
dari 2 milyar tahun yang lalu. Dengan kata lain, molekul ini
homolog .
 Sitokrom C


 lebih identitas ada antara dua molekul , yang baru-baru

 ini mereka telah berevolusi dari molekul leluhur umum dengan

demikian lebih dekat kekerabatannya dari pemiliknya. Dengan
demikian sitokrom c dari rhesus monyet identik dengan manusia
kecuali untuk satu asam amino, sedangkan sitokrom c ragi berbeda
dari manusia pada 44 posisi (Tidak ada perbedaan antara sitokrom
c manusia dan simpanse).
 
 Langkah pertama dalam membandingkan urutan adalah untuk
menyelaraskan mereka menemukan jumlah maksimum posisi yang
memiliki asam amino yang sama. Kadang-kadang kesenjangan
diperkenalkan untuk memaksimalkan jumlah identitas sejalan dengan
(tidak diperlukan dalam tabel ini ). Kesenjangan yang benar untuk insersi
dan penghapusan yang terjadi selama evolusi molekul
 Semua sitokrom vertebrata ( empat pertama ) mulai dengan glisin ( Gly ).
Drosophila , gandum , dan sitokrom ragi memiliki beberapa asam amino
yang mendahului urutan yang ditampilkan di sini (ditunjukkan dengan
<<< ) .  
 Dalam setiap kasus , kelompok heme sitokrom melekat Cys - 14 . dan Cys
- 17 . Selain dua residu Cys , Gly - 1 , Gly - 6 , Phe - 10 , dan Nya - 18
ditemukan di posisi setara dalam setiap sitokrom c yang telah diurutkan .
 

 Ape adalah salah satu dari 13 spesies besar primata yang sangat
cerdas, termasuk simpanse, gorila, siamang, dan orangutan. Kera
kadang-kadang rancu dengan monyet, tapi tidak seperti rekan-
rekan primata lainnya, mereka lebih kecil, kera tidak memiliki
ekor dan lengan mereka biasanya lebih panjang dari kaki mereka.
Kera hidup di hutan tropis dan hutan Afrika dan Asia


Masih berlanjut
minggu depan