Sistematika dan

Filogenetika Molekuler

Praktikum Botani Fanerogam

SISTEMATIKA
 Sistematika berperan dalam menyediakan sebuah
Sistematika perangkat pengetahuan untuk mengkarakterisasi
organisme dan sekaligus merekognisinya dalam rangka
memahami keanekaragaman

Tujuan Sistematika:
• Untuk memahami dan mendeskripsikan keanekaragaman suatu organisme
• Untuk merekonstruksi hubungan kekerabatannya terhadap organisme lainnya
• Untuk Mendokumentasikan perubahan-perubahan yang terjadi selama evolusinya dan
merubahnya ke dalam sebuah sistem klasifikasi yang mencerminkan evolusinya tersebut

Peran penting sistematika adalah merekontruksi hubungan

evolusi (evolutionary relationship) dari kelompok-
kelompok organisme biologi.
Catatan penting…
Di dalam pendekatan filogenetika, sebuah kelompok organisme dimana
anggota-anggotanya memiliki banyak kesamaan karakter atau ciri
dianggap memiliki hubungan yang sangat dekat dan diperkirakan diturunkan
dari satu nenek moyang
Nenek moyang dan semua turunannya akan membentuk sebuah kelompok
monofiletik.

Dalam analisis filogenetik diperlukan kelompok outgroup dengan tujuan

untuk mengetahui karakter primitif (plesiomorf) dan karakter derivat
(apomorf) dari kelompok ingroup serta untuk menentukan titik awal
pembentukan sebuah pohon filogenetik.
Karakter apomorfik adalah karakter yang berubah dan diturunkan dan
terdapat pada ingroup

Karakter plesiomorfik merupakan karakter primitiveyang terdapat pada

outgroup Gambar 1. Pohon kekerabatan dan polarisasi karakter dalam analisis filogenetika

Karakter sinapomorfik adalah karakter yang diturunkan dan terdapat pada

kelompok monofiletik
FILOGENETIKA
MOLEKULER
Filogenetika Molekuler

Filogenetika molekuler mengkombinasikan teknik biologi molekuler dengan statistik

untuk merekonstruksi hubungan filogenetika.

Pemikiran dasar penggunaan sekuen DNA dalam studi filogenetika adalah bahwa
terjadi perubahan basa nukleotida menurut waktu, sehingga akan dapat
diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan dapat direkonstruksi
hubungan evolusi antara satu kelompok organisme dengan yang lainnya.
Mengapa Sekuen DNA?
Sekuen Fakta terkait sekuen DNA:
Alasan sekuen DNA digunakan dalam
sistematika dan filogentenik meolekuler
1. Sekuen DNA menawarkan

DNA
1. DNA merupakan unit dasar data yang akurat melalui
informasyang mengkode
organisme pengujian homologi yang
lebih baik terhadap
2. Relatif lebih mudah untuk karakter-karakter yang ada.
mengekstrak dan menggabungkan
informasi mengenai proses evolusi 2. Sekuen DNA menyediakan
suatu kelompok organisme, banyak character states
sehingga mudah untuk dianalisis. karena besarnya perbedaan
3. Peristiwa evolusi secara komparatif laju perubahan basa-basa
mudah untuk dibuat model nukleotida di dalam lokus
4. Menghasilkan informasi yang yang berbeda
banyak dan beragam, dengan 3. Sekuen DNA telah terbukti
demikian akan ada banyak bukti
tentang kebenaran suatu menghasilkan sebuah
hubungan filogenetika. hubungan kekerabatan yang
lebih alami (natural)
Sumber Karakter
DNA
Sumber karakter DNA dapat diperoleh dari
inti (nDNA), kloroplas (cpDNA), dan
mitokondria (mtDNA).
ANALISIS FILOGENETIKA
MOLEKULER
Tahapan dalam analisis filogenetika molekuler

Rekonstruksi Evaluasi
Sequence
pohon pohon
alignment
filogenetika filogenetik
Sequence alignment

Tujuan utama dari tahap ini adalah untuk menentukan apakah satu sekuen DNA atau protein adalah
homolog dengan yang lainnya.

Alignment yang melibatkan dua sekuen yang homolog disebut pairwise alignment

Alignment melibatkan banyak sekuen yang homolog disebut multiple alignment.

Dalam proses alignment sering ditemukan adanya gap, yang ditandai oleh garis putus-putus. Gap
terjadi karena adanya insersi dan atau delesi.
Rekonstruksi pohon filogenetika

Metode dalam membangun suatu pohon filogenetika dengan menggunakan karakter molekuler,
sekuen DNA misalnya, dibagi menjadi empat kelompok utama, yaitu distance method(DM),
likelihood method(LM), Bayesian method (BM), dan parsimony method (PM).

Prinsip DM adalah jumlah perbedaan nukleotida antara dua sekuen DNA menunjukkan jarak
evolusi yang terjadi. Jarak evolusi dihitung untuk semua pasang sekuen DNA dan sebuah pohon
filogenetika direkonstruksi dari jarak atau perbedaan pasangan basa nukleotida tersebut dengan
menggunakan kriteria least square, minimum evolution, neighbor joining, dan distance measure.
 Evaluasi pohon filogenetika

Evaluasi pohon filogenetika berkaitan dengan uji reliabilitas dari sebuah

pohon dan uji topologi antara dua atau lebih pohon yang berbeda
berdasarkan set data yang sama.

Metode menguji reliabilitas, diantaranya yaitu interior branch test (IB)

dan Felsentein’s bootstrap test (FB). Prinsip IB adalah estimasi pohon
dengan menguji reliabilitas setiap cabang sebelah dalam (interior branch)
Program Komputer
Program
• PAUP (Phylogeny Analysis of Using Parsimony)
merupakan paket yang menyediakan banyak
program untuk menyelesaikan berbagai aspek

analisis dalam analisis filogenetika molekuler

• Program MrBayes

filogenetik • Program Geneious

• http://geneious.com/
 1. Cari data DNA dari 1 Famili dengan Genus
sama dan spesies yang berbeda!
TUGAS 2. Ujilah kekerabatan genus tersebut dengan
melihat pohon filogenetiknya
KELOMPO 3. Rekontruksi pohon filogenetik dilakukan
K dengan menggunakan Program Geneious
4. Analisislah kekerabatan spesies-spesies tsb
berdasarkan hasil filogeni nya!