TAKSONOMI FILOGENETIK

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 1

PEMAHAMAN

⚫ Sistematika: ilmu yang menyediakan perangkat

karakterisasi, identifikasi dan rekognisi untuk
memahami keanekaragaman

⚫ Secara fundamental tujuan sistematika untuk:

❑ memahami dan mendiskripsikan
keanekaragaman
❑ merekonstruksi hubungan kekerabatan

❑ mendokumentasikan perubahan yang terjadi

selama evolusi
Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 2
PENDEKATAN REKONSTRUKSI
HUBUNGAN EVOLUSI

⚫ FENETIK → menaksir hubungan evolusi

berdasarkan kesamaan karakter

⚫ FILOGENETIK → menaksir hubungan evolusi

berdasarkan genetiknya melalui perjalanan
evolusi

FILOGENETIK sering ditulis CLADISTIK yang

berasal dari bahasa Yunani klados = cabang

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 3

SEJARAH
• Taksonomi Filogenetik (untuk makroorganisme) →
dikenalkan oleh entomolog Jerman Willi Hennig (1960an)

• Ilmuwan lain menamakan Cladistik

• Cladistik bersifat kuantitatif (banyak menggunakan

informasi angka) dan banyak memakai prinsip statistika
dan geometri

• 1978 Carl Woose mengembangkan taksonomi Cladistik

untuk mikroorganisme dengan metode 16S dan 18S
rRNA → Fiologenetik

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 4

KARAKTER UNTUK CLADISTIK
❖ makroorganisme → kesamaan
❖ mikroorganisme: kesamaan dan perbedaan

❑ Klasifikasi organisme harus menggambarkan filogeni →

takson harus merupakan satu kelompok monofiletik
❑ Monofiletik: suatu pengelompokan dengan
menggunakan cladistik dan harus menghasilkan suatu
clad yang tuntas
❑ Takson parafiletik ditolak dengan alasan:
mengaburkan pola percabangan filogeni, batasan
nya cenderung subjektif

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 5

OUTPUT CLADISTIK

⚫ Cladogram (cladistic dendrogram) yaitu diagram

percabangan yang dianggap mewakili hubungan
kekerabatan di antara organisme/komponen yang
dikelompokkan
⚫ Kladogram dapat dianggap sebagai pohon evolusi
⚫ Kladogram dibuat dengan memanfaatkan ratusan
ribu-jutaan informasi genetik (marka dan sekuen
RNA atau DNA)
⚫ Penggunaan komputer tidak dapat diabaikan dalam
kajian ini.

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 6

PRINSIP DASAR CLADISTIK
MAKROORGANISME
⚫ HARUS MEMAHAMI KONSEP
▪ plesiomorfik,
▪ apomorfik, dan
▪ parsimoni.

⚫ Ketidak pahaman prinsip plesiomorfi dan

apomorfi akan menyebabkan kladogram yang
disusun menjadi fenogram.

⚫ Ketidak pahaman prinsip parsimoni →

kladogram menjadi tidak realistik.
Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 7
 PENENTUAN PLESIOMORFI

⚫ Dengan menggunakan takson outgroup atau

takson tamu yaitu kelompok di luar takson
yang dipelajari tetapi diasumsikan masih satu
nenek moyang.

⚫ Takson yang diteliti disebut ingroup.

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 8

 APOMORFI

⚫ Adalah karakter yang berubah dan

diwariskan (karakter yang tidak dimiliki oleh
tetuanya) → terdapat pada ingroup.

⚫ Apomorfi yang terdapat pada dua taksa atau

lebih disebut sinapomorfi (apomorfi
bersama).

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 9

SKEMA

KARAKTER
SINAMORFIK KELOMPOK
MONOFILETIK

OUTGROUP

KARAKTER
PLESIOMORFIK

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 10

TAKSONOMI MOLEKULAR

⚫ Mendapatkan hubungan kekerabatan di antara

species, populasi, individu atau gen MELALUI ANALIS
MOLEKULAR (sekuen RNA/DNA)
⚫ Mengkombinasikan teknik biologi molekular dengan
statistik untuk merekonstruksi hubungan filogenetik
⚫ Hasilnya → suatu bentuk pohon dengan cabang dan
simpul percabangan (kladogram)

⚫ DASAR: terdapat perubahan nukleotida seiiring

waktu evolusi

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 11

MENGAPA DIGUNAKAN SEKUEN DNA

❑ DNA merupakan kode unit dasar informasi

❑ Relatif mudah diekstraksi
❑ Mudah dianalisis
❑ Komparatif evolusi mudah dimodelkan
❑ Menghasilkan informasi yang banyak,
beragam, banyak bukti kebenaran hubungan
filogenetik

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 12

Mengapa DNA sering digunakan

❖ Sekuen DNA merupakan data yang akurat

dibandingkan karakter yang sudah ada
❖ Sekuen DNA menyediakan characters state
karena kecepatan perubahan basa nukleotida
dalam lokus cukup besar
❖ Menghasilkan hubungan kekerabatan lebih
alami

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 13

Yang harus diperhatikan dalam analisis
filogenetik molekular

1. Sumber sekuen spesifik (inti, kloroplas atau

mitokondria)
2. Sekuen bersifat homolog
3. Sekuen memiliki sejarah evolusi yang sama
(missal: inti dan klorplas)
4. Setiap sekuen berkembang secara bebas

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 14

Tahapan analisis filogenetik molekular

1. Mensejajarkan sekuen → untuk menentukan

apakah ada homologi anatara yang
dibandingkan
2. Rekonstruksi pohon filogenetik →
membangun suatu pohon filogenetik dengan
karakter molekular
3. Evaluasi pohon filigenetik dan
4. Uji statistik

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 15

Metode rekonstruksi pohon filogenetik

1. Distance → berdasar jumlah perbedaan nukleotida

(kriteria yang digunakan: least square, minimum
evolution, neighbour joining dan distance measure)
2. Likelihood → perubahan di antara nukleotida
sebanding (Kelemahanya: waktu perhitungan lama)
3. Bayesian → sama dengan likelihood, perbedaannya
pada perhitungan distribusi prior untuk rekonstruksi
4. Parsimoni → menghemat/asumsi, beranggapan
semua mutasi berlangsung pada semua arah
diantara 4 basa nukleotida

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 16

Kegunaan Pohon Filogenetik

1. Menemukan kerabat terdekat dari organisme

yang sedang diteliti. Penemuan dilakukan
dengan pohon filogenetik dari sekuen DNA
ribosomal.
2. Menemukan fungsi dari suatu gen. Penemuan
dilakukan dengan menemukan ortolog dari
gen yang sedang diteliti.
3. Menemukan asal dari gen yang diteliti. Untuk
menentukan apakah gen yang diteliti berasal
dari species yang sama.

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 17

PARSIMONI SERING DIPILIH

➢ POHON YANG DIBENTUK LEBIH

MENGGAMBARKAN PERUBAHAN EVOLUSI

➢ MENGANDUNG ASUMSI → PROSES EVOLUSI

AKAN MENEMPUH JALAN YANG PALING SINGKAT

➢ PERHITUNGAN SEDERHANA, CEPAT DENGAN

TINGKAT RELIABILITAS TINGGI

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 18

CONTOH 1

⚫ Empat takson dengan karakter

⚫ Takson A dan B memiliki karakter a.

⚫ Takson C dan D memiliki karakter b.

⚫ Hubungan filogeni keempat takson berdasar

taksonomi CLADISTIK
⚫ Hipotesis 1: karakteristik a. plesiomorfi dan
karakteristik b. apomorfi (Gambar 3.5.A)
⚫ Hipotesis 2: karakteristik b. plesiomorfi dan
karakteristik a. apomorfi (Gambar 3.5.B)

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 19

 KLADOGRAM PARSIMONI 1

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 20

 CONTOH 2

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 21

BAGIAN-BAGIAN POHON FILOGENETIK

⚫ Daun (ujung): menunjukkan species

sekarang. Daun yang memisah dari simpul
yang sama disebut “sister group”
⚫ Simpul: menunjukkan species paling
terakhir sebagai nenek moyang bersama
(common ancestores)
⚫ Ranting: menunjukkan waktu speciasi
⚫ Akar: menunjukkan nenek moyang
bersama yang paling tua
Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 22
BAGIAN-BAGIAN POHON FILOGENETIK

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 23

 MACAM-MACAM CLADE

⚫ Monofiletik: takson diturunkan dari species

ancestor tunggal
⚫ Polifiletik: takson yang anggotanya
diturunkan dua atau lebih ancestor yang
berbeda
⚫ Parafiletik: takson dimana terdapat
ancestor sama, tetapi hanya sebagian
keturunannya yang dimasukkan, sementara
sebagian lain dimasukkan dalam kelompok
berbeda
Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 24
 MACAM-MACAM CLADE

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 25

 PENYUSUNAN KLADOGRAM

Ada dua metode:

1. Metode Hennig:
membagi kelompok menjadi dua, setahap
demi setahap → akhirnya masing-masing
menjadi kelompok yang terpisah.
Pengelompokan didasarkan pada karakter
apomorfi.

2. Metode Wagner menggunakan algoritma untuk

menyusun kladogram.

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 26

KARAKTER DAN BETUK POHON FILOGENI

• Karakter disusun dalam suatu tabel:

• Dengan lambang 0 (nol) dan 1 (satu).
• Lambang 0 sifat plesiomorfi dan lambang 1
sifat apomorfi.
⚫ Bentuk pohon filogeni:
- Rooted (bercabang) mempunyai node tunggal
- Unrooted tree tidak punya node
⚫ Pemilihan bentuk pohon filogeni berdasarkan
pada ada tidaknya kejelasan informasi tentang
common ancestor tertua
Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 27
 Rooted trees

Unrooted trees

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 28

EVOLUSI GEN

• Homolog: Sekuen memiliki fungsi yang

berbeda dan dengan evolusi yang berbeda.

a. Ortholog: Sekuen bercabang setelah

spesiasi
b. Paralog: Sekuen bercabang setelah duplikasi
c. Xenolog: Sekuen bercabang setelah transfer
gen horizontal

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 29

EVOLUSI GEN

• Analog: Sekuen memiliki fungsi yang

sama tetapi memiliki sejarah yang
berbeda pada evolusi konvergen

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 30

EVOLUSI GEN

Enny Zulaika Taksonomi Filogenetik 31

TUGAS

MASING-MASING KELOMPOK MENCARI SPECIES

BAKTERI (TYPE STRAIN)→ TIDAK BOLEH SAMA
- Nama bakteri dan Accession number nya
- Penemu pertama
- Klasifikasinya (domain-species)
- Nama Journal dan author nya
- Fasta - complete genome

Enny Zulaika Tatanama (nomenklatur) 32